[요지] 영세율이 적용되는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세액(세율 10%)을 별도로 적은 세금계산서를 발급하고 이에 따라 과세표준과 납부세액을 신고·납부하는 등 조세를 탈루한 사실이 없는 경우 해당 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하는 것으로, 영세율 적용대상 여부에 착오가 있다 할지라도 수정세금계산서를 발급할 수 없음
[요지] 영세율이 적용되는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세액(세율 10%)을 별도로 적은 세금계산서를 발급하고 이에 따라 과세표준과 납부세액을 신고·납부하는 등 조세를 탈루한 사실이 없는 경우 해당 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하는 것으로, 영세율 적용대상 여부에 착오가 있다 할지라도 수정세금계산서를 발급할 수 없음
[주 문] OOO세무서장이 2021.12.20. 청구법인에게 한 2017년 제1기∼2020년 제2기 부가가치세 합계 OOO원의 경정청구 거부처분 중 AAA㈜가 신고·납부한 2017년 제1기∼2018년 제2기 과세기간분은 이를 취소하고, 나머지 청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니다. (가) 부가가치세 집행기준 60-0-9에서 ‘영세율이 적용되는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세액(세율 10%)을 별도로 적은 세금계산서를 발급하고 이에 따라 과세표준과 납부세액을 신고·납부하는 등 조세탈루 사실이 없는 경우 해당 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하므로 공급자는 세금계산서 발급불성실가산세를 적용하지 아니하고, 공급받은 자는 해당 세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제한다.’고 규정하고 있다. (나) 여기서 ‘신고·납부하는 등 조세탈루 사실이 없는 경우, 해당 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니 한다’는 것은 신고 또는 납부한 경우와 이에 준하는 기타 조건이 충족되는 경우 조세탈루 사실이 없는 것으로 보며, 조세탈루 사실이 없는 경우 해당 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니한다는 의미로 해석되어야 할 것이다. (다) 또한 영세율 적용대상에 대하여 일반세금계산서를 발급한 경우 이는 필요적 기재사항의 하나인 세율을 잘못 기재한 것으로 사실과 다른 세금계산서에 해당하나, 조세탈루 사실이 없는 경우 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하는 것은 국외에서 제공하는 용역에 대하여 영세율을 적용하도록 하는 제도의 취지가 외화를 획득하는 사업자의 자금부담을 덜어주어 외화획득을 촉진시키는데 있는 점을 감안할 때, 영세율을 적용받아야 할 사업자가 영세율 적용여부에 대한 이해부족으로 조세지원 수혜를 포기하고, 일반세율에 의한 세금계산서를 발급받아 신고하고 거래상대방도 부가가치세의 신고·납부 등 조세탈루사실이 없는 세금계산서까지 사실과 다른 세금계산서로 보는 것은 영세율 제도의 취지에 반하기 때문이다. (라) 위와 같이 청구법인과 쟁점거래처에서 당초 일반세금계산서에 대하여 과세표준과 납부세액을 신고·납부하는 등으로 조세탈루 사실이 없는 상태가 된 쟁점세금계산서의 경우 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다.
(2) 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하는 쟁점세금계산서에 대하여 수정세금계산서를 발급하거나 이에 따른 수정신고 또는 경정청구는 할 수 없다. (가) 국세청 질의회신(부가가치세과-1156, 2012.11.23.)에서 적법하게 발급한 세금계산서에 대하여는 수정세금계산서를 발급하거나 부가가치세 수정신고 또는 경정청구는 할 수 없는 것으로 해석하고 있으므로 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하는 쟁점세금계산서에 대하여는 쟁점수정세금계산서를 발급하거나 이에 따른 부가가치세 수정신고 또는 경정청구도 당연히 할 수 없다. (나) 같은 취지에서 기획재정부 질의회신(기획재정부 부가가치세제과-585, 2017.11.16.)에서대외무역법제18조에 따라 구매확인서를 정당하게 발급받은 경우에도 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 25일이 경과한 뒤에는 수정세금계산서를 발급할 수 없는 것으로 회신하였다. (다) 이는 과세기간 종료 후 25일이 경과된 뒤에는 이미 이에 대한 신고납부가 끝났기 때문에 이에 대한 수정세금계산서 발급 등을 강제하거나 허용할 경우 공급자는 이에 대한 매출세액 상당액을 환급받는 대신 공급받는 자는 공급자가 환급받은 세액 상당액을 추가로 납부해야 하는 등으로 세입에는 영향을 미치지 않으면서 경정결정 등으로 행정력만 낭비되고 납세의무자에게는 납세의무 이행에 대한 법적 안정성만 해치는 결과를 초래하기 때문이다.
(3) 쟁점거래처가 청구법인의 동의를 구하지 않고 일방적으로 발급한 쟁점수정세금계산서는 법률상 존재하지 않는 수정세금계산서로 이에 근거한 수정신고는 수정의 효력이 없다. (가) 매입처인 쟁점거래처가 쟁점세금계산서를 영세율로 수정하여 발급하는 행위는 쟁점거래처에게는 쟁점세금계산서의 부가가치세 상당액을 청구법인에게 돌려주어야 하는 의무가, 청구법인에게는 쟁점세금계산서의 부가가치세 상당액을 쟁점거래처로부터 돌려받아야 하는 권리가 발생하는 법률관계를 형성하는 쌍방의 법률행위이다. (나) 대법원 2003.4.11. 선고 2001다53059 판결 등에 의하면 당사자의 자유의사에 의한 쌍방의 법률행위의 경우 법률관계가 성립되기 위해서는 복수 당사자의 서로 대립하는 의사표시의 객관적인 합치(동의)가 필요한 것으로 판시하고 있다. (다) 따라서 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하는 일반세금계산서에 대하여 당사자 스스로 수정 영세율세금계산서 발급 등을 할 수 있다고 하더라도 당사자 일방인 쟁점거래처에서 상대방인 청구법인의 동의를 구하지 않고 일방적으로 일반세금계산서에 대하여 수정 영세율세금계산서를 발급한 행위는 쌍방의 서로 대립하는 의사표시가 합치되지 않아 법률관계가 성립되지 않은 법률행위로서 이에 기반한 쟁점수정세금계산서는 법률상 부존재하는 것으로 이에 근거한 수정신고 또한 효력이 없다.
(4) 경정청구를 하기 위하여 쟁점수정세금계산서를 취소하는 수정세금계산서를 다시 발급받지 않아도 된다. (가) 국세청의 과세자문기준(법령해석부가-21827, 2015.2.27.)은 당초 정당한 세금계산서를 발급한 후 수정세금계산서를 발급할 수 있는 사유에 해당하지 않는 채 세금계산서를 수정하여 발급한 경우 수정의 효력이 없으며, 당초 발급한 세금계산서가 정당하다면 이에 대한 매입세액공제가 가능한 것으로 해석하고 있다. (나) 또한 당사자 스스로 당초 일반세금계산서를 영세율로 수정한 세금계산서를 발급할 수 있다고 하더라도 위의 대법원 판례(대법원 2003.4.11. 선고 2001다53059 판결 등)에 따르면 청구법인의 동의를 구하지 않고 매입처인 쟁점거래처가 일방적으로 발급한 쟁점수정세금계산서는 법률상 존재하지 않는 세금계산서이다. (다) 위와 같이 당초 쟁점세금계산서를 수정하여 발급한 쟁점수정세금계산서는 법률상 부존재하는 세금계산서로 수정의 효력이 없고, 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하는 당초 쟁점세금계산서에 대한 매입세액공제가 가능하다. 따라서 수정신고에 대한 경정청구를 하기 위하여 쟁점수정세금계산서를 취소하는 수정세금계산서를 다시 발급받지 않아도 된다.
(5) 청구법인의 항변내용은 다음과 같다. (가) 쟁점세금계산서는 필요적 기재사항이 사실과 다른 세금계산서가 아니어서 이에 대하여 쟁점수정세금계산서를 발급할 수 없다.
1. 세금계산서 발급 시 공급자와 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액 등 필요적 기재사항을 잘못 적은 경우, 즉 세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다른 경우부가가치세법제32조 제7항과 제8항 및 같은 법 시행령 제70조 제1항 제9호의 규정에 의하여 수정세금계산서를 발급할 수 있다.
2. 그러나 세율적용(영세율→10%)의 잘못으로 필요적 기재사항 중 부가가치세액을 사실과 다르게 기재하였으나, 이에 따라 신고·납부한 쟁점세금계산서의 경우 기획재정부장관의 유권해석에 의하여 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하고, 바꾸어 말하면 필요적 기재사항이 사실과 일치하는(다르지 않은) 세금계산서로 보고 있다.
3. 따라서 세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다르지만 기획재정부장관의 유권해석 등으로 사실과 일치하는(다르지 않은) 것으로 간주하는 쟁점세금계산서에 대하여는 쟁점수정세금계산서를 발급할 수 없다. (나) 쟁점수정세금계산서는 과세관청의 사주에 의하여 발급된 것으로 그 하자가 중대하고 명백하여 무효인 세금계산서이다.
1. OOO지방국세청 징세관실에서 청구법인에게 쟁점거래처의 체납액을 전가하는 부당한 방법으로 체납액을 정리할 목적에서 OOO세무서 담당자를 통해 파산위기에 처한 쟁점거래처에게 “당초 일반세금계산서를 영세율세금계산서로 수정하여 발급한 후 이에 따라 매출세액을 감액하는 경정청구를 하면 체납이 해결될 뿐만 아니라 이미 납부한 세금은 환급받을 수 있어 사업을 계속할 수 있다.”고 하면서 쟁점수정세금계산서를 발급하게 하여 이에 따른 경정청구를 하도록 사주하였다.
2. 처분청은 OOO지방국세청 징세관실의 사주를 받은 쟁점거래처가 청구법인과 의견합치가 없었을 뿐만 아니라, 청구법인에게 사전 통보도 하지 않고 일방적으로 발급한 쟁점수정세금계산서의 효력 유무를 판단하여 이에 따라 경정청구의 수용 여부를 결정하여야 함에도 국세청 조직의 하나인 OOO지방국세청 징세관실의 행위에 대하여 처분청은 같은 조직에 속해 있으면서 처분청의 행위가 아니라는 이유를 들어 이에 대하여 관여할 사항이 아니라는 태도는 무책임하다고 하지 않을 수 없다.
3. 또한 처분청의 주장과 달리 청구법인은 쟁점수정세금계산서의 적정성을 인정한 사실도 없다.
(1) 청구법인은 영세율이 적용되는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세액(세율 10%)을 별도로 적은 세금계산서 발급하고, 이에 따라 과세표준과 납부세액을 신고·납부하는 등 조세탈루 사실이 없는 경우 해당 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니므로 이에 대해 수정세금계산서 발급을 할 수 없다고 주장하나, (가) 쟁점공사와 관련한 거래가 국외건설용역으로서 영세율 적용대상임에 대한 처분청과 청구법인 사이에 다툼은 없고, 실제 공급이 영세율 거래이나 10% 세율의 부가가치세를 잘못 기재하여 발급한 세금계산서에 대하여는부가가치세법 시행령제70조 제1항 제9호에 따라 수정세금계산서를 발급할 수 있는 것이다. (나) 또한 국세청 기본통칙의 경우 과세관청의 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고, 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니며(대법원 2004.10.15. 선고 2003두7064 판결), 부가가치세 집행기준 또한 기본통칙을 보완하는 실무지침에 불과하므로 부가가치세 집행기준 60-0-19는부가가치세 시행령제70조 등 상위 법령에 우선할 수 없다. (다) 아울러 위의 집행기준은 영세율이 적용되는 거래에 일반세율의 세금계산서를 교부한 경우 발행된 세금계산서를 사실과 다른 세금 계산서로 보지 않는다고 규정하고 있는데, 이는 공급자가 영세율의 수정세금계산서를 발행하지 않더라도 사실과 다른 세금계산서로 보지 않고 기 발행된 세금계산서에 따른 처리를 용인하다는 것으로 해석함이 타당하고, 영세율 적용 거래로서 관련 규정에 따라 정당하게 수정세금계산서를 발행한 경우까지 종전 일반세율의 세금계산서에 따라 처리해야 한다는 취지라고 해석할 수 없다. (라) 따라서 쟁점수정세금계산서의 효력을 부정하고, 이에 근거한 수정신고 및 경정청구는 취소되어야 한다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.
(2) 청구법인은 쟁점거래처가 청구법인의 동의를 구하지 않고 일방적으로 발급한 쟁점수정세금계산서와 이에 근거한 부가가치세 수정신고는 효력이 없다고 주장하나, 쟁점공사와 관련한 거래는 영세율 적용대상 거래로서 국세청 해석(법령해석부가-22566, 2015.2.27.)에 따르면 “영세율 적용요건을 모두 갖춘 경우 세법의 별도의 규정이 없는 한 세금계산서 발급여부와 관계없이 영세율이 적용되는 것”으로 판단하고 있고, 청구법인 또한 쟁점공사의 용역이 영세율 거래에 해당함을 주장하고 있으며, 청구법인에서 쟁점수정세금계산서 수취한 후 이에 대해 바로 경정청구를 하지 않고 부가가치세 수정신고 및 납부를 한 점 등을 고려한바, 청구법인이 쟁점수정세금계산서의 적정함을 인정하고 있는 것으로 파악되므로 일방적인 수정세금계산서 발급이라는 주장은 타당하지 않다.
(3) 청구법인의 항변내용에 대한 처분청의 의견은 다음과 같다. (가) 쟁점공사와 관련한 거래 및 세금계산서는 필요적 기재사항에 착오가 있는 경우에 해당하여 수정세금계산서를 발급할 수 있다.
1. 법원은 “영세율 적용대상 여부에 착오가 있는 경우에도 필요적 기재사항인 공급가액과 부가가치세액에 관하여 착오가 있는 경우에 해당한다고 보아야 할 것이고, 세무서장이 경정하기 전까지는 비록 공급시기가 다르더라도 수정세금계산서를 발행할 수 있다.”(대법원 2013.10.17. 선고 2010두12972, 판결, 서울고등법원 2010.6.3. 선고 2009누34787 판결 등, 같은 뜻임)고 다수의 판결 등에서 설시한바, 쟁점공사와 관련한 거래의 경우 국외건설용역으로서 영세율 적용대상에 해당함에도 불구하고 착오로 인해 세율을 달리 적용하여 쟁점세금계산서를 발급하였고, 이는 부가가치세액 등 필수적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재되었으므로부가가치세법 시행령제70조 제1항 제9호에 근거한 수정세금계산서 발행 대상에 해당한다고 보는 것이 타당하다.
2. 청구법인은 기획재정부의 질의회신(부가가치세제과-585, 2017.11.16.)에 근거하여 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서가 아니므로 수정발급 대상이 아니라고 주장하나, 수정세금계산서 수정발급 요건은부가가치세법제32조 제7항, 제8항 및 같은 법 시행령 제70조 제1항 제9호에 명시된 규정에 근거한 것이고, 상기의 질의회신은 영세율 거래에 대하여 착오로 일반세율의 세금계산서를 발행한 경우 가산세를 적용하지 않음으로 하여 납세자의 부담을 덜어주는 취지로 해석하는 것이 타당하며, 영세율의 적용 및 세금계산서와 관련한 규정에 따라 정당하게 수정세금계산서를 발행한 경우까지 종전 일반 세율의 세금계산서에 따라 처리해야 한다는 취지라고 해석할 수 없다. (나) 쟁점수정세금계산서는 적법한 절차에 근거하여 발행된 것으로 청구법인의 주장은 타당하지 않다. 청구법인은 쟁점수정세금계산서가 발급된 과정에서 공급자인 쟁점거래처의 관할 과세관청이 세무상담을 통해 수정세금계산서를 발급하도록 유도하였으므로 부적절하다고 주장하나, 처분청에서는 그러한 청구법인의 주장과 아무 관계가 없을 뿐만 아니라 그 내용을 알지 못하고, 오히려 청구법인이 쟁점수정세금계산서를 수취한 후 쟁점거래처에게 적극적인 거부표명 및 이의신청 없이 수정신고하고 납부까지 한 사실로 볼 때, 청구법인이 쟁점수정세금계산서의 적정함을 인정하고 있는 것으로 보이므로 청구법인의 주장은 이유 없는 것이다.
3. 심리 및 판단
(1) 부가가치세법 제22조(용역의 국외공급) 국외에서 공급하는 용역에 대하여는 제30조에도 불구하고 영세율을 적용한다. 제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
3. 공급가액과 부가가치세액
4. 작성 연월일
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항
⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.
⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(2) 부가가치세법 시행령 제70조(수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차) ① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.
5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급
6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급
9. 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의해 나타나는 사실관계 등은 다음과 같다. (가) 쟁점공사와 관련한 거래가 국외건설용역으로 영세율 적용대상이라는 것에 대해 청구법인과 처분청의 다툼은 없고, 쟁점공사와 관련한 세부내역과 공사계약서는 아래 ＜표2＞·＜표3＞과 같다. ＜표2＞ 쟁점공사와 관련한 세부내역 ＜표3＞ 공사계약서 내용 일부 (나) 쟁점거래처는 쟁점공사와 관련하여 2017년 제1기∼2020년 제2기 기간 동안 청구법인에게 2017.4.20. 등 당초 10% 세율의 쟁점세금계산서를 발급하였다가, 2021.7.7. 영세율의 쟁점수정세금계산서를 발급하였고, 해당 내역은 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 쟁점세금계산서 및 쟁점수정세금계산서 발급 내역 (단위: 원) (다) 쟁점거래처와 관련한 사실관계는 다음과 같다.
1. 쟁점거래처는 쟁점세금계산서 중 2017년 제1기∼2018년 제2기 기간 동안의 부가가치세[과세표준 OOO원(공급가액), 납부세액 OOO원]를 정상적으로 신고·납부하였으나, 2019년 제1기∼2020년 제2기 기간 동안의 부가가치세[과세표준 OOO원(공급가액), 납부세액 OOO원]는 신고만 하고 체납하였다.
2. 이후 쟁점거래처는 2021.7.7. 10% 세율의 쟁점세금계산서를 영세율의 쟁점수정세금계산서로 수정·발급하였고, 2021.8.23. 경정청구가 인용되어 OOO원[OOO원(경정감 매출세액)-OOO원(가산세)]이 환급되었으며, 환급금은 당시 체납액에 충당된 후 나머지는 환급되었다. (라) 청구법인은 2021.8.20. 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점수정세금계산서를 근거로 아래 ＜표5＞와 같이 2017년 제1기∼2020년 제2기 부가가치세 합계 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 수정신고·납부하였다가 2021.10.14. 해당 수정신고를 취소하는 경정청구를 하였고, 처분청은 2021.12.20. 이를 거부하였다. ＜표5＞ 청구법인의 부가가치세 수정신고 내역 (단위: 원) (마) 청구법인은 쟁점수정세금계산서가 쟁점거래처의 체납액을 정리하기 위해 과세관청의 세무상담에 의하여 발급된 것으로 주장하며 아래 ＜표6＞의 녹취록(청구법인의 BBB 팀장 및 CCC 책임매니저와 쟁점거래처의 DDD 대표와의 2021.9.3. 대화 내용)을 제출하였다. ＜표6＞ 녹취록 내용 일부
(2) 종전부가가치세법 시행령제70조 제1항 제9호는 세율을 잘못 적용하여 세금계산서를 발행한 경우 수정세금계산서 발행대상으로 규정하고 있다가, 2016.2.17. 대통령령 제26986호로 개정된부가가치세법 시행령제70조 제1항 제9호는 ‘같은 항 제5호 각목에 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우에는 발행대상에서 제외’하도록 개정되었는데, 기획재정부의 ‘2015 간추린 개정세법’에는 그 개정사유에 대하여 아래 ＜표7＞과 같이 기재되어 있다. ＜표7＞ 기획재정부의 ‘2015 간추린 개정세법’ 중 관련부분 Ⅱ. 세금계산서 수정발급 사유 보완(부가령 §70)
(1) 개정내용 종 전 개 정
□세금계산서 수정발급 사유 ◦사업자등록번호, 공급가액 등 필요적 기재사항이 잘못 기재된 경우 - 다만, 세무조사 통지 등으로 과표·세액을 경정할 것을 미리 할고 있는 경우는 제외 ◦세율을 잘못 적용한 경우 ◦(좌 동) ◦(좌 동) - 다만, 세무조사 통지 등으로 과표·세액을 경정할 것을 미리 할고 있는 경우는 제외 (2) 개정이유 ◦ 조세탈루 방지 등을 위해 세금계산서 수정발급 사유 보완 (3) 적용시기 및 적용례 ◦ ’16.2.17. 이후 세금계산서 수정발급 분부터 적용 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 우선부가가치세법에서 사실과 다른 세금계산서에 대하여 매입세액 공제를 배제하는 취지는 부가가치세의 사전징수기능 및 과세자료로서의 기능을 확보하기 위하여 납세자로 하여금 세금계산서의 정확한 교부를 유도하는데 있고, 국외에서 제공하는 용역에 대하여 영세율을 적용토록 하는 제도의 취지는 외화를 획득하는 사업자의 자금부담을 줄이도록 하여 외화획득을 촉진시키는데 있는바, 쟁점공사와 관련하여 청구법인과 쟁점거래처가 체결한 계약서에는 거래대금에서 10% 세율의 부가가치세를 별도로 수취하는 것으로 기재되어 있고, 거래상대방인 쟁점거래처도 2017년 제1기∼2018년 제2기 부가가치세를 신고·납부한 사실이 확인되므로 이는 영세율을 적용받아야 할 청구법인이 영세율 적용여부에 대한 해석상의 어려움으로 조세지원 수혜를 포기하고 일반세율에 의한 세금계산서를 교부받아 신고한 것으로 볼 수 있고, 부가가치세 집행기준 60-0-19에서도 영세율이 적용되는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세액(세율 10%)을 별도로 적은 세금계산서를 발급하고 이에 따라 과세표준과 납부세액을 신고·납부하는 등 조세탈루 사실이 없는 경우 해당 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하는 것으로 명시하고 있어 2017년 제1기∼2018년 제2기 부가가치세와 관련한 세금계산서에 있어서는 세금계산서의 본질적 기능을 침해할 만한 사실과 다른 내용이 기재되어 있는 것이 아님에도 단지 부가가치세가 기재되어 있다는 사실만으로 해당 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서 쟁점세금계산서 중 2017년 제1기∼2018년 제2기 과세기간의 세금계산서는 영세율 적용대상 여부에 착오가 있다 할지라도 수정세금계산서를 발급할 수 없다고 봄이 타당하다. (나) 청구법인은 영세율이 적용되는 재화 또는 용역을 공급하면서 10% 세율의 쟁점세금계산서를 교부하고, 부가가치세 과세표준과 납부세액을 신고 또는 납부하여 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서가 아니므로 이후에 영세율을 적용한 수정세금계산서를 교부할 수 없다고 주장하나, 부가가치세법 시행령제70조 제1항 제5호 및 제9호에서 세금계산서의 필요적 기재사항인 부가가치세액에 관하여 착오가 있는 경우이거나, 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우에는 수정세금계산서를 발급할 수 있다고 규정하고 있는바, 쟁점공사가 국외건설용역으로 영세율 적용대상이라는 것에 대해 청구법인과 처분청이 다툼이 없고, 이에 대해 당초 쟁점거래처가 10% 세율로 쟁점세금계산서를 발행하였으므로 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우 등으로 볼 수 있는 점,부가가치세법 시행령제70조 제1항 제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우 수정세금계산서 발급사유에서 제외하도록 규정하고 있으나, 청구법인이 제출한 청구법인의 팀장 등과 쟁점거래처의 대표와의 대화내용 녹취록만으로 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수하는 경우 및 이와 유사한 경우 등에 해당된다고 보기 어려운 점, 쟁점거래처가 관할 세무서장이 10% 세율의 쟁점세금계산서 매출에 대하여 영세율 매출로 과세표준 및 세액을 경정하여 부가가치세를 환급할 것으로 미리 알고 있다고 보기도 어려운 점 등에 비추어, 쟁점세금계산서 중 2019년 제1기∼2020년 제2기 과세기간의 세금계산서는 영세율 적용대상 여부에 착오가 있는 경우로 수정세금계산서를 발급할 수 있다고 보이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (다) 따라서 쟁점거래처가 신고·납부한 2017년 제1기∼2018년 제2기 부가가치세와 관련한 세금계산서상 매입세액은 청구법인의 매입세액으로 공제하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 이 부분에 대한 수정세금계산서가 적법하여 효력이 있다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.