청구법인이 신청한 사실과 다른 회계처리로 인한 경정에 따른 세액공제를 처분청이 즉시 환급하였다가 이를 다시 추징하면서 환급불성실가산세를 부과한 처분의 당부

[주 문] OOO장이 2021.10.25. 청구법인에게 한 2016사업연도 법인세 OOO원의 부과처분 중 환급불성실가산세 OOO원은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 OOO의 감리(공사수익 OOO원 귀속시기 오류)에 따라 2019.3.20. 2016년 및 2017년 감사보고서를 정정공시 하였고, 이를 원인으로 2020.5.28. 처분청에 2016사업연도 법인세 OOO원(공사수익금액 OOO원 익금불산입)을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였으며, 2020.5.29. 처분청에 2017사업연도 법인세 OOO원(공사수익금액 OOO원 익금산입)을 수정신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 2020.7.24. 청구법인의 2016사업연도에 대한 경정청구를 받아들여 2016사업연도 법인세 OOO원(이하 “쟁점환급세액”이라 한다)을 환급하였다가, 쟁점환급세액은 법인세법제58조의3의 사실과 다른 회계처리에 해당하는바 동 세액을 환급하지 않고 결정일이 속하는 사업연도부터 과다 납부한 세액의 100분의 20을 한도로 공제해야 하는 것임에도 이를 일시에 환급하였으므로 추징하여야 한다는 감사원의 처분지시에 따라 2021.10.25. 청구법인에게 2016사업연도 법인세 OOO원(환급불성실가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 환급불성실가산세에 대하여 불복하여 2021.12.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 처분청 국세공무원의 판단과 권한으로 납세의무자에게 쟁점환급세액을 환급하였으나, 이후 그 국세공무원의 판단에 잘못이 있어 그 원인으로 당초 환급한 세액을 환수해야 한다면 그 과정에서 청구법인에게 가산세를 부과하는 것은 부당하다. 법인세법제58조의3의 사실과 다른 회계처리로 인한 경정에 따른 세액공제는 ① 내국법인이 법인세법제58조의3 제1항에서 정하고 있는 각 호의 요건을 모두 충족하는 사실과 다른 회계처리를 하여, ② 과세표준 및 세액을 과다하게 계상함으로써, ③국세기본법제45조의2에 따라 경정을 청구하여 경정을 받은 경우에는, ④ 과다 납부한 세액을 환급하지 아니하고 그 경정일이 속하는 사업연도부터 각 사업연도의 법인세액에서 과다 납부한 세액을 공제하도록 하고 있다. 위 내용 중 ①과 ②는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없는바 ③과 ④에 대한 청구법인의 주장은 아래와 같다. (가) 법인세법제58조의3 제1항에서 내국법인이 ①과 ②가 충족되는 경우 국세기본법제45조의2에 따라 경정청구서를 관할세무서에 제출하고 관할세무서로부터 경정을 받아야 하며, 경정을 받은 경우에는 과다 납부한 세액을 환급하지 아니한다고 규정하고 있다. 보다 구체적으로 살펴보면 ①과 ②의 요건이 충족되는 경우 우선 납세의무자는 국세기본법에 따라 과다 납부한 세액에 대한 경정청구서를 제출해야 하고, 관할세무서는 이를 검토하여 경정을 받아들이는 경우 과다 납부한 세액을 환급하지 않고 경정일이 속하는 사업연도부터 각 사업연도의 법인세액에서 과다 납부한 세액을 공제하도록 통지를 하여야 한다. 즉, 관할세무서는 납세의무자가 제출한 경정청구의 내용이 ①과 ②의 요건에 충족되는지 여부를 검토하고 당해 요건이 충족되어 ③의 절차 이행이 정당하다면 이를 경정하여 ④에 따른 절차를 이행하여야 한다. 다시 말해, 납세의무자가 신청한 경정청구를 받아들일지 여부, 신청한 세액을 환급하거나 환급하지 않고 세액공제를 적용해야 할 지 여부는 관할세무서가 판단해야 할 영역이며, 그 판단에 따른 집행(행사)은 관할세무서의 고유권한인 것이다. 따라서 관할세무서의 검토와 판단에 따라 고유권한을 행사(경정청구 거부, 환급 등)한 결과에 대한 책임은 모두 관할세무서에 있고, 이러한 권한을 행사한 이후 행위자(관할세무서)의 판단이 잘못된 것으로 인정되어 당초 행위의 일부를 수정하거나 행위 전체를 번복할 수 밖에 없는 경우가 발생하였다면 그 책임은 당초 행위자인 관할세무서에 있다. 따라서 이 경우 관할세무서의 당초 행위를 수정하거나 번복해야 한다면 이러한 과정에서 납세의무자에게 불이익(가산세 부과 등)을 주는 어떠한 행위를 해서는 아니된다. (나) 법인세법제58조의3 제1항 본문 후단에서 “경정을 청구하여 경정을 받은 경우에는 과다 납부한 세액을 환급하지 아니하고 그 경정일이 속하는 사업연도부터 각 사업연도의 법인세액에서 과다 납부한 세액을 공제한다”라고 규정하고 있어, 경정을 받더라도 관할세무서는 과다 납부한 세액을 환급하지 아니하여야 함이 명확하게 되어 있고, 법원(서울행정법원 2020.11.27. 선고 2018구합72307 판결)에서는 “이 사건 경정청구에 대한 경정 권한은 2016.8.26. 자 원고의 본점 이전으로 피고 OOO서장에서 피고 OOO서장으로 변경”이라고 판시하고 있어 법인세법제58조의3에 따른 경정청구에 대한 경정권한이 관할세무서에 있다는 것은 명확하다. 이 건에서 청구법인은 법인세법제58조의3 제1항에서 규정하고 있는 납세의무자가 지켜야할 의무를 모두 적법하게 이행하였고, 당시 통지관서 담당조사관의 고유권한과 판단에 따라 적법한 절차를 준수하여 청구법인에게 법인세를 환급하였다. 따라서 감사원의 감사결과 통지관서 담당조사관의 판단이 잘못되어 당초 행위를 수정하거나 번복해야 한다면 당초 행위에 대한 책임은 통지관서에 있는 것이고, 통지관서가 당초 행위를 번복하여 환급세액을 다시 환수해야 한다면 그 과정에서 납세의무자인 청구법인에게 어떠한 불이익(가산세 등)을 가하거나 행사해서는 안되는 것이다. (2) 청구법인의 법인세 미납행위에 어떠한 귀책사유도 없는 이상 환급불성실가산세는 전부 취소되어야 한다. (가) 가산세는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 부과하는 것이며, 대법원(2003.1.10. 선고 2001두7886 판결)에서도 “세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없으나, 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고납부의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다 할 것이다”라고 판시하고 있다. (나) 청구법인은 이 건과 관련하여 법인세법제58조의3 제1항 및 국세기본법제45조의2 제1항에 따라 적법하게 세법에서 요구하는 각종 의무를 이행하였다. 무엇보다 통지관서의 담당조사관(세무공무원)의 판단과 고유권한 행사를 믿고 그 의무를 성실하게 이행하였다. 즉, 청구법인은 법인세법제58조의3 제1항에 따른 의무를 법인세법이 정한 바에 따라 그 의무를 적법하고 성실하게 이행하였고, 세법에 어긋나는 그 어떠한 행위도 하지 않았음에도 불구하고 담당조사관의 판단에 따른 고유권한 행사로 인하여 청구법인은 아무런 위법행위나 의무불이행이 없었는데도 가산세를 납부해야만 하는 부당한 결과가 발생하였다. 조세심판원 선결정례(조심 2019서2684, 2020.4.13., 조심 2009서6689, 2010.9.30., 조심 2013서4611, 2014.2.26.)에서도 청구인들이 정당하게 납부한 세액에 대하여 별다른 사유 없이 경정청구대로 환급결정하였다가 당초의 자신 신고·납부세액으로 다시 경정·고지하면서 청구인들이 당초 기한 내에 과소하게 신고·납부하였음을 이유로 납부불성실가산세를 부과한 것에 대하여 이는 청구인들에게 해당 미납행위에 대한 귀책사유를 지우지 어려운 정당한 사유가 있다고 보아 납부불성실가산세를 부과한 것은 잘못이라고 판단한 바 있다. 상기 조세심판원 선결정례에서도 볼 수 있듯이 세법에서 정하고 있는 신고·납부의무를 적법하게 이행한 납세의무자가 어떠한 이유에서든 이미 신고·납부한 세액의 경정청구를 하여 처분청이 이를 받아들여 세액을 환급한 후 다시 해당 환급세액을 추징하는 경우 청구인들에게 미납행위에 대한 귀책사유를 지우기 어려운 정당한 사유가 있다고 보아 납부불성실가산세의 부과는 잘못되었다고 판단하고 있다. 이 건의 경우 청구법인은 법인세법제58조의3 제1항에서 규정하고 있는 납세의무자로서의 의무를 적법하게 이행하였음에도 불구하고 통지관서의 판단과 고유권한행사로 인하여 세액이 환급되었으므로 미납행위에 대한 귀책사유는 명백하게 처분청에 있다. 이는 청구법인에게 미납행위에 대한 귀책사유를 지우기 어려운 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하므로, 처분청이 청구법인에게 부과한 환급불성실가산세는 전부 취소되어야 한다. (3) 과세전적부심사청구의 결과는 잘못된 사실관계와 적합하지 않은 판례에 기초한 판단이고, 청구법인의 미납행위에 대한 귀책사유가 없는 이상 환급불성실가산세 OOO원은 전액 취소되어야 한다. (가) 처분청의 과세전적부심사결정서를 보면, “처분청이 청구법인의 경정청구를 받아들여 OOO원을 감액하여 기납부한 세액에서 OOO원을 환급하였다가 이를 번복하여 2차 경정처분을 하면서 위 OOO원을 반환을 명하였는바, 처분청의 환급결정은 청구법인의 경정청구에 기인한 것이고, 납세자가 잘못된 사실관계에 기초하여 경정청구를 하였으므로, 이러한 사실관계나 법령에 대한 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 보기 어렵다(서울고등법원 2019.1.30. 선고 2018누62838 판결)”고 적시하였다. (나) 처분청은 위와 같이 청구법인이 잘못된 사실관계에 기초하여 경정청구를 하였다는 의견이나, ① 청구법인은 감사보고서의 정정공시로 인하여 법인세법제58조의3에 따라 경정청구를 한 것으로 잘못된 사실관계에 기초하여 경정청구를 한 것이 아니고, ② 청구법인의 경정청구는 법인세법제58조의3 제1항 “내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 사실과 다른 회계처리를 하여 과세표준 및 세액을 과다하게 계상함으로써 국세기본법제45조의2에 따라 경정을 청구하여 경정을 받은 경우에는 과다 납부한 세액을 환급하지 아니하고 그 경정일이 속하는 사업연도부터 각 사업연도의 법인세액에서 과다 납부한 세액을 공제한다”는 규정에 기인하여 국세기본법제45조의2에 따라 경정청구를 한 것이므로 이는 이 건의 사실관계에 기초하여 현행 세법에 따라 적법한 경정청구 절차를 따른 것이다.
• 나. 처분청 의견 국세기본법제47조는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 가산세를 부과할 수 있도록 하고 있고, 같은 법 제47조의4 제1항에서는 국세를 환급받아야 할 세액보다 많이 환급 받은 경우에는 같은 항 2호에 따라 계산한 금액을 가산세로 부과하도록 규정하고 있으며, 같은 법 제48조에서는 납세자가 의무를 이행하지 않은 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 않도록 규정하고 있다. 과세관청이 납세자의 경정청구를 받아들여 국세를 환급하였다가 이를 번복하여 재경정하면서 환급받은 세액을 추징하는 경우에도 당초 환급결정은 납세자의 경정청구에 기인한 것으로, 납세자가 잘못된 사실관계에 기초하여 환급받을 세액을 과다하게 기재하여 경정청구를 하였으므로, 이러한 사실관계나 법령에 대한 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 보기는 어려운바(인천지방법원 2018.8.21. 선고 2017구단51263 판결, 같은 뜻임), 환급불성실가산세 OOO원을 포함하여 부과한 이 건 처분은 적법하다.

청구법인이 신청한 사실과 다른 회계처리로 인한 경정에 따른 세액공제를 처분청이 즉시 환급하였다가 이를 다시 추징하면서 환급불성실가산세를 부과한 처분의 당부

• 나. 관련 법률

(1) 국세기본법(2016.12.20. 법률 제14382호로 일부개정된 것) 제47조【가산세 부과】① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(稅目)으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다.

③ 가산세는 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 제47조의4【납부불성실·환급불성실가산세】① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납·예정신고납부·중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 다만, 인지세법제8조 제1항에 따른 인지세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

2. 초과환급받은 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자상당가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 환급받은 날의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(2) 법인세법(2016.12.20. 법률 제14386호로 일부개정된 것) 제58조의3【사실과 다른 회계처리로 인한 경정에 따른 세액공제】① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 사실과 다른 회계처리를 하여 과세표준 및 세액을 과다하게 계상함으로써 국세기본법제45조의2에 따라 경정을 청구하여 경정을 받은 경우에는 과다납부한 세액을 환급하지 아니하고 그 경정일이 속하는 사업연도부터 각 사업연도의 법인세액에서 과다 납부한 세액을 공제한다. 이 경우 각 사업연도별로 공제하는 금액은 과다 납부한 세액의 100분의 20을 한도로 하고, 공제 후 남아 있는 과다 납부한 세액은 이후 사업연도에 이월하여 공제한다.

1. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률제159조에 따른 사업보고서 및 주식회사의 외부감사에 관한 법률제8조에 따른 감사보고서를 제출할 때 수익 또는 자산을 과다 계상하거나 손비 또는 부채를 과소 계상할 것

2. 내국법인, 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사가 대통령령으로 정하는 경고·주의 등의 조치를 받을 것

② 제1항을 적용할 때 내국법인이 해당 사실과 다른 회계처리와 관련하여 그 경정일이 속하는 사업연도 이전의 사업연도에 국세기본법제45조에 따른 수정신고를 하여 납부할 세액이 있는 경우에는 그 납부할 세액에서 제1항에 따른 과다 납부한 세액을 과다 납부한 세액의 100분의 20을 한도로 먼저 공제하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 OOO의 감리(공사수익 OOO원 귀속시기 오류)에 따라 2019.3.20. 2016년 및 2017년 감사보고서를 정정공시 한 후 처분청에 2020.5.28. 2016사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 2020.5.29. 2017사업연도 법인세 OOO원을 수정신고·납부하였다. (나) 처분청은 2020.7.24. 청구법인의 2016사업연도에 대한 경정청구를 받아들여 OOO원을 환급하였다가, OOO의 처분지시에 따라 2021.10.25. 환급불성실가산세 OOO원(OOO)을 포함한 이 건 법인세를 부과하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 납세자의 경정청구를 받아들여 국세를 환급하였다가 이를 번복하여 재경정하면서 환급받았던 세액을 추징하는 경우에도 당초 환급결정은 납세자의 경정청구에 기인한 것으로, 납세자가 잘못된 사실관계에 기초하여 환급받을 세액을 과다하게 기재하여 경정청구를 하였으므로, 이러한 사실관계나 법령에 대한 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 보기 어렵다는 의견이나, 청구법인은 OOO의 감리결과에 따른 감사보고서의 정정공시에 따라 경정청구 및 수정신고·납부를 하였고, 청구법인의 경정청구에 대한 경정권한이 있는 처분청에서 이를 적법한 것으로 받아들여 2016사업연도에 대한 법인세를 환급하였던 것인데, 법인세법제58조의3 제1항에서는 “국세기본법제45조의2에 따라 경정을 청구하여 경정을 받은 경우에는 과다납부한 세액을 환급하지 아니하고 그 경정일이 속하는 사업연도부터 각 사업연도의 법인세액에서 과다 납부한 세액을 공제한다”라고 규정하고 있어, 처분청에서는 경정청구 취지대로 경정하면서 이와 별개로 위 규정에 따라 과다 납부한 세액을 환급하지 아니하여야 함에도 이를 환급한 잘못이 있음이 명확한 바 이러한 사실관계 하에서 청구법인에게 초과환급에 대한 귀책사유를 지우기 어려운 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하므로, 처분청에서 청구법인에게 이 건 법인세를 경정·고지하면서 환급불성실가산세를 부과한 것은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.