조세심판원 심판청구 양도소득세

적법한 심판청구인지 여부(동일경정청구)

사건번호 조심-2022-구-5613 선고일 2022.10.20

청구인은 1차경정청구에 대한 거부처분을 다투기 위해 우리원에 심판청구를 제기하여 기각 결정을 받은 후 다시 2차 경정청구에 대한 거부통지를 다투기 위해 이 건 심판청구를 제기한 점, 2차 경정청구는 1차 경정청구와 동일한 가산세의 환급을 구하는 것이고 내용이 1차 경정청구내용을 일부 보완한 것으로 1차 경정청구를 동일하다고 보이므로 이 건 심판청구는 부적법함

주 문

심판청구를 각하한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2017.4.17. OOO 건물(면적 OOO, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축·취득한 후, 2020.6.30. 부속 토지와 함께 매매가액 OOO원에 양도하였다.
  • 나. 청구인은 2020.8.4. 쟁점건물 및 부속토지 양도에 대한 양도소득세 예정신고시, 부속토지의 취득가액은 실지거래가액인 OOO원으로 하였으나, 쟁점건물의 취득가액은 환산취득가액인 OOO원으로 산정하였고, 여기에소득세법제114조의2(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 쟁점건물의 환산취득가액의 100분의 5에 해당하는 가산세 OOO 원을 결정세액에 더하여 양도소득세를 신고하였다.
  • 다. 청구인은 쟁점규정에 따른 가산세 적용이 부당하다고 주장하며 2020.9.7. 당초 신고한 쟁점규정에 따른 가산세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구(이하 “1차 경정청구”라 한다)를 제기하였으나, 처분청은 2020.10.27. 이를 거부처분하였고, 청구인은 이에 불복하여 2020.11.26. 심판청구를 제기하였으나, 2021.3.23. 기각결정(OOO)되었다.
  • 라. 이후 청구인은 2022.1.3. 당초 신고한 쟁점규정에 따른 가산세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구(이하 “2차 경정청구”라 한다)를 다시 제기하였고, 처분청은 2022.1.7. 거부통지를 하였다.
  • 마. 청구인은 이에 불복하여 2022.2.21. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 정당한 사유가 있으므로 환산취득가액 적용에 따른 가산세를 감면하여야 한다. (가) 국세기본법제48조(가산세 감면 등) 제1항에 의하면 “정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.”고 규정되어 있고 대법원 2003.1.10. 선고 2001두7886 판결에 의하면 “세법상 가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위해 납세자가 정당한 사유 없이 세법상의 각종 의무를 위반한 경우에 부과되는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는 반면 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는 것이다.”고 판시하고 있다(심사상속 2016-8, 2016.5.4., 조심 2001서1115, 2012.9.11., 같은 취지임). (나) 청구인이 2017.4.17. 쟁점건물을 신축할 당시에는 쟁점규정에 따른 환산가액 적용에 따른 가산세 규정이 없었으며, 소득세법제160조 규정에 의한 기장의무도 없었고, 소득세법제97조 제1항 제1호 나목에서는 실지취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 환산가액을 그 취득가액으로 선택하는 것을 허용하였기에 청구인은 실지취득가액을 확인할 수 있는 장부와 증거서류를 비치․보관하지 않았다. (다) 2017.4.17. 취득당시 없었던 장부와 증거서류를 2020.6.30. 양도당시에 작성하는 것은 불가능하고, 청구인이 실지취득가액이 아닌 환산취득가액을 그 취득가액으로 선택하는 것은 불가피한 일이므로 실지취득가액을 선택하여 납세의무를 이행하지 아니한데 대한 정당한 사유가 있기 때문에 쟁점규정에 따른 가산세를 감면하여야 한다.

(2) 쟁점규정은 위헌이므로 동 규정에 근거하여 이루어진 이 건 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소하여야 한다. (가) 쟁점규정은 조세법률주의를 위반하였다.

1. 헌법 제38조, 제39조가 선언하는 조세법률주의는 과세요건의 법정주의와 명확주의를 그 핵심내용으로 한다. 그 중 과세요건 명확주의는 조세법규의 본질이 국민의 재산권 침해를 전제하고 있으므로 과세요건을 대의기관인 국회가 제정했다 하더라도 그 규정의 내용이 지나치게 추상적이고 불명확하다면 과세관청의 자의적 법해석과 집행을 초래할 염려가 있으므로 그 규정 내용이 명확하고 일의적이여야 한다는 원칙을 말한다. 국세기본법제2조 제4항에 의하면 가산세란 “세법에서 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 세법에 따라 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액”이라고 정의하고 있으며, 국세기본법제47조 제1항 규정에 따르면 “정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.”고 규정하고 있다. 대법원 1997.5.16. 선고 95누14602 판결에서도 “세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정하고 신고․납부 등의 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재”라 하여 반드시 의무위반이 있어야 가산세를 부과할 수 있는 것으로 판시하고 있다.

2. 쟁점규정은 가산세 부과를 규정한 법률이므로 가산세 부과요건인 세법상 의무위반이 전제되어야 하는데 쟁점규정은 제재하고자 하는 세법상 위반행위가 무엇인지 명확하지 않고 존재하지도 않는다. 쟁점규정에 따르면 환산가액을 그 취득가액으로 하는 행위를 가산세 부과요건으로 삼고 있는 것으로 보이나 소득세법제97조 제1항에 따르면 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우 환산가액을 그 취득가액으로 할 수 있다고 규정하고 있으므로 환산가액을 선택하였다하여 세법상 의무위반이 될 수 없다. 나아가 쟁점규정의 가산세 부과요건인 환산가액을 그 취득가액으로 하는 해위는 실지취득가액을 확인할 수 없는 경우 선택되는 취득가액 산정방법이고 신축건물의 실지취득가액을 확인할 수 없는 경웅란 실지취득가액 확인에 필요한 장부와 증거서류를 비치․보관하지 않는 행위로 최종 귀결될 수 있다. 하지만 조세전문가가 아닌 일반 납세의무자가 쟁점규정에서 가산세 부과대상으로 환산가액을 그 취득가액으로 하는 행위가 곧 신축건물의 실지취득가액 확인에 필요한 장부와 증거서류를 비치․보관하지 않는 행위로 해석하여 납세의무를 이행하기 어렵다. 설령 쟁점규정의 가산세 부과요건이 궁극적으로 신축건물의 실지취득가액 확인에 필요한 장부와 증거서류로 비치․보관하지 않는 행위를 의미한다 할지라도 국세기본법제85조의3에 따르면 “납세자는 각 세법에서 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰 두어야 한다.”고 규정하고 있으나, 구체적인 장부 등의 비치와 보존에 관한 의무에 대하여는 각 세법에 위임하고 있고, 소득세법은 제160조, 제160조의2에서 사업자에 대하여만 장부 및 증명서류의 기록, 보관의무를 규정하고 있을 뿐 건물을 신축한 후 5년 이내에 해당 건물을 양도하는 자에 대하여 그와 같은 의무를 규정하고 있지 않다. 그러므로 건물을 신축한 후 5년 이내에 해당 건물을 양도하는 자가 장부 및 증거서류를 기록하고 보관하지 않아 실지거래가액을 확인할 수 없다고 하여 이를 세법상 의무위반이라고 할 수 없다.

3. 그러므로 쟁점규정은 가산세 부과요건인 납세의무자가 지켜야 할 의무가 명확하지 않을 뿐 아니라 존재하지도 않으므로 조세법률주의의 한 요소인 과세요건 명확주의에 위배된다. (나) 쟁점규정은 재산권을 침해한다.

1. 가산세는 형식에 있어서는 조세이지만 그 본질에 있어서는 본세의 징수를 확보하기 위한 수단이므로, 가산세의 부담은 세법상의 의무위반의 내용과 정도에 따라 달리 결정되어야 할 것이다. 원래 의무위반에 대한 책임의 추궁에 있어서는 의무위반의 정도와 부과되는 제재 사이에 적정한 비례관계가 유지되어야 하므로, 조세의 형식으로 부과되는 금전적 제재인 가산세 역시 의무위반의 정도에 비례하는 결과를 이끌어내는 그러한 비율에 의하여 산출되어야 하고, 그렇지 못한 경우에는 재산권에 대한 침해가 된다. 또 어떤 법률의 입법목적이 정당하고 그 목적을 달성하기 위해 국민에게 의무를 부과하고 그 불이행에 대해 제재를 가하는 것이 적합하다고 하더라도 입법자가 그러한 수단을 선택하지 아니하고도 보다 덜 제한적인 방법을 선택하거나, 아예 국민에게 의무를 부과하지 아니하고도 그 목적을 실현할 수 있음에도 불구하고 국민에게 의무를 부과하고 그 의무를 강제하기 위하여 그 불이행에 대해 제재를 가한다면 이는 과잉금지원칙의 한 요소인 최소침해성의 원칙에 위배된다(헌법재판소 2006.6.29. 선고 2002헌바80 결정 참고).

2. 쟁점규정을 신설하면서 재정경제부가 밝힌 입법취지를 보면 “환산취득가액 적용을 통한 세부담 회피방지”를 그 목적으로 하고 있다. 양도소득세는 유상양도를 전제하기 때문에 양도차익을 계산함에 있어 양도가액은 실지거래가액이 항상 존재할 수 밖에 없지만 취득가액은 취득형태가 매우 다양하여 상속․증여 등 무상취득, 명의신탁 해지와 부동산등기 특별조치법에 의한 취득, 장부와 증거서류가 없는 건물의 신축취득, 유상취득이나 매매계약서를 분실한 경우 등 실지취득가격이 없거나 확인할 수 없는 경우가 아주 많다. 이렇게 실지취득가액을 확인할 수 없는 경우 정부는 과세권 확보와 납세의무의 원활한 이행을 위해 1999.12.28. 법률 제6051호로 소득세법을 개정하여 실지취득가액을 확인할 수 없는 경우 보충적 방법으로서 환산취득가액을 허용하고 있음을 알 수 있다. 한편 소득세법 시행령제176조의2 제2항에 의하면 환산취득가액은 아래 <표1>의 산식에 의해 산정된다. <표1> 환산취득가액 산식 ◯◯◯ 위 산식에서 실지양도가액(A)은 실지취득가액을 선택할 때나 환산취득가액을 선택할 때 모두 동일하므로 상수이고 변수는 국세청장이 고시하는 취득당시기준시가(B)와 양도당시기준시가(C)이다. 이렇게 환산취득가액의 크기는 기준시가의 크기에 달려있고, 기준시가는 국세청장이 고시(소득세법제99조 제1항 제1호)하므로 환산취득가액은 국세청장이 고시하는 기준시가에 의해 결정되며 환산취득가액 크기 결정에 납세자가 개입할 여지는 전혀 없다. 한편, 위와 같이 기준시가를 기반으로 산정되는 환산취득가액은 실지취득가액보다도 클수도 있고 작을수도 있다. 투자를 잘하여 기준시가 상승률(양도시 기준시가 ÷ 취득시 기준시가)보다 실지가액 상승률(양도시 실지취득가액 ÷ 취득시 실지취득가액)이 높은 경우에는 환산취득가액을 선택하면 조세회피가 발생하지만 반대로 기준시가 상승률이 실지가액 상승률보다 낮은 경우에는 환산취득가액을 선택하면 오히려 조세부담이 증가한다. 결론적으로 국세청장이 고시한 기준시가가 공정하고도 객관성이 있는 가액이라면 기준시가를 기반으로 산정된 환산취득가액이라고 할 수 밖에 없을 것이다. 그러므로 신축건물의 실지취득가액을 확인할 수 있는 장부와 증거서류가 없어 환산가액을 그 취득가액으로 선택한다 하더라도 반드시 조세회피가 발생한다고 단정할 수 없다. 따라서, 환산취득가액 제도는 세법에서 오랫동안 허용되어온 취득가액 산정방법이고 환산취득가액을 선택한다 하더라도 실지취득가액과 비교하여 조세회피가 있다고 단정할 수도 없고 설령 조세회피 여지가 있다 하더라도 국세청장은 기준시가로 적절히 고시하면 이를 충분히 방지할 수 있음에도 오로지 납세의무자에게 그 책임을 전가하여 행정벌인 가산세로 제재하려는 방법은 정당하지 못하다.

3. 2017.9.1. 쟁점규정과 관련하여 국회에 제안한 정부의 소득세법일부 개정안(정부제출 8995)에 따르면 쟁점규정에서 규정한 가산세율 5%의 근거가 아래 <표2>와 같이 전국적인 통계가 아닌 세법개정안을 제안한 일선 세무공무원이 임의 선정한 3건의 사례만 가지고 실지거래가액과 환산취득가액에 의한 산출세액 차이가 환산취득가액의 5%에 상당하다는 이유로 쟁점규정의 가산세율이 산정되었음을 알 수 있다. <표2> 실사례별 적정 가산세율 산출내역 ◯◯◯ 위 3건의 사례는 건물신축가액을 확인할 수 있는 장부가 있는 경우로서 장부가 없다고 보고 환산취득가액으로 재계산하여 산출세액을 비교한 사례이다. 일반적으로 거주자가 직접 신축하는 소규모 건축 현장에서 실지취득가액 확인에 필요한 장부를 작성하는 일은 현실적으로 매우 드물다 할 것인바, 건물 신축가액을 확인할 수 있는 장부 작성 능력이 있는 자라면 전문 건축업자에 해당하는데 쟁점규정에서 과세대상으로 삼고 있는 장부 작성능력이 없는 비전문 건축업자와는 공사원가에서 상당한 차이가 발생하므로 위 3건의 사례는 쟁점규정의 가산세율 산정근거로서 적절하지 못하다. 따라서, 모든 납세의무자의 재산권을 침해할 수 있는 조세법규 특히 행정벌인 가산세율을 규정함에 있어 전국적인 통계가 아닌 임의 선정된 3건의 부적절한 사례를 근거로 가산세율을 산정하는 것은 객관성 및 대표성이 없기 때문에 신뢰하기 힘들다.

4. 쟁점규정은 취득에 대한 가산세 규정임에도 그 시행시기가 취득일 기준이 아닌 2018.1.1. 이후 발생하는 양도소득부터 적용하도록 하고 있으므로, 2018.1.1. 이전에 건물을 신축하여 취득하고 2018.1.1. 이후에 신축 건물을 양도하는 자들에게도 이 건 법률조항이 적용된다. 그런데, 신축 건물의 취득가액으로 실지거래가액을 적용하려면 신축 당시부터 관련 장부와 증명서류를 작성하여 보관하였어야 하고, 그 이후에 관련 장부와 증명서류를 작성하여 보관하는 것은 불가능에 가깝다. 또한, 납세의무자는 납세의무를 이행함에 있어 세법에서 허용된 범위안에서는 자신에게 유리한 납세의무 이행방법을 선택할 권리가 있고, 앞서 본 것과 같이 취득가액에 대한 실지거래가액을 확인할 수 없을 때 환산가액으로 대체하는 것은 소득세법상 허용되고 있는 방법인바, 2018.1.1. 이전에 건물을 신축하여 취득한 자들이 양도차익을 계산할 때 취득가액으로 환산가액을 적용하면 가산세가 부과되리라는 것을 예상할 수 없었다고 할 것이므로 쟁점규정은 2018.1.1. 이전에 건물을 신축하여 취득한 자들에게도 예외없이 적용하는 것은 침해의 최소성 원칙에 반하고, 조세회피를 방지하고자 하는 공익을 고려하더라도 납세의무자들이 입게 되는 신뢰이익의 침해가 더 크르모 법익의 균형성 원칙에도 반한다. 따라서, 쟁점규정은 비례의 원칙에 위배되어 재산권을 침해한다. (다) 쟁점규정은 조세평등주의 원칙에 반한다.

1. 헌법 제11조 제1항에서는 모든 국민은 법 앞에 평등하고 누구든지 합리적 이유없이는 생활의 모든 영역에 있어서 차별을 받지 아니한다는 평등의 원칙을 선언하고 있고 이와 같은 평등의 원칙이 세법영역에서 구현된 것이 조세평등주의이다. 즉, 조세평등주의는 조세의 부과와 징수는 납세자의 담세능력에 상응하여 공정하고 평등하게 이루어져야 하고, 합리적인 이유없이 특정의 납세의무자를 불리하게 차별하거나 우대하는 것은 허용되지 아니한다는 원칙이다(헌법재판소 2000.2.24. 선고 98헌바94 결정 등).

2. 소득세법제97조 제1항에 따르면 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액을 순차적으로 적용할 수 있는바, 취득가액으로 매매사례가액 또는 감정가액을 적용한 자들도 실지거래가액을 확인할 수 있는 장부와 증명서류를 갖추지 못하였으므로 환산가액을 적용한 자들과 비교하여 본질적으로 차이가 없다. 또한, 환산가액을 선택한다 하더라도 매매사례가액 또는 감정가액을 선택한 자와 비교하여 조세탈루가 더 많이 발생된다는 근거 또한 없다. 따라서, 쟁점규정이 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우 그 취득가액을 매매사례가액 또는 감정가액을 선택하는 자와 환산가액을 선택하는 자를 합리적인 이유없이 세법상 차별하는 것은 조세평등주의 원칙에 반한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점규정이 조세법률주의 및 조세평등주의를 위반하고 소급과세금지규정에 반하는 위헌성을 가진 법률이라는 청구주장은 타당하지 않다. (가) 국세기본법 제85조의3 에 따라 납세자는 모든 거래에 있어서 장부와 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰두어야 하고, 이를 법정신고기한이 지난날부터 5년간 보존하여야 할 의무가 있다. 소득세법제97조 제1항은 취득가액에 대하여 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 환산가액을 적용한다고 규정하고 있으므로, 실지거래가액이 취득가액 산정의 원칙이다. 또한, 납세자는 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙자료를 구비하면 가산세의 부담을 피할 수 있고, 이러한 증빙자료를 갖추지 않거나 그 자료가 있음에도 불구하고 환산가액을 적용하는 것은 납세자의 선택에 따른 것으로 볼 수 있다. (나) 쟁점규정은 실지거래가액 또는 환산가액 선택에 따라 산출되는 세액이 달라지는 결과를 악용하여 조세부담을 부당하게 회피하는 것을 방지하기 위한 정책적 목적에서 비롯된 것인바, 신축건물 취득 후 5년 이내라는 비교적 짧은 기간임에도 불구하고 실지거래가액을 확인할 수 있는 장부 등 자료를 갖추지 못하거나 또는 자의적으로 환산가액을 선택한 납세자에 한하여 적용되는 규정이므로 쟁점규정이 침해의 최소성이나 법익의 균형성을 위반하였다고 보기 어렵다. 또한, 증빙자료를 성실하게 준비한 후 실지거래가액을 적용하여 양도소득세를 부담하는 자와 자료를 구비하지 않아 환산취득가액을 선택한 납세자를 같이 취급하는 것은 오히려 성실한 납세자에게 불이익이 돌아가는 결과를 초래하여 형평에 어긋난다. (다) 한편, 본 쟁점건물의 양도일은 쟁점규정이 신설되어 시행된 이후인 것은 분명한 사실인바, 쟁점규정 시행 이후 쟁점건물의 양도라는 과세요건사실이 발생하였으므로 쟁점건물의 양도행위와 그에 따른 양도차익이 발생한 시점에 시행되고 있는 쟁점규정을 적용하여 과세한 이 건 가산세는 소급과세금지원칙에 위반되지 아니하는 정당한 처분이다. 그리고, 청구인이 주장하는 쟁점규정의 위헌 여부에 대하여는 헌법재판소의 소관사항으로서 이 건 심판청구로 다툴 범위가 아니다.

(2) 신축건물 5년 내 양도에 관한 납세자의 장부 및 증명서류의 보관 의무를 세법에서 명시적으로 규정하고 있지 않으므로 세법상 위반행위가 없어 쟁점규정에 따른 가산세 부과가 부적절하다는 청구주장은 타당하지 않다. 앞서 살펴본 바와 같이 국세기본법제85조의3에 따라 신축건물을 5년 이내에 양도하는 납세자의 경우에도 예외 없이 쟁점건물의 신축과 관련한 장부와 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰 두어야 할 의무와 이를 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하여야 할 의무가 인정되므로 납세의무자가 그 장부와 증거서류를 구비하지 아니하고 환산취득가액에 의해 양도차익 등을 계산함으로써 그 의무를 이행하지 않은 점이 명백하다는 점을 근거로 하여 쟁점규정에 따른 가산세 부과는 정당하다.

(3) 쟁점규정이 쟁점건물 취득일 이후 시행되었으므로, 실지거래가액을 선택하지 않은 것에 대해 그 의무를 해태한 것이 아니므로 가산세를 감면할 정당한 사유가 인정되어야 한다는 청구주장은 타당하지 않다. (가) 쟁점규정의 제1항은 거주자가 건물을 신축하고 그 신축한 건물의 취득일로부터 5년 이내에 해당건물을 양도하는 경우 같은 법 제97조 제1항 제1호 나목에 따른 환산가액을 그 취득가액으로 신고한다면 해당 건물 환산가액의 100분의 5에 해당하는 금액을 결정세액에 더한다고 규정하고 있다. 같은 법 부칙 제1조는 이 법이 2018.1.1.부터 시행한다고 규정하고 있고, 같은 부칙 제2조 제2항에서는 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다고 규정하고 있다. 그리고 국세기본법 제21조 제1항 은 국세를 납부할 의무는 이 법 및 세법이 정하는 과세요건이 충족되면 성립한다고 하였고, 같은 조 제3항 제2호에서는 예정신고 납부하는 소득세는 과세표준이 되는 금액이 발생한 달의 말일에 그 국세의 납부의무가 성립한다고 규정하고 있으며, 소득세법제94조 제1항은 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다고 명시하면서, 제1호에서 토지 또는 건물의 양도로 발생하는 소득이라고 규정하고 있다. (나) 결국 상기 법령의 내용을 종합하면, 양도소득세 납세의무 성립 시기는 과세표준이 되는 금액이 발생한 날, 즉 자산의 양도일이 속하는 달의 말일이라고 할 것인데, 청구인은 쟁점규정 시행 이후 양도소득세 과세요건인 쟁점건물의 양도행위를 하였음이 분명하므로, 그 양도일이 속하는 달의 말일에 쟁점건물의 양도로 인한 양도소득세 납세의무가 성립하였다. (다) 이와 관련하여 입법자는 쟁점규정을 신설하면서 쟁점규정 효력 발생 전에 완성된 양도소득세 과세요건사실인 “자산의 양도”의 경우 쟁점규정을 적용할 수 없으나, 쟁점규정 효력 발생 이후 완성된 “자산의 양도”의 경우 쟁점규정을 적용할 수 있다고 명시하여, 쟁점규정의 적용대상 및 적용시기를 헌법상의 소급입법금지원칙과 국세기본법상의 소급과세금지 규정에 위반되지 아니하도록 규정하였다. (라) 또한, 청구인은 쟁점건물을 양도한 후 납세의무를 이행함에 있어 세법에서 규정하고 있는 의무를 다하지 않거나 해태한 사실이 없어 가산세를 감면할 정당한 사유가 인정되므로 이 건 경정청구 거부처분이 부당하다고 주장하나, 앞서 살펴본 바와 같이 납세의무성립시기 현재 시행되고 있는 쟁점규정에 근거하여 실지거래가액이 취득가액 산정의 원칙인 것이며, 납세자는 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙자료를 구비하면 가산세의 부담을 피할 수 있고, 이러한 증빙자료를 갖추지 않거나 그 자료가 있음에도 불구하고 환산가액을 적용하는 것은 납세자의 선택에 따른 것으로 볼 수 있을 것이므로, 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당하는 것으로 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 이 건 심판청구 대상인 2차 경정청구 거부통지가 1차 경정청구 거부처분과 동일하여 새로운 처분으로 볼 수 없어 부적법한 청구인지 여부

② 위헌인 소득세법조항에 근거하여 이루어진 이 건 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소하여야 한다는 청구

③ 정당한 사유가 있으므로 환산취득가액 적용에 따른 가산세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2016.12.20. 법률 제14382호로 개정된 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. "가산세"(加算稅)란 세법에서 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 세법에 따라 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액을 말한다. 다만, 가산금은 포함하지 아니한다. 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 제21조(납세의무의 성립시기) ① 국세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

1. 소득세·법인세: 과세기간이 끝나는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세는 그 법인이 해산을 하는 때

11. 가산세: 가산할 국세의 납세의무가 성립하는 때

② 다음 각 호의 국세를 납부할 의무는 제1항에도 불구하고 각 호의 시기에 성립한다.

1. 원천징수하는 소득세·법인세: 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때

2. 납세조합이 징수하는 소득세 또는 예정신고납부하는 소득세: 과세표준이 되는 금액이 발생한 달의 말일 제47조(가산세 부과) ① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(稅目)으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다.

③ 가산세는 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 제85조의3(장부 등의 비치와 보존) ① 납세자는 각 세법에서 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰 두어야 한다.

② 제1항에 따른 장부 및 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하여야 한다. 다만, 제26조의2 제1항 제5호에 해당하는 경우에는 같은 호에 규정한 날까지 보존하여야 한다.

③ 납세자는 제1항에 따른 장부와 증거서류의 전부 또는 일부를 전산조직을 이용하여 작성할 수 있다. 이 경우 그 처리과정 등을 대통령령으로 정하는 기준에 따라 자기테이프, 디스켓 또는 그 밖의 정보보존 장치에 보존하여야 한다.

④ 제1항을 적용하는 경우전자문서 및 전자거래 기본법제5조 제2항에 따른 전자화문서로 변환하여 같은 법 제31조의2에 따른 공인전자문서센터에 보관한 경우에는 제1항에 따라 장부 및 증거서류를 갖춘 것으로 본다. 다만, 계약서 등 위조·변조하기 쉬운 장부 및 증거서류로서 대통령령으로 정하는 것은 그러하지 아니하다.

(2) 국세기본법(2021.12.21. 법률 제18586호로 개정된 것) 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다.

1. 조세범 처벌절차법에 따른 통고처분

2. 감사원법에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분

3. 이 법 및 세법에 따른 과태료 부과처분 제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

  • 가. 심판청구를 제기한 후 심사청구를 제기(같은 날 제기한 경우도 포함한다)한 경우
  • 나. 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우
  • 다. 심사청구 후 제63조 제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니한 경우
  • 라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우
  • 마. 가목부터 라목까지의 규정에 따른 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

2. 심사청구가 이유 없다고 인정될 때에는 그 청구를 기각하는 결정을 한다.

3. 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만, 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다. 제81조(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조 제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 “20일 이내의 기간”은 “상당한 기간”으로 본다. (3) 국세기본법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32424호로 개정된 것) 제52조의2(각하 결정 사유) 법 제65조 제1항 제1호 마목에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 심사청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는 경우

2. 심사청구의 대상이 되는 처분으로 권리나 이익을 침해당하지 않는 경우

3. 법 제59조에 따른 대리인이 아닌 자가 대리인으로서 불복을 청구하는 경우

(4) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 것) 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

  • 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
  • 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 제114조의2(환산가액 적용에 따른 가산세) ① 거주자가 건물을 신축하고 그 신축한 건물의 취득일부터 5년 이내에 해당 건물을 양도하는 경우로서 제97조 제1항 제1호 나목에 따른 환산가액을 그 취득가액으로 하는 경우에는 해당 건물 환산가액의 100분의 5에 해당하는 금액을 제93조 제2호에 따른 양도소득 결정세액에 더한다.

② 제1항은 제93조 제1호에 따른 양도소득 산출세액이 없는 경우에도 적용한다. 부칙 <법률 제15225호, 2017.12.19.> 제1조(시행일) 이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ② 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다.

(5) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 개정된 것) 제99조(기준시가의 산정) ① 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물

  • 가. 토지 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.
  • 나. 건물 건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액 제114조의2(감정가액 또는 환산취득가액 적용에 따른 가산세) ① 거주자가 건물을 신축 또는 증축(증축의 경우 바닥면적 합계가 85제곱미터를 초과하는 경우에 한정한다)하고 그 건물의 취득일 또는 증축일부터 5년 이내에 해당 건물을 양도하는 경우로서 제97조 제1항 제1호 나목에 따른 감정가액 또는 환산취득가액을 그 취득가액으로 하는 경우에는 해당 건물의 감정가액(증축의 경우 증축한 부분에 한정한다) 또는 환산취득가액(증축의 경우 증축한 부분에 한정한다)의 100분의 5에 해당하는 금액을 제93조 제2호에 따른 양도소득 결정세액에 더한다.

② 제1항은 제93조 제1호에 따른 양도소득 산출세액이 없는 경우에도 적용한다. 제160조(장부의 비치ㆍ기록) ① 사업자(국내사업장이 있거나 제119조 제3호에 따른 소득이 있는 비거주자를 포함한다. 이하 같다)는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록ㆍ관리하여야 한다. 제160조의2(경비 등의 지출증명 수취 및 보관) ① 거주자 또는 제121조 제2항 및 제5항에 따른 비거주자가 사업소득금액 또는 기타소득금액을 계산할 때 제27조 또는 제37조에 따라 필요경비를 계산하려는 경우에는 그 비용의 지출에 대한 증명서류를 받아 이를 확정신고기간 종료일부터 5년간 보관하여야 한다. 다만, 각 과세기간의 개시일 5년 전에 발생한 결손금을 공제받은 자는 해당 결손금이 발생한 과세기간의 증명서류를 공제받은 과세기간의 다음다음 연도 5월 31일까지 보관하여야 한다. (6) 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 개정된 것) 제176조의2(추계결정 및 경정) ① ②법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액”이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) OOO 결정문에 의하면, 우리 원은 청구인이 2020.11.26. 제기한 심판청구에 대해 아래 <표3>과 같이 기각결정한 사실이 확인된다. <표3> OOO 결정문 ◯◯◯ (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 납세의무자가 과세관청으로부터 경정청구에 대한 거부처분을 받은 경우, 거부처분에 대한 불복절차를 밟지 않고 국세기본법상 경정청구기간내라고 해서 언제든지 과세관청에 동일한 경정청구를 다시 할 수 있다고 한다면, 결과적으로 경정청구거부처분에 대한 불복청구기간(처분일로부터 90일)이 경정청구기간(법정신고기한으로부터 5년)으로 연장되는 것과 같게 되어 국세기본법이 불복청구기간을 단기의 불변기간으로 규정하고 있는 취지에 반하게 되는 점, 이미 경정청구 거부처분에 대하여 불복을 한 납세의무자가 다시 동일한 취지의 경정청구를 할 수 있게 됨으로써 양 절차가 중복 진행되어 처분에 대한 불복제도와 경정청구제도의 기능이 중첩적으로 작용, 상호 충돌될 소지가 있는 점 등에 비추어 볼 때, 경정청구기간 내라고 하더라도 납세의무자가 이미 과세관청에 자신이 신고한 과세표준과 세액에 대하여 경정청구를 하여 과세관청으로부터 그에 대한 경정청구거부처분을 받은 경우에는 당초의 경정청구와 동일한 경정청구를 다시 할 수 없고, 경정청구거부처분에 대한 불복절차를 통하여 그 과세표준과 세액을 다투어야 한다고 하는 것이 처분에 대한 불복제도와 함께 경정청구제도를 규정하고 있는 국세기본법에 대한 체계적 해석 및 법규의 합목적적 해석에 부합한다고 할 것인바(국심 2006서378, 2006.9.1. 국세심판관합동회의 외 다수, 같은 뜻임), 청구인은 1차 경정청구에 대한 거부처분을 다투기 위해 우리 원에 심판청구를 제기하여 기각결정을 받은 후 다시 2차 경정청구에 대한 거부통지를 다투기 위해 이 건 심판청구를 제기한 점, 2차 경정청구는 1차 경정청구와 동일하게 쟁점규정에 따른 가산세 46,573,699원에 대하여 환급을 구하는 것이고 그 내용이 당초 1차 경정청구 내용을 일부 보완한 것으로 1차 경정청구와 동일하다고 보이는 점 등에 비추어 이 건 심판청구는 부적법하다고 판단된다. (나) 쟁점②․③은 쟁점①이 각하됨에 따라 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)