쟁점분할합병에 따라 청구법인3에 귀속된 쟁점투자주식은 지배주주등으로서 보유하는 주식에 해당하지 아니하는 것으로 보이므로 쟁점분할합병은 적격분할에 해당하지 아니함
쟁점분할합병에 따라 청구법인3에 귀속된 쟁점투자주식은 지배주주등으로서 보유하는 주식에 해당하지 아니하는 것으로 보이므로 쟁점분할합병은 적격분할에 해당하지 아니함
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구인들등 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점분할합병은 기본적으로 ‘분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문’의 분할에 해당한다. (가) 대법원과 조세심판원은 모두, ‘분리하여 사업 가능한 독립된 사업부문의 분할에 해당하는지’ 여부는 기능적 관점에서 분할 이후 기존의 사업활동을 독립하여 영위할 수 있는 사업부문의 분할에 해당하는지를 기준으로 판단한다는 입장에 있다(대법원 2018.6.28. 선고 2016두40986 판결, 대법원 2019.11.14. 선고 2019두47186 판결, 조세심판원 2014부2807, 2015.4.13. 결정 같은 뜻임). (나) 그런데 쟁점분할합병은 개별자산을 이전하는 것이 아니라 청구법인 FFFㆍGGG의 투자사업에 종사하고 있던 임직원(청구법인 FFF OOO명, 청구법인 GGG OOO명), 지분법 적용 투자주식, 매도가능증권, 특정금전신탁 및 전자단기사채 등 다양한 금융상품 합계 OOO 원 상당을 분할하여 청구법인 EEE에 합병함으로써 지주회사를 설립하였다. (다) 그리고 청구법인 FFFㆍGGG은 분할한 투자사업부문을 실질적ㆍ독립적으로 영위하였고, 쟁점분할합병 이후 2020사업연도에 청구법인 EEE의 투자사업부문에서 발생한 이익은 약 OOO원으로 청구법인 EEE 전체 수익의 OOO에 이를 정도로, 청구법인 EEE가 쟁점분할합병을 통해 지주회사로 전환한 이후에도 독립적으로 수익을 창출하는 등 투자사업부문에 대하여 독립적인 사업부문으로 그 기능을 충분히 영위하였다. (라) 이 사건 과세전적부심사에서 국세청도 이러한 점을 고려하여, 쟁점분할합병은 개별자산을 이전한 것이 아니라 ‘분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문의 분할’에 해당한다고 인정하였다.
(2) 쟁점분할합병은 지주회사를 설립하는 사업부문의 분할합병으로서 법인세법상 적격분할합병에 해당한다. (가) 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정된 것, 이하 같다) 제82조의2 제3항 제2호는 ‘지주회사를 설립하는 사업부문이 지배주주등으로서 보유하는 주식등과 지주회사를 설립하는 사업부문과 관련된 자산·부채만을 승계하는 경우’에 한하여 지주회사에 대한 적격분할을 인정하고 있다. 1) 법인세법 시행령제82조의2 제3항 제2호는 독립된 사업부문 요건 및 포괄승계 요건을 충족하는 경우로서, “ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 및 금융지주회사법에 따른 지주회사를 설립하는 사업부문. 다만, 분할하는 사업부문이 지배주주등으로서 보유하는 주식등과 그와 관련된 자산ㆍ부채만을 승계하는 경우로 한정한다”고 규정하고 있는데, 기획재정부는 같은 호 단서의 “분할하는 사업부문이 지배주주등으로서 보유하는 주식등과 그와 관련된 자산ㆍ부채만을 승계하는 경우로 한정한다”에서 “그”는 “지주회사를 설립하는 사업부문”을 의미한다는 내용으로 유권해석을 하였다(기획재정부 법인세제과-324, 2021.7.9.).
2. 따라서 지주회사를 설립하는 사업부문이 분할합병 과정에서 지주회사를 설립하는 사업부문과 관련된 자산ㆍ부채를 승계하는 경우, 해당 분할합병은 지주회사 예외요건을 충족한다. (나) 쟁점분할합병 당시 청구법인 FFF가 보유한 주식회사 OOOEEE(이하 “CCC”라 한다) 주식(이하 “쟁점CCC주식”이라 한다)과 청구법인 GGG이 보유한 주식회사 III(이하 “III”라 한다) 주식(이하 “쟁점III주식”이라 하고, 쟁점CCC주식과 합하여 “쟁점투자주식”이라 한다)은 ‘지주회사를 설립하는 투자사업부문과 관련된 자산’이므로 법인세법 시행령제82조의2 제3항 제2호 단서의 요건을 충족한다.
1. 처분청은 분할하는 사업부문이 비지배주주로서 보유하는 주식을 같이 승계한 경우에는 해당 주식이 ‘지주회사를 설립하는 사업부문과 관련된 자산’에 해당하는지 여부와 관계없이 법인세법 시행령제82조의2 제3항 제2호 단서에 해당할 수 없다는 의견이다.
2. 그러나 ① 국세기본법 제20조 (기업회계의 존중) 및 ‘기업회계기준’에 따른 ‘자산’의 개념, ② 법인세법 시행령 제80조의2 제7항 은 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 ‘자산가액’에는 ‘투자자산의 가액’도 포함된다고 명시적으로 규정하면서, 이를 같은 영 제80조부터 제86조까지의 규정에도 적용하도록 하고 있는 점, ③ 유권해석(국세청 서면-2019-법령해석법인-2287, 2020.10.21.)도 법인세법 시행령 제82조의2 제2항 제2호 및 같은 법 시행규칙 제41조 제1항에 따른 ‘자산가액’에 투자자산 가액을 포함하는 의미라고 한 점 등에 비추어 법인세법 시행령제82조의2 제3항 제2호 단서의 ‘관련된 자산’에는 당연히 비지배주주로서 보유하는 매도가능증권(주식)과 같은 ‘투자자산’도 포함된다.
3. 또한 공정거래법상 지주회사는 주식 소유를 통하여 국내 회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사를 의미하고(공정거래법 제2조, 같은 법 시행령 제3조 제2항), 지주회사가 비계열 국내회사 주식과 같은 매도가능증권을 지분율 5%를 초과하지 않는 범위 내에서 소유하는 행위를 허용하고 있는 등(같은 법 제18조 제2항 제3호) 지주사업 외 투자사업의 일환으로 주식을 보유하는 것이 허용되며, 청구법인 EEE도 공정거래위원회로부터 지주회사 설립 및 전환 요건을 충족하였다는 점을 확인받았다.
4. 실제 지주회사들은 원활하게 지주회사로서 사업을 운용하기 위해 지주사업 외 금융투자업 등 다른 사업(부동산임대, 상표 등)을 영위하는 것이 일반적이다.
5. 따라서, 쟁점투자주식은 청구법인 FFFㆍGGG이 영위하던 투자사업의 일환으로 보유하던 투자자산을 함께 분할승계하여 공정거래법상 지주회사로 전환한 것으로, ‘지주회사를 설립하는 사업부문과 관련된 자산’에 해당하고, 처분청 의견과 같이 분할하는 사업부문이 투자자산(또는 비지배주주 주식)을 일부 승계했다는 이유만으로 ‘지주회사 예외요건’을 충족하지 못했다고 해석하는 것은 타당하지 않다. (다) 설령 “그와 관련된 자산”을 ‘지배주주등으로서 보유한 주식과 관련된 자산’으로 해석하더라도, 쟁점투자주식은 ‘지배주주등으로서 보유한 주식회사 JJJ(이하 “JJJ”라 한다) 주식, 주식회사 DDD(이하 “DDD”라 한다) 주식과 관련된 자산’에 해당하므로, 법인세법 시행령 제82조의2 제3항 제2호 의 단서를 충족한다.
1. 청구법인 FFF가 보유하였던 쟁점CCC주식은 분할하는 사업부문이 지배주주등으로서 보유하는 JJJ 주식과 관련된 자산으로, 구체적으로 JJJ는 OOO 일부 지역을 가시청권으로 하는 지역방송사로서 CCC의 특수관계자에 해당하는 주식회사 OOO(이하 “KKK”라 한다) 등과 다수의 계약 및 협약을 체결하고 사업상 협력관계 및 위ㆍ수탁관계를 구축하고 있다.
2. 청구법인 GGG이 쟁점III주식을 취득ㆍ보유하게 된 것은 OOO(이하 “LLL”이라 한다) 설립에 유한회사 OOO(이하 “MMM”라 한다)를 참여시켜 골프장 사업을 영위하기 위함이었고, LLL의 최대주주는 골프장 운영업을 영위하는 DDD이므로, 쟁점III주식은 분할하는 사업부문이 지배주주 등으로 보유하는 DDD 주식과 관련 있는 자산에 해당한다.
1. 법인세법이 ‘독립된 사업부문’ 및 ‘포괄승계’ 등을 적격분할의 요건으로 두고 있는 것은, 회사분할이 개별 자산의 양도손익에 대한 과세회피 수단으로 악용되는 것을 막기 위한 것이므로, 적격분할 요건은 기능적ㆍ실질적 관점에서 파악하여야 한다(대법원 2018.6.28. 선고 2016두45219ㆍ40986 판결 등 참조).
2. 쟁점분할합병은 청구법인 FFFㆍGGG이 조세부담 없이 우량 자산이나 수익 자산을 청구법인 EEE에게 이전할 목적에서 이루어진 것이 아니라, 오로지 지주회사 설립을 통한 구조개편(제조부문과 투자부문 분리)이라는 목적을 위해 이루어진 것이다.
3. 구체적으로, 청구법인 EEE는 쟁점분할합병을 통해 2019년 말 기준 자산총액 OOO원 규모의 공정거래법상 지주회사로 전환하였고, 청구법인 FFFㆍGGG은 청구법인 EEE에 승계하는 자산을 자의적으로 또는 조세회피목적에서 임의로 선정한 것이 아니라, 청구법인 FFFㆍGGG의 제조사업과 사업상 밀접한 관련이 있거나 그 운영에 필요한 자산을 제외한 모든 투자사업부문 관련 자산 총액 OOO원을 이전하였다.
4. 처분청이 문제삼고 있는 쟁점투자주식의 총 가액은OOO원으로서, OOO원인 청구법인 EEE 자산총액의 OOO%, 청구법인 EEE가 쟁점분할합병으로 승계한 OOO원인 자산총액의 OOO%에 불과하다.
5. 또한 쟁점투자주식을 청구법인 EEE에게 이전함에 따른 양도차익도 존재하지 않았을 뿐만 아니라, 오히려 만약 쟁점투자주식을 쟁점분할 직후 별도로 양도하였다면, 양도차손의 발생으로 법인세가 감소할 수 있었음에도, 청구법인 FFFㆍGGG은 투자사업부문 관련 자산으로 보고 이를 ‘포괄승계’의 취지에 맞게 청구법인 EEE에 이전한 것이다.
6. 따라서 쟁점분할합병이 청구법인 FFFㆍGGG이 보유하고 있던 우량 자산의 양도차익 회피를 위하여 청구법인 EEE에게 이전하기 위한 분할합병이 아니라는 점을 분명하게 확인할 수 있다. (마) 외국 입법례 및 법인세법상 적격분할제도의 입법취지 등을 보더라도 쟁점분할합병은 적격분할합병에 해당한다.
1. 독일 ‘조직재편세법’(Umwandlungssteuergesetz, UmwStG)상으로도 분할·합병에 따른 과세특례를 적용받기 위해서는 대상 사업부문이 독립된 사업부문(Teilbetrieb)에 해당하여야 하는데, 사업부문이 독립된 사업부문에 해당하려면 해당 사업부문에 ‘본질적인 사업의 기초’가 귀속되어야 하고, ‘본질적인 사업의 기초’란 사업목적을 달성하는데 필요하고 사업을 영위하는 과정에서 특별한 경제적 중요성이 인정되는 자산 및 부채 일체를 말한다.
2. 또한, 분할하는 사업부문이 사업의 본질적인 기초를 이루는 자산ㆍ부채를 모두 승계한 이상, 독자적인 사업활동에 기여하지 못하고 보조적인 기능에 그치는 유형ㆍ무형자산, 특히 가액이 크지 않은 자산을 의미하는 중립적 경제재(Neutrales Wirtschaftsgut)를 분할ㆍ합병 과정에서 임의의 사업부문에 귀속시켰다는 이유로 과세 혜택을 박탈하지 아니한다고 규정하고 있다.
3. 독일 ‘조직재편세법’이 이와 같이 규정하고 있는 이유는, 조직재편은 기본적으로 기업의 사업기초를 유지ㆍ개선하기 위한 것이라는 전제하에, 양도되는 기업활동의 사업기초가 양수권리주체에 승계되었다고 판단되는 이상 원칙적으로 그 과정에서 시장소득이 발생하지 않는다고 보고, 다만 조직재편으로 이전된 미실현이익은 추후 시장에서 소득으로 환원될 때 과세되어야 한다는 입장에 있기 때문이다.
4. 우리나라 법인세법상 적격분할에 대한 과세이연 규정의 취지도 조직형태의 변화가 있었으나 기업의 실질적인 이해관계에 변동이 없는 때, 즉 실질적 동일성이 유지될 때에는 이를 과세 계기로 삼지 않음으로써 기업의 합병 및 분할을 통한 기업의 구조조정을 지원하기 위하여 도입된 것이다(국회 재정경제위원회, 1998년 11월 법인세법 개정법률안 검토보고서 참조).
5. 이 사건의 경우, ① 쟁점분할합병에서 청구법인 EEE는 청구법인 FFFㆍGGG의 각 투자사업부문의 본질적인 기초를 이루는 모든 자산을 승계하여 쟁점분할합병 이후 독자적인 투자사업을 영위하고 있고, ② 청구법인 EEE가 승계한 자산 중에서 쟁점투자주식의 가액 및 그 주식들이 분할대상 사업부문에서 차지하는 비중이 극히 미미하며, ③ 청구법인 FFF가 쟁점CCC주식을 청구법인 EEE에 세무상 시가로 양도하였더라면 오히려 양도차손이 발생하는 등 쟁점분할합병은 조세회피목적과는 전혀 무관한 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점분할합병의 경우 과세혜택을 부여함이 타당하다.
(3) 설령 쟁점분할합병이 비적격분할에 해당하더라도, 지주사업부문 외 투자사업부문과 관련된 자산의 양도손익 등만을 구분하여 과세소득을 산정함이 타당하다. (가) 법인세법상 적격분할합병 여부는 사업부문 단위별로 판단하여야 한다. 1) 법인세법 제46조의5 제1항 은 내국법인이 분할한 후 존속하는 경우 ‘분할한 사업부문’의 자산에 대한 양도손익을 익금 또는 손금 대상으로 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 준용하는 제46조 제2항 제1호 가목 및 나목 역시 ‘사업부문 단위로 적격분할 요건을 판단하도록 규정하고 있다.
2. 만약 甲법인이 A사업부문과 B사업부문을 동시에 분할하여 乙법인에 합병함에 있어 A사업부문은 적격분할 요건을 충족한 반면 B사업부문은 적격분할 요건을 충족하지 못하였다면, 적격분할에 해당하는 A사업부문의 자산에 대한 양도손익이 없는 것으로 하고, 비적격분할에 해당하는 B사업부문의 자산에 대한 양도손익만 甲법인의 소득금액에 산입하여야 한다. A사업부문(적격)을 분할한 직후 B사업부문(비적격)을 분할한 경우에는 B사업부문(비적격)만 과세대상에 해당함이 명백한바, 기업 구조조정 및 경제적 실질 측면에서 A사업부문과 B사업부문을 동시에 분할하는 경우와 달리 취급할 이유가 없다.
3. 국세청도 유권해석(서면-2016-법령해석법인-6009, 2017.1.12., 서면-2020-법령해석법인-2076, 2020.12.24.)에서 적격분할 요건을 사업부문별로 판단하고 있다. (나) 사업부문 단위별로 적격분할합병 여부를 판단하고 과세하는 것이 비례의 원칙(과잉금지원칙)에도 부합한다.
1. 행정작용은 행정목적을 달성하는 데 유효하고 적절한 필요한 최소한도에 그쳐야 하며(행정기본법 제10조, 대법원 1997.9.26. 선고 96누10096 판결 등), 세법을 적용ㆍ해석함에 있어서도 과잉금지의 원칙에 따라 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. 관련하여 국세기본법 제18조 제1항 은 “세법을 적용ㆍ해석할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다”고 규정하고 있다.
2. 그런데, 쟁점CCC주식은 그 가액이 OOO원으로서 청구법인 FFF의 분할대상 사업부문의 전체 자산의 OOO%에 불과하고, 쟁점III주식은 그 가액이 OOO원으로서 청구법인 GGG의 분할대상 사업부문의 전체 자산의 OOO%에 불과하다.
3. 자기가 결정하지 않거나 결정할 수 없는 것에 대하여는 책임을 지지 않는 것이 원칙이고, 책임부담의 범위도 스스로 결정한 결과 내지 그와 상관관계가 있는 부분에 국한되어야 하는데(헌법재판소 2004.6.24. 선고 2002헌가27 결정 등), 분할합병 당사자 법인들의 주주들은 단지 수동적인 지위에서 분할합병계약서 승인을 위한 주주총회에 참석하여 의결권을 행사할 뿐, 그로 인하여 구체적으로 이전되는 자산이나 부채는 주주들의 의사와는 무관하므로(대법원 2011.2.10. 선고 2008두2330 판결 참조), 비적격분할에 해당한다는 이유로 의제배당 규정 등을 통해 주주들에게까지 거액의 세금을 부담시켜야 하는 사안에 대해서는 더욱 그 과세범위를 신중하게 판단하여야 하는바, 쟁점분할합병을 비적격분할합병으로 판단함에 따라 HHH그룹 계열사의 주주들에게도 막대한 소득세 및 법인세가 부과되었으므로, 주주들 입장에서 자신들의 책임이 없는 사유로 과중한 세부담을 안게 되었기에 비례의 원칙에 따라 적정한 수준으로 납세의무를 제한할 필요가 있어서 해당 사업부문으로 그 적격여부를 판단해야 한다. (다) 청구법인 EEE는 청구법인 FFFㆍGGG으로부터 지주사업부문과 지주사업 외 투자사업(금융투자업)부문을 승계하였는바, 지주사업부문은 적격분할에 해당함이 명백하다.
1. 청구법인 EEE는 청구법인 FFFㆍGGG이 지배주주등으로서 보유하고 있던 주식 및 이와 관련된 이연법인세부채등을 승계하여 지주사업을 영위하고 있고, 지주사업부문은 지주회사 예외요건을 충족하였다.
2. 따라서, 설령 처분청 의견과 같이 쟁점투자주식의 경우 ‘지주회사를 설립하는 사업부문과 관련된 자산’ 내지 ‘지배주주등으로서의 보유하는 주식과 관련된 자산’에 해당하지 않는 것으로 보더라도, 이는 지주사업 외 투자사업(금융투자업)부문과 관련된 자산으로서 해당 사 업부문과 관련된 자산의 양도손익 등만을 구분하여 과세함이 타당하다. (라) 처분청은 분할합병계획서에 첨부된 분할재무상태표상, 사업부문/지주부문으로만 구분이 되어 있으므로, 지주부문 외 투자부문을 인정할 수 없다는 의견이다. 그러나 ‘독립된 사업부문’은 형식이 아니라 ‘기능적 관점’에서 분할 이후 기존 사업활동을 독립하여 영위할 수 있는 사업부문을 의미하는바(대법원 2018.6.28. 선고 2016두45219 판결 등), 실제로 청구법인 EEE는 청구법인 FFF․GGG으로부터 분할받은 투자사업부문으로 지주회사(한국표준산업분류표상 세세분류: 64992)와 기타금융업(한국표준산업분류표상 세세분류: 64209)을 영위하고 있고, 청구법인 EEE의 법인등기부등본을 살펴보더라도 지주사업과 투자사업을 영위하고 있음을 확인할 수 있다. 한편, 처분청이 제시한 분할재무상태표는 공정거래위원회 기업결합신고서 제출 당시 담당 공정거래위원회 조사관의 요청에 따라 기 작성된 재무상태표들을 사업부문과 지주부문으로 임의로 구분하여 제출한 것에 불과하다. 쟁점분할합병과 관련하여 공증을 받은 최초의 분할합병계획서에는 어디까지나 각 회사의 분할재무상태표를 ‘분할 전’ 및 ‘분할 후’로만 구분하여 표시하고 있다.
(4) 쟁점CCC주식은 청구법인 FFF가 분할하는 사업부문과 ‘한국표준산업분류’에 따른 세분류상 동일사업 주식이므로, 적어도 청구법인 FFF의 분할합병은 적격분할합병에 해당한다. (가) 법인세법 시행규칙 제41조 제8항 은 ‘분할하는 사업부문과 한국표준산업분류에 따른 세분류상 동일사업을 영위하는 법인의 주식’을 승계가 허용되는 주식으로 규정하고 있고, 같은 조 제9항 제1호는 ‘분할하는 사업부문 또는 승계하는 주식등의 발행법인의 사업용 자산가액 중 세분류상 동일사업에 사용하는 사업용 자산가액의 비율이 각각 100분의 70을 초과하는 경우’가 이에 해당한다고 규정하고 있고, “사업용 자산”에는 유형자산, 무형자산뿐만 아니라 투자자산도 포함되므로(국세청 서면-2019-법령해석법인-2801, 2020.11.27. 같은 뜻) 투자주식도 사업용 자산에 포함된다. (나) 법인세법 시행규칙 제41조 제8항 제4호 는 ‘세분류상 동일사업을 영위하는 법인의 주식’을 적용 대상으로 규정하고 있을 뿐, 해당 사업의 종류에 아무런 제한을 두고 있지 않으므로, 같은 규칙 제41조 제8항 문언의 요건을 충족하는 지주회사 주식도 동일사업 주식에 해당한다. (다) 위 법인세법 시행규칙규정의 취지 및 입법 연혁 등에 비추어 보더라도, 지주회사 주식은 같은 규칙 제41조 제8항의 동일사업 주식에 포함된다. 1) 법인세법 시행규칙 제41조 제8항 은 2017.3.10. 개정으로 신설된 조항으로서, 개정 당시 분할할 때 과세이연을 허용하는 주식 범위를 분할사업부문과 매출ㆍ매입 비율이 50퍼센트 이상인 법인의 주식에서 30퍼센트 이상인 법인의 주식으로 완화하고, 동일업종을 영위하는 법인의 주식도 포함함으로써, 분할 시 승계가 가능한 주식의 범위를 확대하였다(기획재정부공고 제2017-15호, 2017.2.6.).
2. 이후 법인세법 시행규칙은 2018.3.21. 다시 개정되었는데, 이 때 같은 규칙 제41조 제9항에서 동일사업 주식의 판단기준으로 기존에 ‘한국표준사업분류’에 의한 세분류상 동일사업에 사용하는 사업용 자산가액의 비율이 70%를 초과하는 경우뿐만 아니라 동일사업에서 발생하는 매출액 비율이 70%를 초과하는 경우에도 동일사업 주식에 해당하는 조항을 추가함으로써 동일사업 주식 범위도 확대하였다(기획재정부공고 제2018-32호, 2018.2.13.).
3. 이처럼 법인세법 시행규칙은 법인분할 시 법인세가 과세이연되는 주식의 범위를 확대하기 위하여 동일사업 주식 조항을 도입하였고, 이후 동일사업 주식 대상 범위를 확대해 왔다. 이러한 입법 취지 및 연혁에 비추어 보더라도, 법인세법 시행규칙상 동일사업 주식에 지주회사 주식을 제외하는 것으로 해석할 이유가 없다. (다) 청구법인 FFF의 투자사업부문은 공정거래법에 따른 지주회사를 설립하는 사업부문이고, CCC 역시 공정거래법에 따른 지주회사로서 한국표준사업분류에 따른 세분류는 “그 외 기타 금융업(6499)” 중 “지주회사(64992)”이다.
1. ‘한국표준사업분류표’상 지주회사는 “다른 기업체의 지배적 지분을 소유하거나 회사의 경영 전략에 영향력을 행사할 목적으로 주식을 확보, 유지하는 산업활동”을 의미한다.
2. 따라서 지주회사의 사업용 자산은 분할하는 사업부문 또는 승계하는 주식의 발행법인이 ‘지배주주 등으로서 보유하는 주식’ 및 ‘지배목적으로 보유하고 있는 주식’이라고 할 것인데, CCC의 사업용 자산 중 지배주주 등으로서 보유하는 주식 및 지배목적으로 보유하고 있는 주식가액 비율은 OOO%, 청구법인 FFF가 분할하는 사업부문의 사업용 자산 중 지배주주 등으로서 보유하는 주식 및 지배목적으로 보유하고 있는 주식가액 비율은 OOO%로서 모두 사업용 자산가액 중 세분류상 동일사업에 사용하는 사업용 자산가액인 자회사 주식 비율이 각각 100분의 70을 초과하고 있었다. (라) 이에 대하여 처분청은, ① 쟁점CCC주식은 청구법인 FFF가 지주회사로서 보유했던 주식이 아니라 단순한 투자주식에 불과하므로 동일사업 주식에 해당하지 않다거나, ② 지주회사의 사업용 자산은 ‘자회사 주식’만 해당한다는 전제 하에, 청구법인 EEE가 지 주회사 전환 당시 보유하고 있던 자회사 주식은 OOO%에 불과하므로, 쟁점CCC주식은 동일사업 주식에 해당하지 않는다는 입장이다. 그러나 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으므로, 법인세법 시행규칙 제41조 제8항 제4호 에서 규정한 동일사업주식에 해당하는지 여부는 분할하는 사업부문의 ‘사업용 자산’에 해당하는지 여부에 의해서만 판단하여야 하고, 여기서 말하는 ‘사업용 자산’에는 유형자산, 무형자산 및 투자자산이 포함되고, 투자자산에 주식이 포함됨이 명백하며, 해당 주식의 투자 목적이나 공정거래법상 자회사 주식에 해당하는지 여부에 따라 이를 달리 판단할 수는 없다. 더욱이 공정거래법 제2조 제7호 는 지주회사를 ‘주식 소유를 통하여 국내 회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사’로 정의하고 있으므로, 지주회사의 ‘사업용 자산’에서 투자 목적으로 보유하고 있는 자산을 제외할 이유가 없다. (마) 또한 처분청은, 청구법인 FFF는 지주회사가 아니었으므로 쟁점CCC주식은 동일사업 주식에 해당하지 않는다고 주장한다. 그러나 적격분할 여부는 ‘분할 이후’ 청구법인 EEE가 청구법인 FFF로부터 승계받아 영위하는 사업부문을 기준으로 판단하여야 하므로(대법원 2016.10.27. 선고 2016두45219 판결 등), 청구법인 EEE가 지주사업을 영위하는 이상 쟁점CCC주식은 동일사업 주식에 해당한다.
(5) 쟁점III주식은 ‘지배주주등으로서 보유하는 주식’에 해당한다. (가) 법인세법상 ‘지배주주등’이란 법인의 발행주식총수의 100 분의 1 이상의 주식을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등을 말하고(법인세법 시행령 제43조 제7항), 세법상 특수관계 여부는 쌍방을 기준으로 판단한다(법인세법 제2조 제12호 후단). (나) 그런데 청구법인 GGG은 DDD를 통해 LLL의 경영에 지배적인 영향력을 행사하고, 쟁점분할합병당시 MMM의 대표이사 겸 LLL의 기타비상무이사인 NNN을 통해 MMM의 경영에 지배적인 영향력을 행사하였으므로, 청구법인 GGG과 MMM는 법인세법 시행령 제2조 제8항 제5호 에 따라 법인세법상 특수관계인에 해당한다. (다) 쟁점분할합병 당시 MMM는 III의 최대주주로서 III 주식 OOO주(지분율 약 OOO%)를 보유하고 있었고, 청구법인 GGG은 III 주식 OOO주(지분율 약 OOO%)를 보유하고 있었으므로, 청구법인 GGG은 MMM와 함께 III 주주들 중 가장 많은 출자지분을 소유하였으므로, 쟁점III주식은 청구법인 GGG이 ‘지배주주등으로 보유하는 주식’에 해당하는 것으로 보아야 한다.
(1) 쟁점분할합병은 청구법인 FFF․GGG이 보유한 주식을 승계한 것으로 법인세법 시행령 제82조의2 제2항 제3호 에 따른 독립된 사업부문의 분할로 볼 수 없다. (가) 자산 등의 양도에 대한 과세특례를 부여하는 적격분할 여부는 관련 법령의 규정에 따라 엄격히 판단하여야 한다. 법인세법 제46조 에서 특정한 요건을 충족하는 적격분할에 대하여 과세이연의 혜택을 부여하는 것은 지분관계를 비롯하여 기업의 실질적인 이해관계에 변동이 없는 경우, 이를 과세의 계기로 삼지 않음으로써 기업구조조정을 지원하기 위해 도입된 규정이나(대법원 2018.6.28. 선고 2016두40986 판결 참조), 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않으며, 특히 감면요건 규정 중 명백한 특혜규정으로 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석해야 하는바(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 등 참조), 과세특례인 적격분할을 이용하여 이와 무관한 개별자산을 양도함으로써 부당하게 혜택을 받는 경우가 있으므로 적격분할과 관련된 규정은 법문에 따라 엄격하게 해석해야 한다. (나) 법인세법 시행령은 주식등의 승계는 독립된 사업부문의 분할이 아니라고 명확하게 규정하고 있다. 법인세법 시행령 제82조의2 제2항 및 제3항에 따르면, 분할하는 사업부문이 주식등과 그와 관련된 자산ㆍ부채만으로 구성된 사업부문인 경우에는 원칙적으로 사업이 가능한 독립된 사업부문의 분할로 보지 않아 적격분할에서 제외하나, 예외적으로 ① 모든 지배목적 보유 주식등을 승계하거나(법인세법 시행령 제82조의2 제3항 제1호), ② 지주회사를 설립하는 사업부문으로 지배주주등으로서 보유하는 주식등과 그와 관련된 자산ㆍ부채만을 승계하거나(법인세법 시행령 제82조의2 제3항 제2호), ③ 그 밖에 ②와 유사한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우(법인세법 시행령 제82조의2 제3항 제3호)에는 사업이 가능한 독립된 사업부문의 분할로 인정하고 있다. 그리고 특히 이 사건의 쟁점과 직접 관련된 법인세법 시행령 제82조의2 제3항 제2호 에서 사용하는 ‘만’이라는 단어와 ‘한정’이라는 단어들은 모두 규정의 적용대상 범위를 엄격하게 정하고 이에 조금이라도 벗어나는 경우에는 이 규정을 적용하지 않겠다는 입법자의 의사를 강조하기 위해 선택된 것들이다. (다) 법인세법 및 같은 법 시행령의 개정취지 및 배경을 살펴보면, 동 규정의 개정은 주식등을 승계할 경우 독립된 사업부문의 분할에서 제외됨을 명확하게 규정하기 위한 것임을 확인할 수 있다. 2014.1.1. 법률 제12166호로 개정된 법인세법 제46조 제3항 은 ‘분리하여 사 업이 가능한 독립된 사업부문 여부에 관한 판정기준’을 추가하여 대통령령에 위임할 것을 규정하였는데, 이는 “그간 ‘독립된 사업부문’ 분할요건과 관련 하여 집행과정에서 다양한 해석이 나오는 문제가 있어, 이에 대한 기준을 시행령으로 명확하게 규정하고자 위임근거를 만드는 데 있었던 것으로, 이에 대해서는 당시 국회의 회의록에서도 확인할 수 있고, 2014.2.21. 개정된 법인세법 시행령 제82조의2 제2항 은 승계하는 자산이 주식인 분할은 독립된 사업부문의 분할에서 제외함을 명문화하였고, 기획재정부나 국세청의 개정세법 해설에서도 이를 명확하게 기술하고 있다. (라) 쟁점분할합병은 청구법인 FFF․GGG이 보유하던 지분법 투자주식과 매도가능증권인 주식들을 승계하는 것을 내용으로 하고 있다. 쟁점분할합병은 ① 청구법인 FFF가 지배주주로서 보유하고 있던 지분법 투자주식인 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다), HHH, JJJ 주식과 비지배주주로서 보유하고 있는 매도가능증권인쟁점CCC주식을, ② 청구법인 GGG이 지배주주로서 보유하고 있던 지분법 투자주식인 DDD 주식, 주식회사 PPP(이하 “PPP”이라 한다) 주식, JJJ 주식 및 OOO 주식과 비지배주주로서 보유하고 있는 매도가능증권인 쟁점III주식, OOO(이하 “QQQ”라 한다) 주식, HHH 주식을 청구법인 EEE에 이전하는 것을 주된 내용으로 하는 승계하는 자산이 주식인 분할에 해당한다. 구체적으로 청구법인 FFF의 경우는 분할대상자산의 OOO%가 주식으로 구성되어 있고(지분법 투자주식 OOO%, 매도가능증권 OOO%), 청구법인 GGG의 경우는 분할대상자산의 OOO%(지분법 투자주식 OOO%, 매도가능증권 OOO%)가 주식으로 구성되어 있으며, OOO%에 달하는 단기매매증권(WRAP) 역시 단기자금운용 목적으로 증권사를 통해 취득한 단기투자상품으로 실질적인 사업을 구성하는 독립된 사업부문과는 무관하다. (마) 국세청 과세전적부심사결정도 쟁점분할합병은 독립된 사업부문 요건을 충족하지 못한 비적격분할이라고 판단하였다. 청구인들등은 쟁점분할합병이 기능적 관점에서 독립된 투자사업부문의 분할에 해당한다는 점은 국세청의 과세전적부심사에서도 인정되었다고 주장하나, 과세전적부심사결정문에 따르면, “쟁점분할합병은 법인세법 시행령 제82조의2 제2항 제3호 에서 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 경우로 보지 않는 주식등과 그와 관련된 자산ㆍ부채만으로 구성된 사업부문에 해당한다”고 하면서, “쟁점분할합병은 법인세법 제46조 제2항 제1호 가목에서 규정하는 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것의 적격분할 요건은 충족하지 아니한 것으로 판단되므로, 쟁점분할합병을 비적격분할로 본 통지관서의 세무조사 결과통지는 잘못이 없다고 판단된다”고 결정하였다.
(2) 쟁점분할합병은 법인세법 제82조의2 제3항 제2호 에 따라 지배주주등으로서 보유하는 자산․부채만을 승계하여 지주회사를 설립하는 사업부문의 분할에 해당하지 않는다. (가) 쟁점분할합병은 지주회사와는 관련이 없는 청구법인 FFFㆍGGG이 비지배주주로서 보유하는 주식도 승계하였다. 법인세법 시행령 제82조의2 제3항 제2호 는 승계하는 자산이 주식인 분할도 그 분할 사업부문이 공정거래법상 지주회사를 설립하는 사업부문이면 예외적으로 독립된 사업부문의 분할로 인정하고 있으나 이 경우에도 승계하는 자산은 “지배주주등으로서 보유하는 주식등과 그와 관련된 자산·부채만”으로 한정하고 있는데, 이는 지주회사 설립을 위한 분할의 경우에도 오로지 지주회사와 관련된 지배주주등으로서 보유하는 주식등에 한해서만 적격분할로서 승계될 수 있을 뿐 그 외 다른 주식의 승계는 허용하지 않겠다는 규정이다. 이와 관련하여 청구인들등은 “내국법인이 공정거래법에 따른 지주회사 를 설립하는 사업부문을 인적분할할 때, 분할하는 사업부문이 지배주주등으로서 보유하는 주식등과 지주회사를 설립하는 사업부문과 관련된 자산·부채를 승계하는 경우 법인세법 시행령 제82조의2 제3항 제2호 를 충족하는 것”이라는 기획재정부 유권해석(법인세제과-324, 2021.7.9.)을 원용하면서 비지배주주로서 보유하던 주식을 이전하는 경우도 포함되어야 한다고 주장하고 있다. 그러나 위 기획재정부 유권해석은 국세청의 종전 유권해석(국세청 서면-2021-법령해석법인-1775, 2021.4.29.)과 마찬가지로 지주회사 설립을 위한 분할을 하 면서 지주회사의 설립 및 운영에 필요한 현금, 사무실 등을 함께 이전 하는 것이 가능하다는 것이지, 지배주주로서 보유하던 주식도 아니고 지주회사를 설립하는 사업부문과 아무런 관련도 없는 비지배주주로서 보유하던 단순 투자주식의 이전까지 허용해주겠다는 것이 아니다. 그런데 쟁점분할합병의 경우, 청구법인 EEE는 청구법인 FFF․GGG이 지주회사나 지배주주로서 보유하고 있는 주식과 아무런 관련이 없이 비지배주주로서 보유하고 있던 쟁점CCC주식 및 쟁점III주식을 승계하였으므로, 이는 법인세법 시행령 제82조 의2 제3항 제2호에 따라 인정되는 적격분할합병 요건을 위반한 것이다. (나) 쟁점분할합병은 법인세법 시행령 제82조의2 제3항 제1호 및 제3호의 예외에도 해당하지 않는다. 법인세법 시행령 제82조의2 제3항 제1호 는 모든 지배목적 보유주식 등 과 그와 관련된 자산․부채만으로 구성된 사업부문을 분할하는 경우를, 같은 항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제41조 제4항은 외국기업지배 지주회사의 설립을 위한 분할의 경우를 독립된 사업부문의 분할로 보는 예외로 규정하고 있으나, 쟁점분할합병의 경우 이 경우 모두에 해당하지 않는다. (다) 법인세법 시행령 제83조의2 제3항 외에 임의로 주식등을 승계하는 것은 독립된 사업부문의 분할이 아니다. 법인세법에서 적격분할을 인정하는 이유는 사업의 동일성이 유지된다는 전제하에서 기업의 구조조정을 지원하기 위한 것이지, 분할 당사자들 사이의 임의적 주식 거래를 지원하기 위한 것은 아닌바, 분할을 통해 주식등을 승계하는 경우 ① 지배목적 보유주식등을 전부 이전하거나, ② 지배주주등으로서 보유하는 주식등만을 이전하여 지주회사를 설립하는 경우에 한하여 적격분할로 인정할 뿐, 지주회사를 설립하는 분할을 하면서 이와 무관한 비지배주주등으로서 보유하는 주식등을 이전하는 경우까지 적격분할로 인정할 수 없다. 만약, 이 건과 같은 경우도 적격분할로 인정하면, 분할 당사자들은 필요에 따라 얼마든지 정당한 법인세 등의 부담 없이 개별주식 등을 이전할 수 있게 되는데, 이는 주식등을 승계하는 분할의 독립된 사업부문의 범위를 명확히 하기 위한 법인세법 및 같은 법 시행령의 2014년 개정취지에 반하고, 적격분할 관련 조문을 형해화시켜 법적안정성을 해할 뿐만 아니라 조세 회피를 조장하게 된다.
(3) 지배주주등의 주식 승계에 대한 법인세법상의 예외 규정의 내용ㆍ체계 및 지배주주 보유 주식의 승계를 통한 지주회사 설립·전환의 요건에 비추어 보더라도 쟁점분할합병은 독립된 사업부문의 분할 요건을 충족하지 않는다. 법인세법 시행령 제82조의2 제3항 제1호 및 제2호에 따르면, 모든 지배목적 보유주식을 일괄양도하거나, 지배주주로서 보유하는 주식에 국한하여 그 승계를 통해 지주회사를 설립하는 경우에 한하여 예외적으로 독립된 사업부문의 분할로 인정하는 것으로, 법인세법에서 명문으로 규정한 내용 외에는 어떤 경우에도 적격분할로 인정될 수 없다. 공정거래법상 지주회사는 자회사에 대한 주식을 소유함으로써 자회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사인바, 지배주주등으로서 보유하는 것이 아닌 주식은 지주회사의 본질과도 무관하므로 이를 분할로 승계하는 것 역시 지주회사와는 관련이 없는 한편, 공정거래법 제18조 제2항 제3호 는 지주회사로 하여금 계열회사가 아닌 국내 회사의 주식을 그 회사 발행주식총수의 5%를 초과하여 소유하는 행위와 자회사 외의 국내 계열회사의 주식 소유를 원칙적으로 금지하고 있다. 그러나 공정거래법은 지주회사로 설립ㆍ전환된 이후의 규율사항이고, 법인세법은 분할로 인하여 지주회사로 설립·전환되는 과정에 대한 세무적 사항을 규정하는 것이어서, 설령 공정거래법상 지주회사의 행위제한에 해당하지 않거나 그 유예기간 중에 있어 그 보유 자체가 허용된다고 하더라도 세법이 정한 요건을 충족하지 못하는 경우에는 적격분할로 인정받을 수 없는 것이다. (4) 쟁점분할합병이 독립된 사업부문의 분할 요건을 충족하지 못하는 이상 포괄승계 요건에 대해서는 더 판단할 필요가 없다. (가) 법인세법은 적격분할에 해당하려면, 같은 법 제46조 제2항 각 호의 요건을 모두 충족해야하는바, 앞서 살펴본 바와 같이 쟁점분할합병의 경우 독립된 사업부문의 분할에 해당하지 않기 때문에 포괄승계 요건의 충족 여부는 추가로 판단할 필요가 없다. (나) 분할하는 사업부문이 주식등을 승계하는 경우에는 원칙적으로 자산ㆍ부채가 포괄적으로 승계된 것으로 보지 아니하는데, 예외적으로 이와 유사한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하나, 쟁점분할합병은 이 예외에도 해당하지 않는다. 1) 법인세법 시행령 제82조의2 제5항 은 주식등을 승계하는 경우 원칙적으로 자산ㆍ부채가 포괄적으로 승계된 것으로 보지 않고, 그 예외로 주식등을 승계한 경우에 대한 독립된 사업부문의 분할 요건과 같이 지배주주등으로서 보유하는 주식등의 이전을 통해 지주회사로 설립되는 경우 등을 규정하고 있는데, 쟁점분할합병은 이에 해당하지 않는다.
2. 이와 관련하여 청구인들등은 ① 쟁점투자주식은 지주회사를 설립하는 사업부문과 관련된 자산으로 분할하는 사업부문이 지배주주등으로서 보유하는 주식과 관련된 자산이고, ② 쟁점CCC주식은 동일사업 주식 사유에 해당한다고 주장하고 있다.
3. 그러나, 법인세법 시행령 제82조의2 제5항 및 제3항 제2호에서 모든 지주회사로의 전환 사유에 대해서 포괄승계의 예외를 인정하고 있지 않고, “지배주주등으로서 보유하는 주식등과 그와 관련된 자산․부채만을 승계하는 경우로서 지주회사를 설립하는 경우”에만 예외를 인정하고 있어서, 청구법인 FFF․GGG이 지배주주가 아닌 비지배주주로서 보유하던 주식인 쟁점투자주식을 포괄승계가 인정되는 예외에 해당한다고 볼 수 없다.
4. 청구인들등은 쟁점투자주식은 지주회사를 설립하는 사업부문과 관련된 자산이라고 주장하고 있으나, 이는 지주회사와 투자사업을 동일시하는 것으로 지주회사의 법리를 오해ㆍ왜곡하는 주장이다. 공정거래법상 지주회사는 주식소유를 통해 회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로 자산총액이 5천억원 이상, 자산총액에서 자회사 주식이 차지하는 비율이 50% 이상인 회사인데, 지주회사 사업 관련 자산과 단순 투자주식은 엄밀히 구분되고, 청구법인 EEE가 지주회사가 된 것은 쟁점분할합병을 통해 청구법인 FFFㆍGGG이 지배주주등으로 보유한 주식등을 승계하였기 때문으로 쟁점투자주식은 이와 관련이 없다.
5. 아울러 법인세법 시행규칙 제41조 제8항 제3호 는 지주회사 전환과 관련된 주식등의 승계와 관련한 포괄승계 예외로 ① 지배주주등으로 보유하는 주식등과 ② 최다출자자의 외국자회사 주식을 규정하고 있고, 쟁점투자주식의 경우 이에 해당하지 않는다. 청구인들등은 쟁점투자주식은 청구법인 EEE가 지배주주등으로서 보유한 주식의 발행법인인 JJJ, DDD와 관련된 자산으로 예외가 적용되는 주식이라고 주장하나, 이는 법인세법 시행규칙 제41조 제8항 과 무관하게 자회사의 사업과 조금이라도 연관성이 있으면 예외를 인정하는 것으로 법인세법규정에 없는 예외를 창설하는 것이어서, 포괄승계 예외를 법령상 기준 없이 무분별하게 확장하여 법적안정성도 해치고, 이와 관련하여 국세청도 포괄승계로 보지 않는다고 유권해석(국세청 서면법규과-788, 2014.07.24.)을 하였다.
6. 마지막으로 분할하는 사업부문과 한국표준산업분류에 따른 세분류상 동일사업을 영위하는 법인의 주식을 포괄승계의 예외로 규정하고 있는 법인세법 시행규칙 제41조 제8항 제4호 는 분할을 통해 공정거래법상 지주회사로 전환하면서 다른 지주회사(CCC)의 소액지분을 취득하는 것을 허용하는 규정이 아니라는 점에서도 이와 관련한 청구주장은 부당하다.
(5) 쟁점분할합병은 3개의 독립된 사업부문의 분할이 아니므로, 지주사업부문 외 투자사업부문과 관련된 자산의 양도손익 등만을 구분하여 과세소득을 산정함이 타당하다는 청구주장은 인정할 수 없다. (가) 청구인들등은 쟁점분할합병이 비적격분할이 라도, 쟁점분할합병은 ① 사업부문, ② 지주부문, ③ 지주부문 외 투자 부문으로 구성된 3개 사업부문의 분할로, 지주부문 외 투자부문과 관련된 자산의 양도손익 등만을 구분하여 과세대상 소득을 산정하여야 한다고 주장한다. 그러나, 쟁점분할합병계약 제1조는 청구법인 EEE등의 투자사업부문을 지주부문과 지주 외 부문으로 구분하여 분할하는 것으로 규정하지 않고, 투자 쟁점분할합병계약의 계약서에 첨부된 쟁점분할 전 청구법인 EEE등의 분할재무상태표 청구법인 EEE등의 분할대상 사업부문으로 ① 사업부문과 ② 지주부문 으로 구분된 2개의 부문만 기재되어 있을 뿐, 지주부문을 지주부문과 지주부문 외 투자부문으로 구분하지 않고 있고, 분할대상사업부문은 분할계약서, 분할재무상태표 등 분할에 대한 법적 사실관계에 따라 결정되는 것이지, 청구주장처럼 자신의 유불리에 따라 투자부문을 지주부문과 지주부문 외 투자부문으로 임의적으로 구분할 성질의 것이 아니다. 따라서, 쟁점분할합병은 청구주장과 달리 사업부문과 지주부문 2개 사업부문의 분할로서 지주부문 외 투자부문이 독립된 별개의 사업부문으로 분할된 것이 아니고 지주부문 1 개의 사업부문이 분할된 것이므로 위의 청구주장은 잘못된 것이다. (나) 또한 청구법인 EEE 대표이사 RRR의 문답에서도, 분할 전 청구법인 EEE등은 투자사업부문을 별도로 운영하여 각 법인의 주된 업종 외 잉여자금을 운영하는 자산 등을 투자부문이라고 칭한 것에 불과하고, 쟁점분할합병에 따라 지주부문이 신설되었다고 진술한 점에 비추어도 청구주 장은 잘못된 것이다.
(6) 청구법인 FFF가 보유하던 쟁점CCC주식은 지주회사 와는 관련이 없으므로 법인세법 시행규칙 제41조 제8항 제4호 에 의한 포괄승계의 예외에 해당하는 것으로 볼 수 없다. (가) 청구인들등은 청구법인 FFF가 보유하던 쟁점CCC주식에 대하여, 청구주장의 내용에 따라 지주회사 부문과 관련된 자산이라고 했다가, 이를 바꿔 단순 투자부분이라고 주장하여 청구주장이 진정성이 있는지 심각한 의문이 들고 있다. (나) 법인세법 시행령 제82조의2 제5항 및 같은 법 시행규칙 제41조 제8항은 분할하는 사업부문이 주식등을 승계하는 경우에는 자산․부채가 포괄적으로 승계된 것으로 보지 않는다고 하면서도, 일정한 경우에 그 예외를 인정하고 있는데, 청구인들등은 청구법인 FFF가 보유하던 쟁점CCC주식은 ‘ 분할하는 사업부문과 한국표준산업분류상 동일사업을 영위하는 법인의 주식’으로 예외에 해당한다고 주장하나, ① 청구법인 FFF는 분할 전 지주회사가 아니어서 지주회사로서 쟁점CCC주식을 보유했던 것이 아니라 쟁점분할합병 후 비로소 지주회사가 된 것에 불과하고, ② 청구법인 FFF가 보유하던 쟁점CCC주식은 그 지분율이 3%에 불과하여 지주회사의 본질 즉, 자회사에 대한 지배와 관련된 주식이 아니라 단순 투자주식에 불과 하며, ③ 위 예외 규정은 동일사업을 영위하는 다른 법인의 주식을 보유하여야만 하는 사업상 필요에 따른 예외를 인정해 준 것이고, 쟁점분할합병과 같이 지주회사가 아닌 회사가 단순 투자목적에서 보유하던 주식을 분할로 이 전하였는데, 그 주식 때문이 아니라 다른 주식들로 인해 지주회사가 된 사안에서 과거 투자목적에서 보유하던 주식이 우연히 지주회사를 영위하는 업 종의 주식이었다는 이유로 예외를 적용할 수는 없으므로 청구주장은 잘못된 것이다.
① 자회사 주식 외에 투자주식을 승계한 분할․합병을 통하여 지주회사를 설립한 것이 적격분할 요건에 해당하지 않는다고 보아 법인세 및 종합소득세를 부과한 처분의 당부
② 쟁점분할합병을 비적격분할로 보더라도, 과잉금지 원칙에 따라 지주사업부문과 투자사업부문을 나누어 투자사업부문에 대한 것만 과세소득으로 삼아야 한다는 청구주장의 당부
③ 쟁점CCC주식은 청구법인 FFF가 분할하는 사업부문과 ‘한국표준산업분류’에 따른 세분류상 동일사업 주식이므로, 적어도 청구법인 FFF의 분할은 적격분할에 해당한다는 청구주장의 당부
④ 쟁점III주식은 ‘지배주주등으로서 보유하는 주식’에 해당하므로 청구법인 GGG의 분할은 적격분할에 해당한다는 청구주장의 당부
(1) 쟁점분할합병의 진행일정을 살펴보면 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점분합합병의 진행일정 날짜 진행내용 2019.9.26. 쟁점분할합병 이사회 결의, 쟁점분할합병계약 체결 2019.9.27. 공정거래위원회에 간이기업결합신고 2019.10.14. 공정거래위원회 기업결합 승인 2019.10.16. 쟁점분할합병 임시주주총회에서 승인결의, 채권자 이의제출 및 구주권 제출 공고 2019.11.20. HHH(분할신설법인) 창립총회, 대표이사 선임 이사회 결의 2019.11.21. HHH 설립, 쟁점현물출자 이사회 결의 및 쟁점현물출자계약 체결 2019.12.24. 쟁점현물출자 법원 인가 2019.12.26. 쟁점현물출자 등기 2020.6.1. 공정거래위원회 청구법인 EEE 지주회사 전환 심사결과 승인통지
(2) 쟁점분할합병을 살펴보면 아래 <그림1>과 같이 청구법인 EEE등을 투자사업부문과 그 외의 부문으로 분할한 후 청구법인 EEE의 투자사업부문에 각 법인에서 분할된 투자사업부문을 합병한 것으로 나타난다. <그림1> 쟁점분할합병 현황
(3) 청구법인 EEE등과 HHH의 주주현황은 다음과 같다. (가) 청구법인 EEE의 2018년부터 2020년까지의 주주현황은 OOO와 같다. (나) 청구법인 FFF의 2018년부터 2020년까지 주주현황은 OOO과 같다. (다) 청구법인 GGG의 2018년부터 2020년까지 주주현황은 OOO와 같다. (라) HHH의 2019년, 2020년 주주현황은 OOO와 같다.
(4) 청구법인 EEE등 및 HHH의 임원현황은 OOO과 같다.
(5) 청구법인 FFFㆍGGG의 쟁점분할합병 전ㆍ후의 자산부채 내역은 다음과 같다. (가) 청구법인 FFF의 쟁점분할합병 전ㆍ후 자산부채 내역은 OOO과 같다. (나) 청구법인 GGG의 쟁점분할합병 전ㆍ후 자산부채 내역은 OOO과 같다.
(6) 쟁점분할합병에 따라 청구법인 EEE가 청구법인 FFFㆍGGG으로부터 승계한 자산ㆍ부채 내역은 OOO와 같다.
(7) 청구법인 EEE등과 HHH의 법인에 대한 등기사항전부증명서에 기재된 사업목적은 OOO과 같다. <표10> 청구법인 EEE등 및 HHH의 등기된 사업목적 회사명 사업목적 청구법인 EEE
1. 자회사의 지분소유를 통해 자회사의 사업내용을 지배하는 지주사업
2. 자회사 등에 대한 자금 및 업무지원 사업, 3. 경영자문 및 컨설팅업
4. 경영관리용역서비스업, 5. 부동산 매매 및 임대업
6. 위 각호에 관련된 투자, 7. 상기 각 호와 관련된 부대사업 일체 청구법인 FFF
1. 난, 냉방기기 판매업, 2. 가정용 금속품 제조업,
3. 부동산 매매 및 임대업, 4. 물품매도확약서 발행업,
5. 전자제품, 제조업 및 판매업, 6. 태양열 냉, 난방설비 및 집열기 시설 공사업, 7. 사원주택건설업,
8. 냉, 난방기기 및 관련부품 무역업, 9. 유통전문판매업
10. 냉, 난방기기 설비공사업, 11. 대부업, 12. 전자상거래업
13. 온라인정보제공업, 14. 가정용 전기기기 제조업
청구법인 GGG
1. 소형전동기 제작 및 판매업, 2. 펌프제작 및 판매업,
3. 사출성형 제조 판매업, 4. 기계부품 제조, 5. 수출입업
6. 전자기계기구의 제작 및 판매업, 7. 제어장치제작 및 판매업
8. 일사용기자재제작 및 판매업, 9. 전동기, 발전기 및 전기변환장치 제조 및 판매업
10. 부동산임대업, 11. 기계설비 공사업, 12. 태양광발전업
HHH
1. 냉난방기기 판매업, 2. 가정용 금속품 제조업,
3. 물품매도 확약서 발행업, 4. 전자제품 제조업 및 판매업,
5. 냉난방기기 수출입업, 6. 사원주택 건축업, 7. 부동산 매미 및 임대업
관련제품과 그 부품의 제조, 판매 및 임가공업
9. 금형 관련 제품과 그 부품의 제조, 판매업, 10. 설비공사업
11. 팬코일 유닛 제조, 판매업, 12. 냉난방기 가전기기 제조, 도매, 소매업,
12. 냉난방기 가전기기 제조, 도매, 소매업,
13. 산업용 냉장 및 냉동기 제조, 도매, 소매업,
14. 일사용기 자재 제작 및 판매업,
15. 기타 기게와 그 부품 제조, 판매 및 임가공업, 16. 전자상거래업,
17. 온라인정보제공업, 18. 가구 제조 및 판매업,
19. 온수기 제조 및 판매업, 20. 신재생에너지사업, 21. 부동산개발업,
22. 가정용전기기기 제조업, 23. 위 각호에 부대하는 사업일체
(8) 쟁점분할합병에 따라 청구법인 EEE등이 포함되어 있는 HHH그룹의 지배구조(2021년 말 기준)는 OOO와 같다.
(9) 쟁점분할합병계약의 주요내용은 OOO와 같다.
(10) 과세전적부심사 결정서에 기재된 청구법인 EEE의 이 건 분할과 관련된 분할계획서의 내용은 아래와 같다. 분할계획서 분할회사: 청구법인 EEE 단순분할신설회사: HHH 청구법인 EEE(이하 “분할회사”라 한다)는 상법제530조의2부터 제530조의11까지의 규정이 정하는 바에 다라 아래와 같이 인적분할 방식으로 새로운 회사(이하 “단순분할신설회사”라 한다)를 설립하기로 하였다.
분할회사가 영위하는 사업 중 투자사업부문 및 경영관리용역서비스업을 제외한 냉난방기기 제조 등 나머지 사업부문(이하 “분할대상부문”이라 한다)을 분할함과 동시에 청구법인 FFFㆍGGG으로부터 각각 인적분할되는 투자사업부문을 흡수합병하여 그룹의 투자사업부문 등을 전담하는 회사로 존속하고, 그룸 지배구조의 투명성을 제고하고자 함.
① 분할의 방법 상법 제530조의2 부터 제530조의11까지의 규정에서 정하는 바에 따라 분할회사가 영위하는 사업 중 분할대상부문을 인적분할의 방식으로 분할하여단순분할신설회사인 HHH를 신설하고, 분할회사의 주주가 지분율에 따라 신설회사 발행주식의 100%를 보유한다.
② 분할기준일: 2019.11.19.
3. 분할일정(예정) 구 분 일 자 이사회 결의일 OOO 분할계획서 승인을 위한 주주총회 OOO 주주권 제출기간 OOO 분할기일 OOO 보고총회일 및 창립총회일 OOO 분할등기일(예정) OOO
(11) 쟁점출자자들이 쟁점분할합병에 따라 분할신설된 HHH와 청구법인 FFF의 주식을 청구법인 EEE에 현물출자하고 청구법인 EEE로부터 교부받은 신주의 내역은 OOO과 같다.
(12) 공정거래위원회는 2020.6.1. 아래와 같이 청구법인 EEE의 지주회사 전환에 대하여, 공정거래법상 지주회사 요건을 충족하여 이를 승인하는 내용으로 심사결과를 통지OOO한 것으로 나타난다.
(13) 청구인들등은 쟁점투자주식을 이 건 분할 직후 별도로 양도하였다면 양도차손이 발생하여 법인세가 감소할 수 있었음에도 투자사업부문 자산에 해당하여 이를 포괄승계의 취지에 맞게 이전하였다고 주장하며 OOO 이 건 분할 직후 양도하였을 경우 쟁점투자주식에 대한 양도소득을 계산하여 제출하였다.
(14) 처분청들은 2014.1.1. 법률 제12166호로 개정된 법인세법 제46조 제3항 은 ‘분리하여 사 업이 가능한 독립된 사업부문 여부에 관한 판정기준’을 추가하여 대통령령에 위임할 것을 규정하였는데, 동 개정취지가 “그간 ‘독립된 사업부문’ 분할요건과 관련 하여 집행과정에서 다양한 해석이 나오는 문제가 있어, 이에 대한 기준을 시행령으로 명확하게 규정하고자 위임근거를 만드는 데 있다는 의견을 제시하면서 그 근거로 아래와 같이 국회 회의록OOO을 제출하였다.
(15) 처분청들은 청구법인 EEE등은 분할 전에 투자사업부문을 별도로 운영했던 것이라 각 법인의 본업OOO 외 나머지 잉여자금을 운영하는 자산 등을 투자부문이라고 칭한 것에 불과하고, 쟁점분할합병을 통해 비로소 지주부문이 새로 신설되었으므로, 쟁점분할합병의 대상 사업부문을 ① 제조업등부문, ② 지주부문 및 ③ 지주부문 외 투자부문으로 나누어 지주부문 외 투자부문과 관련된 자산의 양도손익 등만을 구분하여 과세대상 소득을 산정하여야 한다는 청구주장은 잘못되었다는 의견을 제시하면서 아래와 같이 청구법인 EEE의 대표이사 RRR의 문답내용을 제출하였다.
(16) 청구법인 FFF의 쟁점CCC주식 취득과 관련하여 청구인들등이 제출한 심리자료 등은 다음과 같다. (가) 쟁점분할합병 전(2019.9.30. 기준) JJJ의 주요 주주현황은 OOO과 같다. (나) JJJ는 2011.1.1. SSS와 아래와 같이 ‘방송업무협력에 관한 기본협정’을 체결하였다. (다) JJJ는 ‘방송업무협력에 관한 기본협정’에 따라 2012.9.1. SSS와 ‘편성 및 네트워크시간대에 관한 협약’ 및 ‘보도에 관한 협약’을 체결하였고, 2012.12.10. SSS 및 KKK와 “OOO”를 작성하였다. (라) 한국표준산업분류에 따르면, ‘지주회사(분류코드64992)’는 “다른 기업체의 지배적 지분을 소유하거나 회사의 경영전략에 영향력을 행사할 목적으로 주식을 확보 유지하는 산업활동을 말한다. 그러나 지주회사는 소속 회사의 운영 및 관리 등에 관한 직접적인 경영활동에는 관여하지 않는다”로 설명이 되어 있다.
(17) 청구법인 GGG의 쟁점III주식 취득과 관련하여 청구인들등이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인 GGG 및 DDD의 쟁점분할합병 전인 2018년 말 지분법적용투자주식 보유현황은 OOO와 같다. (나) 쟁점분할합병 당시 LLL의 주주현황은 OOO와 같다. (다) 청구법인 GGG이 MMM와 2014.6.20. LLL(아래 약정서에서는 가칭 “OOO”을 말한다)에 MMM의 투자를 유치하기 위해 체결한 투자약정서의 주요내용은 OOO와 같다. (라) 청구법인 EEE 및 DDD 등 HHH그룹 관계법인들이 MMM 등과 2014.8.27. 체결한 ‘OOO’의 주요내용은 OOO와 같다.
(18) 쟁점분할합병일(2019.11.26.) 기준 III, CCC 최대주주 등의 현황은 다음과 같다. (가) III의 2019.9.30. 및 2019.12.31. 기준 최대주주 및 그 특수관계인의 III 발행주식 보유 현황(사업보고서 등 공시자료 기준)은 OOO과 같다. (나) CCC의 2019.9.30. 및 2019.12.31. 기준 최대주주 및 특수관계인의 CCC 발행주식 보유 현황(사업보고서 등 공시자료 기준)은 OOO과 같다.
(19) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 우선 쟁점①과 관련하여 살펴본다.
1. 청구인들등은 쟁점분할합병에 따라 분할된 사업부문은 기능적 관점에서 독립하여 분할된 사업부문의 사업활동을 영위할 수 있고, 쟁점투자주식은 청구법인 EEE의 자회사인 JJJ와 LLL의 사업과 관련이 있는 주식으로 ‘지주회사를 설립하는 사업부문’과 관련된 자산에 해당하므로 쟁점분할합병은 법인세법 제46조 에 따른 적격분할에 해당한다고 주장한다. 2) 법인세법 제46조 제2항 제1호 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 같은 호 각 목의 요건을 모두 갖추어 분할한 경우에 적격분할로 인정하도록 규정하고 있고, 같은 호 각 목은 ‘분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것’, ‘분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것’ 및 ‘분할법인등만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것’을 규정하고 있으며, 법인 세법 시행령 제82조의2 제2항은 분할하는 사업부문이 ‘주식등과 그와 관련된 자산․부채만으로 구성된 사업부문’인 경우에는 법인세법제46조 제2항 제1호 가목에 따른 ‘분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것’으로 보지 않도록 규정하고 있으나, 법인세법 시행령 제82조의2 제3항 은 분할하는 사업부문이 ‘ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 및 금융지주회사법에 따른 지주회사를 설립하는 사업부문 ’인 경우 같은 조 제2항 제3호에 따른 ‘주식등과 그와 관련된 자산․부채만으로 구성된 사업부문’이라고 하더라도 ‘분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것’으로 보도록 예외를 규정하고 있는데, 지주회사를 설립하는 사업부문의 분할인 경우라도 ‘ 분할하는 사업부문이 지배주주등으로서 보유하는 주식등과 그와 관련된 자산ㆍ부채만을 승계하는 경우 ’가 아니라면 ‘분리하여 사업이 가 능한 독립된 사업부문을 분할하는 것’으로 볼 수 없도록 규정하고 있다. 3) 법인세법 제46조 제2항 제1호 가목에 따른 ‘분리하여 사업 가능한 독립된 사업부문’이라는 요건은 기능적 관점에서 분할 이후 기존의 사업활동을 독립하여 영위할 수 있는 사업부문이 분할되어야 함을 뜻하지만(대법원 2018.6.28. 선고 2016두40986 판결 참조), 법인세법 시행령 제82조의2 제2항 은 분할하는 사업부문이 ‘주식등과 그와 관련된 자산․부채만으로 구성된 사업부문’인 경우에는 비록 기 능적 관점에서 분할 이후 기존의 사업활동을 독립하여 영위할 수 있는 사업부문의 분할이라고 하더라도 같은 법 제46조 제2항 제1호 가목의 요건을 갖추지 못한 것으로 보도록 규정하고 있으므로, 쟁점분할합병이 법인세법 시행령 제82조의2 제2항 제3호 에 따른 ‘주식등과 그와 관련된 자산․부채만으로 구성된 사업부문’의 분할에 해당하여 적격분할로 볼 수 없는 경우에 해당하는지를 우선 살펴보아야 할 것이다. 따라서, 쟁점분할합병에 따라 신설된 법인이 ‘주식등과 그와 관련된 자산․부채만으로 구성된 사업부문’인지를 살펴보면, ① 청구법인 FFF에서 분할된 사업부문(투자부문)의 경우, 총자산 OOO원 중 ‘주식등’에 해당하는 자산이 OOO원으로 주식등이 총자산의 OOO%를 차지하고 있고, 그 외의 자산은 현금(OOO원), 채권 등 단기매매증권(OOO원) 등 운영자금으로 사용가능한 현금 및 현금성 자산과 승계하는 임직원에 대한 대여금(OOO원)으로 구성되어 있으며, 부채도 이연법인세부채(OOO원) 및 퇴직급여충당금(OOO원)으로 구성되어 있고, ② 청구법인 GGG에서 분할된 사업부문(투자부문)의 경우, 총자산 OOO원 중 ‘주식등’에 해당하는 자산이 OOO원으로 총자산의 OOO5%를 차지하고 있으나, 그 외의 자산은 현금(OOO원), 단기매매증권(OOO원)과 같이 운영자금으로 사용가능한 현금 및 현금성 자산과 LLL에 대한 미수금채권(OOO원) 및 장기대여금(OOO원) 계열사와 관련된 채권 등으로 구성되어 있고, 부채도 퇴직급여충당금(OOO원), 퇴직연금운용자산(OOO원) 및 임직원 연차 미지급금(OOO원)과 이연법인세부채(OOO원) 등 임직원 및 투자사업과 관련된 것으로 구성된 것으로 보여, 쟁점분할합병에 따라 청구법인 FFF․GGG에서 분할된 사업부문은 ‘주식등과 그와 관련된 자산․부채만으로 구성된 사업부문’에 해당하는 것으로 보인다.
4. 한편, 법인세법 시행령제82조의2 제3항은 같은 조 제2항에 해당되더라도 ‘분리하여 사업 가능한 독립된 사업부문’의 분할로 볼 수 있는 예외를 규정하고 있으므로, 다음으로 이 건 쟁점분할합병이 법인세법 시행령 제82조의2 제3항 각 호에 해당하여 ‘분리하여 사업 가능한 독립된 사업부문’의 분할로 볼 수 있는지를 살펴보아야 할 것이다. 법인세법 시행령 제82조의2 제3항 은 같은 항 제2호 본문에 따라 공정거래법에 따른 지주회사를 설립하는 사업부문의 분할인 경우 ‘주식등과 그와 관련된 자산․부채만으로 구성된 사업부문’의 분할이라도 이를 ‘분리하여 사업 가능한 독립된 사업부문’의 분할로 보도록 규 정하고 있는바, 쟁점분할합병에 따라 청구법인 FFF․GGG으로부터 분할신설된 사업부문을 흡수․합병한 청구법인 EEE는 2020.6.1. 공정거래위원회로부터 청구법인 EEE의 지주회사 설립 및 전환 신고에 대하여 공정거래법상 지주회사 요건을 충족하므로 이를 승인한다는 심사결과를 통지OOO받았으므로, 쟁점분할합병으로 청구법인 FFF․GGG으로부터 분할된 사업부문은 법인세법 시행령 제82조의2 제3항 제2호 본문에서 말하는 공정거래법에 따른 지주회사를 설립하는 사업부문에 해당한다.
5. 다만, 법인세법 시행령 제82조의2 제3항 제2호 단서는 ‘분할하는 사업부문이 지배주주등으로서 보유하는 주식등과 그와 관련된 자산․부채만을 승계하는 경우’가 아니라면, 같은 호 본문에 해당되더라도 이를 ‘분리하여 사업 가능한 독립된 사업부문’의 분할로 보지 않도록 규정하고 있는바, 이에 대하여 살펴보면 다음과 같다.
6. 한편, 청구인들등은 2014.2.21. 대통령령 제25194호로 법인세법 시행령이 개정되면서 같은 영 제82조의2 제2항 및 제3항에서 법인세법 제46조 제2항 제1호 가목에서 말하는 ‘분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것’에 대해 구체적 기준을 신설한 것으로 보이나, 이는 단순히 종전부터 계속되어온 기준을 명문화하는 확인적 규정에 불과하므로 개정 전 사례에 대한 판례, 선결정례 및 유권해석 등에 따라 ‘법인의 투자주식 및 그와 관련된 자산과 부채’만을 분할하는 경우에도 ‘분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것’에 해당한다고 주장한다. 그러나, 2014.2.21. 대통령령 제25194호로 개정된 법인세법 시행령 부칙 제10조는 같은 영 제82조의2 제2항부터 제5항까지의 개정규정은 시행일(2014.2.21.) 후 분할하는 경우부터 적용하도록 적용례를 규정하고 있고, 부칙 제22조는 개정된 규정의 시행 당시 상법에 따라 분할에 관한 주주총회의 승인을 받은 법인으로서 개정된 규정의 시행 후 분할한 경우에도 그 승인일부터 2개월이 되는 날까지 분할한 경우에는 종전규정을 따르도록 경과조치를 규정한바, 2014.2.21. 대통령령 제25194호로 개정된 법인세법 시행령 제82조의2 제2항 및 제3항의 규정은 그 전에 없던 내용을 신설한 후 그 시행일 후부터 적용하는 규정에 해당하는 것이어서, 이 규정의 개정은 개정 전 법인세법 및 같은 법 시행령을 해석․적용하던 내용을 확인한 것에 불과하다는 청구주장은 잘못된 것으로 보인다. 7) 따라서, 위와 같이 쟁점①에 대해서 살펴본바, 청구법인 FFF․ GGG이 분할신설법인에 쟁점투자주식을 승계하여 분할한 쟁점분할 합병은 법인세법 제46조 제2항 제1호 가목에 따른 ‘분리하여 사업 가능한 독립된 사업부문의 분할’에 해당되지 않는 것으로 판단된다. (나) 쟁점②에 대해서 다음과 같이 살펴본다.
1. 청구인들등은 쟁점분할합병을 법인세법에 따른 적격분할로 보지 않더라도, 과잉금지원칙에 따라 분할된 사업부문을 지주사업부문과 투자사업부문으로 나누어 투자사업부문에 대한 부분만 과세소득으로 삼아야 한다고 주장한다.
2. 그러나, 법인세법 및 같은 법 시행령 등은 ‘사업부문’을 ‘분할하는 사업부문’과 ‘존속하는 사업부문’으로 구분하고 있을 뿐, ‘지주사업부문’, ‘투자사업부문’ 등과 같이 이를 세분하거나 사업부문을 구분하는 별도의 기준 등을 정하는 규정이 없고, 일반적으로 사업부문은 법인의 사업내용 및 필요에 따라 임의적으로 구분하고 있으며, 법인세법 제46조 제1항 은 전단에서 내국법인의 자산을 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인에 양도한 것으로 보도록 규정하면서, 후단에서는 분할에 따른 양도로 발생한 양도손익(양도가액에서 순자산 장부가액을 차감한 금액)을 손금 또는 익금에 산입하도록 규정하고 있는 한편, 같은 조 제2항은 적격분할에 해당하는 경우 분할에 따른 자산의 양도가액을 순자산 장부가액으로 보도록 규정하여, 법인세법은 분할에 따른 법인의 양도소득과 적격분할에 따른 과세특례의 범위를 분할되는 사업부문으로 이전되는 자산․부채의 전체로 규정하고 있다. 따라서, 쟁점분할합병에 따라 분할된 사업부문을 지주사업부문과 투자사업부문으로 구분하는 것은 청구인들등이 임의로 구분한 것으로서 사업부문을 납세자의 편의에 따라 임의적으로 구분하는 것은 정상적인 세법의 해석 및 적용의 범위를 넘는 것으로 보이고, 이를 허용할 경우 납세자의 필요에 따라 임의적으로 분할되는 사업부문을 세부적으로 구분하여 과세대상 법인소득을 구분된 사업부문에 따라 나누어 계산하는 방법으로 조세회피에 악용될 우려가 있어서, 이와 관련한 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (다) 쟁점③에 대해서 살펴보면 다음과 같다.
1. 청구인들등은 법인세법 시행규칙 제41조 제8항 은 ‘분할하는 사업부문과 한국표준산업분류에 따른 세분류상 동일사업을 영위하는 법인의 주식’을 승계가 허용되는 주식으로 규정하고 있는바, 쟁점CCC주식은 청구법인 FFF가 분할하는 사업부문(지주회사)과 ‘한국표준산업분류’에 따른 세분류상 동일사업(지주회사)을 영위하는 CCC가 발행한 주식이므로, 적어도 청구법인 FFF의 분할은 적격분할이라고 주장한다.
2. 그러나, 분할하는 사업부문과 ‘한국표준산업분류’에 따른 세분류상 동일사업을 영위하는 법인의 주식등을 분할하는 경우 적격분할로 인정하는 법인세법 시행규칙 제41조 제8항 제4호 의 규정은 법인세법 시행령제82조의2 제5항 단서에서 위임한 사항을 규정한 것이고, 법인세법 시행령제82조의2 제5항 단서는 법인세 법 제46조 제2항 제1호 나목에 따른 ‘분할하는 사업부문의 자산ㆍ부채가 포괄적으로 승계된 것으로 보지 않는 경우’ 의 예외를 규정한 것인데 반하여, 위에서 쟁점①과 관련하여 살펴본 바와 같이, 청구법인 FFF가 쟁점CCC주식을 분할신설법인에 승계하여 분할한 것은 법인세법 제46조 제2항 제1호 가목에 따른 ‘분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것’이라는 요건을 갖추지 못한 경우로 보인다. 따라서, 설령 청구주장처럼 청구법인 FFF의 분할이 법인세법 시행규칙 제41조 제8항 제4호 의 요건을 갖춘 분할이라고 하더라도, 법인세법 제46조 제2항 제1호 가목에 따른 ‘분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것’이라는 요건을 갖추지 못하는 것이고, 같은 법 제1호 각 목외의 본문에서는 같은 호 각 목의 요건을 모두 갖춘 경우에 적격분할로 인정될 수 있도록 규정하고 있으므로, 청구법인 FFF의 분할은 법인세법 제46조 에 따른 적격분할로 볼 수 없는 것이어서, 이와 관련된 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (라) 쟁점④와 관련하여 살펴보면 다음과 같다.
1. 청구인들등은 쟁점III주식의 경우 ‘지배주주등으로서 보유하는 주식’이므로 청구법인 GGG의 분할은 적격분할에 해당한다고 주장한다.
2. 그러나, 위에서 쟁점①과 관련하여 살펴본바와 같이, 법인세법 시행령 제43조 제7항 에 따라 어떤 자가 ① 해당 법인의 발행주식총수의 100분의 1 미만의 주식을 소유하거나, ② 발행주식총수의 100분의 1 이상 소유하더라도 특수관계에 있는 자와의 소유주식 합계가 해당 법인의 최대주주에 해당되지 않는다면, 이 경우에 그 자를 ‘지배주주등’으로 볼 수 없고, 그 자가 보유하는 주식도 ‘지배주주등으로서 보유하는 주식등’으로 볼 수 없다고 할 것인데, 청구법인 GGG이 보유한 쟁점III주식은 III가 발행한 주식총수의 OOO%에 불과하여 청구법인 GGG이나 쟁점분할합병 이후 청구법인 EEE가 보유한 쟁점III주식의 지분율이 100분의 1에 미달하는 점, III의 사업보고서 등 공시자료에 따르면, III의 최대주주는 OOOEEE(III 지분 OOO% 보유)이고 III의 지배주주등으로 볼 수 있는 OOOEEE의 특수관계인은 OOO(III 지분 OOO% 보유)만 기재되어 있는 점 등에 비추어 쟁점III주식은 ‘지배주주등으로서 보유하는 주식등’으로 보기 어려우므로, 이와 관련한 청구주장 역시 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지2> 관련 법령 등
(1) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정된 것) 제46조(분할 시 분할법인등에 대한 과세) ① 내국법인이 분할로 해산하는 경우[물적분할(物的分割)은 제외한다. 이하 이 조 및 제46조의2부터 제46조의4까지에서 같다]에는 그 법인의 자산을 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인(이하 “분할신설법인등”이라 한다)에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제46조의3에서 같다)은 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인(이하 “분할법인등”이라 한다)이 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.
1. 분할법인등이 분할신설법인등으로부터 받은 양도가액
2. 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액
② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 분할(이하 “적격분할”이라 한다)의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격분할로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.
1. 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 다음 각 목의 요건 을 모두 갖추어 분할하는 경우일 것(분할합병의 경우에는 소멸한 분할합병의 상대방법인 및 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것)
2. 분할법인등의 주주가 분할신설법인등으로부터 받은 분할대가의 전액이 주식인 경우(분할합병의 경우에는 분할대가의 100분의 80 이상이 분할신설법인등의 주식인 경우 또는 분할대가의 100분의 80 이상이 분할합병의 상대방 법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인의 주식인 경우를 말한다)로서 그 주식이 분할법인등의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정(분할합병의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정한 것을 말한다)되고 대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주가 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식을 보유할 것
3. 분할신설법인등이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 계속할 것
4. 분할등기일 1개월 전 당시 분할하는 사업부문에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 분할신설법인등이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것
③ 제1항과 제2항에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문 여부에 관한 판정기준, 분할대가의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령(2019.2.2. 대통령령 제29529호로 개정된 것) 제43조(상여금 등의 손금불산입) ③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.
⑦ 제3항에서 “지배주주등”이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 “지배주주등”이라 한다)을 말한다. 제82조의2(적격분할의 요건 등) ② 분할하는 사업부문(분할법인으로부터 승계하는 부분을 말한다. 이하 이 조와 제85조 제1호에서 같다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업부문인 경우에는 법 제46조 제2항 제1호 가목에 따라 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것으로 보지 아니 한다.
1. 기획재정부령으로 정하는 부동산 임대업을 주업으로 하는 사업부문
2. 분할하는 사업부문이 승계한 사업용 자산가액(기획재정부령으로 정하는 사업용 자산의 가액은 제외한다) 중 소득세법 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산이 100분의 80 이상인 사업부문
3. 주식등과 그와 관련된 자산ㆍ부채만으로 구성된 사업부문
③ 제2항 제3호에도 불구하고 분할하는 사업부문이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업부문인 경우에는 법 제46조 제2항 제1호 가목에 따라 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것으로 본다.
1. 분할법인이 분할등기일 전일 현재 보유한 모든 지배목적 보유 주식등(지배목적으로 보유하는 주식등으로서 기획재정부령으로 정하는 주식등을 말한다. 이하 이 조에서 같다)과 그와 관련된 자산ㆍ부채만으로 구성된 사업부문
2. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 및 금융지주회사법에 따른 지주회사를 설립하는 사업부문. 다만, 분할하는 사업부문이 지배주주등으로서 보유하는 주식등과 그와 관련된 자산ㆍ부채만을 승계하는 경우로 한정한다.
3. 제2호와 유사한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우
⑤ 분할하는 사업부문이 주식등을 승계하는 경우에는 법 제46조 제2항 제1호 나목에 따라 분할하는 사업부문의 자산ㆍ부채가 포괄적으로 승계된 것으로 보지 아니한다. 다만, 제3항 각 호에 따라 주식등을 승계하는 경우 또는 이와 유사한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (3) 법인세법 시행규칙(2019.3.20. 기획재정부령 제730호로 개정된 것) 제41조(독립된 사업부문 및 포괄승계의 판단기준 등) ① 영 제82조의2 제2항 제1호에서 “기획재정부령으로 정하는 부동산 임대업을 주업으로 하는 사업부문”이란 분할하는 사업부문(분할법인으로부터 승계하는 부문을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 승계하는 자산총액 중 부동산 임대업에 사용된 자산가액이 100분의 50 이상인 사업부문을 말한다. 이 경우 하나의 분할신설법인등(법 제46조 제1항 전단에 따른 분할신설법인등을 말한다. 이하 같다) 또는 피출자법인이 여러 사업부문을 승계하였을 때에는 분할신설법인등 또는 피출자법인이 승계한 모든 사업부문의 자산가액을 더하여 계산한다.
② 영 제82조의2 제2항 제2호에서 “기획재정부령으로 정하는 사업용 자산”이란 분할일 현재 3년 이상 계속하여 사업을 경영한 사업부문이 직접 사용한 자산(부동산 임대업에 사용되는 자산은 제외한다)으로서 소득세법 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 해당하는 자산을 말한다.
③ 영 제82조의2 제3항 제1호에서 “지배목적으로 보유하는 주식등으로서 기획재정부령으로 정하는 주식등”이란 분할법인이 영 제43조 제7항에 따른 지배주주등(이하 “지배주주등”이라 한다)으로서 3년 이상 보유한 주식 또는 출자지분(이하 “주식등”이라 한다)을 말한다. 다만, 분할 후 분할법인이 존속하는 경우에는 해당 주식등에서 제8항 제1호, 제2호 및 제4호에 해당하는 주식등(해당 각 호의 “분할하는 사업부문”을 “분할존속법인”으 로 볼 때의 주식등을 말한다)은 제외할 수 있다.
④ 영 제82조의2 제3항 제3호에서 “제2호와 유사한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우”란 분할하는 사업부문이 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 내국법인을 설립하는 경우를 말한다. 다만, 분할하는 사업부문이 지배주주등으로서 보유하는 주식등과 그와 관련된 자산ㆍ부채만을 승계하는 경우로 한정한다.
1. 해당 내국법인은 외국법인이 발행한 주식등 외의 다른 주식등을 보유하지 아니할 것
2. 해당 내국법인이 보유한 외국법인 주식등 가액의 합계액이 해당 내국법인 자산총액의 100분의 50 이상일 것. 이 경우 외국법인 주식등 가액의 합계액 및 내국법인 자산총액은 분할등기일 현재 재무상태표상의 금액을 기준으로 계산한다.
3. 분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년 이내에 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제176조의9제1항 에 따른 유가증권시장 또는 대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 8조에 따른 코스닥시장에 해당 내국법인의 주권을 상장할 것
⑤ 제4항을 적용할 때 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 해당 내국법인의 주권이 상장되지 아니한 경우에는 분할등기일이 속하는 사업연도의 과세표준 신고기한 종료일까지 해당 내국법인의 주권 상장계획을 확인할 수 있는 서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 제4항 제3호의 요건을 충족한 것으로 보며, 제4항 제3호에 따른 기간 이내에 주권이 상장된 경우에는 주권 상장을 확인할 수 있는 서류를 주권을 상장한 날이 속하는 사업연도의 과세표준 신고기한 종료일까지 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
⑥ 영 제82조의2 제4항 제1호 라목에서 “기획재정부령으로 정하는 자산”이란 공동으로 사용하는 상표권을 말한다.
⑦ 영 제82조의2 제4항 제3호를 적용할 때 분할하는 사업부문과 존속하는 사업부문이 공동으로 사용하는 자산ㆍ부채의 경우에는 각 사업부문별 사용비율(사용비율이 분명하지 아니한 경우에는 각 사업부문에만 속하는 자산ㆍ부채의 가액과 사용비율로 안분한 공동사용 자산ㆍ부채의 가액을 더한 총액의 비율을 말한다)로 안분하여 총자산가액 및 총부채가액을 계산한다. 이 경우 하나의 분할신설법인등이 여러 사업부문을 승계하였을 때에는 분할신설법인등이 승계한 모든 사업 부문의 자산ㆍ부채 가액을 더하여 계산한다.
⑧ 영 제82조의2 제5항 단서에서 “기획재정부령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식등을 승계하는 경우를 말한다.
1. 분할하는 사업부문이 분할등기일 전일 현재 법령상 의무로 보유하거나 인허가를 받기 위하여 보유한 주식등
2. 분할하는 사업부문이 100분의 30 이상을 매출하거나 매입하는 법인의 주식등과 분할하는 사업부문에 100분의 30 이상을 매출 또는 매입하는 법인의 주식등. 이 경우 매출 또는 매입 비율은 분할등기일이 속하는 사업연도의 직전 3개 사업연도별 매출 또는 매입 비율을 평균하여 계산한다.
독점규제 및 공정거래에 관한 법률 및 금융지주회사법에 따른 지주회사로 전환하는 경우로서 분할하는 사업부문이 분할등기일 전일 현재 사업과 관련하여 보유하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등
4. 분할하는 사업부문과 한국표준산업분류에 따른 세분류(이하 이 조에서 “세분류”라 한다)상 동일사업을 영위하는 법인의 주식등
⑨ 제8항제4호를 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 동일사업을 영위하는 것으로 본다.
1. 분할하는 사업부문 또는 승계하는 주식등의 발행법인의 사업용 자산가액 중 세분류상 동일사업에 사용하는 사업용 자산가액의 비율이 각각 100분의 70을 초과하는 경우
2. 분할하는 사업부문 또는 승계하는 주식등의 발행법인의 매출액 중 세분류상 동일사업에서 발생하는 매출액의 비율이 각각 100분의 70을 초과하는 경우
⑩ 영 제82조의2 제10항 제2호에서 “기획재정부령으로 정하는 업무”란 인사, 재무, 회계, 경영관리 업무 또는 이와 유사한 업무를 말한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.