2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점부동산은 AAA의 소유재산으로 등록한 후 양도일 이전까지 실제 AAA의 사찰부지로 사용하는 등 사실상 법인으로 보는 단체인 AAA의 자산에 해당하므로 청구인 명의로 신고한 양도소득세를 결정취소하여야 한다. (가) 청구인은 쟁점부동산 취득 당시에는 쟁점부동산을 사찰부지가 아닌 음식점 부수토지로 사용하여 공부상 청구인 개인 명의로 등기할 수 밖에 없었으나, 2013년 12월 관할세무서로부터 AAA를 법인으로 보는 단체로 승인받아 고유번호증(621-82-*, 대표자: 청구인)을 받은 후로는 쟁점부동산을 실제 AAA의 사찰부지로 사용하였고 쟁점부동산을 AAA의 소유재산으로 하여 사찰등록도 하였다. 청구인은 AAA가 민법 등 관련 법률에 의하여 법인격이 부여된 것이 아니고 부동산을 등기할 수 있는 법인등록번호가 없어 쟁점부동산을 AAA 명의로 등기할 수 없다고 잘못 인지하고, 부득이하게 청구인 개인 명의로 등기를 유지하였으나 실제로는 AAA의 자산에 해당한다. (나) AAA는 2013.12.13. 사단법인 대승불교조계종(문체부 등록번호 184721-0000***)에 사찰등록시 첨부서류인 재산목록(토지, 건물) 등 관련 서류를 제출하면서 쟁점부동산이 AAA의 소유재산임을 명백하게 표시하였고, 이를 바탕으로 대승불교조계종으로부터 사찰등록증을 교부받았다. AAA는 교구 본사가 아닌 대승불교조계종에 소속된 말사로 교구 본사가 주무관청(문체부)에 등록되어 있어서 별도로 주무관청에 등록할 필요가 없어 교구 본사에 사찰등록한 것이며, 쟁점부동산은 AAA의 소유재산임을 명확하게 표시하였고 실제 쟁점부동산을 사찰부지로 사용한 사실에 대하여는 처분청 또한 이견이 없다. (다) AAA는 2013.12.13. OOO세무서에 법인으로 보는 단체 승인 신청을 하면서 AAA 정관 등을 첨부서류로 제출하였고, 동 정관 제12조(재산)에는 ‘AAA의 재산은 기본재산 외에 결의에 의해 매입 또는 증여받은 모든 재산’이라고 되어 있는바, 여기서 말하는 기본재산에 쟁점부동산이 해당된다. 공익법인의 기본재산은 설립시 기본재산으로 출연한 재산(a), 기부나 무상으로 취득한 재산(b), 보통재산 중 총회나 이사회에서 기본재산으로 편입할 것을 의결한 재산(c, 설립시 발생하지 않음), 세계잉여금 중 적립금(d, 거의 발생하지 않음)을 말하며, 보통재산은 기본재산 이외의 재산을 의미하는바, AAA는 설립 당시 쟁점부동산 외에는 다른 재산이 없었고 위 b, c, d에 해당하는 재산도 없었으므로 사찰부지로 사용하기 위한 쟁점부동산이 위 a에 해당하는 기본재산에 해당된다는 것은 일반인의 관점에서 보아도 쉽게 수긍할 수 있다. AAA는 영세한 사찰로 재산․회계를 관리하는 자가 따로 없고 관련 법령 등을 잘 알지 못하는 청구인의 입장에서 사실상 AAA의 기본재산인 쟁점부동산을 단순히 정관에 구체적으로 기재하지 아니한 것인데도 이를 이유로 AAA의 기본재산으로 인정할 수 없다는 처분청 의견은 받아들이기 어렵다. 또한 처분청은 AAA가 출연받은 재산 등에 관한 보고서를 제출한 사실도 없다고 주장하나, 공익법인의 출연재산 보고서 등 제출의무는 일반인이 알기 어렵고 AAA 설립 당시 다른 영세 사찰의 경우에도 이를 제출하는 사례는 거의 없었으며, 세무서에서도 출연재산 보고서 등 자료제출 안내가 없었던 사실을 종합하면 처분청의 이러한 의견은 쟁점부동산을 AAA의 자산으로 볼 수 없다는 근거가 될 수 없다. (라) AAA는 쟁점부동산을 담보로 OOO지점으로부터 OOO원 및 OOO원을 대출(쟁점부동산의 공부상 명의자가 청구인이라 대출명의자도 부득이하게 청구인으로 하였음)받았는데, 매년 OOO원 가량의 대출이자는 AAA의 기부금 수입 등으로 지출하였다. 처분청은 AAA의 수입으로 대출이자를 지급하였다는 사실이 확인되지 아니한다는 의견이나, 청구인은 재산이나 별도의 소득이 없어 AAA의 수입 외에는 거액의 대출이자를 지급할 여력이 없었으며, 실제 AAA 정관 제11조(기금)에 기재된 바와 같이 신도회의 회비, 찬조금, 성금 및 일반불자의 기도에 대한 기부금 등으로 대출이자와 사찰 운영경비 등을 모두 지출하였다. (마) 쟁점부동산 양도대금 또한 모두 AAA에 귀속되었고 청구인 개인이 이를 사용한 사실이 없다. 쟁점부동산 양도대금은 OOO원인데 이에 대한 정산내역은 계약금 OOO원, 대출금 대환 OOO원, 수시지급액 OOO원, 쟁점부동산 가처분합의금 OOO원, 잔금(미수금) OOO원이다. 이 중 실제 AAA가 직접 수령한 금액은 계약금 OOO원과 수시지급액 OOO원 합계 OOO원으로, 동 금액은 2017.11.3. AAA의 양도로 인해 새로운 사찰(사찰명 OOO, 대표자 AAA, OOO 소재)을 설립하기 위한 부동산 취득자금으로 OOO원이 사용되었고, 2018.12.6. OOO 공사대금 OOO원(공사계약서 첨부) 및 기타비용 OOO원이 소요되었는바, 결국 쟁점부동산 양도대금 중 청구인 개인에게 귀속된 금액은 전혀 없고 모두 AAA에 귀속되었다고 볼 수 있다. 처분청은 녹야원 사찰부지는 AAA이 OOO에 증여한 것을 청구인의 자녀 BBB으로 대표자를 변경한 것에 불과하고 사찰부지 취득시기(2017년말)도 쟁점부동산 양도일(2018.12.24.)과 차이가 많이 나므로 AAA와 관련이 없다는 의견이나, 청구인이 첨부한 부동산매매계약서상 청구인이 2017.11.3. OOO 사찰부지를 AAA로부터 OOO원에 양수한 것은 명백한 사실이다. 또한 쟁점부동산은 당초 2016년 9월경 주식회사 BBB에게 매매하기로 계약하였고 당시 주식회사 BBB로부터 계약금 OOO원을 수령(OOO지방법원 2020.7.9. 선고 2019가합42576 판결 참조)하여 동 금액을 바탕으로 OOO 사찰부지를 취득한 것이고, 이후 청구인은 주식회사 BBB와 쟁점부동산 매매계약을 해제하고 새로운 양수인인 ㈜CCC과 이 건 매매계약을 체결하면서 2016년 9월경 지급받은 계약금을 승계하기로 하였는바, 이러한 사정으로 OOO 사찰부지 취득시기와 쟁점부동산 양도시기에 차이가 나는 것이다.
(2) 상기와 같이 쟁점부동산은 AAA의 소유재산으로 명백히 표기하여 사찰등록을 하고 AAA 정관상 기본재산으로 등재하였으며 실제 AAA 사찰부지로 사용하는 등 사실상 법인으로 보는 단체인 AAA의 자산에 해당한다. 국세청 예규(법인세과-547, 2009.2.10. 외)에서도 공부상 법인 명의로 되어 있지 아니하더라도 사실상 당해 법인이 취득하였음이 확인되는 경우에는 법인의 자산으로 보아 세법을 적용한다고 해석하고 있으므로 쟁점부동산 양도로 인한 양도소득은 청구인 개인이 아닌 AAA의 양도소득으로 보아 법인세법을 적용하는 것이 타당하고, 이는 국세기본법제14조 제1항의 실질과세의 원칙에도 부합한다 할 것이다. 또한 조세심판원 결정례(조심 2016서3364, 2016.12.1.) 등에서 법인으로 보는 단체로 승인받기 전에 부동산을 취득하여도 부동산 양도일 이전에 법인으로 보는 단체로 승인받은 경우에는 법인으로 보는 단체의 부동산 양도에 해당한다고 결정한 사례도 있으므로, 쟁점부동산 양도에 대한 세법 적용은 AAA가 양도일인 2018.12.24. 이전인 2013.12.13. 법인으로 보는 단체로 승인받아 법인으로 보는 단체인 AAA가 양도한 것으로 볼 수 있다.
(1) 청구인은 쟁점부동산을 AAA의 소유재산으로 하는 재산목록을 첨부하여 사찰을 등록하였다고 주장하나, 이는 사단법인 대승불교조계종의 내부규약에 따라 사찰등록 신청시 첨부서류를 제출한 것에 불과하므로 이를 근거로 쟁점부동산을 AAA가 취득한 것으로는 보기 어렵다.
(2) 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률제11조 제2항에서 기본재산은 그 목록과 평가액을 정관에 적어야 하며 평가액에 변동이 있을 때에는 지체 없이 정관 변경 절차를 밟아야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제16조 제1항 제1호에서 설립시 기본재산으로 출연한 재산은 기본재산으로 한다고 규정하고 있는데, AAA의 정관 제12조(재산)에는 ‘AAA의 재산은 기본재산 외에 결의에 의해 매입 또는 증여받은 모든 재산’이라 기재되어 있으나, 기본재산 및 결의에 의해 매입 또는 증여받은 재산의 구체적인 내용은 확인되지 않으므로 AAA 정관에서 쟁점부동산을 기본재산으로 규정하였다는 청구주장은 사실과 다르고, 쟁점부동산의 등기사항전부증명서상 소유권자가 청구인으로 명백히 기재되어 있는 사실을 감안하면 AAA가 사찰등록시 제출하였다는 재산목록상 기재내용도 신뢰하기 어렵다. AAA는상속세 및 증여세법제48조 제5항 및 같은 법 시행령 제41조 제1항에 따라 출연재산 명세서를 제출할 의무 등이 있으나 이와 관련한 자료가 제출된 사실이 없고, 관할세무서에 법인으로 보는 단체의 승인신청 시에도 AAA의 재산현황을 확인할 수 있는 서류가 제출된 사실이 없으므로 쟁점부동산을 사실상 AAA가 취득한 것으로 볼 수 없다.
(3) 청구인은 쟁점부동산과 관련한 대출이자를 AAA의 경리로 지급하였다고 주장하나, 쟁점부동산 등기사항전부증명서 및 대출계좌 등을 살펴보면 2007.7.6.부터 여러 차례 쟁점부동산을 담보로 청구인 개인이 본인 명의의 계좌(OOO지점, 0614701, 0614703)로 대출을 받고 이에 대한 이자를 청구인이 지급한 것으로 나타난다. 또한 AAA는 2013.12.13. 법인으로 보는 단체로 승인받은 후 쟁점부동산 양도일까지 기부금영수증 발급 명세서를 제출하지 않아 AAA의 수입을 알 수 없고, AAA의 수입으로 대출이자를 지급하였다는 주장도 사실확인이 되지 않으므로 청구주장을 인정할 수 없다.
(4) 청구인은 쟁점부동산 양도대금 OOO원 중 대출금 대환 및 미수령 잔금 등을 제외한 OOO원을 AAA가 실제 수취하였고 동 금액이 OOO 소재 OOO 사찰부지 등을 취득하는데 사용되었다고 주장하나, 등기사항전부증명서 및 국세통합전산망 조회자료 등에 의하면 당초 OOO의 대표자였던 AAA이 2017.12.21. OOO에게 사찰부지 등을 증여한 후 2017.12.29. 청구인의 자녀 BBB으로 OOO의 대표자가 변경된 사실만 나타나고, 거래대금에 대한 증빙서류가 전혀 없는 등 양도대금이 AAA에 전부 귀속되었다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
(5) AAA는 2013.12.13. 사찰등록과 법인으로 보는 단체로 승인받았는데, 청구인은 2007년말부터 2013년말까지 쟁점부동산 소재지에서 부동산 임대업 및 음식점업 등 개인사업을 영위한 것으로 나타나고, 상기에서 살펴본 점들을 종합하면 쟁점부동산의 실제소유자는 청구인 개인으로 확인되고 사실상 AAA에서 쟁점부동산을 취득하였다고 볼 수 없으므로 쟁점부동산의 양도차익에 대한 납세의무자를 청구인으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.