2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) (쟁점①) 쟁점건물 가액을 기준시가에 따라 안분계산하는 것은 위법하므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다. (가) 아파트 건설 시행사인 양수법인은 쟁점토지만 필요하기에 양도가액은 쟁점토지 가액만을 의미하는 것이며, 이러한 점은 매매계약서상 쟁점건물에 대해서는 전혀 언급이 없고 쟁점토지의 가액만 OOO원으로 표시된 것을 통해 확인가능하다. (나) 거래 당사자가 합의한 실지거래가액은 존중되어야 한다. 쟁점건물이 철거가 예정된 상황에서 쟁점건물의 가액을 OOO원으로 하는 것은 합리적인 결정이다. 만약 기준시가 비율로 가액을 책정하였다면 이 금액이 오히려 비현실적인 금액이며 거래 자체가 성사될 수 없다. (다) 청구인은 어떠한 조세회피 의도 없이 경제적·합리적으로 거래가액을 결정하였다.
1. 쟁점건물 가액을 임의조작하는 경우 조세를 회피할 수 있는지 여부를 살펴보면, 부가가치세의 경우 쟁점건물의 매매대금에 상응하는 부가가치세 상당액을 양수법인으로부터 징수하여 납부하게 되므로 쟁점건물의 매매가격을 낮추려는 동기가 존재하기 어렵고, 양수법인 역시 법인사업자로서 청구인에게 지급한 건물의 부가가치세를 매입세액공제 받으면 되어 실질적으로 부가가치세 부담이 발생하지 않을 것으로 보이므로 쟁점건물의 매매대금을 조작할 동기를 찾기 어렵다.
2. 양도소득세 측면에서도 취득가액이 실지거래가액으로 되어있고 토지와 건물의 구분을 통한 장기보유특별공제, 자산별 양도차익의 다름으로 인해 관련 차이가 결국 총 금액에 귀속되어 건물가액을 임의로 조작한다고 하여도 양도소득세 절감의 효과를 볼 수 없어 쟁점건물가액을 인위적으로 조작할 동기가 없다. 오히려 부가가치세만큼 양도가액에서 차감되어 과세관청의 뜻대로 되면 오히려 양도소득세는 절감되는 효과가 있다. (라) 2022년부터 부가가치세법은 이 건과 같이 시행사에게 양도하여 철거하는 경우 건물가액을 OOO원으로 인정하도록 개정되었다. 사업자가 구분한 토지, 건물의 실지거래가액이 기준시가에 따라 안분계산한 금액과 30% 이상 차이가 있는 경우 기준시가에 따라 안분계산한 금액으로 의제하는 것은 조세를 회피하기 위해 자의적으로 건물가액을 구분하는 경우를 차단하기 위한 것이었다. 그러나 이 건과 같이 건물철거를 전제로 한 매매의 경우 실제로 건물의 가치가 없는 것이 당연한 것임에도 조세회피를 위한 경우와 같이 취급되어 불이익을 받는 것을 인식한 정부가 예외를 두어 구제하는 것으로 개정하였다. 이러한 개정사항만 보아도 이 건 과세가 잘못된 것임을 알 수 있다. (마) 쟁점건물은 철거되고 현재는 주상복합 아파트가 건립 중에 있다.
(2) (쟁점②) 이 건 처분의 전부취소 청구주장이 받아들여지지 않는다면 적어도 쟁점토지와 관련된 감정평가서가 있으므로 이 감정평가서에 따라 쟁점건물의 과세표준을 산정해야 한다. 비록 쟁점토지와 쟁점건물을 모두 감정평가한 감정평가서는 아니지만 한국토지신탁의 의뢰로 작성된 쟁점토지에 대한 2020.3.19.자 감정평가서가 있다. 이 감정평가서에 따르면 쟁점토지의 단가는 1㎡당 OOO원으로 처분청이 과세한 기준시가 1㎡당 OOO원과 현저한 차이가 있고 이를 쟁점토지 면적 1,011.7㎡으로 환산하면 쟁점토지의 가액은 OOO원이며, 이를 전체 양도가액 OOO원에서 차감하면 쟁점건물가액은 OOO원이 되고, 이를 다시 1.1로 나누면 OOO원이 된다. 따라서 쟁점건물의 공급가액을 OOO원으로 보아 쟁점건물의 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다.
(3) (쟁점③) 세금계산서 미발급 가산세 OOO원은 취소되어야 한다. (가) 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 가액이 기준시가에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30이상 차이가 있는 경우 기준시가에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다는 부가치세법제29조 제9항 규정은 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피방지를 위하여 2018.12.31. 신설되어 2019.1.1. 공급하는 분부터 적용되었으나, 이 규정이 실지공급가액의 사법적 효과를 부인하는 것은 아니다. 즉 사인 간에 적법한 법률행위에 의해 성립된 실지거래가액을 무시하고 세법상으로만 공급가액을 따로 의제하는 것은 아니며, 여기에 미발급의 가산세까지 부과하는 것은 법익균형의 원칙에도 어긋난다. (나) 실제 거래가액과 별개로 의제된 공급가액을 과세하는 것은 부가가치세법 제29조 제4항 의 부당행위계산의 부인과 같이 공급가액을 재계산한다는 점에서 동일한 것이며, 이와 관련하여 대법원은 “공급가액을 재계산하는 것은 공급을 의제한다는 의미로서 공급자와 공급받는 자와 사이에 적법·유효하게 성립된 법률행위의 사법상 효력을 부인하거나 실지거래를 부인하고 재구성하는 효력을 가지는 것은 아니다”고 판시하였다(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결). 위와 같은 법리를 고려할 때, 실지 거래사실에 따라 교부한 세금계산서상 공급가액이 기준시가에 의하여 안분계산하여 의제한 공급가액과 차이가 나는 금액은 부가가치세법제60조 제3항 제5호 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서 등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우에 해당하지 아니하며, 의제한 공급가액까지 세금계산서 미발급의 가산세를 부과하는 것은 가혹하다. (다) 위와 같은 법리를 받아들여 동일한 사안의 과세에서 직권취소한 사례(심사법인2002-0036, 2002.11.8. 등)가 있으므로 신의성실의 원칙상 이 건 청구인에게 가산세까지 부과하는 것은 부당하다.
(1) (쟁점①) 쟁점건물은 폐업시점까지 부가가치를 창출할 수 있는 상업용부동산으로 그 실질가치를 OOO원으로 볼 수 없다. (가) 청구인과 그 배우자는 2019.12.3. 쟁점부동산을 양수법인에게 이전하였으나, 청구인이 모텔업을 폐업한 일자는 2019.12.16.이다. 이에 처분청이 2019년 12월의 신용카드 매출전표를 확인한바, 2019년 12월 신용카드매출내역 OOO원 중 쟁점부동산의 소유권을 이전한 후의 매출내역이 OOO원으로 폐업당시의 쟁점건물은 부가가치를 창출할 수 있는 숙박업소에 해당하므로, 쟁점건물의 재산적 가치를 OOO원으로 볼 수 없다. (나) 매수인이 장차 건물을 철거할 것이라는 사정만으로 매매당사자들이 매매계약서에 건물의 가액을 통상의 거래관행보다 현저히 낮은 OOO원으로 기재한 거래를 그대로 받아들여 건물분 부가가치세를 과세할 수 없다고 한다면, 매매당사자 간의 합의로 철거예정 건물의 가액을 토지의 가액에 포함시켜 국가의 부가가치세 징수권을 부당하게 무력화시키는 부당한 결과가 발생할 수 있으므로, 기획재정부는 2019년 부가가치세법을 개정하면서 ‘사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 그 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다’는 규정을 추가하였다. (다) 청구인은 쟁점부동산을 기준시가에 의하여 안분계산하여 쟁점건물분에 대한 부가가치세를 양수법인으로부터 수취하였다면, 양수법인이 건물가액에 해당하는 부가가치세 상당액을 매입세액 공제받게 되므로 조세회피의도와 회피세액이 없다고 주장하나, 양수법인인 시행사는 부가가치세법 시행령제80조 제2호에 따라 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우 철거한 건축물의 취득과 관련된 매입세액은 불공제되므로 거래당사자간 조세회피세액이 발생할 수 있다. (라) 청구인 주장처럼 쟁점건물의 양도가액이 OOO원이라면 쟁점부동산 양도소득세 신고시 쟁점건물의 취득가액을 제외하고 양도소득세 취득가액을 산정하여야 하나, 쟁점건물의 취득가액을 양도가액에서 차감하여 양도소득세를 신고하였으므로 청구인이 쟁점건물가액이 유상인 점을 인지하고 있었다고 보는 것이 타당하다. (마) 청구인은 2022년 개정세법이 철거의 경우 건물가액을 OOO원으로 인정하게 되었으므로 종전의 세법이 부당하다고 주장하나, 2022년 개정사항은 2022.1.1. 이후 재화나 용역을 공급하는 경우부터 적용되므로, 쟁점부동산의 경우 2022년 개정 규정이 적용될 수 없다.
(2) (쟁점②) 청구인은 2020.3.19.자 감정평가서의 쟁점토지가액을 기준으로 안분계산한 가액을 쟁점건물가액으로 보는 것이 타당하다고 주장하나, 부가가치세법 시행령제64조 제1호 단서 규정에는 공급시기가 속하는 직전 과세기간의 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가업자가 평가한 감정평가가액이 있는 경우 그 가액에 비례하여 안분계산한 금액으로 한다고 규정하고 있는바, 청구인이 제시한 감정평가서는 적용가능기간을 도과하였을 뿐만 아니라, 쟁점토지의 감정평가가액만 있어 위 규정의 요건을 충족하지 아니한다.
(3) (쟁점③) 청구인은 부가가치세법 시행령제64조의 규정이 부당행위계산의 부인과 유사하므로 세금계산서 미발급 가산세는 부당하다고 주장하나, 부당행위계산의 부인은 시가와 거래금액과의 차이금액이 대가가 수반되지 않는 거래로 세금계산서를 발급하는 것은 불합리하므로 세금계산서 미발급 가산세를 부과하지 않는 것이 타당하나, 부가가치세법 시행령제64조 규정은 대가가 수반되는 토지, 건물 전체 거래금액 중 실지건물가액을 안분계산한 것이므로 부당행위계산의 부인과는 중요한 차이가 있다. 세법상 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자로 하여 금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부의무를 지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리 하였을 때 가해지는 일종의 행정상의 제재로, 납세자가 쟁점건물을 공급하고 공급시기에 세금계산서를 미발급한 사실에 대하여 처분청이 세금계산서 미발급 가산세를 부과하는 것은 정당하다.