쟁점부동산의 토지분과 주택분을 각각 양도한 후, 토지분은 일반세율을, 주택분은 다주택자 중과세율을 각각 적용하여 양도소득세를 신고하였으나, 처분청이 이들을 일괄양도한 것으로 보아 토지분에 대하여 동일하게 다주택자 중과세율을 적용하여 양도소득세를 부과한 이건 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 OOO 409-3 소재 대지 127.4㎡(이하 “토지분”이라 한다) 및 같은 곳 2층짜리 단독주택 129.83㎡(이하 “주택분”이라 하고, 토지분과 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2001.10.8. 매매를 원인으로 취득․보유하다가 2021.8.21. 토지분은 ㈜AAA에게 OOO원에, 주택분은 ㈜BBB에게 OOO원에 매매하는 계약을 각각 체결한 후, 2021.11.29. 같은 날 각각에 대한 소유권이전등기를 하였다. 이후 청구인은 2021년 귀속 양도소득세 예정신고 시 토지분은 기본세율(24%)을, 주택분은 3주택자에 대한 중과세율(65%)을 각각 적용하여 양도소득세 합계 OOO원을 납부(아래 OOO 참조)하였다.
• 나. 처분청은 2022.5.16.부터 2022.6.4.까지 청구인에 대한 2021년 귀속 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인은 쟁점부동산을 실질상 하나의 거래로 양도하였음에도 다주택자 중과세율의 적용을 회피하기 위하여 형식상 토지분과 주택분으로 나누어 각각의 매매계약 체결 및 소유권이전등기를 하였는바, 실질과세원칙에 따라 토지분에 대하여 다주택자 중과세율을 적용하여 2022.8.9. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 51,126,350원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.9.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산의 양수인들[(주)AAA, ㈜BBB, 이하 “양수인들”이라 한다]과 청구인 간에 특수관계가 없고, 토지분과 주택분이 각각 다른 법인의 소유가 되어 양도의 실질이 동일한 경제주체에게 귀속되었다고 볼 수도 없으므로 이 건은 부당행위계산의 부인 또는 실질과세원칙의 적용대상이 아니다. 따라서 쟁점부동산의 토지분과 주택분의 양도를 각각 별개의 거래로 보아 다른 세율(기본세율, 다주택자 중과세율)을 적용하여 양도소득세액을 계산하여야 하는데, 거래의 형식을 부인하여 토지분에 대하여 다주택자 중과세율을 적용하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산의 토지분과 주택분에 대한 각각의 매매계약서상 매매목적물의 특성(단독주택), 매매대금의 수수내역 등을 종합해 볼 때, 이는 다주택자에 대한 양도소득세 중과세를 회피하기 위하여 형식상 토지분과 주택분으로 나누어 2회의 거래를 거친 것으로 보이므로 그 경제적 실질에 따라 이를 하나의 거래로 보아 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 토지분과 주택분을 각각 양도한 후, 토지분은 일반세율을, 주택분은 다주택자 중과세율을 각각 적용하여 양도소득세를 신고하였으나, 이들을 일괄양도한 것으로 보아 토지분에 대하여 동일하게 다주택자 중과세율을 적용하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 소득세법 제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다. 1.주택법제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해 당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점부동산 양도 당시 동 부동산 외에 조정대상지역 내 2주택을 보유하고 있었고, 이에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없는 것으로 확인된다.

(2) 청구인이 제시한 부동산매매계약서에 의하면, 청구인은 2021.8. 21. 쟁점부동산의 토지분, 주택분에 대하여 양수인들과 각각의 매매계약을 체결한 것으로 나타나는바, 주요내용은 아래 OOO와 같고, 그 계약서상 특약사항 2.에 “본 계약은 토지 및 주택에 대한 매매계약으로 양수인들은 같은 날짜에 계약을 체결하고 같은 날짜에 중도금 및 잔금을 지급한 후, 소유권이전등기를 하기로 한다”고 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(3) 양수인들의 법인등기사항전부증명서 등에 의하면, 두 법인의 소재지가 OOO로 서로 같고, 설립일(2021.4.12.) 및 주업종(부동산매매업)도 서로 같으며, 대표자는 부부(夫婦)인 AAA 및 BBB인 것으로 나타난다.

(4) 청구인은 2021.8.21. 쟁점부동산을 토지분과 주택분으로 나누어 매매계약을 체결하고 각각의 소유권이전등기를 할 수밖에 없었던 특별한 사유 등에 대한 자료를 제시하지 아니하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가)국세기본법제14조 제3항은 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 실질과세원칙의 적용 태양 중 하나를 규정하고 있다(대법원 2001.8.21. 선고 2000두963 판결 참조). (나) 청구인은 양수인들과 특수관계가 없고, 그들과의 합의에 따라 쟁점부동산을 토지분과 주택분으로 나누어 양수도한 것이므로 그 거래의 형식을 부인하여서는 안된다고 주장하나, 쟁점부동산(토지분, 주택분)에 대한 매매계약일, 계약금, 중도금 및 잔금의 지급일이 서로 같고, 양수인들의 소재지, 설립일 및 주업종도 서로 같으며, 대표자가 부부(夫婦) 관계인 것으로 나타나는 점, 부동산매매계약서상 특약사항에 “본 계약은 토지 및 주택에 대한 매매계약으로 양수인들은 같은 날짜에 계약을 체결하고 같은 날짜에 중도금 및 잔금을 지급한 후, 소유권이전등기를 하기로 한다”고 기재되어 있는 점, 청구인은 쟁점부동산을 토지분과 주택분으로 나누어 매매계약을 체결하고 소유권이전등기를 할 수밖에 없었던 특별한 사유 등을 제시하지 못하는 점 등을 감안할 때, 쟁점부동산(토지분, 주택분)의 양도는 하나의 거래에 의한 것으로 보는 것이 타당해 보인다. 따라서 처분청이 쟁점부동산의 토지분에 대하여 다주택자 중과세율을 적용하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분에 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.