결정 또는 경정으로 인하여 법인의 손금 귀속시기가 변경되는 경우 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호에 따른 후발적 경정청구 대상에 해당하는지 여부

[주 문] OOO서장이 2021.6.17. 청구법인에게 한 경정청구(2014사업연도 소득금액 OOO원 감액 및 동액의 이월결손금 증액) 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. OOO서장 등은 청구법인에게 2015.1.16.자 저가 유상증자에 따른 증여의제 해명 안내문을 발송하였는데, 청구법인은 증여세 과세대상이라는 점에 대한 이견은 없으나 청구법인 주식의 평가액에 영향을 미치는 청구법인의 재무제표가 신고 착오로 청구법인의 2014사업연도에 귀속되어야 할 손금 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)이 2015사업연도 손금으로 계상되어 있다고 주장하였다.
• 나. OOO서장은 위 주장을 받아들여 쟁점금액을 청구법인의 2014사업연도 손금으로 보아 처분청에게 과세자료를 파생하자, 처분청은 청구법인의 2015사업연도 손금으로 계상된 쟁점금액을 부인하고 2016사업연도 이월결손금을 감액·경정하여, 2021.5.10. 청구법인에게 2016사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 쟁점금액의 손금 귀속시기가 2015년에서 2014년도로 변경된 것은 국세기본법제45조의2 제2항 4호에 따른 후발적 경정청구 대상에 해당한다고 보아, 2021.5.13. 처분청에 쟁점금액을 청구법인의 2014사업연도 손금으로 산입해달라는 경정청구를 하였다.
• 라. 처분청은 이 건의 경우 국세기본법제45조의2 제2항 제4호 규정에 따른 후발적 경정청구대상에 해당하지 아니하고, 청구법인은국세기본법제45조의2 제1항에 따라 법인세 신고기한으로부터 5년 이내에 경정청구를 하여야 함에도 불구하고 위 기한을 도과하여 경정청구를 제기하였다는 이유로 2021.6.17. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2021.9.6. 이의신청을 거쳐, 2022.1.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 국세기본법제45조의2 제2항 제4호 규정의 문언, 선결정례, 기본통칙에 의하면 손익의 귀속시기를 변경하는 경정으로 인하여 그 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 과세표준 및 세액이 변동된 경우 후발적 경정청구 대상에 해당한다고 봄이 타당하다.

(1) 국세기본법제45조의2 제2항 제4호 문언에 의하면 이 건은 후발적 경정청구 대상에 해당한다. (가) 조세법규는 문언에 따라 엄격하게 해석하여야 하는바, 국세기본법제45조의2 제2항 제4호는 후발적 경정청구 대상으로 “결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때”라고 규정하고 있다. (나) 따라서 처분청의 “결정 또는 경정”으로 인하여 다른 과세기간의 과세표준 및 세액에 영향을 미치는 경우에는 후발적 경정청구 대상에 해당한다고 보아야 하고, 처분청 의견과 같이 “처분청의 세무조사 등에 의한 결정 또는 경정”으로 청구법인이 신고 오류를 인지하는 경우에만 위 규정이 적용된다고 볼 수 없다.

(2) 조세심판원 선결정례의 취지에 따르더라도 이 건은 후발적 경정청구 대상에 해당한다. (가) OOO 결정 이유에 따르면, 청구법인이 2014사업연도 손금인 △△△원을 2015사업연도 이후 손금으로 보아 법인세를 신고하였는데, 처분청이 2015사업연도 이후 익금으로 산입하면서도 2014사업연도 손금을 추인하지 아니함에 따라 결과적으로 청구법인은 2014사업연도 법인세를 과다하게 신고한 결과가 되는바, 이 경우에는 국세기본법제45조의2 제2항 4호에 따른 후발적 경정청구 대상에 해당한다고 판단하였다. (나) 이 사건 역시 위 선결정례의 사실관계와 다르지 아니하므로, 후발적 경정청구 대상에 해당한다고 보아야 한다. (3) 국세기본법 기본통칙 45의2-0…1에 의하더라도 후발적 경정청구 대상에 해당한다. 위 기본통칙에 의하면 “손익의 귀속시기를 변경하는 경정으로 인하여 그 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 것은 법 제45조의2 제2항 제4호의 사유에 해당한다”고 규정하고 있는바, 이를 보더라도 이 건은 후발적 경정청구 대상에 해당한다고 봄이 타당하다.

• 나. 처분청 의견 국세기본법제45조의2 제2항 4호에서 말하는 “결정 또는 경정”이라 함은 세무조사 등으로 인하여 처분청이 당초 납세자의 신고 내용과 다르게 올바른 귀속시기에 대하여 결정 또는 경정을 한 경우를 말하는 것으로서, 납세자는 처분청의 결정 또는 경정 통지를 받은 시점에 잘못 신고된 사실을 인지한 경우 후발적 사유에 해당하는 것으로 경정청구할 수 있다는 취지이다. 그러나 이 건의 경우 청구법인은 처분청의 결정 또는 통지 시점에 귀속시기를 착오 신고한 사실을 인지한 것이 아니라, OOO서장 등의 증여세 조사 과정에서 청구법인이 주주에 대한 증여세를 소명하면서, 청구법인 스스로 손익 귀속시기를 착오 신고한 사실을 인지하였다. 즉 이 사건의 경우 처분청의 결정 또는 경정 통지는 과세관청의 세무조사 등에 의해 법인의 과세표준 및 세액을 경정하여 통지한 것이 아니라, 청구법인이 스스로 잘못 신고한 내용을 확인하였으므로, 통상의 경정청구를 통하여 세금의 환급을 구했어야 할 사항을 처분청이 단순 경정 통지한 사실에 불과하므로, 이는 후발적 경정청구 대상에 해당한다고 볼 수 없다. 청구법인이 제시한 조세심판원 선결정례는 처분청의 세무조사에 의하여 손금의 귀속시기가 달라진 경우에 해당하므로, 이 건과 같이 청구법인이 스스로 잘못 신고한 사실을 미리 알게 된 경우에는 사실관계가 달라 위 결정의 취지를 적용할 수 없다 할 것이다.

• 가. 쟁점 결정 또는 경정으로 인하여 법인의 손금 귀속시기가 변경되는 경우국세기본법제45조의2 제2항 제4호에 따른 후발적 경정청구 대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법률

(1) 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 (2) 상속세 및 증여세법(2015.12.15. 법률 제13557호로 개정되기 전의 것) 제39조(증자에 따른 이익의 증여) ① 법인이 자본(출자액을 포함한다. 이하 이 조 및 제39조의2에서 같다)을 증가시키기 위하여 새로운 주식 또는 지분[이하 이 조에서 "신주"(新株)라 한다]을 발행함에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이익을 얻은 경우에는 그 이익에 상당하는 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다.

1. 신주를 시가(제60조와 제63조에 따라 평가한 가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)보다 낮은 가액으로 발행하는 경우에는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 이익

• 가. 해당 법인의 주주(출자자를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기한 경우로서 그 포기한 신주[이하 이 항에서 "실권주"(失權株)라 한다]를 배정(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인이 같은 법 제9조제7항에 따른 유가증권의 모집방법으로 배정하는 경우는 제외한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우에는 그 실권주를 배정받은 자가 실권주를 배정받음으로써 얻은 이익
• 나. 해당 법인의 주주가 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기한 경우로서 실권주를 배정하지 아니하는 경우에는 그 신주 인수를 포기한 자의 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 이 조에서 "특수관계인"이라 한다)이 신주를 인수함으로써 얻은 이익
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 주주에 관한 OOO서장의 증여세 서면검토서의 주요 내용은 아래 <표1>과 같다. <표1> 불균등증자 기획감사 서면검토서 ◯◯◯

(2) OOO서장이 위 검토결과에 따라 처분청에 청구법인의 2014, 2015사업연도 비용계상 오류에 대하여 자료파생하자, 처분청은 청구법인의 2015사업연도 손금에서 쟁점금액을 부인(처분청은 부과제척기간 도과를 이유로 쟁점금액을 2014사업연도 손금으로 산입하지 아니하였다)한 후 2016사업연도 이월결손금을 감액·경정하여, 2021.5.10. 청구법인에게 2016사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

(3) 청구법인은 2021.5.13. 쟁점금액을 청구법인의 2014사업연도 손금으로 산입해달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.6.17. 아래 <표2>와 같이 청구법인의 경정청구를 거부하였다. <표2> 처분청의 경정청구 처리 결과 통지서 내용 중 발췌 ◯◯◯

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 살피건대, 후발적 경정청구 제도는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 그 취지가 있고(OOO 판결 등 다수, 같은 뜻임), 국세기본법제45조의2 제2항 제4호는 ‘결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때’에는 후발적 경정청구를 할 수 있다고 규정하고 있으므로, 처분청이 청구법인의 2015사업연도 손금에서 쟁점금액을 제외하는 경정을 함에 따라 결과적으로 청구법인의 2014사업연도 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준을 쟁점금액만큼 초과하게 되는 이 사건의 경우에도 청구법인은 후발적 경정청구를 할 수 있다고 봄이 타당하다(OOO 같은 뜻임). 따라서 처분청이 청구법인의 경정청구가 후발적 경정청구 대상에 해당하지 않는다고 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.