2009.2.4. ｢조세특례제한법 시행령｣ 제124조 제4항이 개정되어 수도권과밀억제권역 투자에 대한 감면배제 예외로서 정보처리설비가 추가되었다고 하여 정보처리설비에 ｢조세특례제한법｣ 제24조의 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제가 적용된다고 할 수 없는 점 등에 비추어, 쟁점정보처리설비가 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제 대상에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨
2009.2.4. ｢조세특례제한법 시행령｣ 제124조 제4항이 개정되어 수도권과밀억제권역 투자에 대한 감면배제 예외로서 정보처리설비가 추가되었다고 하여 정보처리설비에 ｢조세특례제한법｣ 제24조의 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제가 적용된다고 할 수 없는 점 등에 비추어, 쟁점정보처리설비가 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제 대상에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점정보처리설비는 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제 대상에 해당한다. (가) ｢조세특례제한법｣ 개정(2004.12.31. 법률 제7322호로 개정)을 통해 쟁점①세액공제가 가능한 자산에 대통령령이 정하는 정보통신장비가 추가되었으며, 같은 법 시행령 제124조 개정(2005.2.19. 대통령령 제18704호로 개정)을 통해 세액공제 대상 정보통신장비를 전송설비, 교환설비, 선로설비로 정의하였다. 이후 ｢조세특례제한법 시행령｣ 개정(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정)을 통해 정보통신장비의 범위에 정보처리설비를 추가하였는데, 정부는 해당 규정의 개정이유로 전기통신설비 중 정보처리설비를 추가함으로써 각종 신기술 융합현상에 대비하기 위함이라는 점을 밝힌 바 있다. VAN사업은 POS시스템 및 단말기, 다양한 프로그램을 제공하여 카드사 등과 가맹점 승인을 중개하고 그 승인 건에 대해 매입(매출확정) 처리와 리스크를 관리하는 사업으로, 가맹점과 카드사 등 사이에서 승인 및 매입 등에 대한 정보를 양방향으로 전송하는 역할을 수행하며, 카드 결제뿐 아니라 스마트폰 결제 등 다양한 결제 수단의 활성화를 촉진하고 있다는 측면에서 신기술 융합현상에 대비한다는 시행령 개정 취지에 부합하는 사업이다. 이러한 VAN사업의 일련의 과정은 전송교환설비, 선로설비, 그리고 쟁점정보처리설비가 유기적으로 연결된 상태로 진행된다. 단순히 가맹점에서 발생한 정보를 카드사에 전송만 한다면 VAN사업의 필요성이 없을 것이다. VAN사업이 부가가치를 창출하기 위해서 가맹점으로부터 전송받은 정보를 각 카드사 등에 알맞게 커스터마이징(Customizing)하고, 막대한 양의 데이터를 효율적으로 전송될 수 있는 형태로 가공하며, 안정적인 전송을 위한 백업(Back-up)하는 정보처리 작업이 필수적으로 수행되어야 한다. 만약, 이러한 정보처리가 없다면 VAN사의 대용량의 데이터 전송업무는 불가능할 것이며, 이러한 점에서 청구법인의 전송･교환설비와 쟁점정보처리설비는 불가분의 관계로 상호 밀접한 연결성, 일체성을 가지고 있다고 볼 수 있다. 따라서 VAN사업에 있어 필수적인 쟁점정보처리설비는 시행령 개정 취지에 비추어 볼 때 쟁점①세액공제 대상 자산에 해당한다. (나) 쟁점①세액공제 관련 자산을 열거하고 있는 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 별표에서는 “전기통신설비 중 교환설비, 전송설비, 구내통신 선로설비 및 단말장치”가 포함되어 있으나, 쟁점정보처리설비는 열거되어 있지 아니한 상태로 1999.4.26. 해당 별표2 신설 당시부터 현재까지 동일하게 유지되고 있다. 한편, 2011.1.13. 생산된 유권해석(법규법인 2010-0330, 2011.1.13.)에서는 서버, 전송시스템 등 정보처리설비에 대해서 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제가 가능한 것으로 해석함으로써 정보처리설비에 대해 쟁점①세액공제가 가능하도록 허용한 2009.2.4. ｢조세특례제한법 시행령｣ 개정 내용을 확인한 바 있다. 앞서 언급한 바와 같이 2009.2.4. 시행령 개정 당시부터 현재까지 정보처리설비에 대해서는 쟁점①세액공제가 적용 가능한 것으로 동일하게 유지되고 있으며, 별표2의 전기통신설비에 관한 내용이 역시 변동되지 않은 상태이므로 상기 유권해석은 여전히 유효하다. 따라서 쟁점정보처리설비에 대해 쟁점①세액공제 적용은 가능한 것으로 판단된다.
(2) 청구법인의 쟁점주식 취득에 대하여 ｢ 조세특례제한법｣ 제12조 의4에 따른 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제를 적용하여야 한다. (가) 신기술을 개발하여 사업화하는 창조형 중소기업인 벤처기업 등은 우리 경제의 경쟁력을 높이는 데 중요한 역할을 하고 있고 이들 벤처기업 등이 합병을 통하여 신기술을 이전하는 것은 벤처자금의 선순환과 신기술의 확산에 기여하는 효과가 있는바, 이에 신기술 취득 등을 위하여 추진하는 기술혁신형 합병에 대한 세액공제(｢조세특례제한법｣ 제12조의3)가 의원입법으로 발의되었다. 그런데 기술혁신형 합병과 마찬가지로 내국법인이 벤처기업을 인수하여 경영권을 확보할 경우에도 해당 벤처기업의 기술을 활용할 수 있으며, 벤처기업의 주식을 소유한 주주도 인수과정에서 투자자금을 조기에 회수할 수 있기 때문에 인수기업에 대해서도 세제혜택을 부여하는 방안이 논의되었다. 따라서 기술혁신형 합병에 대한 세액공제와 쟁점②세액공제의 근본적인 입법취지는 동일하다고 볼 수 있다. 즉 쟁점②세액공제는 벤처기업 인수를 통해 기술이전을 활성화하고, 벤처기업 주주의 투자자금을 조기에 회수할 수 있도록 지원하기 위한 취지의 제도인바, ｢조세특례제한법｣ 제12조의4 제1항 제2호 의 주식 50% 초과 취득 요건은 이러한 취지를 달성하기 위해 피인수법인의 지배를 통한 기술의 확보 및 구주 투자자의 자금회수를 촉진하기 위한 최소한의 기준을 입법화한 것이다. 그런데 본 건과 같이 동일 사업연도에 취득일을 달리하여 발행주식총수의 50%를 초과하여 취득한 경우가 최초 취득일에 한꺼번에 50%를 초과하여 취득한 경우에 비하여 피인수법인의 기술이전을 원활하지 않게 한다거나 또는 구주 투자자의 투자자금 회수를 위축시킨다고 보기 어렵다 할 것이므로, 인수법인이 피인수법인의 주식을 일괄 취득하지 않고 단계적으로 취득했더라도 쟁점②세액공제의 입법의도를 달성했다고 볼 수 있다. 따라서 단지 단계적으로 취득했다는 이유만으로 세액공제 혜택을 박탈하는 것은 동 세액공제 제도의 입법취지에 부합하는 해석으로 보기 어려우며, 또한 일괄취득과 경영권 인수를 목적으로 하는 단기간의 단계적 취득 간에는 경제적 실질에 차이가 없음에도 세액공제 적용 여부를 달리하는 것 또한 형평성 관점에서도 타당하지 않다. (나) 현실적으로 인수법인이 벤처기업 투자를 위한 재원조달의 문제 또는 피인수법인의 주주가 단일 주주가 아닌 다수의 주주가 존재하는 등의 사유로 지분투자가 단계적으로 진행되거나 또는 각각의 주주별로 진행될 수 있다. 본 건의 피인수법인의 경우 다수의 개인주주 및 법인주주가 존재했을 뿐 아니라, 피인수법인이 발행한 주식의 종류(보통주/우선주)가 상이함에 따라 양수도가액 산정을 위한 1주당 평가액도 일부 차이가 존재했던 상황으로, 현실적으로 다수의 기존 주주들을 대상으로 주식양수도계약을 동일한 날짜에 일괄하여 체결하도록 요구하는 것은 무리가 있다. 한편 청구법인은 이러한 실무적인 어려움에도 불구하고 기술혁신형 중소기업을 인수하기 위한 일련의 취득 과정이 동일 사업연도 내에서 단기간에 이루어졌으며, 비록 쟁점주식의 양수도일자는 약간의 차이는 있으나, 해당 주식의 양수도에 따른 청구법인과 기존주주의 세법상 신고기한은 아래 OOO과 같이 동일함을 고려할 때, 청구법인이 동일 사업연도 중 단기간에 취득한 쟁점주식은 최초 취득의 개념에 부합하는 것으로 보아 세액공제를 허용함이 합리적일 것으로 판단된다. (다) 현재까지 쟁점②세액공제와 관련하여 국세청에서 생성한 유권해석은 3건(서면2014법령해석법인-21447, 2015.3.31., 서면2017법령해석법인-1028, 2017.11.28., 서면2017법령해석법인-3366, 2018.7.11.)으로 확인되는데, 3건 모두 법령의 문언을 엄격 해석한 것이 아니라 동 세액공제 제도의 입법취지 등을 적극적으로 반영하여 납세자에게 우호적으로 해석한 합목적적인 해석으로 판단된다. 따라서 해당 세액공제 제도의 입법취지에 기반한 기존 유권해석들의 취지를 감안하여, ‘최초 취득일’이라는 문언의 의미를 일괄취득이라는 기계적 또는 사전적 의미로 제한하여 해석할 것이 아니라 세액공제 제도의 입법취지가 훼손되지 않는 범위 내에서 합목적적으로 해석하여 쟁점주식과 같은 단기간의 단계적 취득에 대하여는 사실상 최초 취득과 동일한 것으로 보아 세액공제를 허용하는 것이 타당할 것으로 판단된다. (라) 2021.7.26. 기획재정부가 발표한 세법개정안에 따르면, 피인수법인 지분의 50% 초과 취득 기준이 “취득일 현재”에서 “취득일이 속하는 사업연도의 종료일 현재”로 개정될 예정이다. 상기 세법개정안의 개정취지는 분할 취득 허용을 통한 벤처투자 활성화 지원 및 M&A를 통한 기술거래 활성화 지원을 지속하기 위한 것으로, 단기간의 단계적 취득이 입법취지에 부합함을 명확히 명시한 것으로 판단된다. 또한 이번 세법개정안의 내용은 실무적으로 동일한 일자에 일괄 취득하는 경우가 많지 않다는 점에서 법률의 실효성을 제고하기 위한 조치로 보인다. 따라서 최초 입법 취지와 세법개정안의 취지 및 내용에 맞추어 동일 사업연도 내에서 단기간의 취득에 대해 쟁점②세액공제를 허용하는 것이 타당하다.
(1) 쟁점①세액공제의 근거 법령은 ｢조세특례제한법｣ 제24조 로서 단순 저장장치인 쟁점정보처리설비는 세액공제 대상에 해당하지 않고, 청구법인이 세액공제의 근거로 주장하는 ｢조세특례제한법｣ 제130조 는 세액공제가 아닌 조세감면 배제 및 예외 사항을 규정하고 있는 것으로서 그 자체가 세액공제의 근거가 될 수 없다. (가) 쟁점①세액공제는 과거 80년대 ｢조세감면규제법｣에 최초로 도입되어 현재까지 그 기본체계를 유지하고 있는데, 그 취지는 대규모 자금이 필요한 첨단설비에 대한 투자를 촉진하고 그 부담을 경감하기 위해 일반적인 설비투자에 대한 세액공제와 별개로 특정 시스템 및 설비를 취득하는 경우 추가적인 세액공제 혜택을 부여하는 것이다.
1. 중소기업 투자세액공제 등 일반적인 투자세액공제는 대상 자산의 범위를 사업용 자산으로 폭넓게 규정하고 있는 반면, 쟁점①세액공제는 이러한 추가적인 혜택이라는 취지를 감안하여 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 별표2를 통해 그 범위를 자동화설비·ERP·기타 첨단설비 등 범용자산이 아닌 특정 목적과 용도에 사용하는 자산으로 구체적으로 규정하고 있다.
2. 이 중 전기통신설비의 경우 교환·전송·선로설비 및 단말장치만을 규정하고 있을 뿐 정보처리설비는 제외하고 있는데 이는 데이터 저장 및 처리를 담당하는 서버·스토리지 등 정보처리설비의 경우 현대산업의 특성상 생산성향상과 관계 없이 사실상 모든 업종에서 필요한 범용적이고 기본적인 설비에 해당하기 때문이다. 이러한 이유로 기획재정부 역시 일반사무용 PC·범용 소프트웨어·보안 시스템·인터넷 서버 등은 ERP설비에 포함되지 않는다고 해석(재조예-862, 2004.12.28.) 한 바 있다.
3. 청구법인은 쟁점정보처리설비가 교환·전송설비의 부대설비로서 생산성향상시설에 해당한다고 주장하나, 부대설비라는 것은 해당 기능의 수행을 위해 본품에 필수적으로 부수되는 것으로 분리할 경우 본래의 기능을 수행할 수 없을 정도가 되어야 할 것이나, 쟁점정보처리설비는 서버 등 저장장치로서 교환·전송설비와는 그 기능과 목적을 달리하는 것으로 ｢전기통신사업 회계정리 및 보고에 관한 규칙｣ 제7조에도 별개의 항목인 정보처리설비로 구분되어 있을 뿐만 아니라, 청구법인 역시 당초 취득시부터 별개의 자산으로 구분하여 자산코드·자산명을 별도로 부여하는 등 단순 부대설비로 보기 어려우므로 청구법인의 주장을 인정할 수 없다. 청구법인의 주장대로라면 서버 등 저장장치는 정보처리설비라는 별개의 전기통신설비가 아닌 모든 산업시설의 부대설비가 될 수 있다는 것이 되고, 그렇게 되면 정보처리설비를 교환·전송설비와 명확하게 구분한 ｢조세특례제한법｣의 규정이 형해화되는 결과를 초래하게 된다. 법원 역시 생산성향상시설 세액공제 규정의 취지를 감안하여 전기통신설비의 세부 항목을 엄격하게 구분하고 있으며, 통신사업자의 셋톱박스가 전송설비로서의 기능을 일부 갖추었다고 하더라도 이는 단순 부가기능으로서 전송설비가 아닌 단말장치에 해당하므로 세액공제 대상이 아니라고 판시한 바 있다(서울고등법원 2019.1.30. 선고 2018누55939 판결).
4. 청구법인이 주장의 근거로 제시한 기획재정부 예규(조세특례제도과-422)는 컴퓨터의 취득가액에 프린터, 의자 등 부대장치가 포함된 경우 그 전체 가액이 사업용자산의 가액에 해당된다는 것이나, 본 건의 경우 쟁점정보처리설비는 취득 당시부터 별개의 자산으로 구분되어 자산코드·자산명 및 취득가액 역시 구분 가능하므로 해당 예규의 사실관계를 그대로 적용할 수 없으며, 국세청 예규(법규법인 2010-0330)의 경우 구 ｢조세특례제한법｣ 제24조 제1항 제5호 의 전자상거래설비(2010.12.27. 법률 제10406호로 전자상거래설비가 생산성향상시설에서 삭제됨)에 해당되어 생산성향상 세액공제가 적용된다는 취지로서, 같은 법 제1항 제1호 내지 제2호와 관련된 본 건과는 무관한 예규이다. (나) 청구법인은 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제124조 가 개정되어 쟁점정보처리설비가 정보통신장비의 범위에 추가되었으므로 생산성향상시설에 해당한다고 주장하나, 해당 시행령 개정은 수도권과밀억제권역의 조세감면 배제 대상과 관련한 것일 뿐 생산성향상시설의 범위를 규정한 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 별표2와는 무관한 것이다. 본 건과 관련한 생산성향상시설에 대한 세액공제는 ｢조세특례제한법｣ 제24조 를 근거로 하고 있으며, 해당 법령은 공제대상 자산 의 범위를 시행령 및 시행규칙에 순차적으로 위임하여 최종적으로 ｢ 조세특례제한법 시행규칙｣ 별표2에 생산성향상시설 세액공제 대상 자산을 규정하고 있는바, 별표2는 전기통신설비 중 교환설비·전송설비·구내통신 선로설비 및 단말장치로 규정하고 있어 정보처리설비에 해당하는 쟁점정보처설비는 이에 해당되지 않는다. 그럼에도 청구법인은 세액공제 근거 법령이 아닌 수도권과밀억제권역의 감면 배제와 관련된 조항을 근거로 세액공제가 정당하다고 주장하고 있는바, 이는 법률적인 근거가 없는 것으로서 인정할 수 없다.
(2) 조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는바, 쟁점②세액공제를 적용함에 있어 지분율 50% 초과 여부의 판단기준일은 해당 주식의 최초 취득일이므로 청구법인은 쟁점②세액공제를 적용할 수 없다. (가) ｢조세특례제한법 시행령｣ 제11조의4 제1항 에서는 쟁점②세액 공 제를 적용함에 있어 ‘최초 취득한 날’에 대하여 명확하게 규정하고 있다. ｢조세특례제한법｣ 제12조의4 제1항 제2호 에 따르면 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제를 적용받기 위해서는 기술혁신형 주식 인수법인이 피인수법인의 주식을 ‘최초 취득한 날’ 현재 피인수법인의 발행주식총수의 50%를 초과하여 취득하여야 한다고 규정하면서 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제11조의4 제1항 에서는 법 제12조의4 제1항 제1호에 따른 ‘최초 취득한 날’은 인수법인이 피인수법인의 주식 또는 출자지분을 취득한 날부터 직전 2년 이내의 기간 동안 그 주식등을 보유한 사실이 없는 경우로 한다고 규정하고 있다. (나) 청구법인의 일자별 주식취득 현황은 아래 OOO와 같다. 청구법인이 주식회사 AAA와 주식회사 BBB의 주식을 최초 취득한 날은 각각 2015.10.8.과 2015.7.14.로 취득일 현재의 지분율은 35.9%와 14.0%인바, 최초 취득한 주식수가 주식발행총수의 50%를 초과하지 않는다. 따라서 청구법인은 최초 취득한 날 현재 주식발행총수의 50%를 초과하여야 한다는 쟁점②세액공제의 공제요건을 충족하지 않는다. (다) 쟁점②세액공제에 대하여 2021.7.26. 기획재정부가 발표한 세법개정안은 다음과 같다. 해당 세법개정안에 따르면 취득일 현재시점으로 지분 50% 초과 여부를 판단하는 요건을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일 현재로 개정하면서 그 적용시기는 2022.1.1. 이후 취득하는 분부터 적용하도록 되어 있다. 법은 특별한 사유없이 소급적용할 수는 없으며, 또한 납세자에게 유리하다고 하여 아직 개정되지도 않은 법을 적용할 수는 없으므로 상기 세법개정안은 청구법인에게 적용할 수 없다.
① 쟁점정보처리설비가 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제 대상에 해당한다는 청구주장의 당부
② 쟁점주식의 취득이 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 대상에 해당한다는 청구주장의 당부
(1) 처분청의 심리자료 및 청구법인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 아래 OOO과 같이 2015사업연도에 전기통신설비 OOO원을 취득하였고, 처분청은 이중 OOO원의 정보처리설비가 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제 대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2021.3.18. 청구법인에게 2015사업연도 법인세 OOO원을 경정･고지하였다. (나) 청구법인은 2009.2.24. ｢조세특례제한법｣ 시행령 제124조가 개정되어 수도권과밀억제권역 투자에 대한 감면 배제의 예외로서 정보처리설비를 추가하였으므로 쟁점정보처리설비가 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제 대상에 해당한다고 주장하며, 다음과 같이 기획재정부가 발간한 2008 간추린 개정세법(375페이지)을 제시하였다. (다) 청구법인은 2015년 중 아래 OOO 및 OOO와 같이 쟁점주식을 취득하였다. (라) 법제처 국가법령정보센터에 게시된 ｢조세특례제한법｣(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정된 것) 제12조의4 제1항의 개정 주요내용에는 벤처투자를 활성화하기 위하여 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 적용기한을 2024년 12월 31일까지로 3년 연장하고, 세액공제의 요건 중 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30)을 초과하여 인수하여야 하는 요건의 기준일을 최초 취득일에서 최초 취득일이 속하는 사업연도의 종료일로 완화한 것으로 기재되어 있다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, ｢조세특례제한법｣ 제24조 제1항 제1호 및 제2호, 같은 법 시행령 제21조 제2항 및 제3항, 같은 법 시행규칙 제12조 제1항 및 제2항에서 내국인이 생산성 향상을 위하여 같은 법 시행규칙 별표2의 공정개선･자동화･정보화시설 및 첨단기술설비로서 당해 사업에 직접 사용되는 것에 투자하는 경우 그 투자금액의 100분의 1(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 3, 중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다고 규정하고 있는바, ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 별표2의 제4호 가목에서 ｢ 전기통신사업 회계정리 및 보고에 관한 규칙 ｣ 제7조의 전기통신설비 분류 중 교환설비ㆍ전송설비ㆍ구내통신 선로설비 및 단말장치만을 생산성향상시설투자의 범위에 포함하고 정보처리설비를 규정하고 있지 아니한 점, ｢조세특례제한법｣ 제130조 및 같은 법 시행령 제124조에 따라 수도권과밀억제권역의 투자에 대한 조세감면 배제가 적용되는 것은 같은 법 제24조 제1항 제1호·제2호(생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제)뿐만이 아니라, 제5조 제1항 제1호·제2호(중소기업 등 투자 세액공제), 제25조(안전설비 투자 등에 대한 세액공제) 및 제25조의5(신성장기술 사업화를 위한 시설투자에 대한 세액공제) 등이 있으므로, 2009.2.4. ｢조세특례제한법 시행령｣ 제124조 제4항 이 개정되어 수도권과밀억제권역 투자에 대한 감면배제 예외로서 정보처리설비가 추가되었다고 하여 정보처리설비에 ｢조세특례제한법｣ 제24조 의 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제가 적용된다고 할 수 없는 점 등에 비추어, 쟁점정보처리설비가 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제 대상에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다할 것이다(대법원 1998.3.27. 선고 97누20090 판결, 같은 뜻임). 이 건에 대하여 살피건대, ｢조세특례제한법｣ 제12조의4 제1항 에서 내국법인(이하 “인수법인”이라 한다)이 기술혁신형 중소기업(이하 “피인수법인”이라 한다)의 주식등을 취득하는 경우 매입가액 중 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다고 규정하면서 그 요건의 하나로 제2호에서 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 “취득일”이라 한다)에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것을 규정하고 있는바, 청구법인이 ㈜AAA 및 ㈜BBB의 주식을 최초 취득한 날의 지분율은 각각 35.9% 및 14%로 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수의 100분의 50을 초과하지 아니하는 점, 2021.12.28. ｢조세특례제한법｣ 제12조의4 제1항 이 개정되어 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제의 요건 중 피인수법인 주식등의 100분의 50을 초과하여 인수하여야 하는 요건의 기준일을 최초 취득일에서 최초 취득일이 속하는 사업연도의 종료일로 개정되었으나, 부칙 제26조에서 이 법 시행 전에 주식등을 취득한 경우의 세액공제에 관하여는 제12조의4 제1항의 개정규정 에도 불구하고 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있는 점 등에 비추어, 쟁점주식의 취득이 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 대상에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등 <쟁점① 관련> (1) 조세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것) 제24조 (생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제) ① 내국인이 생산성 향상을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2019년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 1(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 3, 중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.
1. 공정(工程) 개선 및 자동화 시설 중 대통령령으로 정하는 시설
2. 첨단기술설비 중 대통령령으로 정하는 설비 제130조(수도권과밀억제권역의 투자에 대한 조세감면 배제) ① 1989년 12월 31일 이전부터 수도권과밀억제권역에서 계속하여 사업을 경영하고 있는 내국인과 1990년 1월 1일 이후 수도권과밀억제권역에서 새로 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장(1989년 12월 31일 이전에 설치한 사업장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 이전하여 설치하는 중소기업(이하 이 항에서 "1990년이후중소기업등"이라 한다)이 수도권과밀억제권역에 있는 해당 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산(대통령령으로 정하는 디지털방송장비 및 대통령령으로 정하는 정보통신장비는 제외한다)으로서 대통령령으로 정하는 증설투자에 해당하는 것에 대해서는 제5조 제1항 제1호·제2호, 제24조 제1항 제1호·제2호, 제25조(제1항 제7호 및 제9호는 제외하며, 1990년 이후 중소기업등이 투자한 경우만 해당한다) 및 제25조의5를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 산업단지 또는 공업지역에서 증설투자를 하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2) 조세특례제한법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것) 제21조 (생산성향상시설투자의 범위) ② 법 제24조 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 시설"이란 공정을 개선하거나 시설의 자동화 및 정보화를 위하여 투자하는 시설로서 기획재정부령으로 정하는 것을 말한다.
③ 법 제24조 제1항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 설비"란 첨단기술을 이용하거나 응용하여 제작된 설비로서 기획재정부령으로 정하는 것을 말한다. 제124조(수도권 과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제 등) ④ 법 제130조 제1항 본문 및 같은 조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 정보통신장비"란 전기통신사업 회계정리 및 보고에 관한 규정 제8조 부칙에 따른 전기통신설비 중 교환설비ㆍ전송설비ㆍ선로설비 및 정보처리설비를 말한다. (3) 조세특례제한법 시행규칙(2019.3.20. 기획재정부령 제726호로 개정되기 전의 것) 제12조 (생산성향상시설투자의 범위) ① 영 제21조 제2항에서 "기획재정부령이 정하는 것"이란 별표2의 공정개선·자동화 및 정보화시설로서 당해 사업에 직접 사용되는 것을 말한다.
② 영 제21조 제3항에서 "기획재정부령이 정하는 것"이라 함은 별표2의 첨단기술설비로서 당해 사업에 직접 사용되는 것을 말한다. 【별표2】공정개선ㆍ자동화ㆍ정보화시설 및 첨단기술설비 구분 적용범위
1. 교환설비: 다수의 전기통신회선을 제어・접속하여 회선상호간의 전기통신을 가능하게 하는 교환기와 그 부대설비
2. 전송설비: 교환설비 및 단말장치등으로부터 수신된 부호・문언・음향 또는 영상을 변환・재생 또는 증폭하여 유선 또는 무선으로 송신하거나 수신하는 전송단국장치・중계장치・다중화장치 및 분배장치등과 그 부대설비
3. 선로설비: 일정한 형태의 전기통신신호를 전송하기 위하여 사용하는 동선 또는 광섬유등의 전송매체로 제작된 선조 및 케이블등과 이를 수용 또는 접속하기 위하여 제작된 전주・관로・통신터널・배관・ 맨홀・핸드홀 및 배선반등과 그 부대설비
4. 단말설비: 전기통신망에 접속되는 단말기기와 그 부대설비
5. 정보처리설비: 문자・음향 또는 영상 등의 정보를 저장・처리하는 장치와 그 부대설비
6. 전원설비: 통신용 전원을 공급하기 위한 수변전장치, 정류기, 축전기, 전원반, 예비용 발동발전기 및 배선등의 설비 <쟁점② 관련> (1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호 개정되기 전의 것) 제12조의4(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제) ① 내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)이 2015년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.
1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것
2. 인수법인이 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것
3. 인수법인이 취득일에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것
4. 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)가 주식등을 매각하고 받은 대가의 총합계액 중 주식 또는 출자지분의 가액이 100분의 20 미만인 경우로서 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등이 그 주식 또는 출자지분을 배정받지 아니하고 취득일부터 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것
5. 피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것 (2) 조세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18634호로 일부개정된 것) 제12조의4(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제) ① 내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)이 2024년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.
1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것
2. 인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서 "기준지분비율"이라 한다)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것
3. 인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것
4. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)가 해당 주식등을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것
5. 피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것 부칙<법률 제18634호, 2021.12.28.> 제1조(시행일) 이 법은 2022년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다. 제26조(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 주식 또는 출자지분을 취득한 경우의 세액공제에 관하여는 제12조의4 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (3) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개정되기 전의 것) 제11조의4(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제) ① 법 제12조의4 제1항 제1호에 따른 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다)은 인수법인이 피인수법인의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 취득한 날부터 직전 2년 이내의 기간 동안 그 주식등을 보유한 사실이 없는 경우로 한다. 다만, 인수법인이 법인세법 시행령 제50조 제2항 에 따른 소액주주등에 해당하는 기간은 주식등을 보유한 것으로 보지 아니한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.