[요지] 청구법인은 쟁점연구소 통합을 통해 AAA 연구소의 인적‧물적 설비를 개별로 순차적으로 양수하기는 하였으나, 실제로는 연구소 소속직원을 전원승계하고, 주요 물적시설을 전부 양수하여 연구소 소속 직원들이 연구소 통합 전후로 동일한 센터(본부)‧팀에 소속되어 같은 연구를 진행한 것으로 나타나는바, 이는 램프 3사의 연구소 사업부문을 분할‧합병하였다거나 포괄양수도한 것과 그 실질이 같다 할 것인 점 등에 비추어 조특법 시행령 제9조 제6항에 따라 램프 3사에서 발생한 연구개발비를 합산하여 연구개발비 증액분을 산정할 수 있어 보이는 점 등에 비추어 청구법인의 주장을 받아들이기 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
(2) 2017사업연도에는 OOO원의 연구개발비를 지출한 후, 2017사업연도 법인세를 신고하면서 조특법 제10조 제1항 제3호 나목(이하 “발생분방식”이라 한다)에 따라 연구개발비 세액공제액을 산정하여 당기분 연구개발비 지출액(OOO원)의 3%인 OOO원을 공제하였다가, 아래 ＜표2＞와 같이 증가분방식의 연구개발비 세액공제액 OOO원을 공제하여야 한다고 보아 2022.1.26. 처분청에 2017사업연도 연구개발비 세액공제액 OOO원을 추가 세액공제하여 달라는 경정청구를 제기하였다(과세표준 변동은 없고, 2017사업연도 경정청구 인용시 미환류소득 이월분 경정으로 인한 2017～2019사업연도 법인세액 경정을 청구함). ＜표2＞ 청구법인의 2016·2017사업연도 증가분 방식 연구개발비 세액공제액 산정내역 ㅇㅇㅇ
(2) 한편 2017사업연도에는 발생분 방식으로 연구개발비 세액공제액을 산정하거나, ‘OOO 연구소의 2016년 연구개발비를 합산한 직전 연도 연구개발비’를 기준으로 연구개발비 증가액을 산정하는 경우 모두 환급세액이 발생하지 않는다고 보아 2022.3.28. 청구법인의 경정청구를 거부하였다. ＜표3＞ 처분청의 이 사건 각 부과처분 내역 ㅇㅇㅇ ＜표4＞ 처분청의 2016·2017사업연도 발생분 방식 연구개발비 세액공제액 산정내역 ㅇㅇㅇ
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 2016사업연도에 연구개발비 세액공제를 적용함에 있어 조특법 제10조 제1항 제3호 가목에 따른 증가분방식 기준으로 연구개발비 세액공제액을 산정, 법인세를 신고하였는바, 이는 아래에서 보는 바와 같이 정당하다. 또한 청구법인은 2017사업연도에는 연구개발비 세액공제액을 증가분방식 기준으로 산정할 수 있었음에도 발생분방식 기준으로 잘못 산정하여 연구개발비 세액공제를 과소하게 신청하였는바, 증가분방식 기준으로 재산정하여 과다하게 납부한 세액을 환급하여야 한다.
(2) 처분청은 이 사건 연구소 통합이 사실상 포괄적 사업양수도에 해당하므로 청구법인이 발생분방식으로만 세액공제를 적용받을 수 있다거나 증가분방식으로 세액공제를 적용받더라도 OOO 연구소의 연구개발비를 합산하여 연구개발비 증액분을 산정하여야 한다는 의견이나, 이 사건 연구소 통합과 이후에 이루어진 청구법인의 OOO 합병은 단일한 목적을 위하여 이루어진 1개의 행위가 아니라 각각의 사업상의 목적으로 이루어진 독립적인 별개의 행위라는 점, 연구소 통합만 따로 떼어 내어 사업양수도로 본다면 연구소 통합 후에 이루어진 합병이 유명무실하게 된다는 점 등을 고려하면 연구소 통합을 포괄적 사업양수도로 볼 수 없다. (가) 국세기본법제14조 제3항은 (i) 제3자를 통한 간접적인 방법(우회거래)와 (ii) 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법(다단계거래)에 의한 두 가지 유형의 조세회피행위를 대상으로 하고, (iii) 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 거래일 것, (iv) 법적 형식과 다른 경제적 실질이 존재할 것을 적용요건으로 하고 있고, 판례는 납세의무자는 경제적 목적을 달성하기 위하여 어떤 법적 형식을 취할 것인지 임의로 선택할 수 있고 과세관청으로서도 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중하여야 하고, 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과에는 손실 등 위험을 부담한데 대한 보상 뿐 아니라 당해 거래와 직접 관련이 없는 당사자의 행위 또는 외부적 요인 등이 반영되어 있을 수 있으므로, 최종적인 경제적 효과나 결과만을 가지고 그 실질이 직접 과세대상에 해당한다고 쉽게 단정하여서는 안된다고 판시(대법원 2017.1.25. 선고 2015두3270 판결, 같은 뜻임)하여 국세기본법제14조 제3항 적용의 한계를 분명히 하고 있다. 판례는 이러한 국세기본법제14조 제3항의 적용 요건과 한계를 고려하여 위 규정에 의하여 과세할 수 있으려면 ‘납세의무자가 선택한 법적 형식이나 과정이 처음부터 조세회피의 목적을 이루기 위한 수단에 불과하여 그 실질이 직접 하나의 거래를 한 것과 동일하게 평가할 수 있어야 한다’고 판시(대법원 2017.2.15. 선고 2015두46963 판결, 같은 뜻임)하고 있다. (나) 연구소 통합 전, 청구법인과 OOO 각 연구소는 독립하여 운영되어 왔으므로 통합 전부터 하나의 연구소로 운영되어 왔다는 처분청의 의견은 사실이 아니다.
1. 기초연구법 시행규칙제2조 제1항 제1호는 기업부설연구소로 인정받기 위한 요건으로 “고정 벽체와 별도의 출입문으로 다른 부서와 구분하여 독립적인 연구공간을 확보할 것”을 규정하고 있고, 이는 해당 법인의 전용 연구공간을 갖추라는 의미이므로 다른 법인의 연구소와도 공간적으로 분리되어야 함은 당연하다. 청구법인과 OOO는 연구공간의 분리 등의 요건을 갖춘 기업부설연구소로서, 기업부설연구소 신고서에 현판·출입구·내부사진, 연구소 도면 등을 첨부하여 전용 연구공간을 갖추고 있음을 증명하였고, OOO는 현지확인을 통하여 각 법인 연구소가 공간적으로 독립되어 운영되고 있음을 확인하고 기업부설연구소로 인정하였으며, 청구법인과 OOO가 각각 연구개발비 세액공제를 받아 온 데 대하여 처분청도 그 세액공제를 인정하여 왔다.
2. 연구소 통합 전, 청구법인과 OOO 각 연구소는 개별적으로 연구개발 활동을 수행하고 각자의 연구결과물을 각자가 사용해 왔다. 청구법인과 OOO는 납품처가 OOO 등으로 구분되어 있었고, 연구소의 주된 연구개발 활동은 납품처가 제시한 차량 모델과 사양에 부합하는 신제품을 개발하는 것으로, 청구법인과 OOO 각 연구소는 각 사의 납품업체가 요구하는 신제품을 개발하기 위한 연구개발 활동을 독립적으로 수행해 왔으며, 그 연구결과물인 제품 설계자료, 노하우, 특허 등도 각자가 자기의 판매제품에 사용해왔다(다만 이러한 연구결과물 중에서 특허와 같이 대외적으로 권리를 보호하기 위하여 ‘등록’이라는 행정상의 절차가 필요한 경우에는 행정상의 관리를 일원화하기 위하여 청구법인 명의로 등록하였을 뿐이다). (다) 처분청은 청구법인이 2016년 9월 외부회계법인으로부터 자문받은 ‘BEPS 실행안’(이하 “쟁점자료”라 한다)을 인용하면서 청구법인이 OOO 연구소의 인적·물적 설비를 양수한 후에 OOO와 순차 합병함으로써 다단계 행위에 의하여 조세를 회피하였으므로 국세기본법제14조 제3항에 의하여 포괄적 사업양수도로 취급하여야 한다고 보았으나, 연구소 통합은 조세회피를 위한 다단계거래에 해당하지 아니하므로 국세기본법제14조 제3항을 적용할 수 없다.
1. 연구소 통합과 청구법인의 OOO 합병을 하나의 행위로 볼 근거가 전혀 없다. 국세기본법제14조 제3항에 의하여 연구소 통합과 합병을 하나의 목적을 위한 다단계 행위로 재구성하여 과세하려면 해당 행위가 오로지 조세회피 목적을 이루기 위한 것이라는 점을 처분청에서 증명하여야 하나, 애당초 연구소 통합과 합병이 연관되어 있다는 어떠한 증거도 없다. 청구법인은 2016년 BEPS 프로젝트 실행에 대비하여 외부회계법인에 이전가격 정책 정비 방안의 검토를 의뢰하였고, 외부회계법인이 다수의 국내외 연구소 간의 복잡한 거래에 이전가격 과세 위험이 있다고 보고 일부 연구소를 통합하는 방안을 제안하여 제안 내용대로 OOO의 연구소 관련 개별 자산을 이전하였을 뿐, 당시 합병은 전혀 논의된 바 없다. 반면 OOO의 합병은 OOO의 계열사(OOO)가 램프사업을 시작하고, OOO가 부품 공급선을 위 계열사로 변경하고자 함에 따라 OOO에 대한 매출 의존도를 줄이고 중복 비용을 줄이며 납품처 다변화에 집중하는 일환으로 이루어진 것으로, 2년 4개월 전인 연구소 통합 당시에는 이를 예상할 수도 없었고 계획하지도 아니하였으며, 연구소 통합 당시 주주총회의 특별결의를 거친 사실도 없어 상법상 OOO의 합병이 가능하지도 아니었다.
2. 특정 승계인 연구소 통합을 합병과 무관하게 포괄적 사업양수도로 평가할 수도 없다. 사업의 양수도는 ‘일정한 영업목적에 의하여 조직화된 유기적 일체로서의 영업재산’인 사업이 그 동일성을 유지하면서 타인에게 포괄적으로 이전되는 것을 말한다. 그런데 연구소 부문은 그 자체만으로는 영리 획득 능력이 없으므로 사업에 해당하지 않는다. 한편 사업양수도에서는 사업이 이전되므로, 이해관계인 보호를 위하여 고용승계의무, 사업양수인의 변제책임 등이 부여됨은 물론 계약상 명시되지 않은 권리·의무도 이전되는 것이나, 자체적으로 수익을 획득할 수 없는 연구소 부문의 이전에 위와 같은 사업양수도의 법적 효과를 부여할 수 없다는 점에서도 연구소 통합을 포괄적 사업양수도로 취급할 수 없는 것이다.
3. 연구소 통합은 무형자산 거래에 대한 이전가격 과세를 강화하는 BEPS 프로젝트와 국조법 개정에 대응하여 국내외 연구소간의 복잡한 무형자산 거래를 개편하려는 사업상의 목적에 따라 추진된 것으로서, 정당한 사업상의 목적이 존재한다. OECD는 2012년부터 국제거래를 통한 조세회피와 이중과세 방지를 위한 BEPS 프로젝트를 가동하여 2015년 최종보고서를 발표하였고, 이에 따라 2016년 5월경 OECD 이전가격지침의 개정이 확정되었다. 우리나라는 BEPS 프로젝트 OOO 도입에 따른 이전가격지침 개정에 합의한 국가로서, 해당 권고사항을 국내법에 반영하기 위하여 2015.12.15.0 법률 제13553호로 국제조세조정에 관한 법률(이하 “국조법”이라 한다)에 국제거래정보 통합보고서 제출 의무 등을 신설하였고, 위 BEPS 프로젝트 OOO 실행으로 무형자산 거래에 대한 이전가격세제가 더욱 강화될 것으로 예상되었는바, 청구법인은 2016년초 2곳의 회계법인에 BEPS 실행에 따른 이전가격정책 진단을 의뢰하였고, 자문 회계법인들이 연구소 통합을 통해 연구소들 상호 간에 로열티 및 위탁 약정에 의한 보상체계를 개편할 것을 제안함에 따라 청구법인은 2016년 12월경 OOO의 연구소 자산 일부(유형자산은 중복 여부 등을 따져 이전여부를 결정하였고, 무형의 연구결과물은 종전과 같이 각 회사가 사용)를 양수하게 된 것이다.
4. 또한 조세회피를 위한 다단계행위로 보려면 조세회피 외에 다른 목적이 없어야 하는데, 연구소 통합을 개별양수도로 함에 따라 부가가치세에 있어서는 오히려 조세 부담이 증가하였다. 연구소 통합을 포괄양수도 방식으로 하였다면 부가가치세법제10조 제9항 제2호에 따라 부가가치세가 면제되었을 것이나, OOO는 청구법인에 대한 연구소 자산 매각에 대하여 사업의 포괄양수도에 해당하지 않는다고 보아 부가가치세를 징수하고 세금계산서를 발행하였다.
(3) 증가분방식에 의한 2016년도 연구개발비 세액공제액 산정시 직전연도(2015년) 연구개발비에 OOO의 연구개발비를 포함시킬 법적 근거가 없다. (가) 처분청은 당초 2016사업연도에 연구소 통합이 있었으므로 증가분방식을 적용할 수 없다는 이유로 청구법인의 증가분방식에 의한 세액공제 신청액(OOO원)을 부인하고 발생분방식에 의한 세액공제액(OOO원)만 인정하였으나, 청구법인이 이 건 심판청구를 제기한 이후에 청구법인의 직전연도(2015사업연도) 연구개발비를 본래 청구법인의 연구개발비에 OOO의 2015년 연구개발비의 1/12(1개월분)을 더한 금액으로 산정한 다음 증가분방식에 의하여 세액공제액을 OOO원으로 재산정하고 당초 경정한 세액공제액과의 차액을 환급하였다. (나) 조특법 제9조 제6항은 다른 법인의 연구개발비를 합산할 수 있는 경우를 사업의 포괄승계가 이루어지는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도, 포괄적 현물출자로 특정하고 있고, 처분청이 OOO 연구개발비를 합산하는 근거로 제시한 OOO 판결 등 사안 역시 구 조특법 제9조 제6항에 열거되어 있는 ‘분할’이 있는 경우였다. 그런데 이 사건 연구소 통합은 구 조특법 제9조 제6항의 포괄승계 사안이 아니라 다른 법인으로부터 연구용 자산의 일부를 양수한 것에 불과하므로 구 조특법 제9조 제6항이 적용될 수 없다. 만약 처분청 주장대로 다른 법인의 연구용 자산을 양수한 경우에도 구 조특법 제9조 제6항을 적용할 수 있다고 한다면, 자산 1개만 양수한 경우에도 구 조특법 제9조 제6항을 적용하여 다른 법인의 연구개발비를 합산할 수 있게 되는데, 이러한 해석은 어느 경우에 구 조특법 제9조 제6항을 적용할 수 있는지 확정할 수 없게 되어 납세자의 법적 안정성과 예측가능성을 침해하게 되고, 다른 법인의 연구개발비를 합산하는 것은 그 다른 법인 역시 연구개발비 세액공제를 신청할 수 있는 경우 중복공제나 공제누락의 문제를 발생시킬 수 있으므로 엄격하게 제한할 필요가 있다.
(1) 이 사건 연구소 통합은 사업의 양도로 볼 수 있으므로 조특법 시행령 제9조 제6항 등에 따라 실질적인 연구개발비 증가액을 기준으로 연구개발비 세액공제액을 산정하여야 한다. (가) 연구개발비 세액공제는 기업이 보유한 기술력을 육성하고 강화하는 것을 지원하기 위해 도입된 제도로서, 2016년 기준으로 발생액의 3%(일반기업)를 공제받을 수 있으나, 기업이 보다 더 많은 연구개발비를 투자하도록 유인하기 위해 구 조특법 제10조 제1항 제3호에서 직전 4년간 평균 발생액 대비 당해 연구개발비를 더 많이 지출한 경우 직전년 대비 증액된 연구개발비의 40%를 공제받도록 하여 기업이 유리한 방법을 선택 적용할 수 있도록 규정하고 있다. 다만, 통합·합병 등의 사유로 인해 합병법인 등의 연구개발비가 급증한 것처럼 일시적인 착시현상이 발생하여 부당하게 과도한 세액공제액이 발생하는 것을 방지하기 위해 조특법 시행령 제9조 제6항에서는 “4년간 일반연구개발비 합계액을 계산시 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(“합병법인등”)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자로부터 발생한 일반연구ㆍ인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다”라고 규정함으로써 합병법인등의 증가분방식 세액공제 방법 선택가능 여부 판단시 피합병법인의 연구개발비를 포함하여 증가여부를 비교하도록 하였다. (나) 청구법인 및 OOO는 2016.12.1. 연구소 통합 전까지 형식적으로는 청구법인과 OOO가 연구소를 각각 운영하고 있었으나 실제 통합하여 하나의 연구소로 운영되어 온 것으로 확인되었고, 연구소 통합시 실질적으로 OOO 연구소 사업의 동일성이 유지되고 모든 인적・물적 시설이 양도되었으므로 이 사건 연구소 통합은 형식적 계약 체결 여부와 관계없이 명백한 사업양수도에 해당한다.
1. 사업의 양도란 사업장별로 사업용 재산을 비롯한 물적·인적 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 말하는 것이다(대법원 2008.2.229. 선고 2006두446 판결 등, 같은 뜻임).
2. 청구법인은 이 사건 연구소 통합을 통하여 OOO로부터 로열티를 받을 수 있게 되는바, 로열티를 받는다는 것은 이미 연구소 자체로 이익창출능력이 있다는 것을 전제로 하는 것으로서, OOO의 연구소 부분을 하나의 사업부문으로 인정할 수 있다.
3. 청구법인은 OOO의 연구소 기능을 포괄적으로 청구법인의 연구소로 이전할 목적을 달성하기 위해 포괄양수도 방식과 개별양수도 방식을 검토한 후 순전히 세금을 회피할 의도로 같은 날 인적 설비 이전과 물적 설비 이전이라는 개별양수도 방식을 통해 이 사건 연구소 통합을 진행하였고, 그 결과 청구법인으로 이전된 OOO의 연구인력은 이 사건 연구소 통합을 전후하여 동일 납품처의 램프 연구업무를 과거의 연구노하우를 그대로 보유한 채 청구법인의 연구소에서 연속성을 가지고 계속 수행하게 되었는바, 청구법인은 이 사건 연구소 통합으로 OOO 연구소의 사실상 일체의 인적·물적 권리와 의무를 양수함으로써 해당 연구소에 대하여 OOO와 동일시되는 정도로 법률상의 지위를 그대로 승계하였으므로 그 경제적 실질이 OOO의 연구소를 사업양수한 것과 같다 할 것이다. 청구법인은 이후 청구법인과 OOO 사이의 단계적 합병을 마무리함으로써 전체 거래의 경제적 실질이 포괄적 사업양수도와 같이 되었다.
4. 이 사건 연구소 통합은 국세기본법제14조에 규정된 ‘둘 이상의 거래를 거치는 방법으로 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우’에 해당하므로, 이는 그 경제적 실질에 따라 청구법인이 OOO의 연구소 인적·물적 설비를 일시에 포괄적으로 이전받아 통합 전후로 동일한 기능을 수행하는 것으로 보아야 하며, 이는 사업의 양도에 해당한다. 청구법인은 OOO의 연구소를 사업양수 또는 포괄적으로 양수할 의도가 있었음에도 연구개발비 세액공제를 극대화함으로써 조세의 부담을 회피할 목적에서 이 사건 연구소 통합을 명목상 특정 승계의 거래방식으로 진행하였고, 실질적으로 연구개발비가 증가한 경우에 한하여 증가분방식으로 세액공제를 인정하려는 조특법상 연구개발비 세액공제 제도의 취지를 고려한다면 국세기본법제14조에서 정한 실질과세 원칙에 따라 조특법상 증가분방식에 따른 연구개발비 세액공제 적용시 이 사건 연구소 통합은 사업의 양도로 보아야 하는 것이다. (다) 청구법인의 내부문서에 “절세효과”를 위하여 OOO 연구소를 통합할 필요가 있다고 기재되어 있는 점 등에 비추어서도 청구법인이 연구개발비 세액공제액 증대 등 조세회피를 위하여 사업의 양도, 분할합병 등의 방식이 아닌 개별 양수도 방식에 의해 OOO를 통합한 사실이 충분히 인정된다. (라) 증가분방식 적용시 기존 연구개발비(직전연도 연구개발비)는 해당 연도 연구개발비에 상응하는 방식으로 산정되어야 한다.
1. OOO 판결, OOO 판결 등에 따르면, 증가분방식에 따른 연구개발비 세액공제액 산정시 세액공제 대상인 연구개발비 증가분은 해당 연도 연구개발비에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제의 대상으로 삼고자 하는 조특법상 연구개발비 세액공제제도의 취지에 부합하는 방식으로 산정되어야 하므로, 연구개발비 산정의 기초가 되는 기존 연구개발비 역시 해당 연도 연구개발비에 상응하는 비용으로 산정함으로써 동일한 기준에 의하여 세액공제 대상인 연구개발비 증가분을 산정하여야 한다는 취지로 판시하고 있다.
2. 청구법인의 2016년 연구개발비 세액공제 신청과 관련하여 증가분방식을 적용하여 연구개발비를 산정하며 2016사업연도 연구개발비에는 2016.12.1.부터 청구법인의 소속이 된 OOO 연구원의 인건비 등이 포함되어 있었던 반면, 그 비교대상이 되는 2015사업연도 연구개발비에는 청구법인 소속 연구원의 인건비 등만 포함되어 있다.
3. 당해연도 연구개발비 발생액과 직전연도 연구개발비 발생액을 동일한 선상에서 비교하고자 하는 조특법 시행령 제9조 제5항 등의 취지에 비추어, 청구법인의 직전 사업연도 연구개발비는 당해 사업연도 연구개발비와 대응되도록 월할 계산하여 산정하는 것이 타당하다. (마) 따라서 연구개발비 세액공제액을 산정할 때 증가분 방식에 따라 세액공제액을 산정하되, 직전 과세연도 발생액 계산시 직전년도 OOO의 연구개발비를 합산(다만 직전 과세연도 발생액 계산시 OOO의 발생액의 경우 월할계산하여 청구법인의 발생액에 합산)한 금액과 비교하여 연구개발비 증액분을 산정하여야 하는 것이다.
(2) 청구법인은 증가분방식 기준으로 연구개발비 세액공제액을 산정하되, OOO 발생분을 포함하지 않고 청구법인의 전기(2016년) 연구개발비 대비 당기(2017년) 연구개발비 증가분을 기준으로 연구개발비 세액공제액을 산정하여야 한다는 의견이나, 이는 아래와 같은 점에서 받아들이기 어렵다. (가) 우선 ‘실질이 동일한 연구소 안에서 관계사간 연구인력의 소속 변경 또는 연구소 통합의 이유로 특정 회사에서만 연구개발비가 급격히 증가한 것처럼 보이는 일시적 착시 현상’을 이용하여 ‘증가분방식’ 기준을 적용하는 것은 연구 및 인력 개발에 대한 과감한 투자 확대를 유도하려는 ‘증가분방식’의 연구개발비 세액공제를 허용하는 취지에 부합하지 아니하므로 청구법인이 당초 발생분방식 기준을 적용하여 연구개발비 세액공제를 산정한 것은 잘못이 없다. (나) 또한 증가분방식 기준을 적용하여야 한다고 보더라도, 청구법인과 OOO의 통합은 앞서 본 바와 같이 통합을 전후로 연속성을 가지고 있으므로 사실상 사업의 양도에 해당한다 할 것이고, 그렇다면 현행 조특법 제10조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제9조 제5항 및 제6항에 따라 2016년에 OOO에서 발생한 연구개발비 금액을 모두 청구법인에서 발생한 것으로 보아 실질적인 연구개발비 투자 증대가 있었는지를 판단하여야 하는바, 이에 따라 산출되는 공제세액(OOO원)은 아래 ＜표5＞와 같이 청구법인이 당초 신고시 계산한 발생분방식 기준 세액공제액(OOO원)보다 오히려 감소하는 것으로 나타나는바, 경정의 사유가 없다. ＜표5＞ 세액공제액 비교(2017년) ㅇㅇㅇ
3. 심리 및 판단
(1) 조세특례제한법 (가) 2016.12.20. 법률 제14390호로 일부개정되기 전의 것 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액
1. 중소기업인 경우: 100분의 25
2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율
3. 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8
4. 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 3을 한도로 한다) 100분의 2 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. (나) 2016.12.20. 법률 제14390호로 일부개정되고 2017.12.19. 법률 제15227호로 일부개정되기 전의 것 제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.
3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액
1. 중소기업인 경우: 100분의 25
2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율
3. 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8
4. 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 3을 한도로 한다) 100분의 1 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
④ 제1항 제1호를 적용받으려는 내국인은 일반연구ㆍ인력개발비와 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다.
(2) 조세특례제한법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30393호로 일부개정되기 전의 것) 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ⑤ 법 제10조 제2항에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액/해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다)×해당 과세연도의 개월 수/12
⑥ 제5항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 "합병법인등"이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 "합병등"이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 "피합병법인등"이라 한다)로부터 발생한 일반연구·인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우로서 합병등을 하기 전에 피합병법인등의 해당 승계사업에서 발생한 일반연구·인력개발비를 구분하기 어려운 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구·인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총 매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 일반 연구·인력개발비로 본다.
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인 및 OOO 현황 및 사업개요는 아래와 같다.
1. 청구법인과 OOO는 자동차 램프를 개발·제조하여 OOO 등 각 거래처에 판매하는 업체로, 2016년말 기준으로 청구법인은 주-AAA 지분의 21.67%, 주-BBB 지분의 29.59%, 주-CCC 지분의 34.29%를 보유하고 있다. ＜표6＞ 청구법인 및 OOO 현황 ㅇㅇㅇ
2. 청구법인 및 OOO는 각자 연구소를 운영하면서 OOO에 개별적으로 기업부설연구소를 신고·등록하였고, 일반연구개발비 세액공제 역시 개별적으로 적용·신고하여 왔다.
3. 청구법인 및 OOO의 개별 연구소는 모두 동일 건물(청구법인 소유의 진량 공장 건물)에 위치하고 있었고, OOO는 2011년 12월 청구법인 등에 현지확인하여 연구소가 분리된 독립공간(348㎡)을 갖추고 있는 등 신고된 물적·인적 요건에 이상이 없다고 확인한 것으로 나타난다. (나) 2016.12.1. 이 사건 연구소 통합 및 2019.4.1. OOO 합병 내용은 아래와 같다.
1. 청구법인은 2016.9.28. ‘연구소 통합 실행안’을 마련, 국조법상 세무상 위험(연구결과물의 개발회사와 소유회사의 불일치로 인한 위험)을 낮추기 위해 OOO 개별연구소의 연구기능을 청구법인 연구소로 이전하기로 결정하고, 그 기대효과로 ‘연구결과물 소유관계의 단순화 가능, E＆D 대가 수취관계 단순화 가능, 연구개발세액공제를 통한 절세효과 증대’를 기대하였으며, 방법론적으로 ① OOO의 연구소를 포괄적으로 양수할 것인지, ② 해당 연구소의 인적·물적 설비를 개별로 순차적으로 양수할 것인지를 검토한 후 후자의 거래방식으로 이 사건 연구소 통합을 진행하기로 결정하였다.
2. 청구법인은 2016.12.1. 청구법인의 연구소와 OOO의 연구소를 인적 설비 및 물적 설비를 순차적으로 이전하는 방식으로 통합하였다.
3. 이 사건 연구소 통합 이후 주-AAA(합병법인)는 2017.4.1. 주-BBB(피합병법인)와 주-CCC(피합병법인)를 합병하였고, 청구법인은 2019.4.1. 합병법인인 주-AAA를 합병하였다. (다) 청구법인 및 OOO의 연구개발비 신고현황은 아래와 같다
1. 청구법인 및 OOO의 연구개발비 신고 현황은 아래 ＜표8＞과 같고, 연구개발비 지출액 및 세액공제액을 비교하면 아래 ＜표9＞와 같다. ＜표8＞ 청구법인 및 OOO의 연구개발비 신고 내역 ㅇㅇㅇ ＜표9＞ 청구법인 및 OOO 연구개발비 세액공제 비교 ㅇㅇㅇ
2. 청구법인의 경우 2016.12.1. 연구소 통합으로 인해 승계한 OOO 연구원 536명의 12월분 급여 및 OOO에서 진행하던 프로젝트관련 연구개발비가 지출되면서, 연구개발비 지출액이 2015년 OOO원에서 2016년 OOO원으로 OOO원 증액지출된 것으로 나타나는 반면, 청구법인과 OOO의 연구개발비 지출액 합계액은 2015년 OOO원에서 2016년 OOO원으로 OOO원만 증가한 것으로 나타난다.
3. 청구법인과 OOO의 2016사업연도 연구개발비 세액공제액 신고내용은 아래와 같다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 OOO 연구소를 합병하거나 포괄적 사업양수를 한 바 없으므로 OOO의 전기분 연구개발비를 청구법인의 연구개발비에 합산하여 세액공제액을 산정하여서는 안된다고 주장하나, 조특법상 연구개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 그 취지가 있으므로, 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 할 것인데(대법원 2014.3.13. 선고 2013두22147 판결 참조), 청구법인의 경우 이 사건 연구소 통합을 통해 OOO를 통합하여 2016년에 일시적으로 연구개발비가 대폭 증가한 것으로 보일 뿐 실제 청구법인의 연구소 및 OOO 연구소의 연구인력수, 유무형자산 등에 변동이 없고, 이 사건 연구소 통합을 전후하여 연구개발비의 합계액(OOO)에는 큰 변동이 없는바, 이 사건 연구소 통합을 통해 청구법인에 증가된 연구개발비를 전액 증액분으로 보아 세액공제를 허용하는 것은 연구 및 인력 개발에 대한 과감한 투자 확대를 유도하려는 ‘증가분방식’의 연구개발비 세액공제를 허용하는 취지에 부합하지 아니는 점, 청구법인은 이 사건 연구소 통합을 통해 OOO 연구소의 인적·물적 설비를 개별로 순차적으로 양수하기는 하였으나, 실제로는 OOO의 연구소 소속 직원 536명을 전원승계하고, 같은 날 OOO의 주요 물적 시설을 전부 양수하여 연구소 소속 직원들이 연구소 통합 전후로 동일한 센터(본부)·팀에 소속되어 같은 연구를 진행한 것으로 나타나는바, 이는 OOO의 연구소 사업부문을 분할·합병하였다거나 포괄양수도한 것과 그 실질이 같다 할 것이어서 조특법 시행령 제9조 제6항에 따라 OOO에서 발생한 연구개발비를 합산하여 연구개발비 증액분을 산정할 수 있어 보이는 점 등에 비추어, 이와 다른 취지의 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.