쟁점특허권의 전용실시권 양허대가를 반환하였으므로 이를 청구인들의 기타소득에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인들은 ‘OOO으로부터 철 및 아연의 회수방법’ 등 OOO 관련 특허권 2건 및 원천기술 1건(이하 이를 앞의 특허권 2건과 합하여 “쟁점특허권”이라 한다)의 공동 소유자들로, 2015.3.26. AAA 주식회사OOO에게 쟁점특허권의 전용실시권을 OOO원에 설정하여 주고, 각 지분 비율OOO에 상당하는 금액을 기타소득으로 하여 2015년 귀속 종합소득세를 각 신고․납부하였다.
• 나. 이후 청구인들은 주식회사 BBB(이하 “쟁점법인”이라 한다)가 2015.5.14. 실시한 유상증자에 일부 참여하였고, 쟁점법인이 2016.9.28. OOO으로부터 쟁점특허권의 전용실시권을 OOO원에 양수하였음을 이유로, 이는 사실상 OOO가 쟁점특허권의 전용실시권을 반환한 것이므로 청구인들에게 기타소득이 발생하지 않았다는 취지로 OOO와 같이 2021.5.11. 등에 각각 2015년 귀속 종합소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청들은 2021.7.9. 등에 이를 거부하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2021.9.13. 등에 각각 이의신청을 거쳐, 2022.1.20. 등 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청들 의견

• 가. 청구인들 주장 (1) 청구인들은 쟁점특허권을 활용한 사업을 진행하고자 쟁점법인을 설립하였고, 공장시공을 위하여 OOO에게 쟁점특허권의 전용실시권을 양허하였다가, 이후 사업성이 악화됨에 따라 공장건설을 포기하였고, 이에 따라 OOO가 쟁점특허권의 전용실시권을 사용할 가능성이 사라지게 되어, 결국 쟁점특허권의 전용실시권을 반환받으면서 동시에 전용실시권 양허대가를 반환하였다. (2) OOO가 청구인들이 아닌 쟁점법인에게 쟁점특허권의 전용실시권을 반환한 것은 청구인들이 양허대가로 받은 OOO원을 이미 쟁점법인에게 출자한 까닭에 실제로 그 대가를 반환할만한 재원이 없었고, 그렇다고 쟁점법인을 청산하여 잔여재산을 분배받아 이를 재원으로 전용실시권 양허대가를 반환하기에는 시간과 비용이 소요되기 때문에 간명한 처리를 하기 위하여 그렇게 한 것에 불과하고, 청구인들이 가진 쟁점특허권에 대한 지분 비율과 쟁점법인에 대한 출자비율이 동일하여 청구인들과 쟁점법인은 사실상 경제적으로 동일체라 할 것이므로, OOO가 전용실시권을 쟁점법인에게 반환하는 것은 실질적으로 청구인들에게 반환한 것과 동일한 경제적 효과가 있고, 그렇다면 결국 이 건 거래의 경제적 실질은 청구인들이 OOO로부터 전용실시권를 반환받은 것과 동일한 것이므로 실질과세원칙에 따라 이 건 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청들 의견 (1) 청구인들이 OOO로부터 지급받은 양허대가를 쟁점법인의 자본금으로 납입하였더라도, 쟁점법인은 청구인들과는 구별되는 별개의 법인체이어서, 양자의 법적․경제적 실질이 같다고 할 수 없으므로, 쟁점법인과 OOO간 대물변제계약은 청구인들과는 무관한 계약이다. (2) 쟁점법인과 OOO간 대물변제계약서에는 쟁점법인이 쟁점특허권의 특허권자인 것처럼 기재되어 있으나, 특허등록원부상 최종권리자는 청구인들로 확인되고, 청구인들과 쟁점법인 사이의 특허권매매계약은 잔금청산이 이루어지지 않았으므로 현재까지도 그 양도가 이루어지지 않았다고 보아야 한다. 그렇다면 쟁점법인은 OOO로부터 쟁점특허권의 전용실시권을 취득할 당시 특허권자의 지위에 있지 않았으므로, 쟁점법인이 OOO로부터 쟁점특허권의 전용실시권을 취득하고, 그 대가를 대물변제의 방식으로 치렀다고 하더라도 이는 청구인들이 특허권자의 지위에서 OOO에게 쟁점특허권의 전용실시권을 양허하고 얻은 기타소득의 반환에는 해당하지 않는다. 또한, 쟁점법인은 장부상에 자본금, 쟁점특허권 양수대가OOO와 별도로 특허권OOO을 계상하고 있으므로 쟁점법인이 OOO에 대물변제한 것을 청구인들이 OOO로부터 얻은 기타소득을 반환한 것으로 볼 수 없다. (3) 설령 쟁점법인이 쟁점특허권의 실시권을 취득할 당시 특허권자의 지위에 있었다고 가정하고, 쟁점법인의 대물변제를 특허권자로서의 반환이라고 가정하더라도 특허권자의 지위를 승계하였다고 가정되는 시점에 쟁점특허권의 전용실시권 양허대가OOO는 쟁점특허권 양도대가OOO에 포함되어 청구인의 소득으로 실현된 것으로 보아야 하므로 경정할 세액이 없다.

쟁점특허권의 전용실시권 양허대가를 반환하였으므로 이를 청구인들의 기타소득에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

(1) 국세기본법(2020.6.9. 법률 제17339호로 개정되기 전의 것) 제14조 [실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. (2) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것) 제21조 [기타소득] ① 기타소득은 이자소득·배당소득·사업소득·근로소득·연금소득·퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

7. 광업권·어업권·산업재산권·산업정보, 산업상 비밀, 상표권·영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발·이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품 (3) 소득세법 시행령 제50조 [기타소득 등의 수입시기] ① 기타소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.

1. 법 제21조 제1항 제7호에 따른 기타소득(자산 또는 권리를 대여한 경우의 기타소득은 제외한다) 그 대금을 청산한 날, 자산을 인도한 날 또는 사용ㆍ수익일 중 빠른 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 자산을 인도 또는 사용ㆍ수익하였으나 대금이 확정되지 아니한 경우에는 그 대금 지급일로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청들과 청구인들이 제출한 이 건 심리자료에 따르면, OOO과 같은 사실 등이 나타난다. (가) 청구인들은 2014.3.12. 쟁점특허권에 대한 특허출원을 하였으나, 그 중 ‘전기로 제강분진 처리과정에서 발생된 클링커의 재자원화 방법’OOO에 대해서는 특허등록이 되지 않았고, 나머지 2건에 대한 특허등록원부는 OOO과 같다. (나) 청구인들과 쟁점법인 및 OOO간 쟁점특허권을 활용한 사업추진과정에서 체결한 계약은 다음과 같다. 1) 청구인들은 2014.11.13. OOO와 쟁점특허권을 활용한 폐기물 자원화 사업을 위한 협약을 체결하고, 2015.3.26. OOO와 같이 쟁점특허권의 전용실시권 양허계약을 체결하였고, 2015.4.1.과 2015.5.14. OOO로부터 OOO과 같이 그 대가를 지급받은 것으로 나타난다. 2) 청구인들은 OOO와 위 쟁점특허권의 전용실시권 양허계약을 체결한 직후인 2015.5.7. OOO와 같이 쟁점법인에게 쟁점특허권을 양도하는 특허권 양수도계약을 체결하였으나, 계약내용과 달리 계약금 OOO원만을 지급받았고, 잔금은 지급받지 못한 것으로 나타난다. 3) 쟁점법인은 쟁점특허권을 활용한 공장건설을 위해 2015.5.20. OOO와 OOO와 같이 공사계약을 체결하였으나, 2016.9.28. OOO는 금융감독원 전자공시시스템에 위 계약이 “사업주의 계약해지 요청”으로 해지된 것으로 공시하였다. 4) 위 공장건설 공사계약이 해지되는 등의 사정이 발생함에 따라, 쟁점법인은 2016년 10월 OOO에게 ①쟁점특허권 양수대가OOO, ② 상환우선주 인수금 일부 반환OOO, ③ 공사대금 손해배상OOO에 따른 OOO원의 채무를 OOO를 이전하는 방식으로 대물변제하는 내용의 계약을 체결하였는데, 이 중 쟁점특허권 양수도와 관련한 부분은 OOO과 같다. (다) 쟁점법인은 2015사업연도 법인세 신고시 2015.5.14. 보통주 OOO주를 주당 OOO원, 합계 OOO원 및 우선주 OOO주를 주당 OOO원, 합계 OOO으로 총 OOO원을 증자한 것으로 주식 등 변동상황명세서를 제출하였는데, 이에 따른 쟁점법인의 주식변동상황은 OOO과 같다. (라) 쟁점법인 재무상태표 중 자산항목의 변동추이는 OOO과 같고, 2019사업연도 말 자산의 주요항목은 선급금 OOO, 산업재산권(쟁점특허권의 전용실시권) OOO원, OOO 미수금 OOO원으로 나타난다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 쟁점법인이 OOO로부터 쟁점특허권의 전용실시권을 양수하고, 그 대가를 대물변제의 방법으로 지급한 것은 그 실질이 쟁점법인과 경제적 동일체인 청구인들이 OOO에게 쟁점특허권의 전용실시권을 양허하고 지급받은 대가를 반환한 것이므로, 실질과세의 원칙에 비추어 청구인들의 경정청구를 거부한 처분이 위법․부당하다고 주장하나, 쟁점특허권의 지분비율과 쟁점법인의 지분구조가 일치하지 않고, 청구인들과 쟁점법인간 쟁점특허권 양수도계약이 현재까지도 완결되지 않았으며, 쟁점법인은 쟁점특허권을 적용한 제강분진 자원화 사업을 추진하는 등 주식회사로서의 실체를 가지고 독립적으로 사업을 영위하여 왔으므로 청구인들과 쟁점법인이 법적․경제적 실질이 일치함을 전제로 동일체로 보기는 어려운 점 등에 비추어, 실질과세의 원칙을 들어 이와 다른 전제에서 하는 청구주장은 받아들이기 어려우므로, 처분청들이 쟁점특허권의 전용실시권 양허대가를 기타소득에서 제외하여 달라는 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.