종교단체인 청구법인이 쟁점건축물을 정당한 사유 없이 종교용이 아닌 대안학교로 사용한 것으로 보아 기 면제한 취득세를 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2020.12.18. OOO건축물 OOO㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 취득(신축)하고, 2021.2.8. 쟁점건축물을지방세특례제한법제50조 제1항의 종교단체가 종교용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세 등을 면제받았다.
• 나. 처분청은 2021.6.1.과 2021.6.30. 현지출장하여 확인한 결과, 청구법인이 쟁점건축물을 취득하고 2년 미만인 상태에서 종교용이 아닌 다른 용도(대안학교, OOO)로 사용하는 것으로 보아, 2021.7.12. 청구법인에게 기 면제한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 부과ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.8.13. 이의신청을 거쳐 2021.11.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점건축물을 신축하기 전부터 소유하고 있던 같은 번지에 건축물 면적 OOO㎡(지하1층～지상4층, 이하 “종전건물”이라 한다) 2층에서 OOO을 운영하였으나, 코로나19에 따른 거리두기 강화로 이를 장기간 폐쇄하는 등 정상적인 운영이 불가능한 상태였다. 그러던중, 교회 임원회의를 거쳐 팬더믹 상황을 고려하여 거리두기 차원에서 임시적으로 쟁점건축물을 사용하자는 의견을 모았고, 이후 쟁점건축물에서 불과 10여 차례 수업이나 모임을 갖은 사실이지만, 이는 부득이한 경우의 정당한 사유로 보아야 한다. 처분청이지방세특례제한법제50조 제1항 제3호에 따른 ‘해당용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하는 경우’를 적용하여 취득세를 부과하였지만, 이는 같은 법 제50조 제1항 제2호에 근거하여 정당한 사유(세계적 팬더믹 상황, 거리두기 방침 준용)로 인해 대안학교를 임시로 쟁점건축물로 옮긴 것이므로 이를 고려하여 취득세 부과처분을 취소해야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2020.12.18. 쟁점건축물의 용도를 직업훈련소로 사용승인을 받았고, OOO 홍보내용에 지원 자격이 기숙사 생활에 결격 사유가 없는 자라고 되어 있으며, 신축 건물인 쟁점건축물의 전경과 내·외부시설(운동시설, 교실, 도서실＆독서실, 기숙사, 샤워실)을 홍보한 사실이 확인되고, 처분청이 2021.6.1. 현지 출장한 결과, 쟁점건축물에 수업이 끝난 직후로 보이는 다수의 학생들과 교실, 기숙사 등이 확인되었고, 복도 게시판에 학생시간표, 그룹모임 등이 게시되어 있었다. 또한, 처분청이 2021.6.30. 쟁점건축물에 2차 현지 출장한 결과, 지하 1층과 1층, 2층에서 교과수업이 진행중인 사실을 확인한 점을 고려할 때 청구법인이 쟁점건축물을 종교 시설이 아닌 OOO이라는 대안학교로 사용하고 있어 종교목적으로 사용하지 않았다. 청구법인의 쟁점건축물 증축 목적이나 실제 사용현황에서 알 수 있듯이 코로나 19상황으로 부득이하게 임시적으로 사용하였다는 청구주장은 타당하지 않고, 청구법인이 OOO을 종전건물로 원상회복하였으므로지방세특례제한법제50조 제1항 제3호가 아닌 제2호를 적용하여 ‘정당한 사유’에 해당된다고 주장하나, 이미 성립한 추징 요건에는 아무런 영향이 없으므로 청구법인이 쟁점건축물을 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하는 경우로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 종교단체인 청구법인이 쟁점건축물을 정당한 사유 없이 종교용이 아닌 대안학교로 사용한 것으로 보아 기 면제한 취득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법률 제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 사단법인 OOO에 소속된 교회로서, 정관 4조에서 복음선교를 위해 학원, 대안학교, 직업훈련, 기타교육사업 등 청소년 교육지원 사업을 수행한다고 기재되어 있다. (나) 청구법인은 2020.12.18. 쟁점건축물을 신축하고, 2021.2.8. 처분청에지방세특례제한법제50조 제1항에 따라 종교단체가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등을 면제받았고, 감면신청 시 제출한 ‘건물 사용(운영) 계획서’에 쟁점건축물의 사용(운영) 용도를 ‘교회 대학부 및 청년회, 장년회 모임실과 합숙소(선교사, 선교회 교인 등의 단기 합숙소)’라고 기재하였다. (다) 건축물대장에 의하면, 쟁점건축물의 용도는 직업훈련소로 기재되어 있고, 쟁점건축물과 같은 지번에 소재하는 종전건물의 상호는 OOO이고, 이 학원은 2016.3.8. 개업되었다가 2021.8.4. 폐업되었다. (라) 처분청 담당공무원이 2021.6.1. 현지 출장한 결과, 청구법인이 쟁점건축물을 OOO이라는 미인가 대안학교로 사용하고 있고, 지하층은 강당, 1층과 2층은 교실과 교무실, 3층과 4층은 기숙사로 사용하고 있으며, 2021.6.30. 2차 현지 출장한 결과, 청구법인이 쟁점건축물의 지하 1층과 1층, 2층을 수업을 진행하는 교실로 사용하고 있는 것으로 출장결과보고서에 나타난다. (마) 처분청은지방세특례제한법제50조 제1항 제3호에 따라 청구법인이 쟁점건축물을 취득하고 2년 미만인 상태에서 종교용이 아닌 다른 용도(미인가 대안학교)로 사용하는 것으로 보아 청구법인에게 기 면제한 취득세 등을 부과ㆍ고지하였다

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점건축물을 코로나19의 정부방침에 따라 부득이 하게 대안학교로 사용하였다고 주장하나, 청구법인이 쟁점건축물을 취득하고 유예기간내에 종교용이 아닌 중·고등학생들의 교육을 위한 학교(직업훈련소) 및 기숙사 용도로 사용한 사실이 출장결과보고서에서 나타나므로지방세특례제한법제50조 제1항 제3호의 추징 요건에 해당하는 점, 청구법인이 코로나19 정부방침에 따라 거리두기 강화 차원에서 쟁점건축물을 임시로 공부방으로 이용한 것을 종교목적으로 사용하지 못한 정당한 사유로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점건축물을 취득하고 유예기간내에 종교용으로 사용하지 아니한 것으로 보아 처분청이 기 면제한 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제6항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.