[요지] 쟁점1부동산은 양도한 이후인 2018.3.31. 이후 사업자등록증상에 임대업을 업종추가한 것으로 나타나는바, 법인세법제55조의2의 적용대상에서 배제되지 아니하는 것으로 보는 것이 타당하고, 쟁점2부동산은 보유기간의 100분의 40 이상을 목적사업에 직접 사용한 사실이 확인되지 아니하므로, 이 건 처분은 잘못이 없음
[요지] 쟁점1부동산은 양도한 이후인 2018.3.31. 이후 사업자등록증상에 임대업을 업종추가한 것으로 나타나는바, 법인세법제55조의2의 적용대상에서 배제되지 아니하는 것으로 보는 것이 타당하고, 쟁점2부동산은 보유기간의 100분의 40 이상을 목적사업에 직접 사용한 사실이 확인되지 아니하므로, 이 건 처분은 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인은 2017사업연도 법인세 신고시 2017.2.23. 쟁점부동산의 양도차익을 과세표준 및 세액에 포함하지 아니하였고, 처분청은 2022.3.18. 쟁점부동산의 양도차익을 과세표준 및 세액에 포함하여 청구법인에게 2017사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
(2) 청구법인은 쟁점부동산을 2015.6.26. 취득하였으나, 2016.7.2. 임대사업자로 등록하였고, 2017.2.23. 이를 양도한 이후인 2019.10.22.에서야 관할세무서에 임대업을 업종 추가한 것으로 확인되며, 쟁점부동산 양도시까지 임대수입금액 신고내역이 없는 것으로 나타난다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점부동산의 양도가 법인세법 제55조의2 토지등 양도소득에 대한 과세특례의 대상에 해당하지 아니한다고 주장한다. (가) 법인세법 제55조의2 제1항에 의하면 법인이 소유한 국내 소재 주택 및 그 부속토지를 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 법인세로 납부하여야 한다고 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1호의2는 민간임대주택에 관한 특별법제2조 제7호에 따른 임대사업자의 경우 2018.3.31. 이전에 사업자등록 등(민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 법인세법 제111조에 따른 사업자등록)을 한 주택에 한정하여 과세특례가 배제되는 것으로 규정하고 있다. 그러나 청구법인은 2015.6.26. 쟁점①부동산을 취득한 후 2016.7.2. 임대사업자로 등록하였으나, 2017.2.23. 이를 양도한 이후인 2019.10.22.에서야 관할세무서에 임대업을 업종 추가한 것으로 확인되며, 쟁점①부동산 양도시까지 임대수입금액 신고내역이 없는 것으로 나타나므로, 해당 규정을 근거로 쟁점①부동산을 법인세법 제55조의2 토지 등 양도소득에 대한 과세특례가 배제되는 것으로 보기는 어려운 것으로 판단된다. (나) 한편, 쟁점②부동산의 경우, 2015.6.26. 취득하여 2017.2.23. 양도할 때까지 보유기간의 100분의 40 이상을 부동산 개발업, 부동산 매매 및 임대업 등 청구법인의 목적사업에 직접 사용한 사실이 확인되지 아니하므로, 처분청은 이를 비사업용 토지로 보아 쟁점②부동산의 양도차익을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 과세한 것으로 나타난다. 이에 대하여 청구법인은 쟁점②부동산에 대한 재건축 등 관련 인허가 등이 이루어지지 않아 청구법인으로서는 정상적인 사업을 하기 어려운 상황에서 어쩔 수 없이 이를 양도하게 된 것이므로 법인세법 시행령 제92조의11 및 같은 법 시행규칙 제26조의2 등 관련규정에 따라 해당 기간을 제외하고 비사업용토지 여부를 판단하여야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 부동산 등기부등본에 의하면 청구법인이 쟁점②부동산을 양도한 이후인 2017.3.29.에 이르러서야 입주자모집공고 승인신청 및 그에 따른 금지사항등기가 이루어진 사실이 확인되는바, 쟁점②부동산에 대한 주택건설사업계획승인 신청은 청구법인이 쟁점②부동산을 양도한 이후에 이루어 진 것으로 보이는 점, 토지이용규제정보시스템(www.eum.go.kr)상으로도 청구법인이 쟁점②부동산을 소유하고 있었던 기간 동안 해당 토지에 대하여 건축허가가 제한된 사실이 확인되지 않는 점, 그 외에 청구법인은 쟁점②부동산을 취득한 후 청구법인의 목적 사업과 관련된 인가ㆍ허가 등을 신청하였거나 그로 인하여 건축허가가 제한되어 건축을 할 수 없게 된 토지에 해당한다는 사실을 입증할 증빙이 제출되지 아니한 점 등에 비추어 쟁점②부동산을 법인세법 시행령 제92조의11 및 같은 법 시행규칙 제26조의2에서 규정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지에 해당하는 것으로 보기 어려운 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점부동산의 양도가 법인세법 제55조의2 토지등 양도소득에 대한 과세특례의 대상에 해당한다고 보아 이 건 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 법인세법 제55조의2[토지등 양도소득에 대한 과세특례] ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지 등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양·피서·위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 "별장"이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액.(단서 생략)
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.
(2) 법인세법 시행령 제92의2[토지등양도소득에 대한 과세특례] ② 법 제55조의2 제1항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.
1. 해당 법인이 임대하는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택 또는 공공주택 특별법 제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택
2. 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택
3. 저당권의 실행으로 인하여 취득하거나 채권변제를 대신하여 취득한 주택으로서 취득일부터 3년이 경과하지 아니한 주택
4. 그 밖에 부득이한 사유로 보유하고 있는 주택으로서 기획재정부령으로 정하는 주택 제92조의3[비사업용 토지의 기간기준] 법 제55조의2 제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.
3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.
1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간
2. 토지를 취득한 후 문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간
3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간
(3) 법인세법 시행규칙 제46조의2[부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등] ① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.
1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가ㆍ허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)ㆍ면허 등을 신청한 자가 건축법 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지: 건축허가가 제한된 기간
2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지: 착공이 제한된 기간
3. 사업장(임시 작업장을 제외한다)의 진입도로로서 사도법에 따른 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로: 사도 또는 도로로 이용되는 기간
4. 건축법에 따라 건축허가를 받을 당시에 공공공지(公共空地)로 제공한 토지: 당해 건축물의 착공일부터 공공공지로의 제공이 끝나는 날까지의 기간
5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지: 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)
6. 저당권의 실행 그 밖에 채권을 변제받기 위하여 취득한 토지 및 청산절차에 따라 잔여재산의 분배로 인하여 취득한 토지: 취득일부터 2년
7. 당해 토지를 취득한 후 소유권에 관한 소송이 계속(係屬) 중인 토지: 법원에 소송이 계속되거나 법원에 의하여 사용이 금지된 기간
8. 도시개발법에 따른 도시개발구역 안의 토지로서 환지방식에 따라 시행되는 도시개발사업이 구획단위로 사실상 완료되어 건축이 가능한 토지: 건축이 가능한 날부터 2년
9. 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 토지: 당해 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 날부터 2년
10. 법인이 2년 이상 사업에 사용한 토지로서 사업의 일부 또는 전부를 휴업ㆍ폐업 또는 이전함에 따라 사업에 직접 사용하지 아니하게 된 토지: 휴업ㆍ폐업 또는 이전일부터 2년
11. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기관이 금융산업의 구조개선에 관한 법률 제10조의 규정에 따른 적기시정조치 또는 같은 법 제14조 제2항의 규정에 따른 계약이전의 결정에 따라 같은 법 제2조 제2호에 따른 부실금융기관으로부터 취득한 토지: 취득일부터 2년
12. 자산유동화에 관한 법률에 따른 유동화전문회사가 같은 법 제3조의 규정에 따른 자산유동화계획에 따라 자산보유자로부터 취득한 토지: 취득일부터 3년
13. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지: 당해 사유가 발생한 기간