종합부동산세에서 공제되는 재산세액 적용의 이중과세금지 원칙 위반 및 위임입법의 한계 일탈 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2017년 귀속 종합부동산세 합계 OOO원(종 합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원) 을 신고․납부하였고, 처분청은 청구법인에게 2018년 귀속 종합부동산세 합계 OOO원(종합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원), 2019년 귀속 종합부동산세 합계 OOO원(종합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원), 2020년 귀속 종합부동산세 합계 OOO원(종합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원) 을 각 결정․고지하였다.
• 나. 이후 청구법인은 종합부동산세 부과처분에 있어 종합부동산세법 시행령 제5조의3 제1항 ․제2항 규정(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하는 것은 부당하다고 하여 2022.1.28. 과다납부한 종합부동산세 등 합계 OOO원(2017년 귀속분 OOO원, 2018년 귀속분 OOO원, 2019년 귀속분 OOO원, 2020년 귀속분 OOO원) 을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2022.3.30. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.6.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 재산세와 종합부동산세는 과세대상 재산의 보유라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이기 때문에 종합부동산세는 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하고 있다.

(2) 종합부동산세법의 입법취지 및 문언을 고려할 때 종합부동산세의 산출세액에서 공제되어야 할 재산세액은 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 부분 재산세액 전액이라고 할 것인바, 이는 (공시가격-과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율로 산정하는 것이 타당함에도 불구하고, 쟁점규정은 위 산식에 다시 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하도록 규정하여 공제되는 재산세액을 부당하게 축소하는 것이므로 부당하다.

(3) 대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결은 “재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같은 2009년도 종합부동산세의 경우 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격–과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 한다”고 판시하였다.

(4) 위 판결에도 불구하고, 2015.11.30. 개정된 쟁점규정은 상위 법령인 종합부동산세법의 취지에 반하여 공제할 재산세액을 [(감면후 공시가격–과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율]의 산식으로 계산하도록 하여 공제할 재산세액을 축소하였으며, 위임규정을 통해 범위를 한정하지 않고 위임하는 등 위임의 범위를 벗어난 규정이라고 할 것이다.

(5) 최근 OOO법원은 쟁점규정에 의하면 재산세와 종합부동산세가 이중과세된 부분이 여전히 남게 되는데, 종합부동산세 법률 조항은 재산세액의 공제범위를 정할 수 있는 권한까지 시행령에 위임한 것은 아니고, 해당 과세대상의 재산세로 부과된 세액 전부를 공제하도록 규정한 것으로 보아야 하는바, 쟁점규정은 입법자의 의사에 반하여 위법하여 효력이 없다고 판단하였다(서울고등법원 2019.4.3. 선고 2018누47310 판결).

• 나. 처분청 의견 처분청이 청구법인에게 2017년∼2020년 귀속 종합부동산세를 부과한 처분은 청구법인이 원용한 대법원판결에서 언급한 “이 사건 시행규칙 산식”이 아닌 그 이후 개정된 쟁점규정에 따라 공제할 재산세액을 산정한 것으로 이 건 처분은 대법원 판결에 저촉되지 않는 적법한 처분이고, 이 건과 동일하게 2016년 귀속 이후의 종합부동산세 부과에 있어 동일한 쟁점에 대해 하급심 판결들도 개정된 “쟁점규정”이 위법․위헌 규정이 아니라고 하여 이에 따라 공제되는 재산세액을 계산하여 종합부동산세를 부과한 처분은 적법하다고 판시하였다.

• 가. 쟁점 종합부동산세시 공제되는 재산세액 공제에 있어 종합부동산세 공정시장 가액비율과 재산세 공정시장 가액비율을 모두 적용하는 것은 이중과세금지 원칙 및 위임입법의 한계를 일탈하여 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 종합부동산세법 제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 지방세법 제106조 제1항 제1호 에 따른 종합합산과세대상(이하 “종합합산과세대상”이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 “별도합산과세대상”이라 한다)으로 구분하여 과세한다. 제12조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자 제13조(과세표준) ② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 제14조(세율 및 세액) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “토지분 종합합산세액”이라 한다)으로 한다. 과세표준 세율 15억원 이하 1천분의 10 15억원 초과 45억원 이하 1천 500만원+(15억원을 초과하는 금액의 1천분의 20) 45억원 초과 7천 500만원+(45억원을 초과하는 금액의 1천분의 30)

③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

④ 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “토지분 별도합산세액”이라 한다)으로 한다. <과세표준> <세율> 200억원 이하 1천분의 5 200억원 초과 400억원 이하 1억원+(200억원을 초과하는 금액의 1천분의 6) 400억원 초과 2억 2천만원+(400억원을 초과하는 금액의 1천분의 7)

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 종합부동산세법 시행령 제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제)

① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 지방세법제112조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × [ (법 제13조 제1항에 따른 종합합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 - 5억원) × 제2조의4 제1 항에 따른 공정시장가액비율 × 지방세법 시행령 제109조 제1호에 따른 공정시장가액비율] × 지방 세법제111조 제1항 제1호 가목에 따른 표준세율 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 < 개정전: 2015.11.30. 이전> 지방세법제112조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 지방세법제112조 제1항 제1호에 따라 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × [(법 제13조 제1항에 따른 별도합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 - 80억원) × 제2조의4 제2항에 따른 공정시장가액비율 × 지방세법 시행령제109조 제1호에 따른 공정시장가액비율] × 지방세법제111조 제1항 제1호 나목에 따른 표준세율 별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 < 개정 전: 2015.11.30. 이전> 지방세법제112조 제1항 제1호에 따라 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

③ 토지분 재산세 표준세율의 적용 등 제1항과 제2항에 따른 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

(3) 지방세법 제110조(과세표준) ① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장 가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다. (4) 지방세법 시행령 제109조(공정시장가액비율) 법 제110조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 70

2. 주택: 시가표준액의 100분의 60

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점규정의 개정 경위는 다음과 같다. (가) 재산세와 종합부동산세는 과세대상 재산의 보유라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이기 때문에, 2005.1.5. 법률 제7328호로 제정된종합부동산세법은 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였다. (나) 이에 따라 종합부동산세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것) 제5조의3 제2항(이하 “당초시행령조항”이라 한다)은 공제되는 재산세액을 ‘별도합산과세대상 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액×별도합산과세대상 토지분 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액÷별도합산과세대상 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식(이하 “당초시행령산식”이라 한다)에 따라 산정하도록 규정하였다. (다) 2005.1.5. 법률 제7332호로 개정된지방세법및 2008.12.26. 법률 제9273호로 개정된종합부동산세법은 재산세와 종합부동산세 모두 공시가격을 기초로 과세표준을 산정하되, 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 일정한 범위에서 과세표준에 반영할 비율을 정할 수 있도록 재산세와 종합부동산세에 대하여 각 적용되는 공정시장가액비율 제도를 도입하였다. (라) 이에 따라 2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정된 종합부동산세법 시행령(이하 “종전시행령”이라 한다)은 공제되는 재산세액을 ‘별도합산과세대상 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액×별도합산과세대상 토지분 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액÷별도합산과세대상 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식(이하 “종전시행령산식”이라 한다)에 의하도록 변경·규정하였고, 종전시행령산식 중 ‘별도합산과세대상 토지분 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 구체적 계산방법과 관련하여 종전시행규칙 ‘별지 제3호 서식’의 작성방법 부분에서 ‘(공시가격-과세기준금액)×종부세공정시장가액비율×재산세공정시장가액비율×재산세율’의 산식(이하 “종전시행규칙산식”이라 한다)에 따르도록 규정하였다. (마) 대법원은지방세법,종합부동산세법, 종합부동산세법 시행령관련 규정의 개정경위와 취지 등에 비추어 볼 때, 당초시행령산식의 분자에 기재된 ‘별도합산과세대상 토지분 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’이 종전시행령산식의 분자에 기재된 ‘별도합산과세대상 토지분 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’으로 변경되었다고 하더라도 이러한 개정의 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소ㆍ변경하려는 것이었다고 볼 수는 없다고 전제한 뒤, 종전시행령산식에 따라 공제되는 재산세액은 종전시행규칙산식에 따를 것이 아니라 ‘(공시가격-과세기준금액)×(재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율)×재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 한다고 판시(대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결)하였다. (바) 위 (마) 대법원판결 이후 기획재정부는 2015.11.30. 종전시행령을 개정하여 공제되는 재산세액을 ‘별도합산과세대상 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액×[(별도합산과세대상 토지의 공시가격 합계액-과세기준금액)×종합부동산세 공정시장가액비율×재산세 공정시장가액비율×재산세율]÷별도합산과세대상 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식(이하 “쟁점시행령산식”이라 한다)으로 개정하였다. <표> 종전시행령산식 및 쟁점시행령산식의 비교 OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 이 건 종합부동산세 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 계산하면서 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분은 대법원 판결의 취지를 벗어나고, 위임입법의 한계를 벗어난 위법한 규정에 근거한 처분이므로 부당하다고 주장하나, 2015.11.30. 종합부동산세법 시행령개정․시행으로 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 규정한 쟁점규정의 각 계산식에서 분자에 해당하는 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분에 대하여 재산세로 부과된 세액’이라 함은 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 규정하고 있으므로 처분청이 종합부동산세액 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 산정하면서 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 종합부동산세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2018서2366, 2018.7.18. 외 다수, 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.