[요지] 청구법인과 쟁점수출자는 특수관계에 해당하고, 쟁점물품의 거래가격은 국제시세, 유사물품 수입신고가격 등에 비추어 특수관계의 영향을 받지 않았다고 보기 어려움
[요지] 청구법인과 쟁점수출자는 특수관계에 해당하고, 쟁점물품의 거래가격은 국제시세, 유사물품 수입신고가격 등에 비추어 특수관계의 영향을 받지 않았다고 보기 어려움
[참조결정] 조심2014관0419 / 조심2016관0164 / 조심2015관0057 / 조심2020관0070 / 조심2013관0063
[주 문]
1. OOO세관장이 2022.9.13. 청구법인에게 한 OOO 수입신고에 대한 수정수입세금계산서 발급신청 거부처분과 관련된 심판청구는 각하하고, OOO 수입신고에 대한 수정수입세금계산서 발급신청에 대한 거부처분은 이를 취소한다.
2. 나머지 청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점물품의 거래가격은 특수관계에 영향을 받은 것이 아니므로, 처분청이 이를 부인하고 새로이 과세가격을 결정하여 과세한 쟁점처분은 위법하다. 쟁점수출자는 말레이시아의 AAA, 일본의 BBB, 청구법인 등(이하 이들 3개사를 “투자회사들”이라 한다) 독립된 당사자들이 조인트벤처계약에 따라 설립한 프로젝트회사로서, 이 건 조인트벤처는 공동의 사업을 실행하기 위하여 별도의 회사를 설립하는 회사형 조인트벤처이며, 이와 같은 조인트벤처계약은 프로젝트회사의 설립에 그치지 않고 프로젝트회사의 사업 수행을 통한 공동의 사업실현을 목적으로 하므로 프로젝트회사의 설립 이후에도 존속한다. 법조계에서는 프로젝트회사가 조인트벤처의 실행을 위한 대리 또는 수탁자로 기능하므로 조인트벤처계약과 프로젝트회사의 공존이 인정된다고 본다. 왜냐하면 프로젝트회사는 법적으로 독립된 회사이긴 하지만 프로젝트회사는 특정한 프로젝트의 실행에 국한되기 때문이다. 조인트벤처계약은 ‘기본합의’ 또는 ‘기본계약’으로 불리며, 프로젝트의 전체 사업계획을 담고 있는 상위계약이다. 따라서 프로젝트회사는 기본계약인 조인트벤처계약에 의해 구속받고, 조인트벤처계약은 여전히 유효한 계약이다. 쟁점물품의 거래는 조인트벤처계약에 따른 생산품 구매로 30년 이상 조인트벤처계약에 따른 가격결정방법을 이용하고 있는바, 청구법인이 조인트벤처계약을 체결할 1980년대 당시 많은 국내화학회사들은 선진국의 고급기술을 도입, 제품고급화 시대에 대비하기 위한 경영전략으로 외국업체와 합작회사를 설립하였다. 청구법인도 이러한 경영전략 일환으로 1989년 조인트벤처계약을 체결하고 1992년 공장이 완공된 이후, 청구법인은 조인트벤처계약에서 독립된 3사가 합의한 조건과 가격결정방법에 따라 쟁점수출자로부터 지방알코올을 30여년에 걸쳐 수입하였다. 서로 특수관계가 없는 3개의 투자회사들이 합작투자법인을 설립하기로 계약할 때 합의한 가격결정공식은 그 내용이 합리적으로 결정된 것으로 판단할 수 있다. 합작설비투자를 하고 그 생산품을 수입할 때 생산공장(프로젝트회사)이 손해를 보지 않도록 운영되어야 투자회사가 물량을 안정적으로 수입할 수 있기 때문에 생산공장이 큰 이익이나 손해를 보도록 거래가격 구조를 만들 필요가 없기 때문이다. 세법상 특수관계자의 거래가 부당한 것인지 판단함에 있어 특수관계를 판단하는 시점은 쟁점이 될 수 있는데, 다수의 판결 및 결정은 특수관계를 판단할 때 거래의 내용이 성립되는 시점으로 보아야 한다는 취지의 판단을 하였다. 이런 관점으로 쟁점물품의 거래를 살펴보면 쟁점수입은 2017년부터 2019년까지의 기간에 있었지만 계약조건(가격결정공식)이 결정된 시점은 조인트벤처계약서가 체결된 1989년으로 소급되고, 그 당시 계약에 참여하여 계약서에 서명한 당사자는 특수관계가 없는 독립된 3개의 화학회사들이다. 만약 이 건과 달리 프로젝트회사(쟁점수출자)를 설립하지 않고 컨소시움 형태로 하는 계약형 조인트벤처계약을 체결하고, 지금과 동일한 거래조건으로 일방의 어느 당사자 또는 제3의 생산공장이 생산한 지방알코올을 수입했다면, 지방알코올 판매자는 관세법상 특수관계에 해당하지 않았을 것이다. 청구법인은 쟁점수출자의 지분을 20% 보유하고 있어 관세법상 특수관계에 해당한다고 볼 수 있지만, 쟁점물품 거래는 특수관계가 없는 투자참여 3사간에 체결한 조인트벤처계약에 따른 거래로서, 쟁점수출자는 해당 조인트벤처계약에 따라 설립된 프로젝트 회사일 뿐 여전히 조인트벤처계약은 상위기본계약으로서 유효하고, 투자회사들은 조인트벤처계약 체결당시 특수관계가 아닌 독립된 당사자이며, 쟁점물품의 거래조건은 조인트벤처계약 체결 당시에 정해졌다는 점을 고려하여 거래가격에 대한 관세평가가 이루어져야 한다. 쟁점물품은 합작설비계약에 따라 생산된 원재료로, 그 가격은 원가가산방법으로 산출하는 것이 가장 적합하다. OECD 이전가격 가이드라인 제2.39조에서 원가가산방법은 원가로부터 출발하고, 특수관계회사들이 합작설비계약(Joint Facility Agreement)을 맺거나 장기구매ㆍ공급약정(long term buy-and-supply agreements)에서 적합한 가격결정방법이라고 하면서, 추측이 아닌 원가 데이터에 근거하여 판매자에게 양(+)의 이익이 보장되므로 안정성과 예측가능성이 있다는 장점이 있다고 설명한다. 지방알코올은 팜핵유에서 추출하여 생산되고, 팜핵유의 가격이 제조원가의 80% 정도를 차지하므로 지방알코올의 가격은 팜핵유의 가격에 연동되는 것이 가장 일반적이지만, 팜핵유에서 추출되는 지방알코올 3가지 종류 중 쟁점물품만 팜핵유 시세와 다른 가격등락을 보이는데, 이는 쟁점물품이 지방알코올 전체 생산량에서 소량(6%)만 생산되어 공급이 매우 작고 불규칙해서 시장가격의 변동성이 크고 가격을 예측하기 어렵기 때문이다. 실제로 2017년 10월부터 2018년 9월까지 팜핵유의 1톤당 국제가격이 USD 1,419에서 USD 865로 39% 하락함에 따라 C1214(생산비율 약 64%)도 비슷하게 33.9% 하락하였으나, 쟁점물품은 가격이 오히려 6.9% 상승하였는데, 2018년 당시 청구법인은 쟁점수출자에게 견적을 요청해도 공급자체가 불가능하다는 회신을 받거나 원하는 물량에 한참 못미치는 양만 겨우 확보할 정도였다. 가격결정방법이 정상적인 가격결정관행에 부합하는지 여부는 동일한 제조공정을 거쳐 생산되는 지방알코올 전체를 고려하여 판단하여야 한다. 지방알코올은 동일한 원료인 팜핵유를 사용하고 동일한 공정을 거쳐서 생산되는 연산품으로, 청구법인은 일부 규격만 선별하여 구매하지 않고 전체 생산물량의 20%(지분율)를 구매하고 있으므로, 쟁점수출자로부터 구매하는 지방알코올 전체의 가격결정방법이 정상적인 가격결정관행에 부합하는지를 판단하여야 한다. 국제시장에서 지방알코올 1톤당 단가(ICIS 시세)를 지방알코올의 규격별 생산비율(C0810: 6%, C1214: 64%, C1618: 30%)을 적용하여 가중평균한 통합가격(USD 1,562.93)과 쟁점수출자의 가중평균 통합가격(USD 1,599.99)을 비교하면, 쟁점물품의 시세가 높아진 2018년은 쟁점수출자의 통합가격이 더 높다. 장기간 비교해보면 쟁점수출자의 통합가격이 더 높을 때도 있고 낮을 때도 있으며, 쟁점수출자의 통합가격과 국제시장의 통합가격은 크게 차이나지 않는다. 결론적으로 쟁점수출자의 판매가격이 특수관계의 영향에 따라 낮게 설정된 것이 아니라는 것을 알 수 있다. 다시 말해, 지방알코올의 규격별 단가를 가중평균하여 산출한 통합 단가는 쟁점수출자와 국제시세간 차이가 없는 수준임에도 규격 중 일부만을 선별 비교하였을 때 수출자의 가격이 낮다고 해서 가격결정방법이 특수관계 영향을 받아 저가로 설정되었다고 보는 것은 합리적이지 않다. 부산고등법원 2017.7.21. 선고 2016누24441 판결과 서울고등법원 2017.8.23. 선고 2016누79177 판결에서는 특수관계 영향여부를 판단 할 때 거래 전체의 가격결정을 고려할 수 있다고 설명하고 있고, 조세심판원 또한 처분청이 특별한 이유 없이 동일한 가격결정 구조를 가지고 있는 물품 중 동종동류 비율을 초과한 쟁점물품에 대해서만 특수관계가 영향을 미쳤다고 보아 거래가격을 부인한 처분은 잘못이 있다고 결정(조심 2014관419, 2016.6.28.)한 바 있다. 처분청은 쟁점물품의 가격이 수출자의 이윤을 충분히 보장하지 아니한 부적절한 가격이라고 하면서 그 근거로 쟁점수출자의 쟁점물품 평균매출총이익률(OOO)과 말레이시아 내 동일업종의 평균매출총이익률(17%)의 현저한 차이를 들고 있으나, 해당업종인 기타화학제품의 제조업(2059)에는 지방알코올제조업이 포함되지 않는다. 지방알코올은 비환식알코올로, 환식알코올 및 비환식알코올과 같은 기초유기화학물질의 제조는 기타 유기 염기성 화학물질 제조업(2014)에 분류되어야 하고, 기타화학제품의 제조업(2059)은 화학적으로 정의된 제품의 대량제조나 기타 유기 염기성 화학물질의 제조업(2013, 2014)은 제외한다고 NACE Rev.2에서 명시적으로 정하고 있으므로 2059에는 사진용 화학물질이나 시멘트용 첨가제 등의 기타화학제품제조업이 분류되므로 처분청이 추출한 비교대상기업의 이익률은 적절한 참고지표가 될 수 없다. 말레이시아 내 지방알코올 제조업자는 OOO, OOO 및 쟁점수출자(3개 회사)로 확인되는데, 비교대상기업의 2016년부터 2020년까지의 평균영업이익률은 OOO인바, 같은 기간 동안의 쟁점수출자의 평균영업이익률 OOO와 비교하여 큰 차이가 나지 않는다. 쟁점수출자의 제조원가에 비교대상기업의 평균매출총이익률을 적용하여 쟁점물품의 수입가격을 재산정해 보면 당초 수입가격보다 높아지지만, 그 수준은 당초 수입가격과 OOO 차이에 불과하여 특수관계가 영향을 미쳤다고 판단할 정도의 차이는 아니다. 처분청은 쟁점수출자가 지방알코올 판매가격 결정시 원가에 마크업(markup)한 이윤이 일정한 비율이 아닌 1톤당 OOO으로 고정되어 있는 것은 일반적인 가격결정방식이 아니며 통상적인 거래관계에서 인정되는 방법이 아니라는 의견이나, 원가에 가산한 이윤이 일정한 금액인 것은 맞지만 판매가격대비 OOO 수준으로 연도별로 큰 변동이 있는 것은 아니며, 이는 지방알코올 거래에서 쟁점수출자가 생산공장으로서 제한적인 수행기능이나 위험부담에 대한 보상이며, 또한 원가기반의 가격이 시장기반 가격보다 낮은 가격이라고 하여 거래가격이 왜곡되었다고 볼 수 없다.
(2) 청구법인이 쟁점물품의 거래가격대로 수입신고한 것에 정당한 사유가 있으므로 가산세를 면제하는 것이 타당하다. 관세청장의 가산세 및 보정이자 면제에 관한 지침 제8조 제2항 제3호는 납세의무자가 과거 과세관청의 처분이나 법원의 판결을 신뢰하고 성실히 이행하였으나 과세관청이 그 해석을 변경한 경우 가산세를 면제할 수 있는 정당한 사유로 보도록 규정하고 있다. 청구법인은 쟁점수출자로부터 지방알코올을 수입하기 시작한 이래 30여년간 동일한 방법으로 과세가격을 산출하여 신고하여 왔으나 세관장으로부터 과세가격의 적정성에 대하여 지적받은 적이 전혀 없었고, 처분청의 2008년 선행 관세조사에서 동일한 가격결정구조를 갖는 지방알코올 어느 규격에 대하여 쟁점처분과 마찬가지의 합리적 의심에 대하여 소명하여 과세되지 아니하였고, 이후 2014년 선행 관세조사에서도 과세하지 않았다. 청구법인은 단순히 선행 관세조사 결과 묵시적 비과세 결론을 받은 것에 그친 것이 아니라 처분청에게 동일 쟁점과 관련된 자료를 제출하고 적극적으로 소명한 결과 처분청으로부터 과세하지 않겠다는 직접적인 판단을 받은 것이고, 쟁점물품은 관세율이 0%이고, 부가가치세는 매입세액공제를 받을 수 있으므로 청구법인이 과세가격을 저가로 신고할 아무런 이유가 없으므로 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 보아야 한다. 쟁점물품의 가격결정방법은 합작투자계약에 따라 청구법인뿐 아니라 일본 BBB와 말레이시아 AAA에도 모두 적용되고, 이 건 조인트벤처계약에서 당사자들에게 손해가 없고 가격결정방법 또한 All cost plus 방식으로 정당하게 결정된 것이라는 것을 고려하면 가산세 부과는 타당한 명분을 찾기 어렵다.
(3) 특수관계에 따른 거래가격 배제사유를 인식하고 적용하는 데에 상당한 지식과 주의가 요구되고, 선행관세조사에서도 거래가격을 인정하여 과세처분하지 않았으므로 수입자의 귀책사유가 없어 수정수입세금계산서는 발급되어야 한다. “수정수입세금계산서 발급에 관한 관세청 운영지침” 제12조 제1항 제2호의 나목에 ‘거래가격 배제사유를 인식하는 데에 상당한 지식과 주의가 요구되어 통상의 주의의무로는 정확한 신고를 기대하기 어려운 경우에는 수정수입세금계산서를 발급한다’고 규정하고 있다. 또한, 기획재정부장관도 ‘세관장의 수정수입세금계산서 발급’ 관련 질의에 대하여 “수입하는 자가 관세법 제30조 제1항에 따라 수입가격을 신고하였으나, 같은 법 제31조에서 제34조까지의 규정에 따라 수입가격을 신고하여야 하는 경우에 해당하여 세관장이 부가가치세 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하는 경우로서, 수입하는 자가 신고한 과세가격 결정방법이 상거래관행 등에 비추어 정상적인 것으로 인식하였고, 통상의 주의의무만으로는 정확한 과세가격 신고를 기대하기 어렵다고 인정된다면, 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 다목의 “경미한 과실로 확인되는 경우”에 해당하여, 세관장은 같은 법 제35조 본문에 따라 수입하는 자에게 수정수입세금계산서를 발급하는 것”이라고 회신(부가가치세제과-396, 2018.6.27.)한바 있다. 쟁점물품의 가격은 합작투자계약 체결 당시에 3사(투자회사들)의 합의에 의해 30년 이상 유지되어 온 가격결정방법을 통해 결정되었고, 해당 가격결정방법에는 문제가 없으며, 특수관계자간 거래에서 과세가격 인정여부는 고도의 전문성을 요하는 관세평가분야로서 이견이 많이 발생하여 불복사례가 많음에도 거래가격을 인정하여 과세하지 아니한 선행 관세조사 결과를 신뢰하여 과세가격 사전심사나 질의 등을 하지 않은 것이므로 통상적인 주의의무만으로는 쟁점물품의 과세가격에 오류가 있다고 인식하기에는 무리가 있다. 조세심판원도관세법제31조 이하에서 정한 방법으로 과세가격을 결정하여 과세한 처분에 어떠한 잘못이 없다고 하더라도, 수입자에게 쟁점물품의 거래가격이 과세가격으로 인정되지 않을 수 있음을 인지하여 쟁점물품의 거래가격이 아닌 상관행에 변동이 없는 기간 중에 선적되어 우리나라에 수입된 동종ㆍ동질물품의 거래가격을 과세가격으로 신고하기를 기대하는 것이 사실상 어려워 보이는 점을 고려하여 수입자의 귀책사유가 없고 수정수입세금계산서 발급 거부처분은 취소되어야 한다고 결정(조심 2015관57, 2015.5.13.)한 바 있고, 과거 기업심사시 업체의 실제 거래가격을 인정하고 과세가격 자체를 문제 삼지 않고 종결한 경우 수정수입세금계산서 발급을 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단한 사례(조심 2016관164, 2017.3.30.)도 있는바, 선행 관세조사에서 과세가격결정방법에 대해 별도로 문제 삼지 않은 이 건의 경우에도 수정수입세금계산서가 발급되어야 한다. 또한 쟁점물품은 FTA 특혜를 적용받아 관세율이 0%인 물품이므로 청구법인에게 관세부담을 줄이기 위한 목적으로 고의로 과세가격을 과소신고하여 향후 이에 대한 가산세 부과 및 수정수입세금계산서 미발급으로 인한 부가가치세 매입세액 불공제의 위험을 부담할 이유가 없는 것이다. 이와 관련하여 조세심판원도 “쟁점물품은 대부분 관세율이 0%로서 청구법인이 과세가격을 과소신고할 이유가 없으므로 납세자에게 요구되는 주의의무는 다른 일반적인 경우와 동일하게 보기 어렵다”고 결정(조심 2020관70, 2020.12. 2.)한바 있다.
(1) 청구법인과 쟁점수출자 간의 거래가격은 특수관계에 영향을 받은 것이므로 쟁점물품에 대한 신고가격을 부인하고 관세법 제32조 또는 제35조에 규정된 방법으로 과세가격을 재산정하고 과세한 쟁점처분은 적법하다. 청구법인은 ‘쟁점물품의 거래는 특수관계가 없는 투자회사들이 참여한 조인트벤처계약에 따른 거래라는 특수성을 고려하여 관세평가가 이루어져야 한다’고 주장하나, 관세법상 특수관계 해당 여부는 수입신고 당시의 판매자와 구매자의 지위를 기준으로 판단한다. 쟁점물품의 판매자는 청구법인이 20%의 지분을 가지고 있는 생산공장(쟁점수출자)인 것이지, 생산공장을 설립하기로 서명한 나머지 독립된 2개 회사가 아닌바, 계약 조건이 결정된 시점인 1989년 당시 계약서에 서명한 당사자는 특수관계가 없는 독립된 3개의 회사였다는 청구법인의 주장은 타당하지 않으며, 청구법인은 수출자의 지분을 20% 보유하고 있으므로 명백히 관세법상 특수관계에 해당한다. 또한 장기공급계약의 경우에는 가격의 결정시점과 수입신고 시점의 차이가 발생할 수밖에 없는 특수성이 있다고는 하나, 청구법인이 언급한 조세심판원 결정사례와 달리 쟁점물품의 거래에서 쟁점수출자와 청구법인은 이미 특수관계였고, 거래 전후로 그 관계가 변경된 적도 없으므로 청구법인의 주장은 타당하지 않다. 쟁점수출자는 매달 지방알코올의 원재료인 팜핵유(PKO)의 가격을 선적일 기준 3월∼6월 이전에 말레이시아통화(MYR)로 청구법인에게 통지하고, 거래가격은 실제 선적월의 선적단가를 USD로 환산한 금액으로 결정하는데, 쟁점물품의 가격은 팜핵유(PKO) 가격을 근간으로 결정되고 원재료인 팜핵유의 가격추이와 일치함에도, 쟁점물품의 거래가격은 ICIS(국제 시장가격 지수)에서 발표하는 국제시세 및 독립적인 제3자로부터 수입하는 유사물품 거래가격 대비 37%∼81% 수준에 불과하다. 즉, 근접한 날짜에 수입신고된 독립된 제3자와의 거래가격과 특수관계자인 쟁점수출자로부터 수입된 거래가격을 비교하였을 때 톤당 단가가 약 2배 이상 차이가 발생한다. 청구법인은 독립적인 제3자와의 거래시에는 국제시세를 참고하여 거래가격을 산정하고 있는 반면, 특수관계자인 수출자와 쟁점물품 거래시에는 국제시세를 고려하지 않고 고정된 가격결정공식에 의하여 거래가격을 산정하고 있는데, 이는 당해 산업부문의 정상적인 가격결정 관행에 부합하는 방법으로 결정되지 않는 경우에 해당하고, 결국 쟁점수출자와 청구법인이 특수관계에 해당되어 쟁점물품의 거래가격에 영향을 준 것으로 판단할 수밖에 없다. 다국적기업의 경우 거래가격 결정시 원가가산법을 사용하는 것은 통상적이며, 청구법인 역시 쟁점물품 거래가격 결정시 원가가산법을 사용하는 것 자체는 문제가 없으나, 쟁점물품의 원가가산법은 원재료비만 연동되어 결정될 뿐, 그 외 요소의 가격은 알 수 없으므로 원재료비를 제외한 다른 비용 및 이윤 요소들이 적절하게 수입가격에 반영되었다고 볼 수 없다. 관세법상 과세가격으로 인정되는 거래가격 결정방법 중 원가가산방식은 제조원가에 이윤을 가산하는 것으로, 이때 이윤은 수출국 내에서 해당 물품과 동종ㆍ동질 물품의 생산자가 우리나라에 수출하기 위해 판매할 때 발생되는 통상적인 이윤을 말하며, 국세조세조정에 관한 법률에서도 정상가격으로 인정하는 원가가산방식 가격결정방법은 제조원가에 통상의 이윤, 즉 자산 판매자와 특수관계가 없는 자 간 거래 중 해당 거래와 수행된 기능, 사용된 자산 및 부담이 위험의 정도가 유사한 거래에서 발생한 원가에 대한 매출총이익의 비율에 해당하는 이윤이 가산되어야 한다고 규정하고 있다. 2016년～2020년 쟁점수출자의 쟁점물품 평균매출총이익률은 OOO로 동일업종의 평균매출총이익률인 17%와 비교하면 현저히 낮은데, 마진율(OOO)의 세부구성요소를 보면 판매비와 일반관리비(이하 “판관비”라 한다) 약 OOO, 영업이익 약 OOO로, 특히 판관비의 비중이 일반적인 업체에 비하여 낮은 수준이다. 이는 특수관계자인 말레이시아 AAA이 쟁점수출자의 거의 모든 관리용역(판관비)을 제공하고 있으므로 쟁점수출자의 가격 구성요소 중 판관비 비중이 낮기 때문이다. 그러나 이러한 경우는 이윤추구를 목적으로 하는 기업의 입장에서 볼 때 이례적인 것으로, 낮은 가격으로 판매하여도 적자가 발생하지 않는 특별한 영업구조이기 때문에 가능하다 할 것이다. 이와 관련하여 청구법인은 처분청의 말레이시아 동일업종 비교 데이터 기준 선정에 오류가 있다고 주장하나, 이는 청구법인이 데이터 결과를 오해한 것이다. 처분청은 말레이시아 동일업종의 평균매출총이익률을 산출하기 위해 US SIC 업종코드 2899로 비교대상업체를 조회하면서 ORBIS라는 시스템을 이용하였는데, US SIC 2899 코드에는 ‘기타의 분류되지 않은 화학 물질 및 화학 준비물질’이 분류되며 해당 분류에는 지방알코올 제조업이 포함된다. 다만, ORBIS 프로그램 상 결과값에 고정적으로 타 분류체계인 NACE Rev.2에서의 분류값도 같이 조회되기에, 청구법인은 표기된 NACE 2059를 보고 이를 오해한 것으로 보인다. 또한 청구법인은 데이터의 결과가 유럽 NACE 2059 코드가 적용되었음을 전제로 하여, 지방알코올은 NACE 2014 코드에 해당하는 비환식알코올이므로 처분청의 기준 선정 자체에 오류가 있다고 주장하나 처분청이 NACE 2014 코드로 추출했을 때 매출총이익 자료가 있는 업체는 1개만 조회되어 이를 기초로 동종업계의 평균적인 매출규모 등을 파악하는 것은 부적합하여 더 많은 자료가 조회되는 US SIC 코드를 적용한 것이다. 그리고, 청구법인은 쟁점수출자와 수출국 내 지방알코올 제조업자는 이익률 측면에서 큰 차이가 나지 않는다고 주장하나, 청구법인은 쟁점수출자의 평균 영업이익률을 높이기 위하여 2017년 유형자산평가손실분을 임의적으로 제외하고 계산하였기에 이는 이익률과 관련된 적절한 자료가 될 수 없다. 게다가 청구법인이 제시한 자료를 보더라도 쟁점수출자의 평균매출총이익률은 OOO, 평균영업이익률은 OOO임에 비해 비교대상기업의 평균매출총이익률은 7.3%, 평균영업이익률은 3.3%여서 쟁점수출자에 비해 각각 OOO배 내지 OOO배 이상 높은 수준이다. 또한 청구법인은 쟁점수출자가 생산하는 지방알코올 판매가격은 일괄적으로 톤당 고정값의 이윤(OOO)을 더하여 결정된다고만 설명할 뿐 이윤 결정 과정에 대한 구체적인 관련 자료를 제출하지 않고 있는데, 통상의 이윤이라는 것이 원가에 대한 비율이면서 수시로 변동되는 것이 일반적이라는 것을 고려할 때 이는 통상적인 거래관계에서 인정되는 방법이라 할 수 없고, 따라서 청구법인의 원가가산 가격결정방법은 이윤에 해당하는 배당금 및 이익유보금이 고정비로 취급되어 결정되므로, 쟁점물품과 같이 국제시세가 수시로 변동하는 경우, 비율이 아닌 낮은 고정값 수준의 이윤 반영은 적절한 거래가격 결정이라고 볼 수 없다. 합작투자계약에 명시된 관리용역계약에 따르면, 쟁점수출자는 생산제품 전량을 합작투자계약에 따라 정해진 가격으로 지정된 투자자에게 단순 분배하는 역할만을 수행할 뿐 쟁점수출자 본인이 생산한 제품을 제3자에게 판매하거나 가격결정 권한을 보유하고 있지 않으므로 쟁점수출자의 본질적 역할 및 기능은 독립기업으로서의 이윤창출이 아닌 제품생산 및 제품분배에 있고, 청구법인을 포함한 계약당사자들은 수출자의 연간 제품 생산량 모두를 각 지분보유분만큼 구매할 의무가 있으며, 계약당사자의 서면 동의 없이는 말레이시아에서 쟁점수출자의 생산제품과 경쟁관계에 있는 지방알코올, 글리세린 제조ㆍ판매에 직ㆍ간접적으로 참여하지 않도록 하는 경쟁금지의무가 있다. 통상적으로 장기공급계약은 계약기간이 구체적으로 명시되어 있어 상황변화에 따라 계약기간의 연장 등 거래당사자간 합의에 따라 계약내용 수정이 가능하여야 함에도 쟁점물품 거래계약은 30여년 동안 변동 없이 동일한 내용으로 지속되었으며 쟁점수출자와 청구법인은 합작투자계약서의 내용 변경 없이는 거래계약을 변경할 수 없으므로 이는 일반적인 장기공급계약이라 볼 수 없는바, 쟁점물품 거래계약은 거래당사자인 쟁점수출자와 청구법인에게 독립된 거래당사자로서 수입가격 결정에 관한 거래 협상 권한을 부여하지 않은 채 합작투자계약에 기속된 계약으로 쟁점수출자가 생산한 제품을 판매하는 것이 아닌 단순 분배하는 계약이므로 본질적으로 통상적인 매매계약이라 볼 수 없고 나아가 특수관계에 영향을 받은 계약에 해당한다. 청구법인은 지방알코올이 팜핵유라는 동일한 원료를 사용하고 동일한 공정을 거쳐 생산되는 연산품으로 일부 연산품만 선별하여 구매하지 아니하고 생산된 연산품 전체의 20% 물량을 구매하고 있으므로 쟁점수출자로부터 구매하는 지방알코올 전체의 가격결정을 함께 고려하여야 한다고 주장하나, 쟁점물품은 다른 지방알코올과 원재료만 같을 뿐 성질은 다른 물질이므로 이를 함께 비교하는 것은 부적절하다. 청구법인의 주장은 마치 석유제품(휘발유, 등유, 경유 등)이 각각 성질이 다르며 시장 가격 또한 다름에도 불구하고, 동일한 원유를 가공처리하여 생산되는 연산품이므로 휘발유의 가격결정관행 판단 시 전체 석유제품의 가격결정을 함께 고려해야 한다와 같은 이치로 타당하지 않다. 관세의 과세가격은 관세법 제27조에 의거 수입신고 건별로 과세가격을 신고하고, 매 수입신고 건별로 과세가격을 평가하므로, 수입신고 건별로 특수관계가 거래가격에 영향을 미쳤는지의 여부를 판단하여 수입신고 건별로 거래가격을 부인할 수 있는데, 이와 관련하여 판례 역시 ‘관세평가는 거래당사자 사이의 전체 거래에 의하여 결정하는 것이 아니라 당해 수입물품의 거래가격을 기초로 수입신고별로 과세가격을 결정하는 것’이라고 판시(서울고등법원 2017.8.23. 선고 2016누79177 판결)한바 있다. 판매가격 결정에 있어 통상적인 거래의 경우에는 당해 가격에 미판매재고에 대한 재고관리비용과 판매를 위한 영업비용 등 판매관리비 및 제품판매와 관련된 세금(법인세 등)이 포함하여 결정되나, 합작투자계약에 따라 투자회사들에게 쟁점수출자의 생산물량 전량에 대한 구매의무가 부과된 쟁점물품의 거래가격에는 통상적인 거래에서 발생하는 재고관리비용과 판매관리비가 포함되지 않고, 합작투자계약서 제1조에 “신회사는 1986년 제정된 투자촉진법에 의해 세금 혜택을 받을 수 있는 장점을 갖고 있다”고 규정하고 있으므로 쟁점물품의 거래가격에는 정상거래에서 발생하는 세금 또한 포함되지 않게 된다는 점에서 쟁점물품의 거래가격은 합작투자계약 내용에 기속되어 영향을 받은 것이다. 또한, 청구법인이 쟁점수출자로부터 의무적으로 수입하는 지방알코올 규격별 수입비중[쟁점물품(OOO), C1214(OOO), C1618(OOO)]을 볼 때, ① 팜핵유로부터 생산되는 지방알코올의 희소가치가 상이함에도 쟁점물품의 희소가치를 고려하지 않고 생산량 및 거래액이 상대적으로 적은 쟁점물품을 구매하면서 생산량 및 거래액이 큰 다른 주요물품들을 함께 구매해야 하고, ② 청구법인이 합작투자계약서상 배정물량을 구매하지 않을 경우에는 잔여물량에 대한 고정비를 지불해야 하며, ③ 모든 지방알코올의 거래가격이 지방알코올의 희소가치를 고려하지 않고 동일하게 적용된다는 점으로 보아, 쟁점물품의 거래가격은 청구법인이 합작투자계약서상 제품구매 의무에 따라 생산량 및 거래액이 큰 다른 주요 물품들을 구매하는 조건으로 결정되는 것으로 판단되는바, 이는 당해 거래가격이 관세법 제30조 제3항 제2호의 금액으로 계산할 수 없는 조건 또는 사정에 영향을 받은 것이라 할 수 있다. 관세법상 납세자가 제30조 제1항의 거래가격으로 신고한 과세가격이 동종ㆍ동질 또는 유사물품의 가격과 현저한 차이가 존재하는 경우, 납세자는 신고가격이 사실과 같음을 증명할 책임이 있고, 이를 증명한 경우 신고가격을 과세가격으로 인정받을 수 있으나 증명하지 못하는 경우에는 신고가격을 과세가격으로 인정하지 않고 관세법 제31조부터 제35조까지에 규정된 방법에 따라 과세가격을 결정한다. 청구법인이 제3자로부터 수입하는 지방알코올의 수입가격은 구매계약시점의 국제시세에 따라 결정되나, 쟁점물품의 가격결정방식은 1989년 체결한 합작투자에 따른 공급계약서에 따라 원가가산방식으로 설정되어 있고 가격재협상 조항 없이 30년 이상 변동 없이 동일하게 적용되고 있으며, 이 원가가산방식에 의한 가격산정 시 관련 원가 등이 적절하지 않게 배분된 사실 및 쟁점수출자의 마진으로 지방알코올 종류와 관계없이 일률적으로 톤당 OOO을 가산하였다고 하나 이를 확인할 수 있는 근거 또한 없다. 이에 처분청은 청구법인에게 유사물품 거래가격과의 현저한 차이 등에 대한 소명자료를 제출할 것을 요청하였으나 청구법인은 처분청의 합리적인 의심을 해소하지 못하였던바 쟁점처분은 관세법 제30조 제4항 및 제5항 제1호에 비추어 보더라도 정당하다.
(2) 청구법인에게는 가산세가 면제되어야 할 ‘정당한 사유’가 존재하지 않는다. 청구법인은 선행관세조사에서 묵시적 비과세 결론을 받은 것에 그친 것이 아니라 처분청에게 동일쟁점과 관련된 자료를 제출하고 처분청으로부터 과세하지 않겠다는 직접적인 판단을 받았기 때문에 “가산세 및 보정이자 면제에 관한 지침” 제8조 제2항 제3호에 해당하는 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 주장하나, 이는 다음과 같은 사정에 비추어 보면 타당한 이유가 없다. 처분청은 청구법인이 수입하는 지방알코올 거래가격과 관련하여 인정 여부에 대한 공적인 견해표명을 한 사실이 없고 청구법인 또한 주장만 할뿐 이와 관련된 입증자료를 제시하지 못하였다. 선행 관세조사 당시 수입신고 적정여부 판단 대상은 쟁점물품이 아닌 다른 규격의 지방알코올(C1214)로, 청구법인이 ‘청구법인과 OOO의 거래전반에 대한 설명자료’를 제출한 사실만으로 쟁점물품과 관련된 사실관계를 확인할 수 없으므로, C0810과 관련한 위 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다. 이와 관련하여 조세심판원은 처분청이 새로운 사실을 발견하여 이를 시정하고자 과거 기업심사 당시와 다른 과세가격 결정방법을 적용하였다 하여, 사건 처분이 신의성실의 원칙에 위배된다고 보기는 어렵다고 결정(조심 2013관63, 2013.9.10.)한바 있고, 대법원에서는 과거 관세조사에서 지적이 없거나 시정요구 등을 하지 않았더라도 이를 비과세의 공적 견해표명으로 볼 수 없다고 판단하고 있다. 청구법인은 쟁점물품의 관세율이 0%이고 부가가치세 역시 매입세액 공제가 가능하기 때문에 저가로 신고할 이유가 없다고 주장한다. 그러나 수입자가 수입신고를 할 때 관세율이 0%이고 매입세액 공제가 가능하다는 이유만으로 물품의 가격을 충분한 검토 없이 잘못된 가격으로 신고할 경우, 1차적으로 관세 및 부가가치세의 정확한 세액산정이 어려워지며 관세 및 부가가치세와 같은 간접세의 원활하고 적정한 조세 전가에도 부정적인 영향을 미치게 된다. 더불어, FTA에 따른 협정세율 0% 대상은 관세에 국한되는 것이고 수입물품에 대한 부가가치세의 과세표준은 관세의 과세가격에 관세 및 기타 세액이 더해진 금액이 된다. 협정세율은 어디까지나 관세율에 대한 것이고, 협정세율 0%가 적용된다 하여 관세부과의 대상이 되는 과세가격에 대한 관세법 조항이 무시될 이유가 없다. 즉, 수입물품의 부가가치세 과세표준은 관세법상 과세가격에 따라 결정되는 것이다. 처분청은 과거 관세조사시 비과세 처분을 한 적도 없고 과거에 행한 처분이나 해석을 변경한 적도 없으므로 청구법인에게는 가산세를 면제할 수 있는 정당한 사유가 없다.
(3) 수정수입세금계산서를 발급하지 아니한 수입신고 7건에는 발급사유가 존재하지 않는다. 청구법인은 납세자보호위원회 심의 결과에 따라 13건의 수정수입세금계산서가 발급되었으므로 동일한 사안인 나머지 7건에 대하여도 부과제척기간 도과와 상관없이 수정수입세금계산서가 발급되어야 한다고 주장하나, 먼저 부과제척기간이 경과한 2건의 경우 부가가치세법 제35조 제3항은 “수입하는 자는 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하지 아니하는 경우 국세기본법 제26조의2 제1항이나 같은 조 제6항 제1호에 따른 기간 내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장에게 수정수입세금계산서의 발급을 신청할 수 있다”라고 규정하고 있는바, 국세기본법 제26조의2는 국세의 부과제척기간을 5년으로 규정하고 있으므로 수정수입세금계산서 발급이 불가하다. 나머지 수입신고 5건은 “수정수입세금계산서 발급에 관한 운영지침” 제12조 제2항에서 ‘통상적인 주의의무만으로도 충분히 인식할 수 있음에도 불구하고 정확한 납세신고를 하기 위한 노력이 없는 경우’, ‘특수관계자간 거래 등 수입거래 상황을 종합하여 볼 때 일반적인 상거래 관행을 벗어나거나 비정상적이라는 인식을 하고 있었을 것으로 인정되는 경우’ 등에 해당하여 수정수입세금계산서를 발급하지 아니한 것이다. 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인은 ① 상관행상 국제시세가 존재하는 물품에 대해서 국제시세를 기초로 거래가격을 산정하지만 청구법인은 국제시세를 기초로 하지 않는 점, ② 특수관계자간 거래 시 통상적인 원가가산법이 아닌 임의적으로 수입가격을 결정한 점, ③ 비통상적 장기계약으로 쟁점물품 수입가격의 왜곡이 발생한 점 등 쟁점물품의 수입가격이 일반적인 상거래관행에 벗어난 사유가 있음에도 불구하고 제1방법에 따라 과세가격을 신고한 귀책사유가 있으므로 수정수입세금계산서 발급사유가 존재한다고 볼 수 없다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점물품의 거래가격이 특수관계에 의해 영향을 받았다고 보아 유사물품의 거래가격 또는 합리적인 방법으로 과세가격을 결정하여 관세 등을 과세한 처분의 당부
② 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 당부
③ 수정수입세금계산서 발급 거부처분의 당부
(1) 1989년경 AAAOOO, BBBOOO, 청구법인 간에 체결한 합작투자계약에 따라 말레이시아에 지방알코올과 조글리세린(부산물)을 제조하는 쟁점수출자가 설립되었는데, 투자비율은 AAA 55%, BBB 25%, 청구법인 20%로 현재까지 각 당사자들의 지분율 변동은 없다. AAA는 독일의 OOO과 말레이시아의 OOO가 설립한 말레이시아 합작회사로, OOO은 2013년 기준 매출액이 OOO에 달하는 전 세계적인 사업망을 갖춘 독일의 종합 생활용품 회사이고, OOO는 말레이시아의 팜유 정제회사이며, BBB는 일본의 지방산, 지방알코올, 가소제, 화학제품을 제조하는 회사이고, 청구법인은 대한민국의 세제, 샴푸, 린스 등 생활용품을 제조회사이다. 청구법인이 쟁점수출자의 지분을 20% 보유하고 있어 관세법상 특수관계에 해당한다는 사실에 대하여 양측 모두 인정하고 있다.
(2) 지방알코올은 천연유지(팜핵유)에서 추출한 알코올로, 탄소수가 증가함에 따라 지방알코올은 유상(油狀)에서 고체로 되고, 탄소수에 따라 용도에 차이가 있다. 탄소수 6∼10의 것은 용제 및 가소제, 12∼14의 것은 세제나 계면활성제, 16 이상의 것은 화장품, 의약품 등에 주로 사용되지만, C8, C10으로부터 비이온성 계면활성제가 제조되기도 하므로 이는 절대적인 구분이 아니다. 팜핵유(Palm Kernel Oil)에서 추출한 지방알코올은 분자에 함유되어 있는 탄소수가 6∼18개인데, 수소첨가 및 고온/고압의 증류를 통해 종류별로 분별된다. C0810(쟁점물품)은 6%, C1214는 64%, C1618은 30%가 생산되며, 생산비율은 인위적으로 조절하기 어렵다.
(3) 합작투자계약서는 본문과 별지(Schedule)로 나뉘는데, 별지A 부지 위치, 별지B 정관, 별지C 관리용역계약서, 별지D 판매가격결정공식, 별지E 기술도입(License)계약서, 별지F 프로젝트관리 및 엔지니어링 계약서, 별지G 촉매공급계약으로 구성된다. 투자회사들은 쟁점수출자의 연간 제품생산량 모두를 지분비율에 따라 구매해야 하며(합작투자계약서 제7.1조), 지방알코올 가격은 “변동비+고정비”이다.
○ 변동비: 원재료비(팜핵유) + 부재료비 + 에너지비용 – 글리세린(경제적가치가 있는 부산물)
○ 고정비: 인건비+감가상각비+유지보수비+보험료+관리용역비+배당금+이익잉여금 청구법인은 원재료비를 제외한 나머지 요소들의 가격을 알지 못하고 관련 자료도 제출하지 않았다. 지방알코올 판매가격 공식은 변동비와 고정비로 나뉘는데, 여기서 ‘변동비’란 재료비처럼 생산량을 늘리면 늘고 줄어들면 줄어드는 원가를 의미하며, ‘고정비’는 생산량과 무관하게 지출되는 비용을 의미하며 정해진 고정값을 의미하는 것은 아니다. 지방알코올 판매가격은 제조원가 항목인 원재료비, 부재료비, 에너지비용, 인건비, 감가상각비, 유지보수비에 판매관리비 항목인 보험료와 관리용역비를 더하고 배당금과 이익잉여금을 합한 후, 부산물 글리세린 가치를 공제하여 결정된다. ‘All Cost + Margin’, ‘원가+판매관리비+이윤’의 구조이다. 쟁점물품의 수입기간 동안 쟁점수출자는 Margin으로 지방알코올 종류와 관계없이 톤당 OOO을 가산하였다. 쟁점수출자의 경영관련 업무는 가장 많은 지분을 보유한 AAA이 수행한다. 쟁점수출자는 재무회계, 전산자료 가공, 경영계획, 인사 및 인력개발, 제품분배 및 마케팅, 엔지니어링 및 기타 관련업무에 대한 관리용역비를 AAA에게 지급한다(합작투자계약서 제5조). 또한 AAA은 지방알코올의 제조공정과 Know-How를 제공한다(합작투자계약서 제12조). AAA은 지방알코올 제조에 관한 기술정보(수소첨가공정)를 제공하며 수출자는 기술특허에 대한 실시권을 허여받는 대가로 AAA에 OOO을 지불하고(별지E 기술도입계약), 가동 매뉴얼, 엔지니어링 서포트, 운전지원과 운전인원의 훈련을 포함한 기초설계와 공장가동유지를 위한 지원을 받는다(프로젝트관리 및 엔지니어링계약). 제조공정에 필요한 촉매를 공급도 AAA이 담당한다(촉매공급계약).
(4) 청구법인이 제출한 “지방알코올 가격 및 팜핵유 국제가격 추이”에서 C1214, C1618 가격추이는 원재료인 팜핵유 시세에 연동하지만, 쟁점물품은 팜핵유의 국제가격과 연동하여 결정되지 않았다.
(5) 처분청이 제출한 자료에 따르면 청구법인이 독립된 제3자와 쟁점수출자로부터 수입한 쟁점물품의 거래가격을 비교해 보면 OOO과 같이 톤당 단가가 약 2배 이상 차이가 나고 있다.
(6) 청구법인은 처분청과 협의하여 부과제척기한 만료가 2개월 이상 남은 수입신고 13/건(OOO)은 2022.7.14. 수정수입세금계산서 발급 심의요청을 하여 2022.8.25. 납세자보호위원회에서 발급을 결정하였다. 청구법인은 2022.7.19. 및 2022.7.20. 처분청에 수정수입세금계산서 발급 신청을 하였으나, 처분청은 2022.9.13. 수입신고번호 OOO 등 OOO건(OOO)은 부과제척기간 경과로 수정수입세금계산서 발급 불가를 결정하였고, 수입신고번호 OOO 등 OOO건(OOO)은 납세자보호위원회 심의대상 제외로 수정수입세금계산서 미발급으로 회신하였다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점물품의 거래가격이 특수관계에 영향을 받은 것이 아니므로 이 건 과세부과처분은 취소되어야 한다는 취지로 주장하나, 청구법인은 쟁점수출자의 지분을 20% 보유하고 있으므로 관세법상 특수관계에 해당하는 점, 지방알코올의 가격은 팜핵유 가격을 근간으로 결정되므로 일반적으로 팜핵유의 가격추이와 일치하나, 쟁점물품의 경우 ICIS(국제 시장가격 지수)에서 발표하는 국제시세의 가격추이와 일치하지 않는 점, 근접한 날짜에 수입신고 된 쟁점물품의 거래가격(OOO)과 청구법인이 독립적인 제3자로부터 수입한 유사물품의 거래가격(OOO)을 비교하였을 때 쟁점물품의 거래가격은 유사물품 거래가격 대비 50% 이상 저가로서 관세법 시행규칙 제5조 제1항의 비교가격과 차이가 100분의 10 이하인 경우에는 특수관계의 영향을 받지 아니한 것으로 볼 수 있다는 규정이 적용될 여지가 없어 보이는 점, 2016년～2020년 쟁점수출자의 쟁점물품 평균매출총이익률(OOO)이 말레이시아 동일업종의 평균매출총이익률(17%)과 비교하여 현저히 낮고, 또한 청구법인은 지방알코올 판매가격은 일반적으로 톤당 고정값의 이윤(OOO)을 더하여 결정된다고 주장하나, 통상적으로 이윤은 원가에 대한 비율로 수시로 변동되는 것이 일반적이라는 것을 고려할 때 통상적인 원가가산법이 아닌 것으로 보이는 점, 통상적으로 장기공급계약은 계약기간이 구체적으로 명시되어 있고, 상황 변화에 따라 계약기간의 연장 등 거래당사자간 합의에 따라 계약내용의 수정이 가능하나 쟁점물품의 가격은 1989년 체결한 합작투자계약서에 따른 공급계약서에 따라 30년 이상 변동 없이 동일하게 적용되고 있어 통상적인 장기계약으로 보기 어려운 점 등을 종합적으로 고려해 보면, 이 건의 거래는 특수관계자간 거래로서 특수관계가 쟁점물품의 거래가격에 영향을 미친 것으로 판단하여 관세법 제30조에서 규정한 방법에 따른 신고가격을 과세가격으로 인정하지 아니하고 같은 법 제32조 또는 제35조에서 정한 방법에 따라 과세가격을 결정한 처분청의 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청의 2008년 및 2014년 선행 관세조사에서 묵시적 비과세 결론을 받은 것에 그친 것이 아니라 처분청에게 동일쟁점과 관련된 자료를 제출하고 처분청으로부터 과세하지 않겠다는 직접적인 판단을 받았기 때문에 가산세를 면제할 수 있는 정당한 사유가 있다고 주장하나, 처분청이 관세조사를 실시한 후, 청구법인이 수입한 쟁점물품의 거래가격이 특수관계에 의해 영향을 받지 아니하였다고 통보한 사실이 없고, 청구법인 또한 이와 관련된 입증자료를 제시하지 못한 점, 청구법인이 쟁점물품의 과세가격 적정성 등에 대하여 과세관청에 질의하는 등의 노력을 기울인 사실이 확인되지 않는 점 등에 비추어 가산세를 면제해 달라는 취지의 청구주장은 받아들이기 어렵다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년을 경과한 ＜별지1＞ 연번1, 2 기재 수입신고(OOO)에 대한 처분청의 수정수입세금계산서 발급신청 거부처분은 처분청이 부가가치세법 제35조 제3항에 따라 이를 각하하였으므로 이와 관련된 심판청구는 부적법한 것으로 판단된다. 다만, ＜별지1＞ 연번3～7 기재 수입신고에 대한 수정수입세금계산서 발급신청에 대한 처분청의 거부처분과 관련하여 처분청은 납세자보호위원회 심의결과에 따라 ＜별지1＞ 연번8～20 기재 수입신고에 대한 수정수입세금계산서는 이미 발급하였고, ＜별지1＞ 연번3～7 기재 수입신고 건은 청구법인이 위 ＜별지1＞ 연번8～20 기재 수입신고 건과 같이 납세자보호위원회에 심의 요청하려 하였으나, 처분청이 부과제척기간 만료 임박(납세자보호위원회 처리기간 2개월 내 만료) 수입신고 건에 해당한다며 납세자보호위원회 심의에서 제외한 점 등에 비추어, 처분청이 ＜별지1＞ 연번3～7 기재 수입신고에 대한 수정수입세금계산서 발급신청을 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 관세법제131조와 제80조의2 및 제65조 제1항 제1호, 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지2＞ 관련 법령 등
(1) 관세법 제30조[과세가격 결정의 원칙] ① 수입물품의 과세가격은 우리나라에 수출하기 위하여 판매되는 물품에 대하여 구매자가 실제로 지급하였거나 지급하여야 할 가격에 다음 각 호의 금액을 더하여 조정한 거래가격으로 한다. 다만, 다음 각 호의 금액을 더할 때에는 객관적이고 수량화할 수 있는 자료에 근거하여야 하며, 이러한 자료가 없는 경우에는 이 조에 규정된 방법으로 과세가격을 결정하지 아니하고 제31조부터 제35조까지에 규정된 방법으로 과세가격을 결정한다.
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따른 거래가격을 해당 물품의 과세가격으로 하지 아니하고 제31조부터 제35조까지에 규정된 방법으로 과세가격을 결정한다. 이 경우 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 판단하는 근거를 납세의무자에게 미리 서면으로 통보하여 의견을 제시할 기회를 주어야 한다.
1. 해당 물품의 처분 또는 사용에 제한이 있는 경우. 다만, 세관장이 제1항에 따른 거래가격에 실질적으로 영향을 미치지 아니한다고 인정하는 제한이 있는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
2. 해당 물품에 대한 거래의 성립 또는 가격의 결정이 금액으로 계산할 수 없는 조건 또는 사정에 따라 영향을 받은 경우
3. 해당 물품을 수입한 후에 전매ㆍ처분 또는 사용하여 생긴 수익의 일부가 판매자에게 직접 또는 간접으로 귀속되는 경우. 다만, 제1항에 따라 적절히 조정할 수 있는 경우는 제외한다.
4. 구매자와 판매자 간에 대통령령으로 정하는 특수관계(이하 “특수관계”라 한다)가 있어 그 특수관계가 해당 물품의 가격에 영향을 미친 경우. 다만, 해당 산업부문의 정상적인 가격결정 관행에 부합하는 방법으로 결정된 경우 등 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
④ 세관장은 납세의무자가 제1항에 따른 거래가격으로 가격신고를 한 경우 해당 신고가격이 동종ㆍ동질물품 또는 유사물품의 거래가격과 현저한 차이가 있는 등 이를 과세가격으로 인정하기 곤란한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세의무자에게 신고가격이 사실과 같음을 증명할 수 있는 자료를 제출할 것을 요구할 수 있다. 제31조[동종ㆍ동질물품의 거래가격을 기초로 한 과세가격의 결정] ① 제30조에 따른 방법으로 과세가격을 결정할 수 없는 경우에는 과세가격으로 인정된 사실이 있는 동종ㆍ동질물품의 거래가격으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 가격을 기초로 하여 과세가격을 결정한다.
1. 과세가격을 결정하려는 해당 물품의 생산국에서 생산된 것으로서 해당 물품의 선적일(船積日)에 선적되거나 해당 물품의 선적일을 전후하여 가격에 영향을 미치는 시장조건이나 상관행(商慣行)에 변동이 없는 기간 중에 선적되어 우리나라에 수입된 것일 것
2. 거래 단계, 거래 수량, 운송 거리, 운송 형태 등이 해당 물품과 같아야 하며, 두 물품 간에 차이가 있는 경우에는 그에 따른 가격차이를 조정한 가격일 것 제32조[유사물품의 거래가격을 기초로 한 과세가격의 결정] ① 제30조와 제31조에 따른 방법으로 과세가격을 결정할 수 없을 때에는 과세가격으로 인정된 사실이 있는 유사물품의 거래가격으로서 제31조제1항 각 호의 요건을 갖춘 가격을 기초로 하여 과세가격을 결정한다.
② 제1항에 따라 과세가격으로 인정된 사실이 있는 유사물품의 거래가격이라 하더라도 그 가격의 정확성과 진실성을 의심할만한 합리적인 사유가 있는 경우 그 가격은 과세가격 결정의 기초자료에서 제외한다.
③ 제1항을 적용할 때 유사물품의 거래가격이 둘 이상이 있는 경우에는 거래내용등이 해당 물품과 가장 유사한 것에 해당하는 물품의 가격을 기초로 하고, 거래내용등이 같은 물품이 둘 이상이 있고 그 가격도 둘 이상이 있는 경우에는 가장 낮은 가격을 기초로 하여 과세가격을 결정한다. 제35조[합리적 기준에 따른 과세가격의 결정] ① 제30조부터 제34조까지에 규정된 방법으로 과세가격을 결정할 수 없을 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제30조부터 제34조까지에 규정된 원칙과 부합되는 합리적인 기준에 따라 과세가격을 결정한다.② 제1항에 따른 방법으로 과세가격을 결정할 수 없을 때에는 국제거래시세ㆍ산지조사가격을 조정한 가격을 적용하는 방법 등 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적으로 인정되는 방법에 따라 과세가격을 결정한다. 제42조의2[가산세의 감면] ① 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제42조 제1항에 따른 가산세액에서 다음 각 호에서 정하는 금액을 감면한다.
8. 신고납부한 세액의 부족 등에 대하여 납세의무자에게 대통령령으로 정하는 정당한 사유가 있는 경우: 제42조 제1항 제1호 및 제2호의 금액을 합한 금액
(2) 관세법 시행령 제23조[특수관계의 범위 등] ① 법 제30조 제3항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 특수관계”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 구매자와 판매자가 상호 사업상의 임원 또는 관리자인 경우
2. 구매자와 판매자가 상호 법률상의 동업자인 경우
3. 구매자와 판매자가 고용관계에 있는 경우
4. 특정인이 구매자 및 판매자의 의결권 있는 주식을 직접 또는 간접으로 5퍼센트 이상 소유하거나 관리하는 경우
5. 구매자 및 판매자중 일방이 상대방에 대하여 법적으로 또는 사실상으로 지시나 통제를 할 수 있는 위치에 있는 등 일방이 상대방을 직접 또는 간접으로 지배하는 경우
6. 구매자 및 판매자가 동일한 제3자에 의하여 직접 또는 간접으로 지배를 받는 경우
7. 구매자 및 판매자가 동일한 제3자를 직접 또는 간접으로 공동지배하는 경우
8. 구매자와 판매자가 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 친족관계에 있는 경우
② 법 제30조 제3항 제4호 단서에서 “해당 산업부문의 정상적인 가격결정 관행에 부합하는 방법으로 결정된 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 특수관계가 없는 구매자와 판매자간에 통상적으로 이루어지는 가격결정방법으로 결정된 경우
2. 당해 산업부문의 정상적인 가격결정 관행에 부합하는 방법으로 결정된 경우
3. 해당 물품의 가격이 다음 각 목의 어느 하나의 가격(이하 이 조에서 “비교가격”이라 한다)에 근접하는 가격으로서 기획재정부령으로 정하는 가격에 해당함을 구매자가 입증한 경우. 이 경우 비교가격 산출의 기준시점은 기획재정부령으로 정한다.
- 가. 특수관계가 없는 우리나라의 구매자에게 수출되는 동종ㆍ동질물품 또는 유사물품의 거래가격
- 나. 법 제33조 및 법 제34조의 규정에 의하여 결정되는 동종ㆍ동질물품 또는 유사물품의 과세가격
③ 해당 물품의 가격과 비교가격을 비교할 때에는 거래단계, 거래수량 및 법 제30조제1항 각 호의 금액의 차이 등을 고려해야 한다. ④ 제2항의 규정을 적용받고자 하는 자는 관세청장이 정하는 바에 따라 가격신고를 하는 때에 그 증명에 필요한 자료를 제출하여야 한다. 제24조[과세가격 불인정의 범위 등] ① 법 제30조 제4항에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 납세의무자가 신고한 가격이 동종ㆍ동질물품 또는 유사물품의 가격과 현저한 차이가 있는 경우
2. 납세의무자가 동일한 공급자로부터 계속하여 수입하고 있음에도 불구하고 신고한 가격에 현저한 변동이 있는 경우
3. 신고한 물품이 원유ㆍ광석ㆍ곡물 등 국제거래시세가 공표되는 물품인 경우 신고한 가격이 그 국제거래시세와 현저한 차이가 있는 경우 3의2. 신고한 물품이 원유ㆍ광석ㆍ곡물 등으로서 국제거래시세가 공표되지 않는 물품인 경우 관세청장 또는 관세청장이 지정하는 자가 조사한 수입물품의 산지 조사가격이 있는 때에는 신고한 가격이 그 조사가격과 현저한 차이가 있는 경우
4. 납세의무자가 거래처를 변경한 경우로서 신고한 가격이 종전의 가격과 현저한 차이가 있는 경우
5. 제1호부터 제4호까지의 사유에 준하는 사유로서 기획재정부령으로 정하는 경우 제25조[동종ㆍ동질물품의 범위] ② 법 제31조 제1항 제1호에서 “선적일”은 수입물품을 수출국에서 우리나라로 운송하기 위하여 선적하는 날로 하며, 선하증권, 송품장 등으로 확인한다. 다만, 선적일의 확인이 곤란한 경우로서 해당 물품의 선적국 및 운송수단이 동종ㆍ동질물품의 선적국 및 운송수단과 동일한 경우에는 같은 호에 따른 “선적일”을 “입항일”로, “선적”을 “입항”으로 본다.
③ 법 제31조 제1항 제1호에서 “해당 물품의 선적일을 전후하여 가격에 영향을 미치는 시장조건이나 상관행에 변동이 없는 기간”은 해당 물품의 선적일 전 60일과 선적일 후 60일을 합한 기간으로 한다. 다만, 농림축산물 등 계절에 따라 가격의 차이가 심한 물품의 경우에는 선적일 전 30일과 선적일 후 30일을 합한 기간으로 한다.
④ 법 제31조 제1항 제2호에 따른 가격차이의 조정은 다음 각 호의 구분에 따른 방법으로 한다.
1. 거래 단계가 서로 다른 경우: 수출국에서 통상적으로 인정하는 각 단계별 가격차이를 반영하여 조정
2. 거래 수량이 서로 다른 경우: 수량할인 등의 근거자료를 고려하여 가격차이를 조정
3. 운송 거리가 서로 다른 경우: 운송 거리에 비례하여 가격차이를 조정
4. 운송 형태가 서로 다른 경우: 운송 형태별 통상적으로 적용되는 가격차이를 반영하여 조정
⑤ 법 제31조 제3항을 적용할 때 해당 물품의 생산자가 생산한 동종ㆍ동질물품은 다른 생산자가 생산한 동종ㆍ동질물품보다 우선하여 적용한다. 제26조[유사물품의 범위] ① 법 제32조 제1항에서 “유사물품”이라 함은 당해 수입물품의 생산국에서 생산된 것으로서 모든 면에서 동일하지는 아니하지만 동일한 기능을 수행하고 대체사용이 가능할 수 있을 만큼 비슷한 특성과 비슷한 구성요소를 가지고 있는 물품을 말한다.
② 법 제32조에 따라 과세가격을 결정할 때에는 제25조 제2항부터 제5항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 “동종ㆍ동질물품”은 “유사물품”으로 본다. 제29조[합리적 기준에 따른 과세가격의 결정] ①법 제35조에 따라 과세가격을 결정할 때에는 국내에서 이용 가능한 자료를 기초로 다음 각 호의 방법을 적용한다. 이 경우 적용순서는 법 제30조부터 제34조까지의 규정을 따른다.
1. 법 제31조 또는 법 제32조의 규정을 적용함에 있어서 법 제31조제1항 제1호의 요건을 신축적으로 해석ㆍ적용하는 방법
2. 법 제33조의 규정을 적용함에 있어서 수입된 것과 동일한 상태로 판매되어야 한다는 요건을 신축적으로 해석ㆍ적용하는 방법
3. 법 제33조 또는 법 제34조의 규정에 의하여 과세가격으로 인정된 바 있는 동종ㆍ동질물품 또는 유사물품의 과세가격을 기초로 과세가격을 결정하는 방법
4. 제27조 제3항 단서를 적용하지 않는 방법
5. 그 밖에 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법
② 법 제35조의 규정에 의하여 과세가격을 결정함에 있어서는 다음 각 호의 1에 해당하는 가격을 기준으로 하여서는 아니된다.
1. 우리나라에서 생산된 물품의 국내판매가격
2. 선택가능한 가격중 반드시 높은 가격을 과세가격으로 하여야 한다는 기준에 따라 결정하는 가격
3. 수출국의 국내판매가격
4. 동종ㆍ동질물품 또는 유사물품에 대하여 법 제34조의 규정에 의한 방법외의 방법으로 생산비용을 기초로 하여 결정된 가격
5. 우리나라외의 국가에 수출하는 물품의 가격
6. 특정수입물품에 대하여 미리 설정하여 둔 최저과세기준가격
7. 자의적 또는 가공적인 가격 제32조의4[세액의 보정] ⑥ 법 제38조의2 제5항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 정당한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 법 제10조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우
2. 제1조의3에 따른 법 해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부했으나 이후 동일한 사안에 대해 다른 과세처분을 하는 경우
3. 그 밖에 납세자가 의무를 이행하지 않은 정당한 사유가 있는 경우 제39조[가산세] ③ 법 제42조의2 제1항 제8호에서 “대통령령으로 정하는 정당한 사유가 있는 경우”란 제32조의4 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
(3) 관세법 시행규칙 제5조[특수관계의 영향을 받지 않은 물품가격] ① 영 제23조 제2항 제3호 각 목 외의 부분에서 “기획재정부령이 정하는 가격”이란 수입가격과 영 제23조 제2항 제3호 각 목의 가격(이하 “비교가격”이라 한다)과의 차이가 비교가격을 기준으로 하여 비교할 때 100분의 10 이하인 경우를 말한다. 다만, 세관장은 해당 물품의 특성ㆍ거래내용ㆍ거래관행 등으로 보아 그 수입가격이 합리적이라고 인정되는 때에는 비교가격의 100분의 110을 초과하더라도 비교가격에 근접한 것으로 볼 수 있으며, 수입가격이 불합리한 가격이라고 인정되는 때에는 비교가격의 100분의 110 이하인 경우라도 비교가격에 근접한 것으로 보지 아니할 수 있다.
② 비교가격은 비교의 목적으로만 사용되어야 하며, 비교가격을 과세가격으로 결정하여서는 아니된다.
③ 영 제23조 제2항 제3호 후단에 따른 비교가격 산출의 기준시점은 다음 각 호와 같다.
1. 특수관계가 없는 우리나라의 구매자에게 수출되는 동종ㆍ동질물품 또는 유사물품의 거래가격: 선적 시점
2. 법 제33조에 따라 결정되는 동종ㆍ동질물품 또는 유사물품의 과세가격: 국내판매 시점
3. 법 제34조에 따라 결정되는 동종ㆍ동질물품 또는 유사물품의 과세가격: 수입신고 시점 제7조[합리적인 기준에 의한 과세가격의 결정] ① 영 제29조 제1항 제1호에서 “법 제31조 제1항 제1호의 요건을 신축적으로 해석ㆍ적용하는 방법”이라 함은 다음 각 호의 방법을 말한다.
1. 당해 물품의 생산국에서 생산된 것이라는 장소적 요건을 다른 생산국에서 생산된 것으로 확대하여 해석ㆍ적용하는 방법
2. 당해 물품의 선적일 또는 선적일 전후라는 시간적 요건을 선적일 전후 90일로 확대하여 해석ㆍ적용하는 방법. 다만, 가격에 영향을 미치는 시장조건이나 상관행(商慣行)이 유사한 경우에는 90일을 초과하는 기간으로 확대하여 해석ㆍ적용할 수 있다.
(4) 부가가치세법 제35조[수입세금계산서] ② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서(이하 “수정수입세금계산서”라 한다)를 발급하여야 한다.
1. 관세법에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 수입하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고 등을 하는 경우
2. 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입하는 자가 세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 관세법에 따라 수정신고하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
- 가. 통일상품명 및 부호체계에 관한 국제협약에 따른 관세협력이사회나관세법에 따른 관세품목분류위원회에서 품목분류를 변경하는 경우
- 나. 합병에 따른 납세의무 승계 등으로 당초 납세의무자와 실제 납세자가 다른 경우
- 다. 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우
③ 수입하는 자는 제2항에도 불구하고 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하지 아니하는 경우 국세기본법 제26조의2 제1항이나 같은 조 제6항 제1호에 따른 기간 내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장에게 수정수입세금계산서의 발급을 신청할 수 있다.
(5) 국세기본법 제26조의2[국세의 부과제척기간] ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[국제조세조정에 관한 법률 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.
⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.
1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우: 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년
(6) 국제조세조정에 관한 법률 제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “국제거래”란 거래 당사자 중 어느 한쪽이나 거래 당사자 양쪽이 비거주자 또는 외국법인(비거주자 또는 외국법인의 국내사업장은 제외한다)인 거래로서 유형자산 또는 무형자산의 매매ㆍ임대차, 용역의 제공, 금전의 대차(貸借), 그 밖에 거래자의 손익(損益) 및 자산과 관련된 모든 거래를 말한다. 제8조[정상가격의 산출방법] ① 정상가격은 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성ㆍ기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려하여 다음 각 호의 산출방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다. 다만, 제6호의 방법은 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용한다.
1. 비교가능 제3자 가격방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래와 유사한 거래 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법
2. 재판매가격방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 거래 당사자 중 어느 한쪽인 구매자가 특수관계가 없는 자에 대한 판매자가 되는 경우 그 판매가격에서 그 구매자가 판매자로서 얻는 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 뺀 가격을 정상가격으로 보는 방법
3. 원가가산방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 거래 당사자 중 어느 한쪽이 자산을 제조ㆍ판매하거나 용역을 제공하는 경우 자산의 제조ㆍ판매나 용역의 제공 과정에서 발생한 원가에 자산 판매자나 용역 제공자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 더한 가격을 정상가격으로 보는 방법
4. 거래순이익률방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래와 유사한 거래 중 거주자와 특수관계가 없는 자 간의 거래에서 실현된 통상의 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법
5. 이익분할방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 거래 당사자 양쪽이 함께 실현한 거래순이익을 합리적인 배부기준에 따라 측정된 거래당사자들 간의 상대적 공헌도에 따라 배부하고, 이와 같이 배부된 이익을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법
6. 그 밖에 대통령령으로 정하는 바에 따라 합리적이라고 인정되는 방법
② 과세당국은 제1항을 적용할 때 거주자와 국외특수관계인 간의 상업적 또는 재무적 관계 및 해당 국제거래의 중요한 거래조건을 고려하여 해당 국제거래의 실질적인 내용을 명확하게 파악하여야 하며, 해당 국제거래가 그 거래와 유사한 거래 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래와 비교하여 상업적으로 합리적인 거래인지를 판단하여야 한다.
③ 과세당국은 제2항을 적용하여 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래가 상업적으로 합리적인 거래가 아닌 것으로 판단하고, 해당 국제거래에 기초하여 정상가격을 산출하는 것이 현저히 곤란한 경우 그 경제적 실질에 따라 해당 국제거래를 없는 것으로 보거나 합리적인 방법에 따라 새로운 거래로 재구성하여 제1항을 적용할 수 있다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 정상가격 산출방법에 관한 구체적인 사항은 대통령령으로 정한다.
(7) 부가가치세법 시행령 제72조[수입세금계산서] ② 세관장은 관세법에 따라 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 같은 법 제28조 제2항, 제38조의2 제1항ㆍ제2항, 제38조의3 제1항부터 제3항까지, 제38조의4 제1항, 제46조, 제47조 및 제106조에 따라 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급하는 경우에는 법 제35조 제2항에 따라 수입자에게 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 한다. 다만, 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 관세법 제38조의3 제1항에 따른 수정신고를 하는 경우에는 법 제35조 제2항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당할 때에만 수정한 수입세금계산서를 발급한다.
④ 법 제35조 제2항 제2호 다목에서 “수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 관세법 제9조 제2항에 따라 수입신고가 수리되기 전에 수입자가 세액을 납부한 경우로서 같은 항에 따른 수입신고가 수리되기 전에 해당 세액에 대하여 수입자가 수정신고하거나 세관장이 경정하는 경우
2. 수입자의 귀책사유 없이 관세법 등에 따른 원산지증명서 등 원산지를 확인하기 위하여 필요한 서류가 사실과 다르게 작성·제출되었음이 확인된 경우
3. 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 제36조 제2항에 따라 가산세의 전부를 징수하지 아니하는 경우
4. 관세법 제37조에 따른 사전심사에 따라 통보된 과세가격 결정방법을 적용하여 수입자가 수정신고하거나 세관장이 경정하는 경우
5. 관세법 제38조 제2항 단서에 따라 수입신고를 수리하기 전에 세액을 심사하는 물품에 대하여 감면대상 및 감면율을 잘못 적용한 경우
6. 수입자가 수입물품의 거래조건 또는 해당 거래와 관련된 회계처리기준 및 방법 등이 변경된 것을 반영하지 못하여 일부 수입신고에 오류가 발생한 경우로서 수입자가 그 밖의 수입신고에 대해서는 과세표준 및 세액을 적정하게 신고한 것이 관세법 제110조 제2항 제2호에 따른 관세조사 결과 확인되는 경우
7. 수입자가 거래가격에 관세법 제30조 제1항 각 호의 금액(이하 이 호에서 “가산요소”라 한다)을 포함하지 않은 경우로서 해당 가산요소를 거래가격에 포함하려면 상당한 지식과 주의가 요구되어 수입자의 정확한 신고를 기대하기 어려운 경우
8. 수입자가 관세법 제30조 제3항 각 호의 사유가 있어 같은 법 제31조부터 제35조까지의 규정에 따른 방법으로 과세가격을 신고해야 하는 경우로서 수입자가 해당 사유를 인식하는 데에 상당한 지식과 주의가 요구되어 수입자의 정확한 신고를 기대하기 어려운 경우
9. 제1호부터 제8호까지에서 규정한 사항 외에 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우
(8) OECD 이전가격 가이드라인 D.원가가산방법 D.1개요 2.39 The cost plus method begins with the costs incurred by the supplier of property (or services) in a controlled transaction for property transferred or services provided to an associated purchaser. An appropriate cost plus mark up is then added to this cost, to make an appropriate profit in light of the functions performed and the market conditions. What is arrived at after adding the cost plus mark up to the above costs may be regarded as an arm's length price of the original controlled transaction. This method probably is most useful where semi finished goods are sold between associated parties, where associated parties have concluded joint facility agreements or long-term buy-and-supply arrangements, or where the controlled transaction is the provision of services. 2.39 원가가산방법은 특수관계자인 구입자에게 재화를 이전하거나 용역을 제공하는 특수관계거래에서 공급자에게 발생하는 원가로부터 출발한다. 수행기능과 시장조건에 비추어 적정한 이익이 반영될 수 있도록 적정 원가가산이익이 위의 원가에 더해진다． 이와 같이 원가에 적정 이익이 더해지면 그것은 당초의 특수관계거래에 대한 독립거래간 가격으로 간주될 수 있다. 이 방법은 반제품이 특수관계회사간에 거래되거나 특수관계회사들이 공동설비계약(joint facility agreements) 또는 장기 구매ㆍ공급 약정(long term buy- and-supply arrangements)을 맺거나, 특수관계거래가 용역 공급인 경우 아주 유용하다．
(9) 가산세 및 보정이자 면제에 관한 지침 제8조[정당한 사유] ① “정당한 사유”란 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 사유를 말한다.
② 세관장은 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 가산세등을 면제할 수 있는 정당한 사유로 볼 수 있다.
1. 부족세액의 발생이 납세의무자의 단순한 법령의 부지나 착오에 기인한 것이 아니라, 과세관청 내부에서도 법해석상의 견해 대립이 심할 정도로 과세 근거가 법령에 명확하게 규정되지 않은 경우
2. 납세의무자가 인지하고 있는 납세 관련 사실관계를 숨김없이 과세관청에 신고하는 등 정확한 납세를 위하여 성실히 노력하였음에도 불구하고 인지할 수 없었던 사실관계의 부지 또는 오해의 사정이 있거나 법령적용의 착오가 있는 경우
3. 납세의무자가 과거 과세관청의 처분이나 법원의 판결을 신뢰하고 성실히 이행하였으나 과세관청이 그 해석을 변경한 경우
4. 그 밖에 납세의무자의 귀책사유가 없어 가산세등을 부과하는 것이 타당하지 아니하다고 세관장이 인정하는 경우
③ 세관장은 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 가산세등을 면제할 수 있는 정당한 사유로 볼 수 없다.
1. 부족세액의 발생이 납세의무자의 단순한 법령의 부지나 착오에 기인하거나 법령에 대한 자의적인 판단에 따른 경우
2. 납세의무자가 정확한 납세를 위하여 성실한 주의 의무를 다하지 않고, 단순히 사실관계의 부지 또는 오해한 경우
3. 납세의무자의 신뢰를 보호하여야 하는 과세관청의 공적인 견해 표명으로 볼 수 없거나 공적인 견해 표명이 있었더라도 잘못된 원인이 납세의무자에게 있는 경우
4. 그 밖에 납세의무자의 귀책사유가 중하여 가산세등을 부과하는 것이 타당하다고 세관장이 인정하는 경우
④ 세관장은 신청인의 사유가 가산세등을 면제할 수 있는 정당한 사유에 해당하는지를 판단할 때에는 거래 사실, 당사자의 역할, 부족세액의 발생 원인, 과세관청의 견해표명 여부 등 각 개별적이고 구체적인 사실관계를 종합적으로 고려하여야 한다.
⑤ 정당한 사유에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.
(10) 수정수입세금계산서 발급에 관한 운영지침 제4조[수정수입세금계산서의 발급] ② 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우에는 법 제35조 제2항 제2호 및 영 제72조 제2항 단서에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입자가 세관공무원의 관세조사 통지 등 제5조 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위가 발생하여 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 관세법에 따라 수정신고하는 경우라 하더라도 세관장은 수정수입세금계산서를 발급한다. 제12조[과세가격 분야] ① 수입물품의 과세가격이 변경된 경우로서 제4조 제2항에 따라 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하는 경우에는 다음 각 호의 경우가 포함된다.
4. 세관장이 선행 관세조사시 사실관계를 확인한 사실이 있으며 과세처분을 하지 아니한 경우로써 과세가격 결정관련 중요한 사실관계가 동일한 경우 (예시) 세관장이 선행 관세조사를 할 때에 권리사용료 계약과 지급액을 검토하여 비과세 의견을 표명하였으나, 차기 관세조사를 할 때에 사실관계는 동일하나 수입물품과의 관련성이 있다고 판단하여 과세한 경우