1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각 호에서 중과배제주택으로 쟁점주택을 포함하지 아니하고 있고, 같은 항에서 장기임대주택을 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없는 점, 비과세를 정하고 있는 규정과 조정대상지역 다주택자에 대한 장기보유특별공제 배제 및 중과세율을 정하고 있는 규정이 동일하지 아니하는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하고, 장기보유특별공제를 배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다.
(2) "1세대 1주택"의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니하는 취지는 주택은 국민의 주거생활의 기초가 되는 것이므로 1세대가 국내에 소유하는 1개의 주택을 양도하는 것이 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 일시적으로 주거하거나 소유하다가 양도하는 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우에는 그 양도소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니함으로써 국민의 주거생활의 안정과 주거이전의 자유를 보장하여 주려는 데 있다(대법원 1994.9.13. 선고 94누125 판결)고 할 것이며, 1세대 1주택 비과세요건을 갖춘 주택의 양도가액이 9억원을 초과하는 경우에는 고가주택에 해당되어 9억원을 초과하는 부분에 대하여 양도소득세 비과세를 배제하는 것은 1세대1주택에 대한 비과세의 입법목적과 달리 과도한 세제혜택을 방지하고 조세응능부담의 차원에서 담세력을 부여한 것이라고 할 것이나, 비록 고가주택이라고 하더라도 1세대1주택 비과세 요건을 갖춘 주택이라면 1세대1주택 비과세 입법취지와 목적에 맞는 주택 실수요자로서의 1주택자인 사실은 분명한 것이므로 당해 주택의 양도가액이 9억원을 초과한다고 하여 과세상 다주택자와 동일하게 취급될 것은 아니다. 이러한 사실은 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 각 목에 따른 주택(장기임대주택)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 같은 영 제155조 제20항 각 호의 요건을 모두 충족하는 해당 1주택(거주주택)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아, 같은 영 제154조 제1항에 따른 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하고 있으며(국세청 예규 부동산납세-134, 2013.11.6.), 장기임대주택을 소유하고 있는 경우에도 같은 영 제155조 제1항에 따른 일시적 2주택 특례를 적용받을 수 있는 점(국세청 예규 부동산납세–33, 2015.1.12.), 1세대가 같은 영 제167조의3 제1항 제2호에 해당하는 주택(장기임대주택)을 제외하고 1개의 주택(일반주택)만을 소유하고 있는 경우로서 일반주택을 양도하는 경우에는 같은 영 제167조의3 제1항 제10호의 규정에 의하여 1세대 3주택 이상의 양도소득세 중과세율(60%) 적용대상에서 제외되는 점(국세청 예규 서면5팀-748, 2008.4.7.) 등 주택의 양도에 대한 비과세·감면과 중과세율 적용을 배제하는 규정의 취지를 종합하여 볼 때, 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 양도가액 9억원 이하분에 대해서는 1세대1주택자로 양도소득세를 비과세하면서도 양도가액 9억원 초과분에 대해서는 다주택자에게 적용되는 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 과세하는 것은 입법취지와 목적에 부합하지 않는 부당한 처분이다.
(3) 2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제13호 는 “제155조 또는조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택”에 해당하면 1세대 3주택자 중과대상에서 제외하도록 명문화하고 있는바, 이 신설규정은 1세대1주택자로서 고가주택 보유자에 대한 세율 적용에 있어 종전 규정의 입법상 미비점을 보완하고 과세당국과 납세자 간의 해석상의 차이를 해소하기 위해 확인적으로 명문화한 규정이므로 동 규정에도 부합하는 이 건의 경우에는 당연히 중과세율 적용을 배제하고 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.
(1) 청구인은 장기임대주택을 보유한 일시적 2주택자 상태에서 종전주택을 양도하였으므로 소득세법 제89조 (비과세 양도소득)에 따라 비과세 적용은 가능한 것이나, 같은 조 제1항 제3호에서 고가주택에 대해서는 9억원 초과분에 대해서는 과세하도록 규정하고 있으므로 청구인의 경우 양도가액이 9억원을 초과하므로 9억원 초과분에 대한 양도차익은 과세되는 것으로 보아야 한다. 또한 소득세법 시행령 제167조의3 (1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위)에서 장기임대주택을 보유한 일시적 2주택자의 종전주택 매도시 중과를 제외한다는 규정을 찾을 수 없으므로 종전주택의 양도차익 중 9억원까지는 비과세, 9억원 초과분에 대해서는 3주택 중과세율을 적용하는 것으로 판단하여야 한다.
(2) 이 심판청구건은 국세청 사전법령해석을 통해 이미 정립된 사안에 해당한다. 국세청은 해석을 통하여, 거주자 및 거주자가 속한 세대가 거주주택과 신규주택을 보유하다 장기임대주택을 취득하고 조정대상지역 내 거주주택을 양도한 경우 거주주택과 장기임대주택이 소득세법 시행령 제155조 제20항 각 호의 요건을 충족하고, 거주주택 취득일로부터 1년 이상 지난 후 신규주택을 취득, 신규주택 취득일로부터 3년 내 거주주택을 양도한 경우에는 1세대1주택으로 보아 같은 령 제154조 제1항을 적용하며 해당 거주주택이 고가주택에 해당하는 경우에는 같은 영 제160조 제1항에 따라 양도차익을 산정하는 것이고, 이 때 적용할 세율은 소득세법 제55조 제1항 에 따른 세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하고 장기보유특별공제는 적용하지 아니하는 것으로 회신(사전-2019-법령해석재산-0368, 2019.11.1.)하였다.
(3) 2021.2.17. 신설된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제13호 는 같은 영 부칙 제2조 제2항에 따라 2021.2.17. 이후 양도하는 분부터 적용하는 것으로, 쟁점주택 양도 당시의 법령과 국세청 해석에 따라 과세한 이 건에 대하여는 적용될 수 없다.
(1) 청구인이 쟁점주택 양도일(2018.4.19.) 현재 위 OOO과 같이 임대주택을 보유하고 있는 점, 쟁점주택과 대체주택이 일시적 2주택에 해당하는 점, 보유한 모든 주택이 조정대상지역에 소재하고 있다는 점에 대하여 청구인과 처분청간 이견이 없다.
(2) 청구인의 배우자 AAA는 2018.3.23. OOO를 2018.2.19.자 매매를 원인으로 취득하였고, 2018.3.15. OOO구청에 민간임대주택에 관한 특별법에 따라 단기임대사업자 등록 및 2018.3.19. OOO세무서에 주택임대 사업자등록을 하였으며, 2020.6.15. OOO과 임대차계약을 체결한 것으로 확인된다.
(3) 청구인의 주민등록초본에 따르면, 청구인은 1986.5.12. 쟁점주택에 전입하였고 2018.4.19. 현 주소지인 OOO에 전입한 것으로 확인된다.
(4) 청구인에 대한 2018년 귀속 양도소득세 경정 내역은 아래 OOO와 같다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 소득세법 제89조 제1항 제3호 는 양도가액 9억원을 초과하는 고가주택에 대해서 1세대 1주택 비과세를 배제한다고 규정하고, 이에 따라 같은 법 시행령 제160조 제1항은 고가주택의 양도차익 및 장기보유특별공제의 계산에 관하여 별도의 산식을 규정하고 있는 등 관련 법령에서 고가주택을 일반주택과 구분하여 과세대상으로 삼고 있는 점, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각 호에서 중과배제주택으로 쟁점주택을 포함하지 아니하고 있고, 같은 항에서 장기임대주택을 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없는 점, 해당 조문상 대체주택 취득으로 일시적으로 2주택에 해당하게 되는 경우 실질적인 주택수를 감안하여 이를 1개의 주택으로 본다는 규정이 없어 같은 항 제10호를 적용하기도 어려운 점, 비과세를 정하고 있는 규정(소득세법 제89조 및 같은 법 시행령 제155조)과 조정대상지역 다주택자에 대한 장기보유특별공제 배제 및 중과세율을 정하고 있는 규정(소득세법 제95조·제104조 및 같은 법 시행령 제167조의3)이 동일하지 아니하고, 쟁점주택을 일시적 2주택으로 보아 장기보유특별공제와 일반세율을 적용하는 경우 조정대상지역 외 다주택과 세효과가 동일하게 되는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하고, 장기보유특별공제를 배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2020서2295, 2020.11.23., 같은 뜻임).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등
(1) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득
② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.(표 생략)
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.
1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택
2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.
3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택
4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다. ※ 부 칙 제1조(시행일) 이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.
1. 제64조 제1항(제104조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 세율을 적용받는 자산에 한정한다), 제95조 제2항 각 표 외의 부분 본문, 제104조 제4항 제1호 및 제2호, 같은 조 제5항 제2호, 같은 조 제7항ㆍ제8항 및 제104조의2 제2항의 개정규정: 2018년 4월 1일 (2) 소득세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28637호로 개정된 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.(단서 이하 생략)
② 제1항에서 조정대상지역을 적용할 때 2017년 8월 3일부터 2017년 11월 9일까지의 기간에는 다음 표의 지역을 조정대상지역으로 한다. 제155조(1세대1주택의 특례) ①국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.
⑳ 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 영유아보육법 제13조 제1항 에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.
1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 영유아보육법 제13조 제1항 에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것
2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것 제156조(고가주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 “가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다. 제159조의3(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.
2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.
10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다) ※ 부 칙 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.
1. 제87조 제1호 및 제1호의2, 제165조 제4항, 제167조의3, 제167조의4, 제167조의9, 제167조의10, 제167조의11 및 제168조의3의 개정규정: 2018년 4월 1일 (3) 소득세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 것) 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ①법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.
13. 제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택 ※ 부 칙 제2조(일반적 적용례) ② 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.