조특법 시행령 제63조 제7항에서 영농조합법인이 법인세 면제를 받기 위해서는 농어업경영체법에 따른 농업경영체등록확인서를 제출하도록 명확히 규정하고 있고, 이는 조특법 제66조 제1항의 위임에 따른 것이므로 농업경영체등록확인서의 제출을 요구하는 것이 조특법의 위임의 한계를 벗어난 것이라고 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음
조특법 시행령 제63조 제7항에서 영농조합법인이 법인세 면제를 받기 위해서는 농어업경영체법에 따른 농업경영체등록확인서를 제출하도록 명확히 규정하고 있고, 이는 조특법 제66조 제1항의 위임에 따른 것이므로 농업경영체등록확인서의 제출을 요구하는 것이 조특법의 위임의 한계를 벗어난 것이라고 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 2016년도까지 청구법인의 OOO 조합선별장에서 작업해오다가 OOO에서 선별장을 별도 건립함에 따라 조합원들이 탈퇴하게 되었고, OOO이 판매대행까지 하게 되면서 더 이상 조합원이 존재하지 않게 되어 해산하였다. 개인인 조합원은 농업경영체등록이 되어야만 농산물 생산을 위한 비료구입 등이 가능하므로 개인인 조합원이 농업경영체등록을 하였고, 청구법인은 조합원이 생산한 농산물의 선별과 판매대행업무를 해왔다.
(2) 조특법 제66조 제1항은 농어업경영체법에 따른 영농조합법인에 대하여 2018.12.31. 이전에 끝나는 과세연도까지 곡물 및 기타 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다고 규정하고 있고, 위 조항의 전반부는 감면대상인 영농조합법인을 규정하고 후단은 감면금액의 범위를 규정하면서 감면대상법인을 영농조합법인으로만 명시하고 있고, 이 영농조합법인은 농어업경영체법 제2조 제2호 에서 정의하고 있으며, 같은 법 제16조 영농조합법인의 설립조항은 농어업경영체등록을 전제한바 없음이 확인된다.
(3) 조특법 시행령 제63조 제7항은 조특법 제66조 제1항에 따라 법인세를 면제받으려는 영농조합법인은 과세표준신고서와 함께 농어업경영체법 제4조 에 따른 농어업경영체등록확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있는데, 조특법 시행령 제63조 제7항은 조특법에서 위임한 금액의 산정을 넘어 영농조합법인의 농업경영체등록을 요구하여 법에서 정한 감면적용대상 인적요건의 범위를 제한하는 결과를 초래하였다.
(4) 조세법률주의의 핵심은 납세자의 예측가능성과 법적안정성을 위한 것으로 과세요건에 관한 중요한 사항은 반드시 법률에 명확히 규정되어 있어야 할 것인바, 2009년 농업경영체등록제도가 신설된 이후 2014년까지는 모든 영농조합법인에 대하여 법인세 감면을 해오다가 2014년 조특법 시행령을 개정하여 농업경영체등록을 하지 않은 영농조합법인에 대하여 법인세 감면을 적용받지 못하도록 한 것은 신의성실의 원칙에 위배되고, 만약 영농조합법인의 법인세 감면적용을 제한했어야 한다면 조특법을 개정했어야 함에도 단지 조특법 시행령을 개정하여 법인세 감면대상의 범위를 제한하였으므로 이는 법률이 정한 위임의 범위를 넘어선 위헌법령에 해당하고, 위헌인 법령에 근거한 이 건 과세처분은 위법하여 취소하는 것이 타당하다.
(1) 헌법 제38조 모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다. 제59조 조세의 종목과 세율은 법률로 정한다. 제107조 ① 법률이 헌법에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 법원은 헌법재판소에 제청하여 그 심판에 의하여 재판한다.
② 명령ㆍ규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원은 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다.
③ 재판의 전심절차로서 행정심판을 할 수 있다. 행정심판의 절차는 법률로 정하되, 사법절차가 준용되어야 한다. 제111조 ① 헌법재판소는 다음 사항을 관장한다.
1. 법원의 제청에 의한 법률의 위헌여부 심판 2.∼4. (중략)
5. 법률이 정하는 헌법소원에 관한 심판
(2) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 일부개정된 것) 제66조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대해서는 2018년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 곡물 및 기타 식량작물재배업에서 발생하는 소득(이하 “식량작물재배업소득”이라 한다) 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.
⑧ 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제7항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. 제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등) ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 농업회사법인(이하 “농업회사법인”이라 한다)에 대해서는 2018년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항을 준용하여 감면한다.
⑤ 제1항ㆍ제3항 및 제4항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개정된 것) 제63조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ① 법 제66조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 범위의 금액”이란 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제11조 제1항 에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득금액을 말한다.
1. 곡물 및 기타 식량작물재배업(이하 이 조 및 제65조에서 “식량작물재배업”이라 한다) 외의 작물재배업에서 발생하는 소득금액으로서 각 사업연도별로 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 이하의 금액
2. 작물재배업에서 발생하는 소득을 제외한 소득금액으로서 각 사업연도별로 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 이하의 금액
⑦ 법 제66조 제1항에 따라 법인세를 면제받으려는 영농조합법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제4조 에 따른 농어업경영체 등록(변경등록) 확인서(이하 “농어업경영체 등록확인서”라 한다)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 납부할 법인세가 없는 경우에는 그러하지 아니하다. 제65조(농업회사법인에 대한 세액 감면 등) ① 법 제68조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 범위”란 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 이하를 말한다.
② 법 제68조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 다음 각 호의 소득(이하 이 조에서 “부대사업등 소득”이라 한다)을 말한다.
1. 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제2조 에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득
2. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제19조 제1항 에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 “농업회사법인”이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득
3. 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득
⑤ 법 제68조 제1항 또는 제3항에 따라 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하 는 세액감면신청서, 면제세액계산서 또는 이월과세적용신청서와 농어업 경영체 등록확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다.
(4) 농어업경영체 육성·지원에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “농업인”이란 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호 에 따른 농업인을 말한다.
2. “농업법인”이란 제16조에 따른 영농조합법인과 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.
3. “농업경영체”란 농업인과 농업법인을 말한다.
7. “농어업경영체”란 농업경영체와 어업경영체를 말한다. 제4조(농어업경영정보의 등록) ① 농어업·농어촌에 관련된 융자·보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항으로서 대통령령으로 정하는 것(이하 "농어업경영정보"라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.
1. 농업경영체: 농업·농촌 및 식품산업 기본법 제40조에 따른 농지·축사·원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보
2. 어업경영체: 수산업·어촌 발전 기본법 제27조에 따른 어선·양식시설 등 생산수단, 생산수산물, 생산방법 및 어업생산규모 등 어업경영 관련 정보 제16조(영농조합법인 및 영어조합법인의 설립신고 등) ① 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출 및 농어촌 관광휴양사업 등을 공동으로 하려는 농업인 또는 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제4호 에 따른 농업 관련 생산자단체(이하 “농업생산자단체”라 한다)는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인(營農組合法人)을 설립할 수 있다. 제19조(농업회사법인 및 어업회사법인의 설립신고 등) ① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.
(5) 국세기본법 제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다.
1. 조세범 처벌절차법에 따른 통고처분
2. 감사원법에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분
3. 이 법 및 세법에 따른 과태료 부과처분
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 조특법 시행령 제63조 제7항이 조특법 제66조 제1항의 법인세 면제대상인 인적요건의 범위를 초과하여 농업 경영체등록을 규정하고 있으므로 이는 법의 위임한계를 넘은 위법한 법령이고, 이에 근거한 처분도 위법하므로 취소하는 것이 타당하다고 주장하나, 조특법 제66조 제1항은 농어업경영체법에 따른 영농조합법인은 2018.12.31. 이전에 끝나는 과세연도까지 곡물 및 기타 식량작물재배업에서 발생하는 소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다고 규정하면서 제8항은 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다고 규정하고 있고, 조특법 시행령 제63조 제7항은 법인세를 면제받으려는 영농조합법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액면세신청서 및 면제세액계산서와 농어업경영체등록확인서를 제출하도록 규정하고 있다. 청구법인은 농산물의 공동출하 가공 및 수출 등을 목적으로 5명이상의 조합원으로 구성된 영농조합법인으로 2016사업연도 법인세 신고시 농업회사법인의 농업소득에 대한 세액으로 신고하면서 세액감면신청서, 농업회사법인 면제세액계산서를 제출하였으나 농업경영체등록확인서를 제출하지 아니하였고, 처분청이 확인한 결과 청구법인의 농업경영체 등록사실이 확인되지 아니하였던 점, 조특법 시행령 제63조 제7항은 영농조합법인이 법인세 면제를 받기 위해서는 농어업경영체법에 따른 농업경영체등록확인서를 제출하도록 명확히 규정하고 있고, 이는 조특법 제66조 제1항의 위임에 따른 것이므로 농업경영체등록확인서의 제출을 요구하는 것이 조특법의 위임의 한계를 벗어난 것이라고 보기 어려운 점, 청구법인은 당초 2016사업연도 법인세 신고시 농업회사법인에 대한 법인세 면제를 신청하였고, 처분청도 농업회사법인에 대한 법인세 면제 조항인 조특법 제68조 제1항 및 제5항, 같은 법 시행령 제65조 제1항 및 제5항을 들어 청구법인이 농어업경영등록확인서를 제출하지 아니하여 법인세를 경정하였으나, 영농조합법인에 대한 법인세 면제 신청에 대한 조특법 및 조특법 시행령 규정도 이와 동일하게 농어업경영등록확인서 제출을 규정하고 있고, 청구법인에 대한 법인세 면제효과도 동일하므로 이 건 처분이 잘못이 있다고 보기 어려운 점, 또한 헌법 제107조 제1항은 법률이 헌법에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 법원은 헌법재판소에 제청하여 그 심판에 의하여 재판하도록 하고 있고 제2항은 명령ㆍ규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원은 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다고 규정하고 있으며,국세기본법제55조 제1항에서 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리를 침해당한 자가 불복을 청구할 수 있도록 규정하고 있는바, 구체적인 처분이 세법에 위반되는지 여부가 아닌 처분의 근거 법령이 헌법에 위반되는지 여부는 조세심판청구의 불복사유에 해당하지 아니하고, 청구법인이 위헌임을 주장하는 조특법 시행령에 대하여 헌법재판소나 대법원이 위헌이나 무효로 판단한 사실이 나타나지 않으므로 해당 규정 들은 일단 유효하다고 보아야 하는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에 대하여 법인세 면제적용을 배제하여 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본 법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.