[요지] 실질과세의 원칙을 적용하여 “끼워넣기 거래”로 보려면 조세회피목적이 있었음이 입증되어야 할 것인데, 처분청이 제시한 자료만으로는 실제 조세회피목적이 있었다고 단정하기는 어려워 보이므로, 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분은 잘못이 있음
[요지] 실질과세의 원칙을 적용하여 “끼워넣기 거래”로 보려면 조세회피목적이 있었음이 입증되어야 할 것인데, 처분청이 제시한 자료만으로는 실제 조세회피목적이 있었다고 단정하기는 어려워 보이므로, 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분은 잘못이 있음
[주 문] OOO서장이 2022.5.6. 청구법인에 한 ＜별지1＞ 기재 법인세 및 부가가치세 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
② ‘쟁점OOO거래 1단계’에서 청구법인이 주-AAA에게 OOO를 최초로 인도한 이후의 22회 거래에서 주-AAA은 청구법인에게 OOO를 반환한 사실이 없음에도 마치 주-AAA이 OOO를 청구법인에게 반환하고 그 즉시 청구법인으로부터 OOO를 다시 인도받았다는 전제로 위 OOO의 반환 및 재인도 시점에 OOO에 적재된 해상유의 공급(이하 “쟁점해상유거래”라고 한다)이 발생한 것처럼 청구법인과 주-AAA이 세금계산서를 수수하였으므로 위 세금계산서는 실물거래가 없는 가공세금계산서에 해당한다고 보는 한편,
③ 쟁점주-AAA호거래의 경우 사실은 주-AAA이 주-CCC에게 직접 주-AAA호를 임대하였음에도 마치 청구법인이 주-AAA으로부터 주-AAA호를 임대하여 이를 주-CCC에 재임대한 것(이하 “청구법인 끼워넣기 거래”라 한다)처럼 세금계산서를 수수한 것이므로 해당 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서에 해당하며,
④ 쟁점선원급여는 DDD-주이 청구법인에게 제공한 선원관리용역의 대가로서 부가가치세 과세대상에 해당함에도 세금계산서를 수취하지 아니하였고,
⑤ 쟁점필리핀선원급여에 대하여 청구법인은 비거주자에 대한 조세조약상 비과세 또는 면제신청서를 제출한 사실이 없음에도 근로소득지급명세서를 제출하지 않았다고 보았다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점① 관련 주장 (가) 쟁점OOO거래의 동기·이유·목적 등은 아래와 같다.
1. 청구법인 등은 2017년 9월경에 ‘기업그룹’ 경영분석을 통하여 ‘기업그룹’간의 산업 중복을 피하고(경영분석당시에 청구법인 등은 모두 선박 용선/대선업을 영위 중이었음), 대외 경쟁력을 제고하며, 각각 특화된 주력산업(청구법인은 선박관리업을 주력산업으로 하고, 주-AAA은 해상화물운송업을 주력산업으로 함)으로 ‘기업그룹’간 산업을 재편하기로 하는 내용으로 “주-AAA 및 청구법인 중장기 발전계획(개요)”을 수립한 바 있고, 쟁점OOO거래는 위 기업그룹 산업재편에 따른 기업그룹 영업방침 중의 하나인 “주-AAA이 OOO와의 영업을 통해 용선(T/C) 또는 해상운송계약(V/C)을 하게 되는 경우에는 청구법인은 그에 맞춰 쟁점OOO거래 방식으로 주-AAA에게 용선하기로 한다”는 영업방침에 따라 수행된 후속 거래이다.
2. 산업재편 방침에 따라 청구법인은 쟁점OOO거래 시작 전에 2018.5.2.자로 해양수산부에 선박관리업 등록을 하는 등 새로운 업종 영위를 위한 준비를 마쳤고, 청구법인 및 주-AAA은 쟁점OOO거래 시작 전에 미리 각자의 산업에 필요한 직원을 충원하는 등[청구법인은 선박관리업을 위해 선박관리총괄/공무/해무/안품 등을 위한 직원을 신규채용하였고, 주-AAA은 해상화물운송업(용선/대선업 포함)을 위해 영업 및 운항 직원 등을 신규채용하였음]으로 인적조직을 완비하였다. 또한 산업재편 후에 쟁점OOO거래 기간부터는 청구법인은 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점OOO거래 외에는 청구법인이 그동안 영위하던 선박용선·대선업을 일체 수행한 사실이 없고, 오로지 산업재편에 따른 선박관리업만을 수행하고 있음이 확인되는바, 산업재편에 따른 영업방침은 실제로 이행되었고, 이로써 쟁점OOO거래는 “산업재편에 따른 후속거래”임을 분명히 알 수 있다. ＜표1＞ 청구법인의 연도별 선박관리 내용 ㅇㅇㅇ (나) 청구법인 등은 쟁점OOO거래의 거래단계 1단계부터 거래단계 68단계까지의 거래에 이르는 모든 거래에서 각자의 책임과 계산으로 거래의 실질내용대로 정당하게 거래하였고, 이는 영업 및 협상 메일, 화물적재 및 양하관련 메일, 항차지시서 메일, 선장의 인도/반선 메일, 외부검수업체의 인도/반선 및 해상유 검수확인서, 검수비용청구서, recap 및 용선계약서, 각종 업무지시 및 보고서 메일, 용선대금 수금 및 지급관련 청구서 및 통장사본, 해운중개수수료 청구서 외 다수 증빙자료에 의해 확인된다. (다) 처분청은 쟁점OOO거래가 “주-AAA 끼워넣기 거래”에 해당한다는 점을 입증할 직접증거를 전혀 제출하지 못하였다.
1. 처분청의 주장처럼 쟁점OOO거래를 ‘주-AAA 끼워넣기 거래’로 보려면 청구법인→ 주-AAA→ OOO의 거래과정 및 OOO→ 주-AAA→ 청구법인의 거래과정에서 청구법인과 주-AAA의 거래가 가공거래라는 증거 및 주-AAA과 OOO와의 거래가 가공거래라는 증거 및 청구법인과 OOO가가 직접 거래했다는 증거를 근거로 거래를 재구성하여야 하고, 그렇게 거래를 재구성해서 과세하려면 청구법인이 실제로 OOO와 영업, 협상 등을 통해 OOO와 거래를 했으며, 주-AAA은 거래와 관련하여 아무런 역할 없이 단순히 세금계산서만 전달하는 역할 등만 했다는 등의 사실 확인이 전제되어야 한다.
2. 그러나 처분청은 객관적이고 직접적인 입증자료(영업 및 협상 등과 같은 거래에 참여한 자료, 계약서, OOO의 확인서/진술서, 거래의 법적·경제적 실질귀속에 대한 증거 등)를 전혀 제시하지 못하고 있고, 처분청에서는 매출액을 부풀릴 목적으로 끼워넣기 거래를 하였다고 주장하면서도 매출액을 부풀릴 이유나 목적이 있었다는 일체의 직접적인 증거를 제시하지 못하고 있는바, 쟁점OOO거래를 주-AAA 끼워넣기 거래라고 보아 관련 세금계산서 전부를 가공세금계산서라 본 처분은 부당하다.
(2) 쟁점② 관련 주장 (가) 청구법인은 주-AAA에게 쟁점OOO거래 기간 동안에 OOO를 단기용선계약(1항해정기용선계약)으로 계속적·반복적으로 용선하면서 국세청 행정해석에 따라(서면3팀-2105, 2005.11.23.) 선박의 인도 및 반선시에 선박내 잔존하는 해상유에 대해 재화의 공급으로 보아 세금계산서를 수수하였는바, 쟁점OOO거래에 따라 필수적·필연적으로 발생한 쟁점해상유거래는 정상거래이다. 청구법인은 OOO가 노후화된 선박이고(2019년 현재 선령 25년임) 부정기선으로서 용선료 시세가 매일 매일 바뀌는 관계로 장기용선을 할 수도 없는 등의 여러 사정이 있어 반복적으로 단기용선을 할 수 밖에 없었다. (나) 처분청은 쟁점OOO거래가 “주-AAA 끼워넣기 거래”에 해당하지 않는다 하더라도 쟁점해상유거래는 가공거래에 해당한다고 주장하나, 이는 다음과 같은 이유로 부당하다.
1. 처분청은 심판청구심리 중에 당초 처분사유인 주-AAA 끼워넣기 거래가 인정되지 않는 경우를 대비해서 처분사유를 변경하면서 해상유거래에 대하여 과세해야 한다고 주장하였으나, 행정절차법제23조 내지 제25조에 따라 행정처분은 당사자에게 근거와 이유를 제시하여 문서로 통지하여야 하는 것으로서 처분청은 처분사유의 변경을 주장하면서도 그 변경된 처분사유로 하는 부가가치세 및 법인세의 경정결정(환급결정)을 하지 아니하였고, 그 변경된 처분사유에 대해 청구법인에게 통지하지도 아니하였으므로 처분사유의 변경이 존재하지 아니한다.
2. 또한 변경된 처분사유는 당초처분의 근거로 삼은 사유와 기본적 사실관계가 동일성이 있다고 인정되는 한도 내에 있지도 아니하며, 과세원인사실 및 과세요건을 달리하는 별개의 과세처분사유에 해당하므로 ‘처분의 동일성이 유지되는 범위내의 처분사유의 변경’에도 해당하지 아니한다. 대법원 판례(대법원 2007두13791,2008.2.28.외 다수)는 “기본적 사실관계가 동일하다는 것은 처분사유를 법률적으로 평가하기 이전의 구체적인 사실에 착안하여 그 기초적인 사회적 사실관계가 기본적인 점에서 동일한 것을 말한다”고 판시하고 있고, 이에 비추어 보면 변경된 처분사유에서의 구체적 사실관계와 당초의 처분사유에서의 구체적 사실관계는 기본적으로 동일하지 않고 그에 따른 법적 평가내용도 다른 것으로 나타나므로 처분사유를 변경할 수 없다.
3. 설령, 처분사유의 변경이 허용되더라도 실제 “OOO의 인도 및 반선” 사실이 확인되므로 해상유가 공급된 사실을 인정해야 한다.
(3) 쟁점③ 관련 주장 (가) 처분청은 주-AAA 소유 선박인 주-AAA호를 주-CCC에게 직접 임대하였음에도 주-AAA이 청구법인에게 주-AAA호를 임대․반환한 거래와 임대․반환 시 선박 내 잔존하는 해상유 거래(이하 “쟁점주-AAA호거래 1단계”라 한다) 및 청구법인이 주-CCC에게 주-AAA호를 임대․반환한 거래와 임대․반환 시 선박 내 잔존하는 해상유 거래(이하 “쟁점주-AAA호거래 2단계”라 하고, 쟁점주-AAA호거래 1단계와 합하여 이하 “쟁점주-AAA호거래”라 한다)를 끼워넣기 거래로 보고 쟁점주-AAA호거래 1단계와 쟁점주-AAA호거래 2단계를 모두 부인한 후 청구법인에게 부가가치세와 법인세를 부과하는 한편, 주-AAA이 주-CCC과 직접 거래한 것으로 보아 주-CCC에 대한 매출세금계산서를 미발급한 데 대하여 주-AAA에게 부가가치세와 법인세를 부과하였다. (나) 청구법인은 자신 소유의 외항 석탄운반용 벌크선 OOO를 2017.12.1.부터 주-CCC에게 용선하고 있던 중 OOO의 노후화로 중대한 결함이 발견되어 부득이 매각하게 되었고, 이에 따라 원래 계약된 용선기간 225일 중 142일밖에 채우지 못하게 되어 계약불이행에 따른 손해배상을 예방하고 시장에서의 영업신용의 유지를 위하여 조속히 주-CCC에게 대체선을 투입해주기로 약정함에 따라 유사선형인 주-AAA호를 주-AAA으로부터 대여(용선)하여 주-CCC에게 대체선으로 투입하고 주-CCC과 잔여 용선기간(2018.6.17.～2018.9.17., 82일간) 계약을 이행한 것으로서 이를 두고 “청구법인 끼워넣기” 거래로 본 것은 부당하다.
(4) 쟁점④ 관련 주장 (가) 선원관리사업자는 선원법등 관련법에 따라 선주로부터 위탁받아 그 위탁받은 범위 내에서 관리수수료를 받고 선원인력관리 수탁계약서에 따라 선주로부터 선원관리사업자가 지급받아 선원에게 지급하기로 한 임금, 퇴직금, 유급휴가급 및 재해보상비 등의 지급을 대행하고 내·외국적선에 승선할 선원의 모집, 교육훈련, 후생복지, 선원관련정보자료 제공 등의 업무를 수행하는 사업자이다. 해양수산부장관이 고시한 ‘선박관리업의 등록관리요령’ 제2조 제3호에서는 관리수수료를 정의하고 있으며 관리수수료는 “사업자가 선박관리계약에 의하여 선주로부터 지급받는 수수료를 말하며 선박관리와 관련하여 해운·항만·조선 관련 사업체 및 선원 등에게 지급되는 직접비용을 제외한다’”고 정의함으로써 선원급여는 순수한 선주의 비용이므로 용역대가인 관리수수료가 될 수 없음을 분명히 하고 있다. 그러므로 선원관리사업자는 선원법 등 관련 법령 등에서 수탁대행수수료인 ‘관리수수료’를 받고 선원급여 등의 지급을 대행하는 사업자임을 분명히 하고 있는 것이다. (나) 선원관리사업자는 관련 법에 따라 선주로부터 수탁받은 업무만 수행할 뿐 선원을 직접 고용하여 인력공급업을 할 수 없다.
1. 구 선원법(2011.8.4. 법률 제11204호로 개정되기 전의 것, 이하 “구선원법”이라 한다) 제101조(선원공급사업의 금지)에서는 “누구든지 공급계약에 의하여 선원을 선박소유자에게 공급하는 사업을 할 수 없다”고 규정하고 있었는바, 선원관리사업자는 선원을 선주에게 공급하는 사업을 하는 것이 위법한 것이었고 업계에서는 익히 잘 알고 있는 내용이므로 선원을 선주에게 공급하는 사업은 거의 불가능한 것이다.
2. 2011.8.4. 법률 제11024호로 전부개정된 선원법에서는 “누구든지 공급계약에 의하여 선원을 선박소유자에게 공급하는 사업을 할 수 없다”는 내용은 삭제되었으나 선원법 전체를 통해서 보면 여전히 선원을 선주에게 공급하는 사업은 금지되어 있으며, 선원법 제43조에 따라 선원근로계약을 체결한 선박소유자가 해양항만관청에 그 내용을 신고하는 경우에도 선원관리사업자는 선주의 대리인으로서 선주를 대리하여 대리인 자격으로 선원과 근로계약은 체결할 수 있지만 선원과 직접 근로계약을 체결할 수 없도록 하고 있는 것이 해양항만관청의 입장이다.
3. 따라서 선원관리사업자는 사실상 선원공급업(인력공급업)을 할 수 없는 것이고 청구법인의 DDD-주과의 선원관리계약도 선원법 등 관련 법령을 준수하기 위해 DDD-주이 관리수수료만 받고 수탁관리를 한 것으로서 쟁점선원급여는 DDD-주이 단순히 지급을 대행한 것이다. (다) DDD-주은 선원법 등 관련 법령 및 선박ㆍ선원관리계약서(2017.5.17.자 계약서로서 주-AAA과 DDD-주 사이에 작성되었으며, 이하 “쟁점계약서a”라 한다)에 따라 청구법인으로부터 위탁(위임)받은 범위 내에서 선원관리를 하였으며 선원을 고용하여 선주에 공급하는 인력공급업을 하지 않았다.
1. 쟁점계약서a 제8조에는 선원급여 송금규정이 규정되어 있으며, 제10조 선박관리비용의 범위에는 선원관리비용, 기술관리비용, 보험관리비용 및 관리수수료가 규정되어 있고, 관리수수료에는 선원관리, 기술관리, 보험관리에 대한 수수료로서 월 USDOOO/척(부가가치세 별도)으로 분명히 기재되어 있어 관리수수료만이 선주로부터 수탁받은 선원관리, 기술관리, 보험관리에 대한 용역대가임을 알 수 있다.
2. DDD-주은 쟁점계약서a의 내용대로 관리수수료와 쟁점선원급여를 구분청구하였다. DDD-주은 쟁점계약서a에 따라서 선주인 청구법인으로부터 지급받아 납입을 대행할 쟁점선원급여 및 기타의 선주 부담 비용에 대하여 관리수수료와 분명히 구분하여 청구하였다.
3. DDD-주 및 DDD-주의 해외선원 공급대리점인 OOO는 관리수수료를 받고 수탁업무를 한 것이므로 그들의 회계 장부상에 쟁점선원급여 청구액에 대해서 매출로 회계처리하지 않고 선주예수금으로 회계처리하고 대행지급한 쟁점선원급여에 대해서 급여비용으로 회계처리하지 않았으며, 청구법인은 쟁점선원급여를 장부상에 급여 및 수당 등으로 청구법인의 비용으로 회계처리하였다.
4. 이러한 회계처리 사실은 DDD-주은 쟁점계약서a의 계약 내용 및 선원법 등 관련 법령에 따라서 순수하게 관리수수료만 받고 선주가 고용하고 선주가 지급해야 할 선원 급여에 대해서는 DDD-주은 단순히 지급을 대행만 할 뿐 매출액 또는 부가가치세 과세표준에 포함될 금액이 아니라는 사실을 주-AAA과 DDD-주은 분명히 이해하고 있었고, 그대로 거래하고 회계처리하였음을 보여주는 것으로서 쟁점선원급여가 부가가치세 과세대상 거래가 아니다. (라) 모든 선원은 청구법인이 근로계약서를 작성하고 고용하였고 청구법인이 모든 선원을 직접 지휘ㆍ감독하였다.
1. 처분청은 쟁점계약서a 상의 내용 중 ‘관리회사의 의무’ 규정에 나타나는 선원의 선발, 배선, 지휘 등의 수탁 업무를 두고 청구법인이 선원들과 직접 고용계약을 체결했으나, 실질은 관리업체가 선원의 선발, 배선, 지휘 등 자기 책임하에 선주들에게 선원을 공급하고 그 대가를 받는 방식의 거래로 이는 인력공급업에 해당한다는 의견이다.
2. 그러나 ‘관리회사의 의무’ 규정에 나오는 선원의 선발, 배선, 지휘 업무는 본질적으로 선원관리계약에 의거해서 그 계약의 범위 내에서 즉 ‘수탁 받은 범위 내’에서 관리사인 DDD-주이 수행할 내용을 규정한 것으로서 그 규정이 DDD-주의 책임 하에 선주들에게 선원을 공급했다는 근거가 될 수 없는 것은 위임 및 위·수탁의 법리상 당연한 것이다. DDD-주이 청구법인에 대해 선원채용 승인을 요청하는 선원 채용품의서 등을 첨부한 메일을 보면 선원채용 시에 1차로 관리사에서 면접을 통해 자격요건이 된다고 판단한 선원에 대해 최종적으로 청구법인에게 면접 및 채용승인을 요청하는 내용이다.
3. DDD-주은 청구법인을 대신해서 선원과 근로계약을 체결하는 경우가 있으나 이런 경우에는 모두 선주의 대리인 자격으로 선주를 대신하여 근로계약을 체결하는 것으로, 실무적으로는 ‘On Behalf Of Ship Owner’로 기재하여 대리인으로서 계약함을 분명히 하고 있다. 또한 쟁점계약서a는 선원법 상으로도 오로지 선주만이 선원과 체결할 수 있으며 다만 수탁받은 업무 범위 내에서 선박소유자 등을 대리하여 선박관리업자가 서명 또는 날인 할 수 있도록 규정하고 있고, 선박관리업자와 선원간에는 근로계약을 체결할 수 없도록 규정하고 있다.
4. 모든 선원은 청구법인이 근로계약서를 작성하고 고용하였다. 선원관리사인 DDD-주이 선원관리계약에 따라 자격이 되는 선원을 모집하고 청구법인 및 주-AAA이 최종 채용 승인을 하면 그 선원들은 선박에 승선하여 근무를 하게 된다. 쟁점계약서a의 수탁업무의 범위 중에서 선원관리사의 지휘 업무는 선원의 선발, 자격증명, 검증, 배선, 승하선 절차와 같은 업무에서의 지휘를 의미하는 것이며, 고용주로서 선원인 근로자에게 행하는 근무(근로)시간의 지정 및 감독, 휴게시간의 지정, 근무태도의 감독, 근무장소의 지정, 구체적 근로업무의 지시 등과 같은 직접적인 지휘ㆍ감독을 의미하는 것이 아니고, DDD-주 직원이 승선하여 선원을 지휘할 수도 없다.
5. 그러므로 DDD-주은 단지 수탁받은 업무범위 내에서 선원의 선발, 배선, 지휘 업무를 수행했을 뿐이며 선원의 선발, 배선, 지휘에 대한 최종적인 책임은 위탁자인 청구법인에게 있고, 선원에 대한 직접적인 지휘업무는 선주인 청구법인이 했다는 사실이 명백해지는 것이고 따라서 DDD-주이 선원을 고용하여 인력을 공급하는 사업을 했다는 처분청 의견은 전혀 사실과 다른 것이다. (마) 쟁점선원급여 금액의 결정권은 청구법인에게만 있으며 DDD-주은 쟁점선원급여에 대한 일체의 결정권이 없다. 쟁점계약서a에는 선주가 고용한 선원에게 선주로서 수탁받아 지급할 급여액이 명시되어 있다. 따라서 관리사인 DDD-주은 그 선원 급여액대로 지급을 수탁받아 대행하는 것이며 선원급여를 그 금액보다 적게 주거나 하여 이익을 남길 수도 없는 것이다. (바) 청구법인과 DDD-주은 쟁점계약서a에 명시적인 위임은 없었지만 제7조에서와 같이 국민연금, 건강보험, 고용보험에 대한 선원 각자의 부담분을 DDD-주이 급여에서 공제하고 납부를 대행하는 계약을 한 것을 감안하여, 근로소득세의 원천징수 업무까지를 위임한 것으로 묵시적으로 이해하고, DDD-주은 쟁점선원급여를 대행 지급하면서 청구법인을 대신해서 근로소득세를 원천징수하였으며, DDD-주은 청구법인 선원의 급여를 대행 지급함에 따라 소득세법 제127조 제2항 및 제164조 제1항 및 제164조의2 제1항 및 제2항에 따라 DDD-주이 원천징수 및 지급명세서 제출의무자(대리인, 수권자의 대리행위 등)로서 관할세무서에 지급명세서를 제출한 것이며, DDD-주이 선원을 고용한 지위에서 근로소득세를 원천징수하고 지급명세서를 제출한 것이 아니다. (사) 쟁점선원급여와 똑같은 사례의 행정해석(법규부가2012-111, 2012.4.24.)에서도 “선박관리업을 영위하는 사업자가 선주에게 선원ㆍ선박관리용역을 제공하면서 선주로부터 선원의 임금과 선주부담분 국민연금 등을 함께 송금받아 국민연금 등을 관련기관에 납부하고 선원에게 임금을 전달하는 업무를 수행하는 경우 선원에게 전달하는 임금은 부가가치세법 제7조 제1항에 따른 용역의 공급대가에 해당하지 아니하므로 같은 법 제16조에 따른 세금계산서 발급대상이 아닌 것이다”라고 분명히 하고 있다.
(5) 쟁점⑤ 관련 주장 (가) 쟁점필리핀선원급여는 필리핀 거주자에 해당하는 선원의 급여로서 대한민국과 필리핀공화국간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약(이하 “한ㆍ필리핀 조세조약”이라 한다)에 따라 국내에서 소득세 과세권이 없는 급여이고, 모두 월급 300만원 미만으로서 행정해석(기획재정부 국제조세제도과-53, 2010.2.5.)에 따른 비거주자의 국외근로 비과세 대상 급여에 해당하므로 소득세법 제164조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제216조의2 제1항 제1호에 따라 지급명세서 제출대상이 되지 아니하는 것이므로 지급명세서미제출에 따른 가산세 대상이 아니다.
1. 쟁점필리핀선원급여는 필리핀 거주자에 해당하는 선원의 급여로서 당해 필리핀 선원은 외국(OOO 소재)의 선원 송출업체로서 현지 선원대리점인 OOO를 통해서 소개받아 청구법인에게 고용되었다. 선원근로계약서 및 필리핀 선원이 승선공인을 받기 위해 필리핀 관청(고용노동부)에 신고한 고용계약서, OOO 소재 OOO이 필리핀 현지에서 청구법인을 대행해서 지급하기 위해 청구법인에게 쟁점필리핀선원급여 등을 청구한 청구서 및 필리핀 현지에서 지급한 급여내역 등을 보면 고용계약이 필리핀 현지에서 이루어졌고 선원의 주소지 또한 필리핀에 있으므로 해당 필리핀 선원은 필리핀 거주자이다.
2. 또한 소득세법 시행령 제2조 제6항에서 “외국을 항행하는 선박 또는 항공기의 승무원의 경우 그 승무원과 생계를 같이하는 가족이 거주하는 장소 또는 그 승무원이 근무기간 외의 기간 중 통상 체재하는 장소가 국내에 있는 때에는 당해 승무원의 주소는 국내에 있는 것으로 보고, 그 장소가 국외에 있는 때에는 당해 승무원의 주소가 국외에 있는 것으로 본다”고 규정하고 있는바, 쟁점필리핀선원은 필리핀 거주자로서 그 급여는 필리핀 거주자(한국 비거주자)인 선원에 대한 급여인 것이다.
3. 한ㆍ필리핀 조세조약 제15조 제3항에 따르면 필리핀 거주자인 선원이 취득하는 보수는 필리핀에서만 과세될 수 있는 것이고 국세청 행정해석에서도 국내원천소득이 아닌 것으로 해석하고 있으므로 쟁점필리핀선원급여는 한국에서는 과세권이 없다.
4. 또한 청구법인에게 고용된 비거주자인 선원들의 쟁점필리핀선원급여는 모두 월 OOO원 미만으로서 모두 비과세대상 급여에 해당한다.
5. 따라서 국제운수상 운항되는 선박의 필리핀 거주자(한국 비거주자)인 선원이 받는 급여인 쟁점필리핀선원급여는 한국에서 원천징수의무가 없는 것이므로 소득세법 제164조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제216조의2 제1항 제1호에 따라 당연히 지급명세서 제출대상이 되지 아니하는 것이다. 따라서 이 건 지급명세서 미제출가산세 부과는 부당하다. (나) 처분청은 쟁점필리핀선원급여는 소득세법 제156조의2에 따른 비과세, 면제신청을 하지 않았기 때문에 지급명세서 제출대상에 해당한다는 의견이나, 소득세법 제156조의2는 국내원천소득을 대상으로 규정하고 있고 신청서 작성요령에서도 국내원천소득 중 근로소득에 대하여 작성하도록 하고 있으며, 국세청에서도 쟁점필리핀선원급여는 국내원천소득이 아닌 것으로 해석하고 있으므로 쟁점필리핀선원급여는 소득세법 제156조의2 규정의 적용대상이 아니어서 지급명세서 제출대상에 해당하지 않는다. 우리나라에서의 과세권이 없는 쟁점필리핀선원급여는 비과세, 면제신청대상이 아닌 것으로 이해되며, 해상 생활을 하는 선원의 경우 현실적으로도 소득세법 시행령 제207조의2 제2항에서 정하는 해당국의 거주자 증명을 첨부해서 비과세, 면제신청을 하는 것이 물리적으로도 불가능하므로 위와 같이 이해하는 것이 입법취지에도 부합한다. (다) 한편 국세기본법 제48조에서는 납세의무자가 의무를 이행하지 아니한 데에 대한 정당한 사유가 있는 경우 등이 있는 경우에는 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제28조 제1항 제1호에서는 세법해석에 관한 질의·회신 등에 따라 신고·납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우에는 가산세를 부과하지 아니하는 것으로 규정하고 있다. 청구법인은 국세청 행정해석(서면국제세원 2016-4797, 2016.11.10.)을 신뢰하여 그 행정해석(유권해석)과 동일한 사실관계에 있는 필리핀 거주자인 선원의 급여에 대하여 그 행정해석(유권해석)대로 국내원천소득이 아닌 것으로 이해하고, 소득세법 제156조의2에서 국내원천소득을 신청대상으로 하고 있는 비과세·면제신청서를 당해 필리핀 선원으로부터 제출받지 아니하고 관할세무서에도 비과세·면제신청서를 제출하지 아니하였으며 국내원천소득이 아니므로 당연히 원천징수의무가 없는 것으로 보아 원천징수도 하지 아니하였다. 따라서 청구법인이 국세청의 행정해석(유권해석)을 신뢰하고 비거주자인 필리핀선원의 급여에 대하여 지급명세서를 제출하지 않은 것은 청구법인에게 귀책사유가 없고 가산세 감면의 정당한 사유가 있는 것이므로 국세기본법 제48조에 따라 지급명세서미제출가산세는 면제되어야 한다.
(1) 쟁점① 관련 의견 (가) 쟁점OOO거래에 대한 과세경위는 아래와 같다.
1. 청구법인과 주-AAA은 석탄운반용 벌크선을 보유한 선박회사로 해당 선박을 나용선 또는 선원부용선으로 임대하는 사업 등을 영위하고 있으며, 일반적으로 해운회사가 용선한 선박으로 다수의 항차를 운행한 경우 선주의 선박임대 용역 등에 대한 선주와 해운회사의 세금계산서 수수는 다음과 같이 이루어진다. ＜표2＞ 선박 용선료 및 해상유거래의 세금계산서 수수기준 ㅇㅇㅇ
2. 청구법인은 2017년 6월경부터 2018.10.20.까지는 보유 선박을 직접 OOO에게 선원부용선으로 임대하여 왔고, 해당 거래에 따라 해운선사들과 직접 세금계산서를 수수하여 왔다.
3. 그러나 청구법인과 주-AAA은 2018.10.20. 이후 외관상 청구법인이 OOO를 OOO에게 임대하는 각 거래의 계약단위별로 청구법인이 주-AAA에게 OOO를 임대하고 주-AAA이 용선한 OOO를 OOO에게 재임대(주-AAA 끼워넣기 거래)하는 것으로 세금계산서 발급 등 일련의 업무를 하였다. 이는 전형적인 끼워넣기 거래에 해당하는 것으로 청구법인과 주-AAA이 사실은 “청구법인→OOO” 형태의 거래를 외관상 “청구법인→주-AAA”의 거래 단계와 “주-AAA→OOO”의 거래 단계가 연이어 이루어진 것처럼 보이도록 거래형태를 임의로 조작한 것이다.
4. 청구법인은 2018.10.20.부터 2019.12.31.까지 주-AAA과 OOO의 운용과 관련하여 총 23건의 쟁점OOO거래 계약을 체결하였는데, 그 중에서 주-AAA이 OOO와 정기용선(T/C)으로 체결한 20건이 ‘주-AAA 끼워넣기 거래’에 해당하고, 그 주요 근거는 아래와 같다.
1. 청구법인은 청구법인과 주-AAA의 소속 직원들이 명백히 구분되고 각 소속 법인의 업무를 수행하였다고 주장하나, 청구법인과 주-AAA의 전자세금계산서 발급업무를 포함한 경리업무를 담당한 직원이 1명으로 그 직원이 청구법인과 주-AAA의 경리업무를 함께 수행한 것으로 보이는 점, 직원현황상 영업부문을 살펴보면 영업총괄업무 수행자 CCC 전무는 2017.9.1.～심판청구일 현재까지 청구법인에 소속되어 있으나 청구법인에는 영업업무 담당자가 없고, 주-AAA 소속으로 전정일이 2017.10.16.～2019.11.2. 영업업무 담당자로 근무하다가 그 후부터 현재까지 주-AAA 소속으로 BBB이 영업업무 담당자로 근무하고 있어 청구주장과 달리 청구법인 소속 CCC 전무가 청구법인과 주-AAA의 영업업무 전반에 대한 총괄지휘를 수행하고 주-AAA 소속 전정일(2017.10.16.～2019.11.2.) 및 BBB(2019.11.2. 이후)이 CCC 전무의 지휘를 받아 청구법인과 주-AAA의 영업업무의 실무를 모두 수행하였다는 사실이 반증되는 점, DDD과 DDD-주 EEE 차장간 주고받은 메일 등에 DDD 등이 청구법인의 소속 직원으로서 영업·무역업무를 담당하면서도 주-AAA의 OOO 선원에 대한 최종적인 지휘·감독 업무를 수행한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구법인과 주-AAA의 직원들이 명목상 소속된 법인과 상관없이 각 업무 영역별로 청구법인과 주-AAA의 업무를 함께 수행한 것으로 볼 수 있다.
2. 청구법인은 각 법인이 독립적인 의사결정에 의하여 주-AAA이 청구법인으로부터 OOO를 용선하여 OOO에게 재용선하였다고 주장하나, 쟁점OOO거래가 그 외관과 같이 주-AAA이 용선한 OOO를 OOO에게 재용선한 거래라면 그 계약의 체결순서는 당연히 쟁점OOO거래 1단계(청구법인→주-AAA)의 계약이 먼저 체결되고 그 이후에 쟁점OOO거래 2단계(주-AAA→해운선사들)의 계약이 체결되어야 할 것이나 쟁점OOO거래의 경우 쟁점OOO거래 2단계의 계약이 먼저 체결되고 그 이후에 쟁점OOO거래 1단계의 계약이 체결된 것으로 나타나는 점, 쟁점OOO거래에 있어 각 정기용선(T/C) 계약별로 가장 핵심적인 용선조건(용선기간, 용선료, BOD, BOR의 수량 및 금액 등)에 대한 의사결정은 쟁점OOO거래 2단계에서 이루어진 선박중개업체를 통한 용선자와 협상에 의하여 단 한차례만 이루어졌고 쟁점OOO거래 1단계에서는 청구법인과 주-AAA 사이에 어떠한 의사결정 과정도 없었던 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 청구법인과 주-AAA이 독립적인 의사결정을 하였다는 청구주장과 달리 쟁점OOO거래의 각 계약에 있어 청구법인과 주-AAA 사이의 독립적인 의사결정은 애초에 존재하지 않았고 단지 청구법인과 주-AAA이 공모하여 비사업적 목적으로 쟁점OOO거래를 하였다는 사실을 확인할 수 있다.
3. 청구법인과 주-AAA의 경영진은 2017년 9월경 청구법인의 주력사업을 선박관리업으로 전환하기로 하는 ‘기업그룹 영업방침’을 결정하였다고 주장하나, 청구법인의 선박관리업 운영현황을 보면, 2017.5.17. 청구법인과 주-AAA은 보유선박 및 선원의 관리를 DDD-주에게 위탁하는 계약을 체결하여 선박관리를 계속 진행해오고 있었는데 그 상태에서 청구법인이 2017년 12월경까지 운항담당 직원(FFF)을 채용하였고, 2018년 4월경에 공무담당 직원(GGG, HHH)을 채용하였으며, 2018년 4월말경에는 청구법인과 DDD-주의 선박위탁 관리계약이 사실상 종료되었고 2018.5.2. 청구법인이 선박관리업으로 등록한 후 자신의 보유선박 및 선원관리는 직접 수행하면서 주-AAA의 보유선박 및 선원관리를 위탁받아 선박관리업을 시작하였다. 그렇다면 청구법인은 2018년 5월경 선박관리업을 시작하여 주-AAA의 선박 및 선원관리만을 위탁받아 수행하였을 뿐, 2018년 5월경 이후 선박관리업을 수행하기 위한 직원의 추가 채용도 진행되지도 않았고 제3의 선박회사의 선박에 대한 위탁관리 계약을 추가로 수주하기 위한 적극적인 영업도 진행하지 않은 것으로 보아 청구법인이 주장하는 2017년 9월경 청구법인의 주력사업을 선박관리업으로 전환하기로 결정하였다는 ‘기업그룹 영업방침’은 전혀 실행되지 아니한 사실을 알 수 있다.
(2) 쟁점② 관련 의견 (가) 쟁점해상유거래에 대한 과세경위는 아래와 같다.
1. 청구법인은 아래 ＜표3＞과 같이 OOO를 2014∼2017년 5월까지 OOO에게 나용선 임대하여 해당기간 누계 매출액은 OOO원, 누계 당기순이익은 OOO원이다. ＜표3＞ 청구법인의 2014∼2017년 OOO 임대매출 및 당기순이익 ㅇㅇㅇ
2. 주-AAA은 아래 ＜표4＞와 같이 2014～2016년까지 주-AAA호를 선원부용선으로, OOO를 나용선으로 OOO에게 임대하였으며, 해당기간 누계 매출액은 OOO 원이며 같은 기간 누계 당기순이익은 대략 OOO원이다. ＜표4＞ 주-AAA의 2014∼2016년 보유선박 임대매출 및 당기순이익
3. 한편, OOO은 2014∼2016년 주-AAA호로 69항차를 운행하였고 OOO로 2016년에 8항차를 운행하였는데, 주-AAA은 주-AAA호와 OOO를 임대하기 위하여 OOO에게 인도하는 시점{각 선박별 첫 번째 항차(1St Hire)}에 각 선박에 남아있는 해상유(BOD)에 대하여 세금계산서를 발행하였을 뿐 각 항차별로 용선료가 정산되는 시점에는 해상유 거래(BOD, BOR)가 발생하지 않았기 때문에 해상유 거래와 관련된 세금계산서를 발행하지 아니하였다.
4. 청구법인과 주-AAA은 OOO의 영업중단 이후인 2017년 6월경부터 자신들이 보유한 외항 석탄운반용 벌크선 OOO, OOO, 주-AAA호, OOO를 OOO이 아닌 다른 해운선사들에게 정기용선(T/C)으로 임대하거나 항해용선(V/C)으로 운용하였는데 2016년에 비하여 매출액이 매우 큰 폭으로 상승하였고, 청구법인과 주-AAA의 2016년 이전 선박 관련 매출에는 해상유 매출액의 비중이 미미하였음에도 2017년 이후 선박 관련 매출액 중에서 해상유 매출비중이 2016년에 비하여 큰 폭으로 증가하였다. ＜표5＞ 2016～2019년 청구법인 및 주-AAA의 선박관련 매출액 및 2016년 기준 매출신장률
5. 일반적으로 선주가 선박을 임대할 때 발생하는 해상유 매출(BOD)은 선박을 임대할 때 해당 선박에 남아있는 해상유 수량에 대하여 외부 전문업체가 확인한 증명서를 발급받아서 그 수량에 대한 계약당사자들이 합의한 해상유 종류별 단가를 적용하여 산출된 금액에 대해서 해당 선박을 인도하는 시점에 선주가 세금계산서를 발급하면서 매출로 인식한다.
6. 청구법인은 2014∼2017년 5월까지 보유선박을 OOO에게 지속적으로 임대하였고, OOO은 청구법인의 보유선박으로 29항차를, 주-AAA의 보유선박으로 69항차를 운행하였지만 두 경우 모두 해상유 거래(BOR, BOD)는 각 1회만 발생하였다. 그러나 청구법인과 주-AAA은 2017년 6월 이후 보유 선박을 임대할 때 특정 해운회사에 장기간 임대한 것이 아니라 1항차 내지 3항차에 그치는 단기간 임대를 하고 그 이후 다른 해운회사와 다시 단기간 임대를 하는 것을 반복하였는데, 이에 따라 보유 선박을 임대하는 해운회사가 변경될 때마다 선박의 인도와 반선이 발생하여 해상유 거래(BOD, BOR)가 증가하였다. 그렇다면 2017년 6월경부터 갑자기 청구법인과 주-AAA의 해상유 매출이 급격히 증가한 것은 청구법인과 주-AAA이 특정 해운회사에 장기간 임대하던 기존의 선박 임대방식을 다수의 해운선사들에게 단기간으로 수 차례에 결쳐 임대하는 것으로 변경하였기 때문이라고 보아야 할 것이다.
7. 이로 보건데, 쟁점OOO거래 1단계에서 청구법인은 2018.10.20.～2019.12.31. OOO를 주-AAA에게만 계속하여 임대하였기 때문에 청구법인이 2018.10.20. 쟁점OOO거래를 시작하면서 OOO를 주-AAA에게 인도한 이후 2019.12.31.까지 OOO를 반선받은 사실이 없고 당연히 같은 기간에 OOO를 주-AAA에게 재인도한 사실도 없다. 그런데 청구법인은 위와 같은 내용을 충분히 알고 있으면서 쟁점OOO거래를 하면서 주-AAA이 OOO를 해운선사들에게 임대하는 각 거래의 계약 단위별로 마치 주-AAA이 OOO로부터 반선받은 OOO를 즉시 청구법인에게 반선하고 이를 청구법인이 즉시 재인도한 것처럼 해상유 거래(BOD, BOR) 세금계산산서를 청구법인과 주-AAA이 수수하고 관련 매출액과 매입액을 장부에 계상한 것이다.
8. 따라서 쟁점해상유거래인 ‘쟁점OOO거래 1단계’에서 청구법인이 주-AAA에게 OOO를 최초로 인도한 이후에 청구법인과 주-AAA이 수수한 아래 ＜그림＞의 ⑥,⑦,⑭,⑮의 형태의 해상유거래(BOR, BOD) 관련 세금계산서는 모두 실물거래가 없는 가공세금계산서에 해당하고 이와 관련하여 청구법인의 장부에 매출 또는 원가로 계상된 부분은 모두 가공매출 및 가공원가에 해당한다. ＜그림＞ 쟁점해상유거래 세금계산서 흐름 ㅇㅇㅇ (나) 청구법인이 주-AAA에게 OOO를 임대한 후 한번도 OOO를 반선받은 사실이 없다는 점은 아래와 같이 확인된다.
1. 2018.10.20. 청구법인이 주-AAA에게 OOO를 인도한 이후 2019.12.31.까지 청구법인은 OOO를 계속적으로 반복하여 주-AAA에게 선원부용선 임대를 지속하면서 각 용선계약의 용선기간이 종료되기 전에 곧바로 이어지는 차기 용선계약에 대하여 법률적으로 유효한 RECAP을 발송하였고, 이에 따라 주-AAA은 쟁점OOO거래 2단계에서 OOO를 직전 용선자인 OOO로부터 반선받음과 동시에 반선받은 OOO를 차기 용선자인 또 다른 OOO에게 인도하였는바, 경제적 실질이나 법률적 실질의 양 측면에서 보더라도 해당기간에 청구법인이 주-AAA으로부터 OOO를 반선받지 않은 것이고, 주-AAA이 쟁점OOO거래 2단계에서 OOO로부터 OOO를 반선받은 즉시 차기 용선자인 또 다른 OOO에게 인도해버린 상태에서 쟁점OOO거래 1단계를 위하여 위 OOO를 청구법인에게 반선하는 것은 물리적으로도 불가능하다.
2. 청구법인은 처분청이 쟁점해상유거래에 대하여는 세무조사결과통지를 하지 않았고 이 건의 전심인 과세전적부심사청구 단계에서 임의로 부과처분사유를 변경하였다고 주장하나, 이 사건 부과처분에 따른 부가가치세 경정결의서에 쟁점①·②가 모두 반영되어 있고, 설령 청구법인이 주장하는 것과 같은 처분사유의 변경이 발생하였다고 하더라도 과세처분취소소송의 소송물은 과세관청이 결정한 세액의 객관적 존부이므로 과세관청으로서는 소송 도중 사실심 변론종결시까지 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환․변경할 수 있는 것이고 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 처분 당시의 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니라 할 것이므로(대법원 2002.10.11. 선고 2011두1994 판결, 같은 뜻임) 쟁점①·②는 처분의 동일성이 유지되어 적법하다.
3. 주-AAA은 재용선거래에서 해상유 거래(BOR, BOD)가 발생하면 마치 주용선거래의 해상유 거래(BOR, BOD)가 잇달아 발생한 것처럼 작성된 세금계산서를 청구법인과 수수함으로써 주-AAA 장부에 계상된 쟁점OOO거래 2단계의 해상유 거래(BOD, BOR)와 그 손익을 청구법인에게 이전(또는 전가)시켰으며, 이에 따라 주-AAA에게 귀속된 ‘쟁점 재용선거래’(쟁점OOO거래 2단계)의 해상유 거래이익 OOO원 중에서 OOO원이 청구법인에게 이전되었다. 이에 따라 OOO의 ‘대기기간에 소모된 해상유 비용’도 ‘쟁점 재용선거래’(쟁점OOO거래 2단계)에서 발생하여 주-AAA의 장부에 계상되었다가 쟁점OOO거래 1단계에서 청구법인과 주-AAA이 마치 쟁점해상유거래(BOD, BOR)가 발생한 것처럼 수수한 가공세금계산서에 의하여 청구법인에게 비정상적으로 전가된 것이다.
4. OOO의 수리기간 전후에 발생한 해상유거래(BOR, BOD)는 쟁점OOO거래 2단계에서 발생한 것으로 청구법인이 수리비용 등을 부담하였다고 하더라도 그 외의 해상유 거래와 달리 볼 이유는 전혀 없다. OOO는 쟁점OOO거래 기간 중인 2019.6.18.～2019.7.13.까지 약 25일간 OOO 소재 수리조선소에서 수리를 하였고, 그 경과과정을 보면 아래 ＜표6＞과 같이 5단계로 구분되는데, 해상유 거래(BOR, BOD)가 발생한 것은 같은 ＜표6＞의 1단계와 5단계이며, 위 해상유 거래(BOR, BOD)가 발생한 사유는 쟁점OOO거래 2단계에서 주-AAA이 OOO와 OOO를 반선 또는 인도에 따른 것으로 그 과정에서 대기기간은 발생하지 아니하였으며, 이를 쟁점OOO거래 2단계에서 발생된 그 외의 해상유 거래와 달리 볼 이유는 전혀 없다. ＜표6＞ OOO 수리의 경과 ㅇㅇㅇ
(3) 쟁점③ 관련 의견 (가) 쟁점OOO거래(2018.10.20.∼2019.12.31.)가 시작되기 직전인 2018.6.27.∼2018.9.17. 청구법인은 주-AAA이 소유한 주-AAA호를 용선하여 주-CCC에게 재용선하였다. 쟁점OOO거래가 청구법인이 소유한 OOO를 OOO에게 임대하는 과정에서 “청구법인↔주-AAA↔OOO” 형태로 반복해서 이루어진 것에 비하여 쟁점주-AAA호거래는 주-AAA이 소유한 주-AAA호를 주-CCC에게 임대하는 과정에서 “주-AAA↔청구법인↔주-CCC” 형태로 한 차례만 이루어졌으며 쟁점OOO거래 1단계 및 2단계 조건(용선료, 용선기간, 해상유 수량 및 단가 등)과 동일한 방식으로 이루어졌다. (나) 청구법인은 과세전적부심사청구에 이르러 쟁점주-AAA호거래의 경위에 대하여 OOO를 주-CCC에게 선원부용선으로 임대를 하다가 용선기간이 만료되지 않은 상태에서 OOO를 해외에 매각함에 따라 주-AAA호를 용선하여 잔여 용선기간에 대한 계약을 이행한 것으로 “청구법인 끼워넣기 거래”에 해당하지 아니한다고 주장하며 주-CCC과 협상 및 용선계약과 대금결제에 이르는 업무관련 증빙을 제출하였는바 이를 토대로 보면, 주-CCC은 용선기간이 종료되지 않은 OOO 반선에 따른 대책을 청구법인에게 제안하였는데 그 대책 중 하나는 “귀사의 사선 또는 용선 선박 중 조기 반선에 따라 당사가 수행하지 못한 Balance 기간만큼 동형․동급․동 용선료의 선박을 당사로 인도하는 방안”이었다. 이에 따라 청구법인은 자신이 소유한 OOO 또는 주-AAA이 소유한 주-AAA호를 대체선으로 제안하였고 주-CCC은 2018.6.5. 청구법인의 제안을 수락하여 OOO 또는 주-AAA호 중 1척을 대체선으로 진행하기로 하였다. 그 후 2018.6.29. 최종적으로 청구법인과 주-CCC은 주-AAA호를 대체선으로 결정하고 용선계약을 체결하였다. (다) 그러나 위와 같은 용선거래의 경위를 제외하고는 쟁점주-AAA호거래의 형태는 쟁점OOO거래와 동일한바, 특히 쟁점주-AAA호거래 1단계(주-AAA↔청구법인) 및 쟁점주-AAA호거래 2단계(청구법인↔주-CCC)의 용선조건이 동일하여 청구법인은 주-AAA호 용선거래에 따른 이익이 전혀 발생하지 아니하였고 쟁점주-AAA호거래 2단계에서 청구법인과 주-CCC과의 협상내용에 대해서 주-AAA은 어떠한 독립된 의사결정 과정도 없었다. 또한 쟁점주-AAA호거래는 쟁점OOO거래 직전에 이루어진 것으로 당시 청구법인은 2018년 당기순이익 조작 및 이에 의한 조세회피 계획을 진행하고 있었으므로 쟁점주-AAA호거래를 쟁점OOO거래와 달리 보아야 할 별다른 사유는 없다.
(4) 쟁점④ 관련 의견 (가) 주-AAA과 DDD-주은 2017.5.17. 쟁점계약서a를 작성하였고 또한 2018.4.24.에는 청구법인을 포함한 주-AAA과 DDD-주이 선원ㆍ선박관리계약서(이하 “쟁점계약서b”라 하고, 쟁점계약서a와 합하여 이하 “쟁점계약서”라 한다)를 작성하였는바, 쟁점계약서에 기재된 내용을 보면 DDD-주은 “운항에 책임있는 자”로 선원의 선발, 배선, 지휘, 감독, 훈련의 의무가 있고 외국선원은 쟁점관리업체와 외국대리점 사이에 체결된 선원관리계약서에 따른다고 명시되어 있으며, 선박관리 비용의 범위에서 선원급여, 제수당, 상여금 등이 포함되는 것으로 명시되어 있다. (나) DDD-주은 쟁점계약서에 따라 선원 선발 시 DDD-주의 추천을 통해 선주인 청구법인에게 추천하고 청구법인과 선원이 각각 계약을 체결했으나, 계약 시 DDD-주이 선주를 대신하여 계약한 사례도 다수 확인되고 선원들에 대한 선발, 채용, 교육 등 실질적인 관리를 DDD-주이 수행한 사실이 계약서에서 확인되므로 이는 DDD-주이 자기의 책임과 관리 하에 인력을 고용하여 사업상 독립적으로 선원을 선주인 청구법인에게 공급하고 청구법인으로부터 그 대가를 받은 것이다. (다) 따라서 사업자가 선원관리용역을 제공하는 경우 부가가치세 과세표준은 거래상대방으로부터 받은 선원관리용역의 제공에 대한 대가로 하는 것으로 쟁점선원급여는 청구법인이 선원ㆍ선박관리계약서에 따라 DDD-주으로부터 선원관리용역을 제공받고 지급한 대가로서 세금계산서 수취대상이다.
(5) 쟁점⑤ 관련 의견 (가) 청구법인은 쟁점필리핀선원급여는 법 적용 원칙상 국세조약이 국내법에 우선 적용하므로 한ㆍ필리핀 조세조약 제15조 제3항에 따르면 필리핀 거주자인 선원이 취득하는 보수는 필리핀에서만 과세될 수 있는 것으로 한국에서는 과세권이 없어 원천징수의무가 없으며 따라서 쟁점필리핀선원급여는 지급명세서 제출 대상이 되지 않는다고 주장한다. (나) 그러나 지급명세서를 제출하지 않기 위해서는 소득세법 제156조의2 제1항에서 같은 법 제119조에 따른 국내원천소득의 실질귀속자인 비거주자가 조세조약에 따라 비과세 또는 면제를 적용받으려는 경우에는 비과세ㆍ면제신청서를 국내원천소득을 지급하는 자에게 제출하고, 해당 소득지급자는 그 신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있으나 청구법인은 비거주자에 대한 조세조약상 비과세 또는 면제신청서를 제출한 사실이 없으며, 소득세법 제164조의2 제1항에 따라 같은 법 제156조의2에서 비과세ㆍ면제대상임이 확인되지 않는 경우라면 지급명세서를 제출하여야 함에도 불구하고 청구법인은 근로소득 지급명세서를 제출하지 아니하였다. (다) 청구법인은 쟁점필리핀선원급여가 비거주자인 외항선박의 선원이 받는 급여로 소득세법 시행령제16조 제1항에 따라 월 300만원까지 비과세되므로 해당 급여는 지급명세서 제출대상이 아니라고 주장하나, 동 규정은 거주자가 국외에서 근로를 제공하고 받는 급여에 있어 소득세 비과세 범위를 정한 것이므로 청구주장은 이유 없다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점OOO거래 중 “주-AAA 끼워넣기 거래”의 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부
② 쟁점OOO거래 중 “쟁점 해상유거래”의 세금계산서를 실물거래가 없는 가공거래로 보아 과세한 처분의 당부
③ 쟁점주-AAA호거래를 “청구법인 끼워넣기 거래”로 보아 과세한 처분의 당부
④ 쟁점선원급여를 부가가치세 과세대상인 선원관리용역의 대가로 보아 세금계산서 미수취와 관련한 가산세를 부과한 처분의 당부
⑤ 쟁점필리핀선원급여를 지급명세서 제출 대상으로 보아 지급명세서 미제출과 관련한 가산세를 부과한 처분의 당부 및 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부
(1) 청구법인 및 주-AAA의 설립현황은 아래와 같다. (가) 청구법인은 2004.3.22. 설립된 비상장법인으로 OOO이 발행한 해운업등록증 상 사업의 종류는 선박대여업, 선박관리업으로 기재되어 있고, 보유 선박의 제원 및 취득·처분내역은 아래 ＜표7＞과 같다. (나) 주-AAA은 2012.10.30. 설립된 비상장법인으로 OOO이 2021.4.28. 발행한 해상화물운송사업 등록증 상 사업의 종류는 외항부정기화물운송사업[운항선박: OOO(자기자금), OOO(용선), OOO(용선), 주-AAA호(자기자금)]으로 기재되어 있고, 보유 선박의 제원 및 취득·처분내역은 같은 ＜표7＞과 같다. ＜표7＞ 청구법인 및 주-AAA이 취득한 선박의 제원 및 취득 내역 ㅇㅇㅇ (다) 등기사항전부증명서 및 사업자등록증 상 청구법인과 주-AAA의 본점 및 사업장 소재지는 OOO로 모두 동일하다. (라) 청구법인과 주-AAA은 모두 AAA가 대표이사로 있는 특수관계법인으로 2019년말 현재 AAA 일가가 100% 지분을 보유하고 있다.
(2) 처분청과 청구법인이 제출한 증빙자료 등에 나타나는 쟁점OOO거래 및 쟁점해상유거래 관련 사실관계는 아래와 같다. (가) 쟁점OOO거래 내역은 아래 ＜표8＞과 같고, 처분청은 아래 ＜표8＞ 중 항해용선(V/C)의 3․6․12번 거래는 정상거래로 인정한 반면, 정기용선(T/C) 거래(주-AAA 끼워넣기 거래)는 가공거래로 보아 쟁점OOO거래 1단계와 쟁점OOO거래 2단계를 각각 부인하여 이 건 부과처분을 하였다. ＜표8＞ 쟁점OOO거래 내역 ㅇㅇㅇ
1. 처분청 조사결과에 나타나는 쟁점OOO거래의 영업 및 계약과정은 아래 ＜표9＞와 같고, 위 ‘주-AAA 끼워넣기 거래’ 중에서 19∼21번인 정기용선(T/C) 계약 3건을 제외한 나머지 정기용선(T/C)계약 17건의 경우, 청구법인이 쟁점OOO거래 1단계에서 발생한 계약번호별 SOA, Invoice, 세금계산서의 각 거래내역{용선기간, 용선료, 해상유(BOD, BOR)의 수량 및 금액 등}이 주-AAA이 쟁점OOO거래 2단계에서 발행한 SOA, Invoice, 세금계산서의 각 거래내역과 동일한 것으로 나타난다. ＜표9＞ 처분청 조사결과에 나타나는 쟁점OOO거래의 계약 경과 ㅇㅇㅇ
2. 처분청은 세무조사 과정에서 청구법인의 사업장 PC에 저장되어 있던 2018.10.20.∼2019.12.31. 기간 중 청구법인이 OOO의 선원부용선과 관련하여 주-AAA에게 RECAP을 송부한 E-Mail(이하 “RECAP 송부 메일”이라 한다)을 확보하였고, 처분청이 청구법인의 영업실적 자료의 계약번호별로 용선종료일과 메일에 의한 RECAP 송부일 등을 비교한 내역은 아래 ＜표10＞과 같다. ＜표10＞ RECAP 송부 메일 및 RECAP의 선박준비일 검토 ㅇㅇㅇ
3. 청구법인과 주-AAA은 동일한 사무실을 사용하며 그 사무실에 있는 PC 3대에서 같은 기간에 청구법인과 주-AAA의 전자세금계산서가 혼재되어 발행된 것으로 나타난다. ＜표11＞ 청구법인과 주-AAA의 전자세금계산서 발행 IP 주소 및 CPU 고유번호 ㅇㅇㅇ (나) 청구법인 및 주-AAA의 선박관련 매출내역은 아래와 같고, OOO가 산출한 발틱운임지수(BDI)에 따르면 해운운임이 2017년 2월에 비해 같은 해 3월에 50.9.% 상승하였으나 이후 상승과 하락을 반복하여 2016년 대비 2017～2019년에 유의미하게 상승한 것으로 나타나지는 아니한다(아래 ＜표12＞ 참고). ＜표12＞ 청구법인 및 주-AAA의 선박관련 매출내역 ㅇㅇㅇ (다) 청구법인은 쟁점OOO거래가 2017년 9월경 수립한 청구법인과 주-AAA의 중장기 발전 계획에 따라 이루어진 정상거래라고 주장하며 아래와 같은 증빙자료를 제출하였다.
1. 청구법인은 “㈜주-AAA 및 ㈜EEE 중장기 발전 계획(개요), 2017.9.25.”에 따라 장기적 관점에서 역량 집중 및 업무 체계 시스템화를 위해 선사와 선박관리사를 분리․운영하고 운송면허를 보유한 주-AAA 이름으로 마켓활동 및 신인도 축적을 제고하기 위하여 쟁점OOO거래를 진행하게 되었다고 주장하며 위 중장기 발전 계획(개요)을 제출하였다.
2. 청구법인이 제출한 자료에 나타나는 청구법인과 주-AAA의 직원 현황 비교자료는 아래 ＜표13＞과 같다. ＜표13＞ 청구법인과 주-AAA의 직원 현황 비교자료 ㅇㅇㅇ
3. 청구법인은 주-AAA 매출이 2018년에 급격히 증가한 사유와 관련하여 ① 2016년 OOO 및 OOO는 나용선(BBC)계약으로 OOO]가 낮았으나, 2017년에는 선원부용선(Period Time Charter) 계약으로 OOO 보다 OOO]가 월등히 높았으며, 과거의 정기용선(T/C) 영업 위주에서 탈피하여 항해용선(V/C, 정기용선 용선료 매출보다 항해용선 운임 매출이 200% 이상 높음) 계약을 많이 한 점 등을 들고 있고, 아래 ＜표14＞의 연도별 용선종류 및 건수를 제출하였다. ＜표14＞ 사업연도별 사업내용 및 용선계약건수 ㅇㅇㅇ
(3) 처분청과 청구법인이 제출한 증빙자료에 나타나는 쟁점주-AAA호거래 관련 사실관계는 아래와 같다. (가) 청구법인은 주-CCC에 OOO를 선원부용선으로 임대하던 중 용선기간이 만료되지 않은 상태에서 OOO가 노후화되어 처분하게 됨에 따라 부득이하게 주-AAA으로부터 주-AAA호를 용선하여 잔여 용선기간에 대한 계약을 이행한 것으로서 정상거래라고 주장하였고, 청구법인의 OOO 취득 및 처분내역은 아래와 같다. 청구법인은 2015.1.11. OOO 소재 OOO로부터 석탄운반용 벌크선 OOO(총톤수 23,275톤, 1991년 신조)를 US$ OOO(OOO원)에 취득하여 운용였고, 이후 3년 6개월이 경과한 2018.6.8. OOO 소재 해운회사(OOO)에 OOO를 OOOUS$에 처분하였고, 이에 따라 2018 사업연도에 유형자산 처분손실 OOO원을 계상하였다. (나) 처분청 제출 자료에 의하면 2018.6.8. OOO를 인수한 OOO 소재 해운회사(OOO)는 OOO의 선박명을 “OOO”으로 변경하여 운행한 것으로 나타난다. (다) 처분청은 청구법인이 OOO의 처분가격을 사실상 고철가격으로 낮게 신고하고 실제 처분가액과의 차액을 해외(OOO)로 변칙 유출하고 OOO 처분손실을 과다하게 계상하여 법인세를 탈루하였다고 판단하여 OOO 과세당국에 정보교환요청을 하였다(심리일 현재까지 미회신).
(4) 처분청과 청구법인이 제출한 증빙자료에 나타나는 쟁점선원급여 관련 사실관계는 아래와 같다. (가) 청구법인과 DDD-주이 2017.5.17. 작성한 선박․선원관리계약서(쟁점계약서a) 주요내용은 아래 ＜표15＞와 같다. ＜표15＞ 쟁점계약서a 주요내용 ㅇㅇㅇ (나) DDD-주은 청구법인에 선박·선원관리 용역을 제공한 후 아래 ＜표16＞과 같이 INVOICE를 발행하여 청구법인에게 선박관리비용(선원관리비용, 기술관리비용, 보험관리비용, 관리수수료)을 청구하였고, DDD-주은 그 중 선원급여에 대하여는 선주예수금으로 회계처리하였다. ＜표16＞ INVOICE(OOO자) 주요내용 ㅇㅇㅇ (다) 청구법인은 위 INVIOCE에 따라 2017·2018년에 DDD-주에 선원·선박관리비용을 지급하고 그 중 쟁점선원급여에 대하여는 부가가치세 과세대상이 아니라고 보아 세금계산서를 수취하지 아니하였다.
(5) 처분청과 청구법인이 제출한 증빙자료에 나타나는 쟁점필리핀선원급여 지급과 관련한 사실관계는 아래와 같다. (가) 청구법인은 2019년에 OOO 소재 OOO를 통해 필리핀 국적의 선원들에게 급여를 직접 지급하였으나, 쟁점필리핀선원급여에 대하여 국내에서 소득세 과세권이 없는 급여로 보아 근로소득지급명세서를 제출하지 않았다 (나) 청구법인이 제출한 자료에 따르면 쟁점필리핀선원급여의 지급을 대행한 OOO는 청구법인에게 필리핀 국적의 선원들에 대한 급여를 청구 및 지급받아 선주예수금으로 처리한 것으로 나타난다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①·②·③에 관하여 살피건대, 처분청은 ‘주-AAA 끼워넣기 거래’, ‘청구법인 끼워넣기 거래’ 및 이에 부수하여 이루어진 쟁점해상유거래가 모두 가공거래라 보아 이 건 과세처분을 하였으나, 주-AAA은 쟁점OOO거래 개시일인 2018.10.20.보다 6년 전인 2012.10.30. 설립되었고, 청구법인과 독립된 인적조직을 갖추고 있으며 별도의 회계시스템을 운영하면서 쟁점OOO거래 외에는 정상거래를 하고 있는 법인이며, 청구법인과 주-AAA은 설립 이후 모두 선박 용선업 등을 영위하고 있었는바, 청구법인과 주-AAA은 동일인이 대표이사로 있는 계열법인간 산업 중복을 피하고 대외경쟁력을 제고하며 각각 특화된 주력산업을 영위할 필요가 있어 2017년 9월경 ‘기업그룹’ 경영분석을 통해 청구법인은 선박관리업을, 주-AAA은 해상화물운송업을 각각 주력산업으로 산업을 재편하기로 하는 내용으로 “주-AAA 및 청구법인 중장기 발전계획”을 수립한 사실이 인정되고, 이에 따라 청구법인이 2018.5.2. 선박관리업 등록을 하고 이후 2018.10.20.경부터 청구법인 소유의 OOO 및 주-AAA 소유의 주-AAA호와 OOO의 선박관리를 하다가, 2020년 이후부터는 이에 추가하여 OOO 소유의 OOO, OOO, OOO, OOO 등의 선박관리를 시작한 것으로 나타나는 점, 처분청은 쟁점OOO거래, 쟁점해상유거래 등을 통해 주-AAA의 매출이 급격히 상승하였으므로 청구법인의 매출이 주-AAA에 이전된 측면이 있다는 의견이나, 주-AAA의 2017년∼2019년 발틱운임지수(BDI)를 보면 2017년과 2018년에 거의 박스권에서 정체되었다가 2019년에 박스권을 상향 돌파하여 상당기간 기존 박스권 고점 위에서 지수가 형성되었고, 앞서 본 바와 같은 기업그룹간 산업재편 등이 주-AAA의 매출 상승에 영향을 주었다고 볼 수 있어 주-AAA의 매출이 급격히 상승하였다는 사유만으로 청구법인과 주-AAA이 가공거래를 통해 주-AAA의 매출 부풀리기를 하였다고 보기는 부족해 보이는 점, 특히 쟁점주-AAA호거래의 경우 청구법인이 보유하던 OOO를 2018.6.8. 매각함에 따라 당초 청구법인이 2017.12.1.부터 2018.9.17.까지 기간(225일)을 약정하여 주-CCC에 임대하고 있던 OOO를 대체할 선박이 필요하였고, 이에 따라 청구법인이 주-AAA으로부터 OOO와 동형·동급의 주-AAA호를 임차하여 재용선할 합리적 사정이 존재할 뿐만 아니라, 쟁점주-AAA호거래 2단계는 청구법인과 주-CCC이 협상을 통해 이루어진 거래로서 주-AAA이 쟁점주-AAA호거래를 주도하면서 청구법인을 끼워 넣었다고 볼 만한 정황이 보이지 않는 점, 쟁점OOO거래, 쟁점해상유거래, 쟁점주-AAA호거래 등에 대하여 실질과세의 원칙을 적용하여 “끼워넣기 거래”로 보려면 조세회피목적이 있었음이 입증되어야 할 것인데, 처분청이 제시한 자료는 조세회피의 개연성이 있다는 주장 및 증빙자료로서 이를 가지고 실제 조세회피목적이 있었다고 단정하기는 어려워 보이고, 주-AAA은 2018사업연도부터 조세특례제한법 제104조의10의 해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례 적용(톤세제도)을 신청하였는바 이와 같은 제도 하에서 법인세 부담이 줄었다하여 조세회피목적이 있었다고 보기는 어려워 보이는 점 등에 비추어, 처분청에서 쟁점OOO거래, 쟁점해상유거래, 쟁점주-AAA호거래 관련 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점④에 관하여 살피건대, 처분청은 쟁점선원급여가 DDD-주이 청구법인에게 제공한 선박관리용역의 대가이므로 청구법인이 관련 세금계산서를 수취하였어야 한다고 보았으나, 선원관리사업자는 선원법등 관련법에 따라 선주로부터 위탁받아 그 위탁받은 범위 내에서 관리수수료를 받고 선원인력관리 수탁계약서에 따라 선주로부터 선원관리사업자가 지급받아 선원에게 지급하기로 한 임금, 퇴직금, 유급휴가급 및 재해보상비 등의 지급을 대행하고 내·외국적선에 승선할 선원의 모집, 교육훈련, 후생복지, 선원관련정보자료 제공 등의 업무를 수행하는 사업자를 말하는 것으로, “선박관리업의 등록관리요령”(해양수산부고시 제2019-66호) 제2조 제3호 등에 따라 선원 등에게 지급되는 직접비용은 관리수수료에서 제외되는 것이나, 선박소유자이자 관리사업자로서 선박 및 선원에 대하여 자기의 책임과 계산하에 관리용역을 수행하면서 선원과 근로계약을 체결하는 경우에는 관리용역과 대가관계에 있는 모든 금전적 가치가 있는 것이 공급가액에 포함되는 것(서면 2021-법령해석부가-7007, 2021.11.23., 같은 뜻임)이라 할 것인바, 이 건의 경우 DDD-주은 선원법 제112조에 따른 선원관리사업자로서 선박소유자의 인력관리업무를 담당하며 수탁받은 업무를 성실하게 수행할 의무가 있고, 이에 따라 DDD-주은 청구법인과 DDD-주이 2017.5.17. 작성한 쟁점계약서a에서 약정한 바와 같이 선원선원관리의 일환으로 승선할 선원의 모집, 교육훈련, 재해보상·후생복지 등의 업무를 영위하는 선원인사관리업무를 수행하면서 모집된 선원의 고용계약조건을 청구법인 등 선박소유자가 승인한 고용계약서 또는 취업규칙에 따라 정하였으며, 청구법인과 선원간 근로계약서를 작성하고 선원의 승선 중 사망, 상병 등 재해가 발생하였을 시에 보상 책임 역시 해당 선원을 고용한 청구법인이 부담하는 것으로 약정한 것으로 나타나는 점, DDD-주이 청구법인으로부터 선원급여를 일괄하여 지급받아 선원(및 선원이 지정하는 자)에게 지급하기는 하였으나, 선원급여의 지급 또한 청구법인으로부터 위임받은 선원관리업무의 일환으로 그 지급의 대행업무만을 수행한 것으로 볼 수 있고, 달리 DDD-주이 선원을 직접 고용하여 청구법인에게 선원을 공급하는 인력공급업을 영위하였다고 볼만한 사정이 확인되지 않는 점 등에 비추어, 쟁점선원급여를 용역의 공급가액에 포함하기는 어렵다고 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점선원급여를 DDD-주이 청구법인에게 제공한 선박관리용역의 대가로 보아 청구법인이 관련 세금계산서를 수취하지 아니한 데 대하여 한 이 건 과세처분은 잘못이 있다고 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점⑤에 관하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점필리핀선원급여에 대하여 근로소득지급명세서를 제출할 의무가 있음에도 이를 제출하지 아니하였다고 보았으나, 소득세법 제164조의2 제1항에서 제119조에 따른 국내원천소득을 비거주자에게 지급하는 자는 지급명세서를 납세지 관할 세무서장에게 그 지급일이 속하는 과세기간의 다음 연도 2월 말일(괄호 생략)까지 이를 제출하여야 한다고 규정하면서 그 단서에서 제156조의2에 따라 비과세·면제대상임이 확인되는 소득 등 대통령령으로 정하는 소득을 지급하는 경우에는 그러하지 아니한다고 규정하고 있고, 소득세법 시행령 제216조의2 제1항 단서 및 제1호에서 소득세법 및 조세특례제한법에 따라 소득세가 과세되지 아니하거나 면제되는 국내원천소득에 대하여는 지급명세서 제출의무를 면제하는 것으로 규정하고 있으며, 소득세법 제12조에서는 비과세소득을 열거하면서 그 제3호 거목, 같은 법 시행령 제16조 제1항 제1호에서 국외에서 근로를 제공(원양어업 선박 또는 국외등을 항행하는 선박이나 항공기에서 근로를 제공하는 것을 포함한다)하고 받는 보수 중 월 100만원[원양어업 선박, 국외등을 항행하는 선박 또는 국외등의 건설현장 등에서 근로(설계 및 감리 업무를 포함한다)를 제공하고 받는 보수의 경우에는 월 300만원] 이내의 금액을 비과세소득으로 규정하고 있고, 위 소득세법 제12조 제3호 거목, 같은 법 시행령 제16조 제1항 제1호에 따른 국외에서 근로를 제공하고 받는 보수에 관한 비과세제도 중 근무환경이 열악한 국외항행 선박 근로자 지원 및 해운산업 국제경쟁력 제고를 목적으로 하는 국외 등을 항행하는 선박이나 항공기에서 근로를 제공하고 받는 보수에 관한 비과세는 비거주자에 대해서도 적용되는 것이라 할 것인바(기획재정부 국제조세제도과-53, 2010.2.5., 같은 뜻임), 쟁점필리핀선원급여는 청구법인이 필리핀 거주자인 선원에 대하여 해당 필리핀 선원이 청구법인의 외국항행선박에 승선하여 근로를 제공한 데 대한 대가로 지급한 급여로서, 한ㆍ필리핀 조세조약 제15조 제3호에 따라 국내에서 비과세되는 소득일 뿐만 아니라, 월 300만원 이내의 금액인 것으로 보이므로 위 소득세법 제164조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제216조의2 제1항 단서 및 제1호에 따라 지급명세서 제출의무가 면제되는 것이므로 국내원천소득을 비거주자에게 지급하는 자가 명세서를 기한까지 제출하지 아니한 경우에 적용되는 법인세법 제75조의7 제1항의 지급명세서 미제출에 따른 가산세 적용대상에 해당한다고 보기 어려운 것으로 판단된다. 따라서 처분청에서 쟁점필리핀선원급여와 관련한 지급명세서를 미제출하였다는 사유로 청구법인에게 한 이 건 과세처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지1＞ 부과처분 내역 ㅇㅇㅇ ＜별지2＞ 관련 법령 등
(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
(2) 국세기본법 시행령 제28조(가산세의 감면 등) ① 법 제48조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우
(3) 부가가치세법 제4조(과세대상) 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.
1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다. 제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
1. 역무를 제공하는 것
2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 제24조(외화 획득 재화 또는 용역의 공급 등) ① 제21조부터 제23조까지의 규정에 따른 재화 또는 용역의 공급 외에 외화를 획득하기 위한 재화 또는 용역의 공급으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제30조에도 불구하고 영세율을 적용한다.
3. 그 밖에 외화를 획득하는 재화 또는 용역의 공급으로서 대통령령으로 정하는 경우 제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
3. 공급가액과 부가가치세액
4. 작성 연월일
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호 부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
(4) 부가가치세법 시행령 제33조(그 밖의 외화 획득 재화 또는 용역 등의 범위) ② 법 제24조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 공급하는 경우를 말한다.
1. 국내에서 국내사업장이 없는 비거주자(국내에 거소를 둔 개인, 법 제24조 제1항 제1호에 따른 외교공관등의 소속 직원, 우리나라에 상주하는 국제연합군 또는 미합중국군대의 군인 또는 군무원은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 외국법인에 공급되는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 사업에 해당하는 용역으로서 그 대금을 외국환은행에서 원화로 받거나 기획재정부령으로 정하는 방법으로 받는 것. (단서 생략)
(5) 소득세법 제1조의2(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “거주자”란 국내에 주소를 두거나 183일 이상의 거소를 둔 개인을 말한다.
2. “비거주자”란 거주자가 아닌 개인을 말한다. 제3조(과세소득의 범위) ① 거주자에게는 이 법에서 규정하는 모든 소득에 대해서 과세한다. 다만, 해당 과세기간 종료일 10년 전부터 국내에 주소나 거소를 둔 기간의 합계가 5년 이하인 외국인 거주자에게는 과세대상 소득 중 국외에서 발생한 소득의 경우 국내에서 지급되거나 국내로 송금된 소득에 대해서만 과세한다.
② 비거주자에게는 제119조에 따른 국내원천소득에 대해서만 과세한다. 제119조(비거주자의 국내원천소득) 비거주자의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.
7. 국내원천 근로소득: 국내에서 제공하는 근로와 대통령령으로 정하는 근로의 대가로서 받는 소득 제127조(원천징수의무) ① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.
4. 근로소득. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득은 제외한다.
② 제1항에 따른 원천징수를 하여야 할 자(제1항 제3호에 따른 소득의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)를 대리하거나 그 위임을 받은 자의 행위는 수권(授權) 또는 위임의 범위에서 본인 또는 위임인의 행위로 보아 제1항을 적용한다. 제156조의2(비거주자에 대한 조세조약상 비과세 또는 면제 적용 신청) ① 제119조에 따른 국내원천소득(같은 조 제5호에 따른 국내원천 사업소득 및 같은 조 제6호에 따른 국내원천 인적용역소득은 제외한다)의 실질귀속자인 비거주자가 조세조약에 따라 비과세 또는 면제를 적용받으려는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비과세ㆍ면제신청서 및 국내원천소득의 실질귀속자임을 증명하는 서류(이하 이 조에서 “신청서등”이라 한다)를 국내원천소득을 지급하는 자(이하 이 조에서 “소득지급자”라 한다)에게 제출하고, 해당 소득지급자는 그 신청서등을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 제164조(지급명세서의 제출) ① 제2조에 따라 소득세 납세의무가 있는 개인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 국내에서 지급하는 자(법인, 제127조 제5항에 따라 소득의 지급을 대리하거나 그 지급 권한을 위임 또는 위탁받은 자 및 제150조에 따른 납세조합, 제7조 또는 법인세법 제9조에 따라 원천징수세액의 납세지를 본점 또는 주사무소의 소재지로 하는 자와 부가가치세법 제8조 제3항 후단에 따른 사업자 단위 과세 사업자를 포함한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지급명세서를 그 지급일(제131조, 제135조, 제144조의5 또는 제147조를 적용받는 소득에 대해서는 해당 소득에 대한 과세기간 종료일을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 속하는 과세기간의 다음 연도 2월 말일(제3호에 따른 사업소득과 제4호에 따른 근로소득 또는 퇴직소득, 제6호에 따른 기타소득 중 종교인소득 및 제7호에 따른 봉사료의 경우에는 다음 연도 3월 10일, 휴업, 폐업 또는 해산한 경우에는 휴업일, 폐업일 또는 해산일이 속하는 달의 다음다음 달 말일)까지 원천징수 관할 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다. (단서 생략)
4. 근로소득 또는 퇴직소득 제164조의2(비거주자의 국내원천소득 등에 대한 지급명세서 제출의무 특례) ① 제119조에 따른 국내원천소득을 비거주자에게 지급하는 자(괄호 생략)는 지급명세서를 납세지 관할 세무서장에게 그 지급일이 속하는 과세기간의 다음 연도 2월 말일(괄호 생략)까지 이를 제출하여야 한다. 다만, 제156조의2에 따라 비과세ㆍ면제대상임이 확인되는 소득 등 대통령령으로 정하는 소득을 지급하는 경우에는 그러하지 아니한다.
(6) 소득세법 시행령 제2조(주소와 거소의 판정) ⑤ 외국을 항행하는 선박 또는 항공기의 승무원의 경우 그 승무원과 생계를 같이하는 가족이 거주하는 장소 또는 그 승무원이 근무기간외의 기간중 통상 체재하는 장소가 국내에 있는 때에는 당해 승무원의 주소는 국내에 있는 것으로 보고, 그 장소가 국외에 있는 때에는 당해 승무원의 주소가 국외에 있는 것으로 본다. 제16조(국외근로자의 비과세급여의 범위) ① 법 제12조 제3호 거목에서 “대통령령으로 정하는 급여”란 다음 각 호의 것을 말한다.
1. 국외 또는 남북교류협력에 관한 법률에 따른 북한지역(이하 이 조에서 “국외등”이라 한다)에서 근로를 제공(원양어업 선박 또는 국외등을 항행하는 선박이나 항공기에서 근로를 제공하는 것을 포함한다)하고 받는 보수 중 월 100만원[원양어업 선박, 국외등을 항행하는 선박 또는 국외등의 건설현장 등에서 근로(설계 및 감리 업무를 포함한다)를 제공하고 받는 보수의 경우에는 월 300만원] 이내의 금액 제207조의2(비거주자에 대한 조세조약상 비과세 또는 면제 적용 신청)
② 비과세ㆍ면제신청서에는 해당 비거주자의 거주지국의 권한 있는 당국이 발급하는 거주자증명서나 국세청장이 정하여 고시하는 서류를 첨부하여야 한다. (단서 생략)
⑦ 법 제119조에 따른 국내원천소득으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득에 대하여는 제1항에도 불구하고 비과세ㆍ면제신청서를 제출하지 아니할 수 있다.
1. 법 및 조세특례제한법에 따라 소득세가 과세되지 아니하거나 면제되는 국내원천소득 제216조의2(비거주자의 국내원천소득 등에 대한 지급명세서 제출의무 특례) ① 법 제119조에 따른 국내원천소득을 비거주자에게 지급하는 자는 법 제164조의2에 따라 납세지 관할세무서장에게 기획재정부령으로 정하는 지급명세서(이하 이 조에서 “지급명세서”라 한다)를 제출하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득에 대하여는 그러하지 아니하다.
1. 법 또는 조세특례제한법에 따라 소득세가 과세되지 아니하거나 면제되는 국내원천소득. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 국내원천소득은 제외한다.
(7) 법인세 제75조의5(증명서류 수취 불성실 가산세) ① 내국법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각 호의 어느 하나에 따른 증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에는 그 받지 아니하거나 사실과 다르게 받은 금액으로 손금에 산입하는 것이 인정되는 금액(건별로 받아야 할 금액과의 차액을 말한다)의 100분의 2를 가산세로 해당 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하여야 한다. 제75조의7(지급명세서 등 제출 불성실 가산세) ① 제120조, 제120조의2, 소득세법 제164조, 제164조의2에 따른 지급명세서 또는 같은 법 제164조의3에 따른 간이지급명세서(이하 이 항에서 “명세서”라 한다)를 제출하여야 할 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호에서 정하는 금액을 가산세로 해당 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하여야 한다.
1. 명세서를 기한까지 제출하지 아니한 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 금액
(8) 선박관리산업발전법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “선박관리산업”이란 국내외의 해상운송인, 선박대여업을 경영하는 자, 관공선 운항자, 조선소, 해상구조물 운영자, 그 밖의 선원법상의 선박소유자(이하 “선박소유자등”이라 한다)로부터 기술적ㆍ상업적 선박관리, 해상구조물관리 또는 선박시운전 등의 업무의 전부 또는 일부를 수탁(국외의 선박관리사업자로부터 그 업무의 전부 또는 일부를 수탁하여 행하는 사업을 포함한다)하여 관리활동을 영위하는 것을 업으로 하는 산업을 말한다.
2. “선박관리사업자”란 해운법 제33조에 따라 선박관리업의 등록을 한 자를 말한다.
(9) 해운법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. “선박관리업”이란 선박관리산업발전법 제2조 제1호에 규정된 국내외의 해상운송인, 선박대여업을 경영하는 자, 관공선 운항자, 조선소, 해상구조물 운영자, 그 밖의 선원법상의 선박소유자로부터 기술적ㆍ상업적 선박관리, 해상구조물관리 또는 선박시운전 등의 업무의 전부 또는 일부를 수탁(국외의 선박관리사업자로부터 그 업무의 전부 또는 일부를 수탁하여 행하는 사업을 포함한다)하여 관리활동을 영위하는 업을 말한다. 제24조(사업의 등록) ① 내항 화물운송사업을 경영하려는 자는 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 해양수산부장관에게 등록하여야 한다.
② 외항 정기 화물운송사업이나 외항 부정기 화물운송사업(이하 “외항화물운송사업”이라 한다)을 경영하려는 자는 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 해양수산부장관에게 등록하여야 한다. 제33조(사업의 등록) ① 해운중개업, 해운대리점업, 선박대여업 또는 선박관리업(이하 “해운중개업등”이라 한다)을 경영하려는 자는 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 해양수산부장관에게 등록하여야 한다. 등록한 사항을 변경하려는 때에도 또한 같다.
② 제1항에 따른 해운중개업등을 경영하려는 자는 해양수산부령으로 정하는 시설과 경영 형태를 갖추어야 한다.
③ 해운중개업등(선박대여업은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 등록의 유효기간은 등록일부터 3년으로 하고, 계속하여 해운중개업등을 경영하려면 등록의 유효기간이 끝나기 전에 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 그 등록을 갱신하여야 한다.
(10) 선원법 (가) 2011.8.4. 법률 제11024호로 전부개정된 것 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “선원”이란 이 법이 적용되는 선박에서 근로를 제공하기 위하여 고용된 사람을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사람은 제외한다.
2. “선박소유자”란 선주, 선주로부터 선박의 운항에 대한 책임을 위탁받고 이 법에 따른 선박소유자의 권리 및 책임과 의무를 인수하기로 동의한 선박관리업자, 대리인, 선체용선자 등을 말한다. 제43조(선원근로계약서의 작성 및 신고) ① 선원과 선원근로계약을 체결한 선박소유자는 해양수산부령으로 정하는 사항을 적은 선원근로계약서 2부를 작성하여 1부는 보관하고 1부는 선원에게 주어야 하며, 그 선원이 승선하기 전 또는 승선을 위하여 출국하기 전에 해양항만관청에 신고하여야 한다. 제110조(선원공급사업의 금지) 구직ㆍ구인등록기관, 제112조 제3항에 따른 선원관리사업자, 해양수산부령으로 정하는 해양수산 관련 단체 또는 기관 외에는 선원의 직업소개사업을 할 수 없다. 제112조(선원관리사업) ③ 선원관리사업을 운영하는 자(이하 “선원관리사업자”라 한다)는 선박소유자의 인력관리업무 담당자로서 수탁한 업무를 성실하게 수행하여야 하며, 수탁한 업무 중 대통령령으로 정하는 업무에 관하여는 이 법을 적용할 때 선박소유자로 본다.
⑦ 선원관리사업자는 선박소유자(외국인을 포함한다)로부터 선원의 인력관리업무를 수탁한 경우에는 다음 각 호의 사항을 그 업무에 포함시켜야 한다.
1. 근로조건에 관한 사항
2. 재해보상에 관한 사항
⑧ 국민건강보험법, 국민연금법 및 고용보험법에 따른 보험료 또는 부담금의 의무에 관하여는 선원관리사업자를 사용자로 본다. (나) 2009.12.29. 법률 제9851호로 개정된 것 제101조(선원공급사업의 금지) 누구든지 공급계약에 의하여 선원을 선박소유자에게 공급하는 사업을 할 수 없다.
(11) 선원법 시행령 제38조(선원관리사업) ① 법 제112조 제3항에서 “대통령령으로 정하는 업무”란 다음 각 호의 업무를 말한다.
1. 법 제2조 제9호에 따른 선원근로계약서의 작성 및 신고
2. 법 제44조에 따른 선원명부의 작성ㆍ비치 및 공인신청
3. 법 제45조 제3항에 따른 승선ㆍ하선 공인의 신청
4. 법 제51조에 따른 승무경력증명서의 발급
5. 법 제58조에 따른 임금대장의 비치와 임금 계산의 기초가 되는 사항의 기재
6. 법 제87조에 따른 건강진단에 관한 사항
7. 법 제109조 제2항에 따른 구인등록
8. 법 제117조제2항에 따른 교육훈련에 필요한 경비의 부담
9. 법 제155조에 따른 수수료의 납부
10. 제17조 제2항에 따른 선원급여명세서의 제공
(12) 선박관리업의 등록관리요령(해양수산부고시 제2019-66호, 2019.5.21.) 제2조(정의) 이 요령에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. 선박관리업: 해운법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제8호에 따라 국내외의 해상운송인, 선박대여업을 경영하는 자, 관공선 운항자, 조선소, 해상구조물 운영자, 그 밖의 선원법상의 선박소유자(이하 "선박소유자 등"이라 한다)로부터 기술적ㆍ상업적 선박관리, 선원관리, 보험관리, 해상구조물관리 또는 선박시운전 등의 업무의 전부 또는 일부를 수탁(국외의 선박관리사업자로부터 그 업무의 전부 또는 일부를 수탁하여 행하는 사업을 포함한다)하여 관리활동을 영위하는 업을 말한다.
2. 선박관리계약: 선박소유자 등과 선박관리업자(이하 "사업자"라 한다) 간에 기술적ㆍ상업적 선박관리, 선원관리, 보험관리, 해상구조물관리, 선박시운전 등에 관하여 체결하는 계약을 말한다.
3. 관리수수료: 사업자가 선박관리계약에 의하여 선박소유자 등으로부터 지급받는 수수료를 말하며 선박관리와 관련하여 해운ㆍ항만ㆍ조선관련 사업체 및 선원 등에게 지급되는 직접비용을 제외한다. 제3조(선박관리업의 업무범위) ① 제2조 제1호에 따른 기술적ㆍ상업적 선박관리, 선원관리, 보험관리, 해상구조물관리, 선박시운전 등의 업무범위는 다음 각 호와 같다.
2. 선원관리: 선박소유자 등의 위탁에 의하여 내ㆍ외국적선에 승선할 선원의 모집, 교육훈련, 후생복지, 선원관련정보자료 제공 등의 업무를 영위하는 선원인사관리업무를 말하며, 선원재해보상에 관한 보험부보 또는 주선하는 업무를 포함한다.
(13) 대한민국과 필리핀공화국간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약 제15조 종속적·인적용역
1. 제16조(이사의 보수), 제18조(연금 및 보험연금), 제19조(정부용역), 제20조(학생 및 훈련생) 및 제21조(교수 및 교사)의 규정에 따를 것을 조건으로 일방체약국의 거주자에 의하여 고용과 관련하여 발생되는 급료, 임금 및 기타 유사한 보수는 그 고용이 타방체약국 내에서 수행되지 아니하는 한, 그 일방체약국에서만 과세될 수 있다. 만약 그 고용이 타방체약국내에서 수행되는 경우에는 그 고용으로부터 발생되는 보수는 동 타방국에서 과세될 수 있다. (1. Subject to the provisions of Article 16 (Directors' Fees), 18 (Pensions and Annuities), 19 (Government Service), 20 (Students and Apprentices), and 21 (Professors and Teachers), salaries, wages and other similar remuneration derived by a resident of a Contracting State in respect of an employment shall be taxable only in that State unless the employment is exercised in that other Contracting State. If the employment is so exercised, such remuneration as is derived therefrom may be taxed in that other State.)
2. 상기 제1항의 규정에 불구하고 일방체약국의 거주자에 의하여 타방체약국내에서 수행된 고용과 관련하여 취득되는 보수는 다음의 경우에 동 일방체약국에서만 과세될 수 있다.
3. 본조 전 제항의 규정에 불구하고 일방체약국의 거주자에 의하여 국제운수상 운항되는 선박이나 항공기에 정규 승무원 또는 선원으로 탑승하여 수행되는 고용에 대하여 취득되는 보수는 동 일방국에서만 과세될 수 있다. (Notwithstanding the preceding provisions of this Article, remuneration derived by a resident of a Contracting State in respect of an employment as a member of regular crew or complement exercised aboard a ship or aircraft operated in international traffic shall be taxable only in that State.)