조세심판원 심판청구 부가가치세

쟁점건물 관련 매입세액을 토지 관련 매입세액으로 보아 이를 불공제한 처분의 당부

사건번호 조심-2022-서-1797 선고일 2024.03.26

매매계약서에서 ‘임대차가 아닌 명도유예’라고 기재되어 있는 것으로 보아 청구법인의 쟁점부동산 임대는 적극적으로 임대업을 영위하기 위한 것이라기 보다는 쟁점부동산 취득과정에서 발생하는 일시적인 것으로 보이는 점, 일련의 쟁점사업이 추진된 것으로 보아 쟁점부동산에서의 임대사업 영위가 전제되었다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 쟁점①매입세액은 신축건물 부지로 사용하기 위한 토지에 관련된 매입세액으로서 부가가치세법 시행령 제80조 제2호에 따른 매입세액불공제 대상에 해당한다고 판단됨

[사건번호] 조심2022서1797 (2024.03.26) [세 목] 부가 [결정유형] 기각 --------------------------------------------------------------------------------- [제 목] 쟁점건물 관련 매입세액을 토지 관련 매입세액으로 보아 이를 불공제한 처분의 당부 [결정요지] 매매계약서에서 ‘임대차가 아닌 명도유예’라고 기재되어 있는 것으로 보아 청구법인의 쟁점부동산 임대는 적극적으로 임대업을 영위하기 위한 것이라기 보다는 쟁점부동산 취득과정에서 발생하는 일시적인 것으로 보이는 점, 일련의 쟁점사업이 추진된 것으로 보아 쟁점부동산에서의 임대사업 영위가 전제되었다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 쟁점①매입세액은 신축건물 부지로 사용하기 위한 토지에 관련된 매입세액으로서 부가가치세법 시행령 제80조 제2호 에 따른 매입세액불공제 대상에 해당한다고 판단됨 [관련법령] 부가가치세법 시행령제80조 [참조결정] 조심2018서1596 / 국심2004서2038 / 국심2005서4120 / 조심2009중3755 / 조심2017서1086 / 조심2018서2250 / 조심2016중0341 [따른결정] --------------------------------------------------------------------------------- [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2018.2.20. 부동산개발 및 공급업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 2018년 제1기 부가가치세 과세기간 중인 2018.2.27. A 주식회사(이하 “A”이라 한다)와 서울특별시 금천구 가산동 OOO 외 1필지 공장용지 30,180㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 지상의 건축물(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지를합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 OOO원(토지 OOO원, 쟁점건물 OOO원, 건물 부가가치세 OOO원)에 매수하는 내용의 매매계약을 체결하여 2018.3.30. 이를 취득한 후, 2018년 제1기 부가가치세 신고 시 쟁점건물 부가가치세 OOO원(이하 “쟁점①매입세액”이라 한다)을 매입세액으로 하여 납부할 세액에서 공제하였으며, 쟁점건물은 2019.1.31.까지 임대에 제공된 후 청구법인의 ‘OOO B 개발사업’(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 위하여 2019년 12월 철거되었다. 한편, 청구법인은 쟁점사업을 추진하는 과정에서 2020.12.10. 주식회사 C(이하 “C”라 한다)로부터 분양대행수수료 명목으로 공급가액 합계 OOO원(이하 “쟁점수수료”라 한다)의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고, 2020년 제2기 부가가치세 신고 시 매입세액(OOO원, 이하 “쟁점②매입세액”이라 한다)을 납부할 세액에서 공제하였다.
  • 나. OO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2021.5.31.부터 2021.8.15.까지 청구법인에 대해 법인제세 통합세무조사를 실시한 결과, ‘쟁점①매입세액은 토지와 관련된 것이어서 공제받지 못할 매입세액에 해당하고, 쟁점세금계산서는 C가 실제 분양대행용역 제공 없이 발급한 가공세금계산서에 해당되어 쟁점②매입세액 또한 불공제 대상에 해당하는 것’으로 보아 관련 과세자료를 처분청에 통보하였다.
  • 다. 처분청은 위 과세자료에 따라 2021.10.21. 청구법인에게 2018년 제1기 부가가치세 OOO원, 2020년 제2기 부가가치세 OOO원 합계 OOO원을 경정․고지하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.12.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 건물 취득목적이 궁극적으로 동 건물과 다른 용도의 건물을 신축하기 위한 것일지라도, 취득한 건물을 통해 임대업 등 부가가치세 과세사업을 영위한 경우 그 취득이나 철거에 관련된 매입세액(쟁점①매입세액)은 공제되어야 한다. (가) 청구법인이 쟁점부동산을 취득(2018.3.30.)하고 임대에 공하다가 쟁점건물을 철거한 경위는 다음과 같다.

1. 청구법인은 2018.2.27. A과 쟁점부동산을 총 OOO원(쟁점토지 OOO원, 쟁점건물 OOO원 및 건물 부가가치세 OOO원)에 매수하는 내용의 매매계약을 체결하였는데, 당시 매도인 A은 여러 입주업체들과 임대차계약을 체결하여 쟁점부동산을 임대하고 있었으므로 기존 임대차계약상의 임대인의 지위를 그대로 승계(매매계약서 제4.1조)하기로 하고, 쟁점부동산에 기 입주되어 있는 입주업체들에게 쟁점부동산의 일부를 임대하였다. 또한 청구법인은 쟁점부동산 계약체결일에, A이 쟁점부동산 매도 이후에도 쟁점부동산에서 현재의 사업을 계속 영위하도록 하게 하기 위하여 A에 2018.3.31.부터 2019.1.31.까지 쟁점부동산의 일부를 임대하는 계약을 체결하였으며, 쟁점부동산 임대와 관련하여 3개 과세기간(2018년 제1기, 2018년 제2기 및 2019년 제1기)에 걸쳐 부가가치세를 신고·납부하였다.

2. 청구법인은 쟁점토지상에 OOO를 건설하여 이를 분양 또는 임대하는 사업(쟁점사업)을 추진하려고 쟁점부동산을 취득하였는데, 해당 사업은 공장, 기숙사, 근린생활시설, 업무시설, 운동시설 등을 포함하여 지하 5층/지상 27층, 연면적 약 26만㎡의 규모에 이르는 대규모 공사를 통해 이루어질 예정이었으며, 관계 법령 및 유관기관 등에 따라, 약 14건의 각종 인·허가, 심의, 승인절차 등(이하 “인·허가”라 한다)이 요구되었다. 청구법인은 유관기관의 인·허가 심사 관련 위험 및 경기 변동 등에 따라 수시로 변하는 사업 수익률 등을 고려하여, 일단 당초 수립한 목표대로 사업을 진행하되, 청구법인의 계획에 따른 수준의 OOO 건립 인·허가가 불투명하거나, 경기 예상치에 변동이 발생하는 등 예상 수익률 달성이 어려워질 경우 쟁점건물을 철거하지 아니한 채로(또는 일부 건물 설비 등 보강 후) 쟁점부동산을 다시 매각하는 방안까지 고려하였다.

3. 청구법인은 쟁점부동산에 대한 잔금지급일(2018.3.30.) 전인 2018.3.29. 한국산업관리공단에 2019년 초부터 부지조성(철거공사 등)을 시작하는 것을 내용으로 하는 사업계획서를 첨부하여 OOO 설립승인 신청서를 제출하였으나, 다수의 서울특별시 건축위원회의 지적사항에 따른 수차례의 보완서 제출 등의 절차로 인해 2019년 4월까지 해당 심의가 지연되어, 결과적으로 청구법인은 2019.5.27.이 되어서야 건축허가신청을 하여 2019.11.28 건축허가를 득하였고, 임대용역에 사용되던 쟁점건물을 2019년 12월에 비로소 철거하였다. (나) 토지에 관련된 매입세액 규정인 부가가치세법 시행령제80조 제2호는 이 건에 적용하기 어렵다.

1. 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 에서 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액은 매출세액에 공제하지 아니한다고 규정하면서, 같은 법 시행령 제80조에서 그 토지의 유형을 열거하고 있는데 이는 모두 토지의 실질적 가치를 형성하거나 증가시키는 데 필요한 항목들로, 그 지출액들은 회계처리상 토지의 장부가액에 포함될 수 있는 것들이다. 이는 토지 자체가 면세재화이므로 그 가치를 형성하거나 증가시키는 지출에 관련된 매입세액도 불공제대상으로 하겠다는 취지로 이해된다. 2) 부가가치세법 시행령제80조 제2호에서의 “건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우”의 의미는 건축물이 있는 토지를 취득한 후 건축물을 어떠한 용도(예를 들어, 임대)로든 사용하지 않음을 전제로 하는 것으로 이해된다. 이와 관련하여, 대법원은 “법령의 연혁, 취지 및 문맥 등에 비추어 보면, 매입세액 불공제대상으로서 ‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우’에서의 ‘토지만을 사용하는 경우’라 함은 토지를 나대지로 사용하는 경우뿐만 아니라 신축건물의 부지로 사용하는 경우를 포함한다”라고 판시(대법원 2008.2.1. 선고 2007두2524 판결)하였으며, 전심인 서울고등법원 2006.12.22. 선고 2006누3386 판결에서는 “‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우’라 함은 이 사건과 같이 건물을 신축하기 위해 기존건물이 있는 토지를 취득하여 당해 기존건물을 사용하지 않은 채 철거하는 경우도 포함되는 것”이라고 판시하였는바, 이는 건축물이 있는 토지를 취득하여 기존의 건축물을 곧바로 철거하지 않고 어떠한 용도로든 사용한다면, 부가가치세법 시행령제80조 제2호의 ‘건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우’에 해당하지 않음을 의미한다 할 것이다.

3. 법원, 조세심판원 및 기획재정부 등은 ‘건물을 취득할 당시부터 철거목적이 있었다는 이유만으로 동 건물의 매입세액을 토지 관련 매입세액으로 볼 수 없음은 명백하며, 건축물의 취득목적이 궁극적으로는 동 건축물과 다른 용도로 신축하기 위한 것일지라도, 해당 건축물을 통해 임대업 등 부가가치세 과세사업을 영위한 경우 그 취득이나 철거에 관련된 매입세액은 공제되어야 할 것’으로 판단하였다(대법원 2011.11.24. 선고 2011두19567 판결, 조심 2018서1596, 2018.12.24., 조심 2016중341, 2016.5.19., 국심 2004서2038, 2004.10.29., 국심 2005서4120, 2006.4.27., 기획재정부 부가가치세제과-610, 2018.10.1., 국세청 서면-2021-법령해석부가-80, 2021.4.29.).

4. ① 청구법인은 쟁점건물 취득 후 이를 사용하지 않고 철거한 것이 아니라, 상당기간(3과세기간)에 걸쳐 임대(과세사업에 사용)하였고, ② 쟁점사업을 위해 철거 예정 건축물을 취득하고 부동산개발사업 절차(인·허가 등)가 확정될 때까지 상당기간이 소요되었으며, ③ 쟁점부동산의 매도인인 A 역시 청구법인으로부터 수령한 부가가치세를 매출세액으로 신고·납부하였는바, 기존 선결정례 등에서 토지와 건물을 취득하고 추후 해당 건물을 철거한 경우 당초 건물에 대한 매입세액을 공제하여야 할 매입세액으로 본 사정은 이 건에도 그대로 적용된다.

5. 특히 쟁점부동산 매매계약에 따르면, 청구법인은 ① 청구법인의 귀책으로 인하여 2018.3.31.까지 A과 임대차계약을 체결하지 못하거나 계약이행을 하지 못하여 A에 손해가 발생한 경우 그 손해를 배상할 의무, ② A의 임대차계약 연장 요구로 인하여 청구법인에 손해가 발생하더라도 그에 대한 책임에서 A을 면책할 의무, ③ A이 요구하는 수준으로 임대목적물에 대한 재산종합보험 및 배상책임보험에 가입하고 임대차 기간 종료일까지 유지할 의무를 부담하는 것을 알 수 있는데, 이처럼 청구법인은 쟁점건물을 취득하기 이전부터 최소한 2019.1.31.까지는 이를 철거할 수 없고 반드시 의무적으로 A 등에게 임대용역을 제공하여야 한다는 사실을 인지한 채 매매계약을 체결하였고, 취득 후 실제로 ‘기존 임차인 및 A에 쟁점건물 임대, 재산종합보험 및 배상책임보험 가입 및 유지 등’ 임대사업활동을 수행하였으므로 쟁점건물 취득과 관련하여 임대사업 목적을 부인하거나 단순히 철거 후 토지만을 사용하기 위한 것이라 보기는 어렵다.

6. 또한 청구법인은 쟁점건물을 임대함에 따른 임대료 수익에 대해 부가가치세 매출세액을 적법하게 신고·납부하였는바, 그러한 부가가치세 과세사업에 사용된 쟁점건물의 취득에 대하여 부가가치세 과세거래로 인정하지 않는 것은 부가가치세법 체계에 비추어 보아도 합리적이지 않다 할 것이다. (다) 2022.2.15.자로 신설된 건축물 공급가액에 대한 규정인 부가가치세법 시행령 제64조 제2항 제2호 규정과의 조화로운 해석이 필요하다.

1. 정부는 2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정 시 부가가치세법 시행령 제64조 제2항 제2호 를 신설하여 “토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우” 건물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 하도록 하였다. 이는 건물이 있는 토지를 취득하여 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우 그 실지거래가액을 인정함으로써 토지 및 건물 등에 대한 과세기준을 합리화하기 위한 것이라 할 것이다(국세청 사전-2023-법규부가-0074, 2023.6.12.).

2. 본 사안의 쟁점이 되는 부가가치세법 시행령 제80조 제2호 또한 “건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우” 철거한 건축물의 취득과 관련된 매입세액을 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 보아 공제대상에서 제외하도록 규정하고 있으므로, 건물 등의 실지공급가액을 공급가액으로 인정할 것인가와 마찬가지로 건물 등의 매입세액 공제 여부 또한 쟁점부동산의 궁극적 취득목적이 아닌 쟁점건물의 실제 사용내용에 따르는 것이 조화로운 해석이다.

3. 이와 달리 매입세액 공제 여부를 처분청 의견과 같이 부동산의 취득목적에 따라 판단할 경우, 쟁점건물 공급에 대하여 공급하는 자(A)에게는 실제 사용현황에 따라 매출세액을 거래징수하도록 하면서 공급받는 자(청구법인)에게는 실제 사용현황과 달리 쟁점건물 취득목적에 따라 매입세액을 불공제하는 불합리한 결과를 초래하며, 나아가 건물 등의 공급가액을 건물 등의 실제 사용현황이 아닌 공급받는 자의 취득목적에 따라 판단하도록 한다면, 취득 이후의 부득이한 사정으로 인하여 당초 취득목적과 실제 사용현황이 달라지는 경우 그 기준이 모호하여 납세의무자를 법적 불안정성에 놓이게 한다 할 것이다.

(2) 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 쟁점②매입세액을 불공제한 처분은 부당하다. (가) 청구법인이 2020.9.11. C와 ‘상업시설에 대한 분양대행용역계약’(이하 “쟁점분양대행계약”이라 한다)을 체결하고 2020.12.3. C에게 분양대행수수료인 쟁점수수료(OOO원)를 지급하게 된 경위는 다음과 같다.

1. 쟁점사업은 청구법인(시행사)의 D 대표 및 E(시공사)의 컨소시엄 형태로 수행되는 개발사업으로, 쟁점사업으로 발생하는 최종 사업이익금은 청구법인 및 E에 각각 50%씩 귀속되는 것을 원칙으로 하되, 개발사업의 최종 사업이익금이 OOO원 이하인 경우 E은 OOO원을 최소 보장수익으로 확보하며, 청구법인은 나머지 잔액을 수익금으로 확보할 수 있도록 하였다(청구법인과 E 간의 사업협약서 제2조).

2. 쟁점사업은 OOO B(이하 “ B”이라 한다)의 지식산업시설, 업무시설 및 상업시설을 판매하여 수익을 얻는 것을 주된 목적으로 하는바, D 대표 및 E은 지식산업시설과 업무시설의 경우 일반분양의 방식으로 판매하고 상업시설의 경우 부동산 펀드를 유치하여 펀드에 상업시설을 일괄매각 후 동 펀드와 ‘상업시설 위탁운영계약’을 체결하여 상업시설을 위탁운영하기로 하였고, D 대표는 2019년 2월부터 F, G 등과 부동산 펀드를 유치하여 상업시설을 일괄매각하는 방안에 대하여 협의하였으나, 코로나19 사태 및 상업용 부동산 시장 경기 침체로 인하여 2020년 5월에 이르기까지 부동산 펀드 유치를 성공하지 못하는 상황에 이르게 되었다.

3. E은 공사대금 및 최종 사업이익금을 확보하고자 상업시설도 일반분양 방식으로 판매하는 방안을 검토하였으나, D 대표는 E과 달리 B 상업시설 운영을 통한 장기적인 투자이익 확보를 위하여 일반분양 방식이 아닌 일괄매각 방식으로 진행하기를 원하였다. 이에 D 대표는 ① 자산운용사들과 함께 부동산 펀드를 조성하여 B 상업시설을 일괄매각, ② 부동산 펀드에 후순위 투자자로 참여, ③ 부동산 펀드와 위탁운영계약을 맺어 상업시설을 직접 운영하는 방안을 모색하였으며, E 또한 단기적으로는 코로나19 사태로 인한 상업용 부동산 시장 침체로 자금조달이 어려울 수 있으나, 부동산 펀드를 조성하여 B 상업시설을 직접 운영하는데 성공할 경우 장기적 관점에서 부동산 가치 상승의 이익을 얻을 가능성이 높을 것으로 기대하였고, 이에 D 대표의 제안에 동의하여 2020년 12월 ‘서울시 금천구 가산동 B 상업시설 일괄매각 업무협약’(이하 “일괄매각업무협약”이라 한다)을 체결하였다.

4. 2020.11.26.경 일괄매각업무협약 초안 작성 당시, D 대표는 상업시설 매수자를 C로 지정하고자 하였으나 E 입장에서는 D 대표가 일괄매각 방안에 성공하지 못할 경우 상업시설 매각대금 지급의 지연으로 인하여 공사대금 및 최종 사업이익금을 지급받지 못할 우려가 있었던바, 이에 D 대표 소유 법인 중 재무상태가 가장 양호한 주식회사 H(이하 “H”라 한다)가 1차로 상업시설을 일괄매수하여 계약금, 중도금 및 잔금으로 나누어 매각대금을 청구법인에게 지급하도록 변경하되, 상업시설 입주지정기간 만료일 전 상업시설 일괄매각에 성공하지 못하여 매매대금의 완납이 불가능할 경우 청구법인과 H 간의 상업시설 매매를 해제한 후 일반분양 등의 방식으로 상업시설을 매각하기로 하고 그에 소요되는 비용은 전액 D 대표 측이 부담하는 것으로 하여 일괄매각업무협약을 최종 확정하였다.

5. D 대표는 상업시설 일괄매각 방안을 마련하는 과정에서 D 대표가 보유한 C를 통하여 부동산 펀드 유치, 상업시설 일괄매각 및 일괄매각 실패 시 분양대행업무를 수행하기로 하였고, 이에 2020.9.11. 분양대행사인 C, 시행사 청구법인, 시공사 E 등 3자는 상업시설의 쟁점분양대행계약을 체결하여 C가

① 상업시설 분양대행 및 계약 업무보조(1호, 2호), ② 수분양자 분양대금 납부 및 융자관련 지원업무(3호), ③ OOO 계획 수립 및 OOO 유치 컨설팅 업무(4호), ④ 펀드매각 업무 및 알선(5호) 등의 용역을 제공하고, 청구법인과 E은 C에게 위 용역 제공의 대가로 상업시설공급가액의 9%인 OOO원(부가가치세 포함, 쟁점수수료)을 지급하기로 하였다.

6. 청구법인, E, H는 2020.12.1. 일괄매각업무협약을 체결하면서, ① 상업시설을 H가 일괄매수하고, ② 그 매매대금은 부가가치세를 포함하여 OOO원으로 정하며, ③ 계약금 및 중도금은 H가 청구법인에게 지급하되, 준공 이전까지 펀드매각을 재추진하기로 하고, ④ 상업시설에 대한 매각이 이루어지지 않는 경우 E이 매매계약을 해제할 수 있도록 하였으며, ⑤ 시공 업무 및 시공에 따른 수익은 E이, 상업시설 일괄매수 업무 및 일괄매수한 상업시설을 펀드 등에 재매각 시 그에 따른 수익은 H 측이 각 보유하고, C가 분양대행에 따른 용역(일괄 매각 관련 용역)을 제공하여 용역수수료를 수수하도록 하였다. 이에 C는 2020년 7월경부터 2020년 9월경까지 시공사인 E과 상업시설에 대한 우선 H로의 일괄매각 및 향후 펀드매각 방안을 협의하는 등 용역계약에 따른 업무를 수행하였는바, 상업시설 매각과 관련하여 변경된 사업구조는 아래 <표1>과 같다. <표1> 상업시설 매각 관련 최초 및 현재 사업구조 7) 청구법인은 2020.12.3. H와의 사이에 상업시설(135건의 물건) 전체를 일괄매각하는 계약을 최종적으로 체결하였고, 이에 C는 쟁점분양대행계약 제4조에 따라 청구법인으로부터 쟁점수수료를 수수한 후 청구법인을 공급받는 자, 공급가액을 OOO원으로 하여 세금계산서를 발급하였으며, 청구법인은 2020년 제2기 부가가치세 신고 시 쟁점수수료 관련 부가가치세를 매입세액으로 공제하였다.

8. C는 이후에도 ㈜I와의 2021.4.8.자 ‘J 브랜드 및 공간 기획 업무’ 위탁계약, ㈜K와의 2022.4.1.자 ‘콘텐츠&서비스 개발 컨설팅’ 업무 위탁계약 등을 체결하여 양사와 함께 OOO 계획 수립 및 OOO 유치 컨설팅 업무를 수행하고 있고, 2021.12.14. G에 ‘펀드 투자요청 업무에 관한 공문’을 발송하여 청구법인이 펀드 매각 업무를 위임받아 진행하고 있다는 점을 공지하였으며 상업시설 임차 브랜드의 대략적 윤곽이 확정되는 2022년 10월경부터 ‘부동산 펀드 유치 및 상업시설 일괄매각’ 업무를 수행할 예정이고 상업시설 입주지정기간 만료일 전 일괄매각에 성공하지 못할 경우 분양대행업무까지 수행할 예정이다. (나) 쟁점세금계산서는 쟁점분양대행계약 체결과 관련하여 법률에 따라 적정하게 수수된 것이다. 1) 계속적 용역 공급계약에서 당사자들은 용역대가의 지급 시점을 합의할 수 있고, 그 경우 부가가치세법은 대금 지급 시점에 세금계산서를 수수하도록 규정하고 있는바, 쟁점분양대행계약과 같이 ‘공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우’에 있어, 부가가치세법은 제16조 제2항 및 동법 시행령 제29조 제1항 제4호에서 '용역제공 시점'이 아닌 ‘그 대가를 받기로 한 때’를 공급시기로 보고 있는바, 결국 객관적인 방식에 따라 대가를 받은 때(이 건의 경우 2020.12.3.)에 수수된 쟁점세금계산서 역시 적법하다. 2) 대법원은 쟁점수수료와 유사한 분양대행수수료의 손금 또는 필요경비의 인정 여부에 관한 사안에서 이미 여러 차례 동일한 취지로 ‘분양대행계약이 체결되고 그에 따른 분양대행수수료가 지급되었다면 이를 부인할 수 없다’고 판단한바 있다(대법원 2013.2.15. 선고 2012두942 판결, 대법원 2013.12.27. 선고 2013두19356 판결 등 다수). 특히 해당 판결은 특수관계자 간에 체결된 분양대행계약이었음에도 불구하고 대법원이 분양대행수수료를 필요경비로 부인할 수 없다고 보았는데, 쟁점분양대행계약의 경우에는 E이라는 국내 굴지의 건설사이자 특수관계 없는 제3자가 당사자로 참여하였던 계약이므로 쟁점수수료는 더더욱 정당한 비용에 해당하여 그 실체성을 부인할 수 없다. (다) C는 분양대행용역 등을 수행할 인적설비를 갖추고 있으며, 실제로 쟁점사업 외의 업무실적 또한 보유한 법인으로, 쟁점분양대행계약 체결 당시는 물론 현재까지도 쟁점분양대행계약의 핵심인 펀드매각 업무를 비롯해 OOO 계획 수립 및 OOO 유치, 기타 분양에 따른 제반 업무를 추진할 역량을 충분히 보유하고 있고, 계속적으로 상업시설에 대한 분양대행 등 용역을 제공할 예정이다.

1. 상업시설 분양대행 및 계약 업무보조(쟁점분양대행계약 제2조 제1호 및 제2호)와 관련하여, C 소속 D 대표의 주도하에 H에 대하여 상업시설 전체에 관한 일괄매각 업무를 완료하였으며, 향후 펀드 매각 시까지 계속적으로 분양 대행 등 업무를 수행할 예정이다.

2. 또한, 수분양자 분양대금 납부 및 융자관련 지원업무(제3호)와 관련하여, C는 2020년 12월 상업시설 분양 당시 H에 대한 계약금 상당의 대출을 실행하여 일괄매각에 따른 대금 납부 업무를 지원하였으므로 당해 대출 및 매각 결과만을 놓고 보더라도 해당 용역 제공의 실재성을 부인할 수는 없다.

3. OOO 계획 수립 및 OOO 유치 컨설팅 업무(제4호)와 관련하여, C는 L 유한회사(이하 “L”이라 한다)와 컨설팅 업무를 추진하였으며, 현재도 주식회사 M(이하 “M”라 한다)의 컨설팅에 따라 지속적인 OOO 조성 및 OOO 유치 업무를 추진 중이다. 예컨대 C는 가장 최근인 2021.11.3.경에도 M에 대하여 청구법인과 M가 체결한 용역계약에 따른 중간보고회를 실시할 예정이라고 하면서 보고자료 제출을 요청하는 공문을 발송하였는데, 해당 공문에는 쟁점분양계약 및 일괄매각업무협약 등 경과와 C가 업무를 위임받았다는 내용이 포함되어 있다.

4. 나아가 펀드매각 업무 및 알선(제5호)과 관련하여서도, C는 기존에 펀드매각 협상의 상대방이었던 N 및 G과의 펀드매각 업무를 지속적으로 추진 중에 있다. 실제로 C는 2021.11.3. G에 대하여, 준공일정에 맞추어 상업시설에 대한 펀드 투자요청 업무에 대한 협의를 재개한다는 의사표시를 하는 공문을 발송하였는데, 해당 공문에도 쟁점분양대행계약 및 일괄매각업무협약 등 경과와 C가 해당 업무를 위임받았다는 내용이 포함되어 있다.

5. 이처럼 C는 2021년 기준으로 D 대표(2021년 2월), O 차장(2021년 6월), P 팀장(2021년 6월), Q 부장(2021년 11월), R 상무(2021년 11월) 등 임직원을 고용하여 급여를 지급하는 등 인적 설비를 갖추어, H에 대한 상업시설 일괄 매각 이후에도 여전히 펀드에 매각하는 방안을 추진 중에 있으며, 현재도 상업시설 OOO 및 상가 임차인들과의 계약 컨설팅 등을 통해 B의 상업시설의 사업 이익 증대에 공헌하고 있는바, 그 전제가 되는 분양대행용역의 실재성을 부인할 근거가 달리 없다. (라) C는 청구법인 외에게도 용역을 제공하고 있고, 청구법인 역시 쟁점사업과 관련하여 지식산업시설, 창고, 기숙사에 대해서는 다른 분양대행사로부터 용역을 제공받고 있다.

1. C는 정상적으로 분양대행용역을 수행하는 법인으로, 2021년 중 청구법인과의 쟁점분양대행계약 외에도 다른 상업시설 개발 사업 관련 분양대행용역계약을 체결(2021년말 ‘OOO 분양대행업무’ 수행)한바 있고, 또한 청구법인은 쟁점사업과 관련하여 오로지 C와만 형식적으로 상업시설에 대한 분양대행용역계약을 체결한 것이 아니라, ㈜S, ㈜T, ㈜U, E과 지식산업시설/창고/기숙사에 대한 분양대행용역계약을 체결하였다.

2. 즉, 쟁점분양대행계약은 C 가 정상적으로 목적사업을 영위하는 활동 중 하나에 해당하고, 청구법인 입장에서도 쟁점사업을 수행하는 과정에서 여러 분양 관련 대행업체들과 정상적으로 체결한 계약 중 하나인 것으로, 달리 이 건 분양대행용역만 그 실재성을 부인하는 것은 부당하다. (마) 쟁점 수수료는 특수관계자들 간에 임의로 정한 것이 아니라, 제3자 법인인 E 등 각 계약당사자의 이해관계를 반영하여 최종 결정된 것이고, 그 용역수수료율은 부동산개발업계의 통상적인 용역수수료율 범위 내에서 산정되었다.

1. 청구법인, C 및 E은 2020.9.11. 상업시설에 대한 쟁점분양대행계약을 체결하면서, 분양대행수수료를 근린생활시설 공급가액의 9%(부가가치세 포함)인 OOO원으로 정하였는데, 청구법인과 E이 2019.8.30. 체결한 사업협약에 따르면, E과 청구법인은 분양대행수수료 등을 차감한 최종 사업이익금을 50:50으로 분배하기로 하였으므로, 분양대행수수료의 유무 및 금액의 크기는 E이 분배받을 사업이익금에도 직접적인 영향을 미치는바, 따라서 E 입장에서는 실제 제공된 용역이 없어 지급할 의무가 없거나 경제적으로 비합리적인 금액을 분양대행수수료로 지급할리 만무하며, 이 또한 이 건 분양대행용역이 가공거래가 아니라는 점을 명확히 뒷받침한다.

2. B과 같은 OOO 근린생활시설 분양과 관련된 수수료는 5% 내지 11% 정도, 일반 상업시설 분양대행수수료는 최소 6.5%에서 최대 15%까지 형성되었으며, 또한, H가 시행사로서 사업을 수행한 OOO와 관련하여 분양대행사(제3자)와 합의한 분양대행수수료는 15%, OOO 관련 분양대행수수료는 9%였음을 알 수 있는바, 이와 같이 부동산개발업계의 상업시설에 대한 통상적인 분양용역수수료율은 공급가액의 10% 내외이므로 쟁점수수료(부가가치세 제외 8.2%, 부가가치세 포함 9%) 또한 통상적인 용역수수료의 범위 내에 있음을 알 수 있다.

3. 또한, 쟁점수수료의 산정은 최종 분양 결과, 즉, 개별 상업시설 분양 결과에 1:1로 대응하는 방식이므로 그 수수료는 객관적인 수치에 근거하여 결정된다. 즉, 상업시설 전체가 청구법인으로부터 H에 일괄매각되었기 때문에, 쟁점분양대행계약 제2조에 따라 각 분양대가의 약 8.2%(부가가치세 별도)로 산정된 총 용역수수료가 지급된 것인바, 이처럼 쟁점수수료가 계약에 따라 합리적이고 정상적으로 산정된 것이어서 분양대행용역의 대가로서 그 실재성이 있다 할 것이다. (바) C를 쟁점분양대행계약에 따른 용역 제공자로 지정한 법률관계는 존중되어야 하며, 이와 관련하여 어떠한 조세의 회피나 탈루도 발생한바 없다.

1. 전단계 매입세액공제법을 근간으로 하는 부가가치세법은 당사자가 선택한 법률관계를 기본으로 하여 공급자에게 세금계산서 발급의무를, 공급받는 자에게 세금계산서 수취의무를 각 부과하는 등 순차적·쌍방적 조정이 이루어지는 세법 분야로, 과세관청이 당사자들이 선택한 유효한 거래관계를 함부로 재구성하게 되면, 쌍방 조정이 이루어지는 부가가치세 과세체계의 근저가 흔들릴 위험이 있고, 거래관계를 불안정하게 할 수 있는바, 이와 같은 부가가치세법의 특수성을 고려하면, 부가가치세법을 해석·적용함에 있어서는 다른 조세법 분야에 비해 더욱 더 당사자들이 선택한 거래형태를 존중해 주어야 할 필요가 있다 할 것이다(대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 판결, 대법원 2017.4.7. 선고 2015두49320 판결, 대법원 2017.12.22. 선고 2017두57516 판결 등).

2. 청구법인 및 V를 포함한 H 그룹의 사업을 실질적으로 지배하는 D 대표는, C를 부동산 개발 전문회사로 성장시키려는 목적에서 이 건 분양대행용역의 수급인으로 지정하여 쟁점분양대행계약을 맺었고, C는 쟁점분양대행계약 제2조(용역업무의 범위), 제6조(“을”의 이행사항), 제8조(광고선전비 및 운영비), 제9조(분양업무관리), 제10조(계약 해지 및 해지시 처리방법) 및 제12조(홍보업무)에 따라 수급인으로서 분양대행용역의 제공, 분양전환 시 광고선전비 및 운영비 부담 의무, 손해배상 의무 등을 부담하며, 제4조(분양대행 용역 수수료)에 따라 분양대행용역의 제공 대가로 용역수수료를 수취할 권리를 가지는바, 쟁점분양대행계약상 용역에 대한 권리 및 의무를 가지는 적법한 수급인으로 존중되어야 한다.

3. 아울러 V는 청구법인 및 E과 쟁점분양대행계약을 맺어 분양대행 등 용역을 제공하기로 하면서 그 대가로 분양대행수수료를 수취하면서, 법인세법부가가치세법 규정에 따라 세금계산서 발행, 부가가치세 신고 및 납부, 법인세 신고 및 납부 의무를 적법하게 이행하는 등 어떠한 조세회피 행위도 하지 않았으므로 상기 판례의 법리가 적용되어야 할 당위성이 인정된다 할 것이다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 쟁점부동산 취득 목적, 취득 후 쟁점건물의 사용현황, 수취한 임대료 등 제반 사실관계를 종합할 때 쟁점건물의 임대는 부동산임대업 영위 목적이 아니라 건물 철거 전 일시적인 것에 불과하므로 쟁점①매입세액은 토지 관련 매입세액으로 불공제대상이다. (가) 관련 예규, 조세심판원 결정 및 판례(국세청 예규 부가가가치세과-1320, 2011.10.24., 조심 2009중3755, 2009.12.21., 조심 2017서1086, 2017.6.22., 조심 2018서2250, 2019.6.13., 부산지방법원 2021.9.17. 선고 2021구합21067 판결 등)에 의하면, 건축물 매입 부가가치세 매입세액이 토지관련 매입세액에 해당하는지 여부는 단순히 건물이 ‘임대에 사용’되었는지 여부만을 가지고 판단하지 않고 그 당초 취득목적, 그 임대기간, 제반 사업양태 등을 종합적으로 보아 건물매입의 경제적 실질을 가지고 판단하고 있다. (나) 청구법인은 대표자 D이 쟁점사업 시행을 위해 2018.2.20. 설립한 법인으로, 쟁점사업 추진과 관련하여 B 신축부지를 확보하기 위하여 쟁점부동산을 매입한 것이지 쟁점건물을 임대사업에 사용하거나 매각할 계획이 전혀 없었다.

1. 청구법인의 대표 D은 2017년 A이 쟁점부동산 매각을 추진하고 있다는 사실을 알고, 그 입지가 OOO 신축에 적합하다고 보아 신축부지 조기 확보를 위해 쟁점부동산을 매입하였는바, 이는 쟁점사업의 실무책임자 W의 문답서 등에서 확인된다.

2. 청구법인은 2018.3.20. 한국산업단지공단에 쟁점부동산에 대한 처분신고를 하고 입주계약을 체결하면서 ‘청구법인은 부동산 임대업자가 아니며 OOO 부지 조기 확보를 위해 쟁점부동산을 매입하는 것이나 기존 입주업체의 이전에 소요기간이 필요하므로 기존 임대차계약상의 임대차기간을 조건부로 임대인의 권리와 의무를 승계한 것일 뿐이며, OOO 건립 유예는 한시적인 유예로 임차업체 명도 시 OOO 건립을 바로 추진할 것임’을 한국산업단지공단에 설명하고 있다. (다) 청구법인의 쟁점건물 임대(2018년 4월부터 2019년 1월까지)는 정상적인 임대사업 영위가 아니라 매도인의 사전 매각조건에 따른 명도유예로서 쟁점건물 철거 전 일시적인 임대에 불과하다.

1. 매도인 A과의 임대차계약의 실질 내용은 새로운 임대차계약이 아니라 기존 건물에 명도유예에 해당한다. 쟁점부동산 매매계약서상 ‘매도인과의 임대차계약은 상가임대차보호법상의 임대차가 아닌 명도유예로 본다’고 명기되어 있으며 쟁점사업 실무책임자인 W 사업본부장 역시 매도인 A이 2019.1.31. 이후에는 임대차기간을 연장하지 못하도록 매매계약서상 임대차계약을 명도유예라고 명기하였다고 진술한바 있다.

2. 또한 청구법인이 매도인(A)으로부터 매우 낮은 수준의 임대료(㎡당 OOO원)를 수취한 점, 매도인의 협력 입주업체에 대한 임대차계약 연장 없이 2018년 10월 이전에 모두 퇴거시킨 점, 퇴거 이후 새로운 임차인을 받지 않는 점을 보더라도 청구법인이 정상적인 임대사업을 영위하였다고 보기 어렵다. (라) 청구법인 스스로 쟁점건물 매입세액은 공제받지 못할 세액이라는 것을 인지하고 있었다.

1. 청구법인은 2019년 제2기 부가가치세 신고 시 쟁점건물의 ‘철거비용 관련 매입세액(OOO원)’을 공제받지 못할 매입세액으로 부가가치세를 신고하였는바, 이를 보더라도 쟁점①매입세액은 공제받지 못할 매입세액으로 보는 것이 타당하다.

2. 또한 세무대리인과 쟁점사업 컨소시엄 참여자인 시공사 E이 쟁점건물 매입세액은 토지 관련 매입세액으로 매입세액 공제가 불가하다고 자문한 점, 청구법인이 시공사와 상의 없이 쟁점건물 매입세액을 공제받아 시공사는 쟁점건물 매입세액을 사업부지 취득원가에 반영하여 쟁점사업의 사업수지를 계산하고 있는 점 등을 볼 때 청구법인 스스로 쟁점건물 매입세액은 공제받지 못할 세액이라는 것을 인지하고 있었다 할 것이다. (마) 이 건과 사실관계가 유사한 사례(대법원 2008.2.1. 선고 2007두2524 판결, 부산지방법원 2021.9.17. 선고 2021구합21607 판결)에 비추어 보아도 쟁점①매입세액은 토지 관련 매입세액에 해당하고, 청구법인이 제시한 사례(조심 2018서1596, 2018.12.24.)는 임대사업을 영위할 목적으로 건물을 취득한 것과 관련된 것으로, 당초부터 임대목적이 없이 쟁점부동산을 취득한 이 건과 그 사실관계가 유사하지 않아 적용하기 어렵다. (바) 한편, 청구법인은 쟁점건물 매입세액이 공제 가능한 매입세액이란 근거로 2021.12.8. 개정된 부가가치세법 시행령 제64조 제2항 제2호 를 제시하고 있으나, 동 시행령의 개정취지는 일괄 공급된 토지․건물에 대해 ‘건물이 있는 토지를 취득하여 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우’에 건물 공급가액을 사업자가 구분한 실지거래가액으로 하도록 정하여 과세기준을 합리화한 것으로서 쟁점건물 매입세액의 토지 관련 매입세액 해당 여부 판단과는 전혀 관련이 없다 할 것이다.

(2) 쟁점세금계산서는 청구법인이 실제 분양대행용역을 제공받지 않고 수취한 가공세금계산서에 해당한다. (가) 쟁점사업 초기부터 상업시설은 청구법인이 펀드에 일괄매각하기로 계획되어 있었으며, 상업시설 일괄매각으로 별도의 분양대행 용역은 필요하지 않았다.

1. 상업시설은 청구법인이 펀드에 일괄매각하기로 계획되어 있었고 해당 업무는 청구법인이 수행하였다. 즉 청구법인과 시공사인 E은 상업시설에 대한 분양대행 수수료는 지출하지 않아도 되는 비용으로 구분하여 사업성을 분석하였으며, 상업시설을 제외한 지식산업시설, 기숙사 등 나머지 물건에 대해서만 분양대행사를 선정하여 일반 분양을 진행하였다.

2. 당초 계획했던 상업시설에 대한 펀드 일괄매각이 여의치 않자 청구법인의 대표 D은 2020년 7월 본인 및 본인의 자녀가 지분 100%를 보유하고 있는 C를 상업시설 일괄매수자로 지정하여 시공사인 E과 상업시설 매각 업무를 추진하였는데, 2020년 12월 상업시설 매매계약 체결 직전에 갑자기 상업시설 일괄매수인을 C에서 H로 변경하고 C를 상업시설에 대한 분양대행사로 변경하여 청구법인과 시공사인 E 등은 상업시설 일괄매각업무협약을 체결하였다.

3. C는 상업시설 일괄매각에 대한 어떠한 용역도 수행하지 않는 상태에서 2020.12.3. 청구법인으로부터 상업시설에 대한 분양대행수수료 명목으로 쟁점수수료를 지급받았고, 동 금액은 H의 상업시설 일괄매수 계약금으로 사용되었다.

4. 2021.1.11. 청구법인과 C 간에 수수된 쟁점세금계산서는 청구법인의 대표 D의 지시에 의하여 H에서 작성되었고, 상업시설 분양대행계약서는 2021년 2월 청구법인의 부가가치세 환급과 관련하여 세무대리인의 요청에 따라 2020.9.11.로 소급하여 작 성되었는바, 이와 같이 청구법인이 H에 상업시설을 일괄매각한 것은 청구법인과 시공사인 E 간에 사전협의하에 이루어진 사안으로 매각에 따른 별도의 분양대행 용역은 필요하지 않았음이 명확하다.

5. 청구법인은 대법원 2013.2.15. 선고 2012두942 판결 등을 제시하며 분양대행용역계약이 체결되고, 그에 따른 분양대행 수수료가 지급되었다면 이를 부인할 수 없다고 주장하나, 해당 판결 등은 실제 분양대행용역이 수행되었으며 분양대행계약서가 적법하게 체결된 사안들로, 이 건의 경우 분양대행용역 자체가 필요 없었으며, 분양대행계약서도 분양대행수수료 지급 및 세금계산서 수수 후 체결일자를 소급하여 작성한 것임이 확인되어 쟁점분양대행계약이 적법하게 체결되었다는 청구주장은 사실과 다르다. (나) C에 대한 쟁점수수료는 상업시설 일괄매수 계약금 납부를 위해 책정된 것이며 실제 상업시설의 매수법인인 H의 계약금으로 집행되었다.

1. 청구법인과 E은 상업시설 매매가격 및 매매계약금 납부를 위한 분양대행수수료를 사전에 결정하였는데, 청구법인 대표 D과 E은 여러 차례 실무진 협상(E 직원 X의 문답서에 의하면 협상과정에 C는 참여한 사실이 없음이 확인됨)을 거쳐 2020.9.25. 상업시설(135호)에 대한 일괄 매매대금을 부가가치세를 포함한 금액 OOO원으로 확정하였고, D 측의 계약금(매매대금의 10%, OOO원) 납부 자금을 마련하기 위해 분양대행수수료를 당초 7%에서 8.2%로 상향 조정하여 OOO원을 책정하였으며, 2020.9.25. 일괄매각 추진안에 따르면 분양대행수수료 상향 조정분 1.2%에 해당하는 금액 OOO원은 청구법인의 사업 지분에서 차감하도록 되어 있어 청구법인이 분양대행 수수료 상향 조정 금액에 대한 부담을 전부 지고 있음을 알 수 있다. 추후 쟁점수수료는 2020.12.3. C에게 지급되었고, C는 해당 금액을 H에 대여하여 상업시설 계약금으로 사용하였다.

2. 청구법인은 쟁점수수료가 부동산업계의 통상적인 용역수수료율 범위 내에서 산정되었고, 해당 수수료는 E의 이익에도 직접적인 영향을 주므로 과다하게 지급할 이유가 없다고 주장하나, 청구법인은 E과의 협상과정에서 상업시설 일괄매수 계약금 납부자금 마련을 위해 분양대행수수료를 최대한 많이 책정하여 줄 것을 요구하였고, E은 분양대행수수료 인상으로 인한 손실을 부담하지 않기 위해 수수료 인상금액 전부를 청구법인의 사업 지분에서 차감하는 조건하에 1.2%를 인상하는 것으로 합의한 것이어서 청구주장은 사실과 다르다 할 것이다. (다) C는 인적․물적 설비가 없는 휴면법인으로 분양대행용역을 제공한 사실이 없다.

1. 정상적인 분양대행사 선정의 경우 분양대행을 희망하는 업체가 시행사와 시공사에 분양대행에 대한 사업제안서를 제출하고 제안서를 제출한 업체들과의 경쟁입찰을 통해 분양대행사가 선정되는 것이나 C는 사업제안서를 작성․제출한 사실이 없으며 경쟁 입찰 등 정상적인 선정 절차 없이 분양대행사로 지정되었다.

2. C는 2017년 3월 운영하던 요리학원을 폐업한 이후 실제 영위하는 사업이 없는 휴면법인으로 분양대행용역 수행에 필요한 인적․물적 설비를 갖추고 있지 않고 있었다. 2021.5.31. 세무조사 착수 당시 C는 H로부터 사업장을 임차하여 사용하는 것으로 사업자등록이 되어 있었으나, 해당 사업장(서울특별시 서초구 서초동 OOO)은 H로부터 건물관리를 위탁받은 업체(상호: OOO)가 임시 사무실로 사용 중이었으며, C가 해당 사업장을 사용한 사실이 없음을 건물관리 위탁업체 직원이 확인하였다.

3. C의 손익계산서에 의하면, 2017년까지의 매출액은 요리학원 수강료 수입이며, 그 이후 매출 실적이 없다가 갑자기 2020년 12월 분양대행수수료 명목으로 매출액 OOO원이 발생하였다. 또한 2017년 이후 급여, 임차료, 건물관리비, 수업재료비 등 판매관리비 지출 내역이 없고, 2018년부터 계상된 여비교통비와 접대비 등은 대부분 대표 D이 사적으로 사용한 법인카드 사용금액으로 확인되며, 영업외비용도 관계사 ㈜Y 차입금에 대한 인정이자 계상액으로 H로부터 차입하여 지급한 것으로 확인되는 등 분양대행용역 수행과 관련된 경비 지출은 전혀 없는 것으로 확인된다. 또한 세무조사가 종결된 2021.8.15.까지도 임차인 유치 관련 컨설팅 또는 펀드 매각 자문 관련 수입을 계상하거나 비용을 부담한 사실이 없는 등 분양대행용역을 수행했다고 볼 수 없다. (라) C는 쟁점분양대행계약상 수급인의 의무를 이행한 사실이 없다.

1. 2020.9.11.자 분양대행계약서상 용역업무의 범위(제2조)는 ① 상업시설 분양대행의 업무, ② 계약 업무보조, ③ 수분양자의 분양대금 납부 및 융자관련 지원업무, ④ OOO 계획 수립 및 OOO 유치 컨설팅 업무, ⑤ 펀드 매각 및 알선, ⑥ 기타 필요업무로 되어 있는데, 용역업무 중 ①〜③ 의 상업시설 분양대행 업무, 계약 업무보조, 수분양자의 분양대금 납부 및 융자관련 지원업무는 상업시설을 일괄매각함에 따라 C가 별도로 수행할 용역 자체가 없는 업무이며, ④〜⑤의 OOO 계획 수립 및 OOO 유치 컨설팅 업무, 펀드 매각 및 알선 업무는 사업 초기부터 청구법인에서 계속 수행해오던 업무(관련 비용 청구법인이 부담)로서 향후에는 매수자인 H가 추진하여야 할 업무이기 때문에 C가 동 용역을 수행할 하등의 이유가 없다.

2. 청구법인이 2020.9.11. 체결하였다고 주장하는 분양대행계약서는 2021년 2월 초 H에서 소급하여 작성한 계약서로 2020.9.11. E과 합의된 계약서가 아닌 점 등이 확인되는바, 쟁점사업 초기부터 펀드 매각자문 등 분양대행 용역 및 자문용역을 청구법인에게 제공하였고, E 또한 이러한 사실을 잘 알고 있었다는 청구주장은 사실과 다르다.

3. 한편, C가 쟁점분양대행계약상 용역업무를 수행하였다는 증빙으로 제시된 M, G 등에게 발송한 공문은 쟁점분양대행계약 체결일인 2020.9.11.보다 1년 2개월이나 경과된 2021.11.3.에 발송한 것으로 2020.9.11. C가 청구법인과 H로부터 펀드 매각에 대한 업무 및 OOO 유치 업무 등을 위임받았다는 근거가 될 수는 없다.

4. 또한 세무조사 시 청구법인과 C의 내부문서에서 자금집행요청서에 첨부하거나 체결일자를 소급하여 작성한 2건의 분양대행계약서 이외에 사업계획서, 분양결과 보고서 등 실제 분양대행 용역을 수행했다는 결과물은 일체 확인되지 않았다. (마) 쟁점분양대행계약 관련 용역거래로 청구법인은 법인자금을 부당하게 유출하였으며 사주(D) 자녀가 소유하고 있는 C에게 이익이 부당하게 분여되었다.

1. D은 본인의 자녀들이 지분 75%를 소유하고 있는 C를 통해 다양한 사업을 추진하고 이를 지원하여 장래에는 자녀들이 소유 및 경영하는 회사로 성장시킬 계획이었다. 즉, D은 2017년 본인 소유의 C의 지분 75%를 자녀 3인에게 각 25%씩 증여하였고 2019년 청구법인의 지분 49%를 C에게 양도하여 청구법인의 사업이익이 최종적으로는 자녀들에게 귀속되도록 지분을 정리하였다.

2. 청구법인은 C에게 이익을 분여하기 위해 법인자금을 부당하게 유출하였다. 청구법인이 E과의 업무협약에 따라 향후 상업시설 펀드 매각 불발 시 일반 분양에 따른 손실을 전부 책임지도록 되어 있었기 때문에 동 분양대행수수료가 청구법인에 유보되어 있어야 함에도 불구하고 청구법인의 실질적인 의사결정권자(대표이사 및 대주주)인 D 및 그 자녀 3인이 각 25%씩 지분 100%를 보유하고 있는 C에게 이익을 분여하기 위하여 청구법인은 실제 분양대행용역을 제공받은 사실 없이 쟁점수수료(OOO원) 상당액의 법인자금을 유출하였다

3. C에게 지급된 동 쟁점수수료는 C가 상업시설 일괄매수자인 H(D이 대표이사 및 지분 100% 보유)에게 대여하여 상업시설 매매 계약금으로 사용하게 하였으며, H에게 대여된 해당 자금은 2020.12.7. 이후 C가 수시로 반환받아 법인세 등 제세 납부, 타법인 투자 자금 등으로 활용되거나 청구법인의 대표 D 일가의 사적경비로 사용되는 등 가공 용역수수료 계상을 통한 실질적인 법인자금 유출이 있었다. (바) 청구법인은 쟁점세금계산서가 용역 공급시기 도래 전에 대가를 지급하고 발급한 ‘선발행 세금계산서’에 해당하여 부가가치세법상 적법하게 발급한 세금계산서라고 주장하나 아래와 같이 청구주장은 이유 없다.

1. 대법원은 ‘선발행 세금계산서는 재화나 용역의 제공을 전제로 그 재화나 용역의 제공시점과 대금결제시점이 다를 경우, 일정 요건을 충족하면 미리 발급한 세금계산서의 효력을 인정해 주기 위한 것이므로 재화나 용역의 공급이 이루어지지 않았다면 해당 세금계산서는 선발행 세금계산서에 해당된다고 보기 어렵다’고 판시(대법원 2014.11.18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결, 대법원 2012.11.15. 선고 2010두8263 판결)하였는바, 부가가치세법 상 용역의 공급시기가 되기 전에 용역에 대한 대가를 받고 그 대가에 대하여 세금계산서를 발급하는 경우 그 세금계산서를 발급하는 때를 그 용역의 공급시기로 본다.

2. 이 건의 경우 쟁점수수료 지급시점까지 C가 공급할 용역의 제공방법, 공급시점 등 용역의 구체적인 내용이 확정되어 있지 않는 점, 통상적으로 분양대행수수료는 해당 분양물건의 매매대금 잔금 납부가 완료되는 시점까지 분할 지급됨에도 분양계약 시점에 전액 지급된 점, 이 건 분양대행용역의 대가가 C가 앞으로 수행할 용역의 대가라면 지급한 대가는 선급금(자산)에 해당하나 청구법인은 이를 수수료로 회계처리하여 전액 당기 비용으로 인식한 점, 2020.9.11.자 상업시설 분양대행계약서는 세금계산서 발급 이후 소급하여 작성된 계약서로 세금계산서 발급시점에 유효한 용역계산서는 존재하지 않았던 점 등으로 보아 쟁점세금계산서는 부가가치세법상 선발행 세금계산서에 해당될 수 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 쟁점건물 관련 매입세액을 토지 관련 매입세액으로 보아 이를 매출세액에서 불공제한 처분의 당부

② 쟁점세금계산서는 청구법인이 상업시설 분양대행용역과 관련하여 쟁점수수료를 지급하고 수취한 것이므로 가공세금계산서에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제16조(용역의 공급시기) ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제17조(재화 및 용역의 공급시기의 특례) ① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기(이하 이 조에서 "재화 또는 용역의 공급시기"라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

② 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 이내에 대가를 받으면 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

③ 제2항에도 불구하고 대가를 지급하는 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일이 지난 후 대가를 받더라도 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

1. 거래 당사자 간의 계약서·약정서 등에 대금 청구시기(세금계산서 발급일을 말한다)와 지급시기를 따로 적고, 대금 청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내인 경우

2. 세금계산서 발급일이 속하는 과세기간(공급받는 자가 제59조 제2항에 따라 조기환급을 받은 경우에는 세금계산서 발급일부터 30일 이내)에 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하고 세금계산서에 적힌 대금을 지급받은 것이 확인되는 경우 제34조(세금계산서 발급시기) ① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 사업자는 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전 제17조에 따른 때에 세금계산서를 발급할 수 있다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월(1曆月)의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 제29조(할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. (단서 생략)

4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) ② 법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하 나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다.

2. 토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우 제80조(토지에 관련된 매입세액) 법 제39조 제1항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액”이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 등기사항전부증명서 및 주주명부 등에서 확인된 청구법인, H 및 C의 설립 및 주주 등의 개요는 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구법인 등의 설립 및 주주 등 개요 구분 청구법인 H C 설립일 2018.2.20. 2007.7.31. 2007.7.6. 대표이사 D D D 목적사업 부동산 개발 및 자문용역, 분양 및 분양대행업 등 부동산개발 및 자문용역, 분양 및 분양대행업 등 부동산개발 및 자문용역, 부동산매매 및 매매컨설팅 등 본점 서울특별시 금천구 디지털로 OOO 서울특별시 송파구 백제고분로 OOO 서울특별시 서초구 서운로 OOO 주주 (2019년말 현재) D 51%, C 49% D 100% D 25%, D의 자(子) Z, AA 및 BB가 각 25%씩 보유 쟁점사업 관련 시행사 청구법인 설립 전까지 쟁점사업 진행, 추후 쟁점사업 중 상업시설 일괄매수 쟁점분양대행계약 관련 쟁점세금계산서 발급

(2) 쟁점①과 관련하여, 제출된 심리자료에서 확인된 청구법인의 쟁점부동산 취득 및 임대 등 일련의 사실관계는 아래와 같다. (가) A(매도인)은 2017년 12월 물류센터로 사용하면서, 일부를 협력업체에게 임대하고 있던 쟁점부동산에 대하여 부동산 매각 전문회사인 L을 통해 매각을 추진하였는데, A 가산동 물류센터 매각 안내서상의 매도인의 요구사항에 의하면 ‘2019년 1월까지 매도인이 임대 예정(임대기간 및 임대료 추후 협의 필요)’이라는 내용이 기재되어 있다. (나) L은 2018.1.23. H와 E이 공동으로 참여하는 H 컨소시엄이 쟁점부동산 매수의향서를 제출(2018.1.12.)하자 우선협상대상자로 H 컨소시엄을 선정하였고 이에 A(매도인)과 H(매수인, 대표 D)는 2018.1.25. 쟁점부동산을 OOO원(건물분 부가가치세 별도)에 매매하는 내용의 양해각서를 체결하였는바, 양해각서 중 별도 합의사항에 의하면, ‘A이 쟁점부동산을 임차할 권리를 가진다. 단 최대 임차 가능 기한을 2019.1.31.까지로, 지급할 임차료는 총 매매대금의 1%/년으로 정한다’는 내용이 기재되어 있다. (다) 청구법인은 2018.2.27. A과 위 양해각서에 따라 ‘청구법인이 쟁점부동산을 매수하고 기존 협력업체(임차인) 15개 업체의 임대인의 지위를 승계(임대차 계약 종료일 2018.9.30.~2018.10.31., 임대차계약 연장 없이 명도)하며 매도인 A이 쟁점부동산에서 물류센터 사업을 계속 영위(2019.1.31.까지)하기로 하는 매매계약’을 체결하였는바, 매매계약서에 의하면, 매매대금을 쟁점토지 OOO원, 쟁점건물 OOO원 및 건물 부가가치세 OOO원으로 구분명시하고 있고, 위 임대차계약에 대해 ‘임대차가 아닌 명도유예’라고 기재(제1조)되어 있다. (라) 청구법인은 2018.3.30. A에게 쟁점부동산에 대한 매매 잔금을 지급하고 쟁점건물분에 대한 세금계산서를 수취한 후, 2018.4.25. 2018년 제1기 예정 부가가치세 신고 시 쟁점건물분의 부가가치세 등 쟁점①매입세액을 납부할 세액에서 공제하였다. (마) 청구법인은 ‘쟁점부동산 매매에 대한 양해각서 및 매매계약서’ 상 A(매도인)의 요구조건에 따라 2018.3.27. A과 아래 <표3>과 같이 임대차계약을 체결하고 2018.3.31.~2019.1.31.(10개월) 기간 동안 A 및 기존 임차업체에게 임대용역을 제공하였는바, 기존 임차인 임대차계약 승계내역에 의하면, 기존 임차인은 임대차기간 만료일(2018.10.31.) 전인 2018.5.15.∼2018.10.31. 기간 사이에 모두 퇴거한 것으로 확인된다. <표3> 청구법인과 A 간 임대차계약(2018.3.27.) 내용 (바) 청구법인은 위 임대와 관련하여, 3개 과세기간(2018년 제1기∼2019년 제1기)에 걸쳐 임대용역 공급에 대한 부가가치세를 신고․납부하였다. (사) 쟁점건물은 2019.12.15. 철거완료되었는데, 철거전후로 한 쟁점사업 관련 주요 인․허가내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 쟁점사업 관련 쟁점건물 철거 전후 인․허가 내용 (아) 한편, 청구법인이 쟁점부동산 취득 전 쟁점건물 취득에 대한 부가가치세 환급 문제 검토와 관련된 내부자료(‘CC이 H에 송부한 2018.1.31.자 문서’, ‘E이 H에 송부한 2018.2.26.자 문서’ 및 ‘청구법인과 E 간의 이메일 내용’)와 E 직원의 문답서 등에 의하면, ‘쟁점부동산 매입은 기존 건물을 철거하고 토지만을 사용하는 것이 목적이어서 기존 건물은 철거 전까지 일시적으로 임대하는 것이므로 부가가치세 환급이 불가’한 것으로 검토한 것으로 확인된다.

(3) 쟁점②와 관련하여, 제출된 심리자료에서 확인된 사실관계는 아래와 같다. (가) 청구법인(시행사, 갑)은 2019.8.30. E(시공사, 을)과 쟁점사업 관련 공사도급계약과 함께 공사 시 보전분에 대한 사업협약을 체결하였는데, 사업협약서에 의하면, 최종 사업 이익금의 50% 범위 내에서 E의 공사비 요청금액을 보전(최소 OOO원 보장)한다는 내용이 기재되어 있다. (나) 청구법인(갑, 위탁자), E(을, 위탁자) 및 DD(병, 수탁자)은 2019년 9월 쟁점토지상에 관리형 토지신탁 방식으로 B을 신축 및 분양하는 사업을 추진하는 토지신탁 사업약정을 하였는바, 사업약정서에 의한 신탁자금 관리(제17조) 내용은 아래 <표5>와 같다. <표5> 신탁계좌의 구분 및 용도 구 분 계좌의 목적 자금의 사용방법 분양수입금 계좌 OOO, 창고, 기숙사, 업무시설, 근린생활시설 등의 분양수입금 입금 및 관리 목적의 신탁계좌 청구법인이 E의 동의를 얻어 또는 E 단독으로 신탁사에 요청하여 (사업비)운영계좌로 이체 (사업비) 운영계좌 본건 개발사업의 금융비, 필수 사업비, 공사비 등으로 지급하기 위한 목적의 신탁계좌 청구법인 및 E이 인출계좌, 용도, 지급처, 증빙서류를 신탁사에 제출하고 신탁사의 확인을 거쳐 공사비 등 사업비 지급을 집행 (다) 청구법인은 ‘쟁점사업 중 상업시설을 펀드(N 등)에 일괄매각’하고 이를 임대하는 안을 추진하기로 하면서, 2019.12.2. E과 상업시설을 제외한 지식산업신설, 창고, 기숙사에 대해서만 ㈜S 등 분양대행사와 분양대행계약을 체결하였는바, 지식산업시설 등에 대한 분양대행계약서에 의하면 ‘분양대행물건의 분양계약체결분에 대하여 분양대금의 2.9%를 월별 누계실적에 따라 분양대행용역수수료를 지급한다(제5조)’는 내용이 기재되어 있다. (라) 청구법인은 당초 추진하기로 했던 ‘상업시설의 펀드 일괄매각’이 어려워지자 2020.7.13. 새로운 특수목적법인을 설립하여 상업시설을 일단 일괄매수하고 상업시설 분양수입 50%(계약금 10%, 중도금 40%)를 확보한 후 잔금납부일 이전에 펀드에 재매각하는 방안을 구상하여 E에 이를 제안하는 문서를 발송하였고, E은 이에 동의한 것으로 확인된다. (마) 청구법인(도급인, 갑)은 2020.9.11. C(수급인, 을) 및 E(시공사, 병)과 ‘C가 상업시설 분양대행 업무 등을 수행하고, 분양대행수수료(쟁점수수료)로 OOO원(부가가치세 포함, 상업시설 공급가액의 9%)을 지급’하는 내용의 쟁점분양대행계약을 체결하였는데, 2020.9.11.자 분양대행용역계약서에 의한 용역업무의 범위 등은 아래 <표6>과 같다[해당 분양대행용역계약서 외에 청구법인과 C 간에 작성된 2020.11.30.자 분양대행용역계약서(분양대행수수료 자금집행요청서에 첨부)도 존재]. <표6> 2020.9.11.자 분양대행용역계약서 (바) 청구법인(갑)은 2020.12.1. E(을), H(병) 및 C(정)와 ‘① 상업시설을 H가 일괄매수하고, ② 그 매매대금은 부가가치세를 포함하여 OOO원으로 정하며, ③ 계약금 및 중도금은 H가 청구법인에게 지급하되, 준공 이전까지 펀드매각을 재추진하기로 하고, ④ 상업시설에 대한 매각이 이루어지지 않는 경우 E이 매매계약을 해제할 수 있다’는 내용의 B 상업시설에 대한 일괄매각업무협약을 체결하였는바, 업무협약서에 의하면, 수익과 관련하여, ‘업무 및 시공에 따른 수익은 E이, 일괄매수한 상업시설을 펀드 등에 재매각 시 그에 따른 수익은 H 측이 각 보유하고, C가 분양대행에 따른 본 건 용역을 제공하고 용역수수료를 수수’하도록 하였으며, ‘상업시설에 대한 매각이 이루어지지 않는 등 매매대금에 대한 잔금납부가 불가능한 경우 E은 H에게 매매계약에 대한 해제를 요청할 수 있고, 이에 청구법인과 H는 매매계약을 해제하여야 하며 매매계약 해제에 따른 목적물의 신규분양 및 재매각에 관련한 비용은 청구법인의 사업이익에서 공제한다(특약사항 제8조)’는 내용이 확인된다. (사) 청구법인은 E의 동의를 거쳐 2020.12.1. DD에 쟁점수수료를 C의 계좌에 이체(자금집행)할 것을 요청하였고 이에 2020.12.3. 쟁점수수료가 C의 계좌에 이체되었다가 같은 날 H의 계좌로 이체(대여)되어 상업시설에 대한 매매계약금으로 사용되었는바, 쟁점수수료 지급 및 상업시설 매매계약금 납부내역은 아래 <표7>과 같다. <표7> 쟁점수수료 지급 및 상업시설 매매계약금 납부 내역 (아) 청구법인은 2020.12.7. H(수분양자)와 일괄매각 업무협약에 따라 상업시설(135호실)에 대하여 각 호별로 분양계약을 체결하였는데, 분양계약서에 의하면, 분양대행사로 ㈜T, ㈜EE, ㈜U이라고 기재되어 있고 청구법인으로부터 쟁점수수료를 수취한 C는 기재되어 있지 아니한 것으로 확인된다. (자) 청구법인은 2020.12.10. C로부터 분양대행수수료 명목의 쟁점세금계산서를 수취하고, 2020년 제2기 부가가치세 신고 시 쟁점②매입세액을 납부할 세액에서 공제하였다. (차) 한편, C의 실체 및 용역제공의 실재성과 관련하여 제출된 자료에서 확인된 내용은 다음과 같다.

1. C의 손익계산서(2016년∼2020년) 등에 의하면, 2017년까지 요리학원 수강료 매출만 발생하였고, 2018년․2019년에는 매출 실적이 없다가 2020년도에 쟁점수수료 매출액 OOO원만이 발생하였으며 급여의 경우에도 2017년 3월까지 운영하던 요리학원 종사자들의 급여만 확인되고 그 이후에는 지급내역이 확인되지 않는 등 쟁점 분양대행계약에 따른 용역 수행과 관련된 경비 지출은 확인되지 아니한다.

2. H로부터 건물관리를 위탁받은 업체(상호: OOO)의 직원 확인서(2021.5.31.)에 의하면, OOO의 직원은 C의 사업자등록증상 사업장(서울특별시 서초구 서초동 OOO)이 OOO의 임시 사무실로 사용 중이고 C가 사용한 사실이 없음을 확인하였다.

3. 그 외 청구법인은 C가 M 및 G에 송부한 2021.11.3.자 및 2021.12.14.자 문서(쟁점용역계약 및 업무협약 등 경과와 C가 업무를 위임받았다는 내용 및 C는 준공일정에 맞추어 상업시설에 대한 펀드 투자요청 업무에 대한 협의를 재개한다는 내용이 나타남), C가 2021.9.1. FF(주)와 체결한 ‘잠실 OOO 상업시설 용역계약서’ 및 2021.11.16.자 분양수수료 청구문서[C가 분양사업에 관련 용역을 제공하고 그에 따른 분양용역수수료(공급대가 OOO원)를 청구한 내용이 나타남], 분양대행업자의 상업시설 분양수수료 조사 내역 등을 제출하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 부가가치세법제39조 제1항 제7호에서 면세사업등에 관련된 매입세액과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제80조에서 ‘대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액’이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다고 규정하면서 각 호 중 제2호에서 ‘건 축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액’을 규정하고 있는바, 제2호 규정에서 ‘토지만을 사용하는 경우’라 함은 토지를 나대지로 사용하는 경우뿐만 아니라 신축건물의 부지로 사용하는 경우를 포함한다고 할 것이다(대법원 2008.2.1. 선고 2007두2524 판결, 같은 뜻임). 청구법인이 쟁점부동산을 취득하여 쟁점건물을 철거하고 B을 건설한 점을 볼 때 청구법인은 쟁점사업의 일환으로 B을 신축하기 위하여 쟁점부동산을 취득한 것으로 보이는 점, 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 A 및 기존 입주업체에 약 10개월 간 임대한 것으로 나타나나, ‘A 가산동 물류센터 매각 안내서’에서 매각조건으로 일정기간 임대를 요구하고 있고 A과 청구법인 간에 체결된 2018.2.27.자 매매계약서에서 ‘임대차가 아닌 명도유예’라고 기재되어 있는 것으로 보아 청구법인의 쟁점부동산 임대는 적극적으로 임대업을 영위하기 위한 것이라기 보다는 쟁점부동산 취득과정에서 발생하는 일시적인 것으로 보이는 점, 더욱이 쟁점부동산 취득 후 2018.3.29. OOO 설립 승인 신청, 2019.1.28. 교통영향평가 심의 등 인․허가 절차가 순차적으로 진행되었고, 매매계약 조건에 해당되는 임대기간이 2019.1.31.자로 만료되자 2019.5.27. 건축허가, 2019.7.1. 쟁점건물 철거신고, 2019.12.15. 쟁점건물 철거 등 일련의 쟁점사업이 추진된 것으로 보아 쟁점부동산에서의 임대사업 영위가 전제되었다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 쟁점①매입세액은 신축건물 부지로 사용하기 위한 토지에 관련된 매입세액으로서 부가가치세법 시행령 제80조 제2호 에 따른 매입세액 불공제 대상에 해당한다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점분양대행계약에 따라 C로부터 상업시설에 대한 분양대행용역을 실제 제공받았으므로 쟁점세금계산서가 가공세금계산서에 해당되지 않는다고 주장하나, 쟁점분양대행계약의 대상인 상업시설은 쟁점사업 초기부터 일괄매각이 예정되어 있어 분양대행 대상에서 제외되어 있었고, 실제 2020.12.1.자 일괄매각업무협약에 따라 H에 일괄매각(분양)되었는바, 상업시설에 대해서는 별도의 분양대행용역이 필요하지 않았던 것으로 보이는 점, 2020.9.11.자 쟁점분양대행계약상의 용역의 범위로 ① 상업시설 분양대행의 업무 및 계약보조, ② 수분양자의 분양대금 납부 및 융자관련 지원업무, ③ OOO 계획 수립 및 OOO 유치 컨설팅 업무, ④ 펀드매각 업무 및 알선으로 기재되어 있는데, ①․②의 경우, 상업시설 일괄매각으로 인해 상술한 바와 같이 분양대행용역이 있었다고 보기 어렵고, ③․④의 경우 C가 이를 진행하였다고 볼 만한 객관적인 자료가 없으며, 지속적인 분양대행용역 제공의 근거로 제출된 M 및 G 등에 대한 문서는 조사청의 조사기간(2021.5.31.∼2021.8.15.) 이후에 송부(2021.11.3. 및 2021.12.14.)된 것이어서 신뢰하기 어려운 점, 더욱이 일괄매각 업무협약에 따른 청구법인과 H 간에 체결한 분양계약서에 의하면 분양대행사가 C가 아닌 제3자로 기재되어 있는 점 등에 비추어 쟁점세금계산서는 분양대행용역 제공 없이 수수된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다 할 것이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

심판청구를 기각한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)