3. 심리 및 판단
① 청구법인이 특수관계법인에게 쟁점공사용역을 저가로 제공한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 과세한 처분의 당부
② 청구법인이 지급한 일용노무비를 가공노무비로 보아 과세한 처분의 당부
(1) 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.
③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
- 가. 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우
- 나. 주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택(기획재정부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우
② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계인인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.
③ 제1항 제1호·제3호·제6호·제7호 및 제9호(제1항 제1호·제3호·제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다. 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.
② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.
1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.
2. 상속세 및 증여세법 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.
④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.
2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 "원가"라 한다)과 원가에 당해 사업연도중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액
(1) 쟁점공사의 시가 산정과 관련하여 청구법인은 <표3>과 같이 12개 공사의 평균 수익률 15.98%를 적용하는 것이 타당하다고 주장하고 있고, 처분청은 공사기간 및 도급금액 등의 차이를 근거로 그 중 OOO의 수익률인 24.08%를 적용하였는바, 청구법인과 처분청의 계산방식에 따른 시가를 비교하면 <표6>과 같다. <표6> 청구법인과 처분청의 시가 산정 내역 비교 (단위: 백만 원)
(2) 청구법인은 <표3>의 공사 중 수익률이 높은 것으로 나타난 OOO공사는 청구법인이 계약상대방에게 자금을 대여하여 계약에서 우월적 지위에 있었기 때문에 수익률이 높게 산정된 것이라고 주장하며, OOO공사의 계약 상대방인 ㈜GGG 및 OOO공사의 계약 상대방인 HHH과 각 체결한 금전 소비대차 계약서를 제출하였다. <그림1> 청구법인이 제출한 금전 소비대차 계약서
(3) 청구법인은 쟁점노무비와 관련하여 <표7>과 같이 현장소장들에게 노무비를 지급하였다고 주장하며, 금융거래 내역 및 일용노무비 지급 명세서 등을 제출하였다. <표7> 쟁점노무비 관련 청구법인이 제출한 현장소장 명단 <표8> 청구법인이 제출한 쟁점노무비 관련 금융거래 내역 등 일부
(4) 처분청이 제출한 조사종결보고서 등에 따르면, 처분청은 청구법인과 유사업종 업체의 중복일용 근로자, 청구법인의 근로자 가족 등의 사유가 확인되는 일용근로자들에 대한 노무비를 가공노무비로 판단하였고, 청구법인은 이 건 세무조사와 관련하여 쟁점노무비가 실제 일용근로용역을 제공받은 사실이 없는 가공 노무비에 해당한다는 내용의 확인서를 제출하였음이 확인된다(<그림2>와 유사한 내용으로 2016년, 2017년, 2019년 귀속분에 대하여 모두 확인서가 제출되었음). <그림2> 쟁점노무비 관련 청구법인 확인서
(5) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점공사와 ‘유사한 용역제공거래’의 수익률을 일반적이고 정상적인 교환가치로 보아 쟁점공사의 최소 실현가능한 수익률인 OOO공사의 수익률을 기준으로 시가를 산정하였는바, 이 건 처분은 적법하다는 의견이나, 법인세법상 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 시가에 대한 주장·증명책임은 과세관청에 있는 것인바(대법원 2017.2.3. 선고 2014두14228 판결, 같은 뜻임), 처분청은 쟁점공사가 2015〜2016년 2개 연도에 걸쳐 진행되었음을 이유로 2015년 1개 연도에 진행된 공사 등을 공사기간이 일치하지 않는 것으로 보아 수익률 산정 대상에서 제외하였는데, 2015년 1개 연도에만 진행된 공사라 할지라도 이는 쟁점공사의 공사기간에 포함되는 것이므로 쟁점공사와 공사기간이 다른 것으로 보기는 어렵고, 2016년에 정책 변동 및 원자재 가격 변동 등으로 공사 수익률에 변동이 생길만한 사정이 있었다면 2015년에만 진행된 공사들을 수익률 산정 대상에서 제외하는 것에 타당성이 있는 것으로 볼 여지가 있으나, 처분청이 그러한 사정이 있었다는 점을 입증할만한 증빙을 제출하지 아니한 점, 또한 처분청은 2016년 OOO등 4개 공사(공사금액 최대 OOO원)의 경우 도급금액이 일정 규모 이하라는 이유로 수익률 산정 대상에서 제외하였는데, ‘일정 규모 이하’의 기준이 명확하지 않고, 일정 규모 이하의 공사를 수익률 산정 대상에서 제외하여야 할 근거도 명확하지 않은 점 등에 비추어 청구법인이 특수관계법인에게 쟁점공사 용역을 시가보다 낮은 가액으로 제공한 것으로 보아 처분청이 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 건설현장의 피치 못할 관행에 따라 현장소장이 청구한 노무비를 현장소장의 금융계좌로 이체 하였는바, 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 부분의 거래가 가공거래임을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없는 것이고(대법원 2002.12.6. 선고 2001두2560 판결, 같은 뜻임), 청구법인은 쟁점노무비가 실제 일용근로용역을 제공받은 사실이 없는 가공 노무비에 해당한다는 내용의 확인서를 제출한 점, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것인바(대법원 1992.7.28. 선고 91누10909 판결, 같은 뜻임), 처분청이 가공노무비로 판단한 금액은 청구법인과 유사업종 업체의 중복일용 근로자, 청구법인의 근로자 가족 등 허위 계상 노무비로 추정할만한 사유가 확인되는 금액인데 반해, 청구법인은 쟁점노무비가 실제로 일용직 근로자에게 지급되었음을 입증할만한 증빙을 제출하지 아니한 점 등에 비추어 위의 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.