[요지] 처분청은 청구인이 2017년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 부가가치세 과세대상인 쟁점오피스텔을 공급하면서 부가가치세를 신고하지 아니하였다면서 부가가치세를 부과하였는데, 이는 청구인이 2015년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간 중 쟁점오피스텔의 신축 공사행위를 부가가치세 면제대상으로 보아 신고한 행위와 양립할 수 없는바, 청구인이 2015년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간 중 쟁점오피스텔의 신축 공사행위를 부가가치세 과세대상으로 보아 관련 매입세액의 환급을 구하는 후발적 경정청구는 가능하다고 봄이 타당하다 할 것임
[참조결정] 조심2022부1836 / 조심2020서7834 / 조심2015중1347
[주 문] OOO서장이 2021.11.18. 청구인에게 한 2015년 제1기 및 제2기 부가가치세 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 국세기본법제45조의2 제2항 제4호는 후발적 경정청구의 사유 중 하나로 “결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때”를 열거하고 있다.
(2) 쟁점오피스텔을 조세특례제한법상 국민주택으로 보아 부가가치세 면세 대상으로 보면, 쟁점오피스텔 신축공사에 관한 매입세액은 과세사업에 관한 매입세액이 아니어서 공제대상에 해당하지 아니하나, 쟁점오피스텔을 업무용으로 보아 부가가치세 과세 대상으로 보면, 쟁점오피스텔 신축공사에 관한 매입세액은 과세사업에 관한 매입세액이므로 공제되는 매입세액에 해당하는바, 처분청이 쟁점오피스텔 매도시점에 속하는 과세기간(2017년 제1기)에 대하여 쟁점오피스텔을 업무용으로 보아 경정을 하였으므로, 쟁점오피스텔의 신축공사 기간(2015년 제1기 및 제2기)에 속하는 과세기간에 대해서는 경정사유가 발생한 것이므로, 이는 국세기본법제45조의2 제2항 제4호의 후발적 경정청구 사유에 해당한다.
(3) 대법원은 후발적 사유에 의한 경정청구는 국세부과제척기간이 경과된 후에도 가능하다는 입장인바(대법원 2009.5.14. 선고 2006두17390 판결, 같은 뜻임), 국세부과제척기간이 경과하였다는 이유로 납세의무자의 후발적 경정청구(감액경정)를 제한하는 것은국세기본법상 국세부과제척기간에 관한 규정을 오인한 것이다.
(1) 청구인은 당초 과세표준신고서를 법정기한 내에 제출한 후 처분청으로부터 처분을 고지받았으므로, 이는 국세기본법제55조에 의한 불복청구를 해야 하고, 후발적 경정청구를 할 수 있는 사안은 아니다.
(2) 과세표준이나 세액의 산정기초가 되는 거래행위 등의 존부가 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정되게 하는 것과 무관한 판결 또는 과세기간 사이의 이중과세를 유발하지 않는 과세관청의 결정 또는 경정을 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니한다. 또한, 과세기준자문 해석에 따르더라도 처분청이 쟁점오피스텔의 공급을 조세특례제한법상 면세인 국민주택의 공급에 해당하지 아니한 과세거래로 보아 관련 부가가치세를 경정한 처분은 당초 매입세액불공제한 과세기간에 대하여 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니한다고 보았다(기준-2021-법령해석기본-0168 참조).
3. 심리 및 판단
(1) 국세기본법(2021.12.21. 법률 제18586호로 개정되기 전의 것) 제26조의2[국세의 부과제척기간] ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. (단서 생략)
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.
1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우: 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)
⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.
3. 제45조의2 제1항 및 제2항 또는 국제조세조정에 관한 법률 제19조 제1항 및 제33조 제2항에 따른 경정청구 또는 같은 법 제20조 제2항에 따른 조정권고가 있는 경우: 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월 제45조의2[경정 등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.
② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때
(2) 국세기본법 시행령 제25조의2[후발적 사유] 법 제45조의2 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우
(3) 조세특례제한법(2015.8.11. 법률 제13474호로 개정되기 전의 것) 제106조[부가가치세의 면제 등] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제4호의5, 제9호, 제9호의3 및 제12호는 2015년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2, 제9호의2 및 제11호는 2017년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.
4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다)
(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들을 인정할 수 있다. (가) 청구인에 대한 사업자등록증(2015.1.28.)에 의하면, 청구인은 2015.1.28. OOO에서 주거용·비주거용 건물 건설업을 영위할 목적으로 개업한 사실이 나타난다. (나) 쟁점오피스텔에 대한 집합건축물대장(2021.10.19.)을 보면, 청구인이 2013.6.13. 관할 지방자치단체장으로부터 쟁점오피스텔 신축을 위한 건축허가를 받아, 2015.6.13. 착공하였고, 2015.7.28. 사용승인을 받은 사실 및 쟁점오피스텔의 연면적이 1,682.59㎡, 지상 8층{기계식 주차장 및 제2종근린시설(1층), 업무시설(오피스텔, 2∼8층)}으로 구성된 사실이 각 확인된다. (다) 청구인의 부가가치세 확정신고서(2015.7.24. 및 2016.1.25.)에 의하면, 청구인은 2015.7.24. 및 2016.1.25. 처분청에 2015년 제1기 및 제2기 부가가치세를 신고하면서 공제받지 못할 매입세액(면세사업 관련)을 아래 ＜표＞와 같이 신고한 사실이 나타난다. ＜표＞ 2015년 제1∼2기 부가가치세 신고시 매입세액불공제액 OOO (라) 대법원은 2021.1.28. “공급 당시 공부상 용도가 ‘업무시설’인 ‘오피스텔’은 조세특례제한법제106조 제1항 제4호의 부가가치세 면제대상으로 정한 ‘국민주택’에 해당하지 아니한다”고 판시하였다(대법원 2021.1.28. 선고 2020두44725 판결). (마) 처분청의 경정청구 검토서(2021.11.12.)를 보면, 청구인은 후발적 경정청구 사유 중 국세기본법제45조의2 제2항 제4호의 “결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때”를 언급하며 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 주장하나, 과세표준 및 세액의 산정기초가 되는 거래 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정되게 하는 것과 무관한 판결 및 과세기간 사이의 이중과세를 유발하지 않는 과세관청의 결정 또는 경정은 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다는 내용이 기재되어 있다. (바) 처분청이 제출한 과세기준자문 의견(기준-2021-법령해석기본-0168)에 의하면, 오피스텔 공급을 과세거래로 보아 관련 부가가치세를 경정한 처분은 당초 매입세액 불공제한 과세기간에 대하여 국세기본법제46조의2 제2항 제4호에서 정하는 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니한다는 내용이 기재되어 있다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점오피스텔의 공급을 조세특례제한법상 면세인 국민주택의 공급에 해당하지 아니한 과세거래로 보아 관련 부가가치세를 경정한 처분을 하였더라도 당초 매입세액을 불공제한 과세기간에 대한 후발적 경정청구는 인정되지 아니한다는 의견이나, 아래와 같은 사정들에 비추어 이 건 경정청구 거부처분은 잘못이 있다고 판단된다. (가) 후발적 경정청구 제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 것에 있다 하겠다(대법원 2011.7.28. 선고 2009두22379 판결 등 다수, 같은 뜻임). 또한, 후발적 사유에 의한 경정청구제도는 납세자에게 창설적으로 부여하는 것이 아니라 조리상 당연히 인정되는 권리에 관하여 그 요건과 내용, 절차 등을 보다 분명히 규정함으로써 경정청구권의 행사를 용이하게 보장하기 위한 것이므로[헌법재판소 2000.2.24. 선고 97헌마13·245(병합) 전원재판부 결정, 같은 뜻임], 이러한 후발적 경정청구제도의 취지나 국세기본법 시행령제25조의2 제4호가 후발적 경정청구의 사유에 관하여 포괄적인 규정을 두고 있는 점 등을 고려할 때, 조세법률관계의 조속한 확정을 이유로 후발적 경정청구의 사유를 굳이 제한적으로 해석할 것은 아니라 하겠다(조심 2020서7834, 2021.4.14., 같은 뜻임). (나) 나아가 국세기본법제45조의2 제2항 제4호는 “결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때”라고 규정하고 있으므로, 납세의무와 관련된 법률행위 및 납세자의 세액을 확정하는 신고가 있었으나 그 후 과세관청이 그 거래에 대한 납세자의 인식과 다른 내용을 기반으로 하여 새로운 부과처분을 하고 납세자가 이러한 부과처분의 내용을 그대로 받아들인다면 새로운 부과처분의 시점과 내용을 기준으로 한 경정청구를 허용할 필요가 있다 하겠다. (다) 이 건의 경우, 쟁점오피스텔의 신축 및 공급과 관련된 사실관계 자체에는 변동이 없으나, 처분청이 대법원 판결(대법원 2021.1.28. 선고 2020두44725 판결)에 따라 공부상 용도가 업무시설인 오피스텔의 공급은 부가가치세 과세대상에 해당한다면서 그동안의 법률적 평가를 변경하였고, 이에 더하여 처분청은 청구인이 2017년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 부가가치세 과세대상인 쟁점오피스텔을 공급하면서 부가가치세를 신고하지 아니하였다면서 부가가치세를 부과하였는데, 이는 청구인이 2015년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간 중 쟁점오피스텔의 신축 공사행위를 부가가치세 면제대상으로 보아 신고한 행위와 양립할 수 없는바, 청구인이 2015년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간 중 쟁점오피스텔의 신축 공사행위를 부가가치세 과세대상으로 보아 관련 매입세액의 환급을 구하는 후발적 경정청구는 가능하다고 봄이 타당하다 할 것이다. (라) 또한, 국세기본법제26조의2 제6항 제3호는 제1항에서 규정하는 부과제척기간에도 불구하고 같은 법 제45조의2 제2항에 따른 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지는 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있는바, 이는 국세부과제척기간이 경과한 경우에도 후발적 사유에 의한 경정청구시 과세관청의 경정이 가능하도록 함으로써 납세권익을 제고하려는 것임을 감안할 때 국세의 부과제척기간이 경과하였다 하더라도 후발적 사유에 의한 경정청구는 가능하다고 해석하는 것이 합리적이라 하겠다(조심 2015중1347, 2015.7.2., 같은 뜻임).
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.