3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 청구인의 조세특례제한법 제69조 에 따른 8년 자경 세액감면 신고를 부인하고 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분의 당부
- 나. 관련 법령
(1) 국세기본법(2019.12.31. 법률 제16841호로 일부개정된 것) 제18조 [세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
(2) 조세특례제한법(2020.5.19. 법률 제17254호로 일부개정된 것) 제69조 [자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 일부개정된 것) 제66조 [자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자의 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 소득세법 제45조 제2항 에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. 부칙 제1조 [시행일] 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의2의 개정규정은 2014년 4월 1일부터 시행하고, 제66조 제14항, 제66조의2 제13항, 제67조 제1항ㆍ제3항ㆍ제4항ㆍ제5항ㆍ제6항 및 제116조의2 제5항ㆍ제6항ㆍ제8항ㆍ제19항ㆍ제20항ㆍ제21항의 개정규정은 2014년 7월 1일부터 시행하며, 제63조 제1항ㆍ제2항ㆍ제3항ㆍ제7항ㆍ제8항ㆍ제10항, 제64조, 제65조, 제100조의2 제4항 및 제100조의6 제2항 제4호의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 제2조 [일반적 적용례] ③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다. (4) 조세특례제한법 시행령(2020.10.7. 대통령령 제31086호로 일부개정된 것) 제66조 [자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.
1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역
2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역
3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역
④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. <이하 각 호 생략>
⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것
2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.
⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.
1. 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 “사업소득금액”이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다. (5) 소득세법 시행령(2019.12.31. 법률 제16834호로 일부개정된 것) 제20조 [근로소득] ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ수당과 이와 유사한 성질의 급여
② 근로소득금액은 제1항 각 호의 소득의 금액의 합계액(비과세소득의 금액은 제외하며, 이하 “총급여액”이라 한다)에서 제47조에 따른 근로소득공제를 적용한 금액으로 한다. (6) 소득세법 시행령(2020.10.7. 대통령령 제31083호로 일부개정된 것) 제162조 [양도 또는 취득의 시기] ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.
2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일
7. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.
(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인에 대한 2020년 귀속 양도소득세 과세내역은 아래 OOO과 같다. 농어촌특별세의 경우, 양도소득세 감면세액 OOO원을 과세표준으로 하여 세율 20%을 적용한 뒤 가산세 OOO원을 합한 금액인 OOO원이다. (나) 국세청 전산자료에 의하면, 청구인은 1993년∼2019년 기간 동안 OOO에 소재한 OOO에서 근무한 것으로 확인되고, 그에 따라 청구인이 쟁점토지 보유기간 중 수취한 총 급여액은 아래 OOO와 같다. 이에 따르면, 2000년∼2019년 기간 동안 매년 청구인의 연간 총 급여액은 OOO원 이상인 것으로 나타난다. (다) 처분청은 쟁점토지 보유기간 동안 청구인의 주소는 2차례 변경되었고, 이들 주소지 모두 쟁점토지와 직선거리 30㎞ 이내에 있는 것으로 확인하였다. (라) 처분청은 청구인에 대한 세무조사 과정에서 청구인에게 2000년 12월부터 2020년 11월까지 기간 동안 총 급여액이 OOO원 이상인 점 및 그간 자경 관련 농자재 구입 및 농작물 판매내역 등에 대한 소명을 요구하였는데OOO, 청구인은 이에 대하여 다음과 같이 소명하였다. (마) 청구인은 본인이 쟁점토지에서 직접 농사를 지었다고 주장하면서, 그 근거자료로 농업경영계획서, 농지원부, 농지취득자격증명발급 공문, CCC 외 2인이 작성한 농지경작사실확인서, BBB와 2021.3.15. 작성한 경운기 매매계약서 및 쟁점토지 현장사진 등을 제출하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구인은 2000년 12월 쟁점토지를 취득하였음에도 불구하고, 2014년 7월부터 시행된 쟁점규정을 적용하는 것은 부당하고, 쟁점토지 보유기간 동안 실제로 쟁점토지를 직접 경작하였으므로, 8년 자경 세액감면을 적용하여야 한다고 주장한다. 그러나 경작기간에서 총급여액의 합계액이 OOO원 이상인 과세기간을 제외하도록 한 쟁점규정의 내용은 조세특례제한법 시행령이 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 일부개정되면서 신설되었는데, 해당 부칙에 의하면 해당 내용은 2014.7.1. 이후 양도하는 분부터 적용되는 것인바, 쟁점토지를 2000.12.30. 취득하여 2020.11.20. 공공용지의 협의취득을 원인으로 하여 양도한 이 건의 경우, 쟁점규정의 적용대상에 해당하는 것으로 보이는 점, 조세법령불소급의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙이란 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침의 변경이 있은 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니므로OOO, 쟁점토지를 2020.11.20. 양도한 청구인에게 쟁점규정을 적용하는 것은 소급과세금지원칙에 위반된다고 보기 어려운 점, 국세청 전산자료에 의하면, 청구인이 쟁점토지를 취득한 2000년부터 2019년까지 19년간 OOO에 근무하면서 매년 OOO원 이상의 총급여액을 수령한 것으로 나타나는바, 청구인의 쟁점토지 보유기간(20년)에서 총급여액 합계액이 OOO원 이상인 과세기간(19년)을 제외하는 경우 8년 미만이 되는 점, 달리 청구인이 8년 자경요건을 충족하였다고 볼만한 사정이 없는 점 등에 비추어, 이에 대한 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.