3. 심리 및 판단
① 쟁점②부동산은 사업용 토지로 보아 일반세율을, 쟁점①부동산은 1세대1주택 비과세 규정을 적용하여 양도소득세를 산정하여야 한다는 청구주장의 당부
② 쟁점부동산은 사실상 하나의 주택이므로 쟁점②부동산에 대해서 2주택 중과세율을 적용한다고 할지라도 쟁점①부동산 중 주택분에 대해서는 1세대1주택 비과세를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
- 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득
- 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다. (중략)
④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다. 제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. 제104조【양도소득세의 세율】⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.
1. 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 (2) 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.(중략)
⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분[양도, 증여 및 용도변경(건축법 제19조 에 따른 용도변경을 말하며, 주거용으로 사용하던 오피스텔을 업무용 건물로 사실상 용도변경하는 경우를 포함한다)하는 경우를 말한다. 이하 이 항에서 같다]한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.
(1) 쟁점부동산은 OOO에 위치하고 있으며, 쟁점①부동산은 겸용주택(주택 및 근린생활시설), 쟁점②부동산은 주택이고 이 건 양도일(2021.4.9.) 당시 조정지역 내의 포함되어 있다.
(2) 청구인이 제출한 증빙과 처분청 심리자료는 아래와 같다. (가) 경정청구거부통지에 따르면, 처분청은 2022.7.8. 청구인에게 경정청구(청구세액 OOO원)를 거부한 것으로 나타난다. (나) 청구인이 제출한 부동산 매매계약서에 따르면, 청구인은 2021.1.28. 주-AAA에게 쟁점부동산을 OOO원에 양도하기로 하는 매매계약(잔금일: 2021.4.9.)을 체결하였는데, 특약사항에 대한 추가협의서를 살펴보면, 이 건은 신축을 목적으로 하는 매매계약으로 매도자는 기존 건축물 B동(쟁점②부동산)을 철거 및 멸실한 후 매수인에게 해당 토지만을 인계하도록 하고, 이와 관련한 철거비용 등 제반비용은 매도자가 부담하도록 약정하였다. (다) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서를 살펴보면, 쟁점부동산은 2021.1.28. ‘매매’를 원인으로 하여 2021.4.9. 주-AAA에게 그 소유권이 이전된 것으로 나타난다. (라) 청구인이 제출한 일반건축물대장(갑)(2021.5.8. 발급)에 따르면, 쟁점①부동산은 지하 1층, 지상 3층으로 이루어진 제1종 근린생활시설로서 지하 1층 및 지상 1층은 근린생활시설(지하 1층 다방, 지상 1층 소매점)으로 각 면적은 120.84㎡, 지상 2층 및 3층은 단독주택으로 각 면적은 120.84㎡이며, 2010.5.6. 1층을 12.88㎡ 증축하게 되어 전체 연면적은 496.24㎡로 기재되어 있다. (마) 쟁점②부동산의 일반건축물대장(갑)(2021.5.8. 발급)을 보면, 쟁점②부동산은 지하 1층 및 지상 2층으로 이루어진 단독주택(4가구)으로서, 지하 1층 38.25㎡, 지상 1층 118.11㎡, 지상 2층 81.33㎡ 전체 연면적은 237.69㎡이다. (바) 청구인이 제출한 주-AAA의 사실확인서의 주요 내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (사) ㈜BBB이 2021.10.15. 작성한 사실확인서에 따르면, 쟁점②부동산의 철거를 위해서는 쟁점①부동산의 옆 좁은 길을 사용하여야 하나 철거장비(포크레인)가 들어갈 수가 없어 수작업 시 철거공사 비용이 2배 이상 발생함에 따라 부득이하게 쟁점①부동산과 쟁점②부동산이 같은 날 철거하여야 함에 따라, ㈜BBB은 쟁점①부동산의 철거는 주-AAA과, 쟁점②부동산의 철거는 청구인과 철거공사계약을 각각 체결하고 2021년 8월부터 2021년 9월 중에 동시에 철거공사를 진행하고 공사대금을 수령하고 세금계산서를 발급한 것으로 나타난다. (아) 청구인이 제출한 전자세금계산서를 보면, ㈜BBB은 2021.9.15. 청구인에게 쟁점②부동산 철거공사에 대해 공급대가 OOO원의 전자세금계산서 발급하였다. (자) 공사도급계약서를 보면, 청구인과 ㈜BBB은 2021.6.2. 쟁점②부동산 건물부분에 대한 철거공사계약(계약금액 OOO원, 부가가치세 별도)을 체결하였는데 착공일은 2021.6.3., 준공일은 2021.7.30.로 나타난다. (차) 청구인이 제출한 휴대용단말기(휴대폰) 문자수신내역 등을 살펴보면, 청구인은 2021.9.15. ㈜BBB(대표자 AAA) OOO원을 송금하였다. (카) 건축물해체허가서에 따르면, OOO은 2021.8.6. 주-AAA에게 OOO에 소재한 연면적 237.69㎡(쟁점②부동산)의 해체허가서를 발급하였다. (타) 청구인이 제출한 상가월세계약서를 살펴보면, 청구인은 2018.8.28. OOO와 쟁점①부동산의 1층 전부에 대해 상가임대차계약을 체결하였다(계약기간 2018.9.14.부터 2019.9.13.까지, 보증금 OOO원, 월차임 OOO원). (파) 청구인이 제출한 사진자료를 보면, 쟁점①부동산 상가건물의 출입구가 존재하고 그 옆으로 쟁점②부동산으로 통하는 대문이 있고, 쟁점①․②부동산에 대한 건물 등기사항전부증명서 등을 살펴보면, 쟁점①․②부동산 가운데 건물은 모두 같은 일자(2021.9.30.)에 멸실되었으며, OOO 토지(대지) 122㎡는 ‘지적재조사 완료’로 인하여 2016.9.1. OOO 토지(쟁점부동산의 토지)와 합쳐진 것으로 나타난다. (하) 청구인이 제출한 쟁점부동산 매매계약서 관련 추가 협의서의 주요 내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 매매계약서 특약사항 등에 따라 쟁점②부동산이 사업용 토지로 보아 일반세율을, 쟁점①부동산은 1세대1주택 비과세 규정을 적용하여 양도소득세를 산정하여야 한다고 주장하나, 청구인은 2021.1.28. 주-AAA에게 쟁점부동산을 양도하기로 하는 매매계약을 체결하고 2021.4.9. 소유권을 이전한 것으로 나타나므로 양도시기는 소득세법 제98조 에 따라 2021.4.9.인 점, 쟁점②부동산의 건물해체신고서 등을 보면 쟁점②부동산은 2021년 8월 이후 철거된 것으로 나타나는바, 쟁점②부동산의 양도될 당시(2021.4.9.)에 주택인 상태로 양도된 것으로 보이므로 쟁점②부동산의 양도는 조정지역 내 2주택자의 양도거래에 해당하고, 소득세법 시행령 제154조 제5항 의 단서규정에서, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하도록 규정하고 있는바, 쟁점①부동산 및 쟁점②부동산은 같은 일자에 양도되었고, 양도일(2021.4.9.) 이후에 같은 일자(2021.9.30.)에 멸실되어 청구인은 양도일 당시 2주택자로서 소득세법 시행령 제154조 제1항 에 따른 1세대1주택 비과세 적용대상으로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산이 그 입구나 형태를 고려할 때 사실상 하나의 건물이므로 쟁점②부동산에 대해서 2주택 중과세율을 적용한다고 할지라도 쟁점①부동산에 대해서는 1세대1주택 비과세 규정을 적용하여야 한다고 주장하나, 쟁점①ㆍ②부동산은 건축물대장 등의 공부상으로 별개의 건물이고, 별도의 출입구가 있는 것으로 보이므로 하나의 건물로 보기 어려운 점, 쟁점①ㆍ②부동산은 같은 일자에 양도되고 같은 일자에 멸실되었으므로, 쟁점①에서 판단한 바와 같이 청구인은 2주택자로서 쟁점①부동산의 양도에 대해 1세대1주택 비과세 규정을 적용하기는 어려운 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.