[요지] 농업회사법인의 설립근거를 규정하고 있는 농어업경영체육성 및 지원에 관한 법률에 따르면 “농어업경영체를 육성하고 농어업의 공동경영을 활성화하여 국민에게 안전한 농수산물과 식품을 안정적으로 공급하고, 나아가 농어촌사회의 안정과 국가 발전에 이바지함”을 목적으로 하고 있는바, 수입농산물만을 유통하는 경우에는 농업회사법인으로의 설립이 어려워 보이고, 조특법상의 법인세 감면도 제외되는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 국산농산물 유통에 대한 구분기장을 제출하지 않은 청구법인들에 대하여 법인세 감면 적용을 배제하고 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단됨
[참조결정] 조심2019중0589
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견
(1) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는한 조문대로 해석하여야 할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다고 할 것인바, 조특법 시행령 제65조 제2항 제3호는 농업회사법인의 감면대상 소득으로 “농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조 제1항에 따른 농산물 유통․가공․판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득”을 규정하고 있을 뿐 매입처에 대한 요건을 별도로 규정하고 있지 않으므로 농민으로부터 매입한 농작물을 판매하여 얻은 소득만을 감면대상 소득으로 해석하는 것은 조세법률주의에 위반된다. 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법제3조 및 같은 법 시행령 제5조에 따르면 농수산물의 범위에 대하여 “농업활동으로 생산되는 산물”로 규정하고 있고, 농업활동이 국내에서 이루어졌는지 국외에서 이루어졌는지를 별도로 구분하지 않고 있으며, 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조 제1항에 따르면 “농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자”를 농업회사법인의 설립요건으로 규정하고 있다. 이에 따라 수입농산물을 유통․가공․판매하려는 자를 해당 요건에서 제외했었다면 청구법인들은 농업회사법인으로의 설립 자체가 불가능했을 것이다. 따라서 청구법인들은 적법한 절차로 설립된 농업회사법인이므로 해당 법인세 감면에서 제외되어야 할 이유가 없고, 수입농산물을 “농산물”에서 제외하여야 한다면 법령 개정을 통하여 명확히 하여야 할 것이다.
(2) 조세심판원 선결정례(조심 2019중589, 2019.5.28.)는 조특법 시행령 제65조 제2항 제3호에서 그 매입처에 대한 요건을 별도로 규정하고 있지 않으므로 농민이 아닌 사업자로부터 매입한 농작물을 판매하여 발생한 소득도 감면대상으로 보는 것이 타당하다고 결정한 바 있다. 따라서 수입업체를 포함한 사업자로부터 매입한 농산물을 판매하여 발생한 소득은 조특법에 따른 법인세 감면 적용대상에 해당한다고 보아야 한다.
(1) 조특법의 농업회사법인에 대한 법인세 감면규정의 취지 및 연혁, 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법등에서 규정하는 농산물의 정의 등에 비추어 볼 때 수입농산물은 감면대상인 농산물에 포함되지 않으므로 수입농산물을 유통하는 청구법인들에 대하여 처분청이 감면을 배제하여 법인세를 경정․고지한 처분은 정당하다. (가) 법원은 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 판시하고 있는바(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결 등 참조), 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 등에서 감면대상이 되는 농산물은 “농업활동으로부터 생산되는 산물”이라고 정의하고 있으므로 수입농산물은 제외된다고 보는 것이 타당하고, ‘농산물’ 또는 ‘유통업’에 수입농산물과 수입유통업까지 포함시킨다면 단순히 농산물을 수입하여 판매하는 농업회사법인도 법인세를 감면받는 부당한 결과를 초래하게 된다. (나) 조특법 제68조 농업회사법인에 대한 법인세 면제규정은 1989.12.30. 농업생산성의 향상을 위하여 위탁영농회사에 대한 법인세 감면제도가 신설되었고, 1995.12.29. 기업적 농업경영을 통하여 농업생산성 향상과 더불어 생산된 농산물을 유통ㆍ가공ㆍ판매함으로서 농업의 부가가치를 높이기 위하여 농업회사법인에 대한 법인세의 면제(감면)를 적용하는 것으로 개정되었으며, 2002.12.11. 감면대상 소득이 작물재배업에서 발생하는 소득(법인세 면제)과 이외의 소득(일부 감면)으로 개정되어 왔고, 이러한 감면제도는 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률의 취지에 따라 농업회사법인의 법인세를 면제하는 것이므로, 수입농산물 유통 소득까지 포함하는 것으로 확대 해석하지 않는 것이 조세법률주의 및 조세공평의 원칙에 부합한다고 할 것이다.
(2) 청구법인들이 주장하는 선결정례(조심 2019중589, 2019.5.28.)는 농민이 아닌 사업자로부터 매입한 농작물을 판매하여 발생한 소득도 법인세 감면의 적용대상이라고 보는 것이 타당하다는 것으로서 이 건 심판청구의 쟁점인 농산물 유통에서 그 농산물이 농민이 직접 경작한 농작물인지 수입한 농산물인지 여부와는 쟁점이 다르다고 할 것이다. 다만, 선결정례는 농업회사법인은 농업인들의 소득증대 목적으로 설립된 회사로 국민에게 안전한 농수산물과 식품을 안정적으로 공급하고 나아가 농어촌 사회의 안정과 국가 발전에 이바지함을 목적으로 하는 회사이며, 농업인의 소득을 증대하기 위한 당초 취지대로 쟁점감면을 적용하여야 한다고 인정하면서 “합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다 할 것이다”라고 하고 있는바, 해당 선결정례가 수입농산물 유통으로 인한 소득까지 포함하는 것으로 확대 해석하지 않는 것이 타당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 조세특례제한법(2021.12.28., 법률 제18634호로 개정되기 전의 것) 제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등) ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2021년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 최초로 해당 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 소득에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
(2) 조세특례제한법 시행령 제65조(농업회사법인에 대한 세액 감면 등) ①법 제68조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 범위"란 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 이하를 말한다. 식량작물재배업 외의 작물재배업에서 발생하는 소득금액 × {50억원 × (사업연도 개월 수 ÷ 12) ÷ 식량작물재배업 외의 작물재배업에서 발생하는 수입금액}
② 법 제68조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득(이하 이 조에서 "부대사업등 소득"이라 한다)을 말한다.
1. 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 시행령 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득
2. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제19조 제1항에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득
3. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조 제1항에 따른 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득
⑤ 법 제68조 제1항 또는 제3항에 따라 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서, 면제세액계산서 또는 이월과세적용신청서와 농어업경영체 등록확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다.
(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제1조(목적) 이 법은 경쟁력 있는 농어업경영체를 육성하고 농어업의 공동경영을 활성화하여 국민에게 안전한 농수산물과 식품을 안정적으로 공급하고, 나아가 농어촌사회의 안정과 국가 발전에 이바지함을 목적으로 한다. 제19조(농업회사법인 및 어업회사법인의 설립 등) ① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.
② 농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되, 농업인이나 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 농업회사법인에 출자할 수 있다.
⑥ 농업회사법인 및 어업회사법인의 설립ㆍ출자, 부대사업의 범위 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(4) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제19조(부대사업의 범위) ① 농업회사법인의 부대사업의 범위는 다음 각 호와 같다.
1. 영농에 필요한 자재의 생산 및 공급사업
2. 영농에 필요한 종자생산 및 종균배양사업
3. 농산물의 구매 및 비축사업
4. 농업기계나 그 밖의 장비의 임대ㆍ수리 및 보관사업
5. 소규모 관개시설(灌漑施設)의 수탁 및 관리사업
(5) 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제1조(목적) 이 법은 국민의 경제, 사회, 문화의 기반인 농업과 농촌의 지속가능한 발전을 도모하고, 국민에게 안전한 농산물과 품질 좋은 식품을 안정적으로 공급하며, 농업인의 소득과 삶의 질을 높이기 위하여 농업, 농촌 및 식품산업이 나아갈 방향과 국가의 정책 방향에 관한 기본적인 사항을 규정함을 목적으로 한다. 제2조(기본이념) 이 법의 기본이념은 다음 각 호와 같다.
1. 농업은 국민에게 안전한 농산물과 품질 좋은 식품을 안정적으로 공급하고 국토환경의 보전에 이바지하는 등 경제적ㆍ공익적 기능을 수행하는 기간산업으로서 국민의 경제ㆍ사회ㆍ문화발전의 기반이 되도록 한다.
2. 농업인은 자율과 창의를 바탕으로 다른 산업종사자와 균형된 소득을 실현하는 경제주체로 성장하여 나가도록 한다.
3. 농촌은 고유한 전통과 문화를 보존하고 국민에게 쾌적한 환경을 제공하는 산업 및 생활 공간으로 발전시켜 이를 미래세대에 물려주도록 한다. 제3조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “농업”이란 농작물재배업, 축산업, 임업 및 이들과 관련된 산업으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.
6. “농수산물”이란 다음 각 목의 것을 말한다.
(6) 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제2조(농업의 범위) 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법(이하 “법”이라 한다) 제3조 제1호에 따른 농업은 다음 각 호와 같다.
1. 농작물재배업: 식량작물 재배업, 채소작물 재배업, 과실작물 재배업, 화훼작물 재배업, 특용작물 재배업, 약용작물 재배업, 사료작물 재배업, 풋거름작물 재배업, 버섯 재배업, 양잠업 및 종자ㆍ묘목 재배업(임업용 종자ㆍ묘목 재배업은 제외한다) 제5조(농수산물의 범위) ① 법 제3조 제6호 가목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 제2조의 농업활동으로부터 생산되는 산물을 말한다.
(1) 청구법인들은 OOO에서 개업한 농업회사법인들로서, 주로 당근, 우엉 등 농산물을 OOO에서 직접 수입하여 국내에 유통하고 있으며, 국내 중간 유통업체가 수입한 농산물을 매입하여 판매하거나 OOO 농수산물도매시장경매를 통한 매입도 일부 있는 것으로 나타난다.
(2) 조사청의 AAA에 대한 조사종결보고서의 주요 내용(2021년 9월)은 다음과 같다. OOO
(3) 조사청은 수입농산물 유통 관련 소득에 대해서만 감면 부인하기 위하여 청구법인들에게 수입농산물과 국산농산물 유통에 대한 소득을 구분한 장부 등을 요청하였으나, 청구법인들은 국산농산물 유통이 일부 있으나 별도로 관리하고 있는 장부 등은 없고, 소득을 구분하기는 불가능하다며 관련 자료를 제출하지 않은 것으로 나타난다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 등 참조). (나) 청구법인들은 조특법상 감면대상에 수입농산물을 제외한다는 명문의 규정이 없으므로 수입농산물을 유통하는 청구법인들에게도 해당 규정에 따라 법인세가 감면되어야 한다고 주장하나, 조특법 제68조 제1항 및 같은 법 시행령 제65조 제2항 제3호는 “농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조 제1항에 따른 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득”을 감면대상으로 규정하고 있고, 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제1조는 경쟁력 있는 농어업경영체의 육성과 국민에게 안전한 농수산물의 안정적 공급을 법 취지로 규정하고 있는바, “농산물 유통․가공․판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득”에서 농산물은 수입농산물을 배제하는 것으로 해석할 수 있는 점, 농업회사법인의 설립근거를 규정하고 있는 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따르면 “농어업경영체를 육성하고 농어업의 공동경영을 활성화하여 국민에게 안전한 농수산물과 식품을 안정적으로 공급하고, 나아가 농어촌사회의 안정과 국가 발전에 이바지함”을 목적으로 하고 있는바, 수입농산물만을 유통하는 경우에는 농업회사법인으로의 설립이 어려워 보이고, 조특법상의 법인세 감면도 제외되는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 국산농산물 유통에 대한 구분기장을 제출하지 않은 청구법인들에 대하여 법인세 감면 적용을 배제하고 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.