장기보유특별공제 적용시 그 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로, 자기가 건설한 건축물 취득시기는 건축법에 따른 사용승인서 교부일이 되는 것이므로 그 장기보유특별공제 적용시 보유기간은 사용승인일부터 양도일까지의 기간임
장기보유특별공제 적용시 그 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로, 자기가 건설한 건축물 취득시기는 건축법에 따른 사용승인서 교부일이 되는 것이므로 그 장기보유특별공제 적용시 보유기간은 사용승인일부터 양도일까지의 기간임
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 처분청은 부수토지인 쟁점토지에 대하여는 구주택부터 신축주택 양도일까지의 보유 및 거주기간을 통산하여 장기보유특별공제를 적용하였으나, 건물분에 대하여는 ‘멸실한 경우 신축주택시점부터 보유기간을 계산한다’는 국세청 집행기준(95-159의3-1)을 적용하여 구주택의 소유 및 거주기간을 통산하지 아니하고, 장기보유특별공제(3년 이상～4년 미만, 24%)를 적용하였는바, 이는 다음과 같은 이유로 부당하다. 청구인은 노후된 구주택을 2017년 멸실한 후 신축주택을 신축(임의재건축)하였고, 2018.2.1. 보존등기 후에도 신축주택에 계속 거주하다가 2021.4.9. 이를 양도하였다. 청구인은 아들 AAA이 OOO에 임용되어 가족수당을 받기 위해 2012.3.2.부터 2014.10.5.까지 아들 AAA의 주소지로 전출한 것 외에, 1999.5.1.부터 2012.3.1.까지, 2014.10.6.부터 신축주택을 양도할 때까지 구주택과 신주택에 계속 거주하였다.
(2) 1세대 1주택의 범위를 규정한 소득세법 시행령제154조 제8항 제1호는 거주하거나 보유하는 중에 노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간을 통산한다고 명시되어 있으나, 장기보유특별공제 관련 규정에는 보유기간과 거주기간을 구분하여 적용한다는 규정 외에 통산과 관련된 특별한 규정이 없다. 그러나, 1세대 1주택 판단시에는 멸실된 주택의 보유기간과 거주기간을 신축주택과 통산하면서 장기보유특별공제율 적용시에는 통산되지 않는 것으로 해석하는 것은 모순이다.
(3) 또한, 부수토지에 대하여는 구주택의 보유 및 거주기간을 통산하여 장기보유특별공제를 적용한다는 예규나 판례 등이 있는데 반해, 건물분에 대한 사례는 확인되지 아니하나, 청구인과 같이 30여년간 1세대 1주택자로 지내며 구주택과 재건축한 신축주택에 거주한 경우에는 구주택의 보유 및 거주기간을 통산하여 장기보유특별공제액을 산정함이 타당하다.
(1) 소득세법제95조 제4항은 “장기보유특별공제액 관련 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제162조 제1항 제4호는 “자기가 건축한 건축물에 있어서는 취득시기를 사용승인서 교부일로 한다”고 규정되어 있으며, 국세청 집행기준(95-159의3-1)에 따르면 “1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우로서 그 주택이 기존주택을 멸실하고 신축한 주택에 해당하는 경우 장기보유특별공제율 적용을 위한 보유기간은 신축한 주택의 사용승인서 교부일부터 계산한다”고 정하고 있다. (2) 소득세법 시행령제154조 제8항의 규정은 1세대 1주택 비과세를 적용함에 있어서 거주기간 및 보유기간을 통산한다는 규정이지 장기보유특별공제의 적용에 대한 규정이 아니므로 청구주장을 받아들일 수 없다.
(3) 따라서, 멸실 후 신축된 신축주택의 취득시기를 사용승인서 교부일로 보고 장기보유특별공제액을 산정하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.
(1) 소득세법(2020.12.29. 법률 제17757호로 개정된 것) 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.
④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.
⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다 (2) 소득세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.
⑧ 제1항에 따른 거주기간 또는 보유기간을 계산할 때 다음 각 호의 기간을 통산한다.
1. 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ무너짐ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간
2. 비거주자가 해당 주택을 3년 이상 계속 보유하고 그 주택에서 거주한 상태로 거주자로 전환된 경우에는 해당 주택에 대한 거주기간 및 보유기간
3. 상속받은 주택으로서 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 동일세대인 경우에는 상속개시 전에 상속인과 피상속인이 동일세대로서 거주하고 보유한 기간 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.
4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 건축법 제22조 제2항 에 따른 사용승인서 교부일. 다만, 사용승인서 교부일 전에 사실상 사용하거나 같은 조 제3항 제2호에 따른 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.
(1) 소득세법제95조 제2항 단서는 “장기보유특별 공제액”이란 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 따린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다고 규정하고 있고, 표2에 보유 및 거주기간이 10년 이상인 경우 공제율이 80%, 보유기간이 3년 이상 4년 미만인 경우 공제율이 24%라고 규정하고 있다.
(2) 청구인은 1988.2.22. 및 1996.11.1. 쟁점토지 및 구주택을 취득한 후, 구주택을 멸실하고 쟁점토지 지상에 신축주택을 신축(2018.2.1.)하여 보유하다가 2021.4.9. 쟁점외토지와 함께 양도한 사실이 등기사항전부증명서 등에서 확인된다.
(3) 청구인의 양도소득세 신고 및 처분청의 경정내역은 아래 OOO와 같은바, 처분청은 이 건 양도소득세를 경정하면서 신축주택에 대하여는 사용승인일(2018.2.1.)부터 양도일(2021.4.8.)까지의 보유기간(3년 이상 4년 미만)에 해당하는 공제율 24%를 적용한 장기보유특별공제액을 공제하고, 쟁점토지에 대하여는 구주택과 신축주택의 보유 및 거주기간을 통산하여 공제율 80%를 적용한 장기보유특별공제액을 공제한 것으로 나타난다.
(4) 청구인은 구주택 및 쟁점주택을 소유하며 장기간 거주하였다고 주장하며, 청구인의 주민등록초본(청구인이 구주택에 1991.5.1.부터 2012.3.2.까지 거주하고, 이후 전출입하다가 2018.2.7. 신축주택에 전입하여 양도시까지 거주한 것으로 나타남), 전기요금 납부내역, 상수도 사업소 검침내역, 청구인의 아들 AAA의 주민등록초본 등을 제출하였다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 장기보유특별공제액 계산시 멸실 전 구주택의 보유 및 거주기간과 신축주택의 보유 및 거주기간을 통산하여야 한다고 주장하나, 소득세법제95조 제2항의 장기보유특별공제를 적용함에 있어 보유기간은 같은 조 제4항 규정에 의하여 당해 자산의 취득일부터 양도일까지이고, 자기가 건설한 건축물의 취득시기는 같은 법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제4호에 의하여 건축법제22조 제2항에 따른 사용승인서 교부일이 되는 것인바, 자기가 건설한 건축물에 대하여 장기보유특별공제를 적용함에 있어 보유기간은 그 취득일인 사용승인일부터 양도일까지의 기간이라고 법령상 명확히 규정되어 있는 점, 소득세법제95조 제2항 및 제4항을 적용함에 있어 임의재건축에 의한 신축주택에 대하여 구주택 보유 및 거주기간을 합산하는 내용의 특례를 정하고 있는 규정이 없는 점 등에 비추어, 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.