청구법인은 쟁점토지를 합병으로 취득한 것으로서 합병등기일이 쟁점토지의 취득일이고, 따라서 쟁점부칙 규정에 해당하여 법인세법 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례)의 과세대상에 해당하지 아니하는 것으로 봄이 타당함
청구법인은 쟁점토지를 합병으로 취득한 것으로서 합병등기일이 쟁점토지의 취득일이고, 따라서 쟁점부칙 규정에 해당하여 법인세법 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례)의 과세대상에 해당하지 아니하는 것으로 봄이 타당함
[주 문] OOO서장이 2021.10.1. 청구법인에게 한 2019사업연도 토지등 양도소득에 대한 법인세 OOO원에 대한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점토지는 2009.3.16.∼2012.12.31. 기간 중에 취득한 자산에 해당하므로 토지등 양도소득에 대한 과세특례 규정을 적용하지 아니한다는 쟁점부칙에 따라 법인세 추가 납부대상에 해당하지 않는다. (가) 쟁점부칙은 토지등 양도소득에 대한 과세특례에 관한 특례에 관한 것으로서 “2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제55조의2 제1항 제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다”고 규정하고 있다. (나) 청구법인은 자회사인 ㈜AAA를 합병하면서 피합병법인이 보유하고 있던 쟁점토지를 취득하였고, 2012년 중 지방세법상 취득세 및 등록세 신고를 완료하였으며, 공부상으로도 소유권이전등기일이 2012년 중 경료되었음을 확인할 수 있다.
(2) 쟁점부칙은 특례기간동안 ‘취득한 자산’으로 과세제외 대상을 명시하고 있고, 청구법인의 쟁점토지는 합병으로 ‘취득’하였으므로 특례기간 내 취득으로 보는 것이 타당하고, 조세심판원(조심 2019서2775, 2019.12.19., 조심 2020서2572, 2021.6.7., 조심 2021서4781, 2021.12.22.)도 분할로 승계한 자산에 대하여 그 취득을 분할법인이 최초로 취득한 당시가 아닌 분할등기일에 한 것으로 보아 분할법인이 쟁점부칙의 특례기간 이내에 취득하여 과세대상에 해당하지 아니하는 것으로 판단한바, 조세심판원의 판단 근거를 비추어 볼 때, 청구법인의 쟁점토지 역시 과세대상에서 제외된다. (가) 법인세법 과세체계상 피합병법인이 합병을 통한 승계의 방법으로 합병법인에게 자산을 이전한 것은 자산의 양도로 본다는 명확한 규정이 있고, 법인세법 시행령제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도)에서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 소유권이전등기일 등으로 명시하고 있다. 1) 법인세법 과세체계상 합병과 관련된 조문을 살펴보면, 토지등 양도소득에 대한 법인세와 관련된 법인세법 시행령 제92조의11 (부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) 제3항 제1호에서도 ‘토지를 취득한 날부터 3년 이내에 법인의 합병 또는 분할로 인하여 양도되는 토지’라고 규정하고 있고, 합병과 관련된 과세체계에서도 내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우, 합병에 따른 자산의 이전도 양도차익이 실현되는 자산의 양도에 해당한다고 보아 그 양도차익의 산정방법을 규정하면서, 예외적으로 법인세법제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세) 및 제44조의2(합병 시 합병법인에 대한 과세) 등에서 요건을 갖춘 경우에 한하여 사실상 양도차익에 대한 과세를 이연하는 정책적 특례를 제공하는 점 등 합병으로 인하여 양도가 명백히 이루어짐을 확인하고 있다.
2. 또한, 법인세법 시행령 제92조의2 (토지등 양도소득에 대한 과세특례) 제6항에서 토지등 양도소득의 귀속사업연도, 양도시기 및 취득시기에 관하여 법인세법 시행령제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도)를 준용하도록 규정하고 있고, 제68조 제1항 제3호는 ‘상품 등 외의 자산의 양도는 그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용 수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다’고 규정하고 있다.
3. 합병은 자산을 승계하고, 소유권이전등기가 행하여지는 법률행위로서 상품 등 외의 자산의 양도에 해당되는 바, 법인세법 시행령제68조 제1항 제3호에 따라 쟁점토지의 취득시기는 청구법인이 쟁점토지를 새롭게 취득한 시점인 합병등기일로 보는 것이 타당하다.
4. 즉, 합병으로 인하여 피합병법인의 자산 양도가 발생한 결과, 청구법인이 쟁점토지를 합병 당시 ‘취득’하게 된 것이고, 피합병법인의 양도로 합병법인이 취득하는 자산의 취득일은 합병등기일로 의제하고 있으므로 합병을 통해 청구법인이 피합병법인으로부터 소유권 이전한 쟁점토지 취득일 역시 합병등기일로 보는 것이 타당하다. (나) 2009.5.21. 개정된 쟁점부칙에 적격합병으로 취득한 자산은 제외한다는 규정은 존재하지 않는다. 1) 대법원(대법원 2000.3.16. 선고 98두11731 판결)은 법률의 집행에 있어서 조세법규는 엄격하게 해석·적용하여야 하며, 행정편의적인 확 장해석이나 유추적용은 허용되지 않음을 의미하므로, 법률의 위임이 없이 명령 또는 규칙 등의 행정입법으로 과세요건 등에 관한 사항을 규정하거나 법률에 규정된 내용을 함부로 유추, 확장하는 내용의 해석규정을 마련하는 것은 조세법률주의 원칙에 위배된다고 판시하고 있다.
2. 쟁점부칙에서 대상 자산을 ‘취득한 자산’이라고 규정하면서 그 범위를 매매에 의한 취득(유상취득)만을 그 대상으로 본다거나, 무상취득 ‧ 승계취득 등 다른 방식에 의한 취득을 배제한다고 규정하고 있지 아니하고, 법인세법 시행령 제72조 (자산의 취득가액 등) 제2항 제3호는 취득의 원인 행위로 합병을 명시하고 있으며, 지방세법 제6조 (정의) 제1호에서 취득이란 ‘매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다’고 규정하고 있어 합병에 의한 승계취득도 취득으로 보아 취득세를 부과하고 있는바, 쟁점부칙의 해석 시 법인세법상 취득의 개념 또한 매매에 의한 취득뿐만 아니라 합병ㆍ분할에 의한 취득 등 모든 유ㆍ무상의 취득을 포함한다고 해석함이 타당하다.
3. 이와 같이 청구법인이 2012년 합병을 통해 정점토지를 승계 취득한 경우 합병등기일을 취득일로 보아 쟁점부칙에 의한 특례기간에 취득한 것에 해당하므로 토지등 양도소득 과세특례 적용대상에서 제외하여야 하는 것이다.
(1) 청구법인은 적격합병의 당사자로 과세이연의 혜택을 받았음을 강조하고 있는데, 제3자에게 매매로 양도되어 자산의 사용ㆍ지배권 등 실질적인 이해관계자가 양수인에게 완전히 이전되는 취득과 사용ㆍ지배권 등 실질적인 이해관계의 변동이 발생하지 않은 취득이 동일하게 취급될 수는 없으므로 법인세법 시행령 제68조 에서 규정하는 일반적인 자산의 취득시기를 문자 그대로 적용하여 등기상 명의이전 시기를 쟁점토지의 취득시기로 보아야 한다는 청구주장은 실질을 무시한 자의적인 해석이다.
(2) 청구법인의 2019사업연도 법인세 신고서상 쟁점토지의 취득일을 피합병법인의 당초 취득일로 계상하고 있음은 합병으로 인하여 100% 지배하고 있던 자회사를 통합하였을 뿐 실질적인 이해관계의 변동이 없이 단순히 자산을 승계하였음을 자인하는 것인바, 부동산 시장에서 실제로 거래된바 없는 쟁점토지의 양도는 과세특례 적용을 배제하여 조세 혜택을 부여할 대상이 아니다.
(3) 청구법인은 법인세법 시행령 제72조 를 들어 쟁점토지가 소유권 및 통제권이 피합병법인에서 합병법인으로 넘어간 합병법인의 취득행위에 해당되며, 지방세법 제6조 를 들어 합병에 의한 승계취득도 취득으로 보아 취득세를 부과하고 있는 점에 근거하여 쟁점부칙을 적용함에 있어 매매로 인한 유상취득에 한정해서 적용할 법적 근거가 없음을 주장하고 있으나, 법인세법 시행령 제72조 제2항 제3호 는 합병 등에 따른 자산의 취득가액 계산에 대한 규정이며, 지방세법 제6조 는 취득세 과세를 위한 취득의 범위를 정의한 것인바, 청구법인이 합병으로 승계 취득한 쟁점토지의 취득시기를 합병등기일 등으로 보아야 한다는 주장은 법인세법 시행령상의 취득유형별 자산의 취득가액에 대한 규정을 취득의 정의까지 확대해석한 것에 불과하여 쟁점토지의 취득시기를 합병등기일 등으로 볼 구체적인 근거가 없다.
(4) 청구법인은 적격분할에 따른 양도차익까지 분할신설법인에게 추가 과세하는 것은 불합리하다는 조세심판원의 결정례(조심 2019서2775, 2019.12.19.)를 들어 쟁점토지에 대하여 분할인지 합병인지 여부에 따라 쟁점부칙을 달리 적용할 이유가 없음을 주장하고 있으나, 분할은 하나의 회사가 둘 이상의 회사로 나누어지는 것을 말하고, 합병이란 둘 이상의 회사가 합하여 하나의 회사가 됨으로써 반드시 하나 이상의 회사가 소멸하며, 존속하는 회사는 소멸하는 회사의 권리·의무를 포괄승계하게 되어 분할과 성격이 완전히 다른 것인바, 분할에 대한 조세심판원 결정례를 이 건에 그대로 원용하기에는 부적절하고, 조세심판원 결정례(조심 2019서2775, 2019.12.19., 조심 2020서2572, 2021.6.7.)와 국세청 법령해석(기준-2020-법령해석법인-304, 서면-2019-법인-557)이 상충되고 있다.
(1) 법인세법 제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세) ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.
1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액
2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(괄호 생략)
② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 "적격합병"이라 한다)의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. (단서 및 각 호 생략) 제44조의2(합병 시 합병법인에 대한 과세) ① 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 피합병법인으로부터 합병등기일 현재의 시가(제52조 제2항에 따른 시가를 말한다. 이하 이 관에서 같다)로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 등은 대통령령으로 정하는 것만 합병법인이 승계할 수 있다. 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 부칙(2009.5.21. 법률 제9673호로 개정된 것) 제4조(토지등 양도소득에 대한 과세특례에 관한 특례) 2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제55조의2 제1항 제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다. (2) 법인세법 시행령 제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.
3. 상품 등 외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날(괄호생략). 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)·인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다. 제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.
3. 합병·분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액 제92조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ⑥ 제68조의 규정은 법 제55조의2 제1항의 규정에 의한 토지등양도소득의 귀속사업연도, 양도시기 및 취득시기에 관하여 이를 준용한다.
(3) 지방세법 제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.
1. "취득"이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다), 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다.
(1) 쟁점토지 등기사항전부증명서 및 법인세 신고서를 보면, ㈜AAA는 쟁점토지를 1990.6.25. 취득하였고, 2012.3.5. 쟁점토지가 ㈜AAA에서 청구법인으로 소유권 이전 등기되었으며, 청구법인은 2019.4.30. ㈜BBB에게 쟁점토지를 OOO원에 양도OOO한 것으로 확인된다.
(2) 청구법인의 등기사항일부증명서에 따르면 청구법인의 ㈜AAA 합병등기일은 2012.1.3.인 것으로 확인되고, 청구법인은 2019사업연도 법인세 신고 시 토지명세서상 쟁점토지의 자본화일(취득일)을 1990.6.21. 신고한 것으로 나타난다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 쟁점토지 취득일은 피합병법인이 당초 쟁점토지를 취득한 날임에도 합병으로 승계 취득한 쟁점토지를 단순히 취득의 범주에 묶어 그 취득시기를 합병등기일로 봄은 자의적 해석에 불과하므로 쟁점부칙의 적용을 배제한 경정청구 거부처분은 적법하다는 의견이나, 쟁점부칙은 “2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제55조의2 제1항 제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다”고 규정하고 있을 뿐, 매매로 인한 취득만으로 한정하고 있지 아니하여 이 건과 같은 합병에 의한 취득이 배제된 것으로 해석하기 어려워 보이는 점, 법인세법 제44조 (합병 시 피합병법인에 대한 과세) 제1항은 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 보아 자산양도차익에 대해 과세하도록 규정하고 있는 점, 우리 원은 분할로 승계한 자산의 경우 그 취득시기를 분할등기일로 보아 쟁점부칙에 해당하여 토지 등 양도소득에 대한 과세대상에 해당하지 아니하는 것으로 판단한 점(조심 2019서2775, 2019.12.19., 조심 2020서2572, 2021.6.7. 등) 등에 비추어 볼 때, 청구법인은 쟁점토지를 합병으로 취득한 것으로서 합병등기일이 쟁점토지의 취득일이고, 따라서 쟁점부칙 규정에 해당하여 법인세법 제55조의2 (토지등 양도소득에 대한 과세특례)의 과세대상에 해당하지 아니하는 것으로 봄이 타당해 보이므로 처분청에서 청구법인이 쟁점토지는 합병에 의해 2012년에 취득한 것이어서 쟁점부칙의 규정에 따라 법인세 납부 대상이 아니므로 당초 납부한 법인세를 환급하여 달라는 취지로 한 2019사업연도 법인세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.