쟁점부동산은 청구법인 소유의 주택이고, 위 조항은 비사업용토지와 달리 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 경우 제외된다는 예외규정을 두고 있지 않으며, 과세특례 제외대상인 임대주택이나 기숙사 등에도 해당되지 아니하는 점, 1세대 2주택 이상의 주택에 대하여 양도소득세를 중과하는 것에 맞추어 법인의 주택양도소득에 대하여 계산한 세액을 법인세로 추가하여 과세하도록 하였던 점, 청구법인도 쟁점부동산이 주택임을 부인하지 않고 있고, 재무제표에 의하면 쟁점부동산을 투자자산으로 인식하였던 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인에 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 주택신축업, 건설업, 부동산매매업, 부동산개발 및 대지조성업 등을 목적사업으로 사업을 영위하던 중 쟁점부동산을 매입하여 주택 철거 후 신축하기 위하여 보유하다가 매각하였고, 이는 정관에 규정된 목적사업을 위하여 주택을 취득하였다가 직접 개발이 여의치 않아 매각한 것인바 주택신축업 및 부동산매매업을 목적사업으로 하지 않는 법인이 부동산 가치상승만을 목적으로 취득하였다가 양도하여 투자차익을 얻고자 한 것과는 다르게 보아야 한다.
(2) 처분청은 청구법인이 부동산매매업을 영위하였더라도 법인세를 추가로 납부하여야 한다는 의견이나, 토지 등 양도소득에 대한 과세특례를 적용함에 있어 내국법인이라도 주택신축업, 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인과 일반 법인과는 구분되어야 하는 것이고, 법인세법제55조의2의 입법취지는 법인이 부동산을 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용하지 않고 업무와 관련없이 취득하여 재산증식 수단으로 보유하다가 양도하는 투기행위를 억제하기 위한 것이므로 청구법인과 같은 경우 법인세법제55조의2를 적용하는 것은 해당 조항 입법취지에 비추어 타당하지 아니하다.
(3) 한편 대법원은 법인세법제55조의2와 동일한 입법취지인 법인세법제27조와 관련하여 부동산 매매업을 주업으로 하는 법인의 경우 일반법인과 달리 부동산을 매매하는 자체가 법인의 고유업무에 해당하고, 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 부동산 매매용토지를 양도하는 것 자체를 법인의 업무에 직접 사용하는 것으로 보아야한다고 판시(대법원 2018.5.11. 선고 2014두44342 판결)한바 있으므로 투기목적이 아닌 정당한 사업의 일환으로 쟁점부동산을 양도하였으므로 법인세법제55조의2를 적용하는 것은 타당하지 아니하다.
(4) 또한 처분청은 청구법인에게 법인세법제55조의2 제1항 제2호를 근거로 처분하였고, 위 조문은 상시주거용으로 사용하지 아니하고 휴양·피서·위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 “별장”이라 한다)을 양도하여야 하는데 청구법인이 매도한 쟁점부동산은 취득의 목적이나 경위, 휴양 등에 적합한 지역에 위치하는지 여부, 법인소재지와의 거리, 휴양 등을 위한 시설의 구비여부, 사치성 및 관리형태 등 구체적 사정을 고려해볼 때 별장에 해당하지 않음이 명백하고 청구법인이 별장의 용도로 사용하지 아니하였음에도 처분청은 쟁점부동산이 별장에 해당하는지 여부도 조사하지 아니하고 이 건 처분을 하였으므로 이는 위법하다.
(5) 처분청은 쟁점부동산이 법인세법제55조의2의 대통령령이 정한 주택에 해당한다는 이유로 적법한 처분이라는 의견이나, 위 규정의 문언 내용과 체계에 비추어 볼 때 이 주택은 상시 주거용으로 사용되는 것을 전제로 함(서울행정법원 2012.6.1. 선고 2012구합5824 판결, 대법원 2013.6.13. 선고 2013두1225 판결 등, 참조)을 알 수 있고, 쟁점부동산은 매수 후 양도할 때까지 계속 공실 상태였으므로 양도 당시 상시 주거용인 주택으로 사용되지 아니하였음에도 처분청은 이를 주택으로 보아 과세하였는바, 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세관청에 있으므로 처분청은 쟁점부동산이 양도 당시 상시 주거용으로 사용되었음을 입증하여야 한다. 또한 2014.12.23. 개정된 법인세법제55조의2 제1항 제2호에 대통령령으로 정하는 주택과 별도로 별장을 과세대상으로 포함시켰는바, 이는 대통령령으로 정하는 주택은 상시 주거용으로 사용하지 않는 별장과 대비되는 상시 주거용으로 사용되는 것을 전제로 함이 분명하므로 상시 주거용으로 사용하지 아니한 쟁점부동산은 법인세법제55조의2가 정한 과세특례대상에 해당되지 아니하므로 이 건 처분은 취소하여야 한다.
(1) 청구법인은 정관에 기재된 부동산매매업, 주택신축업의 목적사업에 따라 쟁점부동산을 취득하였다가 매각하였으므로 토지 등 양도소득에 대한 법인세 부과대상에 해당되지 아니한다고 주장하나, 법인세법제55조의2는 법인이 소유한 국내 소재 주택을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의10을 곱하여 산출한 세액을 추가 납부하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제92조의2 제2항 및 같은 법 시행규칙 제45조의2 제1항에 해당되는 경우 과세대상 주택에서 제외하고 있는바, 쟁점부동산은 이에 해당되지 아니하므로 법인세법제55조의2에 따라 법인세를 추가납부하여야 한다.
(2) 법인세법제55조의2 소정 토지 등의 양도소득에 대한 법인세란 법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세 이외에 당해 법령의 과세요건에 해당하는 경우 특별하게 추가하여 납부하여야 하는 것으로 주택의 경우 비사업용토지와 달리 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 경우 제외된다는 예외 규정을 두고 있지 않으므로 청구법인이 양도한 쟁점부동산은 과세대상 주택에 해당한다.
(3) 청구법인은 사업자등록을 정정하여 건설업, 임업, 비주거용건물임대업, 토지임대업, 부동산컨설팅, 부동산매매업으로 신청하였고, 2019사업연도 법인세 신고시 재무제표 등과 감사 시 소명한 자료를 보면 청구법인은 쟁점부동산 취득에 대하여 투자부동산으로 회계처리를 하였고 결산 시에도 이를 반영하여 제출하였으며, 2020사업연도 쟁점부동산을 양도하고 영업외수익인 기타 투자자산처분이익으로 처리하였는바, 이는 목적사업에 따라 쟁점부동산을 취득하였다는 청구법인의 주장과도 배치된다.
(4) 부동산매매업을 영위하는 법인이 주택을 취득하여 양도하는 경우 중 주택을 신축하여 판매하는 경우는 제외되어 있으나, 청구법인은 단순히 매매로 취득한 주택을 판매한 것으로 이 경우에도 해당되지 아니하는바 청구법인이 주장하는 내용은 법령에 규정되어 있지 않은 것으로 처분청이 청구법인의 쟁점부동산 양도소득에 대하여 법인세법 제55조의2 를 적용하여 법인세를 경정한 이 건 처분은 타당하다.
(5) 청구법인은 처분청이 쟁점부동산을 별장으로 보아 과세하였으므로 위법하다고 주장하나, 법인세법제55조의2가 규정하는 과세대상은 별장뿐만 아니라 대통령령으로 정하고 있는 주택도 과세대상에 포함되고, 처분청은 쟁점부동산이 대통령령으로 정하고 있는 주택인지 여부를 판단하였으며, 양도소득에 법인세를 추가로 납부하여야 하는 대상으로 확인되어 법인세를 과세한 것이므로 청구법인의 주장은 법인세법제55조의2의 규정을 오인한 것으로 보인다.
(6) 청구법인은 쟁점부동산 양도 당시 공실 상태였으므로 상시 주거용으로 사용하지 않아법인세법제55조의2 과세특례대상에 해당하지 아니한다고 주장하나, 2003.12.30. 제7005호로 개정된법인세법제55조의2 개정 취지를 살펴보면 주택시장 안정화 대책의 일환으로 법인이 양도하는 주택의 경우 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세대상 법인의 주택매매에 대하여 추가 과세하도록 신설된 것으로 주택의 공실 사유는 법인세법제55조의2 법인세 과세특례대상에서 제외할 수 있는 사유가 아니고, 청구법인이 제시한 법원의 판례들은 부가가치세법상 주택임대용역(면세)인지 아니면 숙박업(과세)인지에 대한 판단과 관련된 것이므로 이 건의 쟁점과 관련이 없으므로 청구법인의 주장을 인정하기는 어렵다.
(1) 법인세법(2019.12.31. 법률 제16833호로 일부개정된 것) 제4조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.
2. 청산소득(淸算所得)
3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액
2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 “별장”이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만, 지방자치법 제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지등 양도소득에 대하여는 제1항을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지등에 대한 토지등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다.
1. 파산선고에 의한 토지등의 처분으로 인하여 발생하는 소득
2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분할ㆍ통합으로 인하여 발생하는 소득
3. 도시 및 주거환경정비법이나 그 밖의 법률에 따른 환지(換地) 처분 등 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득 (2) 법인세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30396호로 일부개정된 것) 제92조의2(토지등양도소득에 대한 과세특례) ② 법 제55조의2 제1항 제2호 본문에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 국내에 소재하는 주 택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.
민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택 또는 공공주택 특별법 제2조 제1호 의3에 따른 공공매입임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 법 제111조에 따른 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 주택으로 한정한다. 1의2.〜1의13. (각호 생략)
2. 주주등이나 출연자가 아닌 임원 및 직원에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택
3. 저당권의 실행으로 인하여 취득하거나 채권변제를 대신하여 취득한 주택으로서 취득일부터 3년이 경과하지 아니한 주택
4. 그 밖에 부득이한 사유로 보유하고 있는 주택으로서 기획재정부령으로 정하는 주택 (3) 법인세법 시행규칙 제45조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 영 제92조의2 제2항 제4호에서 “기획재정부령으로 정하는 주택”이란 주택도시기금법에 따른 주택도시보증공사가 같은 법 시행령 제22조 제1항 제1호에 따라 매입한 주택을 말한다.
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2016.12.14. OOO에서 건설업, 부동산매매업, 주택신축업 등을 목적으로 설립된 사업자로 쟁점부동산 등기사항전부증명서에 의하면 쟁점부동산 현황은 아래 <표1>과 같고, 청구법인은 2020.11.19. ㈜AAA에 쟁점부동산을 양도(양도가액 OOO원)하고, 2020사업연도 법인세 신고시 법인세법제55조의2 소정 쟁점부동산 양도소득에 따른 법인세를 신고하지 아니하였다. <표1> 등기사항전부증명서상 쟁점부동산 현황 ㅇㅇㅇ (나) 청구법인의 2019사업연도 표준대차대조표에 의하면 계정과목 투자자산-부동산-건물에 OOO원이 기재되어 있고, 2020사업연도 표준손익계산서에 의하면 계정과목 영업외수익-기타투자자산처분이익 외 부분에 OOO원이 기재되어 있으며, 2020년 쟁점부동산 양도 당시 전표는 아래 <표2>와 같다. <표2> 2020년 쟁점부동산 양도 당시 청구법인 전표 ㅇㅇㅇ (다) 처분청은 쟁점부동산 양도차익 OOO원에 대해 10% 세율을 적용하여 2022.6.29. 청구법인에 2020사업연도 법인세 OOO원을 아래 <표3>과 같이 경정·고지하였다. <표3> 2020사업연도 법인세 경정내역 ㅇㅇㅇ (라) 2003.12.30. 법률 제7005호로 일부개정된 법인세법은 제55조의2 제1항을 신설하면서 개정이유에 “주택이 재산증식의 수단으로 되지 아니하도록 하기 위하여 1세대 2주택 이상의 주택에 대하여 양도소득세를 중과하는 것에 맞추어 법인의 주택양도소득에 대하여 30퍼센트 세율을 곱하여 계산한 세액을 법인세로 추가하여 과세하도록 함”으로 기재되어 있다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 정관에 규정된 목적사업을 위하여 쟁점부동산을 취득하였다가 매각한 것으로 이는 투자차익을 얻고자 한 목적이 아니고, 쟁점부동산을 상시 주거용으로 사용하지도 아니하였으므로 법인세법제55조의2의 과세특례대상으로 보아서는 아니된다고 주장하나, 법인세법제55조의2 제1항은 법인이 소유한 국내 소재 주택을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득의 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 추가 납부하여야 한다고 규정하고 있고, 법인세법 시행령제92조의2 제2항 및 법인세법 시행규칙제45조의2 제1항에 해당되는 경우 과세대상 주택에서 제외하고 있는바, 쟁점부동산은 청구법인 소유의 주택이고, 위 조항은 비사업용토지와 달리 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 경우 제외된다는 예외 규정을 두고 있지 않으며, 과세특례 제외대상인 임대주택이나 기숙사 등에도 해당되지 아니하는 점, 2003.12.30. 법률 제7005호로 일부개정된 법인세법은 제55조의2 제1항을 신설하면서 개정이유를 보면 주택이 재산증식의 수단으로 되지 아니하도록 하기 위하여 1세대 2주택 이상의 주택에 대하여 양도소득세를 중과하는 것에 맞추어 법인의 주택양도소득에 대하여 계산한 세액을 법인세로 추가하여 과세하도록 하였던 점, 청구법인도 쟁점부동산이 주택임을 부인하지 않고 있고, 재무제표에 의하면 쟁점부동산을 투자자산으로 인식하였던 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산을 법인세법 제55조의2 에 따른 과세특례대상으로 보아 청구법인에 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본 법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.