조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점주택이 일시적 2주택 비과세 요건에 해당하는지 여부

사건번호 조심-2022-광-7183 선고일 2022.12.20

청구인은 21.10.6. 청구인이 소유하고 있었던 3주택 중 1주택을 처분하고 21.11.29. 쟁점주택을 처분하였으므로 처분청이 소득령§154⑤을 적용하여 쟁점주택의 보유기간 기산일을 21.10.6.로 보아 쟁점주택의 양도에 대해 1세대 일시적 2주택 비과세를 부인하여 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2017.11.21. 취득한 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 보유하고 있던 중 2019.1.3. OOO(이하 “OOO아파트”라 한다)를 취득하고, 2019.9.9. OOO를 취득하였다. 이후 청구인은 OOO아파트를 2021.10.6.에 양도하고, 쟁점주택을 2021.11.29. 양도한 후 2022.2.28. 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 2주택 기본세율을 적용하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 수정신고․납부하였다가, 쟁점주택의 양도는 소득세법 시행령 제155조 제1항 의 일시적 2주택 비과세 대상이므로 당초 신고․납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 2022.4.1. 처분청에 제기하였고, 처분청은 청구인이 쟁점주택 양도일 현재 소득세법 시행령제154조 제5항의 2년 이상의 보유요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 2022.5.27. 청구인의 경정청구를 거부하였다.
  • 나. 청구인은 이에 불복하여 2022.7.26. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 국세기본법제15조는 세무공무원이 직무를 수행 할 때 신의에 따라 성실하게 하여야 한다고 규정하고 있는바, 기획재정부가 예고 없이 2021.11.2.에 발표하고 바로 시행한 새로운 유권해석에 근거하여 청구인의 쟁점주택 양도가 일시적 2주택 비과세 대상에 해당되지 아니한다고 본 처분청의 이 건 거부처분은 위 신의·성실의 원칙을 위배한 것으로서 위법․부당하다. (가) 국세기본법 집행기준15-0-2는 신의성실원칙에 대하여 일반적으로 조세법률 관계에서 과세관청의 행위에 대해 신의성실원칙이 적용되기 위한 요건으로 ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였을 것, ② 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없을 것, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하였을 것, ④ 과세관청이 예전의 견해표명에 반하여 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되었을 것을 규정하고 있다. 청구인이 쟁점주택 매매계약을 체결할 당시인 2021.10.24.에는 국세청 예규(사전-2021-법령해석재산-404, 2021.4.12., 이하 “쟁점예규”라 한다)에 따라 다주택자가 주택을 양도하고 남은 주택이 소득세법 시행령 제155조 제1항의 일시적 2주택 특례적용 대상인 경우, 종전의 주택을 양도할 때 소득세법 시행령 제154조 제1항 의 보유기간의 기산일은 종전의 주택 취득일이라고 해석하였고, 이에 따라 일시적 1세대 2주택자의 비과세 보유기간 기산일은 2021.11.2. 이전에는 쟁점예규에 따라 쟁점주택의 취득시기인 2017.11.21.로 보아야 하는 것이고, 청구인으로서는 새로운 유권해석(기획재정부 재산세제과–953, 2021.11.2., 이하 “새로운 예규”라 한다)이 나올 것을 예상할 수 없는 상황에서 쟁점주택의 양도에 대해서는 일시적 2주택 비과세 대상이 될 것으로 알고 쟁점주택 매매계약을 체결하였으므로 청구인에게는 어떠한 귀책사유도 없다. (나) 청구인은 쟁점예규에 따라 다주택자가 주택을 양도하고 남은 주택이 소득세법 시행령 제155조 제1항 의 일시적 2주택 특례적용 대상인 경우, 종전의 주택을 양도 할 때 소득세법 시행령 제154조 제1항 의 보유기간의 기산일은 종전의 주택 취득일이라는 해석에 따라 양도소득이 더 큰 쟁점주택을 일시적 1세대 2주택 양도소득세 비과세 대상으로 적용받기 위해 OOO아파트를 2021.10.6.에 먼저 양도한 후, 2021.10.24. 쟁점주택 매매계약을 체결하였고, 입출금 거래내역에서 확인되는 바와 같이 매수인 AAA의 배우자로부터 2021.10.14.에 임시계약금 OOO, 2021.10.15.에 2회에 걸쳐 각 OOO원, 합계 OOO원을 입금받고, 나머지 계약금 OOO원은 계약서 작성일인 2021.10.24.에 매수인 AAA로부터 입금받았다. (다) 청구인은 쟁점예규에 따라 쟁점주택을 양도하고 양도소득세 비과세로 신고하였다가 처분청으로부터 통보를 받아 2022.2.28. 수정신고ㆍ납부를 하였는바, 만약 2021.11.2. 발표된 기획재정부의 새로운 예규에 따라 2021.11.2. 이후 양도분 부터는 일시적 2주택자의 비과세 보유기간 기산일에 대하여 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 계산한다는 사실을 알았더라면 쟁점주택의 매매계약상 잔금지급일 또는 등기접수일을 앞당겨서라도 2021.11.1.까지 양도하였을 것이다. 또한 기획재정부의 새로운 예규에 따라 청구인은 이미 성립된 계약을 파기하고 계약금을 매수인에게 변상하여야 할 책임이 생기거나, 쟁점주택의 양도는 새로운 예규가 적용되는 2021.11.2. 이후 양도분이 되어 양도소득세로 OOO원을 부담하게 되었으므로 이는 국가의 일관성 없는 사전법령 해석에 따라 청구인에게 막대한 금전적인 손실을 끼치게 된 것이고, 과세관청이 예전의 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익을 침해되는 결과를 초래한 것이라 하겠다.

(2) 조정대상지역 공고일 이전에 주택 매매계약을 체결한 납세자에게는 종전의 규정을 따르도록 하는 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 제11호에 따르면, 종전주택이 조정대상 지역에 있는 상태에서 2019.12.17. 이후에 조정대상지역 내에 있는 신규주택을 취득하는 경우에는 1년 이내 세대전원이 이사 및 전입신고하고, 종전주택을 1년 이내 양도해야 일시적 1세대 2주택에 의한 비과세가 가능하지만, 2019.12.16. 이전에 매매계약을 체결 하는 경우에는 종전의 규정에 따르도록 하고 있다. 위 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제11호 는 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 확인되는 경우에는 2주택과 3주택 중과를 하지 않도록 규정하고 있는바, 청구인의 쟁점주택 양도는 새로운 해석이 있기 전에 매매계약을 체결하고 계약금을 받은 사실이 이 건 부동산매매계약서와 은행 입출금거래내역에서 확인되므로 쟁점주택의 양도에 대하여는 그 취득일을 2017.11.21.로 기산하여 일시적 1세대 2주택 비과세를 적용하여야 한다. 또한 보유기간 기산일에 대해 기획재정부의 새로운 예규는 해당 회신일(2021.11.2.) 이후 양도하는 분부터 적용된다고 하고 있는바, 처분청이 양도일을 잔금지급일 또는 등기접수일이라는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제1호 및 제2호를 적용한다면 이는 기획재정부 새로운 유권해석에서 회신일 이후 양도하는 분부터 적용한다는 취지에 어긋나는 것이라 하겠다. 따라서 소득세법 시행령 제154조 제5항 은 보유기간의 계산은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 하고(다만 일시적 1세대 2주택에 해당되는 경우에는 제외) 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 계산한다고 규정하고 있는바, 청구인은 2017.11.21. 쟁점주택을 취득하여 그 보유기간이 2년 이상으로서 일시적 1세대 2주택에 해당된다.

(3) 청구인이 쟁점주택 매매계약을 체결할 당시인 2021.10.24.에는 기획재정부의 새로운 예규가 발표되기 이전임에도 불구하고 처분청이 쟁점주택의 양도 또한 일괄적으로 2021.11.2. 이후 양도 분으로 보아 취득시기 기산일을 OOO아파트 양도일(2021.10.6.)로 본 것은 국세기본법상 신의성실원칙에 위배될 뿐만 아니라, 같은 법 제18조 제3항에 대한 해석 및 과세관행상 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 본다는 세법 해석기준에도 맞지 않는 것이다. 또한 쟁점예규가 2021.12.8. 삭제된 이유를 보면 “기획재정부의 해석 적용이전 사례이기는 하나, 기획재정부 해석과 상충되는 것”이라고 하고 있는바, 청구인이 쟁점주택 매매계약을 체결할 당시에는 위 기획재정부의 해석 적용 이전으로 일시적 1세대 2주택 비과세를 적용받을 것으로 알고 있었고, 잔금지급일 전에 기획재정부가 새로운 예규를 발표함에 따라 갑자기 양도소득세를 부담하게 된 것이다. 한편 세법이 개정되기 전에 매매계약이 성립된 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 않도록 하기 위해 소득세법 시행령 제154조 제1항 제5호 및, 제155조 제1항 제2호, 제167조의3 제1항 제11호의 규정을 마련하여 ‘매매계약을 체결하고 계약금을 지급’한 납세자를 보호하고 있는 위 규정의 취지를 고려하면 이 건 처분청의 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 기획재정부 예규(재산세제과-953, 2021.11.2.)에 의하면, 2021.1.1. 현재 3주택을 보유 중인 1세대가 1주택을 양도한 후 남은 2주택 중 먼저 취득한 주택을 양도하는 경우로서 소득세법 시행령 제155조 제1항 에 따른 일시적 2주택에 해당하는 경우, 양도하는 주택의 소득세법 시행령 제154조 제1항 에 보유기간 기산일은 직전주택의 양도일이고, 위 예규 회신일(2021.11.2.) 이후로 양도하는 분부터 적용된다고 명시하고 있는바, 쟁점주택의 양도는 양도일(2021.11.29.) 현재 일시적 2주택 비과세 요건을 충족하지 않은 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다. (가) 소득세법의 일부 개정에 따라 자산의 보유기간 계산에 관한 규정인 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서가 추가되었고, 부칙(제29523호, 2019.2.12.)에 따라 2021.1.1. 양도분부터 시행되었다. 또한 청구인이 제시한 쟁점예규는 기획재정부의 새로운 예규 이전의 국세청 유권해석 사례로 일시적 2주택자의 양도소득세 비과세 보유기간 기산일과 관련하여 오인할 소지가 있어 세법 해석 정비대상으로 분류되어, 서면-2021-부동산-824(2021.3), 사전-2021-법령해석재산-0297(2021.6.30.)과 함께 2021년 12월 삭제되었다. 한편 신의성실의 원칙은 납세자의 신뢰보호라는 점에 그 법리의 핵심적 요소가 있는 것으로, 기획재정부의 새로운 예규는 당초 세법개정의 입법 취지인 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례 합리화에 부합하도록 종전의 유권해석상의 내용을 정비하여 다만 그 법률적 해석이 달라진 것에 불과한 점, 기왕에 종전의 유권해석을 신뢰하여 쟁점예규 생성일 이전에 납세의무가 성립하여 양도소득세를 비과세로 신고한 납세자의 신뢰를 보호하기 위한 것인 점, 쟁점예규는 회신일(2021.11.2.) 이후 양도하는 분부터 적용한다고 명시하고 있는 점 등을 고려하면 기획재정부의 새로운 예규가 신의성실 및 신뢰보호 원칙에 위배된다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다. (나) 청구인은 쟁점예규의 적용에 있어서, 조정대상 공고일 이전에 주택매매계약을 체결한 납세자에게는 종전의 규정을 따르도록 하는 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 및 제167조의3 제1항 제11호의 규정처럼 해석되어야 한다고 주장한다. 그러나 소득세법 시행령 제155조 는 국내에 1주택을 소유한 1세대가 종전주택을 양도하기 전에 신규주택 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우에도 이를 1세대 1주택으로 보아 소득세법 시행령 제154조 제1항 을 적용하는 1세대 1주택의 특례규정으로, 종전주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득한 경우에는 소득세법 시행령 제155조 제1항 각호 외의 부분 및 같은 조 같은 항 제2호 각 목의 요건을 모두 충족하는 경우에 한해 종전주택을 1세대 1주택으로 보아 비과세를 적용하는 것이고, 청구인이 주장하는 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 의 괄호부분은 조정대상지역의 신규주택을 취득한 것으로 보지 않는 예외규정에 대한 설명이어서 소득세법 시행령 제154조 제5항 에 따른 요건(1세대 1주택 비과세 특례 적용 시 보유기간 계산 규정)과는 무관한 것이다. 또한 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제11호 는 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택의 경우에는 당해 주택의 양도 시 다주택 중과에서 제외되는 주택에 해당한다는 “다주택자 중과배제" 규정으로서 이를 소득세법 시행령 제154조 제5항 에 따른 요건(1세대 1주택 비과세 특례 적용 시 보유기간 계산 규정)의 해석에도 적용해야 한다는 청구주장은 근거가 없는 것이다. (2) 소득세법 제98조 는 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제162조는 소득세법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”에 대한 열거 조항이고, 기획재정부 새로운 예규가 예규 회신일인 2021.11.2. 이후 양도 분부터 적용한다고 명시하고 있는 점 등을 고려하면, 소득세법 시행령 제162조 제1항 제1호 및 제2호의 내용과 부합되지 않는다는 청구주장은 부당하고, 쟁점주택의 양도일(2021.11.29.) 현재 소득세법 시행령 제155조 제1항 및 같은 법 시행령 제154조 제1항에 의거 청구인이 일시적 2주택 비과세 요건을 충족하지 않은 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점주택이 일시적 2주택 비과세 요건에 해당하는지 여부
  • 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제15조【신의 성실】납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. (2) 소득세법 제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  • 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
  • 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제95조【양도소득금액】④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다. 제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. 제104조【양도소득세의 세율】⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(괄호 생략)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다. (3) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 일부개정된 것) 제154조【1세대1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년)이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2 주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분[양도, 증여 및 용도변경(건축법 제19조 에 따른 용도변경을 말하며, 주거용으로 사용하던 오피스텔을 업무용 건물로 사실상 용도변경하는 경우를 포함한다)하는 경우를 말한다. 이하 이 항에서 같다] 한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다. 부칙 <제29523호, 2019.2.12.> 제1조【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정 규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

3. 제154조 제5항의 개정규정: 2021년 1월 1일 제154조(2021.2.19. 대통령령 제31472호로 개정된 것)【1세대 1주택의 범위】⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분[양도, 증여 및 용도변경(건축법 제19조 에 따른 용도변경을 말하며, 주거용으로 사용하던 오피스텔을 업무용 건물로 사실상 용도변경하는 경우를 포함한다)하는 경우를 말한다. 이하 이 항에서 같다]한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다. 제155조【1세대1주택의 특례】① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호․제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수 되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

1. 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

2. 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득 [조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증명서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다] 하는 경우에는 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 경우. 다만, 신규 주택의 취득일현재 기존 임차인이 거주하고 있는 것이 임대차계약서 등 명백한 증명서류에 의해 확인되고 그 임대차기간이 끝나는 날이 신규 주택의 취득일부터 1년 후인 경우에는 다음 각 목의 기간을 전 소유자와 임차인간의 임대차계약 종료일까지로 하되, 신규 주택의 취득일부터 최대 2년을 한도로 하고, 신규 주택 취득일 이후 갱신한 임대차계약은 인정하지 않는다.

  • 가. 신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하고 주민등록법 제16조 에 따라 전입신고를 마친 경우
  • 나. 신규 주택의 취득일부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우 제167조의3【1세대 3주택 상에 해당하는 주택의 범위】① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. 11. 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 주택 취득․양도 현황 및 흐름은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구인의 주택 취득 및 양도 현황 OOO

(2) 청구인은 2022.2.28. 쟁점주택의 양도에 대하여 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 장기보유특별공제 OOO원으로 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 수정신고․납부하였다가 쟁점주택의 양도는 일시적 2주택 비과세 적용대상이라는 취지로 2022.4.1. 처분청에 경정청구를 하였다. (3) 소득세법 시행령 제․개정이유에 의하면, 2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 소득세법 시행령제154조 제5항은 다주택을 보유한 기간은 1세대 1주택 보유기간에서 제외하여 다주택자의 투지적 주택수요를 완화하기 위하여 1세대가 2주택 이상을 보유한 경우 다른 주택들을 모두 양도하고 최종적으로 1주택만 보유하게 된 날로부터 보유기간을 기산하고, 다만 기존 다주택자가 1주택자로 된 세대의 신뢰이익을 보호하고 매물잠김 현상을 최소화하기 위하여 2년간 적용을 유예하여 2021.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용<부칙 제29523호, 2019.2.12. 제1조 제3호)하였다.

(4) 국세청 예규(사전-2021-법령해석재산-404, 2021.4.12.) 내용은 아래와 같고, 위 예규는 2021.12.8. “기재부 해석 적용 이전 사례이기는 하나, 기재부 해석과 상충되는 것으로 오인할 소지지 있어 정비함”이라는 이유로 삭제되었는바, 청구인은 쟁점주택의 매매계약일은 위 예규가 삭제되기 전인 2021.10.24.으로서 국세청 예규를 신뢰하여 한 법률행위는 보호되어야 하므로 쟁점주택의 보유기간 기산일은 쟁점주택 취득일로 보아야 한다고 주장한다. OOO

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2019.2.12. 개정된 소득세법 시행령 제154조 제5항 에서는 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따르고, 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2 주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다고 규정하고, 부칙(제29523호, 2019.2.12.)에 따라 2021.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용되었는바, 청구인은 2021.10.6. 청구인이 소유하고 있었던 3주택 중 1주택을 처분하고 2021.11.29. 쟁점주택을 처분하였으므로 처분청이 소득세법 시행령제154조 제5항을 적용하여 쟁점주택의 보유기간 기산일을 2021.10.6.로 보아 쟁점주택의 양도에 대해 1세대 일시적 2주택 비과세를 부인하여 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다[나아가 소득세법 시행령제155조 제1항에서 일시적 2주택에 대해서만 비과세특례를 적용하도록 규정하고 있으므로 이 건처럼 해당 조항에서 정한 기간(대체주택 취득 후 3년 이내에 종전주택을 양도하는 것 등) 내에 3주택이 된 세대에 대해 해당 특례가 적용된다고 보기도 어려움]. 한편 청구인은 국세청의 2021.4.12.자 유권해석이 기획재정부 예규가 나온 이후인 2021.12.8. 삭제되었고, 청구인이 쟁점주택 양도계약을 체결한 것은 위 국세청 유권해석이 삭제되기 이전인 2021.10.24.이므로 국세청 유권해석을 믿고 쟁점주택 양도계약을 체결한 청구인의 신뢰이익은 보호되어야 한다고 주장하나, 신의성실의 원칙이나 소급과세금지의 원칙이 적용되기 위한 요건의 하나인 “과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하였다”는 사실은 납세자가 주장ㆍ입증하여야 한다고 보는 것이 상당한바(대법원 1992.3.31. 선고, 91누9824 판결 참조), 위 삭제된 국세청의 유권해석은 조정대상지역에 3주택을 소유하고 있는 1세대가 1주택을 양도(과세)한 후, 소득세법 시행령(2021.2.19. 대통령령 제31472호로 개정된 것) 제155조 제1항에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우에 같은 법 시행령 제154조 제5항에 따른 보유기간 기산일에 대한 일반적인 견해표명에 불과할 뿐, 쟁점주택의 양도에 대하여 과세관청이 이를 일시적 2주택 특례 적용 대상에 해당한다는 공적인 견해를 표명한 것으로 인정하기는 어려우므로 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)