쟁점부동산 매매계약서 특약에 임차인들의 명도는 매수인의 책임으로 하고, 매도인은 계약과 동시에 부동산 개발사업(건축 인허가)를 위한 토지사용승낙서를 교부해 주기로 하며, 쟁점부동산 철거공사과정에서 등기상 건축물 외 폐기물이 추가 발생하는 경우 매도인의 비용으로 이를 철거한다는 등의 내용의 약정이 기재되어 있는 것으로 보아 청구법인은 취득시점부터 쟁점건물을 철거하고 신축할 목적이었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점건물을 철거하고 토지만을 사용할 목적에서 쟁점건물을 취득하여 철거하기 전까지 일시적으로 임대한 것으로 봄이 타당하므로 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 부동산 매매 및 임대업을 사업목적으로 하는 사업자로 2019.11.19.자 매매계약, 2020.5.21.자 소유권이전등기를 통해 쟁점부동산을 취득하였고, 이후 청구법인은 2020.7.2. 지식산업센터를 건축하기 위하여 건축허가 및 착공신고필증을 받았다. 청구법인은 지식산업센터 신축을 위해 소요되는 기간을 고려하여 새로운 건물의 신축이 가능하게 되는 때까지 쟁점건물을 통해 임대수익사업을 영위하고자 하였다. 이에 쟁점건물을 취득한 2020.5.21.부터 임차인들이 임차목적물을 반환한 2020.12.31.에 이르기까지 임대수익을 얻었는바, 쟁점건물은 부가가치세법 제38조 의 규정에 따라 자기의 사업을 위하여 사용되거나 사용할 재화에 해당하므로 쟁점건물의 취득시 부담한 매입세액은 공제되어야 한다.
(2) 처분청은 쟁점매입세액이 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제80조 제2호의 토지에 관련된 매입세액에 해당한다는 이유로 경정청구를 거부하였으나, ① 청구법인은 부동산 개발업 뿐만 아니라 부동산 임대업을 영위하였던 점, ② 청구인은 2019.11.19.자 매매계약을 통해 쟁점부동산을 취득한 뒤 7개월이 지난 2020.7.2. 건축허가서 및 착공신고필증을 제출하였고, 청구법인이 건축허가 및 착공신고를 서두른 것은 관련 법령의 변경으로 지식산업센터 신축을 위한 건폐율, 용적률 등이 달라질 것을 우려하였기 때문인 점, ③ 쟁점건물의 임차인들을 계약기간 만료 전 퇴거시킨 것은 쟁점건물을 철거하기 위함이었는바, 당초부터 철거목적이 있었다는 이유로 건물의 매입세액을 토지 관련매입세액으로 볼 수 없고, 임대인의 지위를 승계한 시점부터 쟁점건물을 명도받기까지 6개월 이상 임대차계약을 유지하여 임대수익을 얻은 점 등을 고려하면 이 건 경정청구 거부처분은 위법하다.
(3) 오히려 조세심판원 선결정(조심 2016중341, 2016.5.19.)에서는 건물을 철거하고 새로운 용도로 건물을 신축하기 위한 목적으로 건물을 취득하여 철거 전까지 임대사업을 영위한 경우 건물의 취득이나 철거에 관련된 매입세액은 공제되는 것으로 보았는바, 청구법인과 같이 쟁점건물을 취득한 후 새로이 지식산업센터를 신축하기 위한 건축허가에 소요되는 기간과 실현 자체를 확신할 수 없는 상황에서 사업변경을 추진하며 임대사업을 영위한 경우이므로 쟁점건물은 부가가치세법 제38조 의 규정에 따라 자기의 사업을 위하여 사용되거나 사용할 재화에 해당하므로 쟁점매입세액을 공제하는 것이 타당하다.
(1) 청구법인은 법인등기사항전부증명서상 목적사업에 임대업이 있었으므로 부동산 임대업을 영위하고 있다고 주장하나, 기존 사업자등록증 업종에는 부동산 임대업이 없고, 부동산 임대업을 추가할 수 있었음에도 사업자등록 정정을 통하여 추가하지 아니하였으며, 이 건 외에 부동산 임대를 한 적이 없는 점을 종합하면 쟁점부동산 취득 당시 임대업을 영위할 목적이 없었음을 알 수 있다.
(2) 청구법인은 건축물 신축을 위한 건폐율 및 용적률이 달라질 것을 우려해 어쩔 수 없이 건축허가 및 착공신고를 일찍 하였다고 주장하나, 청구법인은 쟁점부동산 매입 후 약 1개월만에 건축용도 변경허가서, 착공신고필증 등을 제출하였다. 건축물 신축을 위해 일찍 신고했다는 주장은 오히려 쟁점부동산의 취득 목적이 기존 건물을 철거하고 신축건물을 지으려는 것임을 방증하는 것이고, 2020.5.21. 소유권이전등기 후 즉시 EEE 주식회사로 신탁하여 분양 및 매매를 준비한 것이 확인된다.
(3) 청구법인은 임대인의 지위를 승계한 시점부터 쟁점건물을 명도받기 전까지 6개월 이상 임대수익을 얻었으므로 부가가치세법 제38조 에 따라 쟁점매입세액이 공제되어야 한다고 주장하나, 청구법인과 쟁점부동산 양도인 간의 부동산 매매계약서 특약사항에 건축인허가를 위한 사용승낙서 교부 및 건축물 등기에 대한 말소 등이 명시되어 있고, 명도합의를 통해 보상금 및 이전비용을 지불한 후 기존 계약기간보다 일찍 퇴거시킨 사실도 확인된다. 따라서 청구법인은 건물 신축을 위하여 일시적으로 임대한 후 쟁점건물을 철거하였으므로 쟁점매입세액은 토지와 관련된 매입세액으로 불공제되어야 한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 제80조(토지에 관련된 매입세액) 법 제39조 제1항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액”이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액
2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액
3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 제85조(면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액 공제 특례) ① 사업자가 법 제39조 제1항 제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 법 제43조에 따라 공제되는 세액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제66조제2항 후단을 준용한다.
(1) 청구법인 및 쟁점부동산의 등기사항전부증명서 등에서 확인되는 사항은 다음과 같다. (가) 청구법인은 부동산 개발업, 부동산 매매 및 임대업 등을 사업목적으로 하여 법인등기를 하였고, 업종을 부동산업(종목: 부동산 개발업, 부동산 매매업)으로 사업자등록을 한 것으로 나타난다. (나) 쟁점부동산 중 OOO 소재 부동산은 2019.11.19. 매매를 원인으로 2020.5.21. AAA 주식회사로부터 청구법인에게 소유권이전등기가 되었고, OOO 소재 부동산은 2020.1.15. 매매를 원인으로 2020.5.21. 주식회사 DDD로부터 청구법인에게 소유권이전등기가 되었으며, 쟁점부동산은 2020.5.13. 신탁을 원인으로 2020.5.21. EEE 주식회사에 소유권이전등기가 된 것으로 나타난다. (다) 쟁점부동산 매매계약서 특약에 기재되어 있는 내용은 <표2>와 같다. <표2> 부동산 매매계약서 특약 OOO
(2) 청구법인이 제출한 건축허가서, 착공신고필증 등에 나타나는 쟁점건물의 건축 진행경과는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2019.11.19. 및 2020.1.15. 쟁점부동산을 취득하는 계약을 체결하고, 2020.5.21. 소유권이전등기를 하였다. (나) 청구법인은 2020.7.2. 관할구청으로부터 공장(지식산업센터, 건축면적 3,665.88㎡ 연면적 63,086.93㎡) 건축허가를 받았고(OOO), 2021.5.28. 착공신고필증을 수령하였다. (다) 2021.3.2. 청구법인과 BBB 주식회사는 쟁점부동산의 철거공사와 관련하여 건설공사 도급계약을 체결하였고, 계약서상 공사기간은 2021.3.22.∼2021.6.30.로 나타난다.
(3) 청구법인은 쟁점부동산 취득시 쟁점건물의 기존 임대차계약을 승계하여 모든 임차인이 퇴거한 2021년 1월경까지 쟁점건물을 임대하였다. (가) 처분청 및 청구인이 제출한 부동산임대공급가액명세서 및 임대차계약서에서 확인되는 쟁점부동산의 임대차계약 내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점부동산 임대현황 OOO (나) 청구법인은 모든 임차인과 기존 임대차 기간이 종료되기 전인 2020.12.31.까지 쟁점부동산을 명도할 것을 합의하고 명도비용을 지급하여 임대차계약을 해지하였다. <표4> 명도합의서[예시: ㈜ CCC] OOO <표5> 임차인별 명도이전비용 등 OOO
(4) 청구법인은 쟁점부동산 취득시 쟁점건물분 매입세액 OOO원을 전액 불공제하였으나, 임차인들이 모두 퇴거하기전까지 쟁점건물을 임대사업에 사용하였으므로 부가가치세법 시행령 제85조 제1항 제1호 의 계산식을 적용하여 계산한 금액 OOO원을 공제하여야 한다며 경정청구를 제기하였고, 처분청은 “건물 신축을 위하여 일시적으로 임대한 후 건물을 철거한 것으로 보여 토지의 자본적 지출에 해당하여 경정청구를 거부하고자 한다”며 이를 거부하였다. <표6> 청구법인의 경정청구 내역 OOO
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 부동산임대업을 사업목적으로 하는 법인으로 쟁점건물을 취득한 후 임차인들이 퇴거하기까지 6개월 이상 임대수익을 얻었으므로 해당 기간에 상당하는 쟁점매입세액은 공제되어야 한다고 주장하나, 청구법인은 2020.5.21. 쟁점부동산을 취득한 직후인 2020.7.2. 공장(지식산업센터)을 신축하는 건축허가를 받았고, 2021년 3월경 철거공사 계약을 체결한 후 2021.5.28. 건축물 착공신고를 한 점, 쟁점부동산 매매계약서 특약에 임차인들의 명도는 매수인의 책임으로 하고, 매도인은 계약과 동시에 부동산 개발사업(건축 인허가)를 위한 토지사용승낙서를 교부해 주기로 하며, 쟁점부동산 철거공사과정에서 등기상 건축물 외 폐기물이 추가 발생하는 경우 매도인의 비용으로 이를 철거한다는 등의 내용이 기재되어 있는 것으로 보아 청구법인은 취득시점부터 쟁점건물을 철거하고 신축할 목적이었던 것으로 보이는 점, 청구법인이 쟁점건물을 취득한 후 8개월 가량 임대한 것으로 나타나나, 양도인으로부터 임대차계약을 승계하여 모든 임차인과 기존 임대차 기간이 종료되기 전인 2020.12.31.까지 명도할 것을 합의하고 거액의 명도비용을 지급하여 임대차계약을 해지한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점건물을 철거하고 토지만을 사용할 목적에서 쟁점건물을 취득하여 철거하기 전까지 일시적으로 임대한 것으로 봄이 타당하므로 처분청이 쟁점매입세액을 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출과 관련한 매입세액으로 보아 부가가치세 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.