조세심판원 심판청구 양도소득세

청구인의 조특법 제69조에 따른 8년 자경 세액감면신고를 부인하고 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분의 당부

사건번호 조심-2022-서-1971 선고일 2022.06.20

쟁점토지를 20xx.xx.xx. 양도한 청구인에게 쟁점규정을 적용하는 것은 소급과세금지원칙에 위반된다고 보기 어려운 점, 국세청 전산자료에 의하면, 청구인이 쟁점토지를 취득한 20xx년부터 20xx년까지 xx년간 ooooo에 근무하면서 매년 37백만원 이상의 총급여액을 수령한 것으로 나타나는 바, 청구인의 쟁점토지 보유기간(xx년)에서 총 급여액 합계액이 37백만원 이상인 과세기간(xx년)을 제외하는 경우 8년 미만이 되는 점 등에 비추어 이에 대한 청구주장은 받아들이기 어려움

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2000.12.30.(소유권이전등기일) 어머니 AAA으로부터 OOO를 증여받았는데, 이 중 110㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)는 2019.3.19. 같은 동 481-14로 분할된 후 2020.11.20.(소유권이전등기 접수일) OOO의 “OOO지구 도로개설공사 사업”을 위한 공공용지 협의취득 절차에 따라 수용되었다.
  • 나. 청구인은 2020.12.3. 쟁점토지에서 8년 이상 자경하였으므로 쟁점토지 수용 관련 양도소득세 OOO원이 100% 감면된다고 보아, 총결정세액을 0원으로 하여 2020년 귀속 양도소득세를 신고하였다.
  • 다. 처분청은 2021.4.29.∼2021.5.18. 기간 동안 청구인의 2020년 귀속 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 청구인의 자경사실이 확인되지 않고, 가사 자경을 하였더라도 보유기간 20년 중 19년 동안(2000년∼2019년) 연도별 총 급여액이 OOO원 이상이었으므로, 해당 기간을 제외하면 경작기간이 8년에 미달한다고 보아, 조세특례제한법 시행령(2020.10.7. 대통령령 제31086호로 개정된 것) 제66조 제14항 제1호(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 청구인의 감면신청을 부인하여, 2021.7.12. 2020년 귀속 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 경정·고지하였다.
  • 라. 청구인은 이에 불복하여 2021.10.6. 이의신청을 거쳐 2022.1.21. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 쟁점규정은 2014년 2월 개정되어 2014년 7월부터 시행되었으므로, 2000년 12월 쟁점토지를 취득한 청구인에게는 적용되지 아니한다. 처분청의 해석과 같이, 쟁점규정을 이전 거래분까지 소급하여 적용함으로써 8년 자경을 부인하는 경우, “소급과세금지원칙” 위반으로 위법할 뿐만 아니라, 법적 안정성을 해치고, 납세자의 권익도 존중받지 못하게 되는바 부당하다.

(2) 다음과 같은 사실들을 종합하여 보면, 청구인이 쟁점토지에서 직접 자경한 사실이 입증되므로, 자경사실을 부인하여 2020년 귀속 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 위법하다. (가) 청구인의 거주지는 쟁점토지로부터 30㎞ 이내에 소재하고 있다. (나) 청구인은 취득 당시인 2000년 12월 농업경영계획서를 제출하고, 농지취득자경증명을 발급받았으며, 2020년까지 고구마ㆍ콩ㆍ팥ㆍ무ㆍ배추 등을 소량재배하였고, 쟁점토지 인근에서 어머니가 거주하고 있어 경운기·농기구 등을 맡겨 놓았다가 공휴일이나 저녁에 수시로 와서 농사를 지었다. 뿐만 아니라, 쟁점토지는 도로부지에 해당하여 배나무(2그루)ㆍ사과나무(2그루)ㆍ매실나무(4그루)ㆍ모과나무(3그루) 등의 유실수를 심었고, 현재까지도 열매가 열리고 있다. (다) 2001년 3월에는 청구인이 직접 경운기ㆍ로타리를 구입하여 조작법을 배운 후 직접 농사를 지었고, 2021.3.15. BBB에게 이를 매도하였다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 경작기간에서 총급여액이 OOO원 이상인 기간을 제외하도록 하는 내용의 쟁점규정은 조세특례제한법 시행령이 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 일부개정되면서 신설된 규정이고, 당시 부칙에 의하면, 이는 2014.7.1. 양도하는 분부터 적용된다. 양도소득세는 소득세법 제105조 제1항 제1호 에 따라, 양도소득세 과세표준을 예정신고하여야 하는 소득세이고, 그 성립시기는 국세기본법 제21조 제3항 제3호 에 따라 “예정신고기한이 끝나는 때”이므로, 2020.11.20. 수용된 쟁점토지에 대하여 쟁점규정을 적용하는 것은 당연하다. 소급과세금지의 원칙이란, 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석의 변경이 있는 경우 그 효력발생 전에 종결한 과세요건 사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지, 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건 사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니므로OOO, 처분청이 쟁점규정에 따라 연도별 총 급여액이 OOO원 이상인 기간을 제외하여, 청구인이 8년 이상의 경작기간을 충족하지 못하였다고 보아, 조세특례제한법 제69조 에 따른 8년 자경 세액감면을 부인하여 청구인에게 양도소득세를 경정·고지한 처분은 적법하다.

(2) 다음과 같은 상황을 종합하여 보면, 청구인이 쟁점토지에서 직접 자경을 하였는지 여부도 불분명하다. (가) 청구인의 거주지가 OOO에 소재한 쟁점토지로부터 직선거리로 30㎞ 이내의 지역인 것은 사실이나, 청구인은 쟁점토지 취득시부터 양도시까지 OOO에 위치한 OOO에 근무하면서 고액연봉을 받은 근로소득자이었으므로, 쟁점토지를 직접 자경하였는지 여부가 불분명하다. (나) 처분청은 자경여부 확인을 위하여 청구인에게 농사시 필요한 물품의 구입내역, 농작물 판매내역 등 자경 관련 증빙자료와, 쟁점토지 인근에서의 신용카드 이용내역 등의 제출을 요청하였으나, 청구인은 농자재·종묘 구입금액이 소액이라 증빙자료를 보관하고 있지 않고, 쟁점토지 인근에서 사용된 본인 명의의 신용카드 내역 또한 없다는 내용의 소명서를 제출하였다. (다) 한편, 청구인은 양도소득세 신고 당시 최초 작성일자가 2014.12.31.인 농지원부, 2000년 12월 쟁점토지 취득 당시 작성한 농업경영계획서 및 농지·경작 관련 사진(촬영일자 알 수 없음)을 제출하였으나, 해당 자료들은 청구인의 직접 경작사실을 확인할 수 있는 객관적인 증빙이 아니다. (라) 처분청 소속 공무원이 청구인에 대한 세무조사 기간 중인 2021.5.14. 쟁점토지 현장에 출장을 가서 탐문을 하였는데, 쟁점토지 인접 필지에서 10년 넘게 간이 판매시설을 갖추고 직접 생산한 오이 등을 판매하는 주민(60~70대 女)은 쟁점토지를 포함하여 주변 농지는 대부분 주말농장 등으로 외부인들이 농사를 짓고 있고, 쟁점토지 또한 토지주가 직접 농사를 짓지 않았다고 진술하였다. (마) 쟁점토지에서 100여m 떨어진 OOO에서 거주중인 청구인의 어머니 AAA도 “농사를 직접 짓지 않았다”는 내용으로 진술하였다. (바) 청구인은 이 건 심판청구를 하면서, 그간 세무조사 및 이의신청 과정에서 제출하지 않았던 지인들의 경작사실확인서 4부와 경운기 매매계약서를 제출하였다. 그러나, 2001년에 구입한 중고 경운기를 2021년 OOO원에 양도하면서, 어머니의 주거지 인근에서 2021년부터 음식점을 하는 BBB에게 매매계약서를 작성한 후 양도하는 것은 일반적인 중고농기계 거래형태라 볼 수 없다. 또한, 확인서를 작성하여 준 CCC은 타지역에서 거주 및 공인중개사업을 영위하던 자로, 2016년부터 쟁점토지 인근에서 공인중개사업을 영위한 점을 고려하면, 청구인이 2000년부터 자경을 하였다거나 최소한 2012년부터 8년간 자경을 하였다는 것을 입증할 수 없는 자에 해당하고, 또 다른 작성자 이용하 역시 1992년부터 대학교에서 근무하는 자로서, 2009년부터 주민등록상 주소지가 OOO로 되어 있음에도 불구하고, 2009년부터 청구인의 어머니의 집을 임차하여 사용하고 있다고 주장하고 있는바, 이들의 사실확인서를 신뢰할 수 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 청구인의 조세특례제한법 제69조 에 따른 8년 자경 세액감면 신고를 부인하고 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2019.12.31. 법률 제16841호로 일부개정된 것) 제18조 [세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

(2) 조세특례제한법(2020.5.19. 법률 제17254호로 일부개정된 것) 제69조 [자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 일부개정된 것) 제66조 [자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자의 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 소득세법 제45조 제2항 에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. 부칙 제1조 [시행일] 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의2의 개정규정은 2014년 4월 1일부터 시행하고, 제66조 제14항, 제66조의2 제13항, 제67조 제1항ㆍ제3항ㆍ제4항ㆍ제5항ㆍ제6항 및 제116조의2 제5항ㆍ제6항ㆍ제8항ㆍ제19항ㆍ제20항ㆍ제21항의 개정규정은 2014년 7월 1일부터 시행하며, 제63조 제1항ㆍ제2항ㆍ제3항ㆍ제7항ㆍ제8항ㆍ제10항, 제64조, 제65조, 제100조의2 제4항 및 제100조의6 제2항 제4호의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 제2조 [일반적 적용례] ③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다. (4) 조세특례제한법 시행령(2020.10.7. 대통령령 제31086호로 일부개정된 것) 제66조 [자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. <이하 각 호 생략>

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

1. 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 “사업소득금액”이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다. (5) 소득세법 시행령(2019.12.31. 법률 제16834호로 일부개정된 것) 제20조 [근로소득] ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ수당과 이와 유사한 성질의 급여

② 근로소득금액은 제1항 각 호의 소득의 금액의 합계액(비과세소득의 금액은 제외하며, 이하 “총급여액”이라 한다)에서 제47조에 따른 근로소득공제를 적용한 금액으로 한다. (6) 소득세법 시행령(2020.10.7. 대통령령 제31083호로 일부개정된 것) 제162조 [양도 또는 취득의 시기] ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

7. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인에 대한 2020년 귀속 양도소득세 과세내역은 아래 OOO과 같다. 농어촌특별세의 경우, 양도소득세 감면세액 OOO원을 과세표준으로 하여 세율 20%을 적용한 뒤 가산세 OOO원을 합한 금액인 OOO원이다. (나) 국세청 전산자료에 의하면, 청구인은 1993년∼2019년 기간 동안 OOO에 소재한 OOO에서 근무한 것으로 확인되고, 그에 따라 청구인이 쟁점토지 보유기간 중 수취한 총 급여액은 아래 OOO와 같다. 이에 따르면, 2000년∼2019년 기간 동안 매년 청구인의 연간 총 급여액은 OOO원 이상인 것으로 나타난다. (다) 처분청은 쟁점토지 보유기간 동안 청구인의 주소는 2차례 변경되었고, 이들 주소지 모두 쟁점토지와 직선거리 30㎞ 이내에 있는 것으로 확인하였다. (라) 처분청은 청구인에 대한 세무조사 과정에서 청구인에게 2000년 12월부터 2020년 11월까지 기간 동안 총 급여액이 OOO원 이상인 점 및 그간 자경 관련 농자재 구입 및 농작물 판매내역 등에 대한 소명을 요구하였는데OOO, 청구인은 이에 대하여 다음과 같이 소명하였다. (마) 청구인은 본인이 쟁점토지에서 직접 농사를 지었다고 주장하면서, 그 근거자료로 농업경영계획서, 농지원부, 농지취득자격증명발급 공문, CCC 외 2인이 작성한 농지경작사실확인서, BBB와 2021.3.15. 작성한 경운기 매매계약서 및 쟁점토지 현장사진 등을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구인은 2000년 12월 쟁점토지를 취득하였음에도 불구하고, 2014년 7월부터 시행된 쟁점규정을 적용하는 것은 부당하고, 쟁점토지 보유기간 동안 실제로 쟁점토지를 직접 경작하였으므로, 8년 자경 세액감면을 적용하여야 한다고 주장한다. 그러나 경작기간에서 총급여액의 합계액이 OOO원 이상인 과세기간을 제외하도록 한 쟁점규정의 내용은 조세특례제한법 시행령이 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 일부개정되면서 신설되었는데, 해당 부칙에 의하면 해당 내용은 2014.7.1. 이후 양도하는 분부터 적용되는 것인바, 쟁점토지를 2000.12.30. 취득하여 2020.11.20. 공공용지의 협의취득을 원인으로 하여 양도한 이 건의 경우, 쟁점규정의 적용대상에 해당하는 것으로 보이는 점, 조세법령불소급의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙이란 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침의 변경이 있은 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니므로OOO, 쟁점토지를 2020.11.20. 양도한 청구인에게 쟁점규정을 적용하는 것은 소급과세금지원칙에 위반된다고 보기 어려운 점, 국세청 전산자료에 의하면, 청구인이 쟁점토지를 취득한 2000년부터 2019년까지 19년간 OOO에 근무하면서 매년 OOO원 이상의 총급여액을 수령한 것으로 나타나는바, 청구인의 쟁점토지 보유기간(20년)에서 총급여액 합계액이 OOO원 이상인 과세기간(19년)을 제외하는 경우 8년 미만이 되는 점, 달리 청구인이 8년 자경요건을 충족하였다고 볼만한 사정이 없는 점 등에 비추어, 이에 대한 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)