조세심판원 심판청구 종합소득세

세무조사 당시 임의로 제출받은 서류에 기재된 내용에 근거하여 청구인들에게 부가가치세 등을 부과한 처분은 정당함

사건번호 조심-2022-광-6807 선고일 2023.09.19

이 사건 세무조사 과정에서 이 사건 서류를 보관하고 있던 AAA 대표이사 정주성 등의 입회하에 세무대리인, BBB, AAA 직원이 이 사건 서류를 확인하고 이를 임의로 제출받은 것은 국세기본법령상 절차를 위반한 것이라 보기 어려운 점, 달리 이 사건 세무조사가 국세기본법령 등을 위반하여 이루어졌다고 볼 만한 정황이 확인되지 아니하는 점 등에 비추어 이와 다른 취지의 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨

[ 세 목 ] 종합소득 [ 결정유형 ] 기각 [ 문서번호 ] 조심-2022-광-6807(2023.09.19) [ 전심번호 ] [ 제 목 ] 세무조사 당시 임의로 제출받은 서류에 기재된 내용에 근거하여 청구인들에게 부가가치세 등을 부과한 처분은 정당함 [ 요 지 ] 이 사건 세무조사 과정에서 이 사건 서류를 보관하고 있던 AAA 대표이사 정주성 등의 입회하에 세무대리인, BBB, AAA 직원이 이 사건 서류를 확인하고 이를 임의로 제출받은 것은 국세기본법령상 절차를 위반한 것이라 보기 어려운 점, 달리 이 사건 세무조사가 국세기본법령 등을 위반하여 이루어졌다고 볼 만한 정황이 확인되지 아니하는 점 등에 비추어 이와 다른 취지의 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨 [ 결정내용 ] 결정 내용은 붙임과 같습니다. [

관련법령

] 국세기본법 제81조의10 [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인 AAA·BBB은 2014년경부터 2019.12.31.까지, 청구인 CCC는 2014년경부터 2018.9.30.까지 각 OOO에서 “OOO성형외과의원”이라는 상호의 성형외과의원(이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 공동으로 운영(2014년부터 2018.9.30.까지 손익분배비율은 AAA:BBB:CCC = 40:30:30, 청구인 CCC가 탈퇴한 이후인 2018.10.1.부터 2019.12.31.까지 손익분배비율은 AAA:BBB = 50:50)하였다.
  • 나. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2021.12.7. 국세기본법제81조의6 제3항 제4호의 규정에 따라 청구인 AAA·BBB의 2018.1.1.부터 2019.12.31.까지 과세기간에 대한 개인제세 통합조사(이하 “이 사건 세무조사”라 한다)를 개시하였고, 세무조사 과정에서 세무공무원은 이 사건 세무조사와 동시에 세무조사 개시된 주식회사 AAA(이하 “주-AAA”라 한다)의 OOO 소재 OOO(이하 “이 사건 건물”이라 한다) 4층 사업장에서 쟁점사업장의 금전출납부 및 2018년부터 2019년까지 진료기록부(이하 “이 사건 서류”라 한다)를 발견하고, 청구인 AAA·BBB이 2020.1.1.부터 개업하여 운영하고 있는 OOO의원의 재무팀 부장 DDD으로부터 일시보관 서류 등의 목록에 서명을 받아 이 사건 서류를 일시보관하였다.
  • 다. 조사청은 위 세무조사 결과 청구인들이 2018년부터 2019년까지 아래 <표1>과 같이 쟁점사업장의 수입금액 OOO원(이하 “이 사건 매출누락액”이라 한다)에 대한 신고를 누락한 사실을 확인하고 2022.3.25. 청구인들에게 세무조사 결과통지서를 발송하는 한편, 쟁점사업장 관할세무서장(OOO서장)에게 과세자료를 통보하였고, 이 사건 매출누락액에서 부외원가 인정금액(2018년 인건비 및 외국인환자 소개수수료 합계 OOO원)을 제외하여 소득금액을 확정한 후 청구인들의 각 주소지 관할 세무서장(OOO서장, OOO서장, OOO서장)에게 과세자료를 통보하였다. <표1> 이 사건 매출누락액 내역 ㅇㅇㅇ
  • 라. 이에 따라 처분청은 2022.4.20. 청구인들에게 <별지2> 기재와 같이 2018년 귀속 부가가치세 등 합계 OOO원 등을 경정·고지하였다.
  • 마. 청구인들은 이에 불복하여 2022.6.23. 각각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인들 주장

(1) 이 사건 세무조사는 국세기본법, 지방세기본법 및 조사사무처리규정을 위반한 위법한 세무조사로서, 이 사건 세무조사 당시 위법하게 확보한 이 사건 서류에 기재된 내용을 바탕으로 한 이 건 부과처분은 취소되어야 한다. (가) 세무조사 공무원들은 납세자인 청구인들, 이 사건 서류의 소지자, 보관자 등 정당한 권한이 있는 자로부터 이 사건 서류를 제출받지 않았고, 그러한 권한자로부터 이 사건 서류의 일시보관에 관한 동의를 받은 사실도 없다.

1. 이 사건 세무조사 당일 오전 세무공무원들은 청구인 AAA·BBB이 근무하고 있는 OOO 사업장에 방문하였고, OOO 대표원장으로 재직하고 있는 청구인 BBB은 세무공무원들에게 OOO의 재무팀이 이 사건 건물의 5층에 있으므로 OOO의 재무팀 부장(DDD 부장)과 함께 이 사건 건물 5층에 방문하라는 취지로 얘기하였는바, 담당 세무공무원들은 이 사건 건물 5층을 둘러본 뒤 OOO의 재무팀 서류를 살펴보고, 그 중 일부 서류들을 추려 DDD 부장에게 일시보관 서류 등의 목록을 제시한 후 일시보관증을 교부하였다.

2. 이후 이 사건 세무조사 당일 담당 세무공무원들은 이 사건 건물 4층에 위치한 주-AAA의 빈 회의실(이하 “이 사건 회의실”이라 한다)에서 이 사건 서류를 발견하고 가져갔는데, 시간대별 이 사건 서류의 취거 경과는 아래 <표2>와 같다. <표2> 이 사건 서류 일시보관 경과 ㅇㅇㅇ

3. 위 <표2>의 타임라인과 같이 세무공무원이 이 사건 서류의 내용을 확인하고 이를 취거하고자 할 당시 주-AAA의 EEE 이사는 이 사건 건물 4층에서 근무하고 있거나 또는 해당 회의실에 배석한 사실은 있으나, EEE 이사는 청구인들로부터 이 사건 세무조사와 관련하여 어떠한 위임도 받지 아니하였다. EEE 이사는 주-AAA의 대표이사로 재직하고 있을 뿐 쟁점사업장이나 OOO의 세무에 관한 자세한 사항을 알지 못한다.

4. 또한 세무공무원이 이 사건 회의장에서 확보한 서류 등에 관하여 OOO의 재무팀 부장인 DDD 부장에게 이 사건 서류가 기재된 일시보관 서류 등의 목록을 제시한 뒤 해당 서류들을 가져가야 하니 날인을 해야 한다고 요구하였고, 그에 따라 DDD 부장이 서명을 한 사실은 있으나, DDD 부장 역시 쟁점사업장과 관련한 사안에 관하여 청구인들로부터 어떠한 대리권도 수여받지 아니하였다. DDD 부장은 OOO에 소속된 자에 불과하고 쟁점사업장의 과세자료에 대하여 알지 못한다.

5. 아울러 세무공무원들은 이 사건 회의장에서 이 사건 서류를 취거하여 갈 당시 ‘OOO(OOO 건물)로 가서 청구인 BBB으로부터 동의서를 받아야 하지 않는가’라는 취지의 말을 하면서도 실제 청구인들로부터 동의서를 받지 아니한 채 DDD 부장에게 이 사건 서류가 기재된 일시보관 서류 등의 목록을 제시하며 “여기에 사인하시라”고 하였고, DDD 부장은 세무조사에 협조하지 않으면 안될 것만 같아 본인의 서명을 기재하게 된 것이다.

6. 하급심 판결례 중 본 사안과 매우 유사한 사안에서 아래와 같은 이유로 위법한 세무조사에 기하여 취득한 자료를 바탕으로 내려진 과세처분 역시 위법하므로 취소되어야 한다고 판시(OOO 판결)한 사실이 있고, 해당 판결과 본 사안은 세무조사가 위법하다는 점에 관한 사실관계가 사실상 동일하다.

7. 이와 같은 사정을 종합해 볼 때, 세무공무원들은 납세자인 청구인들로부터 이 사건 서류의 일시보관 등에 관하여 동의를 받은 사실이 없음이 명백하고, OOO 재무팀에 근무하고 있는 DDD 부장을 이 사건 서류의 소지자 또는 보관자로도 볼 수 없으므로 이 사건 서류의 임의제출에 관하여 동의를 받지 않았음을 확인할 수 있다. 따라서 담당 세무공무원들이 국세기본법제81조의10, 지방세기본법제84조의2 등에서 정한 장부 등의 보관 절차를 위반하여 이 사건 서류를 취거해 간 바, 이 사건 세무조사에는 중대한 하자가 있다고 볼 수밖에 없다. (나) 세무공무원은 이 사건 서류를 일시보관하면서 국세기본법령, 지방세기본법령 및 조사사무처리규정에 따른 절차를 준수하지 않았다.

1. 세무공무원이 이 사건 서류와 같은 납세자의 서류를 일시보관하려면, 국세기본법제81조의10 제2항 및 제3항에 따라 (i) 해당 세무조사가 제81조의6 제3항 각 호의 어느 하나의 사유에 해당하는 경우일 것, (ii) 조사 목적에 필요한 최소한의 범위에 한정할 것, (iii) 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자가 해당 장부 등을 임의로 제출할 것, (iv) 납세자로부터 일시보관 동의서를 받을 것, 그리고 (v) 납세자에게 일시보관증을 교부할 것의 요건을 충족하여야 하고, 조사사무처리규정 제40조 제2항에 따라 (i) 이 사건 세무조사가 국세기본법제81조의6 제3항 각 호의 어느 하나의 사유에 해당할 것, (ii) 납세자의 증거인멸 우려 등으로 세무조사의 목적을 달성할 수 없다고 판단될 것, (iii) 조사관할 지방국세청장의 승인이 있을 것 그리고 (iv) 납세자 등의 동의가 있을 것의 절차를 거쳐야 한다. 아울러 세무공무원은 납세자, 이 사건 서류의 소지자 또는 보관자에 대하여 국세기본법 시행령제63조의11 제1항에 규정된 사항을 설명한 후 장부 등 일시보관 안내 확인 동의서, 일시보관증, 일시보관 서류 등의 목록 및 장부·서류 등 반환요청서를 교부하여야 한다. 또한 세무공무원은 지방세기본법령에 따라 납세자, 소지자 또는 보관자가 이 사건 서류를 임의제출하지 않는 경우 납세자로부터 이 사건 서류에 관하여 일시보관 동의서를 받아야 한다.

2. 그런데 담당 세무공무원은 청구인들 또는 이 사건 서류의 보관자인 주-AAA의 EEE 이사로부터 이 사건 서류를 임의로 제출받았다거나 그에 대한 동의를 받은 사실도 없을 뿐만 아니라, 청구인들 또는 EEE 이사에게 국세기본법령에 규정된 사항을 설명한 사실 역시 없다.

3. 이에 더하여 조사공무원이 장부·서류 등의 일시보관을 하려면 조사관할 지방국세청장의 승인을 받아야 하는데, 당시 조사공무원이 조사관할 지방국세청장의 승인을 받았는지 여부도 불투명하다. 따라서 세무공무원은 국세기본법령이 정한 절차를 중대하게 위반하여 이 사건 서류를 일시보관하였다 할 것이다. (다) 세무공무원들은 조사사무처리규정상의 조사장소에 관한 규정을 위반하여 법원으로부터 발부받은 영장 없이 이 사건 회의실을 수색하였고, 이 사건 서류의 사진을 찍는 등 강제수사를 하였는바, 이러한 영장 없는 수색은 조세범 처벌절차법제9조, 조사사무처리규정 제80조의 규정에 반하는 것일 뿐만 아니라 세법상 질문조사권의 범위에서도 벗어난 것이므로 위법함이 명백하다.

1. 조사사무처리규정 제33조에 따라 청구인에 대한 세무조사는 청구인의 주사무소, 주된 사업장, 주소지 또는 조사관서에서 실시함을 원칙으로 하되, 납세자인 청구인이 조사장소의 변경을 신청하는 경우 납세자인 청구인의 편의를 위하여 부득이한 경우에는 조사관서장의 승인을 받아 세무조사에 적합한 기타 장소에서 실시할 수 있다.

2. 그런데 담당 세무공무원은 이 사건 서류를 세무조사 통지서에 기재된 청구인들의 사업장(주소)이 아니라 전혀 다른 장소인 이 사건 건물 4층의 이 사건 회의실에서 취득하였다. 그리고 청구인들이 이 사건 세무조사를 청구인들의 사업장(주소)이 아닌 이 사건 건물 4층으로 진행하여 달라는 취지의 사업장 이외의 세무조사 장소 신청서를 제출한 사실이 확인되지 않는다. 나아가 이 사건 세무조사 이후에 청구인들 또는 청구인들로부터 위임을 받은 자가 이 사건 건물 4층을 이 사건 세무조사의 장소로 정해달라는 취지의 신청을 한 사실도 없다.

3. 이 사건 세무조사에서 조사공무원의 문제 행위는 제출받은 자료를 질문·조사한 것이 아니라, 제출받지 않은 ‘증거를 찾기 위해’ 조사청이 ‘수색’을 한 행위에 대한 것이다. 조사사무처리규정 제82조 제1항은 ‘수색’을 하는 경우에는 그 절차의 공정성을 보장하기 위해 ‘참여인’을 참여하게 하여야 함을 명시하고 있다. 그러나 조사청은 납세자가 인지하지 못하도록 납세자 및 참여인이 없는 상태의 회의실에서 불법적인 수색행위를 하고 그 자료의 제출을 요구한 것이며, 납세자는 이를 사후에 CCTV를 통해 확인하였을 뿐이다. 이 사건 세무조사 당시 CCTV 내용을 살펴보면, 이 사건 세무조사 당시 세무공무원들은 장부 등을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 활동과 별개로, 청구인측에게 참여인을 참여하게 하지 않은 상태로 ‘증거 등을 찾기 위하여’ 이 사건 회의실에서 자료를 수색하기 시작하였다. 질문조사권의 행사에 따라 조사청은 납세자측에 장부·서류·증빙 등의 제출을 요구할 수 있으나, 제출을 요구하는 것을 넘어서 자체적으로 자료를 수색하는 것은 질문조사권의 한계를 벗어난 행위이다.

4. 이처럼 담당 세무공무원은 납세자인 청구인들의 동의를 받지 않은 상황에서, 법원이 발부한 영장도 없이 납세자의 사업장(주소) 또는 납세자가 세무공무원들에게 안내한 이 사건 건물 5층이 아닌 이 사건 건물의 4층에 위치한 이 사건 회의실에서 이 사건 자료의 내용을 수색하고, 그에 대한 사진을 촬영하는 등 이 사건 자료에 대한 압수·수색을 단행하였고, 이후 청구인들로부터 어떠한 동의도 받지 아니한 채 이 사건 서류의 소지자나 보관자라 할 수 없는 DDD 부장에게 동의를 하라고 종용하였다.

5. 따라서 세무공무원이 이 사건 회의실에서 이 사건 서류의 내용을 살펴보고, 그 사진을 촬영한 뒤 이 사건 서류를 취득한 행위는 조사사무처리규정 제33조에 따른 조사장소 규정, 제82조 제1항 등을 위반한 것이다. (라) 조사청은 이 사건 세무조사 당시 청구인들이 기장 세무대리인에게 실질적으로 세무조사를 위임하는 등 2021.12.7. 당시 이미 세무대리인이 존재하였다고 주장하나, 청구인들의 세무대리인은 질문·조사권을 행사한 다음날에 선임되었다. 국세기본법제59조 제3항은 대리인의 권한을 서면으로 증명할 것을 요구하고 있고, 청구인들은 세무조사 개시 다음날인 2021.12.8. 세무대리인을 선임하였는바, 조사청의 주장대로 세무대리인의 입회하에 질문·조사권을 행사하였다고 하고자 한다면, 조사청 또한 세무대리인의 실질적인 선임이 있었다는 증명을 서면으로 제출하여야 할 것이다.

(2) (이 사건 세무조사 또는 이 사건 부과처분이 위법하지 않다고 판단될 경우) 청구인들이 쟁점사업장에서 발생한 의료사고로 인하여 사망한 환자의 유가족에게 2018년에 지급한 합의금 OOO 위안(한화 OOO원, 이하 “쟁점합의금”이라 한다)을 필요경비에 산입하여야 한다. (가) 2015.3.11. OOO 국적의 여성 FFF(이하 “OOO인 환자”라 한다)에게 가슴확대 및 지방흡입수술을 시행하였는데, 해당 수술을 진행하던 중 OOO인 환자가 심정지 상태에 빠지는 의료사고가 발생하였다. 그에 따라 당시 수술 집도의인 청구인 CCC는 OOO인 환자에게 응급처리를 한 후 119 구급대를 통해 OOO인 환자를 OOO으로 이송하였다. 그에 따라 당시 심장내과에서 근무하고 있던 GGG 교수가 주치의로 중환자실에서 OOO인 환자에 대한 집중치료를 진행하였다(OOO GGG 교수 사실확인서). (나) 이후 당시 동행한 OOO인 환자의 보호자가 전원을 요구하여 2015.3.16. OOO으로 전원한 뒤 계속하여 치료하였으나, OOO인 환자의 의식불명이 지속되자, OOO인 환자의 보호자는 2015.3.21. 에어앰뷸런스를 통해 OOO인 환자를 OOO으로 이송하여 갔다. (다) 이후 OOO인 환자는 2017년 11월경 사망하였고, OOO인 환자의 유가족들은 그에 따라 쟁점사업장을 방문하여 에어앰뷸런스 비용, OOO 내 병원치료비 및 의료사고에 따른 보상금 등의 명목으로 OOO 위안의 합의금을 요구하면서, 이에 응하지 않을 경우 쟁점사업장 및 소속 원장들 모두를 상대로 민사상 손해배상청구, 형사 고소·고발 및 OOO 내 언론사에 제보하여 성형외과 전문의로서 의료행위를 수행할 수 없게 하겠다고 압박을 가하였고, 이에 따라 청구인들은 2018년 9월경 유가족들과 총 OOO 위안(한화 OOO원)을 보상금으로 지급하기로 합의하였다. (라) 실제로 2018년 9월경 OOO인 환자의 유가족들과 합의 당시 쟁점사업장에서 청구인들과 OOO인 환자의 유가족들 사이의 통역을 담당한 통역사 III의 사실확인서, 이와 관련하여 법률자문을 제공한 법무법인 OOO의 HHH 대표변호사의 사실확인서 등을 통해 청구인들이 OOO인 환자의 유가족들에게 쟁점합의금을 지급하였음을 확인할 수 있다. (마) 따라서 청구인들이 OOO인 환자 유가족들에게 지급한 쟁점합의금을 쟁점사업장의 필요경비로 공제하여야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 조사청은 적법한 세무조사 절차에 따라 이 건 부과처분을 하였다. (가) 조사청은 청구인들이 쟁점사업장에서 이중장부를 작성하여 수입금액을 과소신고하였다는 등의 구체적인 세금탈루 혐의가 있음을 확인하고 청구인들을 비정기 세무조사 대상자로 선정하였고, 납세자의 증거인멸 등의 우려로 인하여 아래 <표3>의 3개 업체에 대해 사전통지를 생략하고 일시보관을 허용하는 것으로 조사계획이 승인되었는바, 조사청은 위 조사계획에 따라 2021.12.7. 청구인들이 이중장부를 보관하고 있을 것으로 추정되는 3개 업체에 대해 동시에 이 사건 세무조사를 착수하였다. <표3> 이 사건 세무조사 당일 동시 세무조사 착수 업체 ㅇㅇㅇ (나) 조사청은 조사과정에서 정당한 권한이 있는 자로부터 일시보관에 대한 동의를 받아 이 사건 서류를 확보하였다. 조사청은 조사대상자인 청구인 AAA·BBB, 주-AAA의 등기상 대표이사 EEE 이사에게 국세기본법제81조의10에 따라 납세자의 동의 하에 세무조사의 목적으로 장부·서류 등을 세무관서에 조사기간 동안 일시 보관할 수 있음을 안내하였고, 위 조사대상자들 전부(청구인 AAA·BBB, 주-AAA의 대표이사 EEE)로부터 “장부 등 일시보관 안내 확인 및 동의서”에 자필 서명을 받았는바, 조사대상자들이 장부 등 일시보관에 동의한 사실을 확인할 수 있다. 조사대상자들이 모두 일시보관 동의서에 서명한 이상 그 외 일시보관서류 목록을 확인하기 위한 서류에까지 조사대상자들 서명이 필요하지 아니하고, 일시보관 서류 등의 목록 제시 및 교부는 확인절차에 불과하다. (다) 일시보관 동의서에 서명을 한 이상 추가적인 일시보관 서류 등의 목록 제시 및 교부는 확인절차에 불과하다.

1. 청구인들은 이 사건 서류 등의 목록에 날인한 주-AAA의 EEE, DDD 부장이 이 사건 서류의 일시보관을 동의할 어떠한 대리권도 부여받지 않은 자라고 주장하나, 조사청은 세무조사 대상자들로부터 일시보관 동의를 받은 후 DDD 부장에게 일시보관 서류 등의 목록을 교부한 것이고, 대표자의 부재에 따라 그 세무조사에 대한 대응업무의 위임을 받은 세무대리인 및 DDD 부장에게 일시보관 서류 등의 목록을 교부하였다 하여 어떠한 절차상 하자가 있다고 할 수 없다.

2. 청구인 AAA·BBB은 자신들의 세무대리인 및 조사청의 세무공무원들이 함께 모여 있는 자리에서 각자의 병원진료 일정으로 인해 세무조사 일시보관과 관련한 협조를 세무대리인과 DDD 부장에게 맡겼다. 조사청은 조사대상자인 청구인 AAA·BBB 및 이 사건 서류의 보관자인 OOO 대표이사 EEE으로부터 일시보관에 대한 동의를 받은 후 청구인들의 업무 위임을 받은 세무대리인과 DDD 부장에게 조사사무처리 규정에 의하여 ‘일시보관 서류 등의 목록’을 교부한 것이며, 나아가 청구인들의 CCTV에서도 확인할 수 있듯이 ‘일시보관 서류 등의 목록’을 교부할 당시 세무대리인, EEE 이사, DDD 부장 등이 목록에 기재된 서류를 확인하였다. (라) 청구인들은 이 사건 서류를 일시보관하면서 국세기본법령 및 조사사무처리규정에 따른 절차를 준수하지 않았다고 주장하나, 아래에서 보는 바와 같이 조사청이 국세기본법령 및 조사사무처리규정에 따른 절차를 준수하였다는 사실을 명백히 확인할 수 있다.

1. 이 사건 세무조사는 국세기본법에 따라 (i) 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우로서 법 제81조의6 제3항의 사유에 해당하고, (ii) 조사 목적에 필요한 최소한의 범위에 한정하여 이루어졌으며, (iii) 관련 절차의 통지와 납세자 권리에 대한 사항을 설명한 후 이 사건 서류의 보관자인 OOO 대표이사 EEE과 이 사건 서류의 납세자인 청구인 AAA·BBB으로부터 서류를 임의제출받은 것이고, (iv) 청구인 AAA·BBB, OOO 대표이사 EEE으로부터 일시보관 동의서를 받았음과 더불어 (v) 조사대상자에게 일시보관증을 교부하였다.

2. 또한 조사청은 조사사무처리 규정에 따라 지방국세청장의 승인을 받아 일시보관하며 일시보관 안내 확인 동의서, 일시보관증, 일시보관 서류 등의 목록 등을 교부하였고, 조사 종결시 장부·서류 등을 반환하였다. (마) 청구인들은 조사청이 영장 없이 이 사건 건물 4층의 이 사건 회의실을 수색하는 등 강제수사를 하였다거나 압수를 하였다는 주장이나, 이는 사실이 아니다.

1. 이 사건 건물 4층이 사업장으로 신고된 주-AAA 또한 세무조사 대상자였으므로 조사청은 주-AAA에 대하여 법인세법제122조 등 개별세법상의 질문·조사권이 있고, 이와 같은 질문조사권에 근거하여 납세의무자에게 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 제출하게 하거나 필요한 사항을 명할 수 있다.

2. 한편 주-AAA는 2018년 개업하여 청구인 BBB이 지분 97.5%를 보유한 법인으로, 20118~2019년에는 쟁점사업장, 2020년에는 OOO의 홍보, 마케팅 등 경영지원업무를 수행하던 법인이고, 주-AAA의 사업장에서 보관하고 있던 서류의 경우 청구인 BBB과 주-AAA의 업무관계에 기하여 주-AAA가 보관하고 있었던 것이다. 따라서 청구인들 주장과 같이 조사장소가 변경된 것이 아니라 조사청은 주-AAA의 사업장에서 이 사건 서류가 발견됨에 따라 조사대상자들로부터 일시보관에 대한 동의를 받아 이 사건 서류를 확보한 것일 뿐이다.

3. 나아가 조사착수 당일 주-AAA 사업장의 CCTV를 보면 EEE과 OOO 직원이 이 사건 서류의 사진을 찍은 것을 볼 수 있고, 이러한 사실관계 외에 조사청이 이 사건 서류를 일시보관하는데 대하여 청구인들이 조사청의 조사행위를 저지하거나 조사청이 강박적으로 일시보관을 한 정황은 전혀 찾아볼 수 없다. (바) 청구인들은 수색 당시 참여인의 입회가 없었으므로 위법하다고 주장하나, 조사청이 이 사건 회의실을 압수·수색한 것이 아니므로 참여인이 반드시 입회하여야 하는 것은 아니며, 이 사건 서류를 일시보관하기 위해 세무대리인, 주-AAA의 대표이사 EEE, 재무팀장, 기타 직원 1인 총 4인 입회 하에 이 사건 서류를 같이 확인하는 등 청구인들의 직원 등이 질문조사권에 협조한 사실을 확인할 수 있다. (사) 따라서 위와 같은 사정을 통해 확보된 과세자료(이 사건 서류)에 근거하여 청구인들에게 과세가 이루어졌다고 하여 절차상 위법이 있다고 볼 수 없다(보충적으로 이 사건 서류는 과세처분의 유일한 근거서류가 아니고, 조사청은 탈루혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 의해 구체적인 탈루혐의를 인지한 상태에서 조사에 착수하였다).

(2) 청구인들은 쟁점합의금이 OOO인 환자 사망사고와 관련하여 지급한 보상금으로서 부외경비에 해당하므로 필요경비에 산입하여야 한다고 주장하나, 쟁점합의금이 필요경비에 해당한다는 점을 확인할 수 있는 객관적 증빙자료가 제시되지 아니하였으므로 그 지출 목적과 내용이 확인되지 않는 부외경비를 필요경비로 인정하기 어렵다. (가) 청구인 AAA는 2021.12.23. 수입금액 누락에 대응하는 부외경비 등 소명준비 등의 사유로 조사중지 신청한 후, 조사를 재개한 2022.2.4. OOO인 환자에 대한 의료사고 사망보상금에 대하여 소명자료를 제출하며 “2015년에 발생한 의료사고와 관련하여 2018년에 OOO인 환자 유가족에게 쟁점합의금을 지급하였다”고 주장하고 있다.

1. 그러나 청구인들은 쟁점합의금을 실제로 지급하였는지 여부 및 합의금액을 확인할 수 있는 합의서 원본 또는 거래당사자의 인장이 찍힌 사본을 분실하였다고 주장하며 이를 제출하지 아니하였고, 쟁점합의금을 수령하였다는 OOO인 환자의 보호자나 상대방을 확인할 수 있는 인적사항 등도 전혀 제출한 바가 없다. 나아가 청구인 AAA가 제출한 소명서에 첨부된 합의서에는 합의당사자로 표시된 ‘갑’이 OOO인 환자의 부[망 OOO의 부]로만 기재되어 있을 뿐이고 이러한 ‘갑’의 신원을 특정할 수 있는 어떠한 인적사항도 기재되어 있지 아니하다. 또한 해당 합의서의 내용에는 ‘갑’의 신분증 사본 및 ‘갑’의 가족관계등록부 등을 청구인 AAA인 ‘을’에게 교부하게 되어 있음에도 청구인 AAA는 합의금 수령인의 인적사항이나 합의서 원본을 분실하였다는 이유만을 들어 합의금 지급사실을 확인할 수 있는 객관적인 자료를 제출하지 아니하였다.

2. 이에 조사청은 청구인 AAA에게 수차례에 걸쳐 쟁점합의금을 확인할 수 있는 직접적인 증빙의 제시를 요청하였으나, 청구인 AAA는 문서의 진위 여부를 확인할 수 없는 전산파일 출력본만 제출하였고, OOO인 환자의 부(위 합의서 ‘갑’)의 인적사항도 제출하지 않음과 더불어 그의 출입국 여부 및 합의금 지급사실 여부를 확인해 주지 못하였다.

3. 부외경비에 대해서는 납세자에게 입증책임이 존재함에도 납세자가 그 부외경비에 대하여 신빙성 있는 객관적인 입증자료를 제시하지 못하고 있는 이상 그 지출 목적과 내용이 확인되지 않는 부외경비를 인정할 수 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 세무조사 당시 위법하게 확보한 이 사건 서류에 기재된 내용에 근거하여 청구인들에게 이 건 부가가치세 등을 부과한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

② 쟁점합의금을 필요경비에 산입하여야 한다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령 등: <별지3> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인들이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 쟁점사업장 등의 현황은 아래와 같다.

1. 청구인 AAA·BBB은 2014년경부터 2019.12.31.까지, 청구인 CCC는 2014년경부터 2018.9.30.까지 아래 <표4>의 손익분배비율로 OOO에서 쟁점사업장(OOO성형외과의원)을 공동으로 운영하였다. <표4> 쟁점사업장 손익분배비율 ㅇㅇㅇ

2. 청구인 AAA·BBB은 쟁점사업장 폐업 후 2020.1.1.부터 OOO의 건물 12층 및 18층 등에서 “OOO의원”을 운영하고 있고, OOO의원의 재무팀 사무실은 이 사건 건물의 501호에 소재하고 있다.

3. 주-AAA(대표이사 EEE)는 2018.2.14. 설립되어 이 사건 건물의 4층(401호)에서 쟁점사업장 및 OOO의 광고, 광고대행 및 마케팅 서비스 등을 대행해 주는 MSO법인(경영지원, 마케팅)이고, 청구인 BBB이 주-AAA 발행주식의 97.5%를 소유하고 있다. (나) 조사청의 이 사건 세무조사 등 내용은 아래와 같다.

1. 조사청은 2021.12.7. 청구인 AAA·BBB, 주-AAA(대표이사 EEE)에 대하여 조사 사유를 “ 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호 의 규정에 따라 신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하여 세무조사 실시”로 하고, 국세기본법 제81조의7 제1항 단서에 따라 세무조사 사전통지를 생략한 후 개인(법인)제세 통합조사(이 사건 세무조사)를 개시하였고, 세무조사 통지서에 나타나는 이 사건 세무조사 계획은 아래 <표5>와 같다. <표5> 청구인 AAA·BBB, 주-AAA에 대한 세무조사 통지 ㅇㅇㅇ

2. 조사청은 2021.12.7. 세무조사에 착수하며 청구인 AAA·BBB, 주-AAA 대표이사 EEE으로부터 조사사무처리규정 [별지 제17호 서식]의 “장부 등 일시보관 안내 확인 및 동의서”를 제출받았다.

3. 조사청 세무공무원은 세무조사 과정에서 이 사건 세무조사와 동시에 세무조사 개시된 주-AAA의 이 사건 건물 4층 사업장에서 쟁점사업장의 금전출납부 및 2018년부터 2019년까지 진료기록부(이 사건 서류)를 발견하여 OOO 재무팀 부장 BBB으로부터 조사사무처리규정 [별지 제21호, 제21의1호 서식]의 “일시보관 서류 등의 목록”에 서명을 받은 후 세무조사 목적으로 이 사건 서류를 일시보관하였고, 일시보관 서류 등의 목록에는 이 사건 서류가 기재되어 있다.

4. OOO 재무팀 부장 DDD은 일시보관 서류 등의 목록에 서명하게 된 경위와 관련하여 진술서(2022.6.20.자)를 제출하여 ‘세무공무원이 저에게 일시보관 서류 등의 목록 서류를 제시하며 사인하라고 하여 세무조사에 협조하지 않으면 안될 것만 같아서 이름을 적었다’고 확인하였다.

5. 조사청은 2022.2.15. 청구인 CCC에게 조사 사유를 “ 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호 의 규정에 따라 신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하여 세무조사 실시”로 하여 아래 <표6>과 같이 세무조사 사전통지를 한 후 2022.2.16.부터 2022.3.25.까지 개인제세 통합조사를 실시하였다. <표6> 청구인 CCC에 대한 세무조사 사전통지 ㅇㅇㅇ

6. 조사청은 2021.12.7.부터 2022.3.25.까지 위와 같이 세무조사를 실시한 결과 청구인들이 2018년부터 2019년까지 앞의 <표1>과 같이 이 사건 매출누락액(OOO원)에 대한 신고를 누락한 사실을 확인하고 2022.3.25. 청구인들에게 세무조사 결과통지서를 발송하는 한편, 쟁점사업장 관할세무서장(OOO서장)에게 과세자료를 통보하였고, 이 사건 매출누락액에서 부외원가 인정금액(2018년 인건비 및 외국인환자 소개수수료 합계 OOO원)을 제외하여 소득금액을 확정한 후 청구인들의 각 주소지 관할 세무서장(OOO서장, OOO서장, OOO서장)에게 과세자료를 통보하였다.

7. 청구인들에 대한 조세범칙혐의자 심문조서에는 세무공무원이 쟁점사업장에서 이중장부를 작성하는 방법으로 2018년에 OOO원(공급대가)을 매출 신고 누락한 사실이 있는지를 질문한 데 대하여(세무대리인 참여), 청구인들이 모두 쟁점사업장의 일부 매출금액을 과소신고한 사실을 시인하면서 다만 OOO인 환자의 사망 의료사고에 대한 합의금 지급, 외국인 환자를 소개하는 중개인에 대한 소개수수료 지급 등을 위한 부외경비를 마련하기 위하여 부득이하게 일부 매출금액을 과소신고한 것이라는 취지로 답변한 것으로 나타난다.

8. 청구인들은 2021.12.8. 세무법인 OOO와 이 사건 세무조사와 관련한 법률자문계약을 체결한 것으로 나타난다. (다) 쟁점합의금 지급관련 사실관계는 아래와 같다.

1. 2015.3.23.자 청년의사 뉴스에는 ‘OOO인 A씨는 최근 OOO 모 성형외과에서 자가 지방이식술을 통한 유방확대수술을 받던 중 심정지 등이 발생해 OOO을 거쳐 OOO으로 옮겨졌으나 의식을 찾지 못해 A씨 부모가 지난 21일 전용기에 싣고 OOO으로 돌아간 것’으로 알려졌고, ‘A씨 치료를 담당한 심장내과 GGG 교수’의 인터뷰 내용, ‘OOO인 환자가 사망하고 OOO는 문을 닫았으며, 환자측에서 OOO을 요구했다고 들었다’는 등의 기사가 실려 있다.

2. GGG의 사실확인서(2022.3.18.자)에는 ‘본인은 OOO 심장내과 교수로 재직 중으로, 2015.3.11.부터 2015.3.16.(OOO 전원을 위해 퇴원)까지 심장내과 중환자실에서 OOO국적의 여성 FFF(OOO인 환자)의 진료를 담당했던 사실이 있고, 위 환자는 2015.3.11. 쟁점사업장에서 성형수술 도중 심전도상 이상이 발생해 본원으로 이송되었으며, 본인이 스트레스 유발성 심근병증이라는 진단을 내린 사실이 있다’는 취지로 사실확인한 내용이 기재되어 있다.

3. 청구인들이 제출한 합의서(2018년 9월, 출력물로 원본이나 사본은 아님)에는 쟁점사업장 대표원장인 청구인들이 OOO인 환자의 부(“갑”, 성명 기재 없음)와 2015.3.11. 가슴수술 중 발생한 의료사고와 관련하여 청구인들이 갑에게 ‘사망 쟁점합의금으로 인민폐 OOO 위안에 해당하는 OOO원을 합의서 작성과 동시에 현금으로 지급’하고, ‘갑은 합의금을 지급받음과 동시에 갑의 가족관계등록부, 갑의 신분증 사본 등을 청구인들에게 교부한다’는 내용이 기재되어 있다.

4. III(860204-***)의 진술서(2022.1.26.자)에는 III이 2018년 9월경 쟁점사업장에서 OOO인 환자의 사망으로 인한 보상금 합의와 관련한 통역을 한 사실이 있고, 당시 합의금이 OOO 위안으로 결정되는 것을 보았다는 취지로 사실확인한 것으로 나타난다.

5. 변호사 HHH(법무법인 OOO의 대표변호사)의 사실확인서(2022.1.10.자, 2022.3.15. 공증)에는 ‘2018년 9월경 청구인 BBB에게 쟁점사업장에서 수술을 받은 OOO인 환자가 사망한 사건과 관련하여 청구인 BBB이 유족들로부터 사망합의금, 에어엠뷸런스 비용, OOO내 치료비 등의 지급을 요청받는 상황에서 합의여부 및 내용, 절차 등에 대한 법률적 검토의견을 드린 바 있고, 당시 검토했던 초안 상의 합의금 액수가 OOO 위안이었던 것으로 기억한다’는 취지로 사실확인한 것으로 나타난다.

6. 청구인들은 조사청의 조세범칙조사 당시 문답서를 통하여 ① 2015.3.11. 발생한 OOO인 환자에 대한 의료사고로 인하여 2018.9.11. 사망 합의금으로 OOO원을 지급하기로 합의하였고, ② 합의서 작성 일주일 후 합의금을 전액 OOO원권 현금으로 여행용 캐리어 2개에 나누어 담아 OOO인 환자 유족에게 전달하였으며, ③ 사망합의금 마련을 위하여 금고에 보관하던 쟁점사업장의 현금 수입금액을 OOO인 환자측에 지급하여 계좌거래나 현금출납부가 존재하지 아니하고, ④ 합의서 원본 및 당시 교부받았던 서류를 모두 분실하여 제출할 수 없으며, ⑤ 합의금 지급 당시 사망진단서 등을 통해 합의 상대방이 OOO인 환자의 부친임을 확인하였다고 진술한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구인들은 위법한 세무조사 절차에 따라 이루어진 이 건 부가가치세 등 부과처분은 부당하다고 주장하나, 국세기본법제81조의10 제2항에 따라 세무공무원은 세무조사 사유가 있는 경우 조사 목적에 필요한 최소한의 범위에서 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자가 임의로 제출한 장부 등을 납세자의 동의를 받아 세무관서에 일시 보관할 수 있고, 조사청은 조사관할 지방국세청장의 승인을 받아 장부ㆍ서류 등의 일시보관 방법에 의한 조사 계획을 수립한 후 조사대상자인 청구인 AAA·BBB, 주-AAA의 대표이사 EEE에게 일시보관 안내를 한 후 일시보관 동의서를 징구하였는바, 이후 조사청 세무공무원이 이 사건 세무조사 과정에서 이 사건 서류를 보관하고 있던 주-AAA 대표이사 EEE 등의 입회하에 세무대리인, EEE, 주-AAA 직원이 이 사건 서류를 확인하고 이를 임의로 제출받은 것은 국세기본법령상 절차를 위반한 것이라 보기 어려운 점, 청구인들은 세무공무원이 영장 등을 발부받지 아니하고 참여인의 입회가 없는 상황에서 임의로 관련 장부·서류 등을 압수·수색하였다고 주장하나, 조사청 세무공무원은 이 사건 세무조사 당시 조사대상자인 주-AAA의 사무실 내에 있는 이 사건 회의실로 안내받아 입실하였고, 이후 이 사건 회의실에 보관되어 있던 이 사건 서류를 발견하여 그 보관자인 주-AAA 대표이사 EEE 등으로부터 이를 임의로 제출받은 것에 불과한 것으로 보이며, 이 사건 서류의 발견을 위하여 납세자의 의사에 반하여 주-AAA의 다른 회의실, 사무실 등을 임의로 수색한 사실이 나타나지 아니하는 점, 달리 이 사건 세무조사가 국세기본법령 등을 위반하여 이루어졌다고 볼 만한 정황이 확인되지 아니하는 점 등에 비추어 이와 다른 취지의 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구인들은 쟁점합의금을 필요경비에 산입하여야 한다고 주장하나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증토록 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다 할 것인데(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결 등 참조), 청구인들은 OOO인 환자에 대한 2015.3.11. 의료사고로 인하여 쟁점합의금을 지급하였다고 주장하면서 관련 뉴스, OOO인 환자를 진료한 의사 GGG 및 법률자문을 한 변호사 HHH의 확인서 등을 제출하고 있을 뿐 OOO인 환자의 유족의 인장이 날인된 합의서 원본 또는 사본, 출금내역 또는 계좌이체내역, 합의금 수령증 등 객관적 증빙자료를 제출하지 못하고 있는바, 청구인들이 제출한 증빙자료만으로는 의료사고로 인한 합의금의 액수, 지급 상대방, 실제 지급시기 등을 확인할 수 없으므로 쟁점합의금을 쟁점사업장의 2018년도 부외경비로 인정하기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 심판청구 내역 ㅇㅇㅇ <별지2> 이 건 과세처분 내역 ㅇㅇㅇ <별지3> 관련 법령 등

(1) 국세기본법 제59조(대리인) ③ 대리인의 권한은 서면으로 증명하여야 한다. 제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정) ③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 제81조의10(장부등의 보관 금지) ① 세무공무원은 세무조사(조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 목적으로 납세자의 장부등을 세무관서에 임의로 보관할 수 없다.

② 제1항에도 불구하고 세무공무원은 제81조의6 제3항 각 호의 어느 하나의 사유에 해당하는 경우에는 조사 목적에 필요한 최소한의 범위에서 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자가 임의로 제출한 장부등을 납세자의 동의를 받아 세무관서에 일시 보관할 수 있다.

③ 세무공무원은 제2항에 따라 납세자의 장부등을 세무관서에 일시 보관하려는 경우 납세자로부터 일시 보관 동의서를 받아야 하며, 일시 보관증을 교부하여야 한다.

⑦ 제1항부터 제6항까지에서 규정한 사항 외에 장부등의 일시 보관 방법 및 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 국세기본법 시행령 제63조의11(장부등의 일시 보관 방법 및 절차) ① 세무공무원은 법 제81조의10 제2항에 따라 법 제81조의2 제2항 제1호에 따른 장부등(이하 “장부등”이라 한다)을 일시 보관하려는 경우 장부등의 일시 보관 전에 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자(이하 이 조에서 “납세자등”이라 한다)에게 다음 각 호의 사항을 고지하여야 한다.

1. 법 제81조의6 제3항 각 호의 사유 중 장부등을 일시 보관하는 사유

2. 납세자등이 동의하지 아니하는 경우에는 장부등을 일시 보관할 수 없다는 내용

3. 납세자등이 임의로 제출한 장부등에 대해서만 일시 보관할 수 있다는 내용

4. 납세자등이 요청하는 경우 일시 보관 중인 장부등을 반환받을 수 있다는 내용

② 납세자등은 조사목적이나 조사범위와 관련이 없는 등의 사유로 일시 보관에 동의하지 아니하는 장부등에 대해서는 세무공무원에게 일시 보관할 장부등에서 제외할 것을 요청할 수 있다. 이 경우 세무공무원은 정당한 사유 없이 해당 장부등을 일시 보관할 수 없다.

③ 법 제81조의10 제4항 및 제5항에 따라 장부등을 반환한 경우를 제외하고 세무공무원은 해당 세무조사를 종결할 때까지 일시 보관한 장부등을 모두 반환하여야 한다.

(3) 지방세기본법 제84조의2(장부등의 보관 금지) ① 세무공무원은 세무조사(범칙사건조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 목적으로 납세자의 장부등을 지방자치단체에 임의로 보관할 수 없다.

② 제1항에도 불구하고 세무공무원은 제82조 제2항 각 호의 어느 하나의 사유에 해당하는 경우에는 조사 목적에 필요한 최소한의 범위에서 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자가 임의로 제출한 장부등을 납세자의 동의를 받아 지방자치단체에 일시 보관할 수 있다.

③ 세무공무원은 제2항에 따라 납세자의 장부등을 지방자치단체에 일시 보관하려는 경우 납세자로부터 일시 보관 동의서를 받아야 하며, 일시 보관증을 교부하여야 한다.

④ 세무공무원은 제2항에 따라 일시 보관하고 있는 장부등에 대하여 납세자가 반환을 요청한 경우에는 그 반환을 요청한 날부터 14일 이내에 장부등을 반환하여야 한다. 다만, 조사목적을 달성하기 위하여 필요한 경우에는 납세자보호관의 승인을 거쳐 한 차례만 14일 이내의 범위에서 보관 기간을 연장할 수 있다.

⑤ 제4항에도 불구하고 세무공무원은 납세자가 제2항에 따라 일시 보관하고 있는 장부등의 반환을 요청한 경우로서 세무조사에 지장이 없다고 판단될 때에는 요청한 장부등을 즉시 반환하여야 한다.

⑥ 제4항 및 제5항에 따라 납세자에게 장부등을 반환하는 경우 세무공무원은 장부등의 사본을 보관할 수 있고, 그 사본이 원본과 다름없다는 사실을 확인하는 납세자의 서명 또는 날인을 요구할 수 있다.

⑦ 제1항부터 제6항까지에서 규정한 사항 외에 장부등의 일시 보관 방법 및 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 지방세기본법 시행령 제55조의2(장부등의 일시 보관 방법 및 절차) ① 세무공무원은 법 제84조의2 제2항에 따라 장부등을 일시 보관하려는 경우 장부등의 일시 보관 전에 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자(이하 이 조에서 “납세자등”이라 한다)에게 다음 각 호의 사항을 고지해야 한다.

1. 법 제82조 제2항 각 호의 사유 중 장부등을 일시 보관하는 사유

2. 납세자등이 동의하지 않으면 장부등을 일시 보관할 수 없다는 내용

3. 납세자등이 임의로 제출한 장부등에 대해서만 일시 보관할 수 있다는 내용

4. 납세자등이 요청하는 경우 일시 보관 중인 장부등을 반환받을 수 있다는 내용

② 납세자등은 조사목적이나 조사범위와 관련이 없다는 사유 등으로 일시 보관에 동의하지 않는 장부등에 대해서는 세무공무원에게 일시 보관할 장부등에서 제외할 것을 요청할 수 있다. 이 경우 세무공무원은 정당한 사유 없이 해당 장부등을 일시 보관할 수 없다.

③ 법 제84조의2 제4항 및 제5항에 따라 장부등을 반환한 경우를 제외하고 세무공무원은 해당 세무조사를 종결할 때까지 일시 보관한 장부등을 모두 반환해야 한다.

(5) 조사사무처리규정(2021.4.26. 국세청 훈령 제2435호로 일부개정된 것) 제30조(조사권의 남용 금지) ① 조사공무원은 국세기본법 제81조의4 (세무조사권 남용 금지)에 따라 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 세무조사를 실시하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 조사공무원은 조사편의 등의 목적으로 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 해서는 아니된다.

1. 세무조사를 실시하면서 관련 법령 및 규정에서 정한 절차에 의하지 아니하고 임의로 관련 장부ㆍ서류 등을 압수ㆍ수색하거나 일시보관하는 행위 제33조(조사장소) 세무조사는 주사무소, 주된 사업장, 주소지 또는 조사관서 등에서 실시할 수 있다. 다만, 납세자가 사업장 이외의 세무조사 장소 신청서(별지 제15호 서식)에 의하여 조사장소의 변경을 신청하는 경우 및 그 납세자의 편의를 위하여 부득이한 경우에는 조사관서장의 승인을 받아 세무조사에 적합한 기타 장소에서 실시할 수 있다. 제40조(장부ㆍ서류 등의 일시보관) ① 조사공무원은 국세기본법 제81조의6 제3항 각 호의 어느 하나의 사유에 해당하고 납세자의 증거인멸 우려 등으로 세무조사의 목적을 달성할 수 없다고 판단되는 경우 조사관할 지방국세청장의 승인을 받아 장부ㆍ서류 등의 일시보관 방법에 의한 조사 계획을 수립할 수 있으며, 조사 시작 시 각 세법의 질문조사권에 따라 장부ㆍ서류ㆍ증빙 등의 제출을 요구하고, 국세기본법 제81조의10 제2항 에 따라 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자의 동의를 받아 세무조사 기간동안 관련 장부ㆍ서류ㆍ증빙 등을 조사관서에 일시보관 할 수 있다.

② 조사진행 중 국세기본법 제81조의6 제3항 각호의 어느 하나의 사유에 해당하고 납세자의 증거인멸 우려 등으로 세무조사의 목적을 달성할 수 없다고 판단되는 경우, 조사관할 지방국세청장의 승인을 받아 납세자 등의 동의하에 장부ㆍ서류ㆍ증빙 등을 조사관서에 일시보관할 수 있다.

③ 제1항 또는 제2항에 따라 납세자의 장부ㆍ서류ㆍ증빙 등을 조사관서에 일시보관하고자 하는 경우에는 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자에게 일시보관 내용이 포함된 장부 등 일시보관에 따른 안내(별지 제16호 서식)를 교부하고, 국세기본법 시행령 제63조의11 제1항 에 규정된 사항을 설명한 후 장부 등 일시보관 안내 확인 및 동의서(별지 제17호 서식)를 받아야 하며, 일시보관증(별지 제21호 서식), 일시보관 서류 등의 목록(별지 제21-1호 서식) 및 장부ㆍ서류 등 반환요청서(별지 제21-2호 서식)를 교부하여야 한다.

④ 장부ㆍ서류 등의 일시보관은 조사목적에 필요한 최소한의 범위에서 실시하여야 하며, 일시보관한 장부ㆍ서류 중 증거서류로서의 활용가치가 없다고 판단되는 것은 납세자에게 즉시 반환하여야 한다.

⑤ 일시보관하고 있는 장부 등에 대하여 납세자가 반환을 요청한 경우에는 그 반환요청일로부터 14일 이내에 장부 등을 반환하여야 한다. 이 경우 조사공무원은 장부 또는 서류 등에 대한 사본을 보관할 수 있고, 그 사본이 원본과 다름없다는 사실을 확인하는 납세자의 서명 또는 날인을 요구할 수 있다.

⑥ 제5항에도 불구하고 조사 목적을 달성하기 위하여 필요한 경우에는 제81조의18 제1항에 따른 납세자보호위원회의 심의를 거쳐 1회에 한해 14일 이내의 범위에서 보관 기간을 연장할 수 있다.

⑦ 조사공무원은 제4항부터 제6항까지에 따라 일시보관하고 있던 장부ㆍ서류 등을 반환하는 경우에는 장부ㆍ서류 등 반환 확인서(별지 제20호 서식)를 납세자로부터 받아 보관하여야 한다. 제82조(압수ㆍ수색 등) ① 압수ㆍ수색은 절차의 공정성을 보장하기 위하여 절차법 시행령 제7조에서 규정하는 사람을 참여인으로 참여하게 하여야 한다.

(6) 소득세법 제27조(사업소득의 필요경비의 계산) ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다. 제33조(필요경비 불산입) ① 거주자가 해당 과세기간에 지급하였거나 지급할 금액 중 다음 각 호에 해당하는 것은 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입하지 아니한다.

15. 업무와 관련하여 고의 또는 중대한 과실로 타인의 권리를 침해한 경우에 지급되는 손해배상금 제170조(질문ㆍ조사) ① 소득세에 관한 사무에 종사하는 공무원은 그 직무 수행을 위하여 필요한 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에 대하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 조사하거나 그 제출을 명할 수 있다. 다만, 제21조 제1항 제26호에 따른 종교인소득(제21조 제4항에 해당하는 경우를 포함한다)에 대해서는 종교단체의 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건 중에서 종교인소득과 관련된 부분에 한정하여 조사하거나 그 제출을 명할 수 있다.

1. 납세의무자 또는 납세의무가 있다고 인정되는 자

② 제1항을 적용하는 경우 소득세에 관한 사무에 종사하는 공무원은 직무를 위하여 필요한 범위 외에 다른 목적 등을 위하여 그 권한을 남용해서는 아니 된다.

(7) 지방세법 제91조(과세표준) ① 거주자의 종합소득에 대한 개인지방소득세 과세표준은 소득세법 제14조 제2항 부터 제5항까지에 따라 계산한 소득세의 과세표준(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 소득세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)