청구법인이 쟁점임야를 정관에 규정된 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 사용하였으므로 쟁점임야의 양도는 법인세 과세대상에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO서장이 2021.12.29. 청구법인에게 한 2021사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2021.2.19. 결성되어 향사의 봉행, 족보 간행, 선묘 선대의 설단, 자선사업, 선대유물 및 유적의 관리를 고유목적사업으로 하는 법인으로 보는 단체로서 OOO 임야 OOO㎡(이하 “쟁점①임야”라 한다) 및 같은 동 OOO 임야 OOO㎡(이하 “쟁점②임야”라 하고, 쟁점①임야와 함께 이하 “쟁점임야”라 한다)를 소유하다 ‘OOO’을 목적으로 2021.4.7. 수용을 원인으로 하여 쟁점임야를 OOO에 양도하였다.
• 나. 청구법인은 쟁점임야를 과세대상으로 보아 법인세법 제62조의2 및 같은 법 시행령 제99조의2에 따라 비영리내국법인의 양도소득세과세표준예정신고를 하고 법인세 OOO원을 납부한 후, 2021.10.12. 국세기본법 제13조 제2항 의 법인으로 보는 단체로서 승인받은 종중이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용해 온 부동산(쟁점임야)의 양도로 발생한 수입은 법인세 과세대상에서 제외되는 것으로 보아 기 납부한 법인세(OOO원)의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.12.29. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.1.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점임야는 등기부등본 및 토지대장 등의 공부가 정비되기 이전인 1912년 이전부터 청구법인이 보유하고 있던 것으로서 쟁점임야의 분할 이전에 모번지인 OOO임야의 전체면적은 OOO에 불과하다. OOO에 수용된 쟁점①임야는 OOO 임야에서 분할된 후 수용되었고, 분할된 이후 수용된 쟁점①임야 OOO㎡는 분묘의 봉분이 위치한 같은 동 OOO 임야 OOO㎡ 전체를 둘러싸고 있는 형태이다. 수 백년 동안 쟁점임야는 오로지 선조 묘역의 관리, 제사봉행 등을 위하여 계속하여 종회 고유목적에 사용하던 중 ‘OOO’로 OOO에 수용됨에 따라 청구법인은 몇 년에 걸쳐 수용불가함을 호소하였고, 이후 협의의 과정을 거쳐 분묘가 직접 소재해 있던 묘역인 200평은 도저히 묘의 이장이 불가함에 따라 이 부분을 유지 및 존치할 수 있도록 쟁점임야가 수용되기 이 전에 필지를 분할하는 방식으로 하여 공원 내에 존치하도록 협의되었다. 이처럼 쟁점임야는 금양임야로서 정관상 고유목적사업에 직접 사용되었고, 그 이외 다른 목적으로 사용된 사실이 확인되지 않았다는 점이 공부, 지적도, 항공사진, 종회 회의록 등을 통해 확인된다. 단순히 토지를 수용하기 위한 목적으로 지방자치단체가 임의로 분할하여 수용된 토지(쟁점임야)에 봉분과 묘역이 없다는 이유로 청구법인이 정관상 고유목적사업에 쟁점임야를 직접 사용하지 아니한 것으로 보는 것은 실질과세의 원칙에 부합하지 않는다. 가령 토지의 수용 시에 분할되지 않고 전체 임야면적인 OOO㎡가 모두 수용되었다면 고유목적 사업에 사용된 것으로 당연히 비과세 될 수 있을 것임에도 종중원의 강한 반대에도 불구하고, 지방자치단체의 공익사업에 협조하기 위한 몇 년에 걸친 협의 결과 토지분할 후 수용된 결과가 이처럼 불합리한 과세를 초래하게 된다면 이는 조세정의에도 부합하지 않는다 할 것이다. 또한, 민법 제1008조의3에 따르면 분묘에 속한 1정보(즉, 3,000평) 이내의 금양임야와 600평 이내의 묘토인 농지, 족보와 제구의 소유권은 제사를 주재하는 자가 이를 승계하도록 규정하고 있으므로 상속세에서도 이를 비과세하도록 하고 있다. 청구법인의 정관 상 목적에도 있듯이 청구법인은 선묘의 관리보존 및 종묘시제 봉형을 목적으로 하여 향사의 봉행 선대의 유물유적 및 분묘의 위 표물 임야 공제 및 재산 일절을 관리하는 종회이고, 쟁점임야는 오랜기간 종중의 선산으로서 선조 분묘를 포함하고 있으며, 임대 또는 다른 용도로 사용하지 아니하여 쟁점임야가 조상 분묘의 유지 및 보존에 사용하는 선산의 기능을 상실하지 아니하였으므로 현재 3년 이상 계속하여 청구법인의 고유목적에 사용하였다고 봄이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 양도한 쟁점임야는 청구법인이 보유하면서 계속하여 선산으로서 조상 묘역의 유지 및 보존에 공하여 왔으므로 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적 사업에 직접 사용한 임야로 보아 그 처분 수입을 법인세 과세대상에서 제외하여야 한다는 주장에 대하여 살펴본다. 법인세법 제4조 제3항 및 같은 법 시행령 제3조 제2항에 따르면, 비영리법인의 고유목적사업에 직접 사용한 자산의 양도차익에 대한 과세제외는 종중의 고유목적사업에 직접적으로 사용된 사실이 객관적으로 인정되는 부분에 대해서만 적용되는 것이므로 선조의 묘역이 아닌 임야 일부를 양도하는 경우에는 고유목적사업에 직접 사용된 자산으로 볼 수 없다. 청구법인은 회의록 등 증빙, 묘역공사 사진 및 제사를 모시는 사진을 통해 묘역이 방치되지 않은 상태로 관리되고 있다는 것을 확인할 수 있고, 쟁점임야를 선산으로 활용 및 보존하고 있다는 그 자체로서 종중의 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 이러한 증빙은 양도된 토지(쟁점임야)가 아닌 종중명의로 분할 잔존된 묘역 토지와 관련된 자료 또는 양도일로부터 3년 이전의 활동 자료들에 해당하므로 고유목적사업에 대한 간접적인 기여 외에 쟁점 임야가 양도일로부터 3년 이상 계속적으로 고유목적사업인 선조 묘역의 관리, 제사 보행에 직접 사용되었다거나 그 기능을 하였다고 볼 만한 객관적인 증빙으로 보기 어렵다. 따라서, 쟁점임야가 처분일(수용일) 전 3년 이상 계속하여 청구법인의 고유목적사업에 사용된 것으로 확정하기 어려우므로, 기 납부한 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점임야를 정관에 규정된 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 사용하였으므로 쟁점임야의 양도는 법인세 과세대상에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제13조[법인으로 보는 단체 등]

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

③ 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체는 그 신청에 대하여 관할 세무서장의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 소득세법에 따른 거주자 또는 비거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다. 제14조[실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(2) 법인세법 제4조[과세소득의 범위] ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지 등 양도소득

② 제1항 제1호를 적용할 때 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14 제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다.

③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 통계법 제22조 에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 소득세법 제16조 제1항 에 따른 이자소득

3. 소득세법 제17조 제1항 에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

6. 소득세법 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 (3) 법인세법 시행령 제3조[수익사업의 범위] ① 법 제4조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)ㆍ조경관리 및 유지 서비스업 외의 농업

2. 연구개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다) 2의2. 선급검사(船級檢査) 용역을 공급하는 사업

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육시설에서 해당 법률에 따른 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업

② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 “대통령령으로 정하는 수입”이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(국가균형발전 특별법 제18조 에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다. 제4조 [사업연도의 개시일] 국세기본법 제13조 제2항 의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장의 승인을 얻은 단체의 경우에는 그 승인일

(4) 민법 제1008조의3[분묘 등의 승계] 분묘에 속한 1정보 이내의 금양임야와 600평 이내의 묘토인 농지, 족보와 제구의 소유권은 제사를 주재하는 자가 이를 승계한다.

(5) 상속세 및 증여세법 제12조[비과세되는 상속재산] 다음 각 호에 규정된 재산에 대해서는 상속세를 부과하지 아니한다.

3. 민법 제1008조의3에 규정된 재산 중 대통령령으로 정하는 범위의 재산 (6) 상속세 및 증여세법 시행령 제8조[비과세되는 상속재산] ③ 법 제12조 제3호에서 “대통령령으로 정하는 범위의 재산”이란 제사를 주재하는 상속인(다수의 상속인이 공동으로 제사를 주재하는 경우에는 그 공동으로 주재하는 상속인 전체를 말한다)을 기준으로 다음 각 호에 해당하는 재산을 말한다. 다만, 제1호 및 제2호의 재산가액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 2억원을 한도로 하고, 제3호의 재산가액의 합계액이 1천만원을 초과하는 경우에는 1천만원을 한도로 한다.

1. 피상속인이 제사를 주재하고 있던 선조의 분묘(이하 이 조에서 “분묘”라 한다)에 속한 9,900제곱미터이내의 금양임야

2. 분묘에 속한 1,980제곱미터이내의 묘토인 농지

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2021.3.31. ‘수용’을 원인으로 하여 2021.4.7. OOO에 쟁점임야의 소유권을 이전하였다.

(2) 청구법인이 제출한 증빙과 처분청 심리자료는 다음과 같다. (가) OOO서장은 2021.3.5. 청구법인에게 발급사유 ‘신규’로 하여 고유번호증을, 지정연월일을 2021.2.26.로 하는 법인으로 보는 단체의 국세에 관한 의무이행자 지정통지서를 각각 발급하였다. (나) 청구법인이 제출한 보상금 산정 총괄조서를 살펴보면, 쟁점임야의 보상금은 토지 OOO 물건 OOO원으로 각각 기재되어 있다. (다) 등기사항전부증명서를 살펴보면, 청구법인은 1995.9.26. 쟁점 임야에 대한 소유권을 취득(등기원인: 명의신탁해지 및 증여)한 것으로 나타난다(쟁점임야 가운데 OOO 토지는 2020.3.27. 같은 동 OOO에서 분할됨). (라) 청구법인이 제출한 분묘조서에 따르면 OOO 토지(임야)에는 총 4개의 분묘가 있는 것으로 기재되어 있다(분묘번호 OOO). (마) 청구법인이 제출한 개발행위(토지분할) 허가통보(OOO)를 살펴보면, OOO청장은 2020.3.16. OOO 임야에 대하여 묘지분할을 목적으로 당초 OOO㎡(자연녹지지역)를 OOO㎡ 및 OOO㎡으로 분할한 것으로 나타난다. (바) 청구법인이 제출한 분할측량 성과도(OOO청장이 2020.3.24. 발급)에 따르면 OOO 임야는 같은 동 OOO 임야가 그 주위를 둘러싸고 있는 형태로 나타난다. (사) 청구법인이 제출한 종회 정관의 주요 내용은 아래와 같다. (아) 처분청이 제출한 청구법인의 사업이력은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구법인의 사업현황표 (자) 국세청 전산자료에 따르면 청구법인의 2018년∼2020년 귀속 종합소득세 신고내역은 아래 <표2>와 같고, 이는 부동산 임대업(사업자등록번호 610-26-*)에서 발생한 사업소득으로 확인된다. <표2> 청구법인의 종합소득세 신고내역 (차) 처분청이 제출한 쟁점임야 관련 항공사진을 살펴보면 쟁점①임야는 분묘 봉분이 위치한 OOO 임야를 둘러싸고 있는 형태이고, 쟁점①임야는 쟁점②임야와 연접하고 있는 것으로 나타난다. (카) 청구법인이 제출한 쟁점임야 수용과 관련한 이의신청서의 주요 내용은 아래와 같다. (타) 청구법인이 제출한 종회업무현안 및 대의원 회의록의 발췌내용은 아래와 같다. (파) 청구법인이 제출한 경과보고 및 임원회의록 일부 내용은 아래와 같다. (하) 청구법인이 제출한 분묘공사 및 제사사진은 아래와 같다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점임야의 처분(수용)일 이전 3년 이상 계속하여 청구법인의 고유목적사업에 사용된 것으로 보기 어렵다는 의견이나, 청구법인은 2021.2.26. 법인으로 보는 단체로 지정되어 2021.3.5. 고유번호증을 발급받았으며 청구법인의 정관에는 향사의 봉행, 분묘의 관리 등을 그 목적사업으로 정하고 있는 점, 쟁점임야를 포함한 전체임야에 선조들의 분묘가 존재하고 그 분묘를 관리하고 제사를 지낸 것으로 나타나는 점, 항공사진 등에 의하면 쟁점임야로의 분할 및 수용되기 이전까지 분묘가 있는 임야의 일부로 다른 용도로 사용된 사실은 나타나지 않는 점, 청구법인이 제시한 종회 경과보고서 등에 의하면 당초 전체임야가 수용될 예정이었으나 종원들의 노력으로 분묘가 위치한 임야는 존치하는 것으로 나타나는 점, 쟁점임야로의 분할 및 수용은 청구법인이 자발적으로 쟁점임야를 양도하기 위하여 분할한 것이 아니라 공원조성이라는 공익사업에 협조하면서 분묘를 지키기 위한 결과로 나타나는 점, 분묘가 있는 임야를 포함한 전체임야가 분할되지 않고 수용되었다면 청구법인의 고유목적사업에 사용된 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점임야가 수용되기 이전의 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하였다고 보는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분에는 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.