조세심판원 심판청구 소득세

청구인이 토지와 지상 건물을 일괄양도한 것에 대하여, 그 토지·건물의 양도가액을 관련한 감정평가액을 기준으로 안분한 가액을 각 양도가액으로 하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

사건번호 조심 2022구2451 선고일 2023-03-29 조세심판원

[요지] 쟁점토지·쟁점건물에 대한 감정평가액은 협의보상 목적으로 양도직전에 산정된 가액이자 객관적 평가액으로 양도가액을 감정평가액을 기준으로 안분하여 양도소득세를 부과한 처분에 잘못이 없음

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유] 1.처분개요

  • 가. 청구인은 OOO 대지 304㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 지상 5층 연면적 668.37㎡ 규모의 상가건물(이하 “쟁점건물”이라 하고 “쟁점토지”와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하여 보유하다가, 2020.12.23. OOO청장에 수용을 원인으로 쟁점부동산을 양도하였는데, 수용 당시 OOO청장과 작성한 협의보상금 지급에 관한 계약서(이하 “쟁점계약서”라 한다)상 보상금액은 쟁점토지 OOO원, 쟁점건물 OOO원 등 총 OOO원이었다.
  • 나. 청구인은 2021.2.28. 쟁점부동산에 대한 양도소득세를 신고하면서 ‘쟁점계약서상 쟁점토지와 쟁점건물의 구분기재된 양도가액’이 ‘쟁점부동산의 양도가액을 토지와 건물의 기준시가로 안분계산한 금액’과 100분의 30 이상 차이가 있어 토지와 건물의 가액구분이 불분명한 경우에 해당한다고 보아 소득세법제100조 제2항에 따라 쟁점부동산의 양도가액을 토지와 건물의 기준시가로 안분계산한 후, 쟁점토지의 양도가액을 OOO원, 쟁점건물의 양도가액을 OOO원으로 기재하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원, 2020년 귀속 농어촌특별세 OOO원을 신고·납부하였다.
  • 다. OOO청장은 ‘청구인의 양도소득세 신고내용’을 검토한 결과, 쟁점계약서에 구분기재된 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도가액은 감정평가액이므로 토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 경우에 해당하지 않는다고 보아 쟁점계약서상 쟁점토지와 쟁점건물의 가액을 양도가액으로 하여 청구인에 대한 양도소득세를 경정하도록 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점토지의 양도가액을 OOO원, 쟁점건물의 양도가액을 OOO원으로 하여 2021.11.15. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원, 2020년 귀속 농어촌특별세 OOO원을 경정·고지하였다.
  • 라. 청구인은 이에 불복하여 2022.2.15. 심판청구를 제기하였다. 2.청구인 주장 및 처분청 의견 가.청구인 주장 청구인이 쟁점부동산을 양도하면서 OOO구청과 작성한 쟁점계약서에 구분기재된 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액은 쟁점부동산의 양도가액을 기준시가로 안분한 금액과 100분의 30 이상 차이가 나므로 쟁점부동산의 양도가액을 기준시가로 안분계산한 금액을 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액으로 하여 청구인이 부담해야 할 양도소득세를 산정하여야 한다.

(1) 청구인은 OOO청장과 협의한 결과 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원으로 합의하였는데, OOO구청 직원들이 형식적으로 감정평가 절차를 거쳐야 한다고 하여 청구인은 이에 동의하였고, OOO구청에서 감정평가 비용을 부담하여 쟁점부동산에 대한 감정평가를 마쳤다. 청구인은 OOO구청과 작성한 쟁점계약서에 기재된 쟁점토지와 쟁점건물의 가액이 감정평가액인지도 모른 채 해당 가액이 쟁점부동산의 양도가액을 토지와 건물의 기준시가로 안분한 금액과 100분의 30 이상 차이가 나므로 소득세법제100조 제2항에 따라 쟁점부동산의 양도가액을 토지와 건물의 기준시가로 안분하여 토지와 건물의 양도가액을 산정하였다.

(2) 처분청은 쟁점토지와 쟁점건물의 감정평가액이 있으므로 기준시가가 아닌 감정평가액을 우선 적용하여 안분계산을 하여야 한다는 의견이나, 이 건의 경우 쟁점부동산의 전체 양도가액이 이미 정해져 있어 감정평가가 불필요했음에도 양수인의 필요에 의해 이루어진 감정평가로 인하여 청구인이 부담해야 할 양도소득세가 달라져 청구인의 재산권을 부당하게 침해하는 결과가 발생하였다. 국세기본법제18조에서 세법의 해석과 적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다고 규정하고 있는바, 법적안정성과 납세자의 예측가능성 보장을 위해 안분계산의 기준이 되는 감정평가액은 양도인이 감정평가를 의뢰한 경우로 한정하여 해석하여야 한다. 나.처분청 의견 쟁점계약서에 구분기재된 쟁점토지 및 쟁점건물의 가액은 2개 감정평가법인의 ‘감정평가 평균액’과 일치하므로 쟁점계약서에 구분기재된 금액을 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액으로 하여 양도소득세를 경정함이 타당하다.

(1) OOO청장은 쟁점부동산을 수용하면서 보상가액 평가를 위해 ㈜AAA과 BBB㈜에 감정평가를 의뢰한 결과, 감정평가법인들이 평가한 쟁점토지 감정평가액의 평균은 OOO원, 쟁점건물 감정평가액의 평균은 OOO원이었는데, 이는 쟁점계약서에 기재된 쟁점토지 및 쟁점건물의 가액과 일치한다. 감정평가서에 따르면 쟁점토지는 당해 토지와 유사한 이용가치를 지닌 인근지역 내 표준지의 공시지가를 기준으로 공시기준일부터 가격시점까지의 지가변동추이 및 당해 토지의 위치, 형상, 환경, 이용상황 및 기타 가격형성상의 제 요인을 종합적으로 참작하여 평가되었고, 쟁점건물은 구조·이용상태·면적·내구연한·유용성 그 밖의 가격형성에 관련되는 제 요인을 종합적으로 고려하여 평가되었는바, 그 감정평가액은 객관적인 평가액에 해당한다.

(2) 청구인은 쟁점계약서에 구분기재된 쟁점토지와 쟁점건물의 가액이 쟁점부동산의 양도가액을 기준시가로 안분한 금액과 100분의 30 이상 차이가 나므로 토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 경우에 해당한다고 주장하나, 부가가치세법 시행령제64조에서 토지와 건물의 감정평가액이 있는 경우 감정평가액을 우선 적용하여 안분계산하도록 되어 있는데, 감정평가액으로 안분계산한 쟁점토지 및 쟁점건물의 가액은 쟁점계약서에 구분기재되어 있는 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도가액과 동일하다. 따라서, 이 건은 토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 경우에 해당하지 아니하므로 쟁점계약서상 쟁점토지와 쟁점건물의 가액을 양도가액으로 함이 타당하다.

(3) 청구인은 안분계산의 기준이 되는 감정평가액은 양도인이 감정평가를 의뢰한 경우로 한정하여야 한다고 주장하나, 감정평가액의 의뢰인이 누구인지에 따라 세법을 달리 적용한다면 법적 안정성을 해치는 결과를 초래한다. 3.심리 및 판단 가.쟁점 일괄 양도된 토지와 건물의 가액구분이 불분명한 경우에 해당하지 않는다고 보아 쟁점계약서에 구분기재되어 있는 금액을 토지와 건물의 양도가액으로 산정한 처분의 당부 나.관련 법령: <별지>기재 다.사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점부동산과 관련하여 2020년 12월에 OOO청장과 작성한 쟁점계약서(협의보상금 지급에 관한 계약서)의 주요 내용은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점계약서의 주요 내용 ㅇㅇㅇ

(2) 청구인은 양도소득세 신고 당시 아래 <표2>와 같이 쟁점부동산의 양도가액을 쟁점토지 및 쟁점건물의 기준시가로 안분계산한 금액을 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도가액으로 산정하여 양도소득세를 신고하였다. <표2> 청구인이 산정한 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도가액 ㅇㅇㅇ

(3) 처분청의 양도소득세 경정내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 양도소득세 경정내역 ㅇㅇㅇ

(4) ㈜AAA과 BBB㈜에서 쟁점부동산을 2020.12.16. 기준으로 감정평가한 금액은 아래 <표4>와 같은데, 해당 감정평가액의 평균액은 쟁점계약서상 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도가액과 동일한 것으로 나타난다. <표4> 쟁점토지 및 쟁점건물의 감정평가액 ㅇㅇㅇ

(5) 감정평가법인들이 쟁점부동산을 감정평가하면서 작성한 감정평가서의 주요 내용은 아래 <표5>와 같다. <표5> 감정평가서의 주요 내용 ㅇㅇㅇ

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 소득세법제100조 제2항에서 토지와 건물을 함께 양도한 경우에는 이를 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에는 취득 당시 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산하도록 규정하고 있는데, OOO청장은 쟁점토지와 쟁점건물에 대한 감정평가를 거쳐 2개 감정평가법인의 감정평가평균액을 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액으로 구분 기장하여 쟁점계약서를 작성한 점, 같은 법 제100조 제3항에서 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 제2항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 보도록 규정하고 있으나, 같은 법 시행령 제166조 제6항 및 부가가치세법 시행령제64조 제1호에서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 양도 당시 기준시가 등을 고려하여 일괄양도액을 안분계산하도록 하면서 감정평가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 금액을 토지와 건물의 양도가액으로 산정하도록 규정하고 있는바, 이에 따라 쟁점토지와 쟁점건물의 일괄양도액을 토지와 건물의 감정가액에 비례하여 안분계산한 금액은 쟁점계약서에 구분 기재되어 있는 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도가액과 동일한 점, 청구인은 양수인의 필요에 의해 이루어진 감정평가로 인하여 청구인이 부담해야 할 양도소득세가 달라져 청구인의 재산권을 부당하게 침해하는 결과가 발생하였다고 주장하나,소득세법제100조에서 양도차익을 계산할 때 취득가액이나 양도가액으로 적용하는 감정가액에 대해서는 별도로 제한하도록 규정한 바가 없고, 쟁점토지 및 쟁점건물에 대한 감정평가액은 협의보상을 목적으로 하여 쟁점부동산의 양도 직전에 산정된 가액이어서 객관적인 평가액으로 보이는바, 그 감정가액을 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도가액으로 적용하지 아니할 이유가 달리 없어 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점계약서상 쟁점토지와 쟁점건물의 가액을 토지와 건물의 양도가액으로 하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 소득세법 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

(2) 소득세법 시행령 제166조(양도차익의 산정 등) ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어상속세 및 증여세법 제62조 제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여부가가치세법 시행령 제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.

(3) 부가가치세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32419호로 일부개정되기 전의 것) 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 소득세법 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

(4) 국세기본법 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)