조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점토지가 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하는지 여부

사건번호 조심-2022-광-7027 선고일 2022.11.29

처분청이 소득세법 시행령 제168의14 제3항에 따라 청구인이 상속에 의하여 취득한 쟁점토지를 상속개시일(14.10.18.)로부터 5년 이내에 양도하였다는 이유로 이를 비사업용토지에서 제외하였다 할지라도, 앞서 살펴본 바와 같이 조세특례제한법 제69조의 감면요건을 충족하지 아니한 이상 양도소득세 감면대상에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 8년 이상 자경농지에 의한 감면적용을 부인한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2014.10.18. 상속을 원인으로 아버지 AAA(이하 “피상속인”이라 한다)으로부터 취득한 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2019.9.10. 매매를 원인으로 OOO원에 양도한 후, 2021.1.23. 양도소득세 기한 후 신고시 조세특례제한법제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 양도소득세 감면신청OOO을 하였다.
  • 나. 처분청은 2022.4.7.부터 2022.4.26.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점토지는 조세특례제한법 시행령제66조 제4항 제1호의 ‘국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지’이므로 조세특례제한법제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니한다고 보아 2022.6.13. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정․고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.7.13. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2014.10.18. 피상속인이 경작하던 쟁점토지를 상속받아 2019.9.10. 양도시까지 경작하였는바, 청구인과 피상속인의 자경기간을 합산하면, 8년 이상이 된다.

(2) 쟁점토지는 도로예정지구에 포함되어 약 20여년간 재산권 행사에 제약을 받아왔는데, 이는 소득세법 시행령제168조의14 제1항 제1호의 “토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지”로서, 사업용토지에 해당한다. 국세청 질의회신(2021.2.15.)에 따르면, “토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지인 경우 사용이 금지 또는 제한된 기간을 비사업용토지가 아닌 것으로 보아 기간기준을 적용하여 판단하는 것이나 토지 본래의 용도로 사용이 금지 또는 제한되지 아니하는 경우에는 소득세법 시행령제168조의14 제1항 제1호를 적용할 수 없다”고 되어있는바, 이에 따르면 쟁점토지는 사업용토지에 해당되고, 토지 본래의 용도인 농지로서 8년 이상 사용되었다 할 것이므로 8년 이상 자경농지에 대한 감면대상에 해당한다.

(3) 따라서, 도로예정지구에 포함되어 약 20여년간 토지소유자의 재산권이 침해되었고, 그 기간 농지로서 사업용토지로 인정되었다면, 8년 이상 자경농지에 해당하므로, 토지이용계획상 주거지역에 속한 토지라는 이유로 8년 이상 자경농지에 의한 감면적용을 배제하는 것은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 처분청이 소득세법제104조의3 규정에 따라 쟁점토지를 비사업용토지가 아닌 것으로 판단한 이상, 조세특례제한법제69조에 따른 자경농지 감면규정도 적용되어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나, 조세특례제한법제69조에서 정한 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정의 입법목적은 경자유전의 원칙을 국가의 의무로 천명하는 헌법 제121조 제1항에 따라 외지인의 농지투기를 방지하고 8년 이상 자경한 농민의 조세부담을 덜어주어 농업․농촌을 활성화하는데 있고, 소득세법제104조의3에서 정한 비사업용토지에 대한 규정의 입법목적은 개인이 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 보유하다가 양도하는 토지를 비사업용토지로 분류하여 양도소득세를 중과함으로써 토지에 대한 투기수요를 억제하고 국토의 균형있는 이용․개발과 보전을 실현하려는데 있는바, 비사업용토지인지 여부와 8년 이상 자경감면대상에 해당하는지 여부는 각각 판단하여야 한다.

(2) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바OOO, 쟁점토지의 소재지는 1981년 시의 동지역OOO으로 지정된 후 1996.11.21.에 주거지역에 편입된 것으로 확인되고, 주거지역 편입일로부터 3년이 경과하였으므로 쟁점토지는 피상속인과 상속인의 8년 재촌․자경여부와 무관하게 조세특례제한법제69조에서 정한 감면대상 농지에 해당하지 아니한다.

(3) 참고로, 재산세 과세내역에 따르면, 쟁점토지의 전체면적(1,314㎡) 중 1,167.4㎡(2014~2015년) 내지 1,196.5㎡(2016~2019년)는 주거지역에 소재한 농지로서 종합합산과세 되었고, 나머지 토지(146.6㎡ 내지 117.5㎡) 만 도로예정지구로 지정되어 재산세가 감면된 것으로 확인되는바, 전체면적이 도로예정지구로 지정되었다고 주장하는 것은 사실과 다르고, 쟁점토지가 법령상 사용이 제한되어 있어 소득세법 시행령제168조의14 제1항 제1호에 따라 비사업용토지에서 제외한 것이 아니라, 주거․상업․공업지역에 소재한 농지라고 하더라도 상속개시일로부터 5년 이내에 양도한 경우에 해당되어 같은 법 시행령 제168조의14 제3항 제4호 나목에 따라 비사업용토지에서 제외한 것이다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점토지가 조세특례제한법제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하는지 여부
  • 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16009호로 개정된 것) 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2019.7.30. 대통령령 제30005호로 개정된 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

  • 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 “대규모개발사업”이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
  • 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우
  • 다. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

2. 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 소득세법 제95조 제1항 에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 계산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가를 양도 당시의 기준시가로 보며, 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득하거나 양도한 경우 또는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.(계산식 생략)

⑧ 법 제69조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우”란 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 당해 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 휴업ㆍ폐업하거나 해산하는 경우

2. 당해 토지를 3년 이상 경작하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우

⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)

2. 피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간

(3) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정된 것) 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지 제104조의3(비사업용 토지의 범위) ① 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

  • 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
  • 나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ특별자치시(특별자치시에 있는 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ특별자치도(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역(지방자치법 제3조 제4항 에 따른 도농 복합형태인 시의 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (4) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 것) 제168조의14(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ③ 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

4. 법 제104조의3 제1항 제1호 나목에 해당하는 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 농지

  • 가. 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)
  • 나. 상속에 의하여 취득한 농지로서 그 상속개시일부터 5년 이내에 양도하는 토지

5. 그 밖에 공익ㆍ기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 양도소득세 신고 및 처분청의 경정내역은 아래 OOO와 같다.

(2) 처분청의 청구인에 대한 양도소득세 조사종결보고서(2022년 4월)의 주요내용은 다음과 같다. (가) 토지이용계획확인서에 의하면, 쟁점토지는 도시지역 중 준주 거․제2종 일반주거지역에 속해 있고, 정주읍이 1981년 시로 승격되어, 쟁점토지 소재지가 시의 동지역OOO으로 지정된 후, 쟁점토지가 1996.11.21. 주거지역으로 편입된 것으로 OOO 등에서 확인되는바, 쟁점토지는 주거지역 편입일로부터 3년이 경과한 농지이고, 조세특례제한법 시행령제4항 제1호 각 목에 해당하지 아니하므로 피상속인 및 상속인의 8년 이상 재촌․자경여부와 관련 없이 감면대상 농지에 해당하지 아니한다. (나) 쟁점토지는 도시지역 안의 농지라고 하더라도 상속에 의하여 취득한 농지로서 그 상속개시일(2014.10.18.)로부터 5년 이내에 양도(2019.9.10.)하였으므로 비사업용토지의 중과세율 적용대상에 해당하지 아니한다(소득세법 시행령제168의14 제3항 제4호 나목).

(3) 청구인은 국세청 질의회신(2021.2.15.)에 의하면, 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지인 경우 사용이 금지 또는 제한된 기간을 비사업용토지가 아닌 것으로 보아 기간기준을 적용하여 판단하는 것이나 토지 본래의 용도로 사용이 금지 또는 제한되지 아니하는 경우에는 소득세법 시행령제168조의14 제1항 제1호를 적용할 수 없다고 되어 있으므로, 8년 자경 감면대상에 해당하는 것으로 보아야 한다고 주장하고 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 조세특례제한법제69조 제1항은 농지 소재지 거주자가 8년 이상 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하되, 다만 해당 토지가 주거지역등에 편입된 경우에는 주거지역등에 편입된 날까지 발생된 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, 동 규정의 위임을 받은 같은 법 시행령 제66조 제4항은 양도일 현재 시에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역․상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지는 양도소득세 감면대상 농지에서 제외한다고 규정하고 있다. (나) 청구인은 자신과 피상속인의 경작기간을 통산하면 쟁점토지를 8년 이상 경작하였고, 해당 토지가 사업용토지로 인정된 이상 8년 이상 자경감면 요건을 충족한 것으로 보아야 한다는 취지로 주장하나, 자경농지의 경우에도 양도일 현재 시(동)에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지에 대하여는 조세특례제한법제69조의 자경농지에 대한 양도소득세의 감면규정을 적용받을 수 없는 바, 쟁점토지는 양도일 현재(2019.9.10.) OOO에 소재하는 농지로서 청구인이 쟁점토지를 취득하기 전인 1996.11.21. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따라 주거지역에 편입되었고 그로부터 3년이 경과하였으므로 조세특례제한법 제69조 에 의한 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당한다고 보기 어려운 점, 처분청이 소득세법 시행령제168의14 제3항에 따라 청구인이 상속에 의하여 취득한 쟁점토지를 상속개시일(2014.10.18.)로부터 5년 이내에 양도하였다는 이유로 이를 비사업용토지에서 제외하였다 할지라도, 앞서 살펴본 바와 같이 조세특례제한법제69조의 감면요건을 충족하지 아니한 이상 양도소득세 감면대상에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 8년 이상 자경농지에 의한 감면적용을 부인한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)