3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점 청구법인이 청구법인의 대표이사로부터 쟁점특허권을 취득한 것에 대하여 부당행 위계산부인 규정을 적용하여 관련 감가상각비를 손금불산입하고, 당해 취득대금을 청구법인의 대표이사에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분의 당부
- 나. 관련 법령
(1) 법인 세법 제4조(실질과세) ① 자산이나 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속 되는 법인과 사실상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 사실상 귀속되 는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.
② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득․수익 등의 명칭이나 형식에도 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내 국 법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득 에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.
1. 제60조에 따른 신고
2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정
3. 국세기본법 제45조 에 따른 수정신고 (2) 법인세법 시행령 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. (단서 생략)
- 가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당
- 나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
(3) 발명진흥법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체 (이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종 업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다. 제10조(직무발명) ① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록 (이하 “특허등”이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특 허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 “특허권등”이라 한다)에 대하여 통상실시권을 가진다. (단서 생략)
- 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1996.9.20. 토목 및 건축기초설계에 대한 지질조사 등을 영위할 목적으로 설립된 법인이며, 청구법인의 대표이사는 토질 및 기초기술사 국가기술자격 증 보유자이다. (나) 청구법인의 발행주식 보유현황 및 주주구성은 아래와 같다. OOO (다) 2020사업연도말 기준 청구법인의 특허권 보유현황은 아래와 같다. OOO (라) 청구법인의 대표이사는 2017.8.29. 및 2017.11.21. 쟁점특허권①과 쟁점특허권②를 순차적으로 특허등록한 후, 청구법인에게 2017.9.27. 쟁점특허권①을, 2019.1.17. 쟁점특허권②를 각 OOO원에 양도하였다(아래 <표1> 참조). <표1> 쟁점특허권 내용 및 양도사항 OOO (마) 청구법인에게 직무발명 보상금과 관련된 규정은 제정되지 아니하였고, 청구 법인 명의의 특허권 등록 시 발명자들에게 별도의 직무발명보상금 등의 대가를 지급 한 것은 없는 것으로 조사되었다. (바) 쟁점특허권의 취득 관련 용역계약 진행과정은 아래와 같으며, 감정평가서 외 에 평가내용에 대한 타당성, 사업가능성, 수익성 등에 대한 청구법인의 검토내용은 나타나지 않는다.
1. 청구법인은 쟁점특허권①이 등록된 2017.8.29. 다음날인 2017.8.30. 쟁점특 허권①에 대한 기술감정평가 및 권리이전 대행 용역계약을 OOO(대표자 CCC, OOO 소재)와 체결(공급대가 OOO원)하고 2017.10.10. OOO에게 OOO원을 이체하 였으며, OOO는 2017.9.13. 주식회사 감정평가법인 AAA에 쟁점특허권①에 대한 감 정평가를 의뢰하여 2017.9.18. 감정평가가 종료(감정평가액 OOO원)된 사실이 기 술감정평가 및 권리이전 대행 용역 계약서, 청구서, 입출거래내역 등에 나타난다.
2. 청구법인은 2018.11.27. 쟁점특허권②에 대한 기술감정평가 및 권리이전 대 행 용역계약을 OOO와 체결(공급대가 OOO원)하고 2019.1.24. OOO에게 OOO원을 이 체하였으며, OOO는 2019.1.14. 주식회사 감정평가법인 AAA에 쟁점특허권②에 대한 감정평가를 의뢰하여 2019.1.15. 감정평가가 종료(감정평가액 OOO원)된 사실이 기 술감정평가 및 권리이전 대행 용역 계약서, 청구서, 입출거래내역 등에 나타난다. (사) 청구법인은 쟁점특허권의 취득결정이 이루어진 과정 등을 입증하기 위하여 아 래 <표2>와 같이 이사회 의사록과 참석자 명단, 임시주주총회 의사록과 참석자 명단을 제출하였다. <표2> 청구법인이 제출한 이사회 의사록 등 기재내용 OOO (아) 쟁점특허권① 관련 이사회와 임시주주총회가 열린 날(2017.9.4. 및 2017.9.22.) 청구법인이 제출한 위 <표2>의 이사회 의사록 등에는 청구법인의 대표이사가 의장으로 참석한 것으로 기재되어 있으나, 이때 청구법인의 대표이사는 아래 <표3>과 같이 OOO에 체류(2017.8.9.∼2018.7.25.) 중인 것으로 나타난다. <표3> 청구법인의 대표이사 및 감사의 출입국 내역 OOO (자) 청구법인이 제출한 위 <표3>의 이사회 의사록에는 쟁점특허권의 취득을 위 해 이사회에서 제3자 평가 후 쟁점특허권을 인수해야 함을 설명하고 양수를 결의 한 것으로 기재되어 있으나, 실제 용역계약일(2017.8.30.)은 이사회 개최일(2017.9.4.) 이전인 것으로 나타난다. (차) 청구법인과 청구법인의 대표이사 간에 작성된 양도계약서의 내용은 아래 <표4>와 같고, 2017.10.19. 원천징수액을 차감한 OOO원을, 2019.2.13. 원천징수액 을 차감한 OOO원을 청구법인의 대표이사에게 이체하였다. <표4> 산업재산권 양도계약서 내용 OOO (카) 청구법인은 쟁점특허권의 취득 이후 심판청구일 현재까지 관련 매출이 발생하거나, 쟁점특허권을 이용한 사업이 진행된 바도 없는 것으로 조사되었다. (타) 청구법인은 청구주장과 관련하여, 연구개발 노트, 청구법인의 대표이사 이력 서(OOO 대학원 건설환경공학과 박사 등, 토목공학ㆍ지반공학전공 등), 국가기술자격증(토질 및 기초기술사), OOO 회원증(기술종목: 토지 및 기초기술사), 사단법인 OOO 회장 당선증(2019.1.25.), OOO 인증서(OOO시장, 2019.12.31.), 사단법인 OOO 기 술상(2017.3.30.), OOO장관의 표창장(2017.2.24.), OOO 위원 위촉장(OOO시장, 2021.7.1.), 사단법인 OOO 부회장 임명장(2021.4.12.), 사단법인 OOO 명예회장 위 촉장(2021.1.29.), OOO 위원 위촉장(2021.1.15.), OOO 위원단 위원 위촉장(2021.1.10.), OOO 위원 위촉장(2020.12.14.), OOO 위원 위촉장(2020.7.31.), OOO 위원 위촉장(2020.7.1.), OOO 위원 위촉장(2020.7.1.), OOO 위원 위촉장(2020.6.1.), OOO 부회장 선임장(2020.4.20.), OOO 외부전문가 자문위원 위촉장(2020.1.31.), OOO 위원 위촉장(2019.12.1.), OOO 위촉장(2019.10.25.), OOO 위원 위촉장(2019.10.1.), OOO 위촉장(2019.8.10.), OOO 위원 위촉장(2019.1.10.), OOO 위원 위촉장(2019.1.1.), OOO 위촉장(2014.1.1.) 등을 제출하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 청구법인의 대표이사가 개인적인 노력과 연구활동으로 쟁점특허권을 등록하였으므로 이는 직무 발명이 아니라 통상실시권이 발생되지 않는 업무발명에 불과하고, 청구법인이 쟁점특 허권을 취득한 후 경제환경의 변화로 단기간에 매출이 발생되지 않았다 하여 이를 무수익 자산의 취득으로 보아 관련 감가상각비를 손금불산입하고, 청구법인의 대표이 사에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 것이 위법․부당하다는 취지로 주장하나, 청구법인은 “토목 및 건축기초설계에 대한 지질조사” 등을 영위하는 법인이고, 쟁 점특허권은 “OOO”, “OOO”에 관한 특허 및 그 권리로서, 쟁점특허권의 내용은 청 구법인이 영위하는 사업영역 내에 포함되는 것으로 보이고, 그 기술의 내용에 비추 어 단순한 구상만으로 개발할 수 있는 것이 아니라 기술의 실현가능성, 효율성 등을 검 증하기 위해 시제품의 제작 및 다양한 안전성 실험 등이 필요해 보이는데, 거기에는 상당한 설비 및 비용이 소요될 것이므로 특별한 사정이 없는 한 이를 청구법인의 대 표이사 개인의 연구개발로 보아 청구법인의 대표이사 단독 소유라 보기는 어렵다 할 것인 점, 청구법인이 처분청에 제출한 쟁점특허권의 취득경위서에서 청구법인은 쟁점특허권의 개발동기를 “현재의 지반설계 및 지반조사 업무로는 회사성장의 한계가 분명하여 토질 및 기초분야 특허개발 및 사업화를 통한 제2의 도약을 모색하고자 개발한 것”이라는 취지로 답변한 사실 등으로 보아, 쟁점특허권의 발명단계부터 청구법인의 사업화를 위해 특허등록을 추진한 것으로 보이는 점, 청구법인의 대표이사는 청구법인을 사실상 지배하는 위치에 있는 상황에서 쟁점특허권의 개발에 참여하였다 하더라도 동 직위는 회사 경영에 노하우 등 아이디어를 제공할 수 있고 이러한 활동은 법인에 고용된 지위에 있는 자가 본연의 업무를 수행 한 것으로 볼 수 있어 이를 가지고 통상실시권이 발생되지 않는 업무발명에 해당한다고 보기 어렵다 할 것인 점, 청구법인의 대표이사가 제출한 연구개발 노트, 자신의 이력서, 자격증, 각종 위촉 장 외에는 청구법인의 대표이사 자신만의 노력과 비용 등으로 쟁점특허권을 취득하였다 는 점을 입증할 수 있는 증거자료의 제출이 부족한 점, 청구법인이 쟁점특허권의 취득과정을 입증하기 위하여 제출한 이사회 의사록, 임 시주주총회 의사록 등의 기재내용을 보면, 청구법인의 대표이사가 해외 출국 중인 기간 임에도 불구하고 의사록 등에 참석자로 기재되어 있는 등 청구법인이 제출한 관련 서류를 신뢰하기 어려워 보이는 점, 청구법인이 쟁점특허권을 취득하면서 감정평가 외에 쟁점특허권에 대한 사업가능 성, 수익성 등에 대하여 검토한 과정이 있었음을 찾아보기 어려운 점, 쟁점특허권이 청구법인의 대표이사로부터 청구법인으로 이전하는 과정에서 관련 감정평가 비용, 이전 비용 등이 모두 청구법인의 비용으로 지출된 증거자료가 다수 확인된 점 등에 비추어, 이 건의 경우, 사실상 청구법인의 대표이사 개인의 아이디어 등을 토대로 청구법 인의 대표이사 개인이 아니라 청구법인이 처음부터 쟁점특허권을 취득한 것으로 보는 것이 합리적이라 할 것이다. 설령, 청구주장과 같이 쟁점특허권이 원래부터 청구법인의 대표이사 소유였다가 청구법인이 이를 취득하였다고 하더라도, 법인세법 제52조 제1항 및 같은 법 시 행령 제88조 제2항에서 무수익 자산을 매입한 경우를 부당행위 계산의 유형으로 보고 있고, 여기에서 “무수익자산”이라 함은 법인의 수익파생에 공헌하지 못하거나 법인의 수익과 관련이 없는 자산으로서 장래에도 그 자산의 운용으로 수익을 얻을 가망성이 희박한 자산을 말한다 할 것(대법원 2000.11.10. 선고 98두12055 판결, 같은 뜻임)인바, 청구법인은 2017.9.27. 및 2019.1.17. 쟁점특허권을 취득한 후 3∼5년이 경과한 심리일 현재까지도 쟁점특허권의 취득과 관련하여 수익파생에 공헌하고 있다는 사실 이 나타나지 아니하고, 장래에도 수익을 얻을 가망성이 있을 것으로 판단할 자료가 제시 가 되지 아니하므로, 쟁점특허권의 취득을 무수익 자산의 취득으로 볼 수밖에 없다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점특허권 취득행위를 부당행위계산부인하여 쟁점특허권과 관 련된 감가상각비를 손금불산입하고, 청구법인의 대표이사에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.