조세심판원 심판청구 법인세

쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부

사건번호 조심-2022-부-5336 선고일 2022.08.16

청구법인이 농·축산업을 영위할 목적으로 쟁점토지를 취득하였다고 보기 어려워 보이는 점 등에 비추어 쟁점토지는 “농·축산업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 양도한 농지·임야·목장용지”로서 비사업용 토지에 해당하는 것으로 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2014.6.24. OOO에서 농·축산물 생산 및 판매업, 부동산 매매·개발·임대업 등을 영위할 목적으로 설립된 농업회사법인으로, 청구법인은 아래 OOO과 같이 2014∼2015사업연도에 AAA(주)(이하 “AAA”이라 한다) 등으로부터 OOO 외 128필지 토지(이하 “쟁점토지”라 하고, 각 필지 기재 시 지번만 기재한다)를 취득하고, 2016∼2019사업연도에 쟁점토지를 BBB 주식회사(이하 “쟁점자회사”라 한다), AAA 등에게 양도하였는바, 아래 OOO와 같이 쟁점토지 양도차익 OOO원 중 OOO원을 비사업용 토지의 양도로 인한 양도차익으로 하여 처분청에 2016∼2019사업연도 법인세 OOO원을 신고·납부하였다. * 목: 목장용지, 임: 임야 ** 청구법인 총 32필지, 167,523㎡ 보유 중
  • 나. OOO서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2021.7.26.∼2021.8.14. OOO청장의 위임을 받아 청구법인에 대한 2016∼2019사업연도 법인 비정기 통합조사를 실시한 결과, 쟁점토지 전부를 비사업용 토지로 보아 청구법인이 사업용 토지로 하여 과소신고한 양도차익 OOO원은 법인세 과세대상에 해당한다는 내용의 세무조사결과를 통지하였고(아래 OOO 참조), 이에 대해 처분청은 2021.12.7. 청구법인에게 아래 OOO과 같이 2017∼2019사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.2.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인이 쟁점토지를 취득·양도하게 된 경위는 다음과 같다. (가) 청구법인은 AAA 등으로부터 쟁점토지를 취득하여 농업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 농어촌관광 휴양사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 추진하고자 2014년 9월경부터 AAA 외 13명으로부터 투자금을 유치하였다. (나) 한편, OOO는 2014년경에 투자유치과를 설치하여 취득세 감면 등 혜택을 주면서 외국자본의 유치에 공을 들였던 시기였다.

1. 이에 청구법인도 쟁점토지 취득자금 마련 및 향후 중국고객 유치목적으로 중국자본인 CCC(이하 “중국법인”이라 한다)와 2015.6.2. 쟁점토지를 포함한 일대 부지에 쟁점사업을 추진하기로 하는 내용의 OOO프로젝트합작기본합의 및 2015.6.30. 보충합의(OOO프로젝트합작기본합의와 보충합의를 통칭하여 “쟁점계약”이라 한다)를 각각 체결하였다.

2. 쟁점계약의 구체적인 내용은, ① 청구법인이 AAA의 수탁자인 ㈜DDD으로부터 쟁점토지를 포함한 137필지의 토지(이하 “OOO”라 한다)를 취득하고, ② 중국법인은 OOO에 100% 자회사를 설립하며, ③ 청구법인이 구OOO 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법제229조에 따른 관광지 또는 관광단지의 개발사업승인 및 인허가를 취득하게 되면, 청구법인은 OOO와 인허가권을 중국법인이 설립한 자회사에게 양도하면서 동시에 청구법인이 해당 자회사의 지분 20%를 취득하는 방식으로 합자회사를 설립하는 것이었는바, OOO의 취득대금 OOO원은 중국법인 또는 중국법인이 설립한 자회사가 청구법인에게 지급하기로 하였다.

3. 청구법인은 쟁점계약에 따라 중국법인으로부터 OOO의 취득을 위하여 선수금 OOO원을 투자받고, 중국법인이 설립한 자회사인 쟁점자회사의 지분 20%를 취득하였으며, 쟁점사업의 인허가를 위한 작업을 추진하는 등 쟁점계약의 이행에 착수하였다. (다) 쟁점자회사는 OOO에 대하여 OOO에 ‘휴양개발사업 사전입지검토 신청서’를 제출하였으나, OOO는 2016년 4월경 분양형 콘도미니엄 등 숙박시설에 치중된 개발사업을 원칙적으로 지양하고 있다는 이유로 “사전입지 검토가 불가능”하다고 회신하였고, 이후 사드사태로 인한 중국관광객 제한조치 및 OOO도민의 중국자본에 대한 부정적 여론에 따른 자본검증강화 등 여러 사정으로 인하여, 결국 쟁점사업은 무산되게 되었다. (라) 그런데 쟁점계약에 의하면, 쟁점사업의 인허가를 취득하기 위한 용역계약이 체결된 후 24개월 내에 청구법인이 OOO를 취득하지 못하거나, 쟁점사업의 인허가를 득하지 못하는 경우에는, OOO와 관련된 모든 계약(쟁점계약 및 OOO의 토지매매계약 포함) 등이 해제될 수 있고, 이 경우 청구법인은 기투자받은 토지취득대금 및 위약금을 중국법인 또는 쟁점자회사에게 반환하도록 되어 있는바, 청구법인과 쟁점자회사는 구두로 쟁점계약을 해지하기로 하고, 쟁점계약에서 약정한 24개월 후인 2017.5.22.경까지 청구법인이 기투자받은 선수금을 반환하기 위하여 쟁점자회사에게 OOO의 일부를 매도하는 계약을 체결하여 그 소유권을 이전하였는데, 이 때 토지매매대금 총액은 OOO원이고, 그 중 계약금은 기투자받은 선수금과 동일한 금액인 OOO원이었다. (마) 또한, 청구법인은 2017년에 ㈜EEE에게 쟁점토지의 일부를 양도하고, 2019.7.4. ㈜FFF에게 쟁점토지의 일부(OOO)를 양도하였으며, 2016년부터 2019년까지 AAA 등 개인투자자들에게 쟁점토지의 일부를 매도하였는바, 이는 청구법인이 개인투자자들에게 현금으로 상환할 능력이 없었기 때문에 쟁점자회사의 경우와 같이 현금 대신 토지로 투자금을 상환한 것이다.

(2) 청구법인은 쟁점사업을 준비하면서 쟁점토지를 사용하다 양도하였는바, 쟁점토지는 비사업용 토지가 아닌 사업용 토지로 보아야 한다. (가)법인세법제55조의2는 비사업용 토지로 ① 농지(논밭 및 과수원)로서 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지, ② 임야, ③ 목장용지로서 i) 축산업을 주된 사업으로 하는 법인이 소유하는 목장용지 중 대통령령으로 정하는 기준면적을 초과하거나 특별자치도의 도시지역에 있는 목장용지 또는 ii) 축산업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 목장용지를 규정하고 있다. 그러나 다음과 같이 청구법인이 쟁점사업에 사용하기 위하여 쟁점토지를 취득·사용하면서 쟁점사업을 준비하여 왔으나, 부득이한 사유로 쟁점토지를 양도하여 수입을 얻은 경우는, 비사업용 토지에 대하여 중과세를 부과하는 제도의 입법취지에 부합하지 아니한다. (나) 비사업용 토지에 대하여 중과세를 부과하는 제도의 입법취지는 법인의 비사업용 토지에 대한 과세를 강화하기 위한 것으로, 토지를 그 생산력 등 고유한 특성을 활용하는 방식으로 사용하지 아니하고 단순히 거래의 객체로 삼아 양도차익을 통한 재산증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하려는 데 있다는 점을 고려하면, 청구법인과 같이 토지를 지속적으로 사업용으로 사용하기 위한 노력을 다한 경우에까지 비사업용 토지로 보아 중과하는 것은 부당하다. 조세심판원도 “법인세법제55조의2 제1항 제3호에서 비사업용 토지의 양도소득에 대하여 높은 세율을 적용하여 법인세를 추가적으로 납부하도록 한 취지가 토지를 생산적 용도로 사용하지 아니하고 재산증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고, 투기이익을 환수하기 위한 것에 있다는 측면에 비추어, 청구법인의 경우와 같이 지속적으로 사업용으로 사용하기 위한 노력을 다한 쟁점임야에 대하여 이를 비사업용 토지로 중과하는 것은 입법취지에도 어긋난다고 하겠으므로, 청구법인의 쟁점임야 취득목적·목적사업 변경사유·사업진행과정·공사내역 등을 종합적으로 고려할 때, 쟁점임야를 비사업용 토지로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다”고 결정(조심 2010서3311, 2011.11.24. 참조)한바 있다. (다) 청구법인은 쟁점토지를 쟁점사업에 사용하기 위하여 다음과 같은 노력을 하였다.

1. 청구법인은 쟁점사업을 영위하기 위하여 중국법인과 쟁점계약을 체결하고, 투자금을 받아 쟁점토지를 취득하였으며, 쟁점계약에 따라 쟁점자회사의 지분을 취득하였다.

2. 쟁점자회사는 쟁점사업을 추진할 목적으로 사업시행승인 및 인허가 관련 업무 등을 ㈜GGG에 의뢰하고, 2016.2.2.경 전자세금계산서를 수취하였다. 또한, 쟁점자회사는 OOO에 ‘휴양개발사업 사전입지검토 신청서’를 제출하였으나, OOO는 2016년 4월경 분양형 콘도미니엄 등 숙박시설에 치중된 개발사업은 원칙적으로 지양하고 있다는 이유로 ‘사전입지 검토 불가’ 회신을 하였다.

3. 청구법인은 쟁점사업을 계획하면서 승마레저사업을 진행하기 위하여 승용마 사육·판매를 추진하였는바, 청구법인은 2016.2.5.경 OOO에 ‘말산업 육성사업’ 신청을 하여 승인을 받고, 목책을 새로이 설치하면서 2016.4.20. ‘경주마 공동육성 조련시설 사업계획’ 변경승인을 받았으며, ‘2016년 경주마 공동육성 조련시설 사업’ 보조금을 수취하였다. 또한, 청구법인은 쟁점사업에 사용할 조경수를 재배·판매하여 운영비용 등으로 충당하였다.

4. 청구법인은 승용마 사육·판매 및 조경수 재배·판매 등을 하면서 계속하여 쟁점사업을 준비하였으나, 사드사태로 인한 중국관광객에 대한 제한조치 및 OOO의 중국자본에 대한 부정적 여론에 따른 자본검증 강화 등 여러 사정으로 인하여, 쟁점계약에 따른 쟁점사업의 진행이 더욱 어려워지게 되었다. 이에 따라 쟁점사업은 쟁점계약에서 약정한 24개월 후(2017.5.22.경)까지도 사업진행이 어렵게 되었고, 결국 청구법인과 쟁점자회사는 쟁점계약을 해지하기로 하였다. 이에 따라 청구법인은 중국법인으로부터 기투자받은 선수금의 반환을 위하여 쟁점자회사에게 쟁점토지를 포함한 OOO의 일부를 매도하는 계약을 체결하고, 소유권을 이전하였는데, 이 때 토지매매대금 중 계약금은 기투자받은 선수금과 동일한 금액인 OOO원이었다.

5. 청구법인은 쟁점토지에서 말사육 및 조경수 재배 등을 하고, 이를 제조원가명세서 및 업무일지에 반영하였다. 청구법인은주식회사 등의 외부감사에 관한 법률에 따른 외부회계감사를 받았는데, 위와 같은 축산업·농업 등 관련 수익과 비용이 적정으로 판단되어 재무제표에 계상하였다. 또한 OOO시청에서는 청구법인의 토지이용현황을 정기적으로 확인하여 공부상 지목이 아닌 현황지목을 파악한 후 이를 기초로 지방세를 부과하고, 아울러 실제 농업 등을 영위하는지에 대한 실태조사를 하였는데, 이 과정에서 청구법인은 실제 축산업·농업 등을 영위하는 것으로 확인되어 그에 따른 세금을 납부하여 왔다.

6. 청구법인은 2016년부터 2019년까지 개인투자자였던 AAA 등에게 쟁점토지 중 일부를 매도하는 계약을 체결하였는데, 이는 아래 OOO와 같이 청구법인이 AAA 등으로부터 기지급받은 투자금을 변제하기 위하여 쟁점토지를 양도한 것인바, 쟁점토지의 양도에 시세차익을 얻기 위한 목적이 있었다고 볼 수 없다.

7. 한편, 청구법인은 채무변제를 위하여 어쩔 수 없이 쟁점토지를 양도하였으나, 잔존 보유토지에 새로운 관광휴양사업을 추진할 목적으로 2018.10.22.경 OOO 외 1필지 토지를 매수하기도 하였는바, 청구법인은 향후 해당 토지에 OOO와 OOO 사업을 추진할 계획이다.

8. 이와 같이 청구법인은 쟁점사업을 위하여 쟁점토지를 취득하여 쟁점사업 경관조성에 필요한 조경수 재배 및 승마레저사업을 위한 승용마 사육 등의 용도로 사용하여 오다가, 투자금을 변제하기 위하여 부득이하게 채권자들에게 쟁점토지를 양도한 것일 뿐, 시세차익 등을 얻기 위한 목적이 있었던 것이 아닌바, 위와 같은 사정을 종합하여 보면, 쟁점토지는 사업용 토지에 해당한다고 봄이 타당하다

(3) 쟁점토지가 사업용 토지에 해당하지 아니한다 하더라도법인세법제55조의2 제2항 각 호에 따른 비사업용 토지의 요건을 충족하지 아니하는바, 쟁점토지는 중과대상이 아니다. (가) 청구법인은 쟁점사업 등 목적사업을 위하여 쟁점토지를 사용하다 채무변제를 위하여 부득이 양도한 것인바, 이는 우발적·비경상적인 매매에 해당할 뿐, 사업을 위한 것이 아니어서 청구법인이 부동산매매업을 영위하였다고 볼 수 없으므로, 쟁점토지의 양도차익은 ‘주된 사업’ 여부를 판단하는 ‘사업수입금액’에 포함될 수 없다.

1. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유한 농지(법인세법제55조의2 제2항 제1호 가목) 또는 축산업을 주된 사업으로 하는 법인이 소유하는 목장용지로서 일정한 기준면적을 초과하는 목장용지(같은 항 제3호 가목)는 비사업용 토지에 해당한다. 이 때 농지 내지 목장용지를 양도하는 법인이 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우, 농업 내지 축산업을 ‘주된 사업’으로 영위하는지가 문제되는데, 이 때 ‘주된 사업’은 ‘사업별 사업수입금액이 큰 사업’을 의미한다. 그런데 다음과 같이 청구법인은 부동산매매를 업으로 하지 아니하였으므로, 쟁점토지의 비사업용 토지 해당여부를 판단하기 위한 ‘사업’ 및 ‘사업수입금액’에 ‘부동산매매’ 및 ‘부동산양도수입’은 포함되지 아니한다 할 것이다.

2. 어느 행위를 “영업으로 한다”는 것은 “영리를 목적으로 동종의 행위를 계속적·반복적으로 하는 것(대법원 1994.4.29. 선고 93다54842 판결 참조)”을 의미하는데, 이 때 영리목적의 존부는 대외적으로 인식될 수 있어야 한다. 부가가치세법상 부동산매매업인지 여부와 관련하여, 대법원은 “부동산의 거래행위가 부동산매매업의 일환으로 이루어진 것으로서 부가가치세법상의 과세대상이 되는 재화의 공급에 해당하는지 여부는 그 거래행위가 수익을 목적으로 하고, 그 규모, 횟수, 태양 등에 비추어 사업활동으로 볼 수 있는 정도의 계속성과 반복성이 있는지 여부 등을 고려하여 사회통념에 비추어 판단하여야 한다.”라고 판시(대법원 2000.12.26. 선고 99두6071 판결 참조)하였다. 또한,소득세법상 사업소득인지 아니면 양도소득인지와 관련하여, 대법원은 “부동산의 양도로 인한 소득이소득세법상 사업소득인지 혹은 양도소득인지는 양도인의 부동산 취득 및 보유현황, 조성의 유무, 양도의 규모, 횟수, 태양, 상대방 등에 비추어 그 양도가 수익을 목적으로 하고 있는지 여부와 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 하고, 그 판단을 함에 있어서는 단지 당해 양도 부동산에 대한 것뿐만 아니라, 양도인이 보유하는 부동산 전반에 걸쳐 당해 양도가 행하여진 시기의 전후를 통한 모든 사정을 참작하여야 한다.”라고 판시(대법원 1984.9.11. 선고 83누66 판결, 대법원 2010.7.22. 선고 2008두21768 판결, 대법원 2014.3.13. 선고 2012두7370 판결 등 참조)한바 있다. 위와 같은 내용을 종합하여 보면, 부동산매매가 사업으로 행하여진 것인지 여부는 양도인의 부동산 취득 및 보유현황, 조성의 유무, 양도의 규모, 횟수, 태양, 상대방 등에 비추어 그 양도가 수익을 목적으로 하고 있는지 여부와 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 할 것이다.

3. 청구법인의 경우, 다음과 같이 청구법인이 부동산매매를 업으로 하였다고 볼 수 없다.

  • 가) 청구법인은 쟁점사업을 영위하기 위하여 쟁점토지를 취득하고, 쟁점계약을 체결하였으며, 쟁점토지를 쟁점사업 경관조성에 필요한 조경수 재배 및 승마레저사업을 위한 승용마 사육 등의 용도로 사용하여 왔는바, 청구법인은 쟁점사업을 위하여 쟁점토지를 취득하고, 그에 따른 용도로 사용하여 온 것이므로, 토지의 양도차익을 얻기 위하여 쟁점토지를 취득한 것으로 볼 수 없다. 즉, 청구법인은 쟁점토지를 청구법인의 사업목적인 농어촌 관광휴양사업, 농업, 축산업 등을 위하여 취득한 것일 뿐, 부동산매매업을 영위하기 위하여 취득한 것이 아니다.
  • 나) 청구법인이 쟁점토지를 매도한 이유는 채권자들에 대한 채무변제를 위하여 우발적·비경상적으로 쟁점토지를 매도한 것일 뿐, 부동산매매업을 영위하기 위하여 매도한 것이 아니다. 청구법인은 2014년부터 2015년까지 쟁점토지를 취득하고 쟁점사업을 진행하려 하였으나, 운영이 어려워지고 채무변제일이 다가오면서 2017년부터 2019년까지 쟁점토지를 매도할 수밖에 없었다. 2017년부터 2019년까지 청구법인의 채무내역은 아래 OOO와 같다. 위 OOO와 같이 청구법인은 2017년 1월에 약 OOO원(원금 OOO원, 이자 OOO원)의 채무를 부담하고 있었는데, 2017년 중반부터 쟁점자회사에 대한 투자금 반환시기가 도래하고 있었다. 청구법인은 2017년 5월 쟁점자회사에 쟁점토지를 양도하면서 쟁점사업의 진행이 어려워졌을 뿐만 아니라, 청구법인 대표자인 BBB의 형이자 사업파트너였던 CCC이 투병하게 되면서 쟁점사업의 진행이 사실상 불가능하게 되었다. 이에 청구법인은 채무변제를 위하여 남은 쟁점토지를 양도하게 되었고, 양도대금은 채무변제와 승용마 사업 등의 유지비용으로 사용되었다. 위 OOO에서 보는바와 같이, 양도대금 대부분은 채무변제에 사용되어 2017.12.31.에는 채무가 약 OOO원(원금 OOO원, 이자 OOO원)으로 감소하였다. 청구법인은 이후에도 경영난으로 인하여 상당한 신규차입금을 부담하였고, 해당 채무의 변제를 위하여 쟁점토지의 상당부분을 양도하게 되었다.
  • 다) 특히, 청구법인이 쟁점자회사에 매도한 267,297㎡의 토지, DDD에게 매도한 3,181㎡의 토지 중 일부 지분(1495/3181) 및 AAA, EEE에게 매도한 21,477㎡의 토지는 채무변제의 목적으로 채권자에게 양도한 것이므로, 사업수입을 얻기 위한 목적이 있었다고 볼 수 없다. 쟁점사업을 위한 인허가 취득이 난항에 부딪히고, 투자금 반환일자가 다가오면서 청구법인은 2017년 5월경부터 부득이하게 투자금을 반환하기 위하여 투자자에게 쟁점토지를 매도하게 된 것인바, 청구법인이 부동산매매업을 영위하기 위하여 쟁점토지를 매매한 것이라 볼 수 없다.
  • 라) 또한 청구법인은 2017.6.23. ㈜EEE에게 쟁점토지 중 OOO 등 14필지를 양도하였는데, 이 때 양도된 토지는 당초 OOO원에 취득한 토지이나, 양도가액은 그에 못미치는 OOO원이었으므로 청구법인이 양도차익을 수취하지도 아니하였다.
  • 마) 청구법인은 설립 당시 법인의 목적사업으로 부동산매매업·개발업·임대업 등을 등록하였다가 2018.10.4. 삭제한 바 있는데, 당초 위와 같이 등록한 이유는 청구법인의 목적사업인 농어촌 관광휴양사업에 필수적으로 부동산매매가 수반되기 때문에 목적사업 중 일부로서 등록한 것이지, 부동산매매업을 독립된 사업으로 영위하기 위하여 등록한 것이 아니었다.
  • 바) 쟁점토지는 청구법인의 유형자산이므로, 이를 매도하여 이익을 얻은 것은 유형자산처분이익에 해당하고, 사업으로 인한 매출에 해당한다고 할 수 없다. 따라서 청구법인은 표준손익계산서에 승용마 및 조경수 판매수입 등에 대하여는 매출액으로 회계처리하였으나, 쟁점토지의 양도차익에 대하여는 영업외수익인 유형자산처분이익으로 회계처리하였다.

4. 이와 같이 청구법인은 쟁점토지를 쟁점사업 등 목적사업에 사용하기 위하여 취득한 것이지 부동산매매용으로 취득한 것이 아닌 점, 쟁점사업의 인허가 취득이 어려워지고 OOO의 관광개발사업에 대한 규제가 강화되는 등 쟁점사업의 진행이 어려운 상황에서 채무변제를 위하여 부득이 쟁점토지를 양도한 것인 점, 쟁점토지 중 일부는 대물변제로 투자자에게 양도된 것인 점, 토지취득원가보다 더 적은 금액에 양도된 경우도 있었던 점 등을 종합하여 보면, 청구법인은 우발적·비경상적으로 쟁점토지를 양도한 것이지 부동산매매업을 영위하면서 쟁점토지를 양도한 것은 아니라 할 것이다. 따라서 쟁점토지의 양도차익은 ‘주된 사업’ 여부를 판단하는 기준인 ‘사업별 사업수입금액’에서 제외되어야 한다. (나) 쟁점토지는법인세법제55조의2 제2항 각 호에 따른 비사업용 토지의 요건에 해당하지 아니한다.

1. 청구법인의 각 사업연도별 ‘주된 사업’ 내역은 아래 OOO과 같이 2017사업연도에는 조경수 매출액(농업)이 컸으므로 농업이 주업이었고, 2018사업연도 및 2019사업연도에는 말 판매 매출액(축산업)이 컸으므로 축산업이 주업이었다.

2. 쟁점토지 중 2017사업연도에 양도한 토지는 “농업을 주업으로 하는 법인이 양도한 농지”로서 비사업용 토지에 해당하지 아니한다.

  • 가) 전술한 바와 같이 2017사업연도에는 농업이 주된 사업이므로 이 기간의 농지 양도소득은법인세법제55조의2 제2항 제1호에 따른 비사업용 토지에 해당할 여지가 없다.
  • 나) 한편,법인세법제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의하는 것(같은 법 시행령 제92조의4 본문)인바, 공부상의 등재현황에도 불구하고 사실상의 현황이 농지인 경우에는 농지를 양도한 것으로 보아야 하는데, OOO시청의 2016년 토지지목 현황 자료에 의하면, 2017년에 양도된 토지 중 공부상 지목은 임야이나 현황지목은 농지인 경우가 다소 존재하는바, 이러한 토지들은 “2017사업연도 당시 농업을 주업으로 하는 법인이 양도한 농지”에 해당하는 것으로 볼 수 있고, 청구법인이 쟁점토지 중 사업용 토지로 신고한 토지 또한 아래 OOO과 같이 현황지목이 농지에 해당한다. 이와 같이 2017사업연도에 양도된 쟁점토지 중 실제 현황이 농지인 토지(총 양도가액 OOO원)는 “농업을 주업으로 하는 법인이 양도한 농지”에 해당하므로 비사업용 토지로 볼 수 없다.

3. 쟁점토지 중 2018∼2019사업연도에 양도한 토지는 “축산업을 주업으로 하는 법인이 양도한 목장용지”로서 비사업용 토지에 해당하지 아니한다.

  • 가) 2018∼2019사업연도에는 청구법인의 주된 사업이 축산업이었으므로 이 기간의 목장용지 양도소득은법인세법제55조의2 제2항 제1호에 따른 비사업용 토지에 해당할 여지가 없다.
  • 나) 축산업을 주된 사업으로 하는 법인이 소유하는 목장용지로서 대통령령으로 정하는 축산용 토지의 기준면적을 초과하지 아니하는 목장용지는 비사업용 토지에 해당하지 아니하고, 이 때 대통령령으로 정하는 축산용 토지의 기준면적이란 아래 OOO과 같다.
  • 다) 2018∼2019사업연도에 청구법인의 주된 사업은 축산업이고, 아래 OOO와 같이 사업용 토지의 기준면적을 충족하고 있다.
  • 라) 따라서 쟁점토지 중 2018∼2019사업연도에 양도된 목장용지는 비사업용 토지에 해당하지 아니한다.
  • 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 쟁점사업을 준비하면서 쟁점토지를 사업용으로 사용하기 위한 노력을 다하였으나, 부득이한 사유로 양도하였으므로 쟁점토지는 사업용 토지에 해당하고, 이런 경우에까지 중과하는 것은법인세법제55조의2 제1항 제3호의 비사업용 토지에 대한 중과제도의 입법취지에 부합하지 아니한다고 주장하나, (가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는바(대법원 2001.3.15. 선고, 2000두7131 판결 등 참조), 법인세법제55조의2에 의하면, 임야는 ‘대통령령으로 정하는 것’을 제외하고 원칙적으로 비사업용 토지로 보아야 하고, 농업 및 축산업을 ‘주된 사업’으로 하지 아니하는 법인이 소유한 농지 및 목장용지 또한 비사업용 토지로 보아야 한다고 규정하고 있어, 그 근거규정이 명확함에도 비사업용 토지에 대한 중과제도의 입법취지에 부합하지 아니하여 위법하다는 청구주장은 법령의 명시적 문언에 반하는 해석으로 받아들일 수 없다. 또한,법인세법제55조의2 제3항 및 같은 법 시행령 제92조의11 및 같은 법 시행규칙 제46조의2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등)는 해당 규정에서 열거한 일정한 토지만을 과세제외하는 ‘부득이한 사유’로 열거하고 있는데, “토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지” 등 부동산을 취득하기 전에 없던 법령상 금지나 제한 또는 정당한 사유가 그 취득 후에 발행하여 본래 의도한 목적대로 사용하지 못한 상황이 발생한 것을 전제하고 있는 등 법령상 요건에 따라 “부득이한 사유”를 판단하여야 하는바, 청구법인이 쟁점사업을 준비하여 왔다고 하여 쟁점토지를 법령에서 정한 비사업용 토지에서 제외할 만한 “부득이한 사유”가 있다고 보기 어렵다(조심 2019서391, 2019.7.30. 참조). (나) 청구법인은 쟁점토지를 지속적으로 사업용으로 사용하기 위한 노력을 다하였다고 주장하나, 쟁점토지는 취득할 당시부터 국토의 계획 및 이용에 관한 법률및 다른 법령에 따라 경관보전지구, 생태계보전지구 및 지하수자원보전지구로 쟁점사업에 사용할 수 있을지 여부가 불투명한 상태였고, 쟁점사업의 진행상황을 파악할 수 있는 증빙은 청구법인이 아닌 쟁점자회사가 2016.3.31. OOO 관광산업과로부터 받은 ‘사전입지검토서 신청에 따른 회신(사전입지 검토가 불가함)’뿐으로, 실질적으로 쟁점사업이 진행된 내용이 전혀 없어 청구법인이 쟁점사업을 하기 위해 노력을 다하였다고도 볼 수 없을 뿐만 아니라, 쟁점토지의 지목은 농지, 임야 및 목장용지로서 관광휴양사업용으로 사용한 경우라 하더라도 사업용 토지로 볼 수 있는 지목에 해당하지 아니한다. (다) 청구법인은 2014.6.24. 법인 설립 시부터 목적사업에 농·축산업 외에도 부동산매매업·개발업·임대업, 부동산관리업, 분양업, 대지조성사업, 토지개발사업, 부동산컨설팅업 등을 등재하였다가 2018.10.2.에야 삭제하였는바, 법인 설립 시부터 부동산매매업에 대한 의사표시가 있었다고 보는 것이 타당하다. 또한, 청구법인의 대표이사 BBB는 2021.7.26. 조사청과의 문답 시 사업목적에서 부동산매매업 등을 삭제하게 된 사유에 대하여 “농업회사법인이 부동산관련업을 하는 경우 OOO의 제재가 심해졌기 때문”이라고 진술한바 있다. (라) 청구법인은 쟁점토지를 AAA으로부터 2014.10.1. 취득하였는데, 이를 위하여 2014년 9월경부터 AAA 외 13인으로부터 투자금을 유치하였는바, 당시 작성한 투자확인서를 살펴보면, “이익금은 투자금의 1배∼1.5배를 지급하되 쟁점토지를 개발 또는 제3자에게 매도하여 이익금이 발생할 시 지급하거나, 2020.2.29. 일부 토지의 매각대금의 잔금을 받는 때에 지급한다.”라고 되어 있고, 5년간 계상한 이자비용이 OOO원에 달하는 등 쟁점토지 취득 당시부터 시세차익을 목적으로 쟁점토지를 양도하였다고 보는 것이 타당하다. (마) 청구법인은 쟁점토지 취득당시 취득자금을 마련하기 위하여 중국법인과 쟁점계약을 체결하였는데, 그 주요내용을 살펴보면, 중국법인은 OOO에 100% 자회사를 설립하고, 청구법인은 쟁점토지를 포함한 OOO에 관광단지개발 인·허가권을 획득한 후 OOO 및 인·허가권을 쟁점자회사에게 양도하며, 청구법인은 쟁점자회사의 지분 20%를 취득하는 것으로 되어 있다. 중국법인은 쟁점계약에 따라 청구법인에게 2015.7.30. 투자금 OOO원을 지급하였고, 청구법인은 이를 쟁점토지의 취득비용으로 사용하였는바, 이를 보아도 청구법인이 쟁점토지 취득당시부터 부동산개발 및 매매의 의도가 있었음을 알 수 있다. (바) 청구법인이 쟁점토지를 포함하여 2014년부터 2019년까지 취득한 토지는 149필지(810,843㎡)로 취득가액이 OOO원에 달하고, 같은 기간 양도한 토지(쟁점토지)는 129필지(689,224㎡)로 양도가액이 OOO원에 달하는 점으로 볼 때, 청구법인이 투자금 반환 등 불가피한 사정으로 쟁점토지를 양도하였다 하더라도 단기간에 OOO원의 양도차익이 발생한 것은 명백한 사실이다. (사) 청구법인은 쟁점토지를 사업용으로 사용하였다고 주장하나, 토지면적이 810,843㎡인 방대한 토지에 한라마 매입 두수는 35두, 생산두수도 1년에 12~16두에 불과하고, 말 사육 초기에 짧은 기간 동안 사육전문가를 고용하였을 뿐, 말 관련 전문가도 없이 대표이사의 형인 CCC이 말을 사육하였다고 진술하고 있는 점, 쟁점토지에 수목을 식재·관리하였다고 하나, 위성지도 상 쟁점토지의 외형이 청구법인이 취득하기 이전부터 양도한 이후까지 큰 변화가 없는 점, 쟁점계약 보충합의서 제1조 선결조건 6항에 “농업회사법인의 자격을 유지하기 위한 대한민국법령상의 요구를 충족할 것”이라는 내용이 있는 점 등을 고려할 때, 청구법인은 농업회사법인의 형태를 유지하기 위한 최소한의 형식만을 갖추고 있었던 것으로 보인다. (아)법인세법제55조의2는 법인의 각 사업연도 소득금액에 따라 납부하는 법인세 이외에 일정요건에 해당되는 비사업용 토지의 양도에 따른 매매차익에 대하여 추가로 법인세를 납부하도록 하고 있는 데, 과세특례 과세대상으로 비사업용 토지를 추가한 이유는 법인의 비사업용 토지에 대한 과세를 강화하기 위한 것으로 토지를 생산적 용도로 사용하지 아니하고 재산증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하기 위한 것으로, 임야는 원칙적으로 비사업용 토지에 포함되는 것으로 보되, 예외적으로 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 토지에 대하여 그 취득주체인 법인의 성격이나 토지의 용도 등에 비추어 투기목적이 없는 사업용임이 명백한 사례에 한하여 구체적으로 열거하는 규정방식을 취하고 있는 것은, 임야의 경우 부동산 투기에 이용될 우려가 더욱 크다고 보아 비사업용 토지 여부의 판정기준을 강화하여 법인이 사업을 빙자하여 과다한 임야를 취득하는 것을 방지하려는데 그 목적이 있다고 할 것이다(OOO행정법원 2016.11.18. 선고 2016구합67417 판결 참조). 청구법인은 쟁점토지 보유기간 내내 ‘부동산매매업’을 주된 사업으로 등재하였고, 쟁점토지는 임야, 농지, 목장용지에 해당하는바, 원칙적으로 모두 비사업용 토지로 보아야 한다. (자) 청구법인은 부동산개발 및 양도차익 실현을 목표로 투자금을 유치하고 쟁점사업의 개발프로젝트를 진행하였다는 것이 여러 정황 및 증거로 확인되고, 설령 쟁점사업이 도중에 무산되었다 하더라도 단기간 OOO원에 달하는 막대한 양도차익을 남긴 것이 명백함에도 5년간 수입금액이 OOO원에 불과한 농·축산업을 청구법인의 주업이라 하여 쟁점토지를 사업용 토지라고 주장하는 것은 법규의 취지에도 반하는 것으로 받아들일 수 없다.

(2) 청구법인은 쟁점토지의 양도가 우발적·비경상적인 매매에 해당할 뿐, 사업을 위한 것이 아니어서 부동산매매업에 해당한다고 볼 수 없고, 따라서 쟁점토지의 양도차익은 주된 사업을 판단하는 ‘사업수입금액’에 해당하지 아니하며, 결과적으로 청구법인은 농업 및 축산업을 주업으로 하였으므로 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당하지 아니한다고 주장하나, (가) 전술한바와 같이 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 해석할 것인바,법인세법제55조의2는 ‘농지’의 경우, 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지는 원칙적으로 비사업용 토지에 해당하고(제2항 제1호), ‘임야’의 경우에는, 법령에서 규정한 예외적인 경우를 제외하고 원칙적으로 비사업용 토지에 해당하며(제2항 제2호), ‘목장용지’의 경우에는, 축산업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지는 비사업용 토지에 해당(제2항 제3호)한다고 규정하고 있다. 또한, 주된 사업이 무엇인지에 대한 판정은 같은 법 시행령 제92조의5 제2항 제1호 및 제92조의7 제3항 제1호에 따라 사업수입금액을 기준으로 판단하도록 규정하고 있다. (나) 청구법인은 아래 OOO과 같이 각 사업연도의 농·축산업 관련 수입금액보다 쟁점토지 양도차익이 절대적인 부분을 차지하는바, 해당 과세기간의 청구법인의 주된 사업은 부동산매매업이라 할 것이다. (다) 다수의 판례에서 비사업용 토지 판정과 관련된 주된 사업의 판정 시 양도대금을 수입금액으로 계상하였는지, 또는 양도차익을 유형자산처분이익으로 계상하였는지 여부에 불구하고 예외 없이 양도대금을 사업수입금액으로 판단하였고, 취득·양도의 목적이나 사정·행태에 따른 예외규정이 없음에도 청구법인이부가가치세법소득세법상 사업성 여부를 참고하여 쟁점토지 양도대금의 수입금액 포함 여부를 판단한다면 조세법규의 지나친 확대해석으로 부당하다. 또한, 조세심판원은 토지 등 양도에 따른 유형자산처분이익도 수입금액에 포함하여 주된 사업을 판단하여야 한다고 결정(조심 2018부1576, 2018.6.29. 등)한바 있는 등 부동산 양도소득을 제외한 다른 사업수입금액만을 기준으로 주된 사업을 판단하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부

② 청구법인은 부동산매매업을 주업으로 영위하지 아니하였으므로 법인세법 시행령제92조의5 제2항 제1호 및 제92조의7 제3항 제1호에 따른 ‘주된 사업’ 판정 시 쟁점토지 양도차익을 사업수입금액에 포함하여서는 아니된다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 조사청이 작성한 조사종결보충조서에 의하면, 다음과 같은 사항이 확인된다. (가) 쟁점토지는 지목이 농지, 임야, 목장용지로법인세법제55조의2 및 같은 법 시행령 제92조의3∼7의 규정에 따라 비사업용 토지의 범위에 해당하여 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세대상에 해당하나, 청구법인은 쟁점토지 중 일부토지만을 양도소득에 대한 법인세를 신고하는 방법으로 법인세 OOO원을 과소신고하였다. (나) 위 규정에 의하면, 농지의 경우 농업을 주된 사업으로 하지 않는 법인이 소유하는 경우, 목장용지의 경우 축산업을 주된 사업으로 하지 않는 법인이 소유하는 경우, 임야의 경우 법에 열거한 경우를 제외하면 모두 원칙적으로 비사업용 토지에 해당한다. (다) 청구법인은 2014년 6월 설립 시점부터 법인등기사항전부증명서상 농업 이외에 부동산매매업·개발업 등을 사업목적으로 명시하고 있었고, 2016년∼2019년 부동산매매 관련 수입금액(유형자산처분이익)은 OOO원인데 반해 농업 등 수입금액은 OOO원으로, 법인세법 시행령 제95조의5 제2항 등에서 규정한 주업의 판정기준인 수입금액기준에 따르면, 청구법인은 농업이 아닌 부동산매매가 주업인 법인에 해당한다. (라) 청구법인은 2015.8.7. AAA으로부터 OOO 등 138필지를 OOO원에 취득하면서 자금조달 목적으로 2015.6.30. 중국법인과 쟁점계약을 체결하였는바, 쟁점계약서에는 청구법인이 상기 부동산을 개발하고 허가 등을 받아 쟁점자회사에게 토지 및 인허가권을 OOO원에 양도하고, 중국법인이 설립한 쟁점자회사의 주식지분 20%를 취득하는 조건으로 중국법인으로부터 투자금(선급금) OOO원을 받은 것으로 확인된다. (마) 청구법인은 이후 쟁점사업이 정상적으로 진행되지 않자 쟁점자회사 등에 필지를 분할하여 지속적으로 토지를 양도하는 등 쟁점토지는 취득 당시부터 영농·축산 등의 목적이 아닌 개발 및 투자목적으로 취득한 것으로 확인된다. (바) 청구법인은 중국법인의 투자금 이외에도 개인투자자 및 은행으로부터 자금을 조달하여 2014년부터 OOO 내에 149필지(865,102m²)의 토지를 OOO원에 취득하고, 129필지(697,579㎡)의 토지를 OOO원에 처분하여 OOO원의 시세차익을 얻은 것으로 확인된다. (사) 부동산 거래가격, 규모, 횟수, 형태 등의 제반사정을 종합해 보아도 청구법인의 부동산 거래행위는 수익을 목적으로 계속적인 사업활동의 일환으로 이루어진 것으로 사실상 부동산매매가 주업인 법인으로 판단된다. (아) 상기 조사내용과 같이 청구법인은 토지 보유기간 내내(법인세법 시행령제92조의3으로 정하는 기간) 부동산 매매업을 주된 사업으로 하였으므로, 농업이나 축산업을 주업으로 하지 아니하는 청구법인이 취득·양도한 농지, 임야, 목장농지는 비사업용 토지에 해당하고, 2017년∼2019년 과세기간 동안 발생한 비사업용 토지에 대한 양도차익 OOO원 중 과소신고한 OOO원은 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세대상에 해당한다.

(2) 청구법인의 법인등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 법인 설립 시 목적사업으로 농·축산물 생산 및 판매업 등 농·축산업 관련 업종과 함께 부동산매매·개발·임대업 등 부동산 관련 업종을 등재하였다가 2018.10.2. 부동산 관련 업종을 삭제한 것으로 나타난다. 한편, 청구법인의 대표이사 BBB는 2021.7.26. 조사청과의 문답 시 청구법인의 사업목적에서 부동산 관련 업종을 삭제하게 된 사유에 대하여 “농업회사법인이 부동산관련업을 하는 경우 2018년 취득세 감면 배제 등 OOO의 제재가 강화되었기 때문”이라고 진술한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인의 2016∼ 2020사업연도 법인세신고서 상 손익계산서 및 제조원가명세서에 의하면, 아래 OOO과 같이 해당 과세기간 중 청구법인의 매출액 합계는 OOO원, 유형자산처분이익 합계는 OOO원, 이자비용 합계는 OOO원으로 나타난다. 한편, 청구법인의 매출액 계정별원장에 의하면, 청구법인은 2017사업연도에 OOO원, 2018사업연도에 OOO원, 2019사업연도에 OOO원, 2020사업연도에 OOO원의 수목 및 말 판매분 매출액을 계상한 것으로 나타나고, 청구법인의 세금계산서·계산서 수취내역에 의하면, 청구법인은 배합사료 구매 및 말 진료비 등 축산업 관련으로 2016사업연도에 OOO원, 2017사업연도에 OOO원, 2018사업연도에 OOO원, 2019사업연도에 OOO원, 2020사업연도에 OOO원의 세금계산서 및 계산서를 수취한 것으로 나타난다.

(4) 청구법인이 2014년부터 2016년까지 AAA 등 개인투자자들과 투자약정을 체결하고 작성한 투자확인서 및 차용계약서에 의하면, 청구법인은 쟁점토지를 개발 또는 제3자에게 매도하여 투자이익금이 발생할 시 원금 및 이익금(투자금의 1배∼1.5배)을 개인투자자들에게 지급하기로 약정한 것으로 나타난다.

(5) 청구법인이 중국자본을 유치하기 위하여 2015.6.30. 중국법인과 체결한 쟁점계약에 의하면, 청구법인은 토지를 취득하고, 24개월 이내에 쟁점사업에 대한 인허가권을 취득하여 중국법인이 설립한 쟁점자회사에게 해당 토지와 인허가권을 양도하며, 청구법인은 쟁점자회사의 지분 20%를 취득하기로 약정한 것으로 나타난다.

(6) OOO가 2016.3.31. 쟁점자회사에게 통보한 ‘실버&키즈 OOO 휴양개발사업 사전입지검토 신청서 회신’ 제하의 공문서에 의하면, OOO는 쟁점자회사가 신청한 쟁점사업 사전입지검토 신청에 대하여 “분양형 콘도미니엄 등 숙박시설에 치중된 개발사업은 원칙적으로 지양하고 있으므로 사업계획서를 검토한 결과 우리 도의 개발방침과 부합되지 않아 사전입지 검토가 불가능함을 알려드리오니 양지하시기 바랍니다”라고 회신한 것으로 나타난다. 한편, 청구법인은 쟁점사업을 추진하기 위하여 사업시행승인 인허가업무 등을 ㈜GGG에 의뢰하였으나, OOO의 인허가 불승인으로 실제 공사착공 등의 개발행위는 없었던 것으로 나타나고, OOO의 인허가 불승인 이후 청구법인의 투자유치, 토지취득 등이 계속적으로 이루어졌으나, 사업추진이나 개발행위 등이 이루어진 사실은 없다.

(7) 청구법인은 수목 재배·판매 등 농업 및 승용마 사육·판매 등 축산업을 영위하는 데에 쟁점토지를 사용하였다고 주장하며 제조원가명세서 및 계정별원장, 마필보유현황, 현장업무일지, 현장업무 사진자료, 승용마 조련시설 지방자치단체 보조금 수령 및 집행자료 등을 제출하였는바, 그 세부내용은 다음과 같다. (가) 청구법인의 2016∼2020사업연도 제조원가명세서 및 소모품비 계정별원장에 의하면, 청구법인은 소모품비로 자재구입, 농약, 공구, 사료, 건초대금 및 소모품대 등을 계상한 것으로 나타난다. (나) 청구법인의 마필보유현황에는 한라마 39필의 이전소유자, 마종, 마명, 성별, 출생연도 및 마번 등이 기재되어 있는 것으로 나타난다. (다) 청구법인의 2016년~2019년 현장업무일지에는 일자별로 작업인원, 작업내용(농장 내 시설물관리, 말관리 등) 및 지출액이 기재되어 있는 것으로 나타나고, 현장업무 사진자료에는 펜스설치작업, 말관리 등의 모습이 촬영되어 있다. (라) 승용마 조련시설 지방자치단체 보조금 수령 및 집행자료에 의하면, 청구법인은 2016년 4월부터 2016년 12월까지 OOO 외 4필지(쟁점토지 중 일부)에서 한라마 사육시설 조성사업(목책설치)을 추진하고, 지방자치단체 보조금을 수령한 사실 등이 나타난다.

(8) OOO가 작성한 ‘2016년∼2020년 토지이용현황에 따른 현황지목’ 자료에 의하면, 공부상 지목이 임야인 쟁점토지의 일부는 현황지목이 농지인 것으로 나타나고, ‘2016년∼2020년 토지 정기과세내역서’에 의하면, 쟁점토지의 현황지목에 따라 재산세가 부과된 것으로 나타난다.

(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당한다고 주장하나, 1)법인세법제55조의2에서 법인의 비사업용 토지의 양도소득에 대하여 법인세를 중과하는 취지는, 법인의 비사업용 토지에 대한 과세를 강화하기 위한 것으로서 토지를 그 생산력 등 고유한 특성을 활용하는 방식으로 사용하지 아니하고 단순히 거래의 객체로 삼아 양도차익을 통한 재산증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하려는데 있고, 농지나 목장용지 등의 경우와 달리 임야에 관하여는 원칙적으로 비사업용 토지에 포함되는 것으로 보고 예외적으로 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 토지를 그 취득주체인 법인의 성격이나 토지의 용도 등에 비추어 투기목적이 없는 사업용임이 명백한 사례에 한정하여 구체적으로 열거하는 규정방식을 취한 것은, 임야의 경우 부동산 투기에 이용될 우려가 더욱 크다고 보고 비사업용 토지 여부의 판정기준을 강화하여 법인이 사업을 빙자하여 과다한 임야를 취득하는 것을 방지하려는데 그 목적이 있다 할 것인바, 2) 법인세법제55조의2는 농지의 경우, ‘농업을 주된 사업’으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지는 원칙적으로 비사업용 토지에 해당하고(제2항 제1호), 임야의 경우에는, 법령에서 규정한 예외적인 경우를 제외하고 원칙적으로 비사업용 토지에 해당하며(제2항 제2호), 목장용지의 경우에는, ‘축산업을 주된 사업’으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지는 비사업용 토지에 해당(제2항 제3호)한다고 규정하고 있는 점, 3) 쟁점토지의 지목은 농지·임야·목장용지로서 청구법인은 쟁점토지 보유기간 동안 OOO로부터 쟁점토지에 대한 쟁점사업 인허가권을 취득하지 못하여 실제 쟁점토지에 대한 개발행위가 없었던 것으로 보이고, 이로 인하여 쟁점토지의 지목이 변경된 사실도 없었던 것으로 보이는 점, 4) 청구법인이 2014년부터 2016년까지 AAA 등 개인투자자들과 투자약정을 체결하고 작성한 투자확인서 및 차용계약서에 의하면, 청구법인은 쟁점토지를 개발 또는 제3자에게 매도하여 투자이익금이 발생할 시 원금 및 이익금(투자금의 1배∼1.5배)을 개인투자자들에게 지급하기로 약정한 것으로 나타나고, 청구법인이 중국자본을 유치하기 위하여 2015.6.30. 중국법인과 체결한 쟁점계약에 의하면, 청구법인은 토지를 취득하고, 24개월 이내에 쟁점사업에 대한 인허가권을 취득하여 중국법인이 설립한 쟁점자회사에게 해당 토지와 인허가권을 양도하며, 청구법인은 쟁점자회사의 지분 20%를 취득하기로 약정한 것으로 나타나는바, 청구법인이 농·축산업을 영위할 목적으로 쟁점토지를 취득하였다고 보기 어려워 보이는 점, 5) 청구법인의 2016∼ 2020사업연도 법인세신고서 상 손익계산서 및 제조원가명세서에 의하면, 해당 과세기간 중 청구법인의 유형자산처분이익은 OOO원, 이자비용은 OOO원인 반면, 농·축산업 관련 매출액은 OOO원에 불과하여 청구법인의 주된 사업은 부동산매매업에 해당하는 것으로 보이는 점,

6. 비사업용 토지 해당 여부와 관련하여 법인세법 시행령제92조의11 제1항 제1호는 “토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지”에 대하여 그 사용이 금지 또는 제한된 기간 동안을, 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제13호는 “당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지”에 대하여 당해 사유가 발생한 기간 동안을 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 것으로 규정하고 있는데, 그 문언상 위 특례규정은 부동산의 취득 후에 어떠한 제한이나 사유가 발생한 경우에 적용되는 것으로, 부동산을 취득하기 전에는 없던 법령상 금지나 제한 또는 정당한 사유가 그 취득 후에 발생하여 해당 부동산을 본래 의도한 목적대로 사용하지 못할 상황이 발생한 경우를 전제하고 있는 것으로 해석되는바(조심 2019서391, 2019.7.30., 같은 뜻임), 청구법인이 쟁점사업의 인허가권을 취득하지 못하여 쟁점사업이 중단된 것에 대하여 위 특례규정을 적용할 수도 없어 보이는 점 등에 비추어, 쟁점토지는 “농·축산업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 양도한 농지·임야·목장용지”로서 비사업용 토지에 해당하는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 부동산매매업을 주업으로 영위하지 아니하였으므로 법인세법 시행령제92조의5 제2항 제1호 및 제92조의7 제3항 제1호에 따른 ‘주된 사업’ 판정 시 쟁점토지 양도차익을 사업수입금액에 포함하여서는 아니된다고 주장하나, 청구법인은 2014년 법인 설립 시부터 쟁점토지를 양도한 시점까지 법인등기사항전부증명서상 사업목적에 부동산매매·개발·임대업 등 부동산 관련 업종을 등록·유지해 왔고, 청구법인이 2018.10.2. 부동산 관련 업종을 사업목적에서 삭제한 것은 “농업회사법인이 부동산관련업을 하는 경우 2018년 취득세 감면 배제 등 OOO의 제재가 강화되었기 때문”으로 보이는 점, 법인세법 시행령제92조의5 제2항 제1호 및 제92조의7 제3항 제1호에 따른 ‘주된 사업’을 판정하는 경우, 토 지 등 양도에 따른 유형자산처분이익은 수입금액에 포함되는 것인바(조심 2018부1576, 2018.6.29. 등, 같은 뜻임), 청구법인의 2016∼ 2020사업연도 법인세신고서 상 손익계산서 및 제조원가명세서에 의하면, 해당 과세기간 중 청구법인의 유형자산처분이익은 OOO원, 이자비용은 OOO원인 반면, 농·축산업 관련 매출액은 OOO원에 불과한 점 등에 비추어, 청구법인의 주된 사업은 부동산매매업에 해당하는 것으로 보이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (다) 따라서 처분청이 쟁점토지 전부를 비사업용 토지로 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등

(1) 법인세법 제55조의2[토지의 양도소득에 대한 과세특례] ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서소득세법제88조제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

  • 가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만,농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다.

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다. 가.산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률에 따라 지정된 채종림(採種林)·시험림, 산림보호법제7조 에 따른 산림보호구역, 그 밖에 공익상 필요하거나 산림의 보호·육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령으로 정하는 것

  • 나. 임업을 주된 사업으로 하는 법인이나산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률에 따른 독림가(篤林家)인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령으로 정하는 것
  • 다. 토지의 소유자·소재지·이용상황·보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 목장용지. 다만, 토지의 소유자·소재지·이용상황·보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

  • 가. 축산업을 주된 사업으로 하는 법인이 소유하는 목장용지로서 대통령령으로 정하는 축산용 토지의 기준면적을 초과하거나 특별시, 광역시, 특별자치시, 특별자치도 및 시 지역의 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 목에서 같다)에 있는 목장용지(도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간 이 지나지 아니한 경우는 제외한다)
  • 나. 축산업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 목장용지

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 농지·임야·목장용지의 범위, 주된 사업의 판정기준, 해당 사업연도에 토지등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제92조의5[농지의 범위 등] ② 법 제55조의2 제2항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어 주업은 다음 각 호의 기준에 따라 판정한다.

1. 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 주업은 사업별 사업수입금액이 큰 사업으로 한다. 제92조의6[임야의 범위 등] ① 법 제55조의2 제2항 제2호 가목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 임야를 말한다. 1.산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률에 따른 채종림·시험림과 산림보호법에 따른 산림보호구역

2. 사찰림 또는 동유림(洞有林) 3.자연공원법에 따른 공원자연보존지구 및 공원자연환경지구 안의 임야 4.도시공원 및 녹지 등에 관한 법률에 따른 도시공원 안의 임야 5.문화재보호법에 따른 문화재보호구역 안의 임야 6.전통사찰의 보존 및 지원에 관한 법률에 따라 전통사찰이 소유하고 있는 경내지 7.개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법에 따른 개발제한구역 안의 임야 8.군사기지 및 군사시설 보호법에 따른 군사기지 및 군사시설 보호구역 안의 임야 9.도로법에 따른 접도구역 안의 임야 10.철도안전법에 따른 철도보호지구 안의 임야 11.하천법에 따른 홍수관리구역 안의 임야 12.수도법에 따른 상수원보호구역 안의 임야

13. 그 밖에 공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야로서 기획재정부령이 정하는 것 제92조의7[목장용지의 범위 등] ③ 법 제55조의2 제2항 제3호 가목의 규정을 적용함에 있어서 주업은 다음 각 호에 따라 판정한다.

1. 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 주업은 사업별 사업수입금액이 큰 사업으로 한다. <단서 생략>

④ 법 제55조의2 제2항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 축산용 토지의 기준면적”이란 별표 1에 규정된 가축별 기준면적과 가축두수를 적용하여 계산한 토지의 면적을 말한다. [별표 1] 축산용 토지의 기준면적(제92조의7 제4항 관련)

1. 가축별 기준면적

구분 사업 가축두수 축사 및 부대시설 초지 또는 사료포 비고 축사 (제곱미터) 부대시설 (제곱미터) 초지 (헥타르) 사료포 (헥타르)

1. 한우

(육우) 사육사업 1두당 7.5 5 0.5 0.25 말·노새 또는 당나귀를 사육하는 경우를 포함한다.

2. 가축두수

가축두수는 다음 각 목의 어느 하나의 방법 중 납세자가 선택하는 방법에 따라 산정한다.

  • 가. 양도일 이전 최근 6사업연도(양도일이 속하는 사업연도를 포함한다. 이하 같다) 중 납세자가 선택하는 축산업을 영위한 3사업연도의 최고사육두수를 평균한 것
  • 나. 양도일 이전 최근 4사업연도 중 납세자가 선택하는 축산업을 영위한 2사업연도의 최고사육두수를 평균한 것
  • 다. 축산업을 영위한 기간이 2년 이하인 경우에는 축산업을 영위한 사업연도의 최고사육두수를 평균한 것 제92조의11[부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등] ① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않은 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간

3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간

③ 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 않는다.

1. 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 법인의 합병 또는 분할로 인하여 양도되는 토지 2.공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지 <각 목 생략>

3. 법 제55조의2 제2항 제1호 나목에 해당하는 농지로서 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다) 4.사립학교법에 따른 학교법인이 기부(출연을 포함한다)받은 토지

5. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 (3) 법인세법 시행규칙 제46조의2[부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등] ① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. <단서 생략>

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가·허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)·면허 등을 신청한 자가 건축법 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지: 건축허가가 제한된 기간

(4) 건축법 제18조[건축허가 제한 등] ① 국토교통부장관은 국토관리를 위하여 특히 필요하다고 인정하거나 주무부장관이 국방, 문화재보존, 환경보전 또는 국민경제를 위하여 특히 필요하다고 인정하여 요청하면 허가권자의 건축허가나 허가를 받은 건축물의 착공을 제한할 수 있다.

② 특별시장·광역시장·도지사는 지역계획이나 도시·군계획에 특히 필요하다고 인정하면 시장·군수·구청장의 건축허가나 허가를 받은 건축물의 착공을 제한할 수 있다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)