처분청은 청구법인의 요청에 따라 과세예고통지를 보류하고 해명자료 등을 검토하는 과정에서 국세부과제척기간이 임박하자 과세전적부심사절차를 생략한 것으로 보이므로, 이 건 처분에 중대한 절차적 하자가 있다고 보기는 어려움
처분청은 청구법인의 요청에 따라 과세예고통지를 보류하고 해명자료 등을 검토하는 과정에서 국세부과제척기간이 임박하자 과세전적부심사절차를 생략한 것으로 보이므로, 이 건 처분에 중대한 절차적 하자가 있다고 보기는 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 과세전적부심사의 기회 없이 쟁점부가가치세 부과처분을 한 것은 납세자의 권리를 침해한 것이어서 부당하다. (가) 쟁점공사계약은 2015.8.20. 청구법인의 대표이사의 배우자인 CCC과 AAA 간에 체결되었고, 당초 계약금액은 OOO원이었다가 OOO원이 추가되었으며, 쟁점부동산은 2016.3.7. 완공되었다. 청구법인은 2015.8.20. 쟁점공사 관련 계약금 OOO원을 수령하였는데, 당시 청구법인 회계담당자는 동 계약금이 청구법인과 AAA의 전 배우자인 DDD 간에 계약된 OOO(이하 “OOO”라 한다)의 용역대금인 것으로 잘못 인지하여 ‘OOO’으로 회계처리하였다. 쟁점공사를 진행하면서 CCC 명의 금융계좌로 2016.3.3. OOO원, 2016.3.7. OOO원을 입금받고, 나머지 공사대금은 AAA의 자금사정으로 지연되다가 2016.3.29.부터 2017.5.2.까지 3차례에 걸쳐 청구법인의 금융계좌로 OOO원을 지급받았으며(2015.8.20.부터 2017.5.20.까지 총 OOO원), 청구법인은 이 중 OOO원(공급대가)에 대하여만 2017.11.6. 세금계산서를 발급하고, 2017년 제2기 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 2018.5.8. 청구법인에게 AAA의 양도소득세 신고내용을 토대로 쟁점공사 대금을 확인해 달라는 내용의 해명안내 공문을 발송하였고, 이에 청구법인과 세무대리인은 구두로 소명하였으며, 그 후 아무런 연락이 없다가 2년 3개월이 지난 후 다시 소명하라는 연락을 받았다. 이에 청구법인은 3차례(2020.9.29., 2020.11.27., 2020.12.9.)에 걸쳐 소명하였고, 담당 직원의 교체로 시간만 흐르다가 처분청은 2020.12.30. 청구법인이 2016년 제2기 부가가치세 과세기간 중 쟁점매출액을 신고하지 아니하였다고 보아 과세예고통지(이하 “당초과세예고통지(서)”라 한다)를 하였다. 이에 청구법인은 처분청 담당자에게 쟁점매출액은 공급가액이 아니라 부가가치세를 포함한 공급대가라고 소명(이 중 공급대가 OOO원에 대하여는 2017년 제2기 부가가치세 신고시 포함)하자 처분청은 청구법인의 요청를 받아들여 2021.1.14. 당초과세예고통지를 취소하였다. 처분청은 당초과세예고통지를 취소한 후 과세처분 방안을 논의하여 다시 통보해 주기로 하였는데, 담당자 변경을 이유로 이를 미루었고, 과세사실판단자문위원회를 개최한다는 명목으로 시간을 허비한 후 국세부과제척기간이 임박하였다며 과세전적부심사 기회 없이 2021.6.7. 청구법인에게 당초과세예고통지와 같은 내용의 과세예고통지서와 쟁점부가가치세 부과처분 납세고지서를 함께 송달하였다. (나) 과세전적부심사청구제도는 부실과세를 예방하고 납세자의 권익증진과 시간적․경제적 부담을 덜어주는 선진․민주적인 제도로서 고지 이전 단계에서 납세자의 권리를 구제하기 위한 제도이므로, 국세기본법에서 규정하는 부득이한 경우를 제외하고는 반드시 거쳐여 할 필요적 절차이다. 대법원(2016.4.15. 선고 2015두52326 판결)도 “과세예고 통지는 과세관청이 조사한 사실 등의 정보를 미리 납세자에게 알려줌으로써 납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사와 같은 의견청취절차에서 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 자신의 권익을 보호할 수 있도록 하기 위한 처분의 사전통지로서의 성질을 가지고, 과세처분 이후에 행하여지는 심사․심판청구나 행정소송은 시간과 비용이 많이 소요되어 효율적인 구제수단으로 미흡한 측면이 있다는 점과 대비하여 볼 때, 과세전적부심사 제도는 과세관청이 위법․부당한 처분을 행할 가능성을 줄이고 납세자도 과세처분 이전에 자신의 주장을 반영할 수 있도록 하는 예방적 구제제도의 성질을 가진다”고 하였다. 과세전적부심사의 예외사유를 정한국세기본법제81조의15 제3항 제3호는 과세관청에서 정상적으로 업무처리를 수행한 후 제척기간이 임박한 경우 불가피하게 그 절차를 생략할 수 있다는 규정으로, 이 건과 같이 2018년 5월경 소명안내를 받아 소명한 후 2년 3개월간 방치되다가 2020년 9월에 이르러 다시 소명하는 과정에서 업무처리가 지연됨에 따라 과세전적부심사기회가 상실된 경우에는 적용되지 않는다. (다) 따라서, 처분청이 청구법인의 과세전적부심사의 기회를 박탈한 것은 납세자의 절차적 권리를 침해한 것이어서 중대한 절차적 하자가 존재한다 할 것이고, 납세자의 주장을 받아들일 것처럼 의견을 표명하였다가 과세하는 것은 신의성실의원칙에도 반하므로 쟁점부가가치세 부과처분은 취소되어야 한다. (2) 부가가치세법 제16조 제1항 에 따르면 용역의 공급시기는 역무의 제공이 완료된 때라고 규정하고 있다. 쟁점부동산이 2016년 3월 완공되었으므로 쟁점공사는 2016년 제1기 부가가치세 과세기간에 공급된 것으로 보아야 한다. 그렇다면, 2017년 제2기 부가가치세 과세기간에 발행된 쟁점공사 관련 세금계산서(공급대가 OOO원)는 공급시기 이후에 발행된 세금계산서이므로 부가가치세법상 적법한 세금계산서에 해당하지 않는다. 그러나, 2015년 제2기 부가가치세 과세기간에 계약금 명목으로 2015.8.20. 수령한 쟁점공사 대금 OOO원(공급대가)은 비록, OOO 용역대금으로 오인하여 세금계산서가 발행되었을지라도, 실제로는 쟁점공사와 관련하여 발행한 선발행세금계산서에 해당하므로, 쟁점매출액에서 이를 차감하여, 쟁점부가가치세 부과처분을 경정하여야 한다.
(3) 쟁점매출액이 청구법인 등의 금융거래내역에 의해 공급대가임이 확인됨에도 실제로 누락된 금액이 얼마인지 등을 확인하지 아니하고 형식적인 계약서를 근거로 이를 공급가액으로 보는 것은 국세기본법제16조의 근거과세원칙에 반한다. 쟁점매출액은 공급대가가 아니라 공급가액이므로 OOO원을 매출누락액으로 보아 쟁점부가가치세 부과처분과 쟁점법인세 부과처분을 경정하여야 한다.
(4) 청구법인은 2016.12.31. 현재 진행 중인 공사가 없음에도 2016년 기말재고자산으로 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 잘못 계상하였는바, 이는 쟁점공사의 원가이므로 2016사업연도 법인세 경정시 손금산입하여야 한다[위 (3)의 수입금액 감액과 쟁점금액 원가 관련 주장을 반영하여 2016사업연도 법인세를 재계산하면 청구법인이 부담해야 할 법인세액은 OOO원이다].
(1) 처분청은 청구법인에게 소명기회를 충분히 부여하였고, 국세부과제척기간이 임박하여 과세예고와 동시에 쟁점부가가치세 부과처분을 하였으므로, 절차상 하자가 있다고 보기 어렵다. (가) 처분청은 청구법인의 거래상대방인 AAA의 양도소득세 관할 세무서장으로부터 과세자료를 통보받아 2018.5.8. 청구법인에게 과세자료 해명안내문을 발송하였고, 이후 청구법인은 서면으로 5차례 소명자료를 제출하면서, 수차례 처분청을 방문하였다. 청구법인은 쟁점공사 및 OOO와 관련한 계약서, 공사내역서 및 금융자료 등 방대한 자료를 제출하며 이의를 제기하였는바, 처분청은 이를 확인하여 2020년 12월 청구법인에게 쟁점매출액을 신고누락한 것으로 보아 당초과세예고통지를 하였다. 그러나, 청구법인은 2021년 1월 처분청을 방문하여 추가검토를 요구하면서 관서장 면담과 담당자가 업무를 잘못 처리하였다는 내용의 확인서를 요구하는 등 강력히 항의하였고, 이에 처분청은 청구법인의 추가검토 요구를 수용하는 대신 당초과세예고통지를 보류하고 이 건을 과세사실판단자문위원회에 상정하여 그 결과에 따라 과세여부를 결정할 것임을 안내하였다. 과세사실판단자문위원회는 국세의 부과․징수 과정에서 일정한 사실관계의 존부 등에 대해 납세자와 이견이 있는 사안에 대하여 자문을 제공함으로써 부실과세를 예방하고 과세품질을 향상하기 위해 시행되는 제도이다. 이후 청구법인의 추가소명자료를 제출받아 2021년 5월 처분청 과세사실판단자문위원회에 해당 안건을 상정하였고, 동 회의에 청구법인 대표이사의 배우자인 CCC과 이사 EEE이 출석하여 의견진술을 하였으며, 쟁점매출액이 청구법인에게 귀속되었다는 자문결과에 따라 처분청은 청구법인에게 이 건 처분을 하였다. 청구법인은 처분청이 과세를 하지 않을 것처럼 하다가 입장을 번복하였다고 주장하나, 자료소명 안내문이 발송된 후 매출누락을 인정하다가 이를 번복한 것은 청구법인이다. 처분청은 번복된 주장을 충분히 검토한 후에 2020년 12월 당초과세예고통지를 하였고, 과세하지 않겠다는 입장을 표명한 사실이 없다. 청구법인이 제시한 대법원 판례(2016.4.15. 선고 2015두52326 판결)는 납세자에게 의견진술이나 소명의 기회를 주지 않고 감사결과 처분지시에 따라 과세하는 것이 위법하다는 취지일 뿐, 이 건과 같이 당초 처분청의 당초과세예고통지에 따른 과세전적부심사청구의 기회가 있음에도 불구하고 청구법인 스스로 그 기회를 포기한 경우와는 사실관계가 달라 원용하기 어렵다.
(2) 청구법인은 DDD이 2015.8.20. 청구법인에게 송금한 OOO원은 쟁점공사와 관련된 계약금으로서, 2015년 제2기 부가가치세 과세기간에 선발행세금계산서를 발행하였으므로 이를 쟁점매출액에서 차감하여야 한다고 주장한다. 청구법인은 이 건 이의신청이 있기 전까지 DDD이 2015.8.20. 청구법인에게 송금한 OOO원은 OOO 금액의 일부라고 주장하면서, 쟁점공사 비용을 DDD으로부터 수령한 경우는 없다고 수차례 소명하였다. 청구법인이 제출한 쟁점공사와 OOO대금 수령내역을 보면, 2013.11.11.부터 2017.5.2.까지 수십회에 걸쳐 쟁점공사와 OOO 대금을 AAA와 DDD이 입금하였는데, 청구법인은 OOO원을 OOO대금으로 소명하였다. 청구법인의 2015년 제2기 부가가치세 신고 및 세금계산서 교부내역을 보면, 청구법인은 2015.8.20.자로 OOO원의 매출세금계산서를 OOO를 발주한 DDD에게 교부하였고, 그 품목에는 ‘OOO’라고 기재되어 있다. 청구법인이 제출한 쟁점공사 계약서에 따르면, 공사착공일이 2015.9.1.이고, 보증금이나 선금을 지급하는 내용은 확인되지 아니하므로 청구법인이 2015.8.20. 발급한 OOO원의 세금계산서에서 OOO원이 쟁점공사 관련 선발행세금계산서라고 볼 이유가 없다. 청구법인이 2016.7.19. AAA와 작성한 공사대금정산내역서(쟁점공사+OOO)의 합계액은 공급가액 OOO원(쟁점공사 OOO원+동천동공사 OOO원)이고, 청구법인은 OOO 및 쟁점공사와 관련하여 OOO원(OOO원+쟁점공사 OOO)의 세금계산서만 발행하였다. 만약 청구법인의 주장대로 OOO원을 쟁점공사와 관련된 대금으로 본다면, OOO와 관련된 매출이 OOO원 과소신고된 것이 된다. 따라서, 2015년 제2기 부가가치세 과세기간에 쟁점공사와 관련된 선발행세금계산서가 발행되었다고 보기 어렵다.
(3) 청구법인은 쟁점매출액이 공급가액이 아니라 부가가치세가 포함된 공급대가라고 주장하나, 거래상대방인 AAA가 제출한 계약서와 청구법인이 제출한 계약서, 금융자료, 공사대금정산내역서 등 모든 자료에서 쟁점매출액이 공급대가가 아니라 공급가액임이 명확히 확인되고, 청구법인은 OOO원이 공급가액임을 인정하였다가 이의신청에 이르러서야 객관적인 증거 없이 주장을 변경하였다. 설령 청구법인이 일부 대금을 AAA로부터 회수하지 못하였다 할지라도, 공급가액에서 차감할 사항은 아니다.
(4) 청구법인은 2016년 대차대조표상 기말재고자산(미완성공사)이 쟁점공사의 원가라고 주장하나, 청구법인의 대차대조표에 기재된 기말재고자산은 ‘미완성공사(주택외)’로 표기되어 있어 주택을 신축한 젱점공사 관련 원가로 보기 어렵고, 이 건 과세에 이르기까지 이러한 주장을 한 사실이 없으며, 2016년 기말재고자산은 2017년 법인세 신고시 공사원가로 이미 계상되어 있는바, 쟁점금액을 쟁점공사의 원가로 인정하기 어렵다.
① 과세전적부심사 절차를 생략한 것이 중대한 절차상 하자에 해당하므로 쟁점부가가치세 부과처분이 취소되어야 한다는 청구주장의 당부
② 쟁점매출액 중 OOO원은 2015년 제2기 부가가치세 신고시 매출액에 포함되어 있다는 청구주장의 당부
③ 쟁점매출액이 부가가치세가 포함된 공급대가라는 청구주장의 당부
④ 쟁점금액을 쟁점공사의 원가로 인정할 수 있는지 여부
(1) 국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정된 것) 제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다.
1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우
2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우
3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 감사원법 제33조 에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.
1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지
2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.
1. 국세징수법 제9조 에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우
2. 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우
3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우
4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우
⑨ 과세전적부심사의 신청, 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 국세기본법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31452호로 개정된 것) 제63조의15(과세전적부심사의 범위 및 청구 절차 등) ③ 법 제81조의15 제3항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 국제조세조정에 관한 법률에 따라 조세조약을 체결한 상대국이 상호합의 절차의 개시를 요청한 경우
2. 법 제65조 제1항 제3호 단서(법 제66조 제6항 및 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우
④ 법 제81조의15 제2항에 따라 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대하여 같은 조 제4항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보(留保)하여야 한다. 다만, 법 제81조의15 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 또는 같은 조 제8항에 따른 신청이 있는 경우에는 그러하지 아니하다.
(3) 부가가치세법(2015.12.15. 법률 제13556호로 개정된 것) 제16조(용역의 공급시기) ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.
2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때
② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구법인은 2001.7.1.부터 OOO에서 건설․시설물관리유지업을 영위하고 있고, CCC은 청구법인 대표이사 FFF의 배우자로, 2009년 제1기 부가가치세 과세기간에 토목공사대금 OOO원의 매출신고를 누락하여 2009.1.1. 직권등록 및 2009.6.30. 페업된 이력이 있으며, 1993년 ㈜AAA에 입사한 이래 2020년 ㈜BBB, 주식회사 CCC에 이르기까지 27년간 건설회사 직원으로 근무한 것으로 나타난다. (나) 이 건 처분의 과세경과는 아래 OOO과 같은바, AAA의 양도소득세 관할 세무서장인 OOO서장은 2018.1.11. 처분청에 청구법인이 쟁점매출액을 신고누락하였다는 내용의 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2018.5.8. 청구법인에게 해명안내문을 발송하였으며, 2020.12.10.까지 5차례의 소명자료를 제출받고, 2020.12.30. 당초과세예고통지서를 발송한 후 2021.1.14. 이를 보류한다는 내용의 공문을 발송하였으며, 2021.5.6. 과세사실판단자문위원회 의결을 거쳐 2021.6.7. 과세예고통지서와 쟁점부가가치세 부과처분 납세고지서를 함께 송달한 것으로 나타난다. (다) 청구법인이 2018.5.8. 처분청에 매출누락 해명안내문을 발송한 이래 청구법인이 제출한 소명서의 주요내용은 아래 OOO와 같다. (라) 과세사실판단자문위원회의 심리자료에 의하면, 청구법인은 쟁점공사와 관련하여 청구법인과 관련된 매출액은 OOO원이고, 나머지 OOO원은 CCC 개인의 매출액이라고 주장하였고, 처분청은 청구법인이 쟁점공사 전체 용역을 제공한 것으로 보아야 한다는 의견이었는바, 처분청의 과세사실판단자문위원회는 2021.5.6. 쟁점매출액을 모두 청구법인의 매출액으로 보아야 한다고 의결하였다. (마) 쟁점공사를 공급받은 AAA는 2017.5.2. 쟁점부동산을 양도하고 2017.7.31. 양도소득세를 신고(아래 OOO 참고)하면서, 쟁점공사 관련 금융증빙(아래 OOO 참고)을 제출하였는바, AAA는 쟁점공사와 관련하여 입금한 금액은 총 OOO원이나, 보수적으로 판단하여 부가가치세를 포함한 쟁점공사 금액 OOO원과 각종 세금정산금액 OOO원을 합산하여 OOO원을 공사금액으로 신고하였다고 진술하였다. (바) 쟁점공사와 관련하여, 청구법인은 2015.8.20.부터 2016.1.6.까지 체결된 계약서 4매(이하 시간순서대로 “쟁점①～④계약서”라 한다)를, AAA는 2016.4.1.자 계약서(이하 “쟁점⑤계약서”라 한다)를 제출(아래 OOO 참고)하였다. (사) AAA가 양도소득세 신고시 제출한 쟁점⑤계약서에 첨부된 공사내역서(2매)에는 청구법인이 2015.8.21. 공급가액 OOO원 및 2016.3.21. 공급가액 OOO원, 합계 공급가액 OOO원의 공사를 AAA에게 공급하는 것으로 기재되어 있다. (아) AAA와 CCC, DDD과 CCC 간의 문자메시지 내역을 보면, AAA는 부가가치세를 지급할 여력이 안되므로 세금계산서를 발행하지 않도록 요청한 것으로 나타난다. (자) 청구법인이 쟁점공사 및 OOO와 관련하여 발행한 세금계산서의 내역은 아래 OOO과 같은바, 2015.8.20. DDD에게 발행된 세금계산서상 품목에는 ‘OOO’라고 기재되어 있다. (차) 청구법인이 2018년 5월 처분청에 제출한 ‘공사대금 정산합의서 및 정산내역서’의 주요내용은 아래 OOO과 같은바, AAA는 2016.7.19. OOO 대금과 쟁점공사 대금 합계는 총 OOO원(OOO원+쟁점공사대금 OOO원), 미지급한 공사대금은 OOO원이라는 내용의 합의서에 서명한 것으로 나타난다. (카) AAA는 위 OOO의 정산합의서를 작성한 후 청구법인의 계좌에 2017.2.27. OOO원, 2017.5.2. OOO원 등 총 OOO원을 송금하였다 (타) 청구법인이 5차 소명시 처분청에 제출한 소명자료에 의하면, 청구법인이 2015.8.20. DDD으로부터 수령한 OOO원은 OOO 대금의 일부로 분류되어 있다.
(2) 청구법인이 제출한 자료의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 처분청이 2020.12.30. 당초과세예고통지를 하자 쟁점매출액이 공급대가이고 이 중 OOO원은 2017년 제2기 부가가치세 신고시 매출액으로 신고하였으므로 다시 처분해 줄 것을 요구(확인서 제출)하였으며, 이에 처분청은 청구법인의 요구를 받아들여 2021.1.14. 당초과세예고통지를 보류하였다고 주장하며, 아래 OOO의 당초과세예고통지 보류 관련 공문과 CCC의 확인서를 제출하였다. (나) 청구법인은 2015.8.20. 쟁점공사 관련 계약금 OOO원을 수령하였는데, 당시 청구법인 회계담당자는 OOO의 용역대금인 것으로 인지하여 ‘OOO’으로 잘못 회계처리하였다고 주장하며, 쟁점공사 최초계약서[위 OOO의 쟁점①계약서(공급가액 OOO원) 및 공급내역서(공급가액 OOO원)], 청구법인이 DDD에게 발행한 수정전자세금계산서(작성일자: 2015.8.20., 공급가액 OOO원, 품목: OOO), 쟁점부동산 건축물대장(착공일: 2015.9.3., 사용승인일: 2016.3.7.), OOO 관련 건축물대장(착공일: 2013.11.11., 사용승인일: 2014.5.8.) 등을 제출하였다. (다) 청구법인은 쟁점공사와 관련하여, 아래 OOO과 같이 총 OOO원을 수령하였고, 이 중 2016.3.29.부터 2017.5.2.까지 수령한 OOO원에 대하여 공급가액을 OOO원으로 하여 세금계산서를 발행(OOO 참고)하였다고 주장하고 있다. (라) 청구법인은 2016사업연도 자산현황표에 기말재고자산으로 계상된 쟁점금액이 쟁점공사 관련 원가라고 주장하며, 아래 OOO의 쟁점금액 내역, 청구법인의 2016년 매출리스트를 제출하였다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 2018년 과세자료를 통보받은 후 장기간 처리를 지연하다가 국세부과제척기간이 임박하였다는 이유로 과세전적부심사의 기회 없이 쟁점부가가치세부과처분을 하였으므로 이는 납세자의 권리를 침해한 것이어서 부당하다고 주장하나, 과세전적부심사제도는 과세처분 이후의 사후적 구제제도와는 별도로 과세처분 이전의 단계에서 납세자의 주장을 반영함으로써 권리구제의 실효성을 높이기 위하여 마련된 사전적 구제제도이기는 하지만, 국세기본법제81조의15 제3항에서 국세부과의 제척기간이 임박한 경우에는 이를 생략할 수 있는 등 과세처분의 필수적 전제가 되는 것으로 볼 수 없는 점, 처분청은 2018.1.11. OOO서장으로부터 이 건 과세처분과 관련한 자료를 통보받고 2018.5.8. 청구법인에게 과세자료 해명안내문을 발송하였고, 이후 청구법인이 2020년 9월부터 2020년 12월까지 4차례에 걸쳐 제출한 소명자료를 토대로 2020.12.30. 당초과세예고통지를 하였다가, 청구법인의 요청에 따라 2021.1.14. 이를 보류하고 소명자료 등을 검토하는 과정에서 국세부과제척기간이 임박하자 과세전적부심사절차를 생략한 것으로 보이는 점, 처분청은 2021.1.14. 당초과세예고통지를 보류한 후, 소명자료 등을 토대로 과세사실판단자문위원회를 개최하여 그 결과에 따라 당초과세예고통지와 같은 내용으로 쟁점부가가치세 부과처분을 한 점 등을 고려할 때, 처분청이 당초과세예고통지를 보류한 것을 청구법인의 주장을 받아들이겠다는 공적인 의사표시를 한 것으로 보기는 어려운 점 등에 비추어, 위 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구법인은 쟁점매출액 중 OOO원은 2015.8.20. 쟁점공사의 계약금 명목으로 수령하였고, 이와 관련한 선발행세금계산서를 발행하여 2015년 제2기 부가가치세를 신고하였으므로, 쟁점매출액에서 이를 제외하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 2015.8.20.부터 2016.4.1.까지 AAA와 체결한 쟁점용역 관련 계약서 5매를 살펴보면, 계약금에 대한 약정이 확인되지 아니하는 점, 청구법인이 2015.8.20. DDD에게 발행한 공급가액 OOO원의 세금계산서에는 ‘OOO’와 관련하여 발행된 것으로 기재되어 있는 점, 청구법인이 처분청에 소명과정에서 제출한 자료에 의하면, 2015.8.20. 청구법인과 DDD 간에 수수된 OOO원은 쟁점공사가 아니라 OOO대금인 것으로 기재되어 있는 점 등에 비추어, 이에 대한 청구법인의 주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점매출액이 부가가치세가 포함된 공급대가라고 주장하나, AAA가 양도소득세 신고과정에서 제출한 쟁점⑤계약서에 의하면, 쟁점매출액이 공급가액인 것으로 기재되어 있고, 동 계약서는 청구법인과 AAA 사이에 2016.7.19. 작성한 쟁점공사대금 정산내역서의 내용과 부합하므로 상당히 신빙성이 있어 보이는 반면, 쟁점매출액이 공급대가라는 청구법인의 주장을 뒷받침할 만한 증빙은 부족해 보이는 점 등에 비추어, 이에 대한 청구법인의 주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (라) 마지막으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 청구법인은 2016년 대차대조표상 기말재고자산인 쟁점금액이 쟁점공사의 원가라고 주장하나, 청구법인 스스로 쟁점금액을 2016년 기말재고자산으로 계상하여 법인세를 신고한 바 있고, 이에 대하여 외부감독기관 등에서 지적된 사실이 없는 점, 청구법인이 제출한 쟁점금액 내역, 청구법인의 2016년 매출자료 만으로는 쟁점금액이 기말재고자산으로 허위로 계상되어 있다고 단정하기 어려워 보이고, 이 외에 회계장부의 진위여부를 확인할 수 있는 구체적․객관적인 증빙서류를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어, 이에 대한 청구법인의 주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (마) 따라서, 청구법인이 쟁점매출액을 신고누락한 것으로 보아 처분청이 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.