양도일 현재 쟁점토지는 사실상 ‘농지’에 해당하지 않는 것으로 보아 자경농지에 대한 감면을 배제하고 양도소득세를 부과한 처분의 당부 등

OOO서장이 2022.1.10. 청구인에게 한 2019년 귀속 양도소득세 OOO원 및 농어촌특 별세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2019.12.27. OOO에 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 ‘수용’을 원인으로 양도하고 2020.2.27. 쟁점토지에 대하여 조세특례제한법 제69조 제1항 에 따른 자 경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 산정한 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고 및 납부하였다.
• 나. OOO청장이 2021.3.2.부터 2021.3.19.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결 과 쟁점토지의 공부상 지목은 답이나 이 건 양도일(2019.12.27.) 현재 사실상 농지에 해당하지 않는 것으로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하고 양도소득세를 경정할 것을 지시하자, 처분청은 이에 따라 쟁점토지의 양도에 대해 조세특례제한법 제69조 에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 2022.1.10. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.4.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 1975년 이후 OOO에서 계속 거주하였고, 배우자와 함께 쟁점토지를 구입하여 같이 농사를 지어 오다가 배우자의 사망으로 1996년 배우자로부터 쟁점토지 를 상속받아 현재까지 총 40여 년간을 쟁점토지에서 농사를 지어 자식들을 양육하였다. 청구인은 쟁점토지에서 경작한 포도나무가 얼어 죽어 그 처리를 고민하던 중 aaa가 쟁점토지에서 새로운 작물을 재배하겠다고 하여 2015.10.16. aaa와 쟁점토지에 대한 임대차계약을 체결하였다. 그러나, 당초 농작물 재배 목적의 임대차계약과는 달리 임차인 aaa는 쟁점토지에 무허가 가건물을 건축하여 창고용으로 사용하였으며, 이에 청구인은 건물을 철거하고 농지로 복원하도록 여러 차례 요구하였으나 받아들여지지 않아 법원에 소송을 제기한 결과 2017.11.30. 철거 및 잔존물 수거하라는 취지의 결정을 받게 되었다(OOO). 이러한 판결 이후에도 철거 및 잔존물의 수거나 신속하게 이루어지지 않아 오랜 기간 다툼이 계속되었다. 쟁점토지 인근에서 청구인이 소유한 다른 토지(OOO)에는 포도나무가 여전히 심어져 있다. 이처럼, 철거 및 잔존물 수거가 계속 미루어지게 됨에 따라 청구인은 영농계획을 제대로 세우지 못하고 외부 차량이 임의로 주차하게 되어 2018년 4월경 쟁점토지에 옥수수 및 채소 씨앗을 파종하여 경작한 적도 있다. 그런데, 2018.7.2. ‘OOO’에 대한 지정고시가 있게 됨에 따라 곧 공사가 시작된다고 하여 청구인은 쟁점토지에서 더 이상 영농을 진행하기 어려워 쟁점토지는 휴경상태에 이르렀다. 쟁점토지는 공공주택특별법에 따라 2019.12.27. OOO에 2018.7.2. 기준 보상가액으로 수용되었다. 쟁점토지는 비교적 단순한 작업으로도 농지로서의 기능을 유지하는 일시적인 휴경농지이므로 농지에 해당한다. 만약 불법적으로 사용한 aaa가 철거 및 잔존물의 수거를 신속하게 하였고, 공공주택지구의 지정고시가 없었더라면 쟁점토지는 즉시 경작가능한 농지로 환원되었을 것이다. 관리소홀로 타인이 불법적으로 사용하여 농지로 사용하지 못한 경우에는 일시적인 휴경상태로 보아 양도소득세 감면대상 농지에 해당한다 할 것이다(OOO 판결). 그리고, 쟁점토지는 농지로서의 기능을 회복하는데 많은 시간과 노력이 투입될 정도로 황폐화된 것이 아니라 불법으로 사용한 aaa와의 분쟁으로 농사작업 등이 진행되지 않은 것일 뿐 단순한 작업으로 충분히 원상회복이 가능한 휴경농지이다. 실제로 2시간 남짓 작업한 후의 현장사진을 통해 알 수 있듯이 완전히 농지로 회복된 것을 확인할 수 있다. 농작물의 종류에 따라 그에 맞게 밭고랑을 만들어 농사를 지을 수 있는 상태가 된 것이다. 그러나, 이미 쟁점토지의 명의가 넘어간 상황이라 오랫동안 작업을 할 수 없고, 굳이 큰 비용을 들여 작업할 이유도 없는 상황이라 큰 작업은 없었다. 만일 정부의 지정고시가 없었더라면 쟁점토지는 농사만 지을 수 있는 농림지역이므로 용도변경은 불가능하고 40년을 농사지은 사람이 농지를 그냥 방치하고 있지는 않았을 것이다. 쟁점토지가 OOO에 수용될 당시와 관련하여 이 건 토지수용사실확인서상 쟁점토지는 실제 지목이 공부상 지목과 같은 ‘답’이므로 농지임을 알 수 있다. 앞서 언급한 바와 같이 쟁점토지는 청구인이 8년 이상 농촌에 거주하면서 직접 경작하였고 농지로써의 기능을 회복되기 어려울 정도로 형상이 변화하였거나, 복구불능의 농경장애가 있는 것이 아니고 언제든지 간단한 작업으로도 경작이 가능한 일시적 휴경상태에 있는 것이므로 양도소득세가 감면된다.

(2) 처분청에 대한 업무감사기간이 2021.3.2.부터 2021.3.19.까지이고 감사결과 예고통지서를 받은 날은 2021.12.1.이다. 청구인은 이와 같은 감사청 감사지적에 따라 2021.3.9. 양도 당시 농지여부에 대한 해명자료를 제출하였는바, 이후 처분청으로부터 결과통지가 없어서 소명이 된 것으로 이해하였다. 세무조사 시에도 그 조사를 마친 일자로부터 20일 이내 결과를 통지하도록 하고 있는바, 업무감사기간이 종료되고 약 8개월 이상 경과한 시점에 이 건 납부지연가산세를 부과하도록 예고통지한 것은 부당하므로 취소되어야 한다. 또한, 감사결과를 모든 납세자가 약 8개월 지난 시점에 통지받지는 않았을 것이고, 납부지연가산세의 목적 가운데 하나라 할 수 있는 정상적으로 납부한 자와의 형평을 유지하기 위한 취지에도 부합되지 않으므로 이 건 납부지연가산세는 감면되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 공부상 지목이 농지라고 하더라도 양도일 현재 실제로 경작하고 있지 않는 토지는 농경지로 사용되지 않고 있는 것이 토지소유자의 자의에 의한 것이든 또는 타의에 의한 것이든 일시적으로 휴경상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 농지라고 볼 수 없어 양도소득세 감면대상인 토지에 해당하지 않는다고 할 것이다(대법원 1991.11.12. 선고 91누7422 판결). 국세통합시스템 국세공간정보(GIS) 위성사진에 따르면 쟁점토지는 2017년부터 2019년까지 농지로 보기 어렵고, 네이버 로드뷰 사진에 따르면, 2016년 4월경 쟁점토지에 OOO 제조업을 영위하던 기계장치 등이 설치되어 있는 등 공장으로 이용된 사실이 확인된다. 2018년 10월 당시의 사진에서는 쟁점토지에 차량들이 주차되어 있는바, 쟁점토지는 농지로 보기 어렵다. 또한, 2016년 3월경부터 2019년 12월경까지 쟁점토지를 사업장 주소지로 하여 제조업(OOO)을 영위하던 사업자등록이 되어 있었다. 쟁점토지의 임차인 “BBB”의 대표 ccc가 사업자등록 신청 시 관할세무서에 제출한 사업자등록 신청서 및 제출서류 조회내역에 따르면, 쟁점토지의 임대차계약서가 첨부되어 있고 임대차계약서상 “임대할 토지의 표시”란에 현재의 용도는 “재작장”, 임대차기간은 2016.3.10.부터 5년간 임대하기로 약정한 것으로 나타난다. 이처럼 쟁점토지의 항공사진 내역 등 주요 사실관계를 종합해 볼 때, 2016년 3월부터 양도일인 2019년 12월까지 쟁점토지를 농지로 볼 수 없고 일시적인 휴경상태라 보기도 어렵다. (2) 청구인은 세무조사 종결일로부터 20일 이내에 그 결과를 통지하도록 하고 있는데, 감사가 종료된 후 8개월 이상 지난 시점에 납부지연가산세를 부과하여 예고통지를 한 것은 부당하다고 주장한다. 이는 납세자와 직접 대면 및 질문조사 등이 이루어지는 ‘세무조사’에 한정하는 규정이므로 주로 서면검토를 통하여 진행되는 ‘업무감사’에 대하여도 동일하게 적용할 수 있다고 볼 수 없다. 가산세 감면사유에 대해서도 국세기본법에서 열거하고 있는 항목에 해당하는 경우에만 적용이 가능할 것이나, 청구인이 주장하는 내용은 이에 해당하지 않는다. 납부지연가산세는 입법취지가 지연납부로 인한 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적임을 감안할 때, 청구인이 감사기간 종료 후부터 결과통지까지의 기간에 대하여 납부지연에 따른 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것은 명백하므로 납부지연가산세 감면대상으로 볼 수 없다.

• 가. 쟁점

① (주위적 청구) 양도일 현재 쟁점토지는 사실상 ‘농지’에 해당되지 않는 것으로 보아 자경농지에 대한 감면을 배제하고 양도소득세를 부과한 처분의 당부

② (예비적 청구) 이 건 감사기간이 종결된 이후 결과통지일까지의 기간은 납부지연가산세 산정 시 제외하여야 하는지 여부

(1) 국세기본법 제48조【가산세의 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제81조의12【세무조사의 결과 통지】① 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일(제11조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 40일) 이내에 다음 각 호의 사항이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다. (2) 국세기본법 시행령 제28조【가산세의 감면 등】① 법 제48조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 토지 등의 수용 또는 사용, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시ㆍ군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우

3. 소득세법 시행령 제118조의5 제1항 에 따라 실손의료보험금(같은 영 제216조의3 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 지급받은 것을 말한다)을 의료비에서 제외할 때에 실손의료보험금 지급의 원인이 되는 의료비를 지출한 과세기간과 해당 보험금을 지급받은 과세기간이 달라 해당 보험금을 지급받은 후 의료비를 지출한 과세기간에 대한 소득세를 수정신고하는 경우 (3) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (4) 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준

2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우: 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준

3. 광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우: 휴경계약일 현재의 농지 기준 (5) 조세특례제한법 시행규칙 제27조【농지의 범위 등】① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다.

(6) 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (7) 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일.

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일·인도일 또는 사용수익일중 빠른 날(중략)

7. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.(중략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점토지 인근에서 거주하면서 쟁점토지를 8년 이상 직접 경작한 것에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구인이 제출한 증빙 등과 처분청 심리자료는 아래와 같다. (가) 청구인이 제출한 주민등록표 초본(2020.2.21. 발급)에 따르면, 청구인은 1975.8.6.부터 현재까지 OOO(2011년 이후 현재까지 주소: OOO)에서 계속하여 거주하고 있는 것으로 나타난다. (나) 청구인이 제출한 부동산 등기사항전부명세서를 살펴보면, 청구인은 1997.3.8. ‘협의분할상속’(1996.10.11.)을 원인으로 쟁점토지를 취득하여 2019.12.27. ‘공공용지의 협의취득’(2019.12.24.)을 원인으로 OOO에게 쟁점토지를 양도한 것으로 나타난다. (다) 청구인이 제출한 농지원부에 따르면, 쟁점토지는 2020.8.16. 자경농지로 등록되었고, 주재배작물은 “과수”로 기재되어 있다. (라) 청구인이 쟁점토지를 임차한 aaa를 피고로 하여 제기한 소송에서 OOO법원 결정문(OOO, 건물철거 및 토지인도)의 주요 내용은 아래 <표>와 같다. <표> OOO법원 결정문 주요 내용 ◯◯◯ (마) 청구인이 제출한 ddd의 확인서에 따르면, ddd는 2018년 OOO에 거주하면서 인근의 농지 OOO가 휴경상태이므로 소유자인 청구인에게 이야기하여 같은 해 4월경 쟁점토지 중 약 200평 면적에서 옥수수와 채소를 경작하였다는 확인서를 2022.3.30. 작성․제출하였다. (바) 청구인이 제출한 수용사실확인서에 따르면, OOO은 쟁점토지를 보상금액 OOO원(보상가액 산정기준일: 2018.7.2.)으로 하여 수용하였다는 내용의 확인서를 2019.12.24. 작성․발급하였다. (사) 청구인이 쟁점토지의 현황자료로 주장하면서 제출한 사진자료를 살펴보면, 해당 사진상의 토지는 흙으로 덮여 있고, 토지 둘레 일부에 나무가 식재되어 있으며, 토지 중 일부는 쓰레기가 그대로 방치되어 있다. (아) 처분청이 제출한 쟁점토지에 대한 항공사진은 아래 <그림1>∼<그림3>과 같다. <그림1> 2015년 국세공간정보(GIS) 항공사진 ◯◯◯ <그림2> 2017년 국세공간정보(GIS) 항공사진 ◯◯◯ <그림3> 2019년 국세공간정보(GIS) 항공사진 ◯◯◯ (자) 처분청이 제출한 쟁점토지에 대한 OOO 로드뷰 사진은 아래 <그림4> 및 <그림5>와 같다. <그림4> 2016년 4월 OOO 로드뷰사진 ◯◯◯ <그림5> 2018년 10월 OOO 로드뷰사진 ◯◯◯ (차) 국세통합시스템상 사업자명단조회 내역에 따르면, 2016.3.10.부터 2019.12.31.까지 쟁점토지에 “BBB”이란 상호로 제조업(OOO 제조)을 영위하는 사업자가 존재한 것으로 나타난다. (카) “BBB”의 대표 ccc가 사업자등록신청 당시 관할세무서에 제출한 사업자등록신청서 및 제출서류 조회내역에 따르면, 쟁점토지의 임대차계약서가 첨부되어 있는바, 해당 임대차계약서상 “임대할 토지의 표시”란에 용도는 “재작장”으로, 임대차기간은 2016.3.10.부터 5년간 임대하기로 약정한 것으로 각각 기재되어 있으며, 임대차계약 당사자는 청구인과 ccc이나 aaa와 ccc의 신분증이 첨부되어 있는 것으로 나타난다. (타) BBB 사업자등록증신청서를 살펴보면, BBB 대표는 ccc, 사업장 소재지는 OOO, 주업종은 제조업(OOO), 부업종은 건설업(철구조물), 임대차조건은 보증금 OOO원, 월세 OOO원으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 주위적 청구에 대하여 살피건대, 농지의 현상을 상실한 상태가 일시적인 것에 불과하여 농지로서의 원상회복이 용이하게 이루어질 수 있다면 그 토지는 여전히 농지법에서 말하는 농지에 해당하는 한편 농지가 형질변경이나 전용으로 현실적으로 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도, 그와 같이 형질변경되거나 전용된 것이 일정 기간 사용 후 농지로 복구한다는 조건으로 일시사용허가를 받아 이루어진 것으로서 그 허가기간 만료 후에는 농지로 복구하여야 하고, 그 현상변경의 정도와 주변토지의 이용상황 등에 비추어 농지로 회복하는 것이 불가능하지 않다면 그 변경 상태는 일시적인 것에 불과하다고 보아야 할 것이다(OOO판결, 같은 뜻임). 처분청은 양도일 현재 쟁점토지에 대하여 사실상 농지에 해당하지 아니한 것으로 보아 이 건 양도소득세를 부과하였으나, 청구인이 쟁점토지를 2015년 aaa에게 임차하여 농사목적으로 사용하도록 하였으나 aaa가 농지 외 다른 목적으로 사용하자 소송을 제기한 결과 OOO법원은 aaa에게 2017.11.30.까지 쟁점토지 지상에 산재하여 있는 경량철골 등 지장물 일체를 수거하여 청구인에게 인도하도록 결정한 점, 임대차계약서, 항공사진 등 증빙자료에 의하면 쟁점토지상에 존재하는 사업장인 BBB은 aaa가 청구인 모르게 전대한 것으로 보이고 소송을 통하여 쟁점토지상의 지장물을 철거하는 등 농지로 환원된 것으로 보이는 점, 쟁점토지 인근 주민 ddd는 2018년 4월경 쟁점토지 일부 면적을 농지로 경작하였다고 확인서를 제출한 점, 쟁점토지는 소송을 통해 지장물이 철거된 이후 2018.7.2. 기준으로 OOO로 지정고시되어 추가적인 영농을 진행하기 어려웠던 것으로 보이는 점, 쟁점토지는 양도 당시 지목이 답이고 소송을 통한 지장물을 철거한 이후 쟁점토지 전부를 경작하지는 아니하였으나 농지 외 다른 목적으로 사용한 것으로 나타나지 아니한 점 등에 비추어 쟁점토지는 양도일 당시 농지에 해당하고 일시적인 휴경상태로 보는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서, 처분청은 양도일 현재 쟁점토지를 사실상 농지에 해당하지 않는 것으로 보아 자경농지에 대한 감면을 배제하고 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 예비적 청구는 주위적 청구가 인용됨에 따라 심리할 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.