민간임대주택법의 개정(2020.8.18.)으로 과세기준일(6.1.) 현재 임대사업자 등록이 말소된 단기민간임대주택이 종합부동산세 합산배제 대상인지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 1998.9.14. OOO구청장(이하 “OOO구청장”이라 한다)에게 주택임대사업자로 등록을 마치고 현재까지 주택임대사업을 영위하고 있는 법인으로, OOO구청장은 청구법인이 매입하여 보유 중이던 OOO 등 단기민간임대주택 4채(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)에 대하여민간임대주택에 관한 특별법(이하 “민간임대주택법”이라 한다)의 단기민간임대주택제도 폐지에 따라 같은 법 제6조 제5항에 의한 자동말소(단기민간임대주택의 임대의무기간 4년 종료시 자동말소)를 사유로 2021.5.3. 임대사업자 등록을 말소하였다.
• 나. 청구법인은 쟁점임대주택에 대한 임대사업자 등록이 말소됨에 따라 2021.9.30. 처분청에 종합부동산세 합산배제 제외 신고를 하였고, 처분청은 쟁점임대주택이종합부동산세법제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항 제2호에 따른 합산배제 대상에 해당하지 아니한다고 보아 2021.11.9. 청구법인에게 2021년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원을 결정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.1.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 OOO구청장의 쟁점임대주택에 대한 등록말소 사실을 2021년 9월에서야 알게 되었으므로 이 건 종합부동산세의 과세기준일인 2021.6.1.에는 위 등록말소의 효력이 발생하지 아니하였다고 할 것인바, 쟁점임대주택은 과세기준일 현재 임대주택의 등록이 유효하여 합산배제 대상이다. 쟁점임대주택에 대하여 임대주택등록을 말소한 행위는 청구법인에 대하여 중대한 이해관계를 가지는 행정처분이라고 보아야 할 것임에도 불구하고, OOO구청장은 사전에 어떠한 소명기회나 예고를 하지 아니하였고, 등록말소 이후에도 전혀 고지하지 아니하였다. 청구법인은 처분청으로부터 2021년 9월경 종합부동산세 합산배제 제외 신고 요청을 받고서야 비로소 OOO구청장의 등록말소 사실을 알게 되었던바, 이 건 등록말소 처분은 2021년 9월에 효력을 발생하였다고 할 것이다. 그럼에도 불구하고 이 건 종합부동산세 부과처분은 과세기준일인 2021.6.1. 현재 임대사업자 등록이 말소되었음을 전제로 이루어졌으므로 위법하다. 설사, 등록말소 처분이 2021.5.3. 효력을 발생하였다고 하더라도, 그로부터 과세기준일까지 불과 27일의 기간 안에 쟁점임대주택을 모두 처분하지 아니하면 이 건 종합부동산세 부과처분을 피할 수 없는 상태였던바, 일반인의 경험상 거의 불가능한 조건의 이행을 강요하는 것이므로 위법하다. (2) 청구법인은 개인명의이든 법인명의이든 임의의 선택에 따라 주택임대업을 영위할 수 있는 상황에서 법인명의로 영업을 개시하였을 뿐인데, 법인명의로 하였다고 하여 개인에게 인정된 6억원의 공제를 인정하지 아니하고, 세율도 3% 대신 6%로 중과하는 것은 합리적인 차별이유를 인정하기 어려울 뿐만 아니라, 청구법인은 법인의 형식으로 쟁점임대주택을 소유한 것에 대하여 아무런 혜택을 받은 바 없었고, 오히려 공과금납부나 관리비, 조세 등에서 불이익만 받았을 뿐이다. 또한 차별이 없었던 당시의 법에 따라 사업을 개시하였음에도 소급적으로 차별을 가하는 것은 적법절차의 원칙, 법률불소급의 원칙에 반한다. 법인에 대한 종합부동산세 중과는 법인사업자가 다른 사업으로 번 소득으로 주택을 매입하여 차익을 남기지 못하게 하려는 입법의도에서 나온 것일 수 있으나, 청구법인의 경우 다른 소득이 전혀 없어 해당사항이 없다.
• 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 등록말소처분의 효력이 발생하기 이전임에도 그 효력이 발생한 것으로 보아 쟁점임대주택을 합산배제한 것은 위법하다고 주장하나, 종합부동산세법 시행령제3조 제1항에 따라 청구법인은 민간임대주택법 상 임대사업자가 아니기 때문에 쟁점임대주택은 종합부동산세법에서 규정하고 있는 임대주택 합산배제 대상이 아니므로 처분청이 청구법인의 쟁점임대주택을 종합부동산세 합산 대상으로 하여 부과한 당초 처분은 정당하다. (2) 청구법인이 임대사업을 영위함에 있어 법인을 선택함은 개인의 의사표시에 의한 결정으로, 청구법인이 주장하고 있는 동일한 목적으로 동일한 사업을 함에 있어 단지 개인명의인지 법인명의인지에 따른 중대한 차별이라고 볼 수 없으므로종합부동산세법제9조 제2항에 따른 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 민간임대주택법 의 개정(2020.8.18.)으로 과세기준일(6.1.) 현재 임대사업자 등록이 말소된 단기민간임대주택이 종합부동산세 합산배제 대상인지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 종합부동산세법 제8조(과세표준) ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제(납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체로서 제9조제2항 각 호의 세율이 적용되는 경우는 제외한다)한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표 준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본

• 다. 1.민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간임대주택, 공공주택 특별법에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택 제9조(세율 및 세액) ② 납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체(공공주택특별법 제4조 에 따른 공공주택사업자 등 사업의 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다)인 경우 제1항에도 불구하고 과세표준에 다음 각 호에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액을 주택분 종합부동산세액으로 한다.

1. 2주택 이하를 소유한 경우(조정대상지역 내 2주택을 소유한 경우는 제외한다): 1천분의 30

2. 3주택 이상을 소유하거나, 조정대상지역 내 2주택을 소유한 경우: 1천분의 60 (2) 종합부동산세법 시행령 제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 공공주택 특별법 제4조 에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조제7호 에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

2. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조제3호 에 따른 민간매입임대주택과 공공주택 특별법 제2조제1호 의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 "매입임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 민간임대주택에 관한 특별법 제2조제3호 에 따른 민간매입임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

• 가. 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원[수도권정비계획법제2조제1호에 따른 수도권(이하 "수도권"이라 한다) 밖의 지역인 경우에는 3억원] 이하일 것
• 나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것
• 다. 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법 제44조제4항 및 공공주택 특별법 시행령 제44조제3항 에 따라 정한 기준을 준용한다.

(3) 민간임대주택에 관한 특별법 (가) 2020.8.18. 법률 제17482호로 일부개정 전 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

6. “단기민간임대주택”이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

7. “임대사업자”란 공공주택 특별법 제4조제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. 제6조(임대사업자 등록의 말소) ① 시장·군수·구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다. (이하 생략) (나) 2020.8.18. 법률 제17482호로 일부개정 후 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다.

6. 삭제 <2020.8.18.> 제6조(임대사업자 등록의 말소) ① 시장·군수·구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다. (이하 생략)

⑤ 종전의 민간임대주택에 관한 특별법 제2조제5호 에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한날 등록이 말소된다. <신설>

(4) 국세기본법 제15조(신의․성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지)

① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료의 내용 등은 다음과 같

• 다. (가) 청구법인은 1996.3.4. 주택임대업 등을 목적으로 설립되어

1998. 9.14. OOO구청장에게 주택임대사업자로 등록을 마치고 현재까지 주택임대사업을 영위하고 있는 법인이다. (나) 청구법인의 임대주택 보유 현황은 아래 <표>와 같다. <표> 쟁점임대주택 OOO (다) 처분청의 과세 경위는 다음과 같다.

1. 2020.8.18. 민간임대주택법이 개정 및 시행된바, 종전 ① 의무임대기간 4년의 단기민간임대주택과 ② 의무임대기간 8년의 장기민간임대주택 중 아파트 부분에 대하여 해당 제도를 폐지하는 한편(민간임대주택법 제2조 제5호 및 제6호), 기존의 해당 임대주택은 의무기간이 종료한 날 등록이 말소되도록 규정하였다(같은 법 제6조 제5 항).

2. 종합부동산세법은 2020.8.18. 개정되어 2021.1.1.부터 시행된바, 다주택 보유법인에 대해 중과 최고세율인 6%를 적용하고, 법인의 주택분 종합부동산세액에 대해서는 기본공제 6억원과 세부담 상한을 적용하지 아니하는 것으로 개정되었으며, OOO구청장은 단기임대의무기간 4년이 만료된 쟁점임대주택에 대하여 민간임대주택법 제6조 제5항 에 따라 자동말소 처리하였다.

3. 처분청은 2021년 9월경 청구법인에게 등록임대주택 말소에 따른 종합부동산세 합산배제 “제외” 신고 안내를 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, 청구법인은 쟁점임대주택에 대한 등록말소 사실을 2021년 9월에야 알게 되어 그 무렵 등록말소의 효력이 발생하였음에도 처분청이 2021.6.1. 과세기준일 현재 등록말소를 전제로 과세하였고,종합부동산세법이 개인에게 인정한 6억원의 공제를 법인에게 인정하지 아니하는 등 합리적인 차별이유를 인정하기 어려울 뿐만 아니라, 차별이 없었던 당시의 법에 따라 사업을 개시하였음에도 소급적으로 차별을 가하는 것은 적법절차의 원칙 및 법률불소급의 원칙에 반하여 위법하다고 주장하나, 조세법률주의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장하거나 유추하는 것은 허용되지 아니하며 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정인 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 외 다수 같은 뜻임)하는바,종합부동산세법제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항을 보면 종합부동산세 합산배제가 적용되는 임대주택은 민간임대주택법 제2조 제7호 및 제5조에 따라 주택임대사업 영위를 목적으로 관할 지방자치단체체장에게 임대사업자등록을 한 자로서 과세기준일 현재소득세법또는법인세법에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 임대하고 있는 주택이어야 하는 점(조심 2016부3139, 2016.10.26. 및 조심 2021서2042, 2021.6.21. 참 고), 쟁점임대주택의 등록말소는 민간임대주택법 제6조 제3항 의 법률 규정에 의하여 직접 이루어진 것으로 지방자치단체장의 등록말소 처분의 존재나 효력 여하에 영향을 받는다고 보기는 어려운 점, 민간임대주택법 및종합부동산세법의 부칙 등에서 민간임대주택에 대한 임대사업자 등록의 자동말소에 따른 구제에 대하여 별도의 경과규정을 두고 있지 아니하여 이 건 처분이 관련 법령을 위반한 사정은 나타나지 아니하고, 법률의 헌법 위반 또는 대통령령의 법률 위반 여부는 헌법재판소나 대법원에서 심리․판단하여야 할 영역인 점, 조세법률관계에 있어서 비과세 관행에 따른 납세자의 신뢰를 보호하고 과세권의 남용을 제한하기 위한 신뢰보호의 원칙과 소급과세의 금지 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 한하여 예외적으로 적용되 는 원칙인 점(대법원 2013.12.26. 선고 20011두5940 판결 등 참 고), 조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세ㆍ재정정책을 탄력적ㆍ합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼 조세에 관한 법규ㆍ제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 구법 질서에 따른 신뢰를 바탕으로 적극적으로 새로운 법률관계를 형성하였다든지 하는 특별한 사정이 없는 한, 원칙적으로 세율의 인상 또는 과세표준의 산정방법을 변경하는 경우 등에 있어서 애초의 법령이 계속 바뀌지 않고 유지되리라고 기대하였다고 하더라도 이는 법적으로 보호되는 신뢰라고 보기 어려운 점(헌 재 2008.9.25. 선고 2007헌바74 결정 및 서울고등법원 2020.7.3. 선고 2019누 67557 판결 등, 같은 취지) 등에 비추어, 처분청이 쟁점임대주택을 종합부동산세 합산배제 대상에서 제외하여 청구법인에게 이 건 종합부동산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.