청구인은 13.5.13. 취득한 대토 전 토지를 18.1.15. 양도한 후인 18.10.26. 대토 후 토지를 취득하였고 각 토지의 경작기간을 합한 기간이 8년을 경과하기 전인 20년에 소매업의 사업소득 총수입금액이 346,748,242원인 사실이 확인되는 점, 대토 전 토지의 양도시기(18.10.26.)가 위 부칙에 따른 시행일 전이어서 이 건에 쟁점시행령 제66조 제14항의 개정규정이 적용되지 아니하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 대토 전 토지의 양도가 조특법 제70조에 따른 농지대토에 대한 감면요건을 충족하지 못한 것으로 봄이 타당하므로 청구인의 주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 청구인은 대토 전 토지를 4년 이상 경작한 후 양도하였고, 대토 후 토지를 취득하면서 조특법 제70조에 따라 적법하게 감면 신청을 하였으며, 처분청도 청구인의 쟁점대토 감면신청에 대하여 문제점을 지적한 바가 없으므로 사후관리기간 중에 개정된 쟁점시행령 제66조 제14항 제2호 등을 근거로 쟁점대토에 대한 양도소득세 감면규정 적용을 부인하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.
(2) 쟁점시행령의 부칙 제2조에서 ‘이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다’고 규정되어 있고, 부칙 제28조에서도 ‘이 영 시행일이 속하는 과세기간 전의 과세기간분에 대해서는 제66조 제14항의 개정 규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다’고 명시적으로 적용시기를 밝히고 있으므로 대토 전 토지에 대한 감면도 적법하게 처리되었고 2018.1.15. 양도한 청구인에게 새롭게 개정 된 법령을 근거로 과세한 처분은 받아들일 수 없다.
(1) 청구인은 쟁점시행령의 부칙 제28조에서 ‘이 영 시행일이 속하는 과세기간 전의 과세기간 분에 대해서는 제66조 제14항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다’ 는 규정을 근거로 쟁점대토가 감면요건을 충족하였다고 주장하나, 부칙 제28조에서 과세기간이란 소득세법제5조 제1항에 따라 소득세의 과세기간으로 규정한 ‘1월 1일부터 12월 31일까지’로 보는 것이 타당하고, 쟁점시행령의 부칙 제12조에서 ‘제66조 제14항의 개정규정은 이 영 시행일인 2020.2.11.이 속하는 과세기간 분부터 적용한다’고 규정하고 있으므로 쟁점시행령 제66조 제14항 제12호는 2020.2.11.이 속하는 2020년 과세연도부터 적용되는 것으로 보는 것이 합리적이다.
(2) 이상과 같은 법령 해석을 바탕으로 판단하여 보면 청구인의 2020년 소매업 사업소득의 총수입금액은 OOO원으로 OOO원 이상에 해당하고, 2013.5.13. 취득한 대토 전 토지와 2018.10.26. 취득한 대토 후 토지의 경작기간을 합산하여 8년이 지나기 전에 총수입금액 OOO원 이상인 과세기간이 발생하므로 쟁점대토의 경우 조특법 제70조에 따른 양도소득세 감면대상에 해당하지 않는 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.
1. 조세특례제한법 제70조(농지대토에 대한 양도소득세 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령(대통령령 제30390호 2020.2.11. 일부개정 이전의 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각의 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다. 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다. (3) 조세특례제한법 시행령(대통령령 제30390호 2020.2.11. 일부개정 이후의 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.
1. 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.
2. 소득세법 제24조 제1항 에 따른 사업소득 총수입금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조 제5항 제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우 제67조(농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등) ③법 제70조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 새로운 농지를 취득(상속ㆍ증여받은 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하여, 그 취득한 날부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.
2. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도한 후 종전의 농지 양도일부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.
⑥ 제3항 제1호 및 제2호를 적용할 때 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간의 계산에 관하여는 제66조 제14항을 준용한다. 이 경우 새로운 농지의 경작기간을 계산할 때 새로운 농지의 경작을 개시한 후 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간을 합산하여 8년이 지나기 전에 제66조 제14항에 해당하는 기간이 있는 경우에는 새로운 농지를 계속하여 경작하지 아니한 것으로 본다. <부칙> 대통령령 제30390호, 2020.2.11. 제12조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제66조 제14항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간분부터 적용한다. 제28조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 경과조치) 이 영 시행일이 속하는 과세기간 전의 과세기간분에 대해서는 제66조 제14항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (4) 소득세법 시행령 제208조(장부의 비치ㆍ기록) ⑤법 제160조 제2항 및 제3항에서 “대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자를 말한다. 다만, 제147조의2 및 부가가치세법 시행령 제109조 제2항 제7호 에 따른 사업자는 제외한다.
1. 해당 과세기간에 신규로 사업을 개시한 사업자
2. 직전 과세기간의 수입금액(결정 또는 경정으로 증가된 수입금액을 포함하며, 법 제19조 제1항 제20호에 따른 사업용 유형자산을 양도함으로써 발생한 수입금액은 제외한다)의 합계액이 다음 각 목의 금액에 미달하는 사업자. 다만, 업종의 현황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 영세사업의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 금액에 미달하는 사업자로 한다.
(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 대토 전 토지를 2013.5.13. 취득하여 4년 이상 경작을 하다가 2018.1.15. 양도가액 OOO원에 양도하였고, 양도일로부터 1년 이내인 2018.10.26. 대토 후 토지를 취득하였다. 처분청은 쟁점시행령 제66조 제14항 제2호 등에 따라 청구인의 2020년 사업소득 총수입금액이 OOO원 이상인 것을 확인하여 쟁점대토가 농지대토 감면요건을 충족하지 않는다고 보아 2022.3.3. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다. (나) 청구인이 제출한 주민등록초본, 농지원부, 연도별 직불금 수령내역 및 과세전적부심사 자료 등에 따르면 쟁점농지의 대토감면 요건 중 쟁점시행령에 따른 사업소득 총수입금액 관련 요건을 제외한 나머지 요건은 모두 충족하는 것으로 나타나고 처분청이 확인한 청구인의 2020년 과세연도 사업소득 총수입금액은 OOO원으로 나타난다. 이상의 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. (다) 2019 간추리개정세법을 보면 아래 <표>와 같은 내용이 나타난다. <표> 2019 간추린개정세법 일부
7. 자경농지 양도소득세 감면시 자경기간 계산방법 합리화(조특령§66⑭) 종 전 개정
□ 자경농지에 대한 양도소득세 감 ㅇ(요건) 8년 재촌·자경 ㅇ(자경기간 제외) 사업소득 금액과 총급여액의 합계가 3,700만원 이상인 경우
□ 자경기간 판정시 수입금액 기준 추가 (좌동) (추가) ※축산·양식·임업에 사용한 기간 등의 계산 시에도 준용 ㅇ 복식부기 의무자 수입금액 기준 이상의 수입금액이 있는 경우 해당 과세기간은 자경기간에서 제외 도소매업, 부동산매매업: 3억/제조업 등 1.5억 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점대토가 조특법에 따른 감면요건을 충족하였고 개정된 쟁점시행령은 쟁점대토에는 적용되지 아니한다고 주장하나, 쟁점시행령 제66조 제14항과 제67조 제6항 및 소득세법 시행령제208조 제5항 등에 의하면 종전 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간의 계산에 관하여 새로운 농지의 경작을 개시한 후 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지경작기간을 합산하여 8년이 지나기 전에 도소매업의 경우 사업소득 총수입금액이 OOO원 이상인 과세기간이 있는 경우 새로운 농지를 계속하여 경작하지 아니한 것으로 보고 있고, 쟁점시행령 부칙 제12조도 쟁점시행령 제66조 제14항의 개정규정은 이 영 시행일(2020.2.11.)이 속하는 과세기간분부터 적용한다고 규정하고 있는바, 청구인은 2013.5.13. 취득한 대토 전 토지를 2018.1.15. 양도한 후인2018.10.26. 대토 후 토지를 취득하였고 각 토지의 경작합산기간이 8년을 경과하지 아니한 2020년에 청구인의 사업소득(소매업) 총수입금액이 OOO원인 것으로 확인되는 점, 대토 전 토지의 양도시기(2018.10.26.)가 위 부칙에 따른 시행일 전이어서 이 건에 쟁점시행령 제66조 제14항의 개정규정이 적용되지 아니하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 대토 전 토지의 양도가 조특법 제70조에 따른 농지대토에 대한 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.