처분청은 청구법인에 대한 법인세의 부과처분 당시에국세징수법에서 규정한 납부고지서에 ‘법인세 과세표준, 세율, 산출세액, 가산세, 고지세액, 고지에 대한 안내말씀(추징사유), 산출근거 등’을 명시하고 납부일자 등을 기재하여 통지한 점, 쟁점토지에 소재한 건축물은 청구법인이 쟁점토지를 양도한 후 착공신고가 이루어진 것으로 청구법인이 시공한 사실이 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없음 다만, 처분청(조사청)이 자신의 판단에 따라 청구법인이 납부한 세금을 환급하였다가 감사원의 감사 지적에 따라 같은 세금을 재차 부과한 사정이라면, 청구법인에게는 이 건 처분과 관련하여 법인세를 납부하지 못한 것에 대한 귀책사유가 없다 할 것인 점 등에 비추어, 처분청이 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있음
[주 문] OOO세무서장이 2022.2.22. 청구법인에게 한 2018사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 토지 등 양도소득과 관련한 납부불성실가산세를 제외하여 경정하고, 나머지 청구는 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 사건 과세처분의 납부고지서에 과세의 근거가 되는 토지의 소재지 등이 특정되지 않았고, 과세처분의 원인을 설명 받지 못하여 납세고지의 하자에 따른 과세처분의 위법이 있다. (가) 법인세 부과처분에 있어서 과세표준과 세액의 계산명세서 등을 첨부하여 고지하도록 한 취지는 납세의무자에게 부과처분의 내용을 상세히 알려서 불복여부의 결정 및 그 불복신청에 편의를 주려는 것이므로 그와 같은 기재가 누락되면 그 과세처분은 위법하며 취소의 대상이 된다(대법원 1983.10.25. 선고 83누115 판결 참조). (나) 납세고지서상 세액의 산출근거는 ‘과세표준 OOO원에 대하여 세율 10.00%를 적용한 토지 등 양도 법인세 OOO원이 포함되었다’라고만 안내하고 있을 뿐, 구체적으로 ‘토지의 소재지, 지목, 면적’, ‘양도계약의 당사자, 일시, 가액’ 등이 특정되지 않았다. (다) 즉 청구법인은 처분청으로부터 이 사건 과세처분 당시 구체적으로 무엇을 원인으로 과세처분이 이루어진 것인지 설명 받지 못하였고, 설혹, 청구법인이 이 사건 과세처분 전·후 사정으로 처분의 근거를 예측할 수 있다고 하여도 이는 처분 당시에 그 근거가 설명된 것이 아니므로 위법한 것이다.
(2) 쟁점토지는 청구법인이 취득 후 양도할 때까지 비사업용 토지가 아니었다. (가) 과세처분에 관한 행정소송에 있어서 과세원인 및 과세표준금액 등 과세요건이 되는 사실에 관하여는 다른 특별한 사정이 없는 한 과세관청에 그 입증책임이 있다(대법원 1981.5.26. 선고 80누521 판결 참조). (나) 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지는 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간에는 비사업용 토지가 아닌바, 청구법인이 2016.3.30. 쟁점토지를 취득했으므로 2년 후인 2018.3.30.까지는 비사업용 토지가 아니다. (다) 아울러 청구법인은 2016.7.1. 쟁점토지에 대해 공사를 착공하였고, 양도 전에 건축공사가 진행되고 있었으므로 쟁점토지의 착공일인 2016.7.1.부터 건설이 진행 중인 기간 내에는 비사업용토지가 아니다. (라) 그리고 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지임을 전제로 과세를 한 이상, 처분청이 이 과세요건 사실을 증명해야 한다.
(3) 청구법인은 납세자로서 법규상 정하여진 협력의무의 이행을 태만한 사실이 없으므로, 토지 등 양도소득에 대한 법인세에 관한 가산세는 취소되어야 한다. (가) 세법상 가산세는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원 2016.10.27. 선고 2016두44711 판결 등 참조). (나) 조사청이 자신의 판단에 따라 청구법인이 납부한 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 환급하였다가 감사지적에 따라 처분청이 부과한 경우이므로, 청구법인에게는 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 납부하지 못한 것에 대한 귀책사유가 없다.
(4) 청구법인의 항변내용은 다음과 같다. (가) 아래 <표1>의 사용승인서와 같이 OOO 토지의 경우 양도일(2018.10.15.) 당시 기준으로 명백하게 착공하여, 이미 공사가 완료된 상태였으므로 해당 토지의 양도에 대하여 비사업용 토지의 거래로 보아 법인세를 부과한 처분은 취소되어야 한다. <표1> 사용승인서 중 일부 (나) 터파기 공사는 착공으로 인정되고, 청구법인은 2016.7.1. 쟁점토지에 착공하였다. 1) 법인세법 시행규칙제46조의2 제1항 제5호에서의 착공은 최소한 터파기 공사, 굴착공사 등의 공사 등을 시작하는 것이나, 심지어 그보다 앞선 단계에서 건물의 신축에 필수적으로 전제되는 작업을 포함하는 개념이다.
2. 처분청은 쟁점토지와 관련하여 터파기 공사 등 토지기반공사가 진행되던 중 쟁점토지가 양도된 사실을 인정한 바와 같이 이미 착공한 것에 해당하고, 보수적으로 계산하더라도 청구법인이 각 양도일에는 쟁점토지에 대해서 착공한 것으로 보아야 한다. (다) 착공은 현상적으로 공사를 시작한 날을 의미하는 것이고, 공사의 시작 전에 건축허가나 착공신고가 있었는지는 고려할 사항이 아니다. (라) OOO토지는 OOO등의 여러 공장과 OOO도로 토지를 연결하는 기능을 수행하고 있고, 이는 공장 입주민과 방문자들, 일반인의 자유로운 통행을 위하여 제공할 목적으로 개설한 사설 도로에 해당한다고 보아야 하므로지방세법및 같은 법 시행령 상 도로로 비과세대상이며, 비사업용 토지가 아니다. (마) 처분청은 청구법인이 잘못된 사실을 왜곡하여 경정청구를 한 것이므로 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 보기 어렵다고 주장하나,
1. 청구법인은 쟁점토지의 양도를 포함하여 2018사업연도 법인세를 신고·납부하였고, 이후 쟁점토지가 비사업용 토지가 아니라는 이유로 쟁점토지와 관련한 법인세 환급을 구하는 경정청구를 하였으며, 조사청은 청구법인의 경정청구를 받아들여 환급하였다.
2. 조사청으로서는 청구법인의 신고를 면밀히 조사하여 그 사실관계를 확인하고 신중하게 환급결정을 하였어야 할 의무가 있고, 조사청이 이를 게을리한 것으로 인하여 청구법인이 법인세를 납부하지 않게 된 것을 청구법인의 귀책사유로 돌릴 수는 없다.
(1) 청구법인은 납부고지서에 과세의 근거가 되는 토지의 소재지 등이 특정되지 않았고, 처분청으로부터 구체적으로 무엇을 원인으로 과세처분이 이루어진 것인지 설명 받지 못하였다고 주장하나, (가) 납세고지서의 기재사항을 어느 정도까지 기재하여야 하는지는 부과된 세목의 종류와 성격, 관련 절차의 공정성 및 기타의 사정 등을 종합적으로 고려하여 개별‧구체적으로 판단하여야 할 것이다. (나) 이 사건 과세처분의 납세고지서에는 과세표준, 세율, 세액의 산출근거인 ‘토지 등 양도 법인세’가 기재되어 있어, 토지의 소재지 등을 구체적으로 명시하지 않더라도 쟁점토지를 원인으로 한 과세처분임을 쉽게 유추할 수 있다. (다) 또한 청구법인은 쟁점토지에 대한 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세 계산누락’을 사유로 2018.11.28. 수정신고를 하였는데, 당해 법인세 과세표준은 OOO원으로 납세고지서의 세액 산출근거에 기재되어 있는 과세표준 OOO원과 일치하므로 이 사건 과세처분이 청구인이 자진하여 신고한 쟁점토지임을 쉽게 알 수 있다. (라) 납세고지서에는 그 귀속연도의 과세표준, 세액의 산출근거 등을 명시하여 고지하면 족하고, 세액산출의 실질적 근거와 경로, 경위 등을 기재하도록 요구할 근거는 없다.
(2) 청구법인은 쟁점토지는 비사업용 토지가 아니므로 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세대상이 아니라고 하면서, 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지임을 전제로 과세한 이상 처분청이 이 과세요건사실을 증명해야 한다고 주장하고 있으나, (가) 쟁점토지는 임야 또는 농지 상태로 2016.3.30. 청구법인이 취득하였다가 2017.5.18. 공장용지로 지목을 변경하였고, 2018.2.7.부터 2018.12.20.까지 AAA 주식회사 등에게 양도되었다. (나) 청구법인은 쟁점토지 중 OOO을 제외한 나머지 7필지에 대하여 공장 신축을 위해 터파기 공사 등 토지기반공사를 하던 중 양도하였는데, 7필지는 건축허가가 나고 착공신고 전에 양도되었거나, 건축허가 또는 착공신고를 하지 아니하고 양도된 토지에 해당하여 ‘건설에 착공한 토지’로 볼 수 없다. (다) 쟁점토지는 청구법인이 소유한 기간 중 비사업용 토지(임야 또는 농지)로 보는 취득일(2016.3.30.)부터 공장용지로 지목변경일(2017.5.18.)까지의 기간이 총 소유기간 중 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하므로 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당한다.
(3) 청구법인은 청구법인이 납부한 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 환급하였다가 감사 지적에 따라 이를 재차 부과한 경우이므로, 청구법인에게는 법인세를 납부하지 못한 것에 대한 정당한 사유가 있으므로 이 사건 과세처분에 대한 가산세는 취소되어야 한다고 주장하나, (가) 청구법인은 쟁점토지에 대하여 토지 등 양도소득 과세대상에 대한 해명자료 제출을 안내받고 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세 계산누락’을 사유로 2019.11.28. 법인세 수정신고를 하였고, 이후 쟁점토지가 비사업용 토지가 아니라는 사유로 2020.1.15. 조사청에 경정청구를 하였다. (나) 청구법인은 쟁점토지를 양도시점까지 건설에 착공하지 아니하였음에도 건설에 착공한 토지라는 점 등을 경정청구 소명서에 기재하여 제출하였다. (다) 청구법인이 제출한 경정청구서에 따르면 ① 쟁점토지는 건설에 착공한 토지라는 점, ② 토목공사는 건물신축을 위한 선행공사라는 점, ③ 토목공사와 공장신축 공사는 같은 공사로 볼 수 있다는 점, ④ 2016년 6월 경 OOO구청장에게 착공신고서를 제출하여 공장 신축 토목공사를 진행하였다는 점 등을 사유로 쟁점토지가 ‘건설에 착공한 토지’에 해당하여 비사업용 토지가 아니라는 점을 지속적으로 강조하고 있다. (라) 이는 청구법인이 과세물건의 현 상황 등을 제대로 파악하여 납세의무를 이행하여야 할 납세의무자임에도 불구하고 잘못된 사실관계로 사실을 왜곡하여 경정청구를 한 것이므로, 이러한 사실관계나 법령에 대한 부지‧착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 보기 어렵다.
(4) 청구법인의 항변내용에 대한 처분청의 의견은 다음과 같다. (가) 청구법인이 제출한 사용승인서의 신축 건축물은 청구법인이 양도한 OOO토지가 아니라 2017.6.30. 분할된 토지인 OOO에 위치하고 있고, 이 사건 처분과 관련 없는 토지이므로, 이를 근거로 OOO토지를 착공한 토지라고 볼 이유는 없다. (나) 청구법인은 쟁점토지에서 형질변경을 위한 개발행위만을 하였다.
1. 대법원은 공장 부지조성공사를 시행하고 준공승인까지 받은 후 토지를 양도하였을 경우 직접 공장을 건축하지 않고 부지조성공사만 한 것이므로 건물의 신축공사를 실행하였다고 보기 어려워 비사업용 토지에 해당한다고 판시한 바 있다(대법원 2018.1.11. 선고 2017두62686 판결).
2. 청구법인은 공장 부지조성공사를 시행하고 OOO에 건축된 공장 등을 근거로 지목을 변경한 후, 토지를 분할하고 쟁점토지에 직접 공장을 건축하지 않은 상태로 양도하였으므로 이는 토지형질변경을 위한 부지조성공사만 한 것에 불과하며, 터파기공사, 굴착공사 등을 착공하였다고 하여 쟁점토지가 모두 착공되었다는 청구주장은 이유가 없다. (다) 2016.7.1. OOO 공장 신축의 토목공사에 대한 착공신고와 2017.5.8. “2011 신축허가 제99호”에 따른 공장 및 사무실 2동 사용승인, 2017.5.18. 지목변경 및 토지 분할 후 각 쟁점토지별 건축물 신축 허가 및 착공신고가 있었음을 비추어 볼 때 2016.7.1.은 토지의 형질변경을 위한 개발행위 착공일에 불과하다. (라) 청구법인은 OOO토지는 비사업용 토지 판정기준에 따라 보유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하므로 비사업용 토지에 해당한다. (마) 사실관계나 법령에 대한 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다.
1. 청구법인은 경정청구서를 통해 분양계획도, 토목공사 착공신고서, 건축허가서, 공사진행 사진을 제출하였는데, 토목공사와 공장신축 공사는 같은 공사로서 2016.7.1. 착공된 토목공사는 건물신축을 위한 선행공사이며, 토목공사와 공장신축 공사는 같은 공사로 볼 수 있어 쟁점토지가 건설에 착공한 토지에 해당하므로 비사업용 토지가 아니라는 점을 주장하였다.
2. 하지만 쟁점토지와 관련한 지목변경, 분필과정 등 현상에 대하여 가장 잘 알고 있었을 청구법인이 각 필지별 분필 내용, 지목변경 내용 등을 생략하고 분양계획도를 첨부하여 토목공사가 쟁점토지의 선행공사라는 점을 강조하는 등 일련의 사실관계를 왜곡하거나 생략하여 경정청구를 한 사안을 두고 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 보기는 어려울 것이다.
① 납부고지서상에 세액의 산출근거를 알 수 없어 이 건 부과처분이 위법하다는 청구주장의 당부
② 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 부과한 처분의 당부
③ 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 법인세법 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 (중략)
2. 임야. (중략)
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 목장용지. (중략)
4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지 가.지방세법이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 나.지방세법제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지
③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2) 법인세법 시행령 제92조의3(비사업용 토지의 기간기준) 법 제55조의2 제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.
3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.
1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간
2. 토지를 취득한 후문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간
3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간 (3) 법인세법 시행규칙 제46조의2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. (단서 생략)
5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지: 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)
(4) 국세기본법 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
(5) 국세징수법 제6조(납세자에 대한 납부고지 등) ① 관할 세무서장은 납세자로부터 국세를 징수하려는 경우 국세의 과세기간, 세목, 세액, 산출 근거, 납부하여야 할 기한(납부고지를 하는 날부터 30일 이내의 범위로 정한다) 및 납부장소를 적은 납부고지서를 납세자에게 발급하여야 한다. (단서 생략) (6) 국세징수법 시행규칙 제3조(납부고지서) 법 제6조 제1항에 따른 납부고지서는 별지 제2호서식에 따른다. 다만, 종합부동산세 납부고지서는 별지 제3호서식에 따른다.
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실관계가 나타난다. (가) 쟁점토지와 관련한 지목 및 지번 등 변경내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점토지와 관련한 지목 및 지번 등 변경내역 (나) 청구법인은 공장을 신축·분양하기 위한 목적으로 2016.3.30. 지목이 임야 또는 농지인 나대지 상태의 쟁점토지를 OOO원에 임의경매로 취득하고, 2017.5.18. 쟁점토지의 지목을 공장용지로 변경하였으며, 2018.10.15. 등 AAA 주식회사 외 5인에게 OOO원에 양도하였다. (다) 청구법인은 2019.3.26. 각 사업연도 소득금액에 대하여 2018사업연도 법인세를 신고·납부하였다가, 2019.11.28. 쟁점토지에 대한 토지 등 양도소득에 대한 법인세 OOO원의 계산을 누락하였다는 사유로 수정신고를 하였다. (라) 이후 청구법인은 토지기반공사를 하던 중 쟁점토지를 양도하였다는 사유로 2020.1.15. 쟁점토지가 ‘건설에 착공한 토지’로 사업용 토지에 해당한다며 위의 법인세를 환급해 달라는 경정청구를 하였고, 조사청은 경정청구내용이 타당한 것으로 판단하여 2020.2.17. 이에 대한 환급결정을 하였다. (마) 감사원은 2021.10.25. 조사청에게 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하여 법인세를 부족징수한 것에 대한 시정 등을 요구하였고, 조사청은 2021.12.7. 청구법인에게 2018사업연도 법인세 OOO원의 과세예고통지를 하였다. (바) 이에 청구법인은 2022.1.28. 아래 <표3>과 같은 내용의 과세전적부심사청구를 하였으나, 국세청장은 2022.2.10. 청구법인이국세징수법제9조 제1항 제1호에 따른 ‘국세의 체납으로 강제징수 또는 체납처분이 개시된 경우’에 해당한다며 심사제외결정을 하였다. <표3> 과세전적부심사청구 내용 일부 (사) 처분청은 2022.2.22. 청구법인에게 2018사업연도 법인세 OOO원(토지 등 양도소득 관련 납부불성실가산세 OOO원 포함)의 과세연도·세액 및 그 산출근거·납부기한과 납부장소 등을 기재한 납세고지서를 송달하였다. (아) 청구법인이 2016.6.30. 쟁점토지를 취득할 당시 지목은 임야 또는 농지상태였으나, 2017.5.18. 공장용지로 변경되었고, 쟁점토지에 대한 재산세 과세대상 구분은 아래 <표4>와 같다. <표4> 쟁점토지에 대한 재산세 과세대상 구분 (자) 청구법인은 OOO토지를 제외한 나머지 7필지에 대하여 토지기반공사를 하던 중 양도한 것으로 나타나고, 쟁점토지에 대한 건축허가 및 착공신고 내역은 아래 <표5>와 같다. <표5> 쟁점토지의 양도일 및 건축허가 등 내역 (차) 처분청이 쟁점토지에 대해 비사업용 토지의 기간 기준에 해당하는지 여부를 검토한 내역은 아래 <표6>과 같다. <표6> 쟁점토지에 대한 비사업용 토지의 기간 기준 검토 내역 (카) OOO구청장이 2017.5.8. 청구법인에 발송한 ‘건축물 사용승인(신축)’ 제목의 공문(건축과-21640)에 따르면, 대지위치는 OOO외 16필지, 건축주는 청구법인으로 건축물(공장)을 사용승인 한다는 내용이 기재되어 있다. (타) OOO토지에 대한 토지대장에 따르면, 아래 <표7>과 같이 2017.5.18. 지목이 임야에서 공장용지로 변경된 것으로 나타난다. <표7> OOO토지에 대한 토지대장 내용 일부 (파) OOO토지 지상에 위치한 건축물(공장, 창고시설)의 일반건축물대장에 따르면, 사용승인일이 각각 2019.12.10., 2021.11.17.인 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 납부고지서에 과세의 근거가 되는 토지의 소재지 등이 명확하게 기재되어 있지 아니하는 등 이 건 법인세의 부과처분이 위법하다고 주장하나, 처분청은 청구법인에 대한 법인세의 부과처분 당시에국세징수법에서 규정한 납부고지서에 법인세 과세표준, 세율, 산출세액, 가산세, 고지세액, 고지에 대한 안내말씀(추징사유), 산출근거 등을 명시하고 납부일자 등을 기재하여 통지한 점, 청구법인은 과세예고통지서를 받은 날부터 30일 이내에 그 내용의 적법성에 관한 사항을 다툴 수 있는 과세전적부심사를 청구하였는바, 청구법인은 납부고지서를 송달받기 전에 이미 과세표준, 세액 및 산출근거 등에 대하여 충분히 알고 있었다고 볼 수 있는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 2년까지는 비사업용 토지가 아니고, 쟁점토지에 대해 공사에 착공하였으므로 쟁점토지를 비사업용 토지로 볼 수 없다고 주장하나, 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위해서 건설에 착공한 경우에는 해당 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간은 법인세법 시행규칙제46조의2 제1항 제5호에 따라 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 토지로 보는 것인바, 동 규정의 취지는 토지는 취득 즉시 사업에 바로 사용할 수 없는 현실적인 제약이 있기 때문에 건축물을 신축하기 위하여 준비하는 기간에 대해서도 사업용 사용기간으로 의제하고자 하는 것으로서 취득 후 2년간에 대해서는 건설공사에 착공한 경우를 전제로 사업용 기간으로 의제하도록 하는 것이고, 비사업용 토지 판정시 건축물 신축을 위한 필수적인 선행공사로서 실질적인 토목공사를 개시한 경우 그 시점을 건설에 착공한 시점으로 할 수 있는 점, 법인세법 시행규칙제46조의2 제1항 제5호에서 ‘건설에 착공’하였다는 문언의 의미는 건축물의 건설에 착공한 경우를 말하는 것으로 보이는 점, 쟁점토지에 소재한 건축물은 청구법인이 쟁점토지를 양도한 후 착공신고가 이루어진 것으로 청구법인이 시공한 사실이 없는 것으로 보이는 점, 그 외 청구법인이 제출한 증거서류만으로는 청구법인이 쟁점토지에 소재한 건축물의 건설에 착공하였음을 인정하기에 부족한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대,국세기본법제48조 제1항 제2호에서 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과하지 않는다고 규정하고 있는바, 이 건에서 청구법인이 2018사업연도 법인세에 대한 신고·납부의무를 이행하고 나서 쟁점토지가 업무용 토지에 해당함을 이유로 토지 등 양도소득에 대한 법인세 경정청구를 제기하자, 조사청이 이를 적법한 경정청구로 받아들여 법인세를 환급하였다가, 감사원의 감사결과에 따라 환급세액을 추징하면서 납부불성실가산세를 부과처분한 점, 처분청(조사청)이 자신의 판단에 따라 청구법인이 납부한 세금을 환급하였다가 감사원의 감사 지적에 따라 같은 세금을 재차 부과한 사정이라면, 청구법인에게는 이 건 처분과 관련하여 법인세를 납부하지 못한 것에 대한 귀책사유가 없다 할 것인 점 등에 비추어, 처분청이 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다. (라) 그렇다면, 처분청이 쟁점토지를 비업무용 토지로 보아 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 추징한 것은 정당하나, 미납행위에 대한 귀책사유가 없는 청구법인에게 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이므로 이를 배제하여 법인세를 경정함이 타당하다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.