쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 법인세를 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2015.4.13.부터 OOO에서 부동산컨설팅업을 영위하고 있는 법인으로, 2015.7.15. 취득한 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2019.7.15. 양도하고, 2019사업연도 법인세 신고시 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 2021년 10월 쟁점토지의 양도가 법인세 과세대상인지 여부에 대하여 검토한 결과, 쟁점토지를 법인세법제55조의2에 따라 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 양도차익을 OOO원으로 하여 2021.12.31. 청구법인에게 2019사업연도 법인세 OOO원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.3.10. 이의신청을 거쳐 2022.8.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점토지가 제1종 전용주거지역에 있고 위치가 좋아서 주택을 신축·판매할 경우 효과적일 것으로 판단하여 이를 취득하였으나, OOO시청과 OOO구청을 상대로 많은 노력을 하였음에도 비오톱(Biotope) 1등급 지역인 쟁점토지는 개발이 불가능하여 어쩔 수 없이 사업을 포기하고 양도할 수 밖에 없었다.

(2) ‘비오톱’이란 동물과 식물, 인간이 더 좋은 환경에서 공존하자는 공익상의 목적을 가지고 만들었으나, 이로 인해 사유재산을 사용하지 못하게 되는바, 공익상 필요에 의해 사용이 제한된 쟁점토지를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대하여 비사업용 토지로 보아 중과세하는 것은 부당하므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 처분청이 2021.7.21. OOO시에 쟁점토지의 비오톱 최초 지정일자를 확인한 결과, 쟁점토지는 2010년부터 비오톱 1등급 지역이고, 이러한 사실은 2012년 토지계획확인원(OOO)에서 확인된다고 회신받았다.

(2) 따라서, 쟁점토지는 청구법인이 2015.7.15. 취득하기 전부터 사용이 제한된 토지이므로 법인세법제55조의2에서 정한 ‘비사업용 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우’에 해당하지 아니하므로 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 법인세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정된 것) 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.

• 가. 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률에 따라 지정된 채종림(採種林)ㆍ시험림, 산림보호법 제7조 에 따른 산림보호구역, 그 밖에 공익상 필요하거나 산림의 보호ㆍ육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령으로 정하는 것
• 나. 임업을 주된 사업으로 하는 법인이나 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률에 따른 독림가(篤林家)인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령으로 정하는 것
• 다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

• 가. 지방세법이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 지방세법 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지
• 다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

5. 지방세법 제106조 제2항 에 따른 주택 부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지

6. 별장의 부속토지. 다만, 별장에 부속된 토지의 경계가 명확하지 아니한 경우에는 그 건축물 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 부속토지로 본다.

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

⑥ 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다. 다만, 비영리 내국법인이 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지등 양도소득은 양도금액에서 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 와 같은 법 제61조 제1항에 따라 평가한 가액 중 큰 가액을 뺀 금액으로 할 수 있다.

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주된 사업의 판정기준, 해당 사업연도에 토지등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령(2019.7.1. 대통령령 제29933호로 개정된 것) 제92조의3(비사업용 토지의 기간기준) 법 제55조의2 제2항 각호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 제92조의11(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간

3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지의 등기사항전부증명서 등에 의하면, 청구법인은 2015.7.15. 쟁점토지를 취득하여 보유하다가 2019.7.15. 양도한 것으로 나타난다.

(2) 처분청의 ‘법인세 비사업용 토지자료 검토서(2021년 10월)’의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 2015.7.15. 쟁점토지를 OOO원에 취득한 후 사업에 사용하지 않았으며 2019.7.15. OOO원에 양도하였다. (나) 청구법인은 쟁점토지가 제1종 전용주거지역으로, 위치적인 장 점이 있어 주택신축판매 목적으로 취득하였으나, 비오톱 1등급으로 지 정되어 개발이 불가능해 사업을 포기하고 양도하였다고 소명하였다. (다) 처분청이 2021.7.21. OOO에 쟁점토지의 비오톱 최초 지정날짜를 조회요청한 결과, 쟁점토지는 2010년부터 비오톱 1등급 지역이었고, 이는 2012년 토지계획확인원에서 확인가능하다는 회신을 받았는바, 쟁점토지는 취득 당시 개발제한구역에 해당하므로 법인세법제55조의2에 따라 비사업용 토지에 해당한다.

(3) 청구법인의 2019사업연도 법인세 신고 및 처분청의 경정내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구법인의 법인세 신고 및 경정내역 ◯◯◯

(4) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 쟁점토지의 비오톱 지정과 관련하여 다음의 내용이 확인된다. (가) 비오톱(Biotope)이란 “그리스어로 생명을 의미하는 ‘비오스(bios)’와 땅 또는 영역이라는 의미의 ‘토포스(topos)’를 결합한 용어로 특정 식물과 동물들이 하나의 생활공동체를 이뤄 생존할 수 있는 생물서식지”이다. OOO시는 2010년부터 총 5개의 등급으로 비오톱 유형을 구분·지정하여 관리하고 있고 OOO시 도시계획조례 제24조에 따라 비오톱 1등급지에 대한 일체의 개발행위를 금지하고 있다. (나) 처분청은 2021.7.21. OOO시에 쟁점토지의 비오톱 최초 지정날짜를 알려달라고 요청하였고, OOO시는 아래 <표2>와 같이 회신하면서 비오톱 1등급 현황도면을 첨부하였다. <표2> 비오톱 관련 요청 회신(OOO) ◯◯◯

(5) 청구법인이 제출한 쟁점토지의 ‘토지이용계획확인서’(2022.3.8.발급)에 의하면, 쟁점토지는 ‘도시지역, 제1종전용주거지역, 자연경관지구’로 지정되어 있고, ‘비오톱 1등급(2021.9.30., 저촉)’에 지정되어 있는 것으로 나타난다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지에서 주택신축판매를 하고자 비오톱 등급 조정을 위해 노력하였으나 비오톱 1등급 지정이 해제되지 아니하여 부득이하게 양도하였다고 주장하나, 법인세법제55조의2 제3항 및 같은 법 시행령 제92조의11 제1항에서 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한되거나 문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 및 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황․취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다고 규정하고 있는바, OOO시의 ‘비오톱 관련 요청 회신’ 공문(OOO)에 따르면, 청구법인이 2015.7.15. 쟁점토지를 취득하기 전인 2010년부터 쟁점토지는 비오톱 1등급에 지정되었고 이러한 사실이 2012년 토지이용계획확인원에 등재된 것으로 확인되므로 쟁점토지를 위 법령에서 정한 ‘토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’라고 보기 어려운 점, 비오톱 1등급 지정 해제를 위한 청구법인의 노력 여부는 법인세법제55조의2 제3항에서 규정하는 비사업용 토지 해당여부에 대한 판정에 영향을 미치지 아니하는 점, 그 밖에 청구법인이 쟁점토지를 비사업용 토지에서 제외할 만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지의 양도를 비사업용 토지의 양도로 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기 본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.