1세대1주택 비과세 규정 적용을 위해서는 2017.9.19. 개정된 「소득세법 시행령」에 따라 청구인이 2년 거주요건을 충족하여야 함에도 이를 충족하지 못한 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 규정 적용을 배제하고 양도소득세를 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2007.8.9. OOO(이하 “종전주택”이라 한다) 주택을 취득하여 보유하던 중, 2016.9.28. OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다) 분양권을 취득하였고, 2017.3.31. 종전주택을 양도한 후 쟁점주택이 2017.11.13. 준공됨에 따라 2018.1.5. 쟁점주택의 소유권 이전등기를 완료(취득가액 OOO원)하였다.
• 나. 청구인은 2021.3.30. 쟁점주택을 OOO원에 양도하고 2021.4.5. 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하여 9억원 초과분 양도차익에 대한 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 다. 처분청은 2021.9.8.∼2021.9.27. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 1세대 1주택 비과세 규정 적용을 위해서는 청구인이 2017.9.19. 개정된 소득세법 시행령에 따른 2년 거주요건을 충족하여야 함에도 이를 충족하지 못한 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 규정 적용을 배제하고 2021.11.2. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다. <표1> 사건 시계열표
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2021.12.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 2017.9.19. 소득세법 시행령 제154조 제1항 제5호 (이하 “쟁점규정”이라 한다)가 개정되면서 1세대 1주택 비과세 요건에 2년 이상 거주요건을 추가(조정대상지역에 있는 주택 취득 시)하였고, 조정대상지역 공고일 이전에 매매계약을 체결한 경우로서 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니한 경우 거주요건의 제한을 받지 아니하도록 규정하였다. 국세기본법 제18조 는 세법을 해석․적용할 때에는 과세의 형평과 해당조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야한다고 규정하고 있는바, 쟁점주택 분양권 계약당시에 거주요건이 없었으므로 청구인은 주택 준공 후 2년 이상 보유만 하면 1세대 1주택으로 비과세 대상이 될 수 있다고 신뢰하여 종전주택을 양도한 후 쟁점주택을 2년 이상 보유하다가 양도하였고, 청구인이 쟁점주택의 분양권을 취득할 시점에는 비록 다른 주택이 있었지만 쟁점규정이 개정될 당시에는 무주택자였다. 따라서 쟁점규정의 취지나 형평성을 고려할 때 쟁점주택의 양도는 1세대 1주택의 양도로 보아 비과세 적용함이 타당하므로, 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 이 사건 세무조사 과정에서 청구인과 이견이 있고 처분청이 단독으로 판단하기 곤란한 세법해석 사항에 대하여 청구인의 의견을 받아 국세청 법령사무처리규정제27조에 따라 2021.9.17. 국세청 법령해석과장에게 과세기준자문을 신청하였고, 국세청 법령해석과장은 “2017.8.2. 이전에 조정대상지역에 있는 주택에 대한 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택으로서, 해당 주택의 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급 당시에는 1주택을 보유하고 있었고, 소득세법 시행령(2017.9.19. 영 제28293호로 개정된 것, 이하 ‘개정 시행령’) 개정 당시에는 주택을 보유하지 않은 경우에는, 개정 시행령 부칙 제2조 제2항 제2호 괄호 안의 ‘주택을 보유하지 아니한 경우’에 해당하지 않는 것(법령해석과-3404, 2021.9.30.)”이라고 회신하였다. 조세법률주의상 감면규정 등 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 명백하고 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는 것인바, 이 사건의 경우 조정대상지역 지정 이전에 쟁점주택 분양권을 취득하였으나, 계약 시점에 1주택(종전주택)을 보유하고 있었으므로 거주요건의 제한을 받지 않는 소득세법 시행령제154조 제1항 제5호를 적용할 수 없는 것이고, 쟁점주택 준공 취득 후 2년 이상 거주요건을 충족하지 못하였으므로 1세대 1주택 비과세 대상이 되지 못한다 할 것이다.

• 가. 쟁점 1세대 1주택 비과세 규정 적용을 위해서는 2017.9.19. 개정된 소득세법 시행령에 따라 청구인이 2년 거주요건을 충족하여야 함에도 이를 충족하지 못한 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 규정 적용을 배제하고 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등

(1) 소득세법 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 (2) 소득세법 시행령 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

5. 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우 부칙 <제28293호, 2017.9.19> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(1세대 1주택 비과세 요건에 관한 적용례 등) ① 제154조 제1항ㆍ제2항 및 같은 조 제8항 제3호의 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택에 대해서는 제154조 제1항ㆍ제2항 및 같은 조 제8항 제3호의 개정규정 및 이 조 제1항에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

1. 2017년 8월 2일 이전에 취득한 주택

2. 2017년 8월 2일 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택(해당 주택의 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)

3. 2017년 8월 3일 이후 취득하여 이 영 시행 전에 양도한 주택

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점주택의 분양권을 취득(계약금 지급)할 당시 종전주택을 보유하고 있었다는 사실에 대해서는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점규정에 의하면, “거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날(2017.8.3.) 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우” 거주기간의 제한을 받지 않는다고 규정하고 있고, 부칙(제28293호, 2017.9.19.)은 “해당 주택의 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우로 한정”하여 거주기간 요건이 없던 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있는바, 청구인은 계약금 지급(분양권 취득) 당시 종전주택을 보유하고 있었으므로 쟁점규정에 따라 거주기간의 제한을 받지 않는 경우에 해당하는 것으로 보기 어려운 점 등을 고려하면 처분청이 2021년 귀속 양도소득세를 경정․고지한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.