청구법인이 지급한 금액은법인세법 시행규칙제12조 제1항 소정의 방식에 의하여 청구법인이 양수한 쟁점사업부문에 대한 적절한 평가방법에 의하여 유상으로 취득한 금액이라 할 것이므로 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단됨
청구법인이 지급한 금액은법인세법 시행규칙제12조 제1항 소정의 방식에 의하여 청구법인이 양수한 쟁점사업부문에 대한 적절한 평가방법에 의하여 유상으로 취득한 금액이라 할 것이므로 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단됨
[주 문] OOO서장이 2021.12.16. 청구법인에게 한 법인세 합계 OOO 원(2019사업연도 OOO원, 2020사업연도 OOO원)의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점 분할합병은 물적분할합병으로서 쟁점영업권은법인세법제44조의2 제3항의 합병매수차손에 해당한다. (가) 납세의무자는 경제활동을 할 때 특정 경제적 목적을 달성하기 위하여 어떤 법적형식을 취할 것인지를 선택할 수 있고, 과세관청은 그것이 가장행위라거나 조세회피의 목적이 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 납세의무자가 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중해야 한다. 즉 쟁점 분할합병이 가장행위라거나 조세회피의 목적이 있다는 등의 특별한 사정이 없다면, 청구법인이 스스로 선택한 합병형태의 법률관계는 마땅히 존중되어야 한다. (나)상법제530조의2 제2항에서 회사는 분할에 의해 1개 또는 수개의 존립 중의 회사와 합병할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제530조의12에서는 분할되는 회사가 분할 및 분할합병으로 설립되는 주식 총수를 취득하는 경우에도 준용한다고 규정하고 있어상법은 쟁점분할합병 형태의 합병이 가능함을 명시하고 있다. 회사를 신설함이 없이 피합병법인인 AAA의 쟁점사업부문을 물적분할한 후 합병법인인 청구법인에 흡수합병시키는 물적분할(흡수)합병의 가능여부가 문제가 되나, 대법원 상업등기선례는 쟁점분할합병과 같은 물적분할(흡수)합병 역시 가능하다는 입장이다. (다) 2011년 개정된상법제523조 제4호에 따르면 합병법인은 피합병법인의 주주에게 합병대가의 전부 또는 일부를 주식이 아닌 금전이나 그 밖의 재산으로 지급이 가능한데, 쟁점분할합병처럼 합병법인인 청구법인이 피합병법인(물적분할된 쟁점사업부문)의 주주인 AAA에게 합병신주 대신 현금만을 지급하더라도 여전히 교부금 합병 형태의 합병인 것이다. (라) 이처럼 쟁점분할합병과 같은 교부금 합병형태의 물적분할(흡수)합병도상법상 합병으로 해석되는 이상상법의 합병개념을 차용하는법인세법제44조의2의 합병 역시 이와 동일하게 해석할 수밖에 없다. (마) 즉 처분청은 쟁점분할합병을 합병이 아닌 쟁점사업부문의 사업양수도로 법리를 오해하여 쟁점영업권을 합병매수차손이 아니라고 잘못 판단한 것이다.
(2) 쟁점 분할합병을 사업양수도로 본다 하더라도 쟁점영업권은자본시장과 금융투자법에 관한 법률(이하 “ 자본시장법”이라 한다)에 따라 적절히 평가하여 유상으로 취득한 금액이다. (가) 청구법인은 쟁점분할합병 계약체결 시 상장법인에 대한 강행규정인 자본시장법 및 회계법인이 공정하게 평가한 금액에 따라 합병대가인 OOO원을 산정하였고, 쟁점사업부문의 순자산가치를 차감하여 쟁점영업권의 가액을 OOO원으로 도출하였는바, 이는 법인세법 시행규칙제12조에 따른 적절한 평가방법에 해당한다. 대법원은 “건전한 사회통념·상관행에 비추어 정상적인 거래로 인정될 수 있는 범위 내 금액”은 적절한 평가방법이라고 넓게 설시하고 있고, 처분청 주장대로 감정평가법인의 영업권 산출방식만을 적절한 평가방법으로 축소·해석할 합리적인 이유가 없다. (나) 한편 처분청은 자본시장법 상 평가금액이 인수대가 산정을 위한 것으로서 쟁점영업권 자체에 대한 가치평가가 아니라고 주장하나 이는 부당하다.
1. 쟁점 분할합병은 상장회사인 청구법인이 비상장회사인 AAA의 쟁점사업부문을 인수하는 것으로 주식가치의 평가가 아닌 자산 및 부채의 고유한 평가과정을 거친 것이다. 2) 또한 자본시장법상의 합병비율을 준수한 경우 피합병법인의 순자산가치(영업권 포함)와 합병대가는 일치할 수밖에 없어 합병대가와 이전되는 사업부문의 차액 역시 영업권으로 인정될 수밖에 없다. (다) 처분청은 쟁점영업권이 양도·양수자산과 별도로 평가된바 없다는 점을 문제삼는 듯 보이나 양도·양수자산과는 별도라는 의미는 반드시 영업권 자체에 대해 별도로 평가된 것만을 뜻하는 것으로 볼 수 없다는 것이 대법원 판례(대법원 2007.10.16. 선고 2007두12316 판결 등)와 학계·실무계의 일반적인 해석이다. (라) 설령 자본시장법 상 평가금액을 인정하지 않는다 하더라도, 오로지 처분청이 선택하여 조정한 감정평가금액만이 적절한 평가방법이라는 점에 대해서는 처분청이 입증책임을 부담해야 한다.
(1) 쟁점영업권이 합병매수차손, 즉 합병 시 영업권에 해당하여 5년간 균등으로 손금산입이 가능한 자산에 해당한다는 주장에 대하여 (가) 현행법인세법의 합병분할 규정에 물적분할합병은 포함되지 않기 때문에 내국법인이 자본시장법에 따라 자회사의 사업부문을 인수하고 순자산의 시가를 초과하여 지급한 금액에 대해서는법인세법제44조의2 제3항을 적용할 수 없는 것이다. (나) 다만 사업의 양도·양수과정에서 양도·양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 경우 법인세법 시행령제24조에 규정된 영업권 대상으로 검토될 수 있을 뿐이다.
(2) 감정평가법인의 평가 뿐 아니라, 자본시장법에 따른 평가도 세법상 손금산입이 가능한 영업권으로 인정받기 위한 적절한 평가방법에 해당한다는 주장에 대하여 (가) 자본시장법에 따른 평가는 인수대가의 산정을 위한 평가일 뿐 영업권 가치에 대한 평가와는 별개이고, 영업권가치를 평가하기 위한 더 적절한 방법은 감정평가법인의 평가이다. (나) 청구법인은 자본시장법에 따른 회계법인의 평가보고서에 따라 인수대가를 산정하고 순자산의 시가를 초과하여 지급한 금액을 합병인수차손으로 인식하였다. 또한, 사업상 순자산시가를 초과하여 지급한 금액은 사업상 가치가 있다고 보아 지급한 대가인바,법인세법제44조2 제3항에 따른 합병매수차손으로서 5년간 균등 손금산입 될 수 있다고 주장한다. 하지만,법인세법제46조에서 물적분할은 제외한다고 규정하고 있어, 합병분할 규정에 물적분할합병은 포함되지 않으므로 청구법인이 쟁점사업부문과 관련하여 순자산의 시가를 초과하여 지급한 금액(영업권)은 합병매수차손 규정을 적용할 수 없음이 명백하다. 따라서 쟁점영업권은 법인세법 시행규칙제12조의 일반적 사업양수 시 영업권 규정에 따라 평가되어야 한다. (다) 한편 법인세법 시행규칙제12조에서 영업권은 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액이라고 규정하고 있는데, 청구법인은 자본시장법에 따른 인수대가의 평가와는 별도로감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 의거 감정평가법인에게 인수한 사업부문에 대한 영업권 평가를 의뢰하였고, 해당 평가금액을 세법상 영업권으로 인정 받기위해 감정평가보고서를 경정청구서와 함께 OOO국세청에 제출하였으며, OOO국세청도 외부 감정평가기관에서 평가된 영업권가액을 토대로 이를 영업권으로 인정한 사실이 있다. (라) 위 내용들로 볼 때, 자본시장법에 따른 평가는 인수대가를 산정하기 위하여 사용되었을 뿐, 청구법인이 영업권의 가치를 평가하기 위하여 사용한 방법은 감정평가법인에 따른 평가이다. 인수대가를 산정하기 위한 과정에서 합병매수차손(합병 시 영업권)이 부수적으로 산출된 자본시장법에 따른 평가보다 청구법인이 영업권의 가치를 평가하기 위해 직접 감정평가법인에 평가를 의뢰한 감정평가법인에 따른 평가가 영업권의 평가 시 더 적절한 방법에 해당한다. (마) 또한 청구법인의 합병등기일이 2019.9.1.이므로 쟁점영업권의 평가 또한 이 날을 기준으로 계산되어야 정확하게 산출될 수 있다. 따라서 평가기준일을 2019.1.1.로 하여 쟁점영업권의 가치를 산정한 자본시장법에 따른 평가보고서 보다 합병등기일과 평가기준일을 동일하게 설정하여 쟁점영업권의 가치를 산정한 감정평가법인의 보고서가 더 적절한 평가방법에 해당한다. (바) 다만 OOO의 감사 과정에서 당초 감정평가보고서 상 쟁점사업부문을 인수하기 전 8개월(2019.1.1.∼2019.8.31.)의 영업현금흐름에 대한 현재가치가 기업가치에 포함되도록 평가됨으로써 쟁점영업권이 과다하게 감정평가된 것으로 확인됨에 따라, 당초 감정평가법인의 평가금액 중 과대 계상된 금액은 적절한 영업권 평가액으로 보기 어렵다고 보아 과대 계상된 영업권을 자산에서 차감하고 관련 감가상각비를 부인하여 이 사건 부과처분에 이르게 된 것이다.
(1) 법인세법 제44조의2(합병 시 합병법인에 대한 과세) ① 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 피합병법인으로부터 합병등기일 현재의 시가(제52조 제2항에 따른 시가를 말한다. 이하 이 관에서 같다)로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 등은 대통령령으로 정하는 것만 합병법인이 승계할 수 있다.
③ 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 시가로 양도받은 것으로 보는 경우에 피합병법인에 지급한 양도가액이 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그 차액을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 손금에 산입한다. 제46조(분할 시 분할법인등에 대한 과세) ① 내국법인이 분할로 해산하는 경우[물적분할(物的分割)은 제외한다. 이하 이 조 및 제46조의2부터 제46조의4까지에서 같다]에는 그 법인의 자산을 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인(이하 "분할신설법인등"이라 한다)에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제46조의3에서 같다)은 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인(이하 "분할법인등"이라 한다)이 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.
1. 분할법인등이 분할신설법인등으로부터 받은 양도가액
2. 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액 제47조(물적분할 시 분할법인에 대한 과세특례) ① 분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식등을 취득한 경우로서 제46조 제2항 각 호의 요건(같은 항 제2호의 경우 전액이 주식등이어야 한다)을 갖춘 경우 그 주식등의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. (단서 생략) (2) 법인세법 시행령 제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다. 5의2. 특수관계인으로부터 자산 양수를 하면서 기업회계기준에 따라 장부에 계상한 자산의 가액이 시가에 미달하는 경우 다음 각 목의 금액에 대하여 제24조부터 제26조까지, 제26조의2, 제26조의3, 제27조부터 제29조까지, 제29조의2 및 제30조부터 제34조까지의 규정을 준용하여 계산한 감가상각비 상당액
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형자산
② 법 제44조의2 제3항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 합병법인이 피합병법인의 상호·거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우를 말한다.
③ 법 제44조의2 제3항에 따라 양도가액이 순자산시가를 초과하는 경우 그 차액(이하 "합병매수차손"이라 한다)에 대한 손금산입액 계산, 산입방법 등에 관하여는 제1항을 준용한다. (3) 법인세법 시행규칙 제12조(감가상각자산의 범위) ① 영 제24조 제1항 제2호 가목에 따른 영업권에는 다음 각 호의 금액이 포함되는 것으로 한다.
1. 사업의 양도·양수과정에서 양도·양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가·인가등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용·명성·거래처 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료에 따라 나타나는 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2019.9.1. 자회사(지분율 OOO)인 AAA의 쟁점사업부문을 아래 <표1>과 같이 물적분할 후 합병하는 형식으로 인수하였는데, 이 과정에서 AAA는 쟁점사업부문에 대한 법인설립 절차를 진행하지는 않은 것으로 나타난다. <표1> 쟁점사업부문과 관련한 거래구조 ◯◯◯ (나) 청구법인은 쟁점사업부문의 인수와 관련하여 AAA에 자본시장법에 따라 평가한 금액인 OOO원을 지급한 후, 아래 <표2>와 같이 회계처리한 것으로 나타난다. <표2> 쟁점사업부문의 인수관련 회계처리 ◯◯◯ (다) 청구법인은 2020.3.26. 2019사업연도 법인세 신고 시 쟁점사업부문의 순자산 시가를 초과하여 지급한 금액인 OOO원을 세법상 영업권으로 계상하면서 2019사업연도 감가상각비(9〜12월) OOO원을 손금으로 계상하지 않았다. (라) 청구법인은 2020.3.31. 국세청에 쟁점사업부문을 인수하면서 자본시장법에 따라 사업부문의 인수대가를 산정한 금액인 OOO원 중 순자산시가인 OOO원을 초과하여 지급한 금액인 OOO원을법인세법제44조의2 제3항에 따른 합병매수차손으로 손금에 산입할 수 있는지 세법해석 사전답변을 신청하였고, 2020.6.11. 국세청은 아래 <표3>과 같은 답변을 하였다. <표3> 세법해석 사전답변에 대한 국세청 답변내용 ◯◯◯ (마) 청구법인은 2019.9.1. 주식회사 감정평가법인 OOO(이하 “감정평가법인”이라 한다)에 쟁점사업부문의 영업권에 대한 감정평가를 의뢰하였고, 감정평가법인은 쟁점사업부문의 잔존 경제적 내용연수 동안 발생될 것으로 예상되는 영업현금흐름을 현재가치로 할인한 영업 관련 기업가치인 OOO원에서 영업투하자본인 OOO원을 차감하여 쟁점사업부문의 영업권 가치를 OOO원으로 평가하였으며, 자본시장법에 따라 평가한 금액과 비교하면 아래 <표4>와 같다. <표4> 쟁점영업권 평가금액 비교 ◯◯◯ (바) 청구법인은 2020.8.10. 쟁점영업권의 평가금액인 OOO원에 대한 2019년 9월부터 12월까지의 감가상각비 OOO원을 손금에 산입해 달라는 경정청구서를 감정평가법인의 감정평가서와 함께 처분청에 제출하였고, 처분청은 2020.9.18. 이를 인용하여 법인세 OOO원을 환급결정하였다. (사) OOO은 2021.4.29.〜2021.5.27. 기간 동안 OOO국세청의 경정청구 처리실태에 대해 감사를 실시한 결과, 쟁점영업권의 평가금액인 OOO원에는 청구법인이 쟁점사업부문을 인수하기 전 AAA에게 이미 귀속된 2019년 1월부터 8월까지의 영업현금흐름 OOO원의 현재가치인 OOO원이 포함되어 있어 쟁점영업권이 최대 OOO원에서 최소 OOO원이 과대평가되어 감가상각비가 과다상각되었다고 지적하였고, 이를 감정평가보고서 상 평가액과 비교하면 아래 <표5>와 같다. <표5> 감정평가보고서 상 쟁점영업권의 과대평가 금액 ◯◯◯ (아) 처분청은 쟁점영업권의 가치를 아래 <표6>과 같이 OOO원으로 재산정하고, 당초 장부계상액인 OOO원과의 차액인 OOO원을 영업권 자산에서 차감 후 관련 감가상각비를 재계산하여 2021.12.16. 청구법인에게 법인세 합계 OOO원(2019사업연도 OOO원, 2020사업연도 OOO원)을 경정·고지하였다. <표6> 재산정한 쟁점영업권 가액 ◯◯◯
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점영업권으로 계상한 금액에 쟁점사업부문을 인수하기 전 8개월의 영업현금흐름에 대한 현재가치가 기업가치에 포함되어 있어 쟁점영업권이 과다하게 평가되었다는 의견이나, 청구법인이 쟁점분할합병 시 쟁점사업부문의 영업권을 별도로 분리하여 평가하지는 않았더라도 자산의 각 항목에 따라 사업상 가치를 평가하여 그 결과를 영업권 가액으로 산정하는 것은 사실상 쉽지 아니할 뿐만 아니라 쟁점사업부문이 갖고 있는 여러 장점들을 전체로서 영업권으로 파악·평가하여도 기업거래 관행이나 회계원칙 상 부당한 것으로 보이지 아니하므로 쟁점분할합병을 통하여 주권상장법인인 청구법인이 자본시장법에 따라 외부평가기관으로부터 쟁점사업부문에 대한 평가를 받아 AAA에 지급한 금액에서 쟁점사업부문의 순자산가액을 공제한 금액을 모두 영업권으로 보더라도 영업권에 대한 적절한 평가방법이라고 볼 수 있는 점(대법원 2007.10.16. 선고 2007두12316 판결, 같은 뜻임), 청구법인이 2019년 4월 쟁점분할합병에 대한 계약체결 시 2019.9.1. 기준의 재무상황을 반영할 객관적인 자료가 없으므로 직전 결산서를 이용할 수밖에 없어 보이고, 영업권의 정의에 대하여는 법인세법 시행규칙제12조 제1항 제1호에서 규정하고 있지만, 구체적인 평가방법에 대해서는법인세법에서 규정하고 있지 않은 상황에서 처분청이 감정평가법인의 평가금액에서 할인율 등의 변경 없이 임의로 8개월분의 현금흐름을 배제한 금액은부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 해당한다고 보기 어려워 시가로 보기 어려운 점, 청구법인이 쟁점사업부문을 인수하면서 그 대가로서 OOO원을 지급하고, 순자산 장부가액인 OOO원을 차감한 금액인 OOO원을 쟁점영업권으로 평가하기로 약정한 것은 당사자 사이의 제반 경제적 효과를 감안한 사적자치에 의한 결과로서 양 당사자 사이에 조세회피 등의 불법적인 목적이 있다는 점이 드러나지 아니한 이상 원칙적으로 보호되어야 할 것인 점, 청구법인이 계상한 OOO원 모두를 영업권으로 인정한다 하더라도 처분청이 재산정한 쟁점영업권 가액과의 차이(OOO원)가 청구법인이 AAA에 지급한 대가 및 감정가액과 대비하면 각각 1.4%, 4.8%로 미미하고, 영업권에 대한 감가상각액을 과다하게 산정하여 조세를 회피하고자 하는 행위를 방지하려는 법인세법 시행규칙제12조의 규정 취지에 반하는 것으로 보이지 않는 점 등에 비추어, 청구법인이 지급한 OOO원은 법인세법 시행규칙제12조 제1항 소정의 방식에 의하여 청구법인이 AAA로부터 양수한 쟁점사업부문에 대한 적절한 평가방법에 의하여 유상으로 취득한 금액이라 할 것이므로 처분청이 OOO원을 차감한 OOO원을 쟁점영업권의 시가로 보아 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.