쟁점입주권은 소득세법§89②의 도정법§74에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위에 해당하며, 관리처분계획은 재건축 등 시행 후 분양되는 대지나 건축시설 등을 배분하기 위하여 수립되는 계획으로 동 계획의 인가로 취득한 쟁점입주권은 조특법§99의2에서 규정한 주택과 동일한 양도자산으로 볼 수 없어 쟁점주택분의 양도차익에 한정하여 감면하는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구인에게 한 이 건 경정청구 거부처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구인들 주장 및 처분청 의견
(1) 청구인들이 2014.1.28. 쟁점주택을 취득한 이유는 향후 양도소득세 감면을 염두에 두고 조특법 제99조의2에 따른 양도소득세 감면대상주택임을 확인하여 상당한 검토를 통해 쟁점주택을 취득하였고, 이후 기획재정부가 조특법 제99조의2에 대하여 유권해석을 통해 양도차익의 범위를 제한하였는바 이것은 납세자들의 예측가능성을 훼손하는 자의적인 해석에 해당한다.
(2) 청구인들은 감면주택을 취득하고 주택재건축정비사업조합에 주택건축을 조건으로 신탁한 후 관리처분계획이 인가된 것으로 이는 감면주택의 소유권이 멸실되거나 이전된 것이 아니므로 조특법 제99조의2에서 규정한 양도에 해당한다고 볼 수 없고, 재건축시 관리처분인가일 전후로 양도차익이 구분되는 것일 뿐이며, 청구인들은 양도의사가 없었음에도 이를 실제 양도와 동일하게 간주하여 감면범위를 제한하는 것은 청구인들이 선량한 납세자로서 의사결정을 하고 이에 대한 납세의무를 다하는 것 이상의 의무를 지우는 것이다. 따라서 기획재정부 유권해석(재산세제과-483, 2019.7.8.)은 조특법 제99조의2 과세특례규정과는 상충되고 쟁점주택분 양도차익의 전체금액을 감면소득으로 보는 것이 조특법 제99조의2의 입법취지와 목적에 부합하므로 청구인에게 한 경정청구 거부처분은 취소하는 것이 타당하다.
(1) 조특법 제99조의2는 감면대상 주택을 법정취득기간 중에 취득한 경우 “해당 주택을 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득”에 대하여 양도소득세를 감면하는 것으로 규정하고 있는바, 감면대상인 쟁점주택이 재개발·재건축 등으로 전환된 쟁점입주권의 양도소득은 원칙적으로 감면대상에 해당하지 않으나 쟁점입주권의 양도차익은 쟁점주택분(부동산 양도)과 입주권 프리미엄분(권리양도)으로 구분되므로 부동산 양도로 취급되는 쟁점주택분의 양도차익에 한정하여 예외적으로 감면함이 타당하다.
(2) 조특법 제97조에 따른 장기임대주택이 조합원입주권으로 전환되어 양도된 경우 감면소득의 범위에 관한 기획재정부 재산세제과의 유권해석에 의하면 감면소득의 범위를 사업계획승인일 현재의 양도차익에 한정하는 것(기획재정부 재산세제과-283, 2010.3.29.)으로 보았고, 재개발·재건축 등 동일한 원인으로 감면주택이 입주권으로 전환되어 양도되었다면 감면소득을 산정함에 있어 조특법 제99조의2를 조특법 제97조와 달리 볼 특별한 이유가 없으므로 감면소득이 관리처분계획인가일 전 양도차익에 한정되는 것으로 봄이 타당하다.
(1) 조세특례제한법 제99조의2(신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 주택법 제54조 에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.
② 소득세법 제89조 제1항 제3호 를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.
④ 제1항에 따른 양도소득세의 감면은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다.
⑤ 제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2020.10.7. 대통령령 제31086호로 개정되기 전의 것) 제99조의2(신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ③ 법 제99조의2 제1항 전단에서 “1세대 1주택자의 주택”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 포함하며, 이하 이 조에서 “감면대상기존주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 다음 각 호에 해당하는지를 판정할 때 1주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우 공동소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 보되, 1세대의 구성원이 1주택을 공동으로 소유하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 2013년 4월 1일 현재 주민등록법상 1세대(부부가 각각 세대를 구성하고 있는 경우에는 이를 1세대로 보며, 이하 이 항에서 “1세대”라 한다)가 매매계약일 현재 국내에 1주택(주택은 주택법에 따른 주택을 말하며, 주택법에 따른 주택을 소유하지 아니하고 2013년 4월 1일 현재 주민등록법에 따른 주민등록이 되어 있는 오피스텔을 소유하고 있는 경우에는 그 1오피스텔을 1주택으로 본다. 이하 이 항에서 “1주택”이라 한다)을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 취득 등기일부터 매매계약일까지의 기간이 2년 이상인 주택
2. 국내에 1주택을 보유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우(제1호에 따라 1주택으로 보는 오피스텔을 소유하고 있는 자가 다른 주택을 취득하는 경우를 포함한다)로서, 종전의 주택의 취득 등기일부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날(등기일을 말한다)부터 3년 이내에 매매계약을 체결하고 양도하는 종전의 주택. 다만, 취득 등기일부터 매매계약일까지의 기간이 2년 이상인 종전의 주택으로 한정한다.
⑦ 법 제99조의2 제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항을 준용하여 계산한 금액으로 한다.
⑧ 법 제99조의2에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 해당 주택의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 제11항 또는 제12항에 따라 확인하는 날인을 받아 교부받은 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
⑫ 감면대상기존주택 양도자는 2014년 3월 31일까지 2부의 매매계약서에 시장ㆍ군수ㆍ구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부를 해당 매매계약자에게 교부하여야 한다. 제40조(구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등) ① 법 제43조 제1항에 따른 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액은 소득세법 제95조 제1항 에 따른 양도소득금액 또는 법인세법 제55조의2 제1항 에 따른 양도소득(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)으로서 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하거나 취득일부터 5년이 되는 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.
(3) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 일부개정된 것) 제89조(비과세 양도소득) ② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.
④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 일부개정된 것) 제166조(양도차익의 산정 등) ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.
2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액
② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.
제1항 제2호에 따른 가액
④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.
1. 관리처분계획등에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.
2. 제1호에 따른 가격이 없는 경우에는 제176조의2 제3항 제1호, 제2호 및 제4호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액. 이 경우 제176조의2 제3항 제1호 및 제2호에서 “양도일 또는 취득일전후”는 “관리처분계획등 인가일 전후”로 본다. (5) 도시 및 주거환경정비법 제74조(관리처분계획의 인가 등) ① 사업시행자는 제72조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 분양신청의 현황을 기초로 다음 각 호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장ㆍ군수등의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 시장ㆍ군수등에게 신고하여야 한다. 제87조(대지 및 건축물에 대한 권리의 확정) ① 대지 또는 건축물을 분양받을 자에게 제86조 제2항에 따라 소유권을 이전한 경우 종전의 토지 또는 건축물에 설정된 지상권ㆍ전세권ㆍ저당권ㆍ임차권ㆍ가등기담보권ㆍ가압류 등 등기된 권리 및 주택임대차보호법 제3조 제1항 의 요건을 갖춘 임차권은 소유권을 이전받은 대지 또는 건축물에 설정된 것으로 본다.
② 제1항에 따라 취득하는 대지 또는 건축물 중 토지등소유자에게 분양하는 대지 또는 건축물은 도시개발법 제40조 에 따라 행하여진 환지로 본다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.