청구인들이 일괄양도한 쟁점부동산 중 철거 예정인 건물의 가액을 「부가가치세법」에 따라 안분계산한 가액으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

[주 문] OOO서장이 2022.1.10. 청구인들에게 한 2018년 제1기 부가가치세 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구인 aaa, bbb, ccc, ddd(이하 “청구인들”이라 한다)은 OOO소재 토지와 건물(이하 건물 부분을 “쟁점건물”, 토지와 건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)의 지분 각 1/4을 보유하다가, 2018.4.30. 쟁점부동산을 OOO원에 양도하고 쟁점건물의 가액을 OOO원으로 하여 2018년 제1기 부가가치세를 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 2021년 10월 청구인들의 부가가치세 신고내용 중 건물분 신고누락에 대해 서면확인 대상으로 선정하여 청구인들에게 해명 요청하였고, 청구인들은 이에 대해 쟁점건물의 가액을 OOO원으로 하여 2021.11.5. 2018년 제1기 부가가치세 OOO원을 수정신고ㆍ납부한 후, 2021.11.22. 쟁점부동산의 양도 당시 작성된 계약서상 건물가액이 OOO원이므로 건물가액을 OOO원으로 보아 부가가치세 OOO원을 환급하여 줄 것을 요구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2022.1.10. 이를 거부하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2022.2.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 “부가가치세의 과세대상인 재화의 공급이란 부가가치세의 성질에 비추어 그 인도되는 재화를 사용, 소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하는 것(대법원 98두16675 선고 1999.2.9. 판결 참조)”으로 보아야 하나, 쟁점부동산의 매수인인 ㈜EEE은 쟁점건물의 사용가치 취득을 목적으로 건물의 대가를 지급할 이유가 없었고 “소유권이전등기용 매매계약서에 쟁점건물이 표시되어 있는 것은 매도인인 청구인들의 처분 행위를 막고 소유권을 포기시키는 의미일 뿐 쟁점 건물의 가치 이전을 전제로 한 것은 아니라 할 것 (대법원 2007.10.26. 선고 2007두14350 판결 참조)”이며, 대법원은 “부동산매매가액에 건물가치가 포함되어 있다 하더라도 철거예상 건물가치에 해당하는 부분은 재화의 공급에 따른 대가가 아니라 건물 철거에 따른 손실 보상금 일 뿐이므로 청구인들이 대가를 수령하였다고 하여 부가가치세법에서 규정하는 재화의 공급이 있었다고 볼 수 없을 것 (대법원 1989.1.17. 선고 88누4713 판결 및 대법원 2014.1.29. 선고 2013두22055 판결 참조)”으로 판시하고 있으며, 청구인들이 양도세를 신고납부한 사실은 인정되나, 이는 취득가액으로부터 매도되어 지급 받은 건물가액 만큼 증대된 가치 상당액을 소득세로 정산하였다는 의미일 뿐, 그것이 건물 매매의 성격을 결정짓는 것이라 보기도 어려울 뿐 아니라 소득세법상 양도의 개념과 부가가치세법상 공급의 개념이 서로 일치한다고 볼 수 없어(서울행정법원 2011.8.19. 선고 2010구합43952 판결 참조) 양도소득세에서의 토지, 건물 안분가액을 부가가치세에 그대로 적용할 수 없다. 청구인들은 쟁점건물의 양도와 관련하여 매수법인과 부가가치세를 회피하기 위한 어떠한 합의나 별도의 약정도 없었고, 매수법인의 부가가치세가 발생되지 않는다는 말만 믿고 쟁점 건물가액을 OOO원으로 하는 계약을 체결하고 그 계약대로 매매대금을 받았을 뿐이다. 처분문서는 그 성립이 진정한 것으로 인정된 이상 그 내용되는 법률행위의 존부를 인정하여야 한다(대법원 1971.10.25.선고 71다1976, 1977 판결 참조). 성립이 진정한 것으로 인정되는 처분문서는 그 내용을 부정할만한 분명하고 수긍할 수 있는 이유가 없는 한 그 내용되는 법률행위의 존재를 인정하여야 한다(대법원 1981.06.09. 선고 80다442 판결 참조). 청구인들은 심판청구서 및 항변서에서 이미 주장하였듯이 2018년 3월 21일자 ‘본 계약서’ 내용대로 검인 및 부동산 등기가 이루어졌으므로 ‘본 계약서’만이 진정성립된 계약서로 봄이 지극히 타당하고, 당사자 간 합의에 의한 ‘본 계약서’ 작성으로 2017년 8월 28일자 ‘가 계약서’는 실효되었다고 보아도 무방할 것이므로 이와 다른 처분청의 주장은 이유 없다. 처분청이 경정청구 거부 이유로 삼은 심판례 등은 청구인들과 사정이 매우 달라 청구인들에게 적용하기 부적합하거나 건물가액 ‘0’원의 심판례 등에서 의미하는 건물가액은 교환가치로 해석되어야 하는데도 사용가치로만 해석하여 그 취지를 심각하게 오해하거나 소득세법과 부가가치세법의 적용 시기가 상이함을 오해한 것이 명백하여 ‘본계약서’상 기재된 쟁점건물 OOO원이 실지거래가액이므로 청구인들이 당초 수정신고한 세액을 처분청은 전액 환급하여 주어야 한다.
• 나. 처분청 의견 부동산매매계약서를 살펴보면, 청구인들과 주식회사 EEE(이하 “매수법인”이라 한다)은 2017.8.28. 부동산매매계약서(이하 “계약서①”이라 한다)에 매매대금 OOO원으로 하고 잔금 OOO원은 2018.2.28.에 지급하기로 작성하였고, 이후 대출 등의 문제로 2018.3.7. 잔금일을 2018.4.30.로 변경하는 확약서를 작성하였다가, 2018.3.21.에 잔금일을 2018.4.30.로 하고 특약사항에 토지가격 금 OOO원, 건물가격 금 OOO원(공동주택신축으로 인한 건물 철거)으로 하는 부동산매매계약서(이하 “계약서②”라 한다)를 재작성하였는데, 두 계약서의 총매매대금은 동일하고 계약서①의 계약금 지급내역을 그대로 반영하고 있는 점, 확약서를 통해 잔금청산일을 2018.4.30.로 변경하는 계약서②를 작성한 것으로 보이는 점 등으로 볼 때 계약서①의 효력이 훼손되는 것이 아니다. 청구인들은 매수법인과 체결한 계약서②를 근거로 쟁점건물의 공급가액이 OOO원이라 주장하나, 2016년 4월 2개의 감정평가기관으로부터 감정을 받아 평균 OOO원(전체 OOO원 중 45%)의 가치가 있는 것으로 평가되어 매매계약 체결 당시 재산적 가치가 없다고 볼 수 없다. 쟁점건물은 폐업일(2018.4.27.)까지 여관으로 이용되어 매출이 발생한 내역이 존재한다. 청구인들이 운영하던 여관의 매출현황을 살펴보면 매월 평균 OOO원에서 OOO원의 신용카드 매출액이 발생하여 왔는데 청구인들이 폐업한 2018년 4월 한달 발생한 신용카드 매출금액은 OOO원이며 소유권이전등기한 2018년 4월까지 사업을 영위하여 매출이 발생한 것을 보면 이사건 건물의 가치가 OOO원이라고 볼 수 없다. 매수법인이 쟁점건물을 매수한 후 쟁점건물을 철거한 다음 공동주택을 신축할 사업계획을 가지고 있었다고 하더라도 이는 어디까지나 매매계약에 의해 쟁점건물이 매수법인에게 공급되고 난 이후의 추후 사정에 불과하다. 다수 심판례, 판례 등을 살펴보면 건물의 과세표준이 ‘OOO원’에 해당하는 여부는 매매계약서, 건물노후화상태, 사용여부 및 철거현황 등 제반사정을 종합하여 판단할 사항이라고 명시하고 있는데, 청구인들과 관련된 사실들을 종합적으로 살펴보면 건물가액의 재산가치가 없다고 볼 수 없다. 부가가치세법제29조 제9항 단서에 규정된 “실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우”란 실지거래가액이 확인되지 아니하거나, 일괄 양도한 매매계약서상에 토지와 건물가액이 구분기재 되어 있지 아니한 경우 및 구분기재가 되어 있는 경우라 하더라도 당해 토지ㆍ건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도에 비추어 합당하다고 인정되지 않는 경우 등을 말하는 것이므로 매매계약서상에 기재된 매매가액이 실지거래가액임이 확인되고, 동 계약서상에 토지와 건물가액이 구분 표시되어 있는 경우라 하더라도 그 구분 표시된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태(<표1>의 네이버 로드뷰에서 나타나는 건물 규모와 형태를 고려하였을 때 아무런 보상과 대가 없이 건물을 양도했다고 보기 어렵다고 판단됨), 이용도와 효용도(신용카드 매출액 참고), 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 국세청 기준시가나 감정평가가액에 따라 계산한 가액에 의해 안분계산한 가액을 공급가액으로 하는 것이 위 규정의 취지(조심 2010구3276, 2011.3.23. 참조)라고 할 것인바, 청구인들은 매매계약서 상 건물가액을 산정한 합리적인 이유를 제시하지 못하고 있을 뿐만 아니라 구체적이고 객관적인 근거를 제시하고 있지 아니하는 점, 쟁점부동산의 건물가액(OOO원)은 국세청 기준시가 OOO원과 현격한 차이가 있는 점으로 비추어 볼 때 청구인들과 양수인이 합의에 의하여 쟁점부동산 매매계약서상에 쟁점건물의 가액으로 OOO원을 기재하였다 하더라도 이를 진정한 쟁점건물의 가액으로 인정할 수 없다고 할 것이다(조심 2018서 4270, 2018.12.28. 참조). <표1> OOO의 OOO 로드뷰 사진(정면 사진과 측면 사진, 2018년 3월 촬영) ◯◯◯ 따라서 계약서②상의 토지가액과 건물가액은 임의로 산정된 것으로 판단되어 쟁점부동산의 토지 및 건물의 공급가액을 부가가치세법 시행령제64조에 규정된 방법으로 계산한 비율에 따라 안분계산하여야 할 것이므로 처분청의 경정청구 거부 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인들이 일괄양도한 쟁점부동산 중 건물의 가액을 부가가치세법에 따라 안분계산한 가액으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. (2) 부가가치세법 시행령 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인들과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점부동산에 대한 감정평가(청구인 aaa가 의뢰)와 관련한 세부 내역은 다음과 같다. <표2> 쟁점부동산에 대한 감정평가내역 ◯◯◯ (나) 쟁점부동산은 폐업 전까지 여관(상호 “OOO”)으로 사용되었고, 처분청이 제출한 OOO의 ‘2018년 신용카드, 현금영수증 매출 내역’에 따르면, OOO의 2018년 4월의 매출액은 약 OOO원이다. (다) 2017.8.28.자 부동산매매계약서(계약서①)의 내용에 따르면, 토지와 건물에 대한 별도 구분 없이 쟁점부동산의 매매대금을 OOO원으로 하고 있고, 특약사항에 “매도인과 매수인은 본 토지를 ‘공동주택 건설부지’ 용도로 사용함에 그 매매 목적이 있는 사실을 쌍방동의하고 계약을 체결”하였음이 명시되어있다. <표3> 계약서①의 내용 ◯◯◯ (라) 2018.3.21.자 부동산매매계약서(계약서②)의 내용에 따르면, 부동산 매매대금은 OOO원이고, 특약사항에 토지가격은 OOO원, 건물가격은 OOO원(공동주택신축으로 인한 건물철거)으로 기재되어있다. <표4> 계약서②의 내용 ◯◯◯ (마) 쟁점건물의 등기사항전부증명서 등에 따르면, 쟁점건물에 대한 철거신고가 2018.5.31. 수리되었고, 2018.9.11. 멸실을 원인으로 2018.9.14. 멸실등기 되었음이 확인된다. (바) 처분청은 2021년 10월 쟁점부동산 양도 시 건물분 신고누락에 대해 청구인들에게 소명요청 하였고, 청구인들은 2021.11.5. 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 토지와 건물의 가액을 기준시가로 안분계산하여 건물의 가액을 OOO원으로 산정하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인들이 매매계약서 상 건물가액을 산정한 합리적인 이유를 제시하지 못하고 있을 뿐만 아니라 구체적이고 객관적인 근거를 제시하고 있지 아니하고, 쟁점부동산의 건물가액(OOO원)은 국세청 기준시가 OOO원과 현격한 차이가 있는 점 등을 근거로 이를 쟁점건물의 가액으로 인정할 수 없다고 주장하나, 청구인들이 쟁점부동산의 양도와 관련하여 2018.3.21.에 작성한 계약서②의 특약사항에 토지가격 금 OOO원, 건물가격 금 OOO원(공동주택신축으로 인한 건물 철거)으로 토지 가액과 건물 가액이 구분되어 있는 점, 쟁점건물이 2018년 9월에 실제로 철거된 것으로 확인되는 점, 2018.12.31. 개정된 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 는 ‘ 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우’ 안분계산한 금액을 공급가액으로 하도록 규정하고 있으나, 쟁점부동산의 양도는 2018.4.30.에 이루어져 동 규정이 적용되지 않는 점 등에 비추어 처분청이 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.