2018.12.31. 개정된 부가가치세법제29조 제9항의 개정이유가 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위한 것으로 2019.1.1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용되는 점 등에 비추어, 일괄양도한 쟁점토지와 쟁점건물 가액의 구분에 대해 처분청이 기준시가에 의하여 안분계산하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
2018.12.31. 개정된 부가가치세법제29조 제9항의 개정이유가 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위한 것으로 2019.1.1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용되는 점 등에 비추어, 일괄양도한 쟁점토지와 쟁점건물 가액의 구분에 대해 처분청이 기준시가에 의하여 안분계산하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 부가가치세법제29조 제9항 제2호 규정은 건물의 실질 공급을 전제로 하는 규정으로, 이 건의 경우 쟁점건물의 실질적인 공급이 없으므로 위 규정은 이 건에 적용되지 않는다. (가) 2018.12.31. 이전 국세청은 ‘토지와 건물을 일괄양도하면서 양수인이 양도받은 건물을 철거한 경우 매매계약 체결 당시 건물 철거가 예정되어 있고, 실제 철거되었으며 계약서에 구분 표시된 건물의 가액 0원이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 건물의 과세표준은 0원으로 볼 수 있다고 해석하였다. (나) 대법원은 계약일과 등기이전일 사이에 매도인이 건물을 멸실할 경우 재화의 공급이 없는 것으로 판결하였다OOO. 이 판례를 근거로 실질과세의 측면에서 볼 때, 매매계약서에 건물의 철거를 약정하고 소유권 이전 후 양수인이 실제 건물을 철거한 경우에도 그 실질은 위 대법원 판례와 같으므로 재화의 공급이 없는 것으로 보아야 한다. (다) 부가가치세법 시행령제80조 제2호는 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액은 토지에 관련된 매입세액으로 건물 자체의 평가액이 없는 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제한다. 그렇다면 동일한 거래에 있어 매도자에게는 건물 자체의 평가액을 인정하고 매수자에게는 건물 자체의 평가액을 인정하지 않는 모순된 평가가 된다. 매도자에게 철거예정 건물에 대하여 건물 평가액을 인정하면 위와 같은 모순이 생기므로 2018.12.31. 부가가치세법제29조 제9항 개정 전까지는 판례와 예규에서 일관되게 건물의 공급가액을 0원으로 인정해주었고, 2022.2.15. 부가가치세법 시행령제64조 제2항을 신설하여 이를 명확히 하였다. (라) 그럼에도 불구하고 부가가치세법제29조 제9항 제2호가 신설되어 2019.1.1.부터 시행된 이후 국세청은 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물가액이 기준시가로 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 기준시가 등으로 안분계산한 금액으로 공급가액으로 한다고 잘못 해석하였다. 이 규정의 취지는 ① 토지와 건물을 일괄 양도하면서 감정가액 등 법령이 정한 기준 없이 토지와 건물의 가액을 계약 당사자의 합의로 안분계산하고, ② 실제 건물을 매수인이 사용하는 경우 건물의 공급가액이 실질과 다르게 과소 평가되는 것을 방지하고자 하는데 있다고 생각된다. 즉 신설된 규정은 건물의 실제 공급을 전제로 하는 규정이므로 건물의 실질적인 공급이 없는 이 건의 경우에 적용되어서는 안 된다.
(2) 처분청은 쟁점건물의 양도 후에도 일정기간 청구인이 영업을 하였으므로 쟁점건물의 재산적 가치가 인정된다는 의견이나 매수자의 입장에서 쟁점건물의 재산적 가치가 없었다. 쟁점부동산은 양도일인 2020.5.20.로부터 약 1년 2개월 후인 2021.8.3. 멸실등기가 되었으나 이는 대규모 사업진행 과정에서 등기가 늦어졌을 뿐 2020.11.27.경 사진을 보면 그 이전에 벌써 철거가 진행되었음을 알 수 있다.
(1) 처분청의 이 건 처분은 부가가치세법제29조 제9항에 따른 적법한 처분이다. (가) 쟁점부동산 양도 당시 쟁점건물의 존재 여부에 대해 살펴보면, 등기부상 쟁점건물은 등기이전일인 2020.5.20. 보다 약 1년 2개월 후인 2021.8.3. 멸실 등기된 것으로 확인되는 점, 청구인은 쟁점부동산을 쟁점토지와 쟁점건물로 각각 구분하여 양도소득세 신고한 점 등으로 보아 쟁점부동산 양도 당시 건물이 있었다는 것은 양측 모두의 다툼 없는 사실이다. 청구인은 쟁점부동산 건물이 추후 철거될 예정이므로 쟁점건물의 가액은 0원이라고 주장하나, 이는 매수자의 쟁점부동산 사용 목적 등을 고려한 상대적 평가일 뿐 건물이 유지되는 상태에서 건물 자체의 평가액은 존재한다. (나) 청구인이 양수법인과 작성한 부동산매매계약서에 따르면, 매매목적물에 쟁점토지와 쟁점건물 전부를 기재하고 있고, 동 계약서상 매매대금도 쟁점토지와 쟁점건물을 구분하지 않고 전체 금액을 기재하고 있으므로, 특약사항에 건물가액은 0원으로 한다고 기재한 사정만으로 쟁점부동산의 실지거래가액 중 쟁점토지의 가액과 쟁점건물의 가액을 명확히 구분하였다고 보기는 어렵다. (다) 쟁점부동산 매매 당시 적용법률인 부가가치세법제29조 제9항 제2호는 토지와 건물을 일괄 양도한 경우로서 건물의 실지거래가액이 토지와 건물의 기준시가로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 나는 경우 기준시가로 안분계산한 가액을 건물가액으로 보아 부가가치세를 과세하도록 하고 있다. 따라서 청구인의 쟁점건물가액 0원 주장에 관계없이 관련 법령에 따라 건물가액이 계산되는 것이다. (라) 청구인은 관련 법령에 대한 국세청 해석이 잘못되었다고 주장하나, 2018.12.31. 개정 전 부가가치세법제29조 제9항은 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우에 대해서만 기준시가로 안분계산하도록 하여 멸실될 건물 가액이 0원으로 인정받을 수 있는 여지가 있었으나, 쟁점부동산 매매 건이 적용되는 2018.12.31. 개정된 부가가치세법제29조 제9항은 기준시가로 안분 계산해야 하는 경우에 제2호(사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 가액이 기준시가에 의하여 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우)가 추가되었고 이에 따라 국세청 해석도 이루어졌다OOO. 2021.12.8. 법률 제18577호로 개정된 부가가치세법제29조 제9항 제2호에 따르면, 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우라 하더라도, 쟁점부동산과 같이 ‘건물이 있는 토지를 취득하여 건물을 철거하고 토지를 사용하는 경우 등’의 사유가 있는 경우에는 안분계산을 제외하는 것으로 규정하고 있으나, 조세법률주의 원칙상 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 규정을 적용하여야 할 것인바, 2020.5.20. 양도한 쟁점부동산의 경우 개정법률 부칙에서 납세자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상, 개정된 법률을 적용할 여지가 없다.
(2) 양도당시 쟁점건물의 재산적 가치가 인정된다. (가) 청구인은 쟁점부동산의 소유권을 2020.5.20. 양수법인에게 이전하였으나, 청구인의 배우자 AAA은 쟁점부동산에서 2020.8.31.까지 모텔을 운영하였고, 쟁점건물의 소유권이 이전된 후에도 272건 OOO원의 신용카드매출이 발생하였다. 또한 청구인이 양도소득세를 신고한 내역 등을 보면 쟁점건물의 양도당시 기준시가가 있었던 것으로 확인되는 등 쟁점부동산 매매계약 당시 쟁점건물의 재산적 가치가 없었다고 보기 어렵다. (나) 양도시점(2020.5.20.) 기준으로 청구인은 양수법인에게 쟁점건물을 공급한 것이고, 그 후 쟁점건물이 멸실된 것은 쟁점건물 공급 이후의 사정에 불과하므로 쟁점건물의 취득 목적이나 쟁점건물이 취득 후 곧 철거될 예정이라는 사정은 쟁점건물의 부가가치세 산정시 고려할 요소가 아니다.
(1) 청구인이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점부동산의 2020.5.15.자 매매계약서에 따르면, 청구인은 쟁점부동산을 매매대금은 OOO에 양수법인에 양도하는 내용으로 계약을 하였고, 특약사항에는 쟁점건물가액을 0원으로 한다는 내용이 확인된다. 위 매매계약서의 주요내용은 아래 OOO 같다. (나) 쟁점부동산의 2020.6.2.자 및 2020.6.3.자 등기사항전부증명서에 따르면, 쟁점부동산은 2020.5.15.자 매매를 등기원인으로 하여 2020.5.20. 청구인으로부터 양수법인에게로 소유권이전등기가 경료되었다. (다) 쟁점건물의 2022.3.4.자 일반건축물대장에 따르면, 2021.8.3. 쟁점건물은 OOO되어 건축물대장 말소되었다. 건축물현황은 아래 OOO와 같다.
(2) 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구인은 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고시 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액을 기준시가로 안분하여 신고하였으며 그 내역은 아래 OOO과 같다. (나) 처분청은 2021.12.8. 아래 OOO와 같이 청구인에게 결정·고지하였다. (다) 처분청은 당초 청구인이 양도소득세 신고시 기재한 쟁점건물가액 OOO원을 공급대가로 보고, 여기에 110분의 100을 곱한 금액인 OOO원을 쟁점건물의 공급가액으로 계산하였으나, 쟁점부동산의 양도가액은 부가가치세가 포함된 경우에 해당하므로 정당한 쟁점건물의 공급가액을 아래 OOO와 같이 계산하여, 청구인에게 2022.6.24. 11,346,771원을 경정·고지하였다. (라) 처분청은 청구인의 이의신청에 대한 결정내용에 따라 사업자 미등록가산세 OOO원을 세액에서 감액하여 2022.6.24. 청구인에게 경정·고지하였다. 이의신청에 대한 결정서 중 이와 관련된 판단내용은 OOO과 같다. (마) AAA이 운영한 OOO의 부가가치세 신고내역 및 2020년 신용카드 등 매출내역은 아래 OOO과 같다. (바) 쟁점부동산을 사업장 소재지로 하여 사업자등록한 내역은 아래 OOO와 같다.
1. 국세청 전산자료상 청구인의 배우자 AAA이 OOO이라는 사업장의 소유구분을 자가로 하여 2010.4.30.부터 2020.8.31.까지 숙박업을 영위한 것으로 확인된다.
2. 청구인은 쟁점부동산에 대하여 임대업 사업자등록한 내역은 없으며, 처분청이 직권으로 임대업 사업자등록을 하였다.
(3) 토지와 건물을 함께 공급하는 경우 공급가액 계산과 관련된 법령의 개정연혁은 다음과 같다. (가) 2018.12.31. 부가가치세법이 법률 제16101호로 개정되면서 제29조 제9항 제1호 및 제2호가 신설되어, 납세자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 가액이 기준시가에 따른 안분가액과 30% 이상 차이가 나는 경우에는 안분계산한 금액을 공급가액으로 하도록 개정되었다. ‘2018 간추린 개정세법’상 관련 내용은 아래 OOO과 같다. (나) 2021.12.8. 부가가치세법이 법률 제18577호로 개정되면서 제29조 제9항 제2호의 단서가 신설되어 건물이 있는 토지를 취득하여 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 안분계산하지 아니하고 건물가액 0원도 인정될 수 있게 개정되었다. ‘2021 개정세법 주요내용’상 관련 내용은 아래 OOO과 같다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 부가가치세법제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에서 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 같은 법 시행령 제64조에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 같은 법 시행령 제64조에서 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있는바, 청구인이 구분한 쟁점토지와 쟁점건물의 가액이 기준시가에 의하여 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 점, 2018.12.31. 개정된 부가가치세법제29조 제9항의 개정이유가 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위한 것으로 2019.1.1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용되는 점 등에 비추어, 일괄양도한 쟁점토지와 쟁점건물 가액의 구분에 대해 처분청이 기준시가에 의하여 안분계산하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 부가가치세법(2020.12.22. 법률 제17653호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.
1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우
2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 제60조(가산세) ① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.
1. 제8조 제1항 본문에 따른 기한까지 등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업 개시일부터 등록을 신청한 날의 직전일까지의 공급가액 합계액의 1퍼센트
2. 대통령령으로 정하는 타인의 명의로 제8조에 따른 사업자등록을 하거나 그 타인 명의의 제8조에 따른 사업자등록을 이용하여 사업을 하는 것으로 확인되는 경우 그 타인 명의의 사업 개시일부터 실제 사업을 하는 것으로 확인되는 날의 직전일까지의 공급가액 합계액의 1퍼센트
② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.
2. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 공급가액의 2퍼센트. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 1퍼센트로 한다.
⑨ 제1항부터 제7항까지를 적용할 때에 제1항부터 제3항까지의 규정이 적용되는 부분에는 다음 각 호의 구분에 따른 규정을 각각 적용하지 아니한다.
1. 제1항이 적용되는 부분: 제2항(제2호는 제외한다)·제5항 및 제6항
2. 제2항(제2호는 제외한다)이 적용되는 부분: 제6항
3. 제2항 제2호 또는 제3항이 적용되는 부분: 제1항·제6항 및 제7항 (2) 부가가치세법 시행령(2020.10.7. 대통령령 제31087호로 개정되기 전의 것) 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.
2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.
3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액 제80조(토지에 관련된 매입세액) 법 제39조 제1항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액”이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액
2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액
3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액
(3) 소득세법(2020.12.29. 법률 제17757호로 개정되기 전의 것) 제99조(기준시가의 산정) ① 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.
1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물
③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.
④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 소득세법 시행령(2020.10.7. 대통령령 제31083호로 개정되기 전의 것) 제166조(양도차익의 산정 등) ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.