청구법인이 조합원으로부터 현물출자받은 종전자산의 취득가액과 관련하여 재조사 결정에 대하여, 관리처분계획인가일 현재 시가가 불분명하다고 보아 당초처분을 유지한 것은 재조사 결정의 기속력에 반한다는 청구주장의 당부

가. 청구법인은 2005.8.23. 조합설립인가를 받은 후, 부산광역시 동래구 OOO 일대 토지 91,100 ㎡에 기존 건축물을 철거하고 일반아 파트 22 개동 총 1,882 세대 (조합원분 446 세대, 일반분양 1,436 세대), 임대아파트 1 개동 176 세대 및 근린생활시설 1 개동을 재개발하는 정비사업을 수행하면서 2007.7.10. 주택재개발사업에 대한 사업시 행인가, 2008.2.4. 관리처분계획인가를 받았으며, 2012.11.14. 착공하여 2015.2.25. 사용승인을 받았다. 나. 청구법인은 정비사업과 관련하여 조합원으로부터 현물출자로 취득한 토지 및 건물 (이하 “ 쟁점부동산 ” 이라 한다) 의 취득가액을 사업시행인가고시일을 기준으로 산정한 감정가액의 평균액인 OOO 원 (이하 “ 당초감정가액 ” 이라 한다) 으로 하여 2015 사업연도 법인세를 신고․납부하였다가, 2019.10.18. 관리처분계획인가일 (2008.2.4.) 을 기준으로 소급하여 산정한 감정가액의 평균액인 OOO 원 (이하 “ 쟁점감정가액 ” 이라 한다) 을 쟁점부동산의 취득가액으로 하여 2015 사업연도 법인세 OOO 원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 쟁점감정가액이 소급감정가액이라는 등의 사유로 2020.12.7. 이를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.3.4. 심판청구를 제기하였고, 이에 대해 우리 원은 쟁점부동산의 취득가액을 관리처분계획인가일 기준으로 재조사하라는 결정을 하였으며 (조심 2021 부 2421, 2021.12.15.), 처분청은 쟁점부동산의 취득가액을 재조사한 결과 당초감정가액에 미치지 못하는 가액 (OOO 원) 으로 나타나 불이익변경금지 원칙에 따라 당초의 처분을 변경하지 않는다는 처리결과를 2022.4.15. 청구법인에게 통지하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.6.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 처분청은 재조사 결정의 취지에 따라 재조사를 실시한 후 그 내용을 보완하는 후속 처분만을 할 수 있음에도, 구체적인 근거 없이 당초 처분을 그대로 유지하였으므로 재조사 결정의 기속력에 반한다. (가) 조세심판원의 재조사 결정은 쟁점감정가액이 관리처분계획인가일을 평가기준일로 하여 객관적․합리적 방법으로 평가되었는지 처분청이 직접 조사․검토하는 방안, 다른 감정평가법인에 감정평가를 의뢰하여 다시 평가하는 방안, 쟁점감정가액이 관리처분계획인가일을 기준시점으로 객관적․합리적으로 평가되었는지 다른 감정평가법인에 검토를 의뢰하는 방안 등 어느 하나를 선택하여 재조사하여 쟁점감정가액이 객관적․합리적으로 산정되었는지 여부를 확인하라는 결정이라 할 수 있다. (나) 처분청의 재조사 결과통지서에는 위에서 제시한 어느 하나의 방법이나 기타 다른 방법으로 재조사를 실시하였다는 언급이 없고, 당초의 처분을 유지하는 것에 대한 구체적인 근거도 제시하지 않고 있는바, 쟁점감정가액은 개별공시지가의 상승률, 매매사례가액, 물가상승률 등을 종합적으로 고려하여 객관적이고 합리적인 방법으로 산정된 가액임에도, 이에 동의할 수 없다는 처분청의 의견은 받아들이기 어렵다. (다) 재조사결정은 재결청의 결정에서 지적된 사항에 관하여 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당하므로 (대법원 2010.6.25. 선고 2007 두 12514 전원합의체 판결 참조), 처분청에 재조사의무를 부여하였음에도 처분청이 재조사결정에 반하여 구체적인 재조사 없이 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 재조사결정의 기속력에 저촉된다고 할 것이다 (조심 2021 전 2093, 2021.8.18. 참조). (2) 쟁점부동산의 취득가액은 시가가 불분명한 경우에 해당하므로 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 쟁점감정가액을 적용하여야 한다 (조심 2015 부 4909, 2018.3.14.). (가) 사업시행인가일을 기준으로 한 부동산의 감정가액은 조합원 사이의 상대적 출자비율을 정하기 위한 목적으로 이루어진 것으로 (대법원 2015.11.26. 선고 2014 두 15528 판결 참조), 일반적인 시가를 확인하기 위한 감정이 아니라 도시 및 주거환경정비법상 관리처분계획을 수립하기 위한 특수목적 감정에 해당하고, 관리처분계획인가일 현재의 개발이익이 포함되어 있지 않아 법인세법상 시가를 확인하기 위한 감정가액에 해당한다고 볼 수 없는 반면, 쟁점감정가액은 도시 및 주거환경정비법에 따라 시공사, 조합원 및 현금청산대상자의 이해관계가 합리적․객관적으로 반영되어 산출된 가액으로서 시장가치를 기준으로 이루어진 것이므로 법인세법상 시가를 확인하기에 적정한 평가방법이라 할 수 있다. (나) 대법원은 감정가액이 객관적이고 합리적인 방법으로 산정되었다면 소급감정에 의한 감정가액도 시가로 볼 수 있다고 판단하고 있는바 (대법원 2002.6.28. 선고 2000 두 6244 판결, 대법원 2005.9.30. 선고 2004 두 2356 판결 등 참조), 소급감정가액도 객관적이고 합리적인 평가가액으로 인정되어야 한다. (다) 쟁점감정가액을 소급감정가액이라는 이유로 시가로 인정하지 아니한다면, 쟁점부동산의 취득일을 관리처분계획인가일이 아닌 사업시행인가일을 기준으로 평가한 당초감정가액 외에는 시가로 인정받지 못하게 되어 불합리하므로 처분청이 소급감정가액이라는 이유만으로 쟁점감정가액을 부인하는 것은 부당하다. (라) 이 건은 주택재개발사업의 시행으로 인하여 쟁점부동산에 대한 실지조사 당시 이미 건축물 등이 철거되고 공동주택이 신축된 상태였으나, 사업시행계획인가일 당시의 종전자산평가서 및 관리처분계획인가일 당시의 현물출자자산평가서와 조합에서 제시한 물건기초자료, 과거 위성사진 등의 객관성과 신뢰성을 갖춘 자료를 통해 감정이 이루어진 것이다. 처분청은 청구법인에게 객관성과 신뢰성이 담보된 감정평가액을 요청했음에도 제출받지 못하였다는 의견이나, 청구법인은 경정청구 당시 복수의 감정평가기관이 작성한 감정평가서를 처분청에 제출하였음에도 처분청은 관리처분계획인가일 기준으로 객관적이고 합리적으로 평가한 취득가액이 없었다고 보았으므로 이는 부당하다. 또한 처분청은 상속세 및 증여세법 (이하 “ 상증세법 ” 이라 한다) 상의 감정가액이 가격산정기준일과 감정가액 평가서 작성일이 평가기간 내에 있어야 하고, 수용가액은 보상계약체결일, 매각허가 결정일이 평가기간 내에 있어야 할 것을 규정하고 있으므로 쟁점감정가액이 이에 해당하지 않는다는 의견이나, 이 건은 법인세와 관련된 것임에도 평가기간 내에 감정평가서가 없다는 것을 근거로 유사거래 사례 등을 전혀 고려하지 않고 자의적으로 쟁점부동산의 시가를 평가하는 것은 부당하다고 할 것이다. 당초 법인세 신고 당시 적용하였던 사업시행인가고시일 당시의 당초감정가액의 평가서 작성일은 2007.4.13. 이고, 이는 상증세법상의 평가기간을 도과한 것으로, 경정처분 시의 관리처분계획인가일의 쟁점감정가액 작성일 (2018.11.27.) 역시 소급감정가액이라는 것에 있어 동일함에도 불구하고 쟁점감정가액을 평가기간을 벗어난 감정가액이라고 부정하는 것은 모순된다고 할 것이다. 대부분의 재개발, 재건축 조합들은 사업시행인가일 후 주민들과의 갈등, 경기부진 등의 이유로 사업이 지연되어 관리처분계획을 즉시 수립하지 못하는 상황이 자주 발생함에 따라 평가서 작성이 기준시점 (사업시행인가일) 을 훨씬 지나 이행되어 상증세법상 평가기간을 도과하는 경우가 있으므로 이를 소급감정이라는 이유로 부인하는 것은 부당하다. (3) 쟁점감정가액은 객관적이고 합리적으로 산정된 감정가액이다. (가) 처분청은 쟁점감정가액이 비교가능성이 낮은 거래사례 가액을 제시하여 합리적인 감정가액으로 볼 수 없다는 의견이나, 거래사례는 도로에 접한 토지이고, 비교표준지는 인근 주택지 주변에서 상권이 형성된 조건으로 접근성 및 인근 환경에서 적정한 개별요인 비교치를 적용하였고, 개별요인 비교 시 환경조건, 획지조건 등 불리한 점을 감안하여 개별요인 비교치를 적용하였다. (나) 당초감정가액은 건물가액을 지장물 금액으로 평가하였으나, 이는 주택본채뿐 아니라, 대문, 계단 등을 포함하는 일반적인 주택거래 관행과 차이가 나므로 이러한 차이 보정을 위해 건물가격 추정 시 2008 년 당시의 재조달원가로 추정하였다. (다) 이와 같이 쟁점감정가액은 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 자격을 가진 전문감정평가사가 합리적으로 감정한 가액이므로 이를 부인하고 처분청 실무자가 평가한 금액을 적정한 것으로 보는 것은 부당하다고 할 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인의 경정청구 세액은 과도하게 청구되어 부당하다. 청구법인은 2015 사업연도 법인세 신고 시 진행기준으로 익금과 손금을 인식하였음에도 불구하고, 이 건 증액된 용지원가 OOO 원을 2015 사업연도에 일시에 손금 산입하여 청구하였다. 또한, 2017 년 중 실시된 법인세 조사 결과에 의하면, 청구법인의 2015 사업연도 총부담세액은 OOO 원임에도 청구법인은 경정청구가 가능한 세액을 넘어 OOO 원을 환급해줄 것을 청구하였고, 재조사 결정에 따른 처리결과 통지를 통해 청구세액이 과도함을 충분히 인지할 수 있었음에도 이 건 심판청구에서 동일한 청구세액을 주장하고 있으며, 법인세 조사를 통해 경정된 과세표준과 세액을 반영하지 않아 세액이 과다하게 청구되었음이 명백하다. (2) 이 건 처분은 재조사 결정의 기속력에 저촉되지 않는다. (가) 조세심판원은 쟁점부동산의 취득시기를 관리처분계획인가일로 보는 것이 타당하고, 쟁점감정가액은 객관적이고 합리적으로 평가된 것이 아니므로, 관리처분계획인가일을 기준으로 취득가액 (시가) 을 재조사하라는 결정을 내렸으며, 이에 처분청은 재조사 기간 동안 관리처분계획인가일을 기준으로 법인세법 시가 원칙에 따라 객관적이고 합리적인 시가를 재조사하였다. 청구법인은 처분청의 관리처분계획인가일 전후 6 개월 내에 감정평가한 사실이 존재하는지에 대한 회신요청에 대해 회신한 사항이 없었고, 처분청은 관리처분계획인가일을 기준으로 취득가액을 재조사하기 위해, 관리처분계획인가일 전후 6 개월 이내의 감정평가액이 존재 하는지 여부 등을 확인하였으나, 확인되지 않아 다른 객관적이고 합리적인 감정가액이 없는 것으로 보아 법인세법상 시가 적용원칙에 따라 상증세법상 평가방법에 의해 취득가액을 재조사하였다. (나) 처분청은 상증세법 제61조에 따라, 토지는 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별공시지가, 건물은 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1 회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액, 오피스텔 및 상업용 건물은 매년 1 회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정·고시한 가액, 주택은 개별주택가격 및 공동주택가격으로 아래 < 표 1> 과 같이 쟁점부동산을 관리처분계획인가일 (2008.2.4.) 기준으로 OOO 원으로 평가하였다. < 표 1> 쟁점부동산의 관리처분계획인가일 기준 취득가액 ㅇㅇㅇ (다) 이는 당초감정가액 (OOO 원) 에 미치지 못하므로, 당초 과세표준과 세액을 변경하지 않은 것일 뿐 청구법인의 주장처럼 구체적인 재조사를 거치지 않고 당초 처분을 유지한 것이 아니고, 대법원에서도 조세심판원의 재조사 결정에 따라 추가 조사하여 당초대로 경정한 것은 심판결정의 기속력에 반하지 않는다고 판시하였다. (라) 청구법인은 쟁점감정가액이 관리처분계획인가일을 평가기준일로 하여 객관적․합리적 방법으로 평가되었는지 처분청이 직접 조사･검토하는 방안, 다른 감정평가법인에 감정평가를 의뢰하여 다시 평가하는 방안, 다른 감정평가법인을 통해 쟁점감정가액을 검토 의뢰하는 방안 등 중 어느 하나를 선택해서 재조사해야 한다고 주장하나, 조세심판원에서 쟁점감정가액은 청구법인이 수익사업인 일반분양이 완료된 이후 2015 사업연도 법인세 경정청구를 위한 목적에서 이루어진 감정가액으로 객관적이고 합리적으로 평가된 것으로 보이지 아니한다고 이미 결정한 사안이다. 다른 감정평가법인을 통해 재평가하는 방안의 경우, 2015 년 아파트가 준공되어 기존 토지 등의 물건이 존재하지 않아 소급감정평가 밖에 될 수 없는 상황으로, ‘ 감정평가에 관한 규칙 및 국토교통부 감정평가 실무기준 ’ 에 의하면 대상 물건 확인을 위한 실지조사는 강행규정이고, 실지조사 없이 감정평가를 할 수 있는 경우는 극히 예외적인 경우로 한정된다. (마) 법인세법에서는 매매사례가액→감정평가액→상증세법상 평가방법을 순차적으로 적용하도록 정하고 있고, 따라서 이 건 거래당시의 시가가 불분명한 경우로서 감정가액이 없는 경우에 해당하며, 이에 따라 처분청은 상증세법상 평가방법에 따라, 아래 < 표 2> ∼ < 표 4> 와 같이 쟁점부동산을 관리처분계획인가일을 기준으로 개별공시지가, 개별 및 공동주택가격, 건물기준시가를 적용하여 객관적이고 합리적인 시가를 재조사하였다. < 표 2> 쟁점부동산 (토지) 의 취득가액 산정 ㅇㅇㅇ < 표 3> 쟁점부동산 (건물) 의 취득가액 산정 ㅇㅇㅇ < 표 4> 쟁점부동산 (구분건물) 의 취득가액 산정 ㅇㅇㅇ (3) 쟁점감정가액은 다음과 같은 점에서 쟁점부동산의 취득가액으로 보기에 타당하지 않다. (가) 종전감정가액과 쟁점감정가액을 평가한 내역은 아래 < 표 5> 와 같다. < 표 5> 종점감정가액과 쟁점감정가액의 비교 내역 구 분 종전감정가액 (OOO 원) 쟁점감정가액 (OOO 원) 평가목적 OOO 주택재개발정비사업에 따른 관리처분계획수립을 위한 자산평가 법인세 산정의 필요에 따른 현물출자자산의 시가 산정을 위한 감 정평가 평가법인 ㈜ A ㈜ B ㈜ C ㈜ D 가격시점 (취득) 2006.7.10. (사업시행인가일) 2008.2.4. (관리처분계획인가일) 평가시기 2006.7.21. ∼ 2007.2.27. 2018.10.1. ∼ 2018.11.27. 취득시기와 평가일차이 7 개월 10 년 9 개월 평가기준 및 방법 (토지) 부동산가격공시 및 감정 평가에 관한 법률에 의거 평가대 상토지와 유사한 이용가치를 지닌다고 인정되는 인근지역내 유사표준지의 공시지가를 기준으로 공 시기준일로부터 가격시점까지의 지가 변동률, 생산자물가상승률 및 당 해 토지의 위치, 형상, 환경, 이용 상 황 등 제반가격형성요인과 인근의 지가수준 및 재개발사업구역의 평가 선례 등을 종합참작하여 평가 (토지) 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의거 평가대상토지와 유사한 이용가치를 지닌 표준지의 공시지가를 기준으로 하되, 공 시기준일로부터 가격시점까지의 지가 변동률, 생산자물가지수 및 평가대상 토지의 위치, 형상, 환경, 이용 상 황, 기타 가격형성 상의 제요인을 참작하여 평가 비교표준지 선정 OOO 외 14 필지 OOO (OOO 감정평가만 1 필지 상이) 가격결정 (기타요인차이) 비교표준지 × 시점수정 × 지역요인 × 개별요인 × 기타요인 비교표준지 × 시점수정 × 지역요인 × 개별요인 × 그 밖의요인 종전감정가액과 쟁점감정가액의 감정평가방법을 비교해 보면 비교 표준지 (OOO 외 14 필지), 평가기준, 방법 (지가변동률, 환경, 이용상황 등) 이 거의 동일한 조건으로 평가한 것으로 확인되고, 개발 사업의 부지를 당해 토지와 유사한 이용가치를 지닌다고 인정되는 표준지 공시지가를 기준으로 공시기준일부터 가격시점까지의 지가변동률과 위치, 형상, 환경, 이용상황 및 기타 제반사항을 종합적으로 참작하여 평가한 것으로 나타난다. (나) 종전감정가액 및 쟁점감정가액의 표준지는 거의 일치하고 있고, 해당 표준지의 공시지가 상승률은 아래 < 표 6> 과 같이 평균 14.31% 로 나타나는 데 반하여, 쟁점부동산 토지의 감정가액 상승률은 아래 < 표 7> 과 같이 29.38% 로 나타나 2.05 배 높은 것으로 확인된다. 한편, 부동산통계정보시스템에 의하면 사업시행인가일 (2006.7.10.) 부터 관리처분계획인가일 (2008.2.4.) 사이 부산광역시 동래구 주거지역 지가는 4.187% 상승에 그친 것으로 확인된다. < 표 6> 표준지 공시지가 비교 ㅇㅇㅇ < 표 7> 감정가액 비교 (토지) ㅇㅇㅇ (다) 종전감정가액과 쟁점감정가액의 차이는 대부분이 토지 감정가액 상승으로 인한 것으로, 주요 원인은 “ 그 밖의 요인 ” 으로 확인되고, 그 밖의 요인은 인근 지역 감정평가선례, 지가수준 및 지가동향 등을 기초로 가중치 (보정치) 를 부여하는 것이다. (라) 쟁점감정가액은 아래 < 표 8> 과 같이 거래사례가액 중 구분기재한 1, 5, 8, 3 개 필지의 거래사례가액을 그 밖의 요인 보정치 산정에 사용하였고, 거래사례는 표준지와 용도지역 등의 공법상 제한사항, 실제 이용상황, 주위환경 등이 같거나 유사하여 비교가능성이 높은 사례를 선정하여 보정치를 산정한다고 되어 있으나, 다음과 같이 거래사례 선정이 문제가 있다고 볼 수 있다. < 표 8> 쟁점감정가액에서의 토지 거래사례 선정 내역 ㅇㅇㅇ 1) 거래사례 1 은 왕복 4 차선 도로에 바로 인접한 곳 으로, 해당 도로는 부산의 번화가인 온천장으로 가는 길목이자, 시내의 중심지를 잇는 중앙대로의 이면도로로, 교통량이 많고 서면 등 중심지로 가는 시내버스가 많이 다니는 도로이고, 쟁점부동산의 토지 공시지가가 1.7 배 이상 차이가 날 정도로 비교대상으로 삼는 것이 적정하지 않다. 2) 거래사례 5 는 대부분의 표준지와 비교된 거래사례로, 이 건 재개발사업 구역 내에 위치하고 있고, 청구법인이 2007.4.25.(등기원인일) 조합원이었던 A 로부터 매입한 물건으로, 현금청산 물건에 해당하는 재개발구역은 고도가 높아지는 언덕 형태로, 상대적으로 고도가 낮은 아래쪽에 위치하며, 비교적 폭이 넓은 골목에 인접한 거래사례 5 를 대표적인 거래사례로 삼은 것은 부적정하고, 거래사례가액을 다른 제 3 자 간의 거래사례가 아닌 조합원과 조합사이 현금청산된 물건을 선정한 것이 정당하다면, 다른 수많은 현금청산 사례가 있음에도 해당 지번을 특정하여 선정한 것은 거래사례가액 선정이 자의적임을 보여준다고 할 것이다. 3) 이와 같이 거래사례의 선정에 따라 그 밖의 요인 보정치가 얼마든지 변동될 수 있는지를 볼 수 있으므로 쟁점감정가액이 객관적·합리적으로 평가된 것이 아니라고 할 것이다. (마) 청구법인은 재개발 아파트 분양가액과 조합원의 분담금을 산정할 때에도 사업시행인가일 (2006.7.10.) 의 당초감정가액 (OOO 원) 을 쟁점부동산의 취득가액으로 하여 조합원의 추가 분담금 및 현금청산금을 산정하였을 것인바, 동일자산에 대해 취득가액이 동일해야 함에도 불구하고, 아파트가 준공이 되고 난 이후 몇 년이 지나서 법인세를 환급받기 위해 평가기준일로부터 10 년 9 개월이 지난 시점에 소급감정평가한 쟁점감정가액 (OOO 원) 으로 취득가액을 재산정해 줄 것을 요청하는 것은 납세자의 신의성실 원칙에 위배되는 것이며, 신빙성 있는 감정평가가액으로 보기 어렵다. (바) 또한 청구법인이 원용한 대법원 판례는 법원의 시가감정 촉탁에 의한 원심 감정이 객관적이고 합리적인 방법 으로 볼 수 없다고 판결하면서, 오히려 과세관청이 인근 토지에 대한 개별공 시지가에 면적을 곱한 금액을 정당한 시가라고 판시한 것으로 과세관청의 개별공시지가를 적용한 과세처분이 정당하고, 소급감정에 대해 아주 엄격하게 적용한 판례이므로 (대법원 2010.9.30. 선고 2010 두 8751 판결 참조) 이 건 쟁점감정가액을 정당화하는 근거가 되기 어렵다. (사) 처분청은 관리처분계획인가일 현재 시가 및 객관적으로 평가된 감정가액이 없으므로 시가를 재조사한 것이고, 쟁점감정가액이 단순히 소급감정가액이라는 이유로 부인하는 것이 아니라, 법인세 경정청구를 목적으로 감정한, 객관적이고 합리적으로 평가된 것이 아니기 때문으로 이 건은 시가가 불분명하고, 객관적이고 합리적으로 평가된 감정평가액이 존재하지 않는 경우에 해당한다고 보아 법인세법의 시가적용 원칙에 따라 상증세법상 보충적 평가방법을 적용한 것이다.

가.

① 이 건 처분이 재조사 결정의 기속력에 반한다는 청구주장의 당부

② 관리처분계획인가일을 기준으로 소급 감정평가한 가액 (평균액) 을 쟁점부동산의 취득가액으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부 나.

(1) 국세기본법 제65조 (결정)

① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

3. 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만, 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.

⑤ 제1항 제3호 단서에 따른 재조사 결정이 있는 경우 처분청은 재조사 결정일로부터 60 일 이내에 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고, 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하여야 한다. (단서 생략) 제79조 (불고불리, 불이익변경금지)

① 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분 외의 처분에 대해서는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다.

② 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다. 제80조 (결정의 효력)

① 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속 (羈束) 한다.

② 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다. 제81조 (심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조 제3항·제4항, 제63조, 제65조 (제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의 2 를 준용한다. 이 경우 제63조제1항 중 "20 일 이내의 기간 " 은 " 상당한 기간 " 으로 본다. (2) 법인세법 제40조 (손익의 귀속사업연도)

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제41조 (자산의 취득가액)

① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다) 은 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가 (製作原價) 에 부대비용을 더한 금액

1 호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 법인세법 시행령 제68조 (자산의 판매손익 등의 귀속사업연도)

① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

: 그 대금을 청산한 날 [ 한국은행법에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금 (이하 이 호에서 “ 외화대금 ” 이라 한다) 으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날 ]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기 (등록을 포함한다) 를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일 (등록일을 포함한다) ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다. 제72조 (자산의 취득가액 등)

② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

3. 합병ㆍ분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액 가. 적격합병 또는 적격분할의 경우: 제80조의 4 제1항 또는 제82조의 4 제1항에 따른 장부가액 나. 그 밖의 경우: 해당 자산의 시가 제89조 (시가의 범위 등)

① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제 3 자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격 (주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액) 에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액 (감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의 2 ㆍ제39조의 3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식 (주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다) 의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “ 직전 6 개월 (증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3 개월로 한다)” 은 각각 “ 직전 6 개월 ” 로 본다. (4) 상속세 및 증여세법 제60조 (평가의 원칙 등)

① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일 (이하 “ 평가기준일 ” 이라 한다) 현재의 시가 (時價) 에 따른다. 이 경우 제63조 제1항 제1호 가목 및 나목에 규정된 평가방법으로 평가한 가액 (제63조 제2항에 해당하는 경우는 제외한다) 을 시가로 본다.

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다. (5) 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 (평가의 원칙등)

① 법 제60조 제2항에서 “ 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것 ” 이란 평가기준일 전후 6 개월 (증여재산의 경우에는 3 개월로 한다. 이하 이 항에서 “ 평가기간 ” 이라 한다) 이내의 기간 중 매매ㆍ감정ㆍ수용ㆍ경매 (민사집행법에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매 (이하 이 조에서 “ 매매등 ” 이라 한다) 가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다. 다만, 평가기간에 해당하지 아니하는 기간으로서 평가기준일 전 2 년 이내의 기간 중에 매매등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 고려하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 보아 상속세 또는 증여세 납부의무가 있는 자 (이하 이 조 및 제54조에서 “ 납세자 ” 라 한다), 지방국세청장 또는 관할세무서장이 신청하는 때에는 제49조의 2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 해당 매매등의 가액을 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다.

(법 제63조 제1항 제1호에 규정된 재산을 제외한다) 에 대하여 2 이상의 기획재정부령이 정하는 공신력 있는 감정기관 (이하 “ 감정기관 ” 이라 한다) 이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 다음 각목의 1 에 해당하는 것을 제외하며, 당해 감정가액이 법 제61조ㆍ법 제62조ㆍ법 제64조 및 법 제65조의 규정에 의하여 평가한 가액과 제5항에 따른 시가의 100 분의 90 에 해당하는 가액 중 적은 금액 (이하 이 호에서 “ 기준금액 ” 이라 한다) 에 미달하는 경우 (기준금액 이상인 경우에도 제49조의 2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 감정평가목적 등을 감안하여 동 가액이 부적정하다고 인정되는 경우를 포함한다) 에는 세무서장 (관할지방국세청장을 포함하며, 이하 “ 세무서장등 ” 이라 한다) 이 다른 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액에 의하되, 그 가액이 납세자가 제시한 감정가액보다 낮은 경우에는 그러하지 아니하다. 가. 일정한 조건이 충족될 것을 전제로 당해 재산을 평가하는 등 상속세 및 증여세의 납부목적에 적합하지 아니한 감정가액 나. 평가기준일 현재 당해재산의 원형대로 감정하지 아니한 경우의 당해 감정가액 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료를 보면 다음의 사실관계가 나타난다. (가) 청구법인이 2015 사업연도 법인세를 신고 및 경정 등을 한 내역은 아래 < 표 9> 와 같고, 청구법인은 이 건 경정청구를 하면서 경정된 세액이 아니라 당초 법인세를 신고한 금액을 기준으로 경정청구금액을 산정한 것으로 나타난다. < 표 9> 청구법인의 2015 사업연도 법인세 신고 및 경청청구 내역 ㅇㅇㅇ (나) 청구법인이 이 건 재개발 사업을 진행한 과정은 아래 < 표 10> 과 같다. < 표 10> 이 건 재개발 사업 진행 과정 2005.6.15. 2005.8.23. 2006.7.10. 2008.2.4. 2012.11.14. 2015.11.30. 정비구역 지 정 조합설립 인 가 사업시행인가일 (감정가 OOO) ⇨ 당초신고 관리처분계획인가일 (소급감정: OOO) ⇨ 경정청구 착공 준공인가 (다) 청구법인은 관리처분계획인가일 기준으로 소급평가한 쟁점감정가액을 쟁점부동산의 취득가액으로 손금산입하여 2015 사업연도 법인세를 환급하여 달라는 내용으로 2019.10.18. 경정청구를 하였고, 처분청은 쟁점감정가액은 소급감정가액으로서 객관적이고 합리적인 방법으로 평가되었다고 볼 수 없다는 이유로 2021.1.8. 청구법인의 경정청구를 거부하였으며, 이에 청구법인은 2021.4.5. 심판청구를 제기하였고, 이에 대해 우리 원은 청구법인에게 한 2015 사업연도 법인세 경정청구 거부처분은 청구법인이 조합원으로부터 현물출자받은 토지 및 건물의 취득가액을 관리처분계획인가일을 기준으로 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것으로 결정하였다 (조심 2021 부 2421, 2021.12.15.). (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 쟁점부동산의 취득가액을 관리처분계획인가일 기준으로 재조사하라는 당초 재조사결정의 주문에 따라 처분청은 쟁점부동산의 토지 공시지가, 건물 기준시가, 인근 지역의 매매사례, 소비자 물가상승률, 소급평가된 쟁점감정가액과의 비교 조사 등을 실시하였고, 다만 불이익변경금지 원칙에 따라 당초감정가액을 쟁점부동산의 취득가액으로 인정한 것으로, 달리 이 건 처분이 재조사 심판결정의 기속력에 위배되는 것으로 보이지 아니한다. (나) 다음으로 쟁점②에 대해 살피건대, 처분청은 쟁점감정가액은 평가기준일인 관리처분계획인가일 (2008.2.4.) 로부터 약 10 년 9 개월이 경과 한 이후에 소급하여 감정평가한 것으로 객관적이고 합리적인 쟁점부동산의 시가로 인정하기 어렵다는 의견이나, 청구법인은 쟁점부동산의 취득시기가 당초 사업시행인가일에서 관리처분계획인가일로 변경 해석․적용됨에 따라 쟁점부동산의 취득가액을 정상적으로 반영하기 위하여 그 기간 동안의 지가변동 등을 감안하여 쟁점감정가액으로 감정평가한 것으로 보이는 점, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정기관들이 평가한 쟁점감정가액에 달리 객관성 및 합리성이 부족하다거나 충분한 검토가 없었다고 단정하기 어려운 점, 쟁점감정가액이 일부 부족한 점이 있다고 하더라도 쟁점감정가액은 당초감정가액과 비교하여 ‘ 비교표준지 중 1 필지 ’ 와 ‘ 기타요인에 따른 가중치 ’ 를 제외하면 동일한 조건으로 평가된 것이고, 위 < 표 8> 의 감정평가시 참고된 매매사례 등에 비추어 쟁점감정가액이 과다하게 소급평가된 것이라 단정하기는 어려워 보이는 점, 처분청이 쟁점감정가액보다 객관적이고 합리적으로 보이는 관리처분계획인가일 현재의 시가를 제시하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점부동산의 취득가액을 산정함에 있어 쟁점감정가액을 관리처분계획인가일 현재의 시가에서 배제하여 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다 (조심 2022 부 2743, 2024.8.22. 등 참조).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의 2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.