1. 처분개요
- 가. 청구법인은 1996년경 설립되어 국내외 특허 및 디자인의 연차등록, 출원유지료 위탁관리, 상표갱신등록업 등을 영위하는 법인이다.
- 나. 청구법인의 대표이사 AAA 및 사내이사 BBB(대표이사 AAA을 포함하여 이하 “청구법인 이사들”이라 한다)은 2020년 6월경 특허서비스업을 영위하는 OOO법인 OOO의 한국지사인 OOO(이하 “인수법인”이라 한다)로부터 청구법인의 발행주식에 대한 매각 제의를 받았고, 2020.11.23. 인수법인에게 청구법인의 종업원 전체 고용승계를 조건으로 하여 청구법인 이사들이 보유한 청구법인의 발행주식을 OOO원에 매각하였다.
- 다. 한편, 청구법인의 이사회는 2020.11.5. 청구법인 이사들에 대하여 청구법인을 창업한 이후 발전을 위하여 전력을 다한 특별한 공로가 인정된다는 이유로, 정관의 임원퇴직금지급규정 제13조가 정하는 방법에 따라 퇴직위로금을 지급하기로 의결하였고, 청구법인은 AAA 과 관련하여 ① 퇴직위로금 OOO원 중 OOO원과 ② 중간 정산 이전 퇴직금 중 지급하지 않은 OOO원 합계 OOO 원을, BBB과 관련하여 ① 퇴직위로금 OOO원 중 OOO원 과 ② 퇴직금 OOO원 합계 OOO원(총 합계 OOO원, 퇴직위로금과 퇴직금을 합하여 이하 “쟁점퇴직금”이라 한다)을 처분청에 퇴직급여로 신고하고 원천징수분 퇴직소득세 OOO원을 납부하였다.
- 라. 처분청은 청구법인이 2021.2.4. OOO서장에게 쟁점퇴직금에 대하여 원천징수하여 납부한 퇴직소득세 OOO원을 이연 퇴직소득으로 보아 환급하여 달라는 경정청구서를 검토한 바, 청구법인이 청구법인 이사들에게 지급한 쟁점퇴직금이 정관에서 위임한 임원퇴직금지급규정을 무시하고 지급한 퇴직급여에 해당한다고 보아, 2021.7.5. 청구법인에게 2021사업연도 손금으로 계상한 쟁점퇴직금을 손금불산 입하여 2021사업연도 법인세를 경정·고지하고, 소득금액변동통지를 하 였 으나, 청구법인이 근로소득원천징수의무를 이행하지 아니하자, 2021.9.1. 청구법인에게 소득금액변동통지로 확정된 2021년 귀속 원천징수분 근로소득세 OOO원을 결정·고지하고, 2022.2.9. 2020사업연도 법인세(지급명세서 제출불성실 가산세) OOO원을 경정·고지하였다(2021년 귀속 원천징수분 근로소득세를 포함하여 이하 “이 건 처분”이라 한다).
- 마. 청구법인은 이에 불복하여 2021.11.29. 및 2022.3.3. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 법인세법제26조 및 같은 법 시행령 제44조 제4항은 법인이 임원에게 지급한 퇴직급여 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있고, 제1호에서 정관에 퇴직급여(퇴직위로금을 포함한다)로 지급할 금액이 정하여진 경우에는 정관에 정하여진 금액이라고 규정하고 있으며, 제5항에서 제4항 제1호는 정관에 임원의 퇴직급여를 계산할 수 있는 기준이 기재된 경우를 포함하며, 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정이 따로 있는 경우에는 해당 규정에 의한 금액에 의한다고 규정하고 있다.
(2) 청구법인은 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정에 따라 쟁점퇴직금을 지급하였다. (가) 청구법인의 정관 제45조 제3항은 “임원의 퇴직금은 주주총회 결의를 거친 임원퇴직금지급규정에 의한다”고 규정하고 있는데, 이에 청구법인은 2014.12.19.자 임시주주총회에서 임원퇴직금지급규정에 대한 결의를 거쳤고, 법무법인으로부터 공증까지 받았다. (나) 그런데 임원퇴직금지급규정 제13조는 “퇴직위로금”에서 “회사에 특별한 공로가 있는 임원이 퇴임할 경우, 권고사직 또는 해임에 의한 퇴임임원에 대하여 이사회 결의를 거쳐 별도로 다음의 산식에 의하여 퇴직위로금을 지급할 수 있다”고 규정하여 그 산식을 명확히 규정하고 있다. (다) 청구법인은 2020.11.5. 이사회에서 청구법인 이사들에 대하여 “회사 창업 이후 회사의 발전을 위하여 전력한 노고를 감안하여 특별한 공로가 인정되기에 정관의 임원퇴직금지급규정 제13조에 정하는 방법에 따라 퇴직위로금을 지급”하기로 의결하였으므로, 이러한 퇴직위로금은 손금에 해당한다.
(2) 처분청은 청구법인의 정관에서 위임한 임원퇴직금지급규정 제5조 제3호, 제7조 제1·2호를 근거로, 연봉제 전환 이후 퇴직급여를 중간정산하고 다시 퇴직급여를 지급할 경우 중간정산 시점부터 새로이 근속년수를 기산하여야 함에도 입사일부터 근속년수를 계산하여 지급한 쟁점퇴직금은 퇴직급여로 볼 수 없다는 의견이나, 이는 청구법인의 임원퇴직금지급규정이 퇴직금과 퇴직위로금에 대하여 별도로 규정하고 있는 점을 간과한 것으로 타당하지 않다. (가) 청구법인의 임원퇴직금지급규정 제5조는 실제적인 퇴직 외에 현실적인 퇴직의 범위를 정하는 규정이고, 제7조는 중간정산 이후 근속연수를 계산하는 규정이다. 즉, 임원퇴직금지급규정 제7조 제2호를 보면, “임원에 대한 급여를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직급여를 지급하지 아니하는 조건으로 그 때까지의 퇴직급여를 정산하여 지급하고, 주주총회 결의에 의하여 임원의 급여를 연봉제 이전의 방식으로 전환하여 다시 퇴직금을 지급하기로 한 경우에는 그 전환일부터 새로 근무연수를 기산한다”고 규정하고 있으므로, 이는 중간 정산 이후 다시 퇴직금을 지급하기로 한 경우 근속년수를 어떻게 계산할 것인지에 대한 규정임이 명백하다. (나) 그러나, 청구법인은 청구법인 이사들에게 중간 정산 이후 다시 퇴직금을 지급하기로 하고 퇴직위로금을 지급한 것이 아니다. 즉, 청구법인의 임원퇴직금지급규정 제12조에서 “퇴직금 지급규정”을, 제13조에서 “퇴직위로금”을 별도로 규정하고 있는데, 청구법인은 임원퇴직금지급규정 제13조에 따라 퇴직위로금을 지급한 것이다. 청구법인의 임원퇴직금지급규정 제13조 “퇴직위로금” 규정은 제1호에서 “회사에 특별한 공로가 있는 임원이 퇴임할 경우, 권고사직 또는 해임에 의한 퇴임 임원에 대해서는 이사회 결의를 거쳐 퇴직금과 별도로 다음의 산식에 따라 퇴직위로금을 지급할 수 있다”고 규정하고 있고, 제2호에서 그 산식으로 “월평균임금 × 기준지급율 × 전체 근속년수”라고 규정하여 퇴직금 외에 퇴직위로금을 지급할 수 있다는 점을 명시하고 있다. 특히 청구법인의 임원퇴직금지급규정 제13조는 제7조나 제12조에서와 달리 “근속년수”라고 규정하지 않고 “전체 근속년수”라고 규정하고 있으므로 문언상 당연히 중간정산일이 아닌 입사일을 기준으로 퇴직위로금을 산정하여야 한다. 처분청이 제시하는 임원퇴직금지급규정 제7조의 근속년수는 제12조의 퇴직금을 지급하는 경우에 대한 것이고, 제13조의 퇴직위로금을 지급하는 경우에는 적용될 여지가 없다. 결국 청구법인이 임원퇴직금지급규정 제13조에 따라 퇴직위로금을 지급한 것은 정당한 퇴직급여에 해당한다.
(3) 처분청은 청구법인의 주장대로라면 퇴직금, 퇴직위로금, 명예퇴직금, 퇴직축하금 등 명목으로 재차 퇴직급여를 지급할 수 있게 되어 부당하다는 의견이나, 청구법인의 임원퇴직금지급규정에는 명예퇴직금이나 퇴직축하금에 관한 규정은 없고, 단지 퇴직금과 퇴직위로금에 관한 규정만 존재할 뿐이며, 퇴직금의 경우에는 퇴직시 누구에게나 지급되지만, 퇴직위로금은 회사에 특별한 공로가 있는 임원이 퇴임할 경우에 이사회 결의를 거쳐 지급하도록 규정되어 있어서 그 지급요건도 다르므로, 합리적인 이유 없이 퇴직위로금을 동일한 명목으로 재차 퇴직급여를 지급하는 것으로 보아서는 아니된다.
(4) 처분청은 청구법인 이사들이 청구법인을 지배하고 있는 최대주주가 아니었다면 퇴직위로금이 지급되지 않았을 것이므로, 퇴직위로금은 정관에 의하지 아니한 퇴직급여에 해당하여 손금불산입되어야 한다는 의견이나, 청구법인은 법령에 따라 정해진 바대로 정관 및 임원퇴직금지급규정에 따라 정해진 산식 범위 내에서 퇴직위로금을 지급하였으므로, 정관에 의하지 아니한 퇴직급여를 지급했다고 보는 것은 부당하다. 또한, 청구법인의 임원퇴직금지급규정 제13조에서 회사에 특별한 공로가 있는 임원이 퇴임할 경우 등에 이사회 결의를 거쳐 퇴직금과 별도로 정해진 산식에 따라 퇴직위로금을 지급할 수 있다고 규정하고 있을 뿐, 최대주주에게만 퇴직위로금을 지급할 수 있도록 규정하고 있지 아니하므로, 특별한 공로가 있는 모든 임원은 이사회 결의를 거쳐 퇴직위로금을 지급받을 수 있다.
(5) 청구법인 이사들은 청구법인을 설립한 이래 20년 이상 근속하였고, 그 중 AAA은 CCC를 퇴직한 후 개인사업자 지위를 거쳐 1997년 아내인 BBB과 함께 국내에서 불모지였던 특허정보 가공서비스를 사업화하여 청구법인을 설립한 후 관련된 국내 시장을 형성하는 것에 크게 기여하였다. AAA은 열악한 시장 환경 속에서 영업 전담 조직도 두지 아니한 채 개발자와 영업담당 역할을 모두 소화하면서 청구법인의 성장에 매진하였고, BBB은 청구법인의 회계·경리업무를 비롯한 관리 업무를 전담하면서 청구법인의 성장을 도왔다. 이러한 청구법인 이사들의 헌신적인 노력에도 불구하고 창업초반의 자금난과 소위 IMF를 견뎌야 했으나, AAA은 컴퓨터 프로그램 개발 경력을 살려 2010년 12월 기업부설 연구소를 설립하고, 현재 국내에서 단 2개사만 보유하고 있는 “세계 특허 연차료 기일관리 시스템” 개발을 완성하여 청구법인의 업무 영역을 연차료 위탁관리 분야로 넓히는 것에 성공하여 실제 매출이 50% 이상 증대하는 계기가 되었고, 현재 청구법인이 영위하는 사업분야 중 경쟁력있는 주력 분야로 자리매김하였으며, 이를 인정한 해외 모회사를 둔 인수법인이 2020.11.23. 청구법인을 인수하기에 이르렀다.
(1) 청구법인의 주장대로 한다면 퇴직금 및 퇴직위로금을 법인세법 및 정관에 의하여 지급할 경우 그 퇴직급여를 임의로 퇴직소득으로 보아 손금에 산입할 수 있게 되어 부당하다. 청구법인은 임원의 연봉제 전환으로 향후 퇴직급여를 지급하지 아니하는 조건으로 그 때까지의 퇴직급여를 중간정산까지 하였음에도 퇴직위로금을 중간정산 때에 지급하지 아니하여 입사일부터 근속년수를 계산하여 지급할 수 있음을 주장하나, 청구법인의 주장대로라면 법인은 퇴직금, 퇴직위로금, 명예퇴직금, 퇴직축하금 등과 같은 퇴직급여임에도 명칭만 여러 개 있는 임원퇴직지급규정을 만들어 중간정산 사유가 발생할 때 마다 중간정산을 무시한 채 입사일을 기준으로 재차 거액의 퇴직급여를 지급할 수 있다는 의미가 되므로, 청구주장을 받아들일 수 없다.
(2) 퇴직급여와 관련하여 2013년 소득세법제22조가 개정되어 퇴직을 원인으로 지급받는 대가는 명칭 여하에 관계없이 퇴직소득으로 보도록 하는 점으로 보아, 중간정산 시점에 청구법인이 퇴직급여를 전부 정산하였다고 보는 것이 타당하다. 또한, 청구법인의 임원퇴직금지급규정 제5〜7조를 보면, 퇴직금이 아닌 퇴직급여에 대한 근속년수 계산 및 제한규정을 두고 있음을 확인할 수 있고, 특별한 공로에 따른 퇴직위로금을 받은 임원이 청구법인 이사들 외에 없으므로, 청구법인이 지급한 퇴직급여는 청구법인 이사들이 청구법인을 지배하고 있는 최대주주가 아니었다면 지급되지 않았을 정관에 의하지 아니한 퇴직급여로 손금불산입되어야 한다.