조세심판원 심판청구 부가가치세

청구인이 양도한 쟁점건물의 구분가액이 기준시가 등에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 것으로 보아 감정가액에 따라 안분계산한 금액을 쟁점건물의 공급가액으로 하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부

사건번호 조심-2022-구-5753 선고일 2022.09.28

부가가치세법」부칙(법률 제18577호, 2021.12.8.) 제7조는 “이 법 시행 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 제29조 제9항 제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.”라고 규정하고 있으므로 2019.7.31. 양도된 쟁점건물의 공급에 대해서는 적용될 수 없는 것으로 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2014.10.15. OOO 소재 건물 934.95㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)와 토지 272.6㎡(이하 “쟁점토지”라 하고, 쟁점건물과 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하여 2019.7.31. AAA 주식회사에 OOO원에 일괄 양도한 후 쟁점부동산 중 건물의 공급가액을 OOO원으로 하여 2019년 제2기 부가가치세 OOO원을 신고·납부하였다.
  • 나. OOO청장은 2021.8.30.부터 2021.9.16.까지 처분청에 대한 감사를 실시하여 청구인이 신고한 쟁점부동산의 토지 및 건물의 양도가액이 기준시가 등으로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 나므로 부가가치세 과세표준을 재산정하도록 처분청에 통보하였고, 처분청은 쟁점건물에 대한 감정평가액 OOO원과 쟁점토지를 포함하는 사업부지 전체 토지에 대한 감정평가액의 단위면적당 가액으로 계산한 쟁점토지의 가액 OOO원의 비율로 안분계산한 OOO원을 쟁점건물의 공급가액으로 하여 2022.1.19. 청구인에게 2019년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.3.22. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 쟁점부동산은 아파트 사업부지로서 매수인인 AAA 주식회사가 현재 아파트 공사를 진행하고 있으며, 쟁점건물은 양도후 즉시 철거되었으므로 그 가액은 OOO원으로 평가되어야 함에도 청구인은 감정가액에 따라 부가가치세를 신고·납부하였는바, 처분청이 철거될 건물을 일반 건물과 동일시하여 실거래가액을 감정가액으로 안분하여 과세한 것은 조세법 적용에 있어서의 실질과세 원칙에 위배되는 것이고, 실제 감정가액이 OOO원에 불과한 쟁점부동산이 아파트부지에 포함됨으로 인하여 OOO원으로 거래된 것은 토지의 위치에 따른 프리미엄이 적용된 것이므로 쟁점건물의 가액은 감정가액인 OOO원으로 보아야 한다. 상속세 및 증여세법(이하 “상증세법”이라 한다) 제35조 및 같은 법 시행령 제26조에 의하면 특수관계인이 아닌 자 간에 거래의 관행상 정당한 사유 없이 재산을 시가보다 현저히 낮은 가액으로 양수하거나 현저히 높은 가액으로 양도한 경우로서 그 대가와 시가의 차액이 대통령령이 정하는 기준금액(시가의 100분의 30에 해당하는 가액과 3억원) 이상인 경우에는 그 대가와 시가의 차액에서 대통령령이 정하는 금액을 뺀 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다고 규정하고 있는데도 불구하고 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 는 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 같은 법 시행령 제64조로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액와 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 안분계산한 금액을 공급가액으로 하도록 규정하고 있다. 이 경우 실제 거래가액과 안분계산한 금액의 차이가 30% 이내이면 정당한 거래로 인정하여 부가가치세 납부부담이 전혀 없어지고, 30%에서 단 0.01%만이 초과하는 경우에는 실거래가액을 전혀 인정하지 않고 안분계산한 금액을 공급가액으로 하여 실거래가액과의 차이금액 전부인 30.01%의 과세표준에 대한 부가가치세가 부과되는바, 이는 상증세법상 규정과 비교하여 보더라도 납세자에게는 불리하고 과세권자에게는 일방적으로 유리한 불합리한 규정이고, 공평과세 원칙에도 어긋나는 것이라 하겠다.

(2) 처분청의 이 건 과세처분이 정당하다고 하더라도 ㈜BBB감정평가법인의 감정평가(기준시점 2019.5.28.)는 쟁점토지를 포함하는 전체 아파트부지 23개 필지에 대한 것으로서 위 감정평가 당시 및 청구인이 쟁점부동산을 양도할 당시에는 필지별 지번이 개별적으로 부여되어 있었고, 또한 개별토지의 특성을 고려한 각각의 개별공시지가도 고시되어 있었으므로 전체 토지에 대한 평균 감정가액은 개별공시지가에 따라 안분계산 하여 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다. 처분청은 ㈜BBB감정평가법인의 감정평가액을 단위면적당 가액으로 평균한 가액(㎥당 OOO원)을 적용하여 쟁점부동산 중 토지가액을 OOO원으로 산정하였으나, 아래 <표1>과 같이 전체 아파트부지 총공시지가 OOO원을 평균하면 단위면적당 공시지가는 OOO원이 되어 쟁점토지의 공시지가는 OOO이 되고, 전체 아파트부지 감정가액 OOO원을 위 비율로 안분계산하면 쟁점토지의 가액은 OOO원이 되므로 실거래가액인 OOO원에서 쟁점건물의 가액은 OOO원이 되어 처분청이 계산한 쟁점건물 가액(OOO원)과 OOO원의 차이가 발생하게 된다. <표1> 감정가액 및 공시가액으로 안분계산한 내역 OOO

(3) 2022.2.15. 신설된 부가가치세법 시행령 제64조 제2항 은 법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 제2호에서 “토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우”에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다고 규정하였는바, 위 개정규정은 철거될 건물의 가액을 안분계산하는 것은 불합리하다는 것을 세무당국이 스스로 인정한 것으로 볼 수 있으므로 이 건과 같이 토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 개정된 규정을 소급적용하여 이 건 부가가치세 부과처분을 취소하여야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인이 쟁점건물에 대한 실지거래가액으로 신고한 OOO원은 청구인이 제출한 쟁점토지 및 쟁점건물에 대하 감정평가액으로 안분계산한 금액인 OOO원과 30% 이상(안분계산 금액의 70%는 OOO원) 차이가 나므로 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 및 같은 법 시행령 제64조 제1항 제1호를 적용하여 감정평가서상 가액을 안분계산하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 정당하다. 또한 청구인은 쟁점토지에 대한 감정평가액은 개별토지의 특성 등이 반영되지 않아 저가로 평가되었으므로 도로에 연접하는 등의 요소를 반영하여 공시지가로 감정평가액을 안분계산하여야 한다고 주장하나, 토지의 감정평가액이 실제 시가를 반영하지 못한 것이라면 적정한 감정평가가 없는 것으로 보아 기준시가로 안분 계산하는 것이 타당하다고 할 수 있고, 청구인이 공시지가 비율로 감정가액을 안분계산하여 산정한 쟁점토지의 가액은 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인 등이 평가한 감정평가가액이 아니므로 이 건에 적용할 근거가 없다.

(2) 청구인은 쟁점건물의 공급에 2022.2.15. 시행된 부가가치세 법령을 적용하여야 한다고 주장하나, 2021년 11월에 발표된 부가가치세법 일부개정 법률안 검토보고서에 따르면, “사실상 재산적 가치가 미미한 철거예정 건물 등의 경우에도 일률적으로 ‘30% 룰’이 적용됨에 따라 안분 계산한 금액이 공급가액으로 적용되는 문제점이 지적되고 있음”을 개정이유로 들고 있는바, 이 건과 같이 재산적 가치가 미미하지 않은(최소한 OOO원 이상) 쟁점건물에 개정된 법령을 적용하여야 한다는 청구주장은 근거가 없다. 또한, 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 개정규정은 같은 법 부칙(법률 제18577호, 2021.12.8.) 제2조에 따라 “법 시행이후 재화나 용역을 공급하는 경우부터 적용”되고, 위 부칙 제7조에 “이 법 시행 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 제29조 제9항 제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.”라고 규정되어 있으므로 2019.7.31. 공급된 이 건 쟁점부동산에는 위 개정 규정이 적용될 여지가 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 청구인이 양도한 쟁점건물의 구분가액이 기준시가 등에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 것으로 보아 감정가액에 따라 안분계산한 금액을 쟁점건물의 공급가액으로 하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제14조【실질과세】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(2) 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된 것) 제29조【과세표준】⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 (3) 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정된 것) 제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분 계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)에 대한 소득세법제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이조에서 같다] 이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다. 부칙 <제16101호, 2018.12.31.> 제1조【시행일】이 법은 2019년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제53조의2 제1항의 개정규정은 2019년 7월 1일부터 시행한다. 제2조【일반적 적용례】이 법은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.

(4) 부가가치세법(2021.12.8. 법률 제18577호로 개정된 것) 제29조【과세표준】⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다. 부칙 <법률 제18577호, 2021.12.8.> 제1조【시행일】이 법은 2022년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제2조【일반적 적용례】이 법은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 경우 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다. 제7조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우의 공급가액에 관한 경과조치】이 법 시행 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 제29조 제9항 제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (5) 부가가치세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정된 것) 제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】① 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다. (각 호 생략)

② 법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다.

1. 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우

2. 토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우 부칙 <대통령령 제32419호, 2022.2.15.> 제1조【시행일】 이 영은 공포한 날부터 시행한다. (단서 생략) 제2조【일반적 적용례】이 영은 부칙 제1조에 따른 각 해당 개정규정의 시행일 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 경우 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 OOO 소재 쟁점부동산에 대한 매매계약서(계약일자 2019.6.28.) 사본 1부를 제출하였고, 매매계약서의 주요내용은 다음과 같다. OOO

(2) 쟁점부동산 매수인 CCC 주식회사가 시가참고 목적으로 의뢰하여 ㈜DDD감정평가법인 OOO지사가 2019.8.12. 작성(기준시점 2019.8.9.)한 감정평가서(DDD 02-1908-4-0081)에 기재된 쟁점부동산 중 건물의 감정평가가액은 OOO원으로 나타나고, 이에 따라 청구인은 쟁점건물 공급가액을 OOO원으로 하여 이 건 부가가치세 신고를 하였다.

(3) 주식회사 EEE증권이 담보 목적으로 의뢰하여 ㈜BBB감정평가법인이 2019.6.24. 작성(기준시점 2019.5.28.)한 감정평가서(BBB 10-190528-205)에 기재된 쟁점부동산 토지를 포함하는 OOO 외 23필지 토지의 감정평가액은 OOO원(㎡당 단가 OOO원)으로 나타나고, 이에 따라 처분청은 쟁점부동산 중 토지 면적 272.60㎡의 가액을 OOO원으로 산정한 것으로 나타난다.

(4) 처분청이 건물 및 토지의 감정평가가액에 따라 쟁점부동산의 토지와 건물의 가액을 안분계산한 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 처분청의 안분계산 내역 OOO

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「부가가치세법」 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에서 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 같은 법 시행령 제64조에 따라 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 같은 법 시행령 제64조에서 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있는바, 청구인이 구분한 쟁점토지와 쟁점건물의 가액이 같은 법 시행령 제64조에 따라 감정가액으로 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 것으로 나타나는 점, 쟁점토지를 포함하는 아파트부지 전체에 대한 총 감정가액 중 쟁점토지의 감정가액은 아파트부지 전체의 공시지가에서 쟁점토지의 공시지가 비율로 안분계산하여야 한다는 청구주장은 법령상 근거가 없는 것으로 보이는 점, 2018.12.31. 개정된 「부가가치세법」 제29조 제9항 의 개정이유가 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위한 것으로, 2019.1.1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용되는 점 등에 비추어 2019.7.31. 일괄양도한 쟁점토지와 쟁점건물 가액의 구분에 대해 처분청이 감정가액에 의하여 안분 계산하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 또한 2021.12.8. 개정된 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 의 위임에 따라 2022.2.15. 개정된 부가가치세법 시행령 제64조 제2항 은 “법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다.”라고 규정하고, 위 제2항 제2호에서 “토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우”를 추가하였는바, 청구인은 종전 규정의 문제점을 인식하고 이를 개선하기 위해 개정된 위 규정의 입법취지를 고려하면 청구인이 양도한 이후 즉시 철거된 쟁점건물의 재산적 가치는 사실상 OOO원으로서 위 개정규정을 적용하여 이 건 처분은 취소되어야 한다고 주장하나, 위 부가가치세법부칙(법률 제18577호, 2021.12.8.) 제7조는 “이 법 시행 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 제29조 제9항 제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.”라고 규정하고 있으므로 2019.7.31. 양도된 쟁점건물의 공급에 대해서는 적용될 수 없는 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점부동산의 거래가액 중 토지와 건물 등의 가액이 감정평가가액에 따라 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 것으로 보아 감정평가가액으로 안분 계산한 금액을 공급가액으로 하여 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)