무신고가산세 및 납부지연가산세를 부과한 처분의 당부

[주 문] OOO서장이 2022.3.3. 청구법인에게 한 2016사업연도 법인세 OOO원(무신고가산세 및 납부지연가산세)의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2007.11.18. 법인으로 보는 단체로 승인받은 종중으로, 2016.5.17. OOO 토지 581㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도한 후 2016.6.24. 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 청구법인은 2021.9.13. 쟁점토지 양도소득에 대하여는 법인세법을 적용함이 타당하고 이에 따라 2016사업연도 법인세 과세표준과 세액을 계산할 경우 산출세액은 OOO원이므로, 당초 1거주자의 지위에서 소득세법에 따라 납부한 양도소득세 OOO원을 기납부세액으로 인정하여 법인세 산출세액과의 차액 OOO원을 환급해달라는 내용의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.11.11. 양도소득세와 법인세는 각각 별개의 세목으로 청구법인이 납부한 양도소득세를 법인세의 기납부세액으로 공제할 수 없다고 보아 위 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 2021.11.17. 쟁점토지 양도소득에 대하여 법인세법에 따라 과세표준과 세액(OOO원)을 계산하여 2016사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서를 제출하였고, 당초 신고납부한 양도소득세 OOO원에 대한 국세환급금 양도요구서 및 국세환급금 충당청구(동의)서를 제출하였다. 처분청은 2021.12.1. 당초 양도소득세 과오납금에 대해 양도소득세(본세) OOO원과 환급가산금 OOO원을 환급결정하면서 청구법인이 신고한 법인세 OOO원을 환급금에 충당처리한 후 국세환급금 OOO원을 청구법인에게 지급하였다.
• 라. 처분청은 2021.11.17. 2016사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서를 제출한 것은 법인세 기한 후 신고에 해당하나 청구법인이 기한 후 신고에 따른 가산세를 무신고한 것으로 보아 2022.3.3. 청구법인에게 2016사업연도 법인세 OOO원(무신고가산세 및 납부지연가산세)를 경정ㆍ고지하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2022.4.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 사업소득이 없는 비영리법인의 자산양도소득에 대하여는 법인세법제62조의2(비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례, 이하 “쟁점특례규정”이라 한다)에서 소득세법상 양도소득세의 규정을 준용하여 계산한 금액을 법인세로 납부할 수 있다고 규정하고 있고, 이는 회계장부 등을 제대로 갖추지 못한 비영리법인의 경우 자산양도소득에 대하여 쟁점특례규정을 적용하여 소득세법 규정에 의한 양도소득세 상당액을 법인세로 납부하는 방법과 법인세법 제60조 제1항 의 규정에 의한 각 사업연도 소득에 대한 법인세로 신고납부하는 방법을 선택하여 적용받을 수 있도록 한 것이다.

(2) 청구법인은 쟁점토지 양도소득에 대하여 개인납세자의 양도소득과세표준 신고서를 기한 내에 신고하였고, 이는 청구법인이 비영리내국법인의 양도소득과세표준예정신고서(법인세법 시행규칙 별지 제57호의2 서식)를 제출한 것으로 볼 수 있으므로 쟁점특례규정에 따라 법인세를 정상적으로 신고한 것으로 보아야 한다. 청구법인은 2016.5.17. 쟁점토지 양도소득에 대하여 비록 착오로 개인납세자의 양도소득과세표준 신고서 서식에 따라 신고하였지만, 다수의 조세심판원 결정례(조심 2016부132, 2016.5.11., 조심 2019인3739, 2020.4.9.) 및 국세청 심사청구 결정례(심사법인 2011-67, 2012.3.2. 외)에서 이러한 경우에도 비영리내국법인의 양도소득과세표준예정신고서가 제출된 것으로 보아 비영리내국법인의 법인세가 정상적으로 신고된 것으로 일관되게 판시하고 있다. 청구법인이 쟁점토지 양도소득에 대하여 개인납세자의 양도소득과세표준 신고서로 신고한 양도소득세는 OOO원이고, 만약 청구법인이 쟁점특례규정인 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례에 따라 양도소득과세표준예정신고서로 법인세를 신고하였다면 그 법인세 또한 OOO원으로 이는 청구법인이 당초 양도소득세로 신고한 세액과 정확히 일치하는데 이는 두 신고서식의 형식만 다를 뿐 계산방식이 정확히 동일하기 때문이다. 따라서 청구법인이 제시한 동일쟁점 선결정례에서 상기 두 서식에 대하여 조세실체가 동일하다고 판단하였고, 기장능력이 영리내국법인보다 부족한 비영리내국법인이 개인납세자의 양도소득과세표준 신고서를 제출한 경우에도 비영리내국법인의 양도소득과세표준예정신고서가 제출된 것으로 보아 법인세가 정상신고 된 것으로 일관되게 판시한 것이다.

(3) 비영리내국법인의 양도소득과세표준예정신고서가 기한 내에 신고되어 쟁점특례규정에 따른 예정신고가 정상적으로 이행된 경우, 그 세액을 법인세법제60조에 의한 금액으로 변경하는 경정청구는 무신고가산세 등의 부과대상이 아니다. 법인세법 시행령제99조의2 제5항에서 비영리내국법인이 법인세법제62조의2 제7항에 따라 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 같은 법 제60조 제1항에 따른 과세표준의 신고를 할 수 있다고 규정하고 있고, 청구법인은 위 조항에서 규정하는 대로 쟁점특례규정에 따라 정상적으로 예정신고한 법인세 OOO원을 법인세법제60조 제1항에 따른 과세표준으로 계산한 법인세 OOO원으로 변경하여 경정청구를 하였다. 처분청은 청구종중이 법인임에도 개인납세자의 양도소득세과세표준 신고를 하였고 이는 비영리내국법인의 양도소득과세표준예정신고서를 제출한 것으로 볼 수 없다 하여 청구법인의 경정청구를 일반적인 기한 후 신고로 판단하고 무신고 가산세 등을 부과처분하였으나, 상기 법령규정 및 조세심판원ㆍ국세청의 선결정례 등을 종합적으로 살펴보면 청구법인의 경정청구를 기한 후 신고로 볼 수 없고 무신고가산세 등을 과세한 처분은 부당하다는 사실을 알 수 있다.

• 나. 처분청 의견 (1) 법인세법 시행령제99조의2 제6항은 쟁점특례규정 제7항에 따라 양도소득과세표준 예정신고를 하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 비영리법인의 양도소득과세표준예정신고서(별지 제57호의2 서식)를 제출하여야 한다고 명백히 규정하고 있으나, 청구법인은 2016년 6월 쟁점토지 양도에 대하여 개인납세자의 양도소득과세표준 신고서 서식에 따라 신고하였고, 쟁점특례규정 제2항에서 ‘제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다’고 규정하고 있으나, 청구법인은 2016년 6월 납세자번호를 달리하여 부동산등기용등록번호(OOO)로 신고하고 개인의 양도소득세(세목코드 22)로 세금을 납부하였으므로 이를 쟁점특례규정에 따라 법인세를 예정신고ㆍ납부한 것으로 볼 수 없다. 각 개별세법은 납세의무자가 납세의무를 이행하기 위해 과세표준신고의 대상인 납세의무자, 과세기간, 신고기간, 신고방법(신고서식) 등을 법령에서 정하고 있는데, 청구법인은 법령에서 정한 신고를 성실히 이행하지 않았음에도 단순히 세액의 계산방법이 동일하고 신고서식만 바뀐 것에 불과하다고 주장하고 있으므로 청구주장을 받아들일 수 없고, 청구법인과 같이 개인납세자의 양도소득과세표준 신고서를 제출한 것은 쟁점특례규정의 과세표준신고로 볼 수 없다고 판시한 법원 판례(의정부지방법원 2021.7.13. 선고 2020구합10635 판결)도 있다. 처분청은 청구법인이 당초 소득세법상 거주자로 보는 단체로 양도소득세를 납부하여 이에 청구법인이 2016.6.24. 납부한 양도소득세 전액(OOO원)을 납세자의 신고오류로 인한 과오납금으로 판단하고 환급결정 하였는바, 청구법인이 2016년 6월에 제출한 개인사업자의 양도소득과세표준 신고서는 쟁점특례규정에 따라 법인세를 신고ㆍ납부한 것으로는 볼 수 없다. (2) 법인세법 시행령제99조의2 제5항에서 쟁점특례규정에 따라 비영리법인이 자산양도소득에 대한 법인세 예정신고를 한 경우에도 법인세법제60조 제1항에 따른 법인세 확정신고를 할 수 있고 이 경우 예정신고납부세액은 기납부세액으로 인정하고 있으며, 청구법인과 같이 자산양도소득이 있는 비영리법인이 법인세 예정신고 이후 법인세 확정신고를 할 경우 확정신고 기간인 각사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 확정신고를 이행하여야 하나, 청구법인은 법인세 확정신고 제출기한인 2017.3.31.을 경과한 2021.11.17.에 법인세법제60조 제1항에 따른 법인세 과세표준 및 세액신고서를 제출하였는바, 이는 경정청구 대상이 아닌 기한 후 신고서를 제출한 것으로 보아야 한다. 법인세법 시행령제99조의2 제5항은 청구법인과 같이 자산양도소득이 있는 비영리법인이 쟁점특례규정에 따라 법인세 예정신고를 이행한 경우에도 법인세법제60조에 따라 법인세 확정신고를 할 수 있다는 의미로 해석해야 하며, 법인세 (확정)신고기한과 관계없이 납세자가 언제든지 선택적으로 법인세 (확정)신고서를 제출할 수 있다는 의미로 해석되는 것은 아니다. 또한, 청구법인은 2016년 쟁점토지의 양도소득에 대해 쟁점특례규정에 따라 법인세 예정신고서를 제출하지 아니하였고 법인세가 아닌 양도소득세로 세금을 납부하였으며, 2016사업연도에 대한 법인세 확정신고기한인 2017.3.31.까지 법인세법제60조 제1항에 따라 법인세 확정신고서를 제출하지도 아니하였는바, 2021년 11월에 제출한 법인세 과세표준 및 세액신고서는 경정청구 대상이 아닌 기한 후 신고서를 제출한 것으로 보아야 한다. 청구법인은 당초 2016년 쟁점토지 양도에 대하여 법인세를 무신고하였고 2021년 11월 법정신고기한을 경과하여 법인세를 기한 후 신고하였으므로 무신고가산세 부과대상이 되고, 청구법인이 2016년 개인의 양도소득세로 납부한 세액을 법인세로 납부한 것으로 볼 수도 없으므로 기한 후 신고에 따른 납부지연가산세 부과대상에도 해당된다.

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점토지 양도에 대하여 개인납세자의 양도소득과세표준 신고서 서식에 따라 양도소득세 예정신고․납부한 것을 쟁점특례규정에 따라 법인세를 신고․납부한 것으로 볼 수 없다는 등의 이유로 2021년 11월 청구법인이 세액을 변경하여 제출한 법인세 신고서를 기한 후 신고로 보아 무신고가산세 등을 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등

(1) 국세기본법 제47조의2【무신고가산세】① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법, 농어촌특별세법 및 종합부동산세법에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “무신고납부세액”이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 한다. (단서생략) 제47조의4【납부불성실ㆍ환급불성실가산세】① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. (단서생략)

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(2) 법인세법 제3조【과세소득의 범위】① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 제60조【과세표준 등의 신고】① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제62조의2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】① 비영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. (후단생략)

③ 제2항을 적용할 때 소득세법 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 “양도가액”이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 소득세법 제95조 제2항 및 제103조에 따른 금액을 공제하여 계산한다.

④ 제3항에 따른 양도가액, 필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여는 소득세법 제96조 부터 제98조까지 및 제100조를 준용한다. (이하생략)

⑤ 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여는 소득세법 제101조 및 제102조를 준용하고, 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여는 같은 법 제93조를 준용한다.

⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항을 준용한다.

⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 소득세법 제105조 부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법 제112조 를 준용한다.

⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. (단서생략)

⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정에 따른 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 법인세법 시행령 제99조의2【비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례】⑤ 비영리내국법인이 법 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제64조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다.

⑥ 법 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 양도소득과세표준예정신고서를 제출하여야 한다. (4) 법인세법 시행규칙 제82조【서식】① 법인세 및 법인세에 부가되는 농어촌특별세의 신고 및 납부에 관한 서식은 다음 각 호와 같다. 56의2. 영 제99조의2 제6항의 규정에 의한 별지 제57호의2 서식의 비영리내국법인의 양도소득과세표준예정신고서

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 청구법인은 OOO를 주사업장으로 하여 종친 및 문중 간에 친목과 유대 강화를 목적으로 하는 단체로 2007.11.18. 처분청으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받은 사실이 확인된다.

(2) 국세통합전산망 조회자료 및 부동산등기부등본 등에 의하면, 청구법인은 2016.5.17. 쟁점토지를 양도한 후 2016.6.24. 개인납세자의 양도소득세 과세표준 신고서식으로 아래 <표1>과 같이 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고ㆍ납부하였다. <표1> 청구법인의 양도소득세 신고내역 (단위: 천원) OOO

(3) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인은 2021.9.13. 쟁점토지 양도소득에 대하여 법인세법에 따라 과세표준과 세액을 계산할 경우 산출세액은 OOO원이므로, 당초 소득세법에 따라 납부한 양도소득세 OOO원을 기납부세액으로 하여 차액 OOO원을 환급해달라는 내용의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.11.11. 청구법인이 납부한 양도소득세를 법인세의 기납부세액으로 공제할 수 없다고 보아 경정청구를 거부하였다.

(4) 청구법인은 2021.11.17. 쟁점토지 양도소득에 대하여 아래 <표2>와 같이법인세법에 따라 과세표준과 세액을 계산하여 2016사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서를 제출하였고, 당초 신고납부한 양도소득세에 대한 국세환급금 양도요구서 및 국세환급금 충당청구(동의)서를 제출하였으며, 처분청은 2021.12.1. 청구법인의 양도소득세 기납부세액 대하여 아래 <표3>과 같이 환급결정하였다. <표2> 청구법인이 2021.11.17. 제출한 법인세 과세표준 및 세액신고내역 (단위: 천원) OOO <표3> 국세환급 결의내역 (단위: 천원) OOO

(5) 처분청은 청구법인이 2021.11.17. 2016사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서를 제출한 것은 법인세 기한 후 신고에 해당하나 이에 대한 가산세는 무신고한 것으로 보아 2022.3.3. 아래 <표4>와 같이 2016사업연도 법인세 OOO원(무신고가산세 및 납부지연가산세)를 경정ㆍ고지하였다. <표4> 처분청의 2016사업연도 법인세 경정ㆍ고지내역 (단위: 천원) OOO

(6) 청구법인은 2016사업연도에 수익사업을 영위하지 않은 것으로 확인되고, 쟁점토지 양도소득에 대해서는 법인세 과세표준 신고대상이라는 점에 대하여 양측 다툼이 없다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점토지 양도에 대하여 개인납세자의 양도소득과세표준 신고서 서식에 따라 양도소득세 예정신고․납부한 것을 쟁점특례규정에 따라 법인세를 신고․납부한 것으로 볼 수 없다는 등의 이유로 2021년 11월 청구법인이 제출한 법인세 신고서를 기한 후 신고로 보아 무신고가산세 등을 부과처분하였으나, 청구법인은 법인으로 보는 단체로 승인받은 이후 쟁점토지를 양도하고 2016년 6월 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서에 양도부동산 정보, 양도가액 등을 모두 기재하여 과세관청에 신고를 하였고, 신고서식이 바뀌었을 뿐 쟁점특례규정과 같은 방법으로 계산된 세액을 처분청에 납부한 것으로 나타나는 점, 청구법인이 처분청에 제출한 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서와 붙임 매매계약서에 청구법인의 명칭, 대표자의 인적정보 및 연락처 등이 모두 기재되어 있어, 양도소득과세표준 신고의 주체가 청구법인 이었음이 객관적으로 확인 가능하고, 처분청 역시 청구법인이 법인으로 보는 단체에 해당함을 알 수 있었던 것으로 보이는 점, 쟁점특례규정 제8항에서 비영리내국법인이 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 법인세 과세표준을 신고한 것으로 본다고 규정하고 있고, 법인세법 시행령제99조의2 제5항에서 비영리내국법인이 쟁점특례규정에 따라 양도소득과세표준 신고ㆍ납부를 한 경우에도 법인세법 제60조 제1항 에 따른 과세표준의 신고를 할 수 있다고 규정하고 있는바, 청구법인은 2016년 6월 양도소득과세표준 신고서를 제출하고 세금을 납부한 후 경정청구 기간 이내인 2021년 9월 법인세법 제60조 제1항 에 따라 과세표준으로 계산한 법인세를 적용하여 달라는 경정청구를 하였으므로 이를 경정청구가 아닌 기한 후 신고로 보기는 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인에게 이 건 법인세(무신고가산세 및 납부지연가산세)를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.